GENETICA MEDICA

Modulo: ASPETTI BIOCHIMICI, GENETICI E PATOLOGICI DELLA NUTRIZIONE UMANA

Prof. Matullo Giuseppe
3 CFU
Esame orale
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06/05/20
[Lezione 1]

MANIPOLAZIONE DEL DNA IN GENETICA UMANA E MEDICA

Siamo Organismi diploidi, due coppie di 23 cromosomi in ogni cellula: 22 autosomi sono omologhi + 1 coppia di
cromosomi sessuali → totale 2 metri di DNA, 3 miliardi di basi per genoma aploide (la cellula diploide ne ha
chiaramente il doppio) → NB La cellula germinale matura è APLOIDE

Numero di geni: 20'000 – 25'000 geni nel genoma (anni fa si pensava fossero molti di più, fino a 100'000, perché
si credeva che ogni gene codificasse per 1 proteina quindi osservando il numero di proteine si pensava che
quello coincidesse con il numero di geni, in realtà oggi si sa che 1 gene produce più proteine → lo SPLICING
ALTERNATIVO è il meccanismo per cui si hanno isoforme diverse di diverse proteine).

DEFINIZIONI:

ACIDI NUCLEICI:

− Acido desossiribonucleico (DNA): è il materiale genetico di tutti gli esseri viventi e della maggior parte
dei virus. Il DNA è organizzato in CROMOSOMI, che contengono le unità di informazione genetica, i
GENI.
− Acido ribonucleico (RNA): negli eucarioti contribuisce a trasportare l’informazione genetica dal nucleo
al citoplasma.

CROMOSOMA = Molecola di DNA complessata con RNA e proteine (istoni)

NUCLEOTIDI = Costituenti essenziali degli acidi nucleici.

– Il DNA contiene 4 differenti nucleotidi: Adenina (A)
Guanina (G) Timina (T) Citosina (C)
– complementarietà A-T e G-C

Ci sono legami con forza diversa → 2 o 3 ponti idrogeno a

seconda del tipo di base (→)

Sequenze di genoma ricche in G-C sono difficili da

sequenziare, perché il legame è più forte.

GENI = regioni funzionali all’interno del DNA; codificano le

istruzioni necessarie per produrre le proteine. approssimativamente 30.000 geni distribuiti sulle 23 paia di
cromosomi

I geni sono separati da regioni di DNA non codificante = Il DNA è discontinuo: i geni non sono clusterizzati ma
sono sparsi nel genoma e intervallati da regini non codificanti.

1
 Se si fa stima della porzione codificante, solo l’1-2% del genoma
effettivamente è codificante = nel senso di geni che codificano per
proteine → sono ESONI, mentre gli INTRONI sono le regioni non
codificanti (cmq non inutili perché grazie allo splicing servono per
eliminare dei frammenti e creare delle proteine diverse). Il 75%
restante è DNA intergenico = contiene porzioni non codificanti per
proteine ma producono RNA, contiene regioni regolatorie ecc sono
regioni ancora molto da studiare

ESOMA = insieme degli esoni, quindi la sola porzione codificante; sono esclusi gli introni.

REPLICAZIONE DNA: separazione delle due emieliche di DNA → ciascuna serve da templato per la formazione di
una molecola “figlia” identica all’originaria mediante appaiamento delle basi → Mediante complementarietà

Trascrizione
– formazione di una molecola di
mRNA come intermedio
molecolare
– per trasferire l’informazione da
DNA ad RNA si sfrutta la
complementarietà delle basi

Traduzione
–la posizione di ogni aminoacido
è specificata da triplette di basi
adiacenti nel mRNA

DOGMA CENTRALE DELLA BIOLOGIA MOLECOLARE

DNA → RNA → proteina → MA esiste trascrittasi inversa che da RNA porta a DNA (posseduta da virus e batteri,
non dalle nostre cellule)

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Qualsiasi variazione che compare per la prima volta nel genoma
può essere definita MUTAZIONE → non è negativa di per sé in
realtà, in alcuni casi alcune mutazioni possono essere positive.
Una mutazione genera diversità.

Mutazione più semplice è la sostituzione di un nucleotide: se la

sequenza mutata non viene corretta e replica, la mutazione si
fissa e non risulta più correggibile. Si genera una nuova
VARIANTE che poi avrà destini diversi, vantaggiosi o no.

In ogni caso poi la sequenza mutata diventa TRASMISSIBILE.

Biotecnologie per la diagnosi di genetica molecolare

a) Analisi a bassa risoluzione:

– Analisi cromosomica (del cariotipo)

– RFLP (restriction fragment length polymorphisms) = Frammenti che si originano per digestione enzimatica
– Southern blotting → si applica a DNA
– Northern blotting → si applica a RNA
– Western blotting → si applica a proteine
– PCR (polymerase chain reaction) → consente amplificazione del DNA. Fa da base per altre tecniche di genetica
molecolare

b) Analisi ad alta risoluzione:

– RFLP → considerati sia ad alta sia a bassa risoluzione perché gli enzimi lavorano in modo specifico, arrivando a
discriminare fino alle singole basi: in questo caso sono analisi ad alta risoluzione
– DNA Sequencing - determinazione dei nucleotidi
– PCR – amplificazione del DNA

Sonde (probes) molecolari

= Reagenti usati per identificare una sequenza specifica di DNA o RNA in un miscuglio complesso in cui è
avvenuta una ibridazione (accoppiamento di basi complementari tra il filamento singolo della sonda ed il
filamento singolo bersaglio di DNA o RNA). Le sonde sono comunemente marcate da materiale radioattivo o
fluorescente.

- Sonde cDNA = sequenze di DNA complementare a RNA (originariamente prodotte mediante trascrizione
inversa di RNA), in grado di identificare sequenze di esoni (espressi)

-Sonde oligonucleotidiche = sequenze di DNA prodotte sinteticamente lunghe 14- 25 nucleotidi

- Sonde RNA = RNA marcato in grado di identificare sequenze di DNA o RNA complementari

Accanto un Esempio di ANALISI CARIOTIPICA SPETTRALE: 24 sonde DNA

cromosoma-specifiche, ciascuna marcata con una combinazione differente di 5
fluorocromi → se un pezzo di rosso finisce sul giallo è molto semplice da
identificare.

Inoltre, prendendo un singolo cromosoma può essere marcato tutto con lo

stesso colore, oppure pezzi diversi dello stesso cromosoma possono essere
marcati con sonde diverse:
A) SONDE CHE VISUALIZZANO SINGOLI CROMOSOMI
B) SONDE CHE VISUALIZZANO TUTTI I CROMOSOMI
C) SONDE CHE VISUALIZZANO SPECIFICHE BANDE “CHROMOSOME BARR CODE”
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Qual è il vantaggio dell’utilizzo di sonde? Poter marcare il DNA anche quando non è compattato, ad esempio in
interfase.

Endonucleasi di restrizione
= Enzimi che tagliano il DNA a doppia
elica in siti specifici

Derivano da batteri per lo più e

tagliano in maniera specifica, creando
estremità tronche o “appiccicose”
(=sticky). I tagli avvengono in regioni
palindromiche

SOUTHERN BLOTTING → il DNA viene

estratto da un tessuto (spesso il
sangue: analizzando il sangue si
presuppone che tutti i tessuti abbiano
lo stesso DNA → nel sangue si
individuano mutazioni), viene quindi
digerito da enzimi: si generano
frammenti di DNA che poi vengono
separati su un supporto (=un gel → il
gel è in grado di formare delle maglie
in cui i frammenti si separano in base a
carica delle molecole -negativa- e PM).
Si creano dei “pozzetti” all’interno del
gel, in cui si inserisce il Dna, che viene quindi fatto separare. Si forma una striscia. Si identificano frammenti di
lunghezza diversa in individui diversi = gli individui hanno polimorfismi, varianti diverse: l’enzima in alcuni
individui taglia, in altri individui non taglia. Le bande diverse corrispondono semplicemente a variabilità tra
individui.

quindi, si separa, poi il tutto viene trasferito dal gel a una superficie più maneggevole (es nitrocellulosa). Si
ottiene un lenzuolino di nitrocellulosa. A questo punto c’è la possibilità di individuare le sequenze di interesse
con la sonda.

NB per far sì che ci sia ibridazione → il DNA è a doppia elica, la sonda pure. Perché si accoppino (ibridazione)
devono prima essere denaturati (entrambi).

Esempio: padre, madre (carrier di una mutazione = la mutazione però è recessiva perché lei è sana: ha una X
mutata ma l’altra no → in realtà in questo caso la mutazione non è autosomica bensì X-linked), figlio → 3 DNA.

Madre portatrice, padre sano, figlio malato → il figlio ha ereditato la X mutata dalla madre.

Cosa si osserva: Nell’esempio Il DNA dal gel di agarosio è stato trasferito su nitrocellulosa ed ibridizzato alla
sonda cDNA di un recettore androgenetico. Si osservano 3 frammenti genomici nel DNA di entrambi i genitori
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ma non in quello del figlio: sulla X ereditata, la sonda non si è attaccata a nessuna regione = c’è stata una
delezione della regione in questione = la sonda non si può attaccare → io non osservo alcun segnale.

MUTAZIONI PUNTIFORMI

Queste alterano siti di taglio.

POLIMORFISMI DEL DNA = differenze nella sequenza di DNA

–per definizione due o più alleli ad un locus la cui frequenza nella popolazione è >1%

→ questa soglia viene ampiamente utilizzata per scartare varianti nella popolazione che possono risultare
neutrali : se la frequenza è >1%, è molto improbabile che la mutazione abbia una ripercussione negativa. Se si va
<1%, le varianti hanno invece un contributo funzionale importante.

Il termine polimorfismo viene esteso ai casi di cambiamento nella sequenza del DNA: negli RFLP per indicare
differenze nelle lunghezze dei frammenti di restrizione causate da perdita o guadagno di siti di restrizione nel
DNA, nelle delezioni o inserzioni di DNA, nelle ripetizioni di gruppi nucleotidici nei microsatelliti e minisatelliti,
nelle ripetizioni di trinucleotidi, nelle mutazioni puntiformi (SNP), etc.

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NB: qualsiasi variante in un gene può agire almeno in due maniere: 1) può causare un’alterazione di una
proteina modificandone la funzione; 2) la mutazione può impedire la trascrizione di un gene, senza modificare la
funzione della proteina ma più che altro facendo sì che non ci sia proprio la proteina.

2001 – primo sequenziamento del genoma umano: si scoprono 2 milioni di SNP (single nucleotide polimorfismi):
1 ogni 1300-2000 basi (82% allele minore con fq > 0,10). 60'000 sono esoni (4%). → I polimorfismi da variazioni
di singole basi sono molto comuni!

→con le sonde io vedo delle differenze di lunghezza di frammenti tra gli individui. Questa differenza può essere
causata dalle mutazioni. (frammento più lungo nella corsa elettroforetica è quello che rimane più indietro
perché più lento).
La stessa tecnica mi permette anche di mettere in evidenza delle delezioni o delle inserzioni perché causano una
lunghezza diversa.

→ Esempio: Anemia falciforme → due bande : la mutazione puntiforme determina la formazione di un

frammento più lungo.

Analisi di un albero
famigliare mediante
RFLP e southern blot
→ ci sono donne
carrier, gli individui
malati sono solo
maschi. Anche in
questo caso si tratta
di una malattia X
linked recessiva: la
mutazione è
associata ad allele 2
= quando c’è la
mutazione si crea un
nuovo sito di taglio:
nell’allele malattia
ho un frammento più corto, presente negli individui malati maschi e anche nelle donne portatrici (ma in queste
non si vede la patologia perché l’altra copia è sana).

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Polimorfismi VNTR e STR:

La variabilità genetica non è data solo da mutazioni puntiformi, esistono anche ripetizioni in tandem = una
dietro l’altra: ne esistono di corte (SHORT TANDEM REPEATS, STR o microsatelliti) e di lunghe (>12 basi:
VARIABLE NUMBER OF TANDEM REPEATS, VNTR o minisatelliti)

Ci sono soggetti che hanno meno ripetizioni , quindi avranno un frammento più corto mentre chi ha più
ripetizioni avrà un frammento più lungo.

I satelliti e microsatelliti sono impo perché nella popolazione esistono varie varianti alleliche. Gli alleli sono le
varianti che diversificano gli individui e questi possono essere più o meno frequenti.

In un locus posso avere anche 6 8 12 alleli diversi perché sono ripetizioni in tandem. Al contrario
gli SNP sono quasi sempre sistemi biallelici.

NON ESISTONO SOLO 2 ALLELI UNO DEL PADRE E UNO DELLA MADRE. Da una generazione
all’altra possono entrare nuovi alleli.

Marcatori multiallelici danno info maggiore nel discriminare un individuo dall’altro, rispetto a
un marcatore biallelico → con un sistema biallelico (a A) abbiamo 3 genotipi cioè AA aa Aa Aa.

Possibilità di sfruttare questo metodo per test di paternità: quante bande hanno in comune il
figlio e il padre biologico. Chi tra F1 e F2 è il padre biologico di C? F2.
Dal 5 al 10% dei figli hanno un padre biologico diverso dal padre presunto

NOTHERN BLOTTING

Il “Northern blot” è una tecnica usata per determinare in quale tessuto o tipo cellulare è espresso un gene, ed
anche la lunghezza e la quantità di mRNA. I livelli di mRNA sono spesso correlati ai livelli di proteina presente nel
tessuto.

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* In passato le sonde erano marcate radioattivamente

PCR = REAZIONE A CATENA DELLA POLIMERASI

= Metodo di amplificazione del DNA usando una polimerasi termostabile quale la Taq DNA polimerasi, uno
stampo di DNA, un eccesso di primers e dideossinucleotidi (dNTP) in un buffer.

Possibile grazie all’enzima che lavora in fascia

di temperatura piuttosto alta: 55°-95°. Non è
in grado di sostenere tanti cicli → circa 30 cicli
poi si denatura. Batteri lavorano a
temperatura elevata ma la t ideale è circa a 70
gradi (per questo si denatura, perché è in
grado di lavorare anche a temperature
superiori ma non è la sua temperatura ideale).

il DNA deve essere denaturato prima, per questo si utilizzano temperature così alte. La denaturazione permette
poi il legame con i primers

1- Denaturazione
2- Attacco dei primers
3- Sintesi → da parte di Taq polimerasi (direzione 5’ → 3’)

Reazione esponenziale, si mettono nella miscela di

reazione dei primers specifici. I primer si attaccano direzione 5 primo 3 primo. Man mano che faccio questi cicli
le reazioni raddoppiano e si creano sempre più di frementi corti. I frammenti corti sono quelli di cui se ne
produrrà di più, noi abbiamo fatto amplificare quello che c’è
tra i due primers.

La sequenza bersaglio è la sequenza di DNA sintetizzata tra i

due primers

Da una molecola si arriva a centinaia di migliaia di molecole,

dopo N cicli = amplificazione esponenziale.

Si può amplificare il frammento, quindi digerirlo

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L’amplificazione garantita dalla PCR cmq è limitata, perché a un certo punto si raggiunge un plateau (che NON
dipende dall’iniziale target di DNA): l’efficienza quindi non è del 100%

La tecnica PCR è utile, spesso necessaria, per

amplificare il DNA estratto dai reperti trovati sulla
scena del delitto. Si usano sonde multi-locus con
molti alleli.

Quale delle persone sospette può avere commesso il

crimine? → individuo 1 !

MODELLO WATSON E CRICK

AG e GU sono sequenze che servono per lo splicing → viene eliminato l’introne

SEQUENZIAMENTO DEL DNA:

ddNTP si usa per le analisi di
sequenziamento → normalmente
non presente all’interno
dell’organismo perché non è
possibile proseguire la sintesi del
DNA perché manca un O. per
convezione la direzione 5 primo 3
primo → quindi al 3 primo
ossidrile dovrebbe legarsi un
altro nucleotide trifosfato, se
manca ossidrile, nel ddNTP→ non
può proseguire la sintesi di DNA,
si stoppa la sintesi del dna. È una grande invenzione→ è il 1 nucleotide modificato che ha permesso il
sequenziamento di Sanger. Sono state usate 4 miscele diverse perché si usava il radioattivo (il radioattivo non
distingue tra i nucleotidi perché non c’era un fluorocromo diverso per ogni base).

Secondo il metodo di Sanger:

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I dntp DEVONO essere più concentrati altrimenti la reazione non procede. In modo casuale si attaccano i dNTP e
a volte i ddNTP in maniera casuale, avrò quindi una
miscela di frammenti. Faccio elettroforesi

Si legga la sequenza man mano sintetizzata dal basso

verso l’ alto. Il nucleotide G è il più vicino al primer (*
indica il primer (lungo 15 nucleotidi)) e l’estremità 5’
mentre il nucleotide T è all’estremità 3’.
5’GCTCCACGTAACGT3’ Questa sequenza è
complementare al filamento stampo.

ORGANISMI DI CUI IL GENOMA È COMPLETAMENTE SEQUENZIATO (AGOSTO 2003):

− Virus >1000
− Batteri >100
− Eucarioti 19 → Vertebrati 4, Invertebrati 3, Piante 8, Funghi 3, Protozoi 1.

Il Progetto Genoma Umano → Obiettivi:

1. Costruire una mappa di marcatori genetici (polimorfismi) → polimorfismo = due o più alleli che si
manifestano in una popolazione con una frequenza maggiore dell’1%
→ fino ad oggi sono stati validati circa 3.165.000 SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) e 250.000 STS
(Sequence Tagged Sites, coppie di primers PCR), polimorfismi distribuiti nel genoma umano. tali
marcatori dovrebbero idealmente essere sufficientemente vicini così che di ogni malattia ereditaria
possa essere identificato il gene o i geni responsabili
2. Stabilire una mappa “fisica” della localizzazione dei geni in relazione ad altri geni sui cromosomi
3. Sequenziare l’intero genoma umano aploide di 3 x 109 bp

GENE UMANO MEDIO

Uno degli scopi del progetto Genoma Umano è di sequenziare le 3 x109 basi nucleotidiche del genoma il cui
numero di geni è stimato intorno a 40.000.

Lunghezza: 17.000 coppie di basi (17 kb)

Numero di esoni: 7
Lunghezza dell’esone: 100-200 nucleotidi
Lunghezza dell’introne: 200-2.000 nucleotidi

Tipi di mutazione
Se la mutazione avviene in geni in punti critici , ciò può
portare a patologia

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Es → FENILCHETONURIA (AR)

SE Mutazione M1V nel gene PAH (Fenilalanina

idrossilasi):

La metionina di inizio trascrizione è mutata in valina → La

traduzione non può avere inizio → NON viene
sintetizzata la proteina (→)

NB: la patologia è Autosomica Recessiva quindi per far sì

che ci sia malattia devono essere mutati entrambi i geni

Invece, altro caso:

SE Mutazione R408W nel gene PAH (Fenilalanina

idrossilasi) → Il cod. 408 (arginina) è mutato in triptofano
→ la proteina perde l’attività enzimatica (ma da sola
non basta per provocare la malattia)

Quindi: Effetti delle mutazioni:

–Assenza di proteina

–Eccesso di proteina → può generare gain of function

–Struttura alterata della proteina

–Nessun effetto

Sistemi di riparazione del DNA

Esistono sistemi di “correzione” degli errori introdotti nel DNA dalla

mutazione → sono sistemi efficienti

Ogni tipo di mutazione viene riparata da un apposito sistema.

Se la mutazione viene riparata, la malattia non si sviluppa; se la

mutazione non viene riparata o viene riparata male, la malattia si
sviluppa

SNP = Single Nucleotide Polymorphism

= PRESENZA, IN DIVERSI INDIVIDUI, DI UNA BASE DIFFERENTE IN UNA

DETERMINATA POSIZIONE GENOMICA (Polimorfismo: se la variante ha
una frequenza ≥ 1% nella popolazione)

Il polimorfismo è già presente nella popolazione, prima della replicazione → con la replicazione si avrà
trasmissione dei polimorfismi: cosa che avviene normalmente:

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(APLOTIPO = combinazione di alleli sullo stesso cromosoma)

Analisi di SNP:

Analisi di SNP → Studio di varianti note

Scoperta di SNP → Studio di varianti non note.

Fino ad ora, con le sonde, io studio qualcosa che già conosco,

una regione specifica. Mentre se io studio una variante o un
gene che non conosco è impo studiare tramite il
sequenziamento tanti individui così scopro varianti nuove.

Ricorda → * con la PCR si raggiunge un plateau perché enzimi e

reagenti si esauriscono.

PCR-BASED SNP/MUTATION DETECTION SYSTEMS

Enzimi di
restrizione
(noti > 400) →
fondamentali per
attività di clonaggio.
Per clonare un
frammento
all’interno di un
vettore (che può
essere un plasmide
dentro al batterio),
posso tagliare il plasmide, inserisco il frammento di
interesse, faccio la ligazione e il frammento di
interesse si lega al plasmide. Questo procedimento si faceva prima della pcr poi con la pcr il clonaggio è passato
di moda. È un procedimento cmq utile per altre cose.

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Risequenziamento e analisi delle mutazioni mediante microarrays di oligonucleotidi
Su cui si basa La tecnologia attuale → tipologia di analisi in cui si attaccano una serie di sonde sul supporto e poi
si va a ibridizzare con il DNA TARGET

Primer extension genotyping

=Estensione di una singola base.

La reazione si ferma nel ddossi e ci dice cosa c’è li.

Quindi se voglio usare quella posizione uso un

primer adiacente a quella posizione, se c’è una t, si
lega alla A se c’è una g si lega la c. Quel soggetto è
omozigote se c’è solo un segnale e eterozigote se ci
sono entrambi.

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Gene expression analysis
ci sono delle modificazioni genetiche che possono portare ad alterazioni dell’espressione genica.

In questo caso analisi fa riferimento a

microchip→ si hanno molti puntini e per ogni
puntino ci sono oligonucleotidi che
riconoscono determinati rna messaggeri. Se
faccio ibridazione ho tanti rna che si
attaccano in quella postazione. Ho un
soggetto da testare che ad esempio marco in
rosso.

Rna di un soggetto che voglio testare (rosso)

+ uso un reference (verde) → confronto due
soggetti.

se c’è una trascrizione equivalente io avrò un

segnale giallino mentre se il soggetto referente ha un’espressione maggiore vediamo più verde oppure al
contrario più rosso→ io confronto due segnali. Ad esempio confronto il tessuto normale e tumorale. Scala di
colori ci dice se ci riferiamo al dna test o quello di riferimento.

TAQMAN
(5’ NUCLEASE ASSAY) → Altro metodo rivoluzionario.

importante ad esempio per verificar la contaminazione di alimenti. Ad esempio gli alimenti transgenici.

Utilizzo di questa tecnica x due scopi: studiare la variabilità genetica e di espressione genica. Il saggio
5’nucleasi→ PER ESPRESSIONE GENICA → si parte da rna poi si usa la trascrittasi inversa e lo si trasforma in
cDNA e poi su questo si lavora con la PCR quantitativa. (Real time PCR)

Cos'è la PCR in tempo reale? È una tecnica per monitorare la reazione di amplificazione mentre si sta
verificando. È una tecnica basata sulla fluorescenza: l'emissione di fluorescenza è direttamente correlata alla
quantità di DNA amplificato

Perché Real Time PCR?

•Per quantificare il DNA
•Genotipizzazione (lettura dell'endpoint)

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Facendo la PCR, si ha un aumento esponenziale. Ci sono 2 fasi impo in PCR quantitativa: se si vuole valutare
espressione genica interessa l’andamento iniziale dell’amplificazione; se si vuole studiare la variabilità genica
invece ha maggior interesse la parte finale (cerchio verde).

Perché? La cosa impo è che se ho un numero di copie diverse di rna, che corrisponde a cdna, devo quantificarlo,
lo studio con pcr quantitativo → prima sale la curva della PCR, più copie abbiamo; al contrario, meno copie ci
sono più l’andamento risulta ritardato:

Sonda TAQMAN

Sfrutta il fatto che si possono legare due molecole: un

florocromo che assorbe (Q) e uno che trasmette luce (R): se si
trovano vicini niente luce, se si allontanano la sonda che emette
luce lavora e si riesce a detectare il segnale.

Si parla in questo metodo di saggio 5’ nucleasico → La PCR ha

due primer, in mezzo si attacca la sonda specifica che per
funzionare bene deve essere perfettamente complementare. A
questo punto si parte con la PCR classica: denaturazione,
accoppiamento dei primer e della sonda, poi estensione. La
polimerasi attacca nucleotidi e quando incontra la sonda la degrada anche e a quel punto si stacca anche il
Reporter che si trova attaccato alla sonda → il Reporter emette fluorescenza e si detecta:

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Se devo studiare SOLO l’espressione genica mi fermo qui → tante più copie di rna sono prodotte dalla pcr tanto
più ho segnale.

MA Se si vuole discriminare tra alleli diversi, si

utilizzano due sonde: una per allele → le due
sonde (una blu e l’altra viola) sono specifiche
per il singolo allele, se incontrano l’altro allele
si creano legami instabili. Quando attiva la
Polimerasi, la sonda si stacca perchè il legame
è instabile. Ma non viene degradata! Quindi
non ci sarà segnale! Il segnale luminoso viene
emesso solo se il legame con allele è specifico.

