10/19/16

Il DNA come molecola in grado di veicolare

informazione ereditabile (genetica)

Essenz. Alberts: cap 6

La trasmissione dell’informazione

replicazione
DNA dA, dG, dC, dT

trascrizione

RNA A, G, C, U

traduzione

Proteina 20 aminoacidi

Dogma centrale della biologia

1
 10/19/16

Definizione molecolare di GENE

L’intera sequenza di DNA necessaria per la sintesi di

un polipeptide (o RNA) funzionale

Comprende:

• regione trascritta = il tratto di DNA che viene

trascritto in mRNA

• regioni regolative = tratti di DNA necessari per la

corretta trascrizione ed espressione del mRNA

GENE
promotore regione trascritta
DNA

Trascrizione

mRNA 5’ 3’

Traduzione

Proteina NH2 COOH

Funzione biologica

2
 10/19/16

Gli studi più recenti indicano che molto probabilmente

il 70-90% del genoma è trascritto

• Genoma

• Trascrittoma

• Proteoma

3
 10/19/16

La trasmissione dell’informazione

4 desossi-ribonucleotidi

4 ribonucleotidi

20 aminoacidi

4
 10/19/16

La replicazione del DNA è semiconservativa

Alberts et al., L’ESSENZIALE DI BIOLOGIA MOLECOLARE DELLA CELLULA, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005

La replicazione del DNA è

semiconservativa

Alberts et al., L’ESSENZIALE DI BIOLOGIA MOLECOLARE DELLA CELLULA, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005

5
 10/19/16

La polimerizzazione del DNA

La DNA polimerasi aggiunge (deossi) nucleotidi

all’estremità 3’ di un filamento di DNA

Direzione della polimerizzazione: 5’ => 3’

Alberts et al., L’ESSENZIALE DI BIOLOGIA MOLECOLARE DELLA CELLULA, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005

La polimerizzazione del DNA richiede due

elementi fondamentali:

1. STAMPO

2. INNESCO

6
 10/19/16

Fase di inizio

Alberts et al., L’ESSENZIALE DI BIOLOGIA MOLECOLARE DELLA CELLULA, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005

7
 10/19/16

DNA genomico eucariotico: vi sono più origini di replicazione

Alberts et al., L’ESSENZIALE DI BIOLOGIA MOLECOLARE DELLA CELLULA, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005

ü Riconoscimento dell’origine di replicazione

ü Apertura della doppia elica da parte di una elicasi
ü I filamenti singoli vengono subito rivestiti da proteine
SSB (single-strand binding proteins) che impediscono il
riappaiamento del DNA
ü Un enzima specifico, la primasi sintetizza un corto
segmento di RNA che funziona da primer per la sintesi
del DNA
ü Poiché la DNA polimerasi può polimerizzare il DNA solo
in direzione 5’ -> 3’, uno dei due filamenti stampo deve
essere copiato mediante un meccanismo discontinuo di
cucitura all’indietro. È quindi definito filamento ritardato

8
 10/19/16

La forcella replicativa

Alberts et al., L’ESSENZIALE DI BIOLOGIA MOLECOLARE DELLA CELLULA, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005

Entrambi i filamenti del DNA fungono da stampo per la replicazione:

Filamento guida - filamento lento

zucchero

trifosfato

Alberts et al., L’ESSENZIALE DI BIOLOGIA MOLECOLARE DELLA CELLULA, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005

9
 10/19/16

Sul filamento lento avvengono ripetuti eventi di “innesco”

10
 10/19/16

La sintesi del filamento

ritardato (lagging strand)
avviene mediante un
meccanismo discontinuo di
“cucitura all’indietro”
Procede a partire da inneschi
multipli, generando frammenti
di DNA (frammenti di Okazaki)
che vengono uniti da una
ligasi

Lunghezza frammenti di Okazaki:

Procarioti: 1000-2000 nt
Eucarioti: 100-200 nt

Mentre la sintesi del filamento

guida procede, la primasi
sintetizza un corto RNA (<15nt)
complementare al filamento
ritardato; questo funge da
primer per la sintesi di DNA nel
verso OPPOSTO alla direzione
di spostamento della forcella di
replicazione.
Questi frammenti misti di DNA
ed RNA sono stati scoperti da
Reiji Okazaki.
Quando questo raggiunge il
segmento precedente (perche’
và all’indietro), il primer di RNA
viene rimosso, lo spazio
lasciato vuoto viene riempito
con desossinucleotidi, ed I
frammenti vengono in fine legati A unique property of the replicating region
of chromosomal DNA. Sakabe K, Okazaki
tra loro. R. BBA. 1966, 129(3):651-4.

11
 10/19/16

Un unico complesso multi-enzimatico attivo alla forcella di replicazione

B. Alberts, D. Bray, K. Hopkin, A. Johnson, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts, P. Walter,

BIOLOGIA MOLECOLARE DELLA CELLULA, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2015 6 | 24

12
 10/19/16

Altri enzimi importanti: le Topoisomerasi

e’ necessaria una rapida

rotazione del DNA in questo
punto

Stampo del
fialmento guida Stampo del
filamento lento

DNA polimerasi sul filamento guida

Catena di DNA di nuova sintesi”

Alberts et al., L’ESSENZIALE DI BIOLOGIA MOLECOLARE DELLA CELLULA, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005

13
 10/19/16

Topoisomerasi di tipo I. È in grado di tagliare e ri-legare

un filamento di DNA, riducendo il superavvolgimento

Due doppie eliche di

DNA sono incastrate tra Topoisomerasi di tipo II
loro

Chemioterapici:
Camptothecin per Topoisomerasi I
Etoposide per Topoisomerasi II

La DNA topoisomerasi di
tipo II effettua un legame
covalente reversibile su
entrambi i filamenti di una
delle due eliche di DNA

La reazione inversa della

DNA topoisomerasi di tipo
II ricrea la doppia elica

Le due doppie eliche di

DNA sono libere

14