Quindi posso avere 3 tipi di segnali

• segnale fam → omozigote per segnale 1.

• Vic→ omozigote segnale 2
• oppure entrambe le sonde se sono eterozigoti.

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 14/05/20
[Lezione 2]

CITOGENETICA
Tecnica molto usata in passato, attualmente si usa ma in modo un po’ diverso perché si abbinano altre analisi
con risoluzione maggiore → fino ad arrivare alla citogenetica molecolare, che si basa sull’utilizzo di sonde di
DNA che colorano porzioni di cromosomi che vengono identificate in maniera specifica. La citogenetica
consente di studiare:
− Struttura dei cromosomi
− Analisi dei cromosomi; bandeggi e nomenclatura
− Anomalie numeriche dei cromosomi (poliploidie e aneuploidie)
− Delezioni
− Traslocazioni
− Inversioni
− Citogenetica molecolare (FISH, Chromosome painting, fiber FISH, Spectral karyotyping, CGH)

STRUTTRA DEI CROMOSOMI

Quando il cromosoma è ben visibile nella sua forma “classica”, significa che siamo in fase di duplicazione.

Da DNA despiralizzato si arriva a struttura molto spiralizzata, fino a arrivare a struttura molto compatta. Si ha via
via compattazione in anse sempre più strette. NB: Alla compattazione contribuiscono molto gli istoni = proteine
attorno cui il DNA si avvolge, ma hanno ruolo anche riguardo l’accessibilità del sistema di trascrizione a livello
genico → meccanismo che si lega ai meccanismi epigenetici dell’espressione genica.

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Ciclo cellulare

il ciclo cellulare è un’ordinata serie di eventi che determinano la

crescita della cellula e la sua divisione in due cellule figlie. Le
cellule che non si dividono entrano in una fase di quiescenza
(G0), finché non rientrano nel ciclo cellulare.

solo una parte minima del ciclo è DIVISIONE cellulare: la mitosi è

uno spicchio molto piccolo; l’interfase si compone di tre fasi e
comprende tutto ciò che non è propriamente divisione mitotica:
FASE G1, con sintesi RNA e proteine; fase S con sintesi DNA e
duplicazione cromosomi; fase G2 con sintesi proteine.

Alcuni cromosomi possono essere studiati in fase max di

compattazione, altri possono essere studiati anche in interfase
mediante tecniche di citogenetica molecolare.

Sia le cellule somatiche sia le cellule germinali si replicano,

rispettivamente attraverso MITOSI e MEIOSI. Mitosi: una
divisione mitotica, Nella meiosi due divisioni con formazione di
cellula aploide.

Nella meiosi è impo il doppio passaggio di divisione (nella mitosi

ho un’unica divisione mitotica) → nella meiosi NON formo una
cellula identica ma delle cellule aploidi che mi servono per
andare avanti nel ciclo vitale. Si forma quindi uno zigote, con
cellule somatiche. Da qui vi è duplicazione e poi anche
differenziamento ecc… nel differenziamento ci sono tanti geni
che sono attivati in ciascun tipo cellulare e che caratterizzano
quel determinato tipo cellulare (Dei 25'000 geni presenti nel
genoma, non sono tutti espressi contemporaneamente in una
cellula: alcuni sono espressi, alcuni vengono spenti o repressi.)

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 MITOSI: comporta la formazione di 2
cellule identiche. Si identificano fasi:
profase, prometafase, metafase, anafase,
telofase. La metafase è la fase in cui i
cromosomi si dispongono sul piano
equatoriale e in questo momento sono al
max della loro condensazione = sono molto
compatti e più facilmente visibili, a
differenza di altre fasi in cui sono più lassi

MEIOSI: differenze tra i due sessi → in termini temporali la generazione è più continua nel maschio, mentre
nella femmina c’è primo sviluppo (da
ovogonio a oocita primario), poi c’è una
prima divisione meiotica in cui si forma
l’oocita secondario (aploide) e la maturazione
finale si ha in fase di ovulazione e solo un
ovocita matura, mentre l’altro va in stop → e
questo dipende molto anche dall’età della
donna: più gli ovociti secondari sono vecchi
più è probabile che qualcosa si inceppi a
livello di meccanismo di maturazione

La fase critica nella donna è la maturazione

da ovocita secondario a ovocita maturo →
alcuni maturano, altri rimangono come
ovociti secondari e tanto più questi
rimangono vecchi più e probabile che
avvengano errori.

In meiosi si verifica CROSSING OVER (=scambio di

materiale genetico tra cromatidi non fratelli),
meccanismo importante per rimaneggiare l’assetto
cromosomico che serve per generare nuove varietà
= ciò comporta formazione differenze anche tra
fratelli, perché i frammenti dei singoli cromosomi
possono essere riarrangiati in maniera diversa! Lo
scambio avviene tra cromosomi omologhi quindi
cmq sono scambi precisi, altrimenti ciò potrebbe
generare anomalie.

Due geni se si trovano su cromosomi diversi,

vengono ereditati in modo indipendente → c’è
segregazione indipendente. Se due geni si trovano
sullo stesso cromosoma, dipende da quanto questi
geni sono distanti: pur trovandosi sullo stesso
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cromosoma possono segregare indipendentemente perché è probabile che si verifichi uno o più crossing over su
quel cromosoma: la distanza genetica e fisica di geni può portare a segregazione indipendente.

Dalla meiosi si arriva alla produzione di gameti con due divisioni meiotiche (metafase 1 e anafase 2); si ha
rimescolamento dei cromosomi = coppie materne e paterne che si mescolano:

La citogenetica si occupa dello studio dei cromosomi e delle loro anomalie. Sebbene i cromosomi fossero già
stati visibili al microscopio alla fine del 1800, solo negli anni ’50 sono state sviluppate le tecniche che hanno
incrementato l’abilità di osservare i cromosomi.

La ricostruzione del corredo cromosomico è detta CARIOTIPO: i cromosomi sono colorati e fotografati; le 22
paia di cromosomi sono quindi ordinati in ordine di lunghezza decrescente con i cromosomi sessuali nell’angolo
in basso a destra.

Il cariotipo può essere studiato da cellule del sangue: inizialmente si utilizza un inibitore quale la colchicina = un
inibitore del fuso mitotico, per arrestare le cellule in metafase quando i cromosomi sono più condensati e sono
quindi più facilmente visibili. Poi, si utilizza una soluzione ipotonica che “gonfia” le cellule, portando alla rottura
della membrana nucleare ed ad una migliore separazione dei cromosomi fra di loro. Segue l’uso di colorazioni
che crea delle caratteristiche bande lungo i cromosomi, permettendo quindi di identificarli sulla base di specifici
“pattern”. Se non vengono colorati, i cromosomi possono essere distinti in base alla lunghezza o alla forma →
ma è un aspetto molto ambiguo perché molti cromosomi si assomigliano.

La colorazione permette identificazione di bande sui cromosomi e quindi la loro classificazione in base alla
posizione del centromero. Rispetto al centromero, il braccio corto viene detto p (petite), quello lungo q (la
lettera seguente nell’alfabeto).
*CENTROMERO = regione del cromosoma in cui i due cromatidi (subunità che costituiscono il cromosoma) sono a stretto
contatto. È una porzione essenziale per la corretta segregazione
dei cromatidi durante la meiosi e la mitosi (anafase). È costituito
da DNA altamente ripetuto rappresentato da ripetizioni in
tandem di DNA satellite.

cromosomi acrocentrici → il braccio corto è praticamente

inesistente: hanno piccolissimi bracci che rappresentano il
DNA satellite, che codifica per RNA ribosomiale.

20
Esistono vari cromosomi acrocentrici; il DNA satellite è spesso in eccesso, se questo viene perso in genere si
rimane cmq in situazione compatibile con la vita

Bandeggio cromosomico
Negli anni ’70 sono state sviluppate tecniche di colorazione in grado di produrre le bande dei moderni cariotipi.
Il bandeggio cromosomico è di grande aiuto per evidenziare delezioni, duplicazioni e altre anomalie strutturali, e
per facilitare la corretta identificazione dei cromosomi.

Esistono diversi tipi di bandeggio cromosomico: bandeggio Q, R, G, C.

→ BANDEGGIO G: alternanza di bande chiare e scure, bande chiare ricche in GC (molti geni → sono le sequenze
più facilmente metilate nel DNA, quindi se c’è metilazione a
livello di un promotore, la trascrizione non avviene e il gene
viene represso) mentre bande scure ricche in AT (pochi geni).

* il telomero protegge il terminale del cromosoma → quando

la cellula si divide, ad ogni divisione cellulare il telomero si
accorcia e con l’invecchiamento cellulare i telomeri si
accorciano inevitabilmente. In questo senso il telomero è
indice di invecchiamento → ma l’età biologica (indicata dal
telomero) è influenzata anche da fattori ambientali, ad es nei
soggetti fumatori si è osservata la riduzione della lunghezza dei
telomeri.

In figura a lato un esempio di bandeggio G (sogg femminile): in

realtà non è un’operazione così scontata riuscire a riconoscere
il giusto cromosoma, tuttavia oggi con le sonde marcate con fluorocromo ciò diventa più facile.
I cromosomi vengono ordinati dall’1 al 22 in fx della loro lunghezza, poi abbiamo Y / X. Si vedono bene anche i
cromosomi acrocentrici (13, 14, 15, 21 e 22).

→ BANDEGGIO C: colora l’eterocromatina = è più condensata, ci

sono regioni a bassa attività trascrizionale (≠eucromatina):

NB→ Le braccia di un cromosoma sono suddivise in regioni

numerate dal centromero verso il telomero di ciascun braccio.
All’interno di ciascuna regione sono visibili bande e sottobande.
L’aumento di risoluzione evidenzia un numero maggiore di
bande:

21
ANOMALIE CROMOSOMICHE
Imparare a classificarle e osservare la loro frequenza; non tutte si associano a fenotipo patologico, alcune sono
compatibili con la vita o cmq con fenotipi normali!

Si distinguono anomalie cromosomiche:

− Bilanciate: nella maggioranza dei casi non sono correlate ad un fenotipo anomalo → non comportano
perdita di materiale genetico (ma possono esserci ad es traslocazioni)
− Sbilanciate: sono correlate ad un fenotipo anomalo (malformazioni e/o ritardo mentale) → può esserci
perdita o acquisizione di materiale genetico: porzioni in più o in meno di cromosoma.

Un fenotipo normale deriva da espressione genetica che comporta espressione di proteine → effetto dose
permette di mantenere quella certa quantità di proteine: fenotipo normale. Se si ha delezione di materiale
genetico si può verificare delezione di dose, con malformazioni e ritardo mentale → dipende però anche dalla
grandezza dell’anomalia

La TRASLOCAZIONE che non

comporta perdita di materiale ma
semplicemente un rimaneggiamento
dei cromosomi determina una
situazione bilanciata = il soggetto è
vivo e può non avere alcun effetto
fenotipico.

Invece, se si ha un riarrangiamento
sbilanciato → possono formarsi
cromosomi privi di centromeri: il
cromosoma senza centromero viene
perso perché non può essere
agganciato dalle fibre del fuso
mitotico; invece, il cromosoma
dicentrico viene agganciato dalle
fibre del fuso ma può spezzarsi e di
fatto risulta un cromosoma instabile

Il soggetto con traslocazione bilanciata può non avere patologia, ma produce gameti anche sbilanciati, che
comportano problemi se questo soggetto avrà dei figli (aborti ripetuti sono campanelli d’allarme perché fa
pensare che ci possa essere una anomalia bilanciata in uno dei due genitori, benchè entrambi siano sani).

Inoltre, le anomalie cromosomiche possono essere:

− ANOMALIE COSTITUZIONALI: presenti in cellule di tutto il corpo. Spermatozoo e ovulo normali,

fecondazione anomala o evento anomalo nelle prime fasi di sviluppo embrionale. QUINDI se anomalia colpisce
cellula germinale e viene ereditata dalla generazione successiva, il figlio generato avrà TUTTE le cellule che
saranno portatrici di quell’anomalia anomalia costituzionale perché tutte le cellule avranno anomalia

− ANOMALIE SOMATICHE: presenti in un piccolo sottogruppo di cellule o tessuti. Dopo tot divisioni
mitotiche possiamo avere una mutazione a carico di una cellula → tutte le cellule che derivano da questa poi
saranno mutate, mentre le altre sono normali. Si parla di MOSAICO GENETICO perché nello stesso individuo ci
sono cellule normali e cellule mutate. Diverse costituzioni cromosomiche pur derivando tutte le cellule dallo
stesso zigote. In questo caso, l’anomalia sarà tanto più grave più precocemente si sviluppa. L’estremizzazione di
questo concetto è il tumore: si sviluppa solo in una popolazione di cellule.

22
Mosaico = unico zigote che poi va incontro a mutazione somatica;
CHIMERA = due zigoti possono fondersi a dare un unico individuo.

Le anomalie cromosomiche possono essere

a) Di numero:
trisomie
monosomie
triploidie
tetraploidie → tri e tetra sono incompatibili con la vita, sempre
b) Di struttura:
Traslocazioni
Inversioni
Delezioni
Duplicazioni

ISODISOMIA = in un soggetto ci sono due coppie di cromosoma che

provengono dallo stesso genitore → In alcuni casi sono state descritte anomalie in cui i cromosomi hanno il
numero e la struttura corretti, ma manca il contributo di uno dei genitori; cioè in questo caso la coppia di
cromosomi omologhi non deriva una dal padre ed una dalla madre, ma entrambe dal padre o dalla madre

* IMPRINTING = fenomeno per cui sulla stessa coppia di geni abbiamo espressione differenziale dei geni a
seconda che il gene sia sul cromosoma materno o paterno: i due cromosomi non sono funzionalmente identici,
fisiologicamente (es un gene sul cromosoma 4 paterno non è identico al gene sul cromosoma 4 materno: uno
dei due può risultare represso, spento). Se un gene è imprintato vuol dire che è represso, spento: situazione
normale. MA Se io perdo la copia del gene attivo e ho due copie del gene spento, si tratta di una anomalia.

23
ANEUPLOIDIA
= cambiamento di numero → monomie e trisomie

CELLULE NEOPLASTICHE: aneuploidia estrema, con anomalie cromosomiche multiple

CAUSE DI ANEUPLOIDIA:

- NON-DISGIUNZIONE: incapacità di cromosomi separati di appaiarsi durante la prima divisione meiotica, o dei
cromatidi fratelli appaiati di separarsi nella seconda divisione meiotica. I due cromosomi o cromatidi congiunti
migrano ad un polo e vengono inclusi in una sola cellula figlia, mentre l’altra avrà materiale genetico in meno

- RITARDO ANAFASICO: ritardata migrazione del cromosoma durante l’anafase, conseguente perdita del
cromosoma. Mancata incorporazione di un cromosoma nel nucleo di una delle cellule figlie.

Gravità delle anomalie cromosomiche

La gravità delle anomalie cromosomiche è correlata al tipo di cromosoma e alla quantità di geni interessati.
Tanto più grave è lo sbilanciamento cromosomico (in relazione alla porzione di geni coinvolta) tanto più precoce
sarà l’interruzione di gravidanza perché più grave il fenotipo malattia.

Nei casi di anomalia bilanciata → il soggetto è normale, la situazione è compatibile con la vita ma il problema
riguarda la sua discendenza perché il problema riguarda la generazione dei suoi gameti:

→ dopo replicazione, si formano gameti:

a) completamente normali → due cromosomi interi → normalità

b) bilanciati → compatibile con la vita = il nascituro sarà come il genitore
c) situazione sbilanciata 1 → parziale trisomia per il pezzo grigio e parziale monosomia per il pezzo rosa
d) situazione sbilanciata 2

→ Nelle due situazioni sbilanciate gli zigoti avranno anomalie cromosomiche: 50% di situazioni gravi, anche
incompatibili con la vita. Nel restante 50% dei casi la situazione è compatibile con la vita

24
TRASLOCAZIONE ROBERTSONIANA
La traslocazione robertsoniana riguarda i cromosomi
acrocentrici con perdita di una porzione di DNA
satellite: in questo caso il soggetto è cmq bilanciato,
quello che si è perso è solo il dna satellite che è
ridondante, non porta ad anomalie.

→ in casi di traslocazione robertsonina bilanciata i gameti possono essere:

a) normali → genera zigote normale

b) bilanciato → genera zigoti bilanciati
c) 4 situazioni di gameti non bilanciati → con generazione di 4 zigoti non bilanciati

→ rapporto anomalie sbilanciate:bilanciate= 2:1

Frequenza delle anomalie cromosomiche

La frequenza delle anomalie cromosomiche è:

• Direttamente correlata con l’età materna → per la maturazione dei gameti nella femmina.

• Inversamente correlata con l’epoca gestazionale → le anomalie più gravi si verificano nei primi mesi di
gestazione; superati i primi 3 mesi critici di gravidanza, l’anomalia dopo sarà meno grave

NON DISGIUNZIONE

A livello di prima divisione meiotica → Si formano gameti con

coppia di cromosomi, quando invece il gamete dovrebbe essere
APLOIDE per quel cromosoma → si genera un individuo con
trisomia

25
Una disgiunzione A livello di seconda divisione meiotica → un gamete ha 2 cromosomi (→trisomia), l’altro 0 (→
monosomia):

Cosa influenza la non disgiunzione: età materna → più la donna è vecchia, più è probabile. La non disgiunzione è
più frequente nella 1° meiosi materna.

La frequenza delle anomalie cromosomiche alla nascita è 0.65%:

Trisomie: 21 → 0,12% dei nati (cioè 1 su 833)

18 → 0,013%
13 → 0,04%
Le trisomie sono in genere compatibili con la vita. La trisomia 21 può portare a soggetti che sopravvivono anche
ad età avanzata. Mentre 18 e 13 sono molto più gravi e i soggetti muoiono poco dopo la nascita o cmq
sopravvivono poco.

Monosomie → l’unica compatibile con la vita è associata a cromosomi sessuali: 45, X = Sindrome di Turner →
frequenza 0,024%

Traslocazioni bilanciate → 0,2% della popolazione = 1 su 500

Traslocazioni sbilanciate → 0,05%.

ANEUPLOIDIE PIÙ FREQUENTI ALLA NASCITA: Turner, Down, trisomie del 18 e del 13.

➢ TRISOMIA 21 = SINDROME DI DOWN

1:800 nati vivi

Soggetti con Fisionomia particolare, problemi ad organi interni in

particolare cardiaci + ritardo mentale (da moderato a grave) →
eterogeneità dei sintomi può essere legata a mosaicismo

In relazione all’età materna, frequenza

dell’anomalia → Dai 30 anni in poi aumenta la
frequenza: la trisomia libera è legata
all’aumento dell’età materna;

in traslocazione abbiamo due cromosomi 21

normali ma può esserci un terzo cromosoma
21 derivato da traslocazione su cromosoma
acrocentrico (14) → la traslocazione può essere bilanciata o sbilanciata quindi in un caso avere malattia,
nell’altro no.

Possono verificarsi aborti legati alla formazione di anomalie → gli aborti sono più frequenti nel primo trimestre,
a indicare che l’anomalia è molto grave. Solo il 25% dei concepiti arriva alla nascita.
26
 ➢ TRISOMIA 18 = SINDROME DI EDWARDS
1:6'000 nati vivi

Gravi anomalie, ritardo mentale, malformazioni cardiache e

difficoltà nella crescita.

➢ TRISOMIA 13 = SINDROME DI PATAU

1:10'000 nati vivi

Malformazioni oro facciali, microftalmia, polidattilia postassiale

POLIPLOIDIE
1-3% delle gravidanze riconosciute sono triploidi. Le triploidie sono generalmente letali e raramente
sopravvivono alla nascita. Le tetraploide sono ancora più rare e sempre fatali.

Incompatibile sicuramente con la vita se riguarda lo zigote: si tratta di avere un intero corredo cromosomico
aggiuntivo; se riguarda le cellule differenziate può essere
compatibile con la vita.

TRIPLOIDIA: si verifica quando c’è una doppia

fecondazione di un ovulo. Il risultato può essere: 69, XXX
oppure 69, XXY oppure 69, XYY.

TETRAPOLIDIA in genere si genera per duplicazione del

corredo non seguita da divisione mitotica. Alcune cellule
somatiche sono poliploidi, senza che questo sia un
problema per la vita: es epatociti, cardiomiociti,
megacariociti (=precursori delle piastrine)

Queste sono però eccezioni, se la poliploidia riguarda lo

zigote può comportare aborto o nei casi più gravi si
comporta come se fosse un tumore diventando pericolosa
per la vita della donna.

➢ SINDROME DI TURNER (45X,0)

Compatibile con la vita. Caratterizzata da:
o bassa statura
o pterigio del collo
o torace a scudo
o gomito valgo
o mammelle iposviluppate e alterazioni ovariche (dopo la pubertà, le ovaie dovrebbero svilupparsi in
organi ovoidali di 3 to 5 cm, mentre le ovaie a “striscia” sono tipiche della sindrome di Turner)

Sui cromosomi sex ci sono regioni definite “pseudoautosomiche” = presentano omologie sui cromosomi X e Y:
su queste regioni si possono verificare anche episodi di crossing over. Esiste il fenomeno dell’inattivazione del X
= nelle donne ci sono due cromosomi X: uno deve essere inattivato perché anche 1 singolo gene in più può

27
causare malattia, figurarsi un intero cromosoma = si verificherebbe sbilanciamento di dose. Per cui una X viene
inattivata diventando il corpo di Barr = meccanismo fisiologico.

Se una X nella donna viene inattivata, è come se fosse X0 → ma in realtà non è completamente inattivato
perché la regione pseudoautosomica del X inattivato non viene completamente inattivata! Quindi la vera
patologia si ha quando l’intero X viene disattivato e quindi si ha X0 = Sindrome di Turner

➢ SINDROME DI KLINEFELTER
2 X e 1 Y → MA due X completamente attivi non
possono coesistere, quindi uno viene disattivato.
Tuttavia non è una situazione fisiologica perché
comunque anche nella X inattivata rimane un pezzettino
attivo

La sindrome comporta:
o ginecomastia
o sproporzione degli arti
o ipogonadismo
o problemi di comportamento.

Frequenza delle anomalie cromosomiche negli aborti spontanei:

su 8841 aborti spontanei del primo trimestre 3613 (40.87%) presentano anomalie cromosomiche:
- trisomie autosomi → 52%
- 45,X → 19%
- poliploidie (triploidie 16%) → 22%
- riarrangiamenti strutturali → 7%.

Le anomalie cromosomiche sono normalmente presenti in una percentuale di gameti maturi. Queste anomalie
originano per nuova mutazione nella gametogenesi di soggetti a corredo cromosomico normale.

Circa il 10% degli spermatozoi di maschi fertili presenta anomalie cromosomiche, di cui il 45% anomalie
numeriche e il 55% anomalie strutturali → Ma in realtà poi subentrano meccanismi di selezione tali per cui quel
10% non arriva nemmeno a fecondare.

Invece, circa il 25% degli ovociti presenta anomalie cromosomiche (prevalentemente aneuploidie).

È possibile fare l’ANALISI CROMOSOMICA = Studio dell’assetto cromosomico fetale su villo coriale, liquido
amniotico e sangue fetale. Tempi di risposta variano in relazione al materiale analizzato (1-3 settimane).

28
La CITOGENETICA CLASSICA:

-Permette di identificare riarrangiamenti cromosomici coinvolgenti non meno di 5 Mb = identifica le bande;

invece, la CITOGENETICA MOLECOLARE:

-Permette un’analisi mirata di una regione cromosomica consentendo di mettere in evidenza riarrangiamenti
di alcune centinaia di chilobasi = identifica regioni di interesse nei cromosomi → così le diagnosi diventano
molto più semplici (es trisomie facilmente identificabili per la presenza di 3 segnali dello stesso colore)

Il vantaggio di usare le sonde inoltre è quello di poter

studiare i cromosomi anche nella fase rilassata →
FISH (=Fluorescence in situ hybridization) è una
tecnica di ibridazione che permette, dopo fissazione di
metafasi e nuclei in interfase su vetrino, di identificare
sequenze specifiche negli acidi nucleici. Tale
identificazione avviene mediante sonde marcate in
maniera non isotopica, impiegando fluorocromi che
emettono a diverse lunghezze d’onda.

La Fiber-FISH può risolvere due loci sul DNA separati

da poche migliaia di basi. In un singolo esperimento si
può studiare una regione di circa 2 Mb. La Fiber-FISH è
stata usata in molti esperimenti di mappatura, per studiare elementi ripetuti duplicazioni geniche), per stimare
la grandezza di gap di sequenza, e per mappare cloni di DNA.

Tecnica CGH (=Comparative genome hybridization) permette di

mettere in evidenza anomalie su regioni specifiche di
cromosomi → visualizzare velocemente se ci sono delezioni o
duplicazioni a livello dei cromosomi, quasi sempre poi associate
a evidenze a livello fenotipico.

Si utilizza il DNA di un soggetto di controllo e di un probando,

marcati uno con un fluorocromo verde, l’altro con un
fluorocromo rosso.

I due DNA vengono mescolati e usati come sonde di ibridazione

su un vetrino con metafasi cromosomiche.

Utilizzando un microscopio a fluorescenza confocale, ed un

analizzatore di immagine, è possibile ricostruire il pattern di
verde/rosso lungo ciascun cromosoma.

Il rapporto atteso tra i due colori è 1:1 se non vi sono delezioni

o duplicazioni.

Se è presente una delezione o una duplicazione il rapporto tra i colori si sposta (verso il verde o verso il rosso).
Questa tecnica ha una risoluzione di circa 3 Mb

29
 [Lezione 3]

MALATTIE MENDELIANE
La maggior parte delle malattie mendeliane ha insorgenza piuttosto precoce → circa il 25% di tutti i pazienti in
età pediatrica manifestano problemi associati a malattie genetiche ereditarie.

Alcune malattie genetiche sia mendeliane sia complesso hanno esordio tardivo, per esempio il morbo di
Alzheimer, la malattia di Huntington. Inoltre, alcune malattie genetiche sono molto più frequenti in alcune
popolazioni (per esempio: la fibrosi cistica tra gli Europei, l’anemia falciforme nel Mediterraneo ed in Africa, il
Tay-Sachs negli Ebrei askenaziti)

TERMINOLOGIA

Locus = posizione di un gene su un cromosoma (es. sex determining gene, gene SRY → SRY si trova sul
cromosoma Y nella posizione p11)

Alleli = forme alternative di un gene → es. nel gene della beta globina, il codone -tripletta dinucleotidi- che
codifica per il sesto aminoacido:
Allele normale A .……………...GAG..... (acido glutammico)
Allele della cellula falcemica S .….GTG..... (valina) mutazione
Allele “cristallino” C .………………AAG..... (lisina) mutazione

Omozigote = porta 2 alleli identici ad un locus, bA bA o bS bS

Eterozigote =porta 2 alleli differenti ad un locus, bA bS

Eterozigote composto = porta 2 alleli non normali (2 mutazioni diverse) ad un locus, bSbC = ha due mutazioni
diverse nello stesso locus

Portatore (sano) = eterozigote asintomatico

Probando (Propositus) = l’individuo affetto attraverso il quale la famiglia di cui fa parte viene portata all’esame
→è il primo sogg di una famiglia che si rivolge al medico per problematica genetica

Genotipo = costituzione genetica di un individuo, nella sua totalità o riferita ad un gene specifico, per es. anemia
falciforme, bS bS

Fenotipo = caratteristica osservabile di un individuo, o di una cellula → Il fenotipo è legato a uno o più genotipi
→ il genotipo influenza il fenotipo. Alcuni fenotipi derivano da interazione tra geni e ambiente.

TRASMISSIONE EREDITARIA DEI CARATTERI MENDELIANI:

Dominante = ogni tratto o carattere che si esprima nell’ eterozigote, cioè, nel caso di malattia, in cui sia
sufficiente una sola copia del gene difettoso per esprimere il fenotipo affetto

Recessivo = ogni tratto o carattere che si esprima solo nell’ omozigote, cioè, nel caso di malattia, in cui
entrambe le copie del gene difettoso devono essere presenti per esprimere un fenotipo affetto

Codominante = nel caso in cui lo stato eterozigote esprima un fenotipo distinto da quello dei due stati
omozigoti, per es. gruppi sanguigni, enzimi eritrocitari, etc.

I fenotipi possono essere analizzati e misurati a differenti livelli. In molte malattie metaboliche gli eterozigoti
sono sani (trasmissione recessiva), ma l’enzima responsabile della malattia può manifestarsi nel siero con livelli
di concentrazione intermedi rispetto a quelli dei due stati omozigoti

30
MALATTIE EREDITARIE DOMINANTI
- APLOINSUFFICIENZA = se una copia di un gene è inattiva a causa di una mutazione, ne rimane una sola
attiva: una sola copia aploide è attiva, ma questa non è sufficiente (l’altra copia non è attiva) = La riduzione di
una copia del gene (50% ) è dannosa
→ es ipercolesterolemia legata a mutazione R-LDL: genera una diminuzione dei livelli di recettore da cui
circa il doppio di colesterolo in circolo -> rischio maggiore di patologie cardiovascolari

- MUTAZIONI CHE INDUCONO ECCESSO DI FUNZIONE: la mutazione produce sovra espressione (nella
maggior parte dei casi) di una proteina
→ es in malattia di Charcot-Marie-Tooth abbiamo 3 copie di un gene = sbilanciamento della dose con
eccesso di funzione che diventa negativo.

- MUTAZIONI DOMINANTI NEGATIVE: Mutazioni che generano un prodotto proteico che non solo non
funziona, ma anche inibisce o interferisce con la funzione delle proteine normali, tipicamente proteine
multimeriche → il problema è che una proteina mutata in un complesso multimerico crea problemi all’intero
complesso
→ es osteogenesis imperfecta.

MALATTIE EREDITARIE RECESSIVE

Entrambe le copie devono essere mutate → una copia sola è sufficiente a mantenere un fenotipo normale; con
due copie mutate si ricade in patologia.

- MUTAZIONI CHE INDUCONO PERDITA DI FUNZIONE:

Gli eterozigoti (portatori) sono normali, una riduzione del prodotto proteico del 50% viene tollerato se il
rimanente 50% è sufficiente per una funzione normale → Esempio: tratto falcemico, bA bS

Gli omozigoti sono affetti perché non viene prodotta proteina o quella che è prodotta non funziona
normalmente → Esempio: anemia falciforme, bS bS

EREDITÀ AUTOSOMICA DOMINANTE

Un individuo affetto ha comunemente almeno un genitore affetto, ma vi sono eccezioni

Si manifesta in uguale misura nei due sessi, cioè la trasmissione non dipende dal sesso (ma vi sono eccezioni).
Un figlio di una persona affetta e di una persona non affetta ha il 50% di probabilità di essere affetto.

Individui non affetti non trasmettono la malattia

31
EREDITÀ AUTOSOMICA RECESSIVA
Gli individui affetti sono omozigoti.

Nella maggior parte dei casi, entrambi i genitori sono portatori sani → in media, 1 su 4 figli è affetto (25% di
probabilità di avere figlio affetto e 50% di avere figli portatori)

La trasmissione non dipende dal sesso, ma matrimoni tra individui affetti e non affetti genera solo figli
eterozigoti sani (portatori) a meno che il partner non affetto sia eterozigote

Più è rara la malattia, più è probabile che l’individuo affetto sia figlio di genitori consanguinei tra di loro.

NB→ per le malattie recessive è molto impo considerare la consanguineità

EREDITÀ X LINKED RECESSIVA

Individui maschi più affetti → più affetti perché la donna può
essere portatrice, mentre il maschio non può essere portatore ma
sarà per forza malato

La donna può trasmettere sia la X mutata sia la X sana → in media

il 50% dei maschi di una fratria è affetto.

I maschi affetti sono comunemente nati da genitori sani → la

malattia viene ereditata dalla madre che è portatrice sana
(eterozigote) e può avere parenti maschi affetti. Le femmine
portatrici sono fenotipicamente normali (asintomatiche) → in
media, 1 su 4 figli è affetto

NON può esserci trasmissione padre-figlio maschio, MA un matrimonio di un maschio affetto con una femmina
portatrice può simulare una trasmissione da maschio a maschio

EREDITÀ X LINKED DOMINANTE (rara)

Più frequente nel sesso F (frequenza doppia)

Certe malattie sono letali nel maschio emizigote; le femmine sono spesso affette più lievemente e con più
variabilità dei maschi → questo dovuto all’inattivazione del cromosoma X, che è meccanismo casuale, quindi
nelle donne può essere inattivato sia X mutato sia X normale: se viene inattivato X mutato sarà un fenotipo più
lieve rispetto al maschio con X mutato.

Padri affetti possono avere solo figlie femmine affette ma non figli maschi affetti = NO trasmissione maschio-
maschio.

In media il 50% di tutti i figli di una madre affetta saranno affetti.

EREDITÀ Y-LINKED (rara)

Solo gli individui maschi sono affetti

Trasmissione diretta da padre a figlio → cromosoma Y. I figli maschi affetti avranno sempre un padre affetto, a
meno che sia insorta una nuova mutazione

per esempio nei geni che inducono la differenziazione di un embrione in un maschio, che esprimono fattori
spermatogenetici, gli antigeni minori dell’istocompatibilità (HY).

32
Età di comparsa di alcune malattie genetiche

Malattia congenita = è presente alla nascita, ma non è detto che

abbia origine genetica (es infezione virale in gravidanza che
comporta sordità congenita del nascituro)

≠ Malattia genetica = ereditaria

Con l’avanzare dell’età si riduce la prevalenza delle malattie

mendeliane che si manifestano alla nascita o nei primi anni, mentre
le malattie complesse si manifestano più avanti

Variabilità di trasmissione ed espressione genica

✓ PENETRANZA

= frequenza (probabilità) che un genotipo esprima il fenotipo (clinico)

→alcuni fattori rendono però la penetranza incompleta: la penetranza incompleta di un carattere si manifesta
in una proporzione di figli affetti minore di quella attesa dalle proporzioni mendeliane (comunemente il 50% e
25% nei casi di caratteri autosomici rispettivamente dominanti e recessivi). Molte malattie autosomiche
dominanti sono a penetranza incompleta: vengono all’osservazione come fenotipi che saltano una generazione

La penetranza si esprime come una percentuale o una frazione di uno: Es. su 100 soggetti con la mutazione, 80
sono malati = la penetranza è dell’80%

→ Esempio: la sindrome dell’X Fragile ha una penetranza del 80% (8 su 10 con il genotipo della malattia
esprimono il fenotipo)

Penetranza: percentuale di individui che esprimono a livello fenotipico, un carattere determinato da un gene;
Penetranza completa (100%) quando il fenotipo si esprime ogni volta che è presente il corrispondente
genotipo;
Penetranza incompleta o ridotta quando il fenotipo può non esprimersi negli individui portatori del gene.

Problemi derivanti da penetranza incompleta:

1. determinazione del tipo di trasmissione ereditaria
2. consulenza ai membri fenotipicamente normali di famiglie affette → non siamo sicuri che i soggetti siano
normali perché non hanno la mutazione o perché non la esprimono.

✓ ESPRESSIVITÀ

= gradi diversi di gravità del fenotipo, a parità di genotipo.

Individui differenti, pur avendo lo stesso genotipo, possono essere affetti in misura più o meno grave

→Esempio: la sindrome di Marfan si manifesta con un ampio spettro di gravità clinica.

33
✓ PLEIOTROPIA

= un gene si manifesta in una varietà di effetti fenotipici → anomalie morfologiche, biochimiche, fisiologiche, o
cliniche multiple

→Esempio: la sindrome di Marfan si manifesta con difetti a carico dello scheletro, del cuore e degli occhi

✓ ETEROGENEITÀ GENICA

= stessa malattia (=stesso fenotipo) provocata da mutazioni in geni diversi. mutazioni in geni che codificano per
diverse unità o subunità di una proteina, o per proteine che interagiscono con altre proteine, o che agiscono a
stadi diversi di un processo metabolico

→ Es. Osteogenesis Imperfecta (OI): la tripla elica del collagene di tipo I è formata da 2 catene alfa1
(codificate sul cromosoma 17) and 1 catena alfa2 (codificata sul cromosoma 7). Mutazioni nei geni che
modificano la produzione o la struttura di queste catene danno luogo a diversi tipi clinici di OI.

✓ ETEROGENEITÀ ALLELICA

= lo stesso fenotipo causato da mutazioni diverse nello stesso gene (esistono mutazioni diverse nello stesso
gene). comune perché molte malattie sono causate da mutazioni che inducono una perdita di funzione (ogni
mutazione che impedisce la produzione o la funzione del prodotto genico)

→Esempi: ipercolesterolemia famigliare → varie mutazioni a livello del gene del recettore LDL
provocano la perdita di recettori funzionali con conseguente accumulo di colesterolo;
beta talassemia → a produrre questo fenotipo sono molte mutazioni diverse nel gene della beta-
globina.

Analisi di alberi genealogici

(sx) Più individui malati per ogni generazione, sia maschi sia femmine = tipico quadro di malattia autosomica
dominante → trasmissione verticale cioè generazioni successive con individui affetti

(dx) All’interno di una stessa generazione ci sono individui malati e individui sani → presenza di salti
generazionali: Trasmissione orizzontale, cioè presenza di molti individui affetti all’interno di una generazione,
ma pochi nella generazione precedente o successiva (salto di una generazione); inoltre, trasmissione ereditaria
RECESSIVA

• Rapporto maschi affetti su femmine affette:

– più maschi affetti nelle malattie recessive X-linked
– solo maschi affetti nelle malattie Y-linked

• Dall’individuo affetto si esamini l’albero verso le generazioni precedenti e seguenti:

– femmine non affette che trasmettono la malattia al 50% dei maschi, sono probabili portatori: la trasmissione è
verosimilmente X-linked recessiva
34
– maschi affetti che trasmettono la malattia a tutte le figlie femmine: la trasmissione è verosimilmente X-linked
dominante
– maschi che trasmettono la malattia a tutti i figli maschi e non alle figlie femmine: la trasmissione è
verosimilmente Y-linked.

Analisi di alberi genealogici: EREDITÀ AUTOSOMICA DOMINANTE:

– se un genitore è affetto, in media il 50% dei figli sarà affetto

– se la penetranza del carattere è completa (100%), i figli di genitori non affetti non sono a rischio di essere
affetti

– se un individuo affetto non ha genitori affetti e la penetranza del carattere è completa, l’individuo ha una
nuova mutazione, i suoi figli avranno un rischio del 50% di essere affetti se la mutazione è nella linea germinale,
ma i figli successivi avranno un basso rischio di ricorrenza

– gli individui affetti sono generalmente eterozigoti, in quanto gli omozigoti affetti sono molto più rari

→ Se un genitore è normale (bb) e l’altro è affetto (Bb) da una malattia autosomica

dominante, il 50% dei figli sarà eterozigote affetto (Bb), ed il 50% sarà omozigote
normale (bb).

Nelle malattie autosomiche dominanti, la lettera maiuscola indica il gene che dà la

malattia: un solo gene dannoso dà origine al fenotipo affetto.

Qual è la probabilità di avere un figlio affetto se entrambi i genitori sono affetti da

una malattia autosomica dominante ed entrambi eterozigoti?

→ Se entrambi i genitori sono affetti (Bb) da una malattia autosomica dominante,

allora il 75% dei figli sarà affetto (BB or Bb), e il 25% sarà omozigote normale (bb).

Nota: è raro che un individuo affetto da una malattia autosomica dominante sia
omozigote per il gene che dà la malattia.

Analisi di alberi genealogici: EREDITÀ AUTOSOMICA RECESSIVA:

– genitori e figli degli individui affetti sono portatori OBBLIGATI

– il rischio di essere un portatore si divide per 2 ad ogni generazione (seguente e precedente quella del
portatore accertato)

– la maggior parte degli omozigoti affetti sono figli di matrimoni tra due individui portatori (eterozigoti) che
generano figli: 1/4 affetti, 2/4 portatori, 1/4 omozigoti normali

– i fratelli non affetti hanno una probabilità di 2/3 di essere portatori (1 omozigote normale + 2 portatori =3 non
affetti)

– le nuove mutazioni sono rare

– se la malattia è rara, si può assumere che le persone al di fuori della famiglia siano omozigoti normali, o si può
usare la frequenza dei portatori nella popolazione.

35
 → Se un genitore è normale (AA) e l’altro è portatore (Aa), allora il 50% in media
dei figli sarà omozigote normale (AA), e l’altro 50% sarà portatore eterozigote non
affetto (Aa). Non vi sono figli affetti.

Nel caso di malattie autosomiche recessive, le lettere minuscole stanno ad

indicare i geni che in omozigosi danno la malattia, perché entrambi i geni devono
essere mutati perché si osservi il fenotipo patologico.

Qual è la probabilità di avere un figlio affetto se entrambi i genitori sono portatori?

→ Se entrambi i genitori sono portatori sani (Aa), il 25% in media dei figli sarà
omozigote normale (AA), il 50% sarà eterozigote non affetto (Aa) e il 25% sarà
omozigote affetto (aa).

→ Se un genitore è un portatore sano (Aa) e l’altro è affetto (aa), allora il 50% in

media dei figli sarà eterozigote non affetto (Aa), e l’altro 50% sarà omozigote affetto
(aa).

20/05/20

Calcolare la probabilità di essere portatori di una

malattia autosomica recessiva →la condizione più
probabile è che due eterozigoti si incrocino, in questo
caso avremo: 25% dei sogg malati, 25% sani, 50%
invece portatori.

Tuttavia, volendo fare Analisi di probabilità più

corretta: volendo calcolare la probabilità di essere
portatore, supponendo che se è portatore significa
che è sano, si può escludere la possibilità che il
soggetto sia malato: si tratta solo di capire a questo
punto di capire se è sano perché wild type o sano
perché portatore → a quel punto le probabilità sono 3
e non 4 (perché è stata esclusa la possibilità che sia malato): 2/3 probabilità che sia eterozigote e 1/3 che sia sia
sano.

Se a questo punto si analizza un soggetto che apparentemente è sano e suo fratello malato di una malattia AR,
la probabilità che il soggetto sia portatore è di 2/3.

Analisi di alberi genealogici: MALATTIA AUTOSOMICA RECESSIVA (studia bene!)

Qual è la probabilità di un figlio affetto se entrambi i genitori sono normali? → se il figlio è malto e entrambi i
genitori sono sani, i genitori saranno portatori. Quindi la probabilità in questo caso è 1/4.

MA Se la frequenza dei portatori sani nella popolazione è il 2% (2/100 or 1/50), quale è la probabilità che nasca
un figlio malato dall’unione riportata nella figura sottostante? (dove c’è il punto di domanda)

si osserva come il partner maschile della coppia ha una sorella malata,

ciò significa che i loro genitori sono necessariamente portatori obbligati.
Perciò se lui è sano, potrebbe essere anche portatore. Bisogna calcolare
la probabilità che lui abbia la mutazione → la probabilità in questo caso

36
è di 2/3 (vedi sopra) = probabilità di avere una mutazione, però essendo recessiva lui è sano.

La partner dell’individuo non è nota, tuttavia si sa che la frequenza dei portatori sani nella popolazione è il 2%
(2/100 or 1/50)

Quindi la probabilità si calcola come incrocio tra i due individui: un portatore nella popolazione generale (1/50)
e il padre portatore (2/3) = probabilità che i due individui con questo assetto genotipico si incrocino. A questo si
aggiunge però anche la probabilità che il filgio nasca malato = questa probabilità è 1/4 (ragiona seguendo
quadrato di Punnet: due portatori che si incrocino → analisi prenatale)

→ quindi la probabilità finale è: 2/3 x 1/50 x 1/4 = 1/300.

Invece, Supponendo di sapere per certo che entrambi i futuri genitori sono portatori eterozigoti (100% = 1) → in
questo caso la probabilità si modifica → 1 x 1 x 1/4 = 1/4 (come risulta da Punnet).

In quest’altro caso: che probabilità ha l’individuo che sta per nascere di essere eterozigote?

→Partendo da
probabilità generale
secondo Punnet: la
probabilità è di ½ (1/4 +
1/4). Questo calcolo si fa
anche in caso di
consulenza prenatale
(senza che ci siano altri figli).

MA osservando il pedegree specifico della famiglia (si va oltre la probabilità generale perché si calcola la
probabilità considerando il fatto che c’è già un figlio): si osserva come la sorella sia malata e i genitori eterozigoti
→ in questo caso allora escludo la possibilità che il nascituro sia malato

Se il primo figlio dagli stessi genitori fosse SANO, questo potrebbe essere sano oppure portatore pure lui.

Sempre in caso di malattia autosomica recessiva, Qual è la probabilità di essere affetto per un figlio di genitore
affetto: trattandosi di malattia AR, Se il genitore è affetto vuol dire che ha entrmabi gli alleli mutati → allora
sicuramente trasmette l’allele mutato (probabilità = 100%), pertanto la probabilità del figlio di essere malato
dipende dall’altro genitore e immaginando ce il genitore sia portatore la probabilità risulta: 1/50 x 1/2 = 1/100

37
 Qual è la probabilità di essere affetto per un figlio di entrambi i genitori
affetti → 100%

Eccetto che nei casi di eterogeneità genetica, in cui il figlio può essere un
doppio eterozigote non affetto → come nel caso della sordità: in questo
caso, essendo due loci coinvolti (A e B), nascono tutti soggetti eterozigoti
= sani!

→ Un genitore è sordo a causa del gene mutato a (genotipo aa, BB), l’altro genitore è sordo a causa del gene
mutato b (genotipo AA, bb).

Analisi di alberi genealogici: EREDITÀ X-LINKED RECESSIVA

Il gene che dà la malattia è trasmesso dal cromosoma X: dalle madri passa ai figli maschi e alle figlie, e dai padri
alle figlie ma non ai figli maschi

– i maschi non affetti non hanno il gene che dà la malattia (non possono essere portatori)

– la madre di un figlio maschio affetto è portatore obbligato (→ perché eredita la X per forza di cose dalla
madre), a meno che il figlio abbia una nuova mutazione (mutazioni de novo = i genitori sono sani e a un certo
punto la mutazione in qualche modo colpisce il figlio, ma la mutazione è nuova, non c’era nei genitori)

– mutazioni nuove (“de novo”) sono comune per molte malattie recessive X- linked

– tutte le figlie di un padre affetto (X mutata, Y) sono portatrici → il padre affetto trasmette per forza la X alle
figlie (altrimenti sarebbero maschi), quindi le figlie per forza sono portatrici (se la madre è sana); lo stesso vale
per il 50% delle figlie di una madre portatrice (X mutata, X): sono portatrici

– discendendo di generazione in generazione nell’albero genealogico sulla linea femminile, il rischio di essere
portatrice si dimezza ad ogni generazione.

normale (XHY) x portatrice sana (XHXh):

50% femmine, normali

50% femmine, portatrici
50% maschi, normali
50% maschi, affetti

Qual è la probabilità di generare un figlio maschio affetto se il padre è affetto? → non ci sono figli maschi affetti,
perché la trasmissione è X-linked.

→ Dal primo albero si esclude la trasmissione Y-linked perché non c’è mai la trasmissione maschio-maschio.

38
Caratteristiche:

• il carattere si manifesta prevalentemente nei maschi

• viene trasmesso attraverso le femmine
• le femmine possono manifestarlo solo in omozigosi
• tutti i figli maschi di un maschio affetto non
manifestano il carattere

NB→ Il padre affetto genera tutte femmine portatrici,

mentre i maschi saranno sani (4 generazione)

EREDITÀ X-LINKED DOMINANTE

Ci sono più donne affette, in generale → B grande dominante: sia maschio sia donna affetti.

→ normali (XbY) x affette (XbXB)

50% femmine, normali

50% femmine, affette
50% maschi, normali
50% maschi, affetti

→ Caso particolare: padre affetto, per ogni X dominante genera tutte figlie
affette

affetti (XBY) x normali (XbXb)

100% femmine, affette
100% maschi, normali

L’inattivazione dell’X mutato non evita la malattia: le donne saranno cmq malate, ma il fenotipo sarà più lieve
del maschio. Più X mutata viene inattivata meno sarà grave il fenotipo della donna.

Caratteristiche:

• si manifesta in maschi e femmine con un eccesso di femmine

• tutte le figlie di un maschio affetto manifestano il carattere.
• tutti i figli maschi di un maschio affetto non manifestano il carattere
• da femmine affette possono nascere sia maschi che femmine affette

Padre affetto per x linked dominante genera tutte le figlie affette. (in questo caso un’inattivazione del x mutato
non evita la malattia perché nella dominanza si fa sentire di più. Il fenotipo è cmq molto più leggero rispetto a
quello del maschio perché ci sono 2 X, una mutata e una normale. Se X mutata viene inattivata, sarà ancora
39
meno grave il fenotipo della donna. (Mentre se il maschio è x linked dominante→ fenotipo più grave perché ha
solo 1 x)

EREDITÀ Y-LINKED DOMINANTE

→ affetti (X Y) x normali (X X)
100% femmine, normali
100% maschi, affetti

= passa solo dal ramo maschile

→ Eccezione: questo sembra Y linked, ma in

realtà si tratta di TRASMISSIONE
AUTOSOMICA DOMINANTE CON
ESPRESSIONE LIMITATA AL SESSO MASCHILE
→ es. pubertà precoce.

La prima cosa che fa sospettare che non si

tratta di Y linked è che c’è salto generazionale, perché se fosse Y linked dovrebbe essere trasmessa sempre da
padre a figlio maschio → penetranza incompleta (x salto generazionale).

È dominante (autosomica) nel sesso maschile, mentre nel sesso femminile non si manifesta.

40
ESEMPI DI MALATTIE MENDELIANE
a. LOSS OF FUNCTION
= "perdita di funzione" → quando la proteina mutata non è più in grado di svolgere la sua funzione normale →
può essere legata a cambiamento di fx o a mancanza di sintesi di proteina per mancata sintesi di RNA.

La maggior parte delle malattie ereditarie umane deriva dalla perdita della funzione che la proteina svolgeva.

→ LA PERDITA DI FUNZIONE PUO’ CARATTERIZZARE SIA MALATTIE DOMINANTI CHE RECESSIVE

IPERCOLESTEROLEMIA FAMIGLIARE
- Autosomica dominante; Fq= 1/500, causa aploinsufficienza.

gli individui affetti presentano elevati livelli sierici di colesterolo legato alle lipoproteine a bassa densità (LDL)

Difetti nel R-LDL o a carico di APO-B.

In tutte le cellule il colesterolo è necessario per la sintesi di nuove membrane; in cellule specializzate è il
precursore di composti importanti:

− surrene → ormoni corticosteroidei

− gonadi → ormoni sessuali
− fegato → acidi biliari.

Con l’aumento del colesterolo nel plasma, la cellula aumenta l’espressione del gene LDLR, inviando più recettori
in membrana. Questo provoca l’abbassamento del tasso di colesterolo nel sangue ed un aumento di colesterolo
nella cellula. Quando la cellula ha immagazzinato al suo interno una sufficiente quantità di colesterolo, la
produzione di recettori diminuisce con conseguente aumento del tasso di colesterolo nel sangue.

41
NB: il recettore è una proteina transmembrana, quindi può essere mutata a vari livelli

In caso di accumulo di colesterolo in circolo invece, questo si accumula a livello dei vasi, in particolare in
corrispondenza delle sue ramificazioni. si formano cellule schiumose, in corrispondenza delle quali si possono
anche formare coaguli e trombi –> In soggetti con ipercolesterolemia famigliare i livelli di col sono molto elevati

Ci sono serie di domini all’interno della molecola del R-LDL che possono risultare alterati (gli esoni in figura sono
rappresentati in rosso):

Albero dell’ipercolesterolemia famigliare:

Si osserva che:
− Non c’è salto generazionale = ciascun individuo affetto ha un
genitore affetto → si tratta infatti di una patologia dominante,
autosomica perché colpisce entrambi i sessi.
− da individui affetti possono nascere figli sia con sia senza il
carattere (=malattia)
− viene trasmesso indipendentemente dal sesso
− da coppia sana nascono solo individui sani → in realtà, individuo che ha ereditato la mutazione non è
malato ma può trasmettere alla generazione successiva = meccanismo della penetranza incompleta.
Questa si esprime come percentuale→ in presenza di 100 soggetti con mutazione, 80 esprimono la
malattia: la penetranza è dell’80% (80/100) → ciò rende difficile l’interpretazione e anche il calcolo della
probabilità di ammalarsi. Tuttavia, conoscendo anche questo valore, si calcola la probabilità che il figlio sia
malato (50%) che viene in realtà corretta moltiplicandola per 80% → la probabilità si abbassa.

Qual è il genotipo degli individui affetti? Sono tutti eterozigoti:

A= allele per ipercolesterolemia;

a= allele normale

ETEROGENEITÀ GENETICA = Fenotipi simili dovuti a mutazioni su geni differenti:

→ Il gene LDL-R si trova sul cromosoma 19, braccio corto: 19p13.2;
→ il gene di APOB si trova su: 2p24.1 → su questo cromosoma può avvenire mutazione e a quel punto il R non
riconosce più la lipoproteina perché risulta mutata.

ETEROGENITÀ ALLELICA = Mutazioni differenti nello stesso gene

→ sia che sia forma dominante, sia che sia recessiva, esistono più mutazioni diverse nello stesso gene → gli
individui malati potrebbero non portare la stessa mutazione = eterozigoti composti (due mutazioni su 1 gene)

42
Possibilità terapeutiche per gli eterozigoti:

- dieta
- terapia con resina che permette di eliminare gli acidi biliari, anziché recuperarli per riassorbimento intestinale;
- statine = blocco produzione endogena di colesterolo;
- resina + statina in combo.

il colesterolo si deposita a livello di giunzioni, articolazioni; nei casi molto gravi si arriva addirittura ad aferesi =
tipo dialisi ma per il colesterolo→opzione che si sceglie quando né resina né statine funzionano. Aferesi abbassa
velocemente il colesterolo, poi segue una terapia di mantenimento per abbassare ulteriormente il colesterolo,
portandolo a livelli più ottimali circa 200.

EFFETTO DOMINANTE NEGATIVO

→ Caratteristico di proteine multimeriche (proteine con fx recettoriale, proteine che competono con altre
proteine, proteine costituenti una subunità di un complesso multiproteico) → se anche un solo monomero è
mutato, l’intera proteina risulta mutata: una sola mutazione è in grado di scompaginare la fx di altri monomeri
normali, per questo si parla di dominanza negativa (proteine strutturali o destinate a interagire in rapporti fissi
con altre proteine, possono più facilmente risentire dell'effetto di "dose genica“).

Es 1:
SINDROME DI MARFAN
Autosomica dominante → fq= 1/5’000- 1/10’000

• È una sindrome
• Effetto pleiotropico della sindrome –> la fibrillina 1 si trova in più posti: sono colpiti più tessuti, con
molteplici sintomi
• Espressività variabile = gravità diversa.

Le mutazioni sono a carico della fibrillina 1 per il 90% dei casi (gene FBN1(15q21.1)), ma possono esserci anche
altri geni coinvolti a dare lo stesso effetto. Se ci sono coinvolgimento di geni “minori” si hanno varianti della
sindrome → fibrillina 1 inattiva TGF-B con effetti su matrice Extracellulare.

Poiché il tessuto connettivo è la colla e l’impalcatura di tutto il corpo, il disturbo può influire su ossa e
legamenti, occhi, cuore e vasi sanguigni. È l'effetto sull'aorta, il più grande vaso sanguigno che trasporta il
sangue lontano dal cuore, che può essere fatale → fino a dissecazione o rottura dell’aorta.

43
Con una diagnosi precoce, un trattamento adeguato e uno stile di vita modificato, la maggior parte delle
persone con la sindrome di Marfan può sperare di vivere una durata normale.

Es 2:
OSTEOGENESI IMPERFETTA
= difetto sintesi del collagene

L’osteogenesi imperfetta (OI), o malattia delle ossa fragili, è un gruppo eterogeneo di malattie ereditarie del
tessuto connettivo a trasmissione per lo più autosomica dominante.

La principale caratteristica: fragilità ossea (fratture multiple) che si manifesta con fratture spontanee
soprattutto delle ossa lunghe, accompagnate da altre difetti :
- dentinogenesi imperfetta,
- tendenza a perdita dell’udito in giovane età
- ossificazione non canonica delle suture craniche
- colore grigio-ceruleo delle sclere (“sclere blu”)
- alterazioni dei tessuti molli
- prolasso o insufficienza della valvola mitralica e/o dilatazione o insufficienza aortica.

Collagene : triplice elica, sintetizzato

da più geni su cromosomi diversi →
eterogeneità genetica; in presenza di
dominanza negativa, si scompagina
l’intera funzione: anche solo 1
mutazione a carico di 1 catena è in
grado di scompaginare la fx del
collagene

Le combinazioni che derivano dalle 3

eliche sono in realtà 8 → La copia
normale è in grado di fare il suo
lavoro solo per 1/8 !

Trasmissione autosomica dominante:

soggetti sani alla seconda generazione = penetranza incompleta

→che probabilità ha questo figlio di essere affetto da malattia A.D. ?

Probabilità di ricevere l’allele dal padre = 1/2

Probabilità di sviluppare sordità per penetranza ridotta: 40%
→ 1/2 x 40% = 0,2 → la probabilità si riduce!

44
 b. GAIN OF FUNCTION
la proteina funziona in qualche modo più di quella normale, o da un punto di vista qualitativo, o più spesso
perché presente in maggiore quantità. La proteina potrebbe anche acquisire funzioni nuove e non correlate a
quella fisiologica (per produzione di mRNA).

Mutazione che può causare diverse malattie a seconda che si tratti di guadagno o di perdita di fx → esempio:

ACONDROPLASIA
= "assenza di crescita delle cartilagini“, una forma ereditaria di nanismo

Il gene coinvolto codifica per l’FGFR3 (“recettore 3 per l’FGF”, fattore di crescita dei fibroblasti), proteina che si
localizza sulla membrana delle cellule connettivali, e in particolare sulle cellule cartilaginee ed ossee in
accrescimento. Questo recettore, in condizioni normali, quando interagisce con la sua "molecola segnale" cioè
l'FGF, esplica un controllo di tipo negativo (inibizione) sulle cellule della cartilagine di accrescimento (inibizione
crescita di ossa e cartilagini)

L'acondroplasia è causata da mutazioni a carico del gene FGFR3, che lo rendono costitutivamente attivato (sono
infatti mutazioni definite come "guadagno di funzione") e quindi l'FGFR3 mutato è in grado di inviare
continuamente alla cellula un segnale negativo, col risultato di inibire l'allungamento dell'osso.

La perdita di funzione è caratteristica di molte forme tumorali (es K vescica) → se il gene impedisce la crescita,
in presenza di una mutazione che “rompe questo freno”, si ha iperattivazione!

→ due mutazioni diverse, a seconda che si abbia un aumento o un difetto di funzione, comportano due
conseguenze diverse.

La PERDITA DI FUNZIONE è caratteristica di proteine coinvolte in fenotipo recessivo; spesso quindi deve essere
presente su entrambi gli alleli per dare malattia; quando solo uno dei due alleli perde la propria funzione, la
produzione residua di proteina funzionale assicurata dall'altro allele (50% della quantità normale) è sufficiente
al fabbisogno cellulare. Molte proteine enzimatiche hanno questa fx.

→ in una cascata
enzimatica ci sono molti
geni coinvolti; caso A
normale, caso B
mutazione. In presenza di
una cascata, l’enzima C
per esempio ha bisogno
del composto 3. ma se il
composto 3 non viene
sintetizzato perché il gene
B è mutato, il composto 2
non viene metabolizzato
quindi si accumula. Ciò
accade nel caso dei
dismetabolismi.

45
Per sintetizzare tutte le proteine che servono per la vita, abbiamo bisogno di tutti i 20 aminoacidi. Alcuni
aminoacidi non possono essere sintetizzati dall’organismo, ma devono essere assimilati mediante la dieta.
Questi aminoacidi sono chiamati essenziali → Nell’uomo ci sono aa essenziali:
− fenilalanina
− isoleucina
− leucina
− lisina
− metionina
− treonina
− triptofano
− valina
− (istidina e arginina)

La nostra dieta deve essere completa da fornirci otto dei venti aa

FENILCHETONURIA
- autosomica recessiva, fq = 1/10’000

Difetto del metabolismo della fenilalanina causato dalla mancanza dell'enzima fenilalanina-idrossilasi che
catalizza la trasformazione della fenilalanina in tirosina. Alla nascita, soggetti normali perchè protetti dall'enzima
materno.

Alla nascita si fa screening neonatale per evidenziare la presenza di anomalia biochimica, che in questa fase non
è ancora malattia: si osservano elevati livelli di fenilalanina nel sangue (e nelle urine).

Dopo la nascita, se alimentati con diete con fenilalanina, grave ritardo mentale per effetto tossico dei prodotti
del metabolismo secondario della fenilalanina.

Duplice conseguenza:

accumulo di fenilalanina (e del suo derivato acido

fenilpiruvico) → con effetti gravi

non c’è sintesi di tirosina → la tirosina è aa importante

per arrivare a sintetizzare altri metaboliti, tra cui
dopamina, tiroxina.

La trasmissione è recessiva: entrambi i genitori devono

essere portatori; può esserci anche incrocio tra un
omozigote (soggetto malato, che però è in cura) con un
eterozigote.

Caratteristiche:

• da coppia senza il carattere nascono figli col carattere

• il carattere è presente solo all’interno di una fratrìa =

spesso ci sono casi multipli all’interno della stessa
generazione

• il carattere non si manifesta nella generazione successiva = salto generazionale

• il carattere è presente in individui di entrambi i sessi.

46
Lo screening neonatale si fa su sangue → non su urine. Si punge di routine il tallone del neonato, alla nascita. Lo
screening fatto su urine andrebbe fatto almeno una settimana dopo la nascita, motivo per cui si preferisce lo
screening sul sangue: più veloce e sicuro.

Il cervello umano e il sistema nervoso continuano a svilupparsi dopo la nascita e richiedono un continuo apporto
di aa per la sintesi proteica. Proteine che hanno la funzione di trasportatori, inserite nella membrana plasmatica
della cellula, permettono l’ingresso degli aa nella cellula. La fenilalanina e 7 altri aa sono trasportati da uno di
questi sistemi di trasporto. Quando la fenilalanina si accumula nel fluido che circonda le cellule del sistema
nervoso durante lo sviluppo, le sue molecole superano quelle degli altri aa ed essa viene trasportata di più,
all’interno della cellula.

La dieta dei pz affetti da PKU risulta complessa (e costosa) → La fenilalanina è presente in molte fonti di
proteine (carne, pesce, latte, formaggio, pane, dolci) ed è impossibile eliminare tutte le proteine dalla dieta.

I bambini affetti devono nutrirsi integrando la dieta con una miscela sintetica di a. grassi (oli vegetali),
carboidrati derivati da zucchero, amido di mais o sciroppo di mais, insieme a vitamine e minerali.

La maggior parte della fenilalanina viene eliminata, ma poi una piccola quota viene cmq integrata essendo aa
essenziale, in modo da avere livelli cmq sufficientemente bassi da impedire il ritardo mentale. La dieta deve
iniziare a un mese dalla nascita perché dopo il cervello risulta già danneggiato.

Per malattie rare, è possibile trovare che gli affetti abbiano genitori consanguinei:

→ allele a mutato è presente solo in un nonno, ma la consanguineità fa sì che

venga trasmesso a entrambi i figli della prima generazione: sia M sia F sono
portatori dell’allele mutato. Dopodichè per discendenza l’allele a viene ereditato.
In caso di matrimoni tra cugini di primo grado, c’è unione tra due portatori → la
probabilità che il figlio sia malato è 1 su 4.

FIBROSI CISTICA
1/2500

gene codifica per una proteina coinvolta principalmente nella regolazione del
passaggio di ioni cloro (Cl-) attraverso la membrana cellulare.

Il gene CFTR è espresso a livelli molto alti nella componente esocrina del
pancreas, nelle ghiandole sudoripare e nel polmone. Per la mutazione, i Fluidi
corporei risultano molto densi, con probabilità di creare ostruzioni a livello di
questi organi

→ succo pancreatico troppo denso che raggiunge con difficoltà l’intestino

→ polmone: le secrezioni mucose più dense del normale causano una ostruzione diffusa delle vie aeree di
piccolo calibro, che a sua volta favorisce la infezione locale
→ ghiandole sudoripare: l'alterato tenore dei diversi ioni nel sudore dei pazienti con CF, può portare a
disidratazione in seguito ad abbondanti sudorazioni nel bambino.
sopravvivenza media negli ultimi anni è arrivata ai 20-25 anni di età → Trattamenti sono sintomatologici ma non
c’è ancora una cura completa di questa patologia.

47
ANEMIA FALCIFORME
Dominante e recessivo si riferiscono al fenotipo e non all’allele e dipendono dal tipo di indagine:

I fenotipi possono essere analizzati e misurati a differenti livelli → fenotipo intermedio: ad es in caso di infarto,
ma in generale per le malattie metaboliche, l’infarto può essere un fenotipo malattia, ma a cui possono
contribuire altri fenotipi intermedi quali ipertensione, dislipidemie, obesità…

In caso di malattie metaboliche: gli eterozigoti sono sani ma l’enzima responsabile della malattia può avere nel
siero una concentrazione intermedia rispetto a quella dei due stati omozigoti.

Variabilità di trasmissione ed espressione genica

✓ IMPRINTING

= espressione del carattere genetico che è diversa a seconda se sia stato trasmesso l’allele materno o paterno;
è determinato soprattutto da una diversa metilazione del DNA nella linea germinale.

all’interno della stessa coppia di geni (materno, paterno), uno dei due risulta “spento” = non trascritto → questo
meccanismo è fisiologico, non comporta malattia. Su 25'000 geni che abbiamo, 150 circa sono sicuramente
imprintati. Ciò non è patologico, ma non è uguale se è spenta la copia materna o la copia paterna. Tuttavia, in
alcuni casi ciò può essere correlato a patologia come in caso di Sindrome di Prader Willi e sindrome di
Angelman, che hanno la stessa regione imprintata ma le patologie sono diverse → vuol dire che in quella
regione ci sono alcuni geni espressi per via materna e repressi per via paterna e viceversa per altri geni. Se in
quella regione c’è gene represso per via materna, il gene paterno dovrà essere accesso: una copia deve essere
funzionante. Ma se sulla copia paterna c’è mutazione, allora insorge problema = malattia.

Comportano sintomi diversi ma la regione genica coinvolta è la stessa:

SINDROME DI PRADER WILLI

Piccola delezione su cromosoma 15 paterno. Colpisce geni che sono normalmente:
- Espressi per via paterna
- Repressi per via materna.

Comporta obesità, oltre a ipotonia nell’infanzia, mani e piedi piccoli, bassa statura, ipogonadismo,
ritardo mentale.

SINDROME DI ANGELMAN
Delezione su cromosoma 15 materno. Colpisce geni che sono normalmente:
- Espressi per via materna
- Repressi per via paterna
→ i geni avrebbero dovuto essere espressi, ma vengono persi per delezione. Rimangono solo
i geni su cromosoma paterno, che però sono repressi.
48
Le caratteristiche cliniche sono diverse: Iperattività, andatura a scatti; Risate frequenti e inappropriate; Bocca
larga, lingua protrudente; Mandibola prominente, Labbro superiore sottile; ritardo mentale, assenza di parola.

Quindi: La regione deleta per entrambe le sindromi è sempre la stessa, ma in un caso la delezione si ha su
cromosoma paterno: Prader Willi, nell’altro caso la delezione si ha su cromosoma materno: Angelman →
QUINDI fenotipi diversi perché ci sono geni diversi in quella stessa regione, alcuni spenti per via materna e altri
spenti per via paterna:

✓ ANTICIPAZIONE

= fenomeno per cui l’età di insorgenza di una malattia diminuisce e/o la gravità del fenotipo aumenta da una
generazione all’altra

Patologie da mutazioni dinamiche → sono mutazioni che non cambiano all’interno dello stesso soggetto, ma
cambiano passando da una generazione all’altra: questo è possibile proprio perché sono dinamiche e perché
riguardano sequenze che sono ripetute = microsatelliti (molto variabili da un soggetto all’altro) → in questo
caso, se le triplette nucleotidiche sono fuori dai geni probabilmente non c’è problema, ma se si localizzano a
livello dei geni, possono generare varie patologie, quali : malattia di Huntington’s, distrofia muscolare
miotonica, sindrome da X fragile.

La dinamicità sta nel fatto che la mutazione nel genitore ha una certa lunghezza, mentre nel figlio la mutazione
ha una lunghezza molto maggiore: allungamento vero e proprio! → La tripletta nucleotidica si espande.
Conseguenza è il fenomeno dell’anticipazione: fenomeno per cui l’età di insorgenza di una malattia diminuisce
e/o la gravità del fenotipo aumenta da una generazione all’altra

Malattie associate ad espansioni ripetute di trinucleotidi:

→ Le espansioni ripetute di trinucleotidi

interferiscono con l’espressione del gene o
della proteina codificata.

Le triplette possono essere in punti diverse

del gene, nel 5 primo non tradotto, degli
introni, esoni, ecc ma siccome si trovano
nella posizione intragenica provocano malattia

49
 SINDROME DELL’X FRAGILE
1/1500 nati maschi. Assottigliamento del cromosoma X (le sequenze ripetute si allungano
molto quindi non ho più compattazione )

Una delle cause più frequenti di ritardo mentale nei maschi (Seconda forma più comune di
ritardo mentale moderato ereditabile); le femmine sono meno colpite. Si caratterizza anche
per: lineamenti del viso grossolani, faccia allungata, mandibola e orecchie grosse, testa larga.

→Ripetizione tripletta nucleotidica instabile CGG nel 5’-UTR del gene FMR-1 (espansione che
si verifica durante la meiosi materna). Non solo c’è espansione ma anche metilazione del promotore che
comporta silenziamento della trascrizione del gene FMR-1.

COREA (MALATTIA) DI HUNTINGTON

- Autosomica dominante, fq = 1/20000. Espansione di lunghezza della ripetizione trinucleotidica CAG
(poliglutammine) nella regione codificante del gene HD.

Malattia ad insorgenza tardiva: esordio intorno ai 37-40 anni, con penetranza completa (100%) ad 80 anni =
prevedere che un soggetto a 80 anni si ammala → problema etico.

Clinicamente: Disordine neurodegenerativo, Cambiamenti di personalità, perdita di memoria, problemi motori;

Movimenti coreici: involontari di gambe e braccia.

DISTROFIA MIOTONICA
Caratteristiche: personalità assente; bocca a triangolo.

Fenomeno dell’anticipazione:

Più si espande la tripletta più precoce

l’insorgenza

Il soggetto può non essere malato ma

predisporre di un allungamento: premutazioni

50
 21/05/20

COMPENSAZIONE DI DOSE E PATOLOGIE X LINKED

La compensazione di dose non si riferisce solo a inattivazione dell’X, infatti esiste anche meccanismo di
imprinting che riguarda non solo cromosoma X ma anche una serie di cromosomi autosomici che prevede
spegnimento di una delle due copie.

Compensazione di dose determina funzionalità di un certo gene o proteina prodotta, perché per ogni gene o
proteina c’è un range di normalità entro il quale deve essere prodotta ed espressa la proteina per essere in
condizioni di normalità.

Inattivazione dell’X è in genere casuale. Ma c’è un caso particolare in cui c’è una traslocazione x-autosoma: in
presenza di una traslocazione X-autosoma (eccezione del fenomeno di inattivazione dell’X) succede qualcosa di
particolare (un pezzo di autosoma finisce sull’X)→ se X ha un centro di inattivazione e inattiva anche il pezzo di
autosoma, è un problema → la selezione in questo caso permette di inattivare preferenzialmente X sano,
normale, non traslocato. In questo modo toglie di mezzo X per come è in natura, mentre lascia X traslocato in
modo da non rischiare di inattivare geni.

I portatori di X-autosoma non hanno nessun tipo di conseguenza: se la traslocazione è bilanciata, per il
portatore non ci sono rischi, che invece esistono per la generazione successiva.

Il portatore di una traslocazione è di norma asintomatico con le seguenti eccezioni:

1. la traslocazione ha interrotto un gene importante;

2. la traslocazione ha alterato l’espressione di un gene pur non interrompendo la sua sequenza codificante, ad
esempio spostando un gene in una regione eterocromatinica funzionalmente inattiva.

3. la traslocazione coinvolge un X ed un autosoma; nella maggior parte dei casi questo crea un problema di
inattivazione dell’X.

TUTTI gli individui con monosomie autosomiche muoiono, MA gli individui XO spesso sopravvivono e possono
essere relativamente normali: sono presenti fattori che rendono molto diversi i cromosomi autosomici da quelli
sessuali.

Un’altra differenza tra cromosomi autosomici e cromosomi sessuali: Le trisomie autosomiche sono letali, ma le
aneuploidie XXY, XYY, XXX, XXXX e XXXXX possono non essere letali. Ma ogni X aggiuntiva aggiunge una certa
sintomatologia. In caso di YY c’è doppia dose di geni che caratterizzano il sesso maschile, ma in realtà tutto ciò
che è in più risulta essere di fatto un cambiamento negativo, non un plus positivo.

Le cellule somatiche femminili hanno un meccanismo di scelta che determina quale X viene inattivato e quale X
rimane attivo. La scelta viene effettuata a livello dell’elemento di controllo dell’X (Xce) che si trova nella
regione XIC → In questa regione è stato identificato un gene, XIST(Xinactive-specific transcript), che è espresso
solo nell’X inattivo.

Il trascritto di questo gene è trattenuto nel nucleo e si trova associato al cromosoma X inattivo, impedendo
l’espressione dei geni su questo tratto del cromosoma.

Partecipano anche serie di rna a silenziare il cr. X

51
→ Inattivazione di X comporta formazione di corpi di Barr. Più corpi di Barr identificano quante X sono state
inattivate:

Tre tappe sono implicate nell’inattivazione dell’X:

1. il conteggio del n° di cromosomi X nella cellula;

2. la scelta di un X da inattivare;
3. l’inattivazione vera e propria.

Il centro di inattivazione dell’X (XIC) è la regione implicata nel meccanismo di conteggio cromosomico e si trova
in posizione Xq13. Perchè avvenga l’inattivazione devono essere presenti 2 o più XIC. Nelle cellule normali
maschili con un solo cromosoma X e quindi un solo XIC, l’inattivazione non avviene.

Nel 1961 Mary Lyon propose che nei mammiferi, la dose di prodotti genici sia stata resa identica nei maschi e
nelle femmine inattivando casualmente uno dei due cromosomi X nelle femmine. Il cromosoma X inattivo è il
corpo di Barr. Questo meccanismo di compensazione genica è spesso chiamato l’ipotesi di Mary Lyon.

Nelle femmine dei mammiferi, ai primi stadi dello sviluppo embrionale, in ciascuna cellula uno dei due
cromosomi X viene inattivato:

→ in alcune cellule è inattivato X materno, in altre

X paterno. Questo meccanismo può anche andare a
favore/sfavore di alcune patologie, in presenza di
mutazioni sul cromosoma (se inattivato il
cromosoma mutato, meglio; ma se inattivato il
cromosoma sano, peggio)

Certi caratteri ereditari concatenati al cromosoma X si esprimono nelle femmine come mosaicismi. Es: displasia
ectodermica anidrosica:

52
 → che probabilità ha questa coppia di avere figli
maschi affetti?

Si tratta di una X linked recessiva. La probabilità si

calcola tendo conto:
- se la madre è potatrice la probabilità è 1/2;
- se la madre trasmette l’allele mutato al figlio =
1/2
- se i figli siano maschi = 1/2 → totale = 1/8.

DISTROFIA MUSCOLARE DI DUCHENNE

→ maschi affetti, femmine carrier.

Malattia importante, porta i soggetti in età abbastanza precoce a essere sulla sedia
a rotelle, poi problematiche sulla capacità di deambulare e anche problemi del
muscolo cardiaco

Studiando la biopsia muscolare di un soggetto → il gene coinvolto è il gene della

distrofina: nei malati maschi non si vede distrofina nei tessuti muscolari. Invece,
nella femmina eterozigote c’è una parte di tessuti in cui la X normale è inattivata
quindi manca la distrofina mentre in altre zone la distrofina c’è→ quindi non vedo
la malattia.

EMOFILIA A

Emofilia comporta come sintomo principale emorragie quando ci

si taglia per non coagulazione di sangue.

Il gene coinvolto è il gene del fattore XIII della coagulazione, sul

cromosoma X. Le femmine sono carrier, ma non malate. Solo i
maschi sono affetti

Esistono diversi fattori della coagulazione, alcuni localizzati anche

su Y e altri su autosomi (vedi tabella).

53
Variabilità di trasmissione ed espressione genica
✓ Patologie da geni contigui

= microdelezioni che coinvolgono molti geni contigui, combinando così i segni di due o più malattie ereditarie
monofattoriali

→ alcune delezioni che sembrano anche piccole coinvolgono di solito un gran numero di geni. Più geni ci sono in
una certa regione coinvolta nella delezione, maggiori i sintomi della patologia.

✓ FENOCOPIA

= fenotipo patologico simile a malattie genetiche, determinato non da cause genetiche ma da fattori non
genetici

→ es sordità causata da infezione di rosolia in utero.

✓ MUTAZIONI NUOVE E DE NOVO

generalmente identificate nelle malattie dominanti o recessive X-linked, molto raramente producono malattie
autosomiche recessive (entrambe le copie del gene devono essere mutate)

il rischio di ricorrenza è basso, ma leggermente superiore all’incidenza della malattia nella popolazione a causa
del mosaicismo della linea germinale

→ il momento più impo in cui può avvenire una

mutazione e causare danno → se la mutazione
è somatica, a livello di zigote, tutte le cellule che
ne derivano saranno mutate = la mutazione è
precoce. Si tratta di mosaicisimi precoci.

Se il mosaicismo è più tardivo, quindi nelle

successive fasi di sviluppo dello zigote, sarà
presente in minor numero di cellule.

invece, la mutazione che avviene in un individuo già sviluppata colpisce solamente un determinato tessuto.

54
 [Lezione 4]

GENOMA, POPOLAZIONI E MALATTIE

Ripasso:

GENOMA UMANO =
3.1 Gb = 3.100 Mb = 3.100.000 Kb = 3.1 miliardi bp
5% codifica per proteine
50% sequenze ripetute
~30/ 35 mila geni > 100.000 proteine
Genoma nucleare e genoma mitocondriale
Mutazioni che causano malattia finora identificate in più di 1.000 geni

Sequenziamento del genoma → Nascita progetto “1000 genomi” con obiettivo di sequenziare 1000 individui da
tutto il mondo, che poi diventano 10'000 in un altro progetto: Personal Genome Project. Si tratta di sequenziare
l’interno genoma, compresi introni e sequenze non codificanti → il razionale sta nel fatto che Esistono regioni
regolatorie, che hanno importanza a livello di regolazione, come si deve condensare la cromatina…

VARIABILITÀ DELLE POPOLAZIONI UMANE

La variabilità è prodotta dal processo di mutazione. La mutazione non ha però necessariamente connotazione
negativa, non significa necessariamente malattia → Può dare anche POLIMORFISMI, definiti tali se la variazione
è presente almeno nell’1% della popolazione: ciò significa che se è così presente nella popolazione, è poco
probabile che causi malattia → ma ci sono eccezioni.

Vari tipi di polimorfismi:

− Polimorfismi morfologici / antropometrici
− Polimorfismi elettroforetici di proteine
− Polimorfismi di restrizione (RFLP)
− Polimorfismi di sequenze ripetute (VNTR, STR, Alu)
− Polimorfismi da variazione di singola base (SNP)

I soggetti portatori hanno mutazioni ma non sono malati = bagaglio di mutazioni.

Per studiare la variabilità di individui: studiare le sequenze e

osservare siti variabili → si contano le differenze a coppie →
L’esempio rappresenta graficamente 4 popolazioni, in 2
continenti diversi → si indaga:

1. la variabilità tra individui della stessa popolazione = WITHIN

POPULATION;
2. variabilità tra individui diversi di diverse popolazioni su stesso
continente;
3. variabilità tra individui diversi di diverse pop su continenti diversi. La variabilità si pensa sia crescente
seguendo questo ordine

55
→ il concetto di razza su base genetica NON esiste: prendendo anche solo due soggetti di una stessa
popolazione, questi esprimono già 80% della variabilità genetica umana. Differenze tra continenti aggiungono
differenze in più che non si osservano tra individui della stessa popolazione, che determinano differenze
fenotipiche evidenti ma che sono riconducibili a variazioni in termini di geni molto limitate.

Due soggetti presi a caso sono identici per il 99,9% → significa che differiscono per circa 3 milioni di basi
nucleotidiche.

Per ricostruire la storia delle popolazioni umane in genetica si usano spesso i marcatori uniparentali come il
genoma mitocondriale (16'000 bp e 37 geni + 1500 geni nucleari; regione d-loop altamente variabile) e
cromosoma Y.

Il genoma mitocondriale è presente in multiple copie per mitocondrio; anche il genoma mitocondriale può
essere mutato → quando le copie sono tutte normali si ha OMOPLASMIA; ETEROPLASMIA si definisce come
coesistenza nello stesso DNA mitocondriale di genoma wild type e genoma mutato.

56
• Effetto soglia: una quantità minima di mtDNA mutante è necessaria per causare un deficit della OXPHOS e,
quindi, espressione fenotipica della mutazione

• Segregazione mitotica: ad ogni divisione cellulare la proporzione di mtDNA mutato può cambiare influenzando
il fenotipo.

Cromosoma Y:

57 milioni bp; 140 geni;

presenza di regioni definite pseudoautosomiche (5% del cromosoma; Si trovano in regioni telomeriche ma NON
coincidono con telomeri), con geni → si comportano però come regioni autosomiche in grado di legarsi a
regione di omologia su cr X e portare a crossing over tra cr Y e X. Queste regioni pseudoautosomiche rimangono
attive (non inattivate) e possono dare appunto crossing over e ricombinazioni = le regioni pseudoautosomiche
contribuisce al fenotipo → si hanno sintomi anche in caso di inattivazione del cromosoma aggiuntivo

L’ipotesi dell’origine africana dell’uomo sapiens sapiens → origine dell’uomo è africana, poi 100’000 anni fa un
certo numero di soggetti è migrato dando origine a popolazioni degli altri continenti. Dati genetici attuali
dimostrano che c’è stato scambio tra homo sapiens e homo di Neanderthal, contrariamente a ciò che si
pensava.

Tutti i dati genetici (mitocondrio, polimorfismi dell’Y…) concordano con questa ipotesi.

Gradienti nella distribuzione della variabilità genetica umana sono la regola, non l’eccezione!

Proprio per queste migrazioni è altamente improbabile

che ci siano confini netti tra popolazioni: si distribuisce
tutto secondo gradienti. Ciò si può osservare sia per
variazioni neutrali, sia per patologie → es FC: in Nord
europa la prevalenza è elevata, al sud scende. Si trova
conferma in effetti nella rilevazione della mutazione del
gene, che si osserva in prevalenza maggiore in nord
europa e poi si abbassa:

Lo stesso si può rilevare per la beta talassemia, per cui si osserva un gradiente:

→ il punto in cui la mutazione è più presente coincide probabilmente con la zona di origine della malattia.

57
Idem fenilchetonuria:

QUINDI incidenze diverse in popolazioni diverse; è probabile che ci siano stati fenomeni selettivi che hanno
determinato prevalenze diverse: es in africa anemia falciforme → differenza di 2 ordini di grandezza rispetto a
altre aree:

Incidenza, frequenza genica

e del portatore per alcune
malattie autosomiche
recessive in diverse
popolazioni (→)

Le distribuzioni differiscono anche a seconda del sesso: Incidenza (nei maschi) e prevalenza degli eterozigoti
(nelle femmine) per alcune malattie X-linked →

Una popolazione è in equilibrio quando vi è unione casuale dei gameti: le frequenze genotipiche possono
essere predette sulla base delle frequenze alleliche, e le frequenze alleliche non cambiano attraverso le
generazioni (Legge di Hardy-Weinberg). Tuttavia, Popolazioni in equilibrio NON SI EVOLVONO. I fattori
che provocano scostamento dall’equilibrio sono i fattori dell’evoluzione.

58
Se non ci fossero mutazioni, non ci sarebbe evoluzione. Altri fattori evolutivi però sono:
− Selezione naturale,
− Deriva Genetica (dimensione finita della popolazione) → legata ampiamente al caso, ma anche alle
dimensioni della popolazione che si sta considerando: variazioni tanto maggiori tanto più piccola la
popolazione
− Migrazione
− Assenza di matrimoni casuali

→ Eccezioni al matrimonio casuale:

• stratificazione
• matrimoni assortativi = tra soggetti molto simili → da pdv delle malattie, ciò è sicuramente aspetto negativo:
matrimoni tra sordi, tra nani… il che mantiene elevata la frequenza di geni malattia
• consanguineità = fa emergere nuovi individui malati di patologie recessive → fenomeno molto frequente in
India, secondo posto il Giappone

STRATIFICAZIONE
= Differenze nella frequenza degli alleli o degli aplotipi tra le popolazioni.

Cause:
• Migrazioni umane
• Comparsa continua di nuove mutazioni
• Selezione per clima e infezione di fenotipi legati ad alleli che conferiscono un vantaggio di sopravvivenza
• Modelli di accoppiamento determinati da norme culturali

All’interno dello stesso ambiente coesistono popolazioni diverse, con origini genetiche diverse → es convivenza
di popolazioni bianca e nera; si parla di stratificazione perché cmq rimangono preferenziali matrimoni tra
bianchi e matrimoni tra neri piuttosto che misti → ciò mantiene differenze che di partenza sono più frequenti in
popolazioni bianche o in popolazioni nere

La stratificazione può portare a risultati fuorvianti negli studi di associazione se casi e controlli provengono da
popolazioni diverse. → Negli studi di associazione si ricerca il fattore genetico più frequente tra i casi e meno
frequente nei controlli → popolazione nera rappresentata come pallini rossi, i bianchi sono blu: nei casi sono
molti di più i neri, viceversa nei controlli → questo tipo di sbilanciamento è pericoloso negli studi di associazione
perché in realtà non mette in evidenza fattori di malattia ma piuttosto fattori legati alla popolazione = si rischia
di associare un certo fattore a fenotipo malattia quando in realtà è riconducibile alla popolazione (es capello
riccio in sogg nero)

59
DERIVA GENETICA
= CAMBIAMENTO CASUALE delle frequenze
alleliche da una generazione all’altra dovuta alle
dimensioni finite della prole (CAMPIONAMENTO
CASUALE DEI GAMETI): è tanto maggiore quanto
minore è la dimensione della popolazione. I
cambiamenti casuali possono andare in due
direzioni fino a portare la frequenza di un allele a
0 (perdita) o a 1 (fissazione)

La deriva riduce la variabilità entro popolazioni e aumenta quella fra popolazioni

Della deriva genetica fanno parte due effetti importanti:

- effetto collo di bottiglia: un evento drastico (condizioni ambientali,

malattie, attività umane, morti) comporta riduzione della popolazione; la
popolazione residua non può più rispecchiare le caratteristiche (in termini di
geni) della popolazione originaria. Il caso determina quali individui
sopravviveranno, anche se in genere ci sarà la tendenza a perpetuare gli
alleli più comuni

- effetto fondatore → una popolazione migra, portando con sé pochi geni (perché migra solo una parte di
popolazione) e fonda una nuova comunità. È ciò che è successo anche con la migrazione dell’homo sapiens
dall’africa. In termini di patologia: gli ebrei Ashkenaz hanno elevata prevalenza di alcune malattie tra cui Tay-
Sachs che è autosomica recessiva. In europa e in italia l’effetto fondatore si osserva rispettivamente in : FC e
beta talassemia in sardegna

MIGRAZIONE e DERIVA hanno effetti opposti: la migrazione introduce nuovi alleli nelle sottopopolazioni e riduce
le differenze fra sottopopolazioni; al contrario la deriva comporta allontanamento da una certa regione verso
una nuova regione.

MUTAZIONE
→ molto lento il tasso di mutazione: quindi da sola in realtà non è in grado di fare nulla, in genere infatti si
accoppia ad altri fattori evolutivi; come minimo deve intervenire meccanismo di selezione naturale che ha
permesso di aumentare la prevalenza di serie di varianti.

Meccanismo della selezione naturale: Poiché gli organismi competono per le risorse più soddisfacenti, quelli con
i geni che si adattano meglio al loro ambiente sopravvivono con maggiore probabilità e trasmettono i loro geni. I
geni con maggiore “valore adattativo” (fitness) dovrebbero aumentare la loro frequenza con il tempo.

NB→ La selezione può essere sia positiva sia negativa:

Nella maggior parte dei casi le mutazioni nuove sono deleterie, cioè abbassano il valore della fitness. Tali
mutazioni sono generalmente rimosse dalla popolazione da quella che viene chiamata una selezione negativa.

Se in una popolazione una mutazione dovesse avere una fitness maggiore di quella di altre mutazioni, sarebbe
un caso di una selezione positiva che potrebbe risultare in un aumento della frequenza della variante mutata
fino al 100% (fissazione)

In ogni caso, la selezione agisce su uno o pochi geni → se la selezione agisce su un fenotipo, questo è di solito
generato da uno o pochi geni.

60
Esistono diversi tipi di selezione, la più impo è quella BILANCIATA (detta
anche polimorfismo bilanciato), che risulta a favore degli eterozigoti e a
sfavore degli omozigoti (→)

Come stimare la fitness:

1. In base alla sopravvivenza o alla fecondità differenziale dei genotipi

nell’arco di una generazione (dati demografici)

2. In base al cambiamento delle frequenze alleliche da una generazione

all’altra

3. In base alle deviazioni delle frequenze genotipiche osservate da quelle

attese in base alla legge di equilibrio di Hardy-Weinberg.

Se abbiamo varianti favorevoli e sfavorevoli, non tutte le varianti hanno la stessa possibilità di sopravvivere nelle
generazioni successive → possiamo avere info importanti studiando la fq della variante nella popolazione: se la
fq è minore nella popolazione, significa che c’è stata selezione

Frequenze geniche
formula di Hardy per stimare le frequenze geniche:

2 alleli in ogni locus: A1, A2 → frequenze

degli alleli espresse come p e q: p+q=1.

2 alleli possono dare 3 combo perché

possono esserci due situazioni di
omozigosi (A1A1, A2A2) e una di
eterozigosi (A1A2) → frequenze dei
genotipi (=combinazioni di alleli)
espresse come U, V e W. La somma delle
frequenze dei genotipi nella popolazione
deve dare 1 → U + V + W = 1.

2N è il totale dei soggetti x 2 → 2 perchè

ogni soggetto ha 2 alleli

→Esempio: popolazione di 100 individui ripartiti:

A1A1 = U → 81 soggetti

Calcolo fq secondo le formule:

p = 2x81 + 18 / 2x100 ; in
alternativa si usa la frequenza
relativa del genotipo (=U),
calcolare la metà della fq
dell’eterozigote e si ottiene lo stesso risultato.

61
→ La legge di Hardy-Weinberg
stabilisce che in particolari condizioni le
frequenze geniche rimangono costanti
e le frequenze genotipiche si
stabilizzano in una generazione in modo
che la frequenza degli omozigoti sia il
quadrato di quella dell'allele, mentre
quelle degli eterozigoti saranno il
doppio prodotto delle frequenze degli
alleli posseduti.

In pratica consiste nell’espansione di un

binomio: (p+q)2 , che restituisce le
frequenze genotipiche: p2 + q2 + 2pq

→ pq sono gli eterozigoti e devono essere contati due volte.

Es:
→ 2 alleli quindi 3 fenotipi

160 individui analizzati, con specifiche

numerosità osservate per ciascun
fenotipo

Si applica conta genica: p=( 77x2 + 71) /

160x2 = 0,703 → frequenza di allele 1

Q = 1-0,703 = 0,297 → frequenza allele 2.

La formula serve per apire se la

distribuzione dei fenotipi è come me la
aspetto o no: frequenze ATTESE → se
differisce dalle frequenze osservate può
voler dire che c’è stata selezione o
qualcosa che ha modificato.

Ma le frequenze osservate possono infatti essere utilizzate per calcolare le frequenze attese: test del chi
quadrato → sviluppo il binomio; ma non si ottengono risultati significativi, cioè le frequenze sono molto simili
nella popolazione.

Applicazione della legge Hardy-Weinberg (1):

1/10'000 = fq degli affetti nella popolazione,

cioè q2 → perché gli affetti sono aa essendo
autosomica recessiva quindi coincide con
valore di q2. Trovo q facendo radice, trovo p
facendo 1-q = 0,99

Eterozigoti: 2pq = 0,02.

62
Applicazione della legge Hardy-Weinberg (2):

Applicazione della legge Hardy-Weinberg (3):

Meccanismi evolutivi che spiegano la permanenza delle malattie genetiche

1. DERIVA GENETICA → esempio: la malattia di Tay-Sachs nelle comunità ebraiche di origine askenazita → la
malattia comporta morte del soggetto nell’infanzia quindi l’individuo affetto non si riproduce, non trasmette la
malattia SE OMOZIGOTE → La fintess è 0 perché non arrivano all’età riproduttiva. I portatori però stanno bene

2. EQUILIBRIO TRA MUTAZIONE E SELEZIONE NEGATIVA → esempio: la stessa malattia di Tay-Sachs nelle altre
popolazioni → tante mutazioni in omozigosi vengono perse perché l’individuo muore, ma tante mutazioni
vengono sostituite da nuove mutazioni: si crea equilibrio, bilanciamento.

3. POLIMORFISMO BILANCIATO: vantaggio dell’eterozigote (esempio: emoglobinopatie) → bilanciato perché

entrambi gli omozigoti muoiono mentre gli eterozigoti vivono e anzi stanno anche meglio in determinati
ambienti.

Le emoglobinopatie in generale sono autosomiche recessive.

La malaria ha avuto effetto selettivo importante perché i soggetti eterozigoti per anemia falciforme erano più
protetti nei confronti della malaria rispetto agli omozigoti→ sia gli omozigoti sani sia gli omozigoti mutati
muoiono: o di malaria o di anemia.

Questo fattore selettivo naturale ha determinato aumento del bacino dei portatori (eterozigoti) perché
resistenti alla malaria → questi se si sposano tra loro possono cmq generare soggetti malati.

63
Il plasmodio della malaria ha il suo ciclo
riproduttivo all’interno dei globuli rossi, che una
volta infettati, causano ostruzioni nei vasi. Il
plasmodio della malaria si localizza anche a livello
cerebrale (→ forma di degenerazione cerebrale,
demenza) ed epatico.

Se c’è meccanismo selettivo quale la malaria, cosa

ci si aspetta in popolazione come quella africana?
Se c’è malaria, il vantaggio (in termini di
sopravvivenza = fitness) dovrebbe essere a carico
dell’eterozigote, mentre gli omozigoti muoiono
per cause diverse.

I tassi di mortalità sono diversi, perché il soggetto con anemia falciforme ha mortalità molto più elevata: il
rapporto Osservati/Attesi è molto basso = ne muoiono molti per anemia falciforme; invece, i soggetti sani che si
infettano di malaria muoiono ma un po’ meno (grazie a sviluppo farmaci); infine, gli unici che hanno vantaggio
sono gli eterozigoti perché il rapporto O/A è a vantaggio dell’eterozigote come si osserva, infatti è >1

Molti giovani muoiono prima di raggiungere l’età adulta, quindi la prevalenza scende:

64
LINKAGE DISEQUILIBRIUM, POPOLAZIONI E MALATTIE
Linkage disequilibrium = Fenomeno per cui, nella popolazione, specifiche combinazioni di alleli a due o più loci
concatenati (linkage = concatenazione) tendono a trovarsi insieme sullo stesso cromosoma (APLOTIPO) più
frequentemente di quanto ci si attende per caso.

(due alleli sullo stesso cromosoma = alleli in cis oppure alleli in fase; si dicono alleli in trans se si trovano invece
su cromosomi diversi)

La mutazione come detto genera diversità.

➔ LD identifica una situazione in cui si registra una differenza tra aplotipi osservati e aplotipi attesi → Se
abbiamo deviazioni importanti tra frequenze attese e frequenze osservate si parla di disequilibrio.

Considerando combinazioni AB, aB:

Se avviene nuova mutazione (che nasce per la

prima volta in contesto di alleli) per cui B diventa b
si crea nuova combinazione di alleli che prima non
c’era. Queste combinazioni alleliche si chiamano
APLOTIPI → APLOTIPO= combinazione allelica
sullo stesso cromosoma che viene ereditata
insieme, più frequentemente di ciò che ci si
aspetta rispetto al caso. (Due loci si dicono
concatenati quando sono sullo stesso
cromosoma).

Altro meccanismo che può entrare in gioco in

corso di meiosi è crossing over = ricombinazione → è altro meccanismo che può generare diversità: da 3 aplotipi
si passa a nuovo aplotipo “ab”. Più sono vicini più è improbabile che si verifiche crossing over.

Come verificare se ci sono state delle modifiche di questi aplotipi rispetto all’atteso?

Nella popolazione, note le frequenze alleliche A B; se i due fossero indipendenti, la loro frequenza viene
calcolata come prodotto delle singole frequenze (PA x PB). Mi aspetto che la frequenza della combinazione
allelica A B (frequenza attesa) sia data dal rapporto delle due frequenze prese singolarmente. In realtà, nella
pop reale la frequenza reale è diversa: PAB – PAxPB → il disequilibrio dice quanto differiscono le frequenze
osservate da quelle attese.

Ci si attendeva una certa frequenza nella popolazione,

ma poi se ne osserva una diversa → significa che è
successo qualcosa (forze selettive, evento evolutivo…).
Può darsi però che la combinazione allelica che si osserva
sia in realtà più vantaggiosa nella popolazione.

Due loci si dicono indipendenti quando si trovano su cromosomi diversi ma in realtà possono essere
indipendenti anche trovandosi sullo stesso cromosoma se sufficientemente distanti→ se avviene crossing over
sul cromosoma, ciò li rende indipendenti. Più c’è ricombinazione, più tenderanno a essere indipendenti.

In questo modo la ricombinazione genera nuove combinazioni alleliche e in questo modo fa cadere il linkage
disequilibrium. Infatti il disequilibrio è influenzato dalla ricombinazione: questo diminuisce tanto maggiori le

65
ricombinazioni, perché le ricombinazioni fanno sì che gli alleli diventano indipendenti → la ricombinazione fa
diminuire il linkage disequilibrium.

Inoltre, più tempo passa (=nel senso di generazioni) più ci sono possibilità di avere ricombinazioni → quindi il
secondo elemento che fa decadere il linkage disequilibrium è il tempo.

La ricombinazione fa sì che ci siano aplotipi di lunghezza diversa nella popolazione, a seconda del grado
evolutivo della popolazione e dal grado di ricombinazione. Ad es la popolazione africana è molto antica (=tempo
di evoluzione maggiore), quindi avrà molte ricombinazioni → di conseguenza, il genoma africano sarà più
frammentato = i blocchi aplotipici sono più corti.

Si possono misurare le lunghezze dei blocchi aplotipici → nelle stesse regioni, popolazioni africane hanno
blocchi più corti rispetto ad altre popolazioni:

→ Zone scure indicano il fatto che si

mantengono costanti, non c’è
ricombinazione.

Nella figura accanto: Popolazioni africane di partenza →

poi 50 – 100'000 anni fa = uscita dall’africa → questa
popolazione uscente ha dato origine alle popolazioni degli
altri 4 continenti:

Questo ci dice che la popolazione africana ha dei pattern di

LD un po’ diversi e infatti ha dei blocchi più corti, mentre le
altre popolazioni sono più recenti e tra loro più simili.

66
 25/05/2020

APLOTIPI E POPOLAZIONI
APLOTIPO = combinazione preferenziale di alleli particolari.

Studiando dei soggetti attuali, del giorno d’oggi,

è possibile cercare di andare indietro nel tempo
per verificare quali mutazioni si sono verificate
nel passato. Con questa metodologia e tenendo
in considerazione il tasso di mutazione del
genoma, si può usare il tasso di mutazione come
se fosse un orologio e provare a risalire al
periodo (si fa una stima, c’è margine d’errore
abbastanza ampio) in cui una mutazione è nata.
Questo però consente di legare eventuali
mutazioni con vantaggi evolutivi che queste
possono aver rappresentato.

EXPECTED NUMBER OF SNPS

Se c’è fq molto elevata di una variante in una popolazione,

questa variante NON è causativa di malattia → la soglia della
frequenza ci dice che ci può essere un significato funzionale.
Invece, tanto più è bassa la variante, tanto più probabile che il
significato funzionale in quel caso sia negativo. Evoluzione ha
fatto sì che ci siano serie di varianti importanti che
determinano ruolo funzionale.

➔ Come si vede nell’immagine Le varianti, Se sono

funzionali hanno fq molto bassa nella popolazione.

Mappatura per linkage disequilibrium

Inoltre, studiando il LD è possibile mappare i geni malattia. A fronte di una mutazione verificatasi molte
generazioni fa, con il passaggio fino ai giorni nostri, la sequenza nei dintorni della mutazione si può mantenere
conservata → questo perché c’è concatenazione. A causa del fenomeno della concatenazione, i loci vicini
tendono a tenersi costanti e mantenuti uguali in blocco, nel tempo: tutto ciò che si trova vicino a una mutazione
tende a conservarsi nel tempo. Si verificano scambi e crossing over ma cmq ciò che c’è nei dintorni della
mutazione si conserva → siamo in grado di delimitare la regione intorno alla mutazione, cosa che può essere
sfruttata per il mappaggio dei geni = si utilizzano marcatori che, pur non sapendo qual è il gene mutato, può
capitare che vengano a trovarsi vicino al gene malattia. Quel marcatore essendo in LD con le varianti di quel
gene, dà info dirette sul gene. Se la mutazione nasce in contesto genetico, la combinazione viene conservata a
meno di ricombinazioni che però tendono a non alterare la sequenza adiacente alla mutazione e al gene. I
marcatori nei dintorni si utilizzano per identificare il gene malattia. → Più è vicino il marcatore al locus malattia,
più a lungo persiste l’associazione

Quindi LD mapping è un approccio promettente per la mappatura di geni, in particolare di tratti complessi. Si
può usare in regioni candidate o loci mappati tramite analisi di linkage. Questo sistema consente di avvicinarsi al
di sotto di 1cM = centi morgan (→ corrisponde a 1 milione di basi).

LD Riflette meccanismi genetici (mutazione, ricombinazione, conversione genica) e la storia della popolazione
(deriva selezione, espansione pop, etc). Diversa estensione LD in popolazioni diverse.

67
Molti progetti importanti hanno studiato e studiano la diversità umana in termini di variabilità genetica → es.
progetto HAPMAP. Ha studiato 4 popolazioni da 3 gruppi etnici diversi, con però anche soggetti imparentati
all’interno del gruppo coinvolto (trio = 2 genitori e 1 figlio → concetto che consente di identificare meglio
mutazioni che causano malattia).

LD fa sì che tutte le varianti che si trovano vicine all’interno di una mega base risultano collegate da una “forza”
di associazione che impedisce che avvengano crossing over all’interno di quelle regioni → sono regioni molto
limitate in termini di lunghezza perciò i crossing over al loro interno non si verificano.

Il vantaggio del LD → Nell’esempio: all’interno di 1 mega base si identificano una ventina di polimorfismi.
All’interno di una sequenza che varia tra un soggetto e l’altro (strisce colorate), ci sono delle varianti
(polimorfismi) che ci danno
un’informazione che
corrisponde a tutte le
varianti attorno, perché
queste sono legate una con
l’altra. Quindi i tre
polimorfismi possono
riassumere l’informazione
data da tutti gli altri 20
polimorfismi → i tre
polimorfismi si chiamano Tag
SNPs = taggano una certa
regione, rappresentando gli
aplotipi più frequenti negli
individui
Figure 1 SNPs, haplotypes and tag SNPs. a, SNPs. Shown is a short stretch of DNA from four versions of the same
chromosome region in different people. Most of the DNA sequence is identical in these chromosomes, but three bases are
shown where variation occurs. Each SNP has two possible alleles; the first SNP in panel a has the alleles C and T. b,
Haplotypes. A haplotype is made up of a particular combination of alleles at nearby SNPs. Shown here are the observed
genotypes for 20 SNPs that extend across 6,000 bases of
DNA. Only the variable bases are shown, including the three SNPs that are shown in panel a. For this region, most of the
chromosomes in a population survey turn out to have haplotypes 1–4. c, Tag SNPs. Genotyping just the three tag SNPs out
of the 20 SNPs is sufficient to identify these four haplotypes uniquely. For instance, if a particular chromosome has the
pattern A–T–C at these three tag SNPs, this pattern matches the pattern determined for haplotype 1. Note that many
chromosomes carry the common haplotypes in the
population.

Il vantaggio di questo sistema è che non si studiano miliardi di differenze ma migliaia, al max 1 milione

GENOME WIDE ASSOCIATION STUDIES (GWAs)

→Analisi di associazione → ci sono alcune varianti

associate a malattia (se significativià di 10-10 = molto
forte)

68
 →Se si trova una variante associata non
è detto che sia causativa perché può
essere in LD con qualcosa che si trova
vicino, che a sua volta invece potrebbe
essere causativo.

Cambiamenti LD
Il LD dipende da molti fattori: genetici, ambiente, demografici…

69
 [NB: pacco slide 5]

ANALISI DI LINKAGE (CONCATENAZIONE)

Misura la concatenazione tra loci, permette di determinare la posizione cromosomica di un locus responsabile di
una determinata malattia/carattere genetico (identificazione di geni malattia, in particolare studiando famiglie e
il successo maggiore in questo senso si ha per malattie mendeliane) rispetto a marcatori polimorfici
(polimorfismi) la cui localizzazione è nota → questo perché almeno 1 marcatore si localizza vicino al gene
malattia: a questo punto 1 allele del marcatore segrega con la malattia perché viene a trovarsi molto vicino al
gene mutato. La combinazione di alleli sullo stesso cromosoma fa un aplotipo e quindi si può seguire la
segregazione dell’aplotipo all’interno di una famiglia.

L’analisi di linkage è un approccio molto utile per il mappaggio e l’identificazione di geni responsabili di malattie
genetiche Mendeliane (oltre 1,400 geni identificati). Più difficoltosa è l’identificazione dei numerosi geni
implicati in malattie più comuni, ad ereditarietà complessa (pochissimi geni identificati finora).

Requisiti per l’analisi di linkage di caratteri mendeliani:

1) conoscere i malati (pallini neri) → Una o più famiglie in cui segrega il carattere/malattia in questione → al
fine di conoscere i geni responsabili del fenotipo malattia:

2) Si utilizzano serie di marcatori → almeno 1 di questi dovrebbe segregare con il gene malattia. Si possono
usare marcatori diversi, anche varianti a singolo nucleotide…

Quali marcatori molecolari:

RFLPs (Restriction Fragment Length Polymorphisms)

•Presenza/assenza sito di taglio di enzima di restrizione
•Biallelici
•Southern blot / PCR

MICROSATELLITI
• ripetiz in tandem di 2-3-4 nucleotidi (CA)n
•Molti alleli, molto informativi
•Distribuiti in modo uniforme nel genoma. ≈ ogni 100 Kb
•PCR / marcatura con fluorescenza

SNPs (Single Nucleotyde Polymorphisms)

•Differenze di singola base, non necessariamente riconosciuti da enzimi di restrizione
•Biallelici
•Molto frequenti,
•Sviluppo di tecniche di genotyping automatizzate e in larga scala

MARCATORI GENETICI:
• Polimorfici -> presenza di 2 o + alleli alternativi
• Allele più raro con frequenza di almeno 1% nella popolaz.
• Facilmente tipizzabili e stabili di generazione in generazione
• Posizione nota nel genoma
70
→Gli individui delle famiglie vengono tipizzati per un set di
marcatori polimorfici distribuiti su tutto il genoma o in
particolari regioni candidate. Per tutti i cromosomi sono state
create mappe genetiche di marcatori polimorfici.

A questo punto si fa scanning del genoma = marcatori

polimorfici distribuiti lungo tutto il genoma. E si osserva cosa
accade nelle famiglie.

Analisi di linkage per caratteri mendeliani

Esiste però la ricombinazione: Se due loci sono molto vicini è
molto improbabile che ci sia ricombinazione. La ricombinazione si indica anche con TETHA (= frequenza con cui
due loci ricombinano fra loro alla meiosi) → la frazione massima di ricombinazione che si può aver a livello di
genoma è del 50%. Significa che è legato al caso, è indipendenza, non c’è una preferenza (come quando lanci
una moneta e c’è un 50% che esca croce e un 50% che esca testa, ma è casuale). La stessa cosa si verifica per
due loci su cromosomi diversi che segregano indipendentemente → La probabilità che vengano ereditati
insieme è del ½ → tetha = 50%.

Se due loci sono vicini fra loro sullo stesso cromosoma saranno ereditati insieme più frequentemente → tetha <
50%. Tanto più sono vicini, tanto più piccola è la probabilità che avvenga un crossing-over.

Se però 50% è indipendenza, più questo valore si abbassa e più la ricombinazione diminuisce, più significa che
aumenta il linkage perché sono due opposti: la ricombinazione diminuisce se i loci si avvicinano, ma se i loci si
avvicinano aumenta il linkage e quindi anche il LD.

➔ la frequenza di ricombinazione (tetha) e’ una misura della distanza genetica

Analisi del linkage

→ si osserva la probabilità che due loci siano concatenati, rispetto alla probabilità che due loci siano
indipendenti (=non siano concatenati → 50%):

A varie frazioni di ricombinazioni: più ci si sposta verso dx più

aumenta la ricombinazione, più ci si allontana dal locus della
malattia→ perché significa aumentare la distanza fisica dove
può avvenire la ricombinazione tra due loci.

Il vantaggio dei logaritmi è che consentono di sommare le

probabilità derivanti da più famiglie, fino ad ottenere un certo
valore non percentuale (es 3).

Se si raggiunge il valore di 3 significa che il marcatore malattia si

trova vicinissimo al gene malattia:

• LOD score > 3.0 evidenza di linkage: 1.000 volte più

probabile che due loci siano concatenati piuttosto che non concatenati.
• LOD score < - 2.0 evidenza di NON linkage con una probabilità di 100 contro 1.

71
NB: è noto il marcatore ed è nota la sua posizione su un certo cromosoma → significa aver mappato
esattamente il marcatore, ma se l’analisi di linkage trova che ad esempio il marcatore ha una ricombinazione del
5%, cosa significa? 5% = 5cM → se 1 cM = 1 milione di paia di basi, allora 5cM = 5 milioni di paia di basi. 5 milioni
bp sono tante ma ci siamo avvicinati abbastanza al gene malattia → con tecniche di sequenziamento si
sequenziano 5 milioni di bp: si identifica una regione candidata per posizione e si sequenzia. Se questa viene
sequenziata in tutti i soggetti malati e si identificano gli stessi geni mutati, ecco che si è trovato il gene malattia.

[Lezione pacco 4]

LD E SELEZIONE POSITIVA
(ricorda!!)

Se a un certo punto si verifica una

mutazione nel genoma di un soggetto
ancestrale (situazione A) ed in particolare
all’interno di un gene, il destino della
mutazione po' essere di due tipi:

- Caso C: aumentare in tempi brevi →

in questo caso se si osserva che la
regione attorno è molto conservata,
significa che quella regione è andata
incontro a selezione positiva = la
mutazione è importante nel contesto
genico in cui si verifica: la mutazione ha avvantaggiato una serie di altre varianti in quella stessa regione che
combinate con la mutazione hanno dato effetto positivo;
- Caso B: se la mutazione dà un effetto neutrale, significa che non c’è stato alcun vantaggio → dimostrato dal
fatto che la regione attorno è più corta; si sono verificati fenomeni di crossing over e la regione non si è
conservata, ciò è indice del fatto che non c’è stata selezione positiva.

72
Esempi a dimostrazione:

1- LATTASI

sulle ordinate:
lunghezza
dell’aplotipo (la
lunghezza del
segmento di
prima) → più è
lungo più la
regione è
conservata.
Negli europei c’è
un gene (LCT)
che conferisce
persistenza
dell’attività della
lattasi.

Cambiamenti marcati nelle dimensioni e nella densità della popolazione e cambiamenti culturali: introduzione
dell’agricoltura e allevamento di animali all’inizio del periodo Neolitico (circa 10’000 anni fa), che hanno
progressivamente sostituito il sistema di caccia e raccolta.

→ Diabete, obesità e aterosclerosi etc. potrebbero essere causate da varianti “parsimoniose” (“thrifty”
genotypes → genotipo risparmiatore = metabolismo da accumulo) che sono state selezionate positivamente in
un ambiente ancestrale che necessitava di accumulare riserve (caccia-raccolta) → adattamento genetico è
estremamente più lento dei cambiamenti ambientali /culturali. Il nostro metabolismo è ancora un metabolismo
di accumulo, nonostante le abitudini siano cambiate da un po’.

L’unica eccezione a ciò è data dal gene della persistenza della lattasi: chi viveva meglio era chi riusciva a
consumare latte e derivati prodotti dall’allevamento → in questo contesto sono nate mutazioni che possono
essere retrodatate fino a questo periodo (10'000 anni fa).

Gli adattamenti all’ambiente quindi sono piuttosto rapidi e dipendono anche dalla tipologia /quantità di cibo
che viene prodotta. Quando c’è miglioramento quali / quantitativo dell’alimentazione, la popolazione aumenta
e di conseguenza aumenta anche il numero di malattie, con diffusione di epidemie.

→Popolazioni con diete ricche di amido (amido digerito

da amilasi già a livello della bocca) → alcuni soggetti
avevano numero di copie di geni dell’amilasi maggiore,
per meccanismi casuali legati a evoluzione → erano
soggetti più favoriti da pdv evolutivo perché riuscivano a
digerire appunto l’amido. Si è verificata selezione
all’interno di queste popolazioni.

CNV = copied number variants = regioni che possono

essere duplicate, triplicate… nel genoma a seconda del
significato selettivo ed evolutivo. L’evoluzione
sicuramente può creare una mutazione e quei soggetti
con la mutazione possono essere avvantaggiati, ma la
selezione si verifica su una mutazione che si è già
verificata!
73
Tornando alla persistenza della lattasi:

Tutti i neonati hanno un’elevata attività dell’enzima lattasi → digestione lattosio del latte

Nella maggior parte degli uomini, l’attività diminuisce dopo lo svezzamento, ma in alcuni casi Persiste → grazie a
mutazione del gene → Vantaggio con l’ introduzione dei derivati del latte

Studi di linkage e LD hanno trovato un’associazione della persistenza della lattasi con l’ allele T di un
polimorfismo T/C 14 kb a monte del gene lattasi (LCT).

Si osserva una conservazione molto lunga del gene della lattasi → ciò comporta il fatto che con 1 semplice
variante in una regione si possa descrivere tutta la variabilità di quell’aplotipo essendo in forte LD.

→L’allele T associato alla

persistenza è presente
sull’aplotipo A che
presenta forte LD per > 1
Mb. Selezione positiva
più forte del genoma
umano.

QUINDI: Si sta parlando di 1 cromosoma, con tanti alleli che generano 1 aplotipo su quel cromosoma. Tanto più
lunga la conservazione dell’aplotipo, tanto più probabile che questa combinazione specifica (in questo caso
l’aplotipo A) abbia un significato funzionale importante → il significato infatti sta nel fatto che la mutazione in
questo aplotipo ha fatto sì che l’enzima mantenesse persistenza dell’attività dell’enzima anche in fase adulta del
soggetto → vantaggio selettivo rispetto ad altri soggetti che non riescono a digerire bene il latte.

In realtà, Altri aplotipi sembrerebbero responsabili dell’associazione con la persistenza fuori Europa => origine
multipla → cmq il risultato poi è sempre uno: persistenza del gene della lattasi.

2- G6PD (Glucosio 6 fosfato Deidrogenasi)

Stesso concetto è legato a gene G6PD → sul cromosoma X (nei M presente in una singola copia, nelle F presente
in duplice copia ma cmq c’è una copia che viene inattivata).

Enzima con diverse funzioni; è l’unico enzima nei globuli rossi che può riciclare la nicotinamide adenine
dinucleotide fosfato (NADP), necessaria per prevenire i danni ossidativi (da varie cause).

FAVISMO → dal termine fave che contengono sostanze altamente ossidanti; alcuni individui presentano
variazioni a carico del gene con ripercussioni in termini di produzione di sostanze ossidanti → esito fatale nel
caso peggiore. Ci sono anche casi di ittero emolitico nei neonati.

Ha mantenuto lunghezza piuttosto elevata dell’aplotipo con elevata fq allelica → Il gene ha avuto selezione
positiva perché protegge dai sintomi della malaria, che è in grado di comportare infezione e morte
nell’individuo. questo gene infatti protegge dall’infezione = una mutazione che teoricamente sarebbe negativa
diventa in realtà positiva per questo meccanismo protettivo.

➔ Condizioni sfavorevoli che vengono favorite in alcuni contesti → aumenta la fq di quella variante nella
popolazione poiché vantaggiosa.

Selezione positiva ed evoluzione

Nello stesso modo appena descritto può essere interessante capire quali mutazioni abbiano dato un contributo
in termini di evoluzione umana, ad esempio a proposito di articolazione del linguaggio (gene FOXP2) o gene
legato ad aumento dimensioni cervello (gene ASPM).

74
L’identificazione di questi loci potrebbe spiegare la natura di cambiamenti come appunto la capacità di
articolazione del linguaggio, che ha contribuito all’evoluzione dell’uomo moderno, o l’aumento delle dimensioni
del cervello.

➢ FOXP2

Identificato il gene mutato in una famiglia con deficit verbale → famiglia analizzata con analisi di linkage. Quindi
è stata associata la mutazione del gene alla disprassia verbale. quindi ci si è chiesti se la mutazione era presente
nelle scimmie e poi ci sia stata una mutazione positiva con vantaggio nell’eloquio → ipotesi confermata:
mutazione che ha contribuito all’articolazione del linguaggio.

Ci sono cambiamenti del gene FOXP2 identificati esclusivamente nell’uomo.

IL COLORE DELLA PELLE

Studi casuali hanno studiato pesce zebra fish → Scoperto in Zebrafish una mutazione del gene SLC24A5
responsabile del colore della striscia scura, la cui controparte è responsabile di una frazione significativa delle
differenze colore pelle tra Europei e Africani.

Confermata relazione variante – colore della pelle (60% omologia con l’uomo)

→indice melaninico e tre genotipi: indice melaninico aumenta

spostandosi verso dx. sembra esserci importante relazione tra la
variante dello zebra fish e il colore della pelle.

Cmq il colore della pelle è un carattere poligenico = Diversi geni

sono candidati a influenzare le differenze nel colore della pelle tra
Africani ed Europei.

Inoltre, c’è fenomeno di selezione positiva del colore della pelle

→ la pelle scura protegge dagli UV quindi la pelle assorbe pochi
UV che però sono necessari per la produzione di vitamina D. negli
ambienti molto assolati, la pelle deve proteggere dalle radiazioni solari, tuttavia in soggetti usciti dall’africa che
hanno iniziato a adattarsi a climi più freddi, ci sono state mutazioni che ha favorito una pelle più chiara e
dunque l’assorbimento di vitamina (evoluzione ha comportato adattamento all’ambiente in cui il soggetto si
trova a vivere).

I PATOGENI

Altro esempio di selezione positiva: il virus HIV trova difficoltà a infettare linfociti T (attraverso cui normalmente
il virus si propaga) se c’è delezione nel recettore CCR5 (R per le chemochine) →è noto che nella popolazione c’è
questa delezione di 32 bp: chi ce l’ha in singola copia risulta protetto e chi ce l’ha i doppia copia è anche più
protetto.

➔ Può esserci una suscettibilità genetica ad ammalarsi di più o di meno.

In realtà HIV è molto recente → difficile pensare che la delezione sia secondaria all’infezione! Sono stati altri
eventi legati ad altri patogeni (es peste e vaiolo) con meccanismi di infezione simili: ciò consente di spiegare
l’aumento di questa variante nelle popolazioni attuali. Infatti, questa variante proteggeva da infezioni già
centinaia di anni fa. → Una SELEZIONE POSITIVA locale causata da un agente sconosciuto (peste, vaiolo)
avrebbe incrementato la frequenza di CCR5-Δ32 negli europei del Nord.

75
Conclusioni:

La selezione ha determinato molte delle differenze tra geni umani e quelli di altre specie, ma non è ancora
chiaro quanti geni siano stati influenzati da processi locali adattativi, e meno ancora si sa sul fatto che questi
geni siano effettivamente importanti per la comprensione della variabilità fenotipica umana.

La capacità di evidenziare l’effetto di una recente selezione naturale nelle popolazioni umane potrebbe avere
implicazioni profonde per lo studio della storia e della patologia umana.

Anche il clima è un fattore selettivo ambientale, perché ad esempio è in grado di far aumentare in una
popolazione la frequenza di individui in grado di disperdere meno il calore – utile in popolazioni nordiche dove
l’ambiente è più freddo. In altri ambienti una termoregolazione in grado , al contrario, di disperdere
maggiormente il calore può essere altrettanto protettiva.

Adattamento anche al consumo alimentare. Metabolismo più rapido o più lento in base a condizioni climatiche
→ dispendo energetico più alto in Nord Europa (necessità di produrre calore) rispetto al sud Europa (altri
meccanismi → maggiore sudorazione).
• The biological processes that influence tolerance to climatic extremes are likely to play important roles in the
pathogenesis of common metabolic disorders, such as type 2 diabetes (T2D), obesity, dyslipidemia, and hypertension.

• For example, obesity risk is likely to be related to variation in energy balance, through variation in food intake, body mass
index, and basal metabolic rate.

• Additional examples include the relationships between T2D risk and variation in blood glucose levels, between lipid levels
and intake, processing and storage of lipids, and between hypertension risk and sodium retention and arterial vessel tone.

• Therefore, susceptibility genes for these common metabolic disorders are promising candidate targets of climate
adaptations. Interestingly, these phenotypes tend to co-occur in individuals, an observation that gave rise to the definition
of the metabolic syndrome as a clustering of quantitative phenotypes related to T2D, obesity, hypertension and
dyslipidemia.

Examples:

• SNPs in leptin receptor gene ( LEPR) (Leptin an adipocyte-specific hormone that regulates adipose-tissue mass through
hypothalamic effects on satiety and energy expenditure, acts through LEPR) that had significant patterns with winter PC1
also had significant iHS values (in both Asians and CEPH Europeans). This is consistent with the idea that variants that are
deleterious in hot equatorial climates become advantageous (rather than simply neutral) in colder climates.

• A similarly interesting example is the signal observed at the PON1 gene, whose protein product protects lipids from
oxidation and is involved in vasodilation. A derived nonsynonymous allele (192Q), which increases in frequency with
latitude and affects enzymatic activity in vitro, was found to influence LDL size and to be protective against coronary artery
disease, stroke and myocardial infarction risk .

• Optimal sodium retention may differ among climates and variation in sodium retention is likely to affect hypertension
risk. In hot, humid environments, high sodium retention may be necessary, whereas high sodium retention may be
deleterious in cooler environments. Therefore, because of the partial overlap between common metabolic disorders and
cold-adaptive phenotypes, the subset of SNPs with strong signals of spatially varying selection detected in this study can be
considered strong candidates for the genetic susceptibility to the metabolic syndrome

CLIMATE VS DISEASES

• The idea that alleles that confer adaptations to climate have opposing effects on disease susceptibility is not entirely
unexpected; this is probably because positive selection acted on phenotypes that are related, but distinct from the
metabolic disorders that reach high prevalence among contemporary populations or that account only for a portion of all
patients.

• For example, a haplotype in the TCF7L2 gene (blood glucose homeostasis) was reported to carry a signature of positive
selection and this haplotype includes the derived allele at SNP rs7903146 that protects against T2D. Interestingly, this

76
haplotype is associated with higher body mass index and altered concentrations of the hunger-satiety hormones ghrelin
and leptin, suggesting that it conferred a selective advantage on energy metabolism.

• The finding that SNP rs7903146 has a significant signal of spatially varying selection and that the derived allele increases
in frequency outside Africa is consistent with this proposal. Furthermore, it illustrates how an adaptation to climate may
partially, but not entirely overlap with the disease phenotype.

77
 [Lezione 5]

GENETICA DELLE MALATTIE COMPLESSE

Nel caso delle malattie complesse la genetica c’entra, ma poi si uniscono molti altri fattori (Ambiente…)

La complessità:

Eredità poligenica: effetti additivi di più geni. Ma poligenica non significa complessa. Infatti si inserisce l’eredità
multifattoriale

Eredità multifattoriale: contributo di uno o più geni e/o fattori ambientali. Si caratterizza per ricorrenza in
famiglie = tanto più ricorre nelle famiglie, tanto più dovrebbe essere una componente genetica importante. In
realtà le famiglie non condividono solo geni ma anche ambiente!

Inoltre, le malattie complesse non seguono la genetica mendeliana → ci sono diversi fattori genetici che
segregano contemporaneamente e la combinazione di questi può generare fenotipi complessi + interazione
ambientale → l’interazione geni-ambiente rende la genetica delle malattie complesse non mendeliana = cercare
di predire chi si ammalerà in una famiglia è veramente complesso.

Esempio:

Effetto additivo = più mutazioni legate al

colore scuro della pelle presenti nei geni,
tanto più i soggetti che presentano le
mutazioni avranno il colore scuro della
pelle.

A dx ho tante mutazioni → colore scuro.

A sx→ colore chiaro.
In centro →miscela di combinazioni.

Gameti possono portare 0, 1, 2 o 3 mutazioni che causano il colore scuro della pelle.

Fenotipo altezza → segue anche lei distribuzione gaussiana (continua):

A dx più alti a sx più bassi e in

mezzo i soggetti attorno alla
media.

Più geni si aggiungono, più la

distribuzione da discontinua
diventa
continua →
ogni gene contribuisce con una sua proporzione:

La distribuzione continua mette insieme tanti contributi diversi di tanti geni diversi →
carattere. Il carattere essendo complesso dipende da tanti geni.

Caratteri multifattoriali continui o quantitativi

fenotipi diversi per uno stesso carattere non si distinguono in modo inequivocabile, ma
devono essere classificati in base a distinzioni arbitrarie.

Esempio → la statura: 400 loci identificati in grado di spiegare le differenze di altezza. Tuttavia
c’è fenomeno di regressione verso la media: La maggior parte dei nati da individui con
fenotipo estremo (alti x alti) presenterà un fenotipo meno estremo di quello dei genitori:
78
generalmente da due genitori alti non nasce un figlio più alto, perché la combinazione tra i genitori comporta
anche la trasmissione di geni che si associano a una statura minore. Se i soggetti di partenza sono eterozigoti (es
AaBbCcDd) la probabilità di avere omozigoti è altina = il figlio potrà avere statura minore:

Questo è il fenomeno di regressione verso la media.

Frequenza di tipi diversi di malattie genetiche

malattie multifattoriali non sono frequenti tanto alla nascita; sono più
che altro malattie legate all’età (malattie croniche) e si associano a tutte
le fasce di età, ma in realtà sotti i 25 anni la prevalenza è bassa, aumenta
più tardi → si tratta di malattie cv, diabete…

Eredità dei caratteri complessi

RICORRENZA NELLE FAMIGLIE: Anche se per queste malattie non si può
parlare di eredità mendeliana, qui un’info importante è data dalla
maggior prevalenza di malati all’interno di una stessa famiglia → c’è un
certo grado di rischio di ricorrenza inteso come la probabilità di trovare
altri soggetti malati all’interno di una stessa famiglia, con probabilità
più alta a seconda del grado di parentela: il rischio è più alto, più
stretto il famigliare → proporzionalità del rischio rispetto al grado di
parentela

Alcune malformazioni congenite sono malattie complesse: es piede

equino... anche in questo caso con proporzionalità dell’incidenza in
relazione al grado di parentela. Le stesse malattie nella popolazione
generale hanno incidenze più basse.

→ es. LABIOSCHISI = mancata chiusura del labbro, con malformazioni

del palato… più frequente nei maschi rispetto alle femmine.
• 1/700 – 1/1000 nati
• 80% dei casi unilaterale
• Gravità variabile

Valutazione del rischio di ricorrenza → frequenza aumentata nella stessa famiglia:

− calcolando rischio teorico di ricorrenza
− valutando il rischio empirico → empirico in senso di approssimato
− indagando i singoli fattori di rischio, attribuendo un peso a ciascun fattore di rischio

RISCHIO TEORICO DI RICORRENZA

per i consanguinei di I grado il rischio teorico di ricorrenza è circa pari a RADICE QUADRATA della freq. malattia
nella popolazione:

es labioschisi = 0,001 → freq. in consanguinei I grado = 0,03

Il modello additivo a soglia

la patologia complessa è data da combinazione fattori genetici-fattori ambientali. Tuttavia la stessa malattia può
essere causata da quota diversa dell’uno o dell’altro →modello additivo a soglia: se la soglia non viene superata:
no malattia;

79
se però si parte da suscettibilità genetica più alta, gli stessi fattori ambientali determinano superamento della
soglia = malattia; se non c’è suscettibilità genetica, in presenza di molti fattori ambientali si può avere
superamento soglia = malattia.

Nella popolazione generale ho una distribuzione di suscettività alla malattia, quando si supera la soglia il
soggetto si ammala e è definito affetto.

-Graficamente, c’è una certa suscettibilità: al superamento della soglia = malattia (grafico a)

-Se c’è suscettibilità genetica elevata, bastano meno fattori ambientali per far ammalare (grafico b) → i parenti
di primo grado di un soggetto malato hanno una suscettibilità più alta → la curva infatti risulta spostata più a dx.

quindi per il calcolo del Rischio di ricorrenza → calcolo il rischio di ammalarsi nella popolazione generale, poi
calcolo la distribuzione dei malati solo in soggetti che hanno un fratello affetto → Il rischio di ammalarsi è
maggiore in presenza di (almeno) un fratello affetto.

Ma QUINDI nelle malattie complesse quanto pesa la componente genetica? Questa è determinabile in %?

Ereditabilità
Ereditabilità (h2): proporzione della variabilità totale di una popolazione che può essere attribuita alla variabilità
genetica (stiamo parlando di malattia ma può essere anche qualsiasi tratto genetico: altezza, pressione
arteriosa) → qual è la genetica che sta dietro questi tratti/malattie? Si usa comunemente per indicare quanto
un tratto è influenzato da fattori genetici in una data popolazione.

(variazione = variabilità)

Un metodo per studiare la variazione genetica è lo studio dei gemelli monozigotici (sempre stesso sesso;
condivisione del 100% dello stesso genoma) vs dizigotici (possono
essere anche di sessi diversi)

A) In questo caso nei mono: 4 coppie su 5 sono concordanti

(entrambi neri, può significare che entrambi condividono la
stessa malattia) = 4/5 = 80%. La stessa proporzione però si
osserva dei dizigotici → il che è strano: nessuna differenza, quindi
nessuna ereditabilità → ma è anomalo perché ci aspettiamo una
differenza siccome i mono condividono il 100% del patrimonio
genetico, mentre gli altri solo il 50% → la concordanza dovrebbe
essere molto maggiore nei monozigotici.

80
B) si inizia a osservare una piccola differenza, ma ciò si traduce in poca ereditabilità; dovrebbe esserci uno
sbilanciamento maggiore nelle coppie dei due gruppi (maggior differenza tra i di)

C) maggior differenza = maggior ereditabilità → nei mono si osservano 3 coppie concordanti e 2 discordanti,
mentre nei di 4 coppie discordanti e solo 1 concordante. Perciò c’è ereditabilità maggiore.

Ereditabilità h2 di alcune malformazioni congenite

(sono le stesse malattie di prima) → Come trovare un valore preciso di ereditabilità

Si utilizza la concordanza in gemelli mono e in gemelli di:

*Vt = varianza totale; Ve = varianza ambientale; DZ=

dizigotici, MZ = monozigotici; Vg = varianza genetica.

Nella formula si possono inserire numeri reali,

derivanti da studi condotti sui gemelli → es
labioschisi: 40 coppie su 100 di gemelli mono sono
concordanti; 5 su 100 di dizigotici sono concordanti →
più alta la concordanza nei monozigotici, più alta
l’ereditabilità

NB → ereditabilità cmq non è così elevata! Sicuramente conta anche variabilità ambientale in queste malattie.

Dimostrazione:

Altri caratteri:

stupisce che il K mammella abbia ereditabilità molto

bassa: 2% → in effetti la maggior parte di questo
tumore è sporadico = insorge in popolazione generale
senza che ci sia forte trasmissibilità genetica. Ci può
essere interazione geni-ambiente. Il 2% deriva da studi
su famiglie con più soggetti affetti da questo K →
sicuramente in questi casi la genetica allora c’entra.

Diabete tipo 2 –> sembra avere ereditabilità maggiore

(circa 90% in MZ), ciò che stupisce in realtà è che
l’ereditabilità del DM2 è maggiore del DM1: questo
perché nel DM2 c’è coinvolgimento di MOLTI geni e

81
molti geni fa componente genetica, ma la loro interazione è complessa da studiare; inoltre molti geni
probabilmente sono anche implicati in metabolismo.

Alcolismo → componente genetica maggiore alla sclerosi multipla, come mai? C’è componente legata a
abitudini famigliari ma c’è sicuramente anche componente genetica legata al fatto che alcuni sogg non riescono
a metabolizzare alcol per mancanza enzimi.

Rapporto fra coefficiente di correlazione (r) e percentuale di geni in comune

se un carattere è controllato esclusivamente da geni senza influenza ambientale, il coefficiente di correlazione
osservato in un gruppo di coppie di consanguinei, dovrebbe essere uguale alla percentuale di geni che i
membri della coppia hanno in comune a causa del loro grado di consanguineità

Correlazione → è max nei gemelli monozigotici perché condividono il 100% del patrimonio genetico: se è malato
uno sarà malato anche l’altro. Se è sempre così il valore di r sarà sempre 1.

MA se si considerano gemelli dizigotici, genitori-figli, fratelli il coefficiente è 0,5 perché condividono il 50% del
patrimonio genetico. Al diminuire del grado di parentela, r si dimezza → ad ogni passaggio generazionale r si
dimezza. Più il rapporto tra r e la percentuale di geni in
comune si avvicina ad r, maggiore la componente
genetica; il contrario identifica invece una situazione in
cui prevale la componente ambientale. I coniugi hanno 0
geni in comune quindi il rapporto sarà 0.

Esempio: coefficiente di correlazione (r) per valori della pressione sanguigna: nei gemelli MZ non è più 1 perché
c’è componente ambientale! E anche per tutti gli altri gradi di parentela si osservano valori più bassi:

Invece, r fra genitori e figli naturali o adottivi → studio di gemelli MZ che vivono in uno stesso ambiente vs
gemelli MZ separati alla nascita che sono cresciuti in ambienti diversi: ciò consente di stabilire se ambiente ha
influenza che va oltre la genetica. Infatti figli naturali hanno r più elevato rispetto a r di figli adottativi che non
sono imparentati:

A differenza dei caratteri monofattoriali, ogni famiglia ha un rischio suo, dipendente da:
− n^ di individui affetti in ogni famiglia
− tipo di consanguineità con l’affetto (più vicino il grado di parentela più alto il rischio di ricorrenza)
− eventuale consanguineità dei genitori (aumento della probabilità di ammalarsi)
− gravità della malattia
− eventualmente sesso dell’affetto (ci sono malattie che hanno certa correlazione con il sesso: se malattia
è più frequente nel sesso M ad esempio e nasce un figlio maschio, la probabilità di essere malato è più
alta che se nascesse una figlia F).

82
Eredità complessa di caratteri qualitativi
*qualitativi nel senso di sano/malato

Analisi di linkage in realtà funziona molto bene per malattie mendeliane ma si usa poco per le malattie
complesse → quindi si usano analisi linkage “model free” = senza modelli = senza ipotesi di dominanza,
recessività…

I primi studi importanti in questo senso sono gli studi di associazione: prendo casi e controlli e osservo se una
variante è più frequente tra i casi e meno tra i controlli o viceversa. Si valuta presenza o assenza di malattia
associata o non associata con gli alleli di Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) → analisi semplici.

Altri studi usano coppie di fratelli affetti (concordanti/discordanti) oppure trii (genitori + figlio affetti →
transmission disequilibrium test (TDT)).

Identità per stato e identità per discendenza

Ci son due tipi di condivisione di alleli comuni: (1) identità per discendenza e (2) identità per stato:

per discendenza = ereditare un allele per discendenza, ereditarlo da un genitore (esempio a dx): ad esempio
allele A1, in questo caso ereditato dal padre, perché ce l’ha solo lui mentre la madre no → entrambi i fratelli ce
l’hanno e entrambi l’hanno ereditato per discendenza dallo stesso genitore.

per stato (albero sx) = allele A1 è posseduto da entrambi i genitori → ma si può risalire in realtà a chi l’ha
trasmesso per esclusione, vedendo da chi ha
ereditato il secondo allele: nell’esempio A1 è
stato ereditato da un figlio dalla madre e
dall’altro figlio dal padre. Se il figlio è A1A3, A3 è
ereditato necessariamente dalla madre quindi
A1 è stato ereditato dal padre. Viceversa nel
caso della figlia. L’allele A1 allora è identico per
stato perché non è stato ereditato dallo stesso
genitore.

Perché ci sia consanguineità l’allele deve essere

identico per discendenza!

Analisi delle coppie di fratelli affetti (Affected Sib Pair analysis)

→È possibile seguire
la segregazione degli
alleli e osservare
quante volte
segrega tra fratelli
affetti: se segrega
più dell’atteso
significa che
quell’allele può
avere un ruolo. Le proporzioni dipendono dal fatto che la malattia sia D o R → se è Dominante (caso B):
entrambi i figli possono avere alleli in comune ma per essere entrambi malati devono aver ereditato per forza di
cose allele A dal padre

Se la malattia è Recessiva, i fratelli devono condividere per forza entrambi gli alleli → A dal padre e C dalla
madre.

Le proporzioni attese dipendono dal modello. Si cerca sempre differenza osservati /attesi.

83
Il “transmission disequilibrium test” (TDT)
→Si selezionano i trii genitori-figlio in cui il figlio sia
affetto ed i genitori siano eterozigoti per un gene
marcatore biallelico con due alleli A e a (es. SNP). Si
contano: il numero di volte m che un genitore eterozigote
trasmette l’allele a (o A) al figlio affetto e il numero di
volte n che trasmette l’altro allele A (o a). Si misura la
quantità TDT=(m-n)2/(m+n) che indica quanto
l’associazione tra il gene marcatore e la malattia sia
stretta e statisticamente significativa.

In questi pedigree: Genitori sani, figlio malato → si cerca quante quante volte i figli malati condividono un certo
allele (allele malattia a). si devono analizzare molte famiglie per capire se allele a è associato o meno a malattia.
Si tratta di capire quante volte viene trasmesso maggiormente rispetto all’atteso un certo allele negli individui
affetti → se un allele è più presente tra gli affetti rispetto a quello che mi sarei aspettata da un’analisi di
segregazione casuale, significa che quell’allele molto probabilmente contribuisce alla malattia.

RISCHIO RELATIVO
= rapporto tra la frequenza di una malattia multifattoriale in un consanguineo della persona affetta (secondo un
certo grado di parentela: r) e la frequenza della stessa malattia nella popolazione generale.

Se la frequenza è maggiore nella famiglia, vuol dire che la prevalenza è maggiore rispetto alla pop generale

λ riferito ad un gene = contributo di quel gene specifico rispetto alla combinazione dei geni implicati nella
malattia:

Ogni locus si può identificare un certo

rischio λs (→ s sta per fratelli: Rischio
relativo nei fratelli). Ad esempio nel
DM1, il locus HLA è quello che dà un
contributo importante alla malattia: è
un locus importante per attività
immunitaria. È stato associato anche un
microsatellite al gene dell’insulina →
anche il gene dell’insulina è importante
per determinare suscettibilità alla
malattia: ha senso perché insulina è uno
dei bersagli della risposta autoimmune.

84
ODDS RATIO
= misura del rischio →viene definito “rapporto dei prodotti crociati” e dà idea di una misura di un aumento del
rischio:

Es se risulta OR= 1,5 → c’è

rischio del 50% in più
rispetto alla popolazione
generale → in realtà
dipende dal rischio della
popolazione generale
perché se nella popolazione
generale il rischio è basso/molto basso, anche il 50% di un rischio basso sarà basso! I rischi alti (delle malattie
genetiche mendeliane) arrivano a 6-700.

Più il rischio è basso, più bisogna studiare coorti ampie, che includano molti casi e molti controlli → se lo studio
si basa su un campione basso, tendenzialmente sarà poco affidabile.

Catalog of Published Genome-Wide Association Studies → http://www.genome.gov/gwastudies/

85
 28/05/20
[Lezione 6]

DIABETE MELLITO – Esempio di patologia complessa

Esistono molte forme di diabete

→ forme monogeniche: diabete insipido (mutazioni dirette in geni legati a funzionalità renale e riassorbimento
sostanze tra cui anche glucosio; è cmq forma rara. C’è anche componente ambientale )

Possibili mutazioni:

Altra forma è diabete mellito (mellito = dolce) → ne esistono 2 forme principali : tipo 1 (giovanile o insulino
dipendente), tipo 2 (dell’adulto o non isulino dipendente) + altri tipi

Il pancreas è localizzato nell’addome, adiacente al duodeno. Una sezione del pancreas pone in evidenza l’isola di
Langerhans che è l’unità funzionale del pancreas. La cellula beta sintetizza e secerne insulina. Le cellule beta
sono adiacenti ai vasi sanguigni e rispondono facilmente ai cambiamenti di concentrazione di glucosio nel
sangue regolando la produzione di insulina. L’insulina permette alle cellule di utilizzare il glucosio contenuto nel
sangue trasformandolo in energia, per es.muscolare → insulina = ormone ipoglicemizzante.

Le cellule beta vengono distrutte in DM1 a causa del meccanismo autoimmunitario

in DM1 → insulina non viene prodotta, quindi il glucosio

rimane in circolo;

in DM2 → insulina c’è, viene prodotta ma per una serie di

cause non svolge la sua fx, anche in questo caso il glucosio
resta in circolo.

Quanto è diffuso nel mondo

Proiezioni di uno studio del 98 al 2000: davano previsione di

aumento a livello mondiale, ma spt il gradino si osserva
notevolmente nei paesi in via di sviluppo, le cui condizioni
socio economiche si pensava sarebbero migliorate,
comportando anche un cambiamento dell’alimentazione e
una dieta più occidentale → in effetti nel 2020 ci son 463
milioni di persone nel mondo con DM2 e si prevede che saranno 693 milioni nel 2045!

Sebbene il diabete di tipo 2 sia numericamente più prevalente nella popolazione generale, il diabete di tipo 1 è
la malattia cronica più comune dei bambini. Con la crescente prevalenza del diabete di tipo 2 nei bambini e negli
adolescenti, l'ordine può essere invertito entro uno o due decenni.

Classificazione clinica del DM

Tipo 1 è giovanile, è una forma meno frequente del tipo 2. È legato a componente autoimmunitaria →
associazione con HLA = antigeni di istocompatibiltà che regolano la tolleranza immunitaria quindi la capacità di
riconoscere o meno il self (sono HLA DR3 e DR4) → Esiste fase di induzione della tolleranza molto precoce, che

86
in caso di varianti di HLA non risulta così efficace → l’insulina non viene riconosciuta come self e rimangono
attivi cloni autoimmunitari che reagiscono contro di lei, fino a raggiungere le cellule beta del pancreas e a
distruggerle.

DM1 non si associa a obesità. Richiede insulina (mancando insulina nei soggetti, si può fornire dall’esterno
correggendo un difetto intrinseco)

Ereditabilità è molto più alta in realtà in DM2 → infatti, da studi su gemelli mono si osserva concordanza molto
più alta per il DM2 (80-100%). Il sib risk (è il rischio relativo che si riferisce al rischio di avere un fratello affetto) è
minore nel diabete tipo 1.

Tipo 2 non è autoimmunitario; è una forma più avanzata (anche se si osservano forme precoci a causa di
sbilanciamento alimentare importante). C’è forte associazione con obesità, quindi anche con alimentazione.
Insulina non serve, almeno all’inizio: si usano ipoglicemizzanti orali.

Diabete MODY →è una forma intermedia: ci sono geni più impo coinvolti (monogeiche), onset giovanile, è una
forma rara. Si tiene sotto controllo con ipoglicemizzanti. No associazione con HLA.

Altre forme di diabete mellito:

- DIABETE MELLITO SECONDARIO AD ALTRE PATOLOGIE (endocrinopatie, indotto da farmaci, infezioni, patologie
genetiche -> DS, Turner, HD, porfiria)

- DIABETE MELLITO GESTAZIONALE

Diabete mellito tipo 1 o insulino dipendente

1 individuo ogni 2000 circa si ammala di IDDM = diabete mellito insulino dipendente. Se c’è un fratello malato di
DM1 il rischio aumenta di 2 ordini di grandezza: 1 fratello di diabetico giovanile ogni 20 si ammala anche lui
della stessa malattia.

IDDM →C’è differenza tra i gemelli mono e di: concordanza maggiore tra i MZ:

87
Fattori di rischio: HLA
HLA sul cromosoma 6, braccio piccolo. Diverse classi sulla
regione del cromosoma → il vero HLA si trova in classe 1 e
classe 2.
Classe 1 e classe 2 sono impo per il riconoscimento di
antigeni. Hanno coda citoplasmatica. Classe 1 si trova su tutte
le cellule, classe 2 su cellule del sistema immunitario. Il 2 è un
vero eterodimero perché entrambe le molecole hanno
porzione extra e intra cellulare, 1 non è un eterodimero
propriamente detto. Entrambe le proteine hanno la tasca di
legame con il peptide antigenico che è una regione altamente
polimorfica → questo per poter riconoscere una quantità
numerosa di antigeni.

Fattori di rischio riconducibili quindi a:

- Assenza di acido aspartico in posizione 57 del prodotto del
gene DQB → “non Asp”
- Presenza di arginina in posizione 52 del prodotto del gene DQA.

C’è segregazione degli aplotipi HLA (da parte dei genitori ai figli) → con possibilità di diverse combinazioni:

MA, esiste anche il crossing over → nel corso dell’evoluzione quindi di sicuro ci
sono state ricombinazioni e attualmente ci sono aplotipi più frequenti nella
popolazione e altri meno frequenti, con ruolo anche per la sopravvivenza (i più
frequenti).

Ricorrenza di IDDM in fratelli ed HLA:

Avendo 1 fratello affetto di DM1, il rischio aumenta. Ma il rischio dipende anche

dal numero di aplotipi condivisi con il fratello affetto: al crescere del numero di
aplotipi (0-2) cresce il rischio:

Contributo dei singoli loci IDDM → possiamo scomporre il rischio legato a ciascun locus in grado di definire
quale è il suo contributo alla malattia.

Nel DM1, si osserva come in popolazioni diverse ci siano differenze: es popolazione americana e popolazione
giapponese → si osserva rischio relativo osservando la presenza di un fratello affetto, rispetto alla pop generale:
Il rischio negli usa nella popolazione generale è 0,4% mentre se ho un fratello affetto 6%--> rischio 15 volte
aumentato. In giappone invece la prevalenza nella popolazione generale è bassissimo 0,01 quindi lambda s è di
100 volte superiore→ se il rischio della popolazione è molto basso
posso avere un rischio molto più elevato se ho un fratello affetto → si
ottiene un RR >100

88
Conoscendo: Età di insorgenza della malattia en^ di parenti affetti in famiglia → è possibile osservare come
cambia il rischio di ammalarsi (%): aumenta quando età
insorgenza è precoce (<10 anni), quando padre e madre
sono affetti, quando ci sono più famigliari affetti in
generale. In presenza di 1 fratello affetto che però si è
ammalato più tardi (sopra i 10 anni), il rischio per il
soggetto si abbassa molto. NB: dipende anche da quanti
aplotipi si condividono con il malato: il rischio aumenta se
si è ereditato lo stesso allele/aplotipo al locus HLA del
parente affetto.

Studi genomici
Quando si fa studio genomico, si analizza tutto il genoma con serie di marcatori → si identifica quando il
marcatore (Segnalino di potenziale identificatore di locus malattia) è nei pressi del gene malattia.

Il cromosoma 6 (dove si trova locus dell’HLA) dà un segnale molto

forte, ad identificare che si tratta di un dato con significatività molto
elevata: è un gene che rappresenta fattore di rischio impo per
suscettibilità a sviluppare la malattia. Ovviamente sono coinvolti altri
geni e loci, perché se così non fosse si tratterebbe di una malattia
mendeliana → è una malattia complessa!

La suscettibilità ci dice anche che ci sono invece individui che hanno

queste caratteristiche genetiche ma che NON sviluppano la malattia →
questo è vero per tutte le malattie genetiche.

LOD score misura la probabilità che due geni siano concatenati vs la

probabilità di indipendenza.

LOD score sull’asse delle ordinate, mentre sulle ascisse troviamo la

localizzazione del marcatore. Il picco ci dice dove si localizza il
marcatore → nell’analisi di linkage tradizionale viene espressa in cM.
Più siamo vicini al gene malattia, più il valore è vicino a 0 = il marcatore
è all’interno del gene malattia.

I cM possono essere tradotti in % di ricombinazione. Se il picco supera

il valore di 3 significa che c’è probabilità molto alta che il marcatore e il
locus malattia siano concatenati , molto vicini = segregano insieme, la probabilità che avvenga ricombinazione è
molto bassa.

Diversi loci malattia per DM1 → locus più impo è HLA:

89
Ci sono potenzialità di studiare la componente genetica e pertanto come venga trasmesso l’allele e l’aplotipo
malattia nella famiglia o in piccoli nuclei famigliari → es TDT: quante volte viene trasmesso maggiormente
rispetto all’atteso un certo allele negli individui affetti → se un allele è più presente tra gli affetti rispetto a
quello che mi sarei aspettata da un’analisi di segregazione casuale, significa che quell’allele molto
probabilmente contribuisce alla malattia.

Loci non HLA

1. Gene dell’insulina e VNTR = minisatellite (= sequenza mediamente lunga, da 14 bp, adiacente e ripetuta
in tandem).
Sequenze come questa possono causare
problemi nell’espressione dei geni a
seconda di dove si localizzano: VNTR si
localizza al 5’ del gene, dove spesso si
trovano i promotori del gene. Perciò
molto spesso un’estensione lunga o corta
di una ripetizione può influire
sull’espressione del gene → in questo
caso la ripetizione lunga correla con una
elevata produzione di insulina nel timo e quindi dovrebbe essere protettiva perché significa che induce
tolleranza, mentre la ripetizione corta si associa a suscettibilità per ridotta produzione di insulina quindi
mancata induzione della tolleranza.

2. CTLA-4 (IDDM12):
– espresso su cellule T attivate, regola T cells
– specialmente in sottogruppo con diabete e tiroidite autoimmunitaria = caratterizza malattie autoimmuni
diverse.

3. PTPN22/LYP (famiglia di protein tyrosine phosphatases)

- attivazione T-cell (associato anche a RA, LES)

Fattori eziologici (di rischio)

Non genetici:

 Infezioni virali (es, coxsackie, cytomegalovirus)

 Dieta nella prima infanzia (cessazione precoce dell’allattamento materno/ introduzione precoce di latte
di mucca, nitrosamine dieta)
 Infezioni perinatali
 Tossine
 Somministrazione di vaccino (?)

Genetici:

 Associati al sistema genetico dell’istocompatibilità HLA

 Non associati al sistema HLA (INS, etc.)

→HLA + INS fanno circa il 50% della suscettibilità

90
Diabete mellito tipo 2 o non insulino dipendente (NIDDM)
= Malattia ereditaria eterogenea caratterizzata da una iperglicemia cronica causata da una combinazione di
disfunzione delle cellule beta del pancreas, diminuzione della secrezione di insulina e della risposta finale degli
organi (resistenza insulinica).

135 milioni di persone nel mondo, 90% forme diabetiche. Insorgenza tardiva, comunemente tra i 40 e 60 anni
(10-20% persone > 45anni); alcune pop > incidenza. La penetranza è variabile, tra il 10 e il 40%

Popolazioni con elevata prevalenza → es Indiani Pima: il cambiamento delle abitudini alimentari, spt legato a
dieta occidentale, ha comportato aumento nel giro di pochissimi anni di diabete, preceduta in realtà da
epidemia di obesità.

Genotipo risparmiatore → ha sfavorito gli Indiani Pima in modo vistoso, così come più in generale sfavorisce
tutti gli occidentali.

Ci sono forme monogeniche rare di NIDDM, soprattutto AD:

- MODY

- Maternally inherited diabetes with deafness (MIDD) -> mutazioni mitocondriali (deficit di secrezione insulinica
dovuta a diminuzione sensibilità sensoriale al glucosio delle cellule beta), tRNA Leucina. Myopathy and stroke
like episodes (MELAS)

- Mutazioni gene insulina: esempio nel binding site del promotore del gene INS (IPF-1α, insulin promoter
factor).

Comunque, c’è feedback negativo che porta a disfunzione delle cellule beta con diminuzione della secrezione di
insulina e resistenza periferica a insulina:

Fattori di rischio
Nonostante l’ereditabilità elevata (DM2 monogenico prevalentemente associato a deficit secretorio di insulina:
h2=50-58%; DM2 monogenico prevalentemente associato a resistenza insulinica: h2=26-37%), ci sono altri fattori
di rischio:

91
• Età
• Obesità
• Inattività fisica
• Famigliarità
• Ambiente diabetico intrauterino
• Alimentazione
• Basso peso alla nascita

Rischio molto basso → si parla di un rischio del 40% in più rispetto alla popolazione generale, ma se la
popolazione generale ha un rischio basso, il rischio di ammalarsi resta comunque molto basso (40% x rischio
della popolazione generale).

DIABETE MODY richiama malattie monofattoriali anche se la penetranza non è completa:

Glucosio quando entra nelle cellule, viene utilizzato grz alla glucochinasi, vi è la glicolisi, utilizzato per il
funzionamento mitocondriale e in parte viene utilizzato per generare atp. Vi è depolarizzazione e secrezione di
insulina.
Mentre le differenze patofisiologiche e cliniche tra il diabete del fattore di trascrizione sono relativamente
limitate, la forma della glucocinasi è abbastanza distante dalle altre. La glucocinasi è un enzima regolatorio
chiave delle cellule B del pancreas che catalizza
la fosforilazione del glucosio in glucosio-6-
fosfato. Questo passaggio è cruciale per il
processo di produzione di energia e
successivamente per la sintesi di ATP e la
secrezione di insulina. Le mutazioni identificate
nel gene della glucocinasi sono responsabili di
una forma clinicamente modesta di diabete. Il
diabete associato a fattori di trascrizione ha un
meccanismo "biologico" molto più complicato
che coinvolge il processo di sviluppo delle
cellule b e l'espressione di molti altri geni. Ciò si
traduce in un fenotipo più grave.

Sono stati identificati geni candidati nelle cellule

Beta del pancreas e Geni candidati nella
trasduzione del segnale dell’insulina e
sull’azione metabolica dell’insulina nelle cellule

92
del muscolo scheletrico → fanno capire quanto sia complesso il diabete sia da pdv genetico, in questo caso, ma
in generale anche da pdv ambientale.

Popolazioni particolari possono servire da modello per studiare il diabete perché hanno una prevalenza molto
alta di diabete → es indiani canadesi, in italia i sardi… più la popolazione è omogena, più è facile trovare
elementi che caratterizzino.

Approcci alternativi:

- Utilizzo di rare famiglie con fenotipo molto simile a quello del DM tipo 2

- Utilizzo di modelli animali che hanno lo stesso fenotipo (ratto Goto-Kakisaki: modello poligenico NIDDM).

Interessamento di organi e tessuti:

Diabete mitocondriale

= rara sottoforma di diabete tipo 2

causato da mutazioni nel mDNA → Il
Mitocondrio della b-cell è un sensore
che accoppia lo stato energetico
dell’organismo con la secrezione di
insulina. I passaggi che legano i livelli di glucosio alla secrezione di insulina sono ben caratterizzati.

Il diabete viene spesso definito l’incubo dei genetisti per la difficoltà dello studio della componente genetica. Il
diabete continua a non avere una caratterizzazione completa dei fattori di suscettibilità genetica → questo
perché non sono sufficienti da soli, c’è interazione con ambiente + ruolo dell’epigenetica.

93
Ci sono una serie di loci che caratterizzano tutta una serie di malattie, diabete ma anche forme tumorali… sono
regioni ad effetto “pleiotropico” = regioni più dense di loci critici, che sembra abbiano un effetto su patologie
diverse.

Nello specifico, per DM2 Sono stati trovati serie di loci

che però non determinano una predizione elevata di
chi si ammala e chi no.

Più un soggetto ha varianti sfavorevoli, più è a rischio

→ Ma questi rischi sono modesti quindi la genetica
non è stata in grado di dare una forte mano alla
predizione il rischio:

→Le curve di distribuzione degli alleli di casi (bande

nere) e dei controlli (bande chiare) per quanto riguarda
DM2 non sono così diverse: c’è larga sovrapposizione
perché la suscettibilità presente anche nei controlli →
ciò fa sì che non si riesca a discriminare bene tra casi e
controlli con tecniche genetiche.

Screening genetico
Quindi in realtà non ha senso fare screening basandosi sulla genetica, per il DM, a differenza di altre malattie
quali tromboembolia.

94
Currently, asking about family history is probably as good a method as any other we have for genetic screening
of the general population, though family history does not necessarily imply a genetic cause.

In conclusione, quali i limiti degli studi sulle malattie complesse:

− anche se si parla di malattie complesse, bisognerebbe cercare di rendere simili i fenotipi = mettere
insieme malati simili tra loro, altrimenti si rischia solo di aumentare eterogeneità;
− Attenzione al disegno dello studio:
• Dimensione del campione→ numerosità elevate del campione se il rischio è basso: non è sempre
così facile;
• Potenza statistica
• Confronti multipli
• Disegno a più stadi
− Buoni dati clinico/medici
− Struttura della popolazione / Isolati genetici
− Analizzare interazione gene-gene (epistasi) and interazione geni-ambiente → impossibilità di analizzare
bene interazione geni-ambiente
− Stima di rischio, diagnosi, trattamento e prevenzione → la genetica non fa individuare con certezza
soggetti che svilupperanno sicuro la malattia, al max identifica soggetti più predisposti, in modo che il
rischio si riduca.

→Per avere info precise bisognerebbe avere dati più complessi, quali metabolomica, proteomica…

95
 [Lezione 7]

GENETICA DEI TUMORI

TUMORI = Perdita di meccanismi di controllo che promuovono una crescita coordinata e integrata delle cellule
dell’organismo con crescita incontrollata di un gruppo di cellule e invasione tessuti

Tumori sono seconda causa di morte dopo cvd. Colpiscono fetta ampia della popolazione (1/3). Sono legati a
invecchiamento, quindi a possibilità che durante invecchiamento organismo accumuli mutazioni.

C’è proliferazione cellulare che è fenomeno che di base sottostà a controllo genico → una mutazione può creare
una variante che prolifera più velocemente (vantaggio selettivo) → poi le mutazioni si accumulano.

Genetico diverso da ereditario → il cancro è sempre genetico perché colpisce, agisce sui geni. Talvolta il cancro
può essere ereditario= se si ereditano mutazioni. Tuttavia ereditarietà del tumore non implica necessariamente
100% di possibilità di ammalarsi, piuttosto si eredita suscettibilità più o meno alta di ammalarsi.

In realtà, da studi epidemiologici in EU e USA risulta che solo 5-10% dei casi di cancro presentano spiccata
aggregazione familiare suggestiva di predisposizione ereditaria alla malattia → tutte le altre sono forme
cosiddette sporadiche.

CANCRO SPORADICO:
inizialmente cellule normali = non sono state ereditate
mutazioni. A un certo punto può verificarsi una prima
mutazione in una cellula somatica (una da sola non è quasi
mai sufficiente per determinare sviluppo tumore) → sono
necessarie almeno 6-7 mutazioni successive per generare
cellula maligna.

NB: diverso se la mutazione colpisce cellula somatica o

cellula germinale → se viene colpita la cellula germinale:
cancro ereditario

Tasso di mutazione = 10-7 /gene/cell/generaz

+ numero geni e numero di rinnovamenti cellulari = 10-42

Numero di cellule in un individuo = 1013

La probabilità che una persona sviluppi tumore è 1013 x 10-42, cioè 1/1029

CANCRO EREDITARIO
Non c’è alcuna cellula normale all’inizio, viene già ereditata la mutazione: quindi è molto più facile che se ne
verifichi una seconda, poi una terza e così via. Tutte le cellule dell’organismo in questo caso sono portatrici della
mutazione: ciò cmq non significa necessariamente sviluppo malattia al 100%, ma piuttosto un aumento del
rischio di cancro → perché servono altre interazioni con geni o con ambiente per sviluppare la malattia.

Quindi si eredita una predisposizione, non una malattia. Inoltre, se dalla prima mutazione non se ne verificano
altre, il cancro può non manifestarsi: il soggetto sarà portatore asintomatico.

Inoltre, esiste un sistema efficiente di riparazione del danno che si verifica quotidianamente nel DNA.

96
Modello multistadio
(studiato per il K colon retto)

Una volta che avviene la mutazione, la proliferazione può avvenire. Alcune mutazioni aumentano la
proliferazione cellulare, creando una popolazione espansa di cellule nella quale si verifica la mutazione
successiva. Le mutazioni successive intervengono
sulla stabilità del genoma, favorendo a loro volta
l’insorgenza di successive mutazioni. modello
multistadio= una mutazione che segue l’altra.

A questo punto c’è differenza K benigno e K

maligno→ il benigno rimane confinato, incapsulato
(esempio adenomi), mentre il maligno prolifera in
modo disordinato fino a arrivare a migrazione delle cellule mutate stesse fino a dare metastasi.

Quindi eventi chiave di un tumore:

Le mutazioni colpiscono i geni che controllano la PROLIFERAZIONE e il CICLO CELLULARE, le VIE di

TRASMISSIONE DEL SEGNALE, la RIPARAZIONE DEL DNA o le VIE APOPTOTICHE delle cellule.

APOPTOSI: capacità delle cellule di auto-distruggersi mediante l’attivazione di un programma suicida

PERDITA OMEOSTASI CELLULARE: equilibrio tra regolazione della velocità di proliferazione, differenziazione e
morte.

STADI DELLA PROGRESSIONE TUMORALE: - Proliferazione - Perdita di differenziamento - Invasione locale –

Metastasi → Ogni gene svolgendo una determinata fx o spinge verso la proliferazione cellulare oppure cerca di
mantenere sotto-controllo la proliferazione. In entrambi i casi il risultato è negativo sia che si prema
sull’acceleratore sia che si rompa il freno.

Cause ambientali di cancro

Oltre a meccanismi fondamentali legati alle mutazioni a carico dei geni, conta interazione con l’ambiente:

AGENTI TUMORI
Aflatossina Carcinoma del fegato
Alcolici Carcinoma della bocca, faringe, esofago e laringe

Agenti alchilanti Carcinoma vescica e leucemie

Amine aromatiche Carcinoma vescica
Asbesto Mesotelioma
97
Benzene Leucemie
Cadmio Carcinoma prostata
Estrogeni Carcinoma endometrio e vagina
Idrocarburi aromatici Carcinoma della pelle e polmone
policiclici
Fumo Carcinoma bocca e labbra, faringe, esofago, laringe, polmone, vescica

Raggi UV Carcinoma squamoso della pelle/labbra

Quali gli enzimi della riparazione:

Se funzionano tutti bene, i danni vengono riparati e non succede niente. Apoptosi è coinvolta se i danni sono
talmente elevati che la cellula a quel punto si uccide. Se però questo passaggio viene bypassato perché i geni
pro apoptoci sono mutati, la cellula continua a accumulare mutazioni e può andare incontro a sviluppo in senso
tumorale.

Interazione geni-ambiente
l’interazione è una specie di bilancia → più
abbiamo geni responsabili di un certo tumore,
più questi pesano → es gene APC responsabile
di una forma di K colon rettale, ha una elevata
penetranza = una mutazione in questo gene può
essere sufficiente per innescare il processo di
genesi del tumore. In altri casi invece la
penetranza diminuisce, come nel caso di HNPCC
(che causa K colon), pertanto conta anche
l’ambiente.

98
Ci sono poi forme tumorali che dipendono da polimorfismi → dipende da come questi polimorfismi possano
cambiare l’incidenza de tumore. La sommatoria di piccoli cambiamenti su piccoli geni è paragonabile a grossi
cambiamenti a livello di geni maggiori in termini di tumorigenesi. Quali geni importanti coinvolti in mutazioni
minori: i geni del repair (BRCA1 e 2), geni che implicano differenze in termini di trasformazione e
neutralizzazione di xenobiotici…

Esistono forme di K mammella che si chiamano tripli negativi = sono negativi per 3 ormoni importanti → sono
forme tumorali maligne e gravi, non c’è terapia specifica.

Geni di suscettibilità al Cancro

Oncogeni → promuovono un effetto positivo sulla proliferazione cellulare ed un effetto negativo sulla morte
cellulare → “acceleratore”

Oncosoppressori → “rottura del freno”:

- effetto negativo sulla proliferazione o pro-apoptotici (GATEKEEPERS), se mutati
- controllo della stabilità del genoma, riparazione dei danni al DNA (CARETAKERS).

➢ ONCOGENI

PROTO-ONCOGENI: versione non mutata dei geni nelle cellule → ONCOGENI: mutazione attivante (acquisizione
di funzione) in uno dei due alleli, che viene espresso in maniera incontrollata.

si parla di meccanismo dominante perché C’è la possibilità che una singola mutazione induca neoplasia. Il
meccanismo viene definito dominante perché in questi casi ad elevata penetranza anche una singola copia può
dare un’elevata suscettibilità alla malattia.

Spesso coinvolti nel cancro sporadico (mutazioni somatiche), raramente nel cancro ereditario → sono geni
talmente importanti che se venissero ereditate le mutazioni in questi geni, l’individuo non riuscirebbe nemmeno
a svilupparsi in maniera corretta.

Sono:
1. Fattori di crescita secreti (es. EGF, SIS)
2. Recettori di superficie (es. ERBb, FMS, RET);
3. Componenti del sistema di trasduzione del segnale
(es. fam. RAS, ABL);
4. Proteine nucleari che si legano al DNA (es. MYC, JUN);
5. Proteine che regolano la progressione del ciclo
cellulare (es. CDK4, MDM2).

Oncogeni virali = Più raramente oncogeni possono essere

introdotti attraverso infezioni con retrovirus che hanno
incorporato accidentalmente nel loro genoma (normalmente un gene GAG, un gene POL e un gene ENV) un
proto-oncogene cellulare. Il proto-oncogene cellulare nella versione incorporata dal virus è in qualche modo piu’
attivo perché sotto il controllo trascrizionale del virus.

Quindi ci sono dei virus a dna o a rna che possono causare tumori. La particolarità dei virus a rna→ hanno la
trascrittasi inversa→ si integrano nel genoma.

ONCOGENI IN TUMORI EREDITARI:

RET Recettore fattore neutrofico derivato MEN (Multiple Endocrine Neoplasia) tipo 2,
da glia (GDNF) Carcinoma Midollare della Tiroide Familiare
MET Recettore fattore di crescita epatocita Carcinoma papillare ereditario del rene
/ scatter factor (HGF/SF)

99
L’attivazione di un proto-oncogene può essere quantitativa e/o qualitativa:

− AMPLIFICAZIONE → Più copie del gene

vengono trascritte
− MUTAZIONI PUNTIFORMI
− TRASLOCAZIONI CROMOSOMICHE →
comuni in K del sangue e sarcomi. Una
delle più importanti è quella del
cromosoma Philadelphia: traslocazione
tra cr 9 e 22: La giustapposizione delle
due sequenze BCR e ABL porta alla
sintesi di una proteina chimerica con
aumentata attività tirosin-chinasica.
tipica di leucemie mieloidi croniche

Altro esempio è linfoma di Burkitt (Tumore delle cellule B, molto comune in Africa ma rara altrove) →
traslocazione tra cr. 8 e serie di regioni delle Ig. Il problema si crea perché le regioni delle Ig hanno regioni
regolatorie importanti → mancato controllo dell’espressione e crescita incontrollata

➢ ONCOSOPPRESSORI GATEKEEPERS

= guardiani

Hanno funzione negativa sulla proliferazione e accrescimento e positiva sul controllo dell’apoptosi →
rappresentano il freno all’a accumulo di mutazioni, se queste superano un limite si va incontro a apoptosi.

Soprattutto mutazioni somatiche e piu’ raramente mutazioni germinali di geni con attività onco-sopressoria.

Il Cancro è causato da una mutazione inattivante (perdita di funzione) in entrambi gli alleli. Meccanismo
recessivo a livello cellulare = per avere pericolosità dell’oncosoppressore servono
due copie mutate. Responsabili della maggior parte di sindromi neoplastiche
ereditarie (es gene APC).

Sussiste un controllo del ciclo cellulare: Alcuni “punti di controllo” (checkpoints)

funzionano per assicurare che il genoma intatto venga trasmesso alle cellule figlie.
Il danno del DNA induce la sintesi di un maggior quantitativo di proteina p53, la
quale induce la cellula ad arrestarsi al checkpoint della fase G1

P53 = guardiano del genoma, fondamentale nella risposta cellulare ai danni al

DNA. È un fattore di trascrizione che regola la trascrizione di geni coinvolti
nell’arresto della divisione cellulare, permettendo la riparazione del DNA.
Coinvolta nella induzione dell’apoptosi in cellule che hanno subito un danno
irreparabile al DNA → La perdita della funzionalità della p53 permette alle cellule
che hanno subito danni al DNA di sopravvivere e dividersi, propagando mutazioni
pro-tumorali

Per i geni oncosoppressori → Modello “2 hit hypothesis” = servono 2 copie mutate

Alcune forme di tumore ereditario iniziano quando una cellula, in un soggetto eterozigote per una mutazione
germline, subisce una seconda mutazione, somatica => CANCRO. La perdita di entrambi gli alleli a livello dei geni
TS è importante anche nella patogenesi di alcuni tumori sporadici; entrambi gli alleli vengono inattivati in
seguito a mutazioni somatiche a livello della stessa cellula => CANCRO

100
QUINDI Cosa distingue tumori ereditati da sporadici? Gli sporadici devono avere 2 mutazioni consecutive nello
stesso gene per attivare il processo neoplastico mentre nei tumori ereditari una mutazione già ereditata e l’altra
avviene somaticamente durante la vita del soggetto.

Es. RETINOBLASTOMA = Tumore raro dei bambini, a carico della retina (incidenza di 1/20000 nascite). Il 40% dei
casi è di origine ereditaria: il bambino
eredita 1 allele mutato a livello del locus
del retinoblastoma (RB1) (germline
mutation). Una seconda mutazione
(somatica, “second hit”) o un’altra
alterazione in una singola cellula della
retina, determina l’inizio dello sviluppo
tumorale. È forma precoce, bilaterale = a
carico di entrambi gli occhi.

Invece, il 60% dei casi di retinoblastoma è

sporadico: in questi casi entrambi gli alleli
RB1 in una singola cellula vengono
inattivati per mutazioni somatiche
indipendenti. È forma tardiva,
monolaterale.

Meccanismi che possono portare a perdita di funzione e perdita di eterozigosità:

A livello di cellule tumorali, spesso si

verifica perdita di eterozigosità = 1 copia
era mutata all’inizio, con il tumore la copia
sana si perde e si va in omozigosi.

Stato ipofosforilato: blocco della

progressione del ciclo cellulare tra G1 e S;
legame e inattivazione dei fattori
trascrizionali (E2F1) che promuovono la
sintesi del DNA Mutazioni di Rb lo
modificano in una forma stabilmente
iperfosforilata: progressione nel ciclo
cellulare

➢ ONCOSOPPRESSORI CARETAKERS

= protettori → risposta al danno al DNA: Riparano i danni al DNA → la loro inattivazione determina instabilità
genetica

Il cancro è causato da mutazioni inattivanti in entrambi gli alleli.

Il bersaglio delle aumentate mutazioni indotte da alterazioni dei geni Caretakers sono i geni Gatekeepers e i
proto-oncogeni. Attraverso un incremento del tasso di mutazione di geni regolanti la crescita e l’apoptosi si ha
una predisposizione al tumore → Forme sporadiche e forme ereditarie.

Ci sono mutazioni in genere inattivanti negli oncogeni: devono essere inattivati entrambi i geni. Alcuni esempi di
geni: P53, BRCA1, BRCA2, XPA-G (Xeroderma Pigmentoso)…

101
Instabilità genetica
Instabilità genetica riguarda la maggior parte dei tumori, nella maggior parte dei casi si tratta di instabilità
cromosomica (forma più comune, cariotipi abnormi), mentre solo in una parte minore si può evidenziare
instabilità microsatellitare (instabilità di sequenze ripetute (soprattutto mononucleotidiche))

→ Cromosomica= cariotipi anomali. Microsatellitare = dà indicazioni di quali geni siano coinvolti perché
riguarda sequenze ripetute che risultano instabili.

Caratteristiche dei Tumori Ereditari

o Casi multipli nella famiglia
o Più generazioni colpite
o Associazione di specifici tipi di cancro: Nella stessa famiglia o Nello stesso individuo
o Esordio ad un’età più giovane rispetto ai tumori sporadici
o Caratteristiche tipiche di sindromi specifiche

MUTAZIONI DE NOVO

Nessuna storia famigliare di malattia → Nuova mutazione nelle cellule germinali del genitore → Mutazione
nelle cellule germinali del figlio.

TRASMISSIONE AUTOSOMICA DOMINANTE

Modalità di trasmissione più frequente per i geni oncosoppressori e oncogeni. Ogni figlio ha una probabilità del
50% di ereditare la mutazione. Ugualmente trasmesso da maschi e femmine. Penetranza spesso incompleta

Fattori che influenzano la penetranza: geni modificatori, risposta al danno del

DNA, cancerogeni, fattori ormonali / riproduttivi. NB: Non tutti i portatori di un
gene alterato sviluppano il cancro.

Esempi di alcune sindromi neoplastiche ereditarie trasmesse con modalità autosomica dominante:
• Carcinoma Ereditario del Colon-Retto non associato a Poliposi (HNPCC) → MLH1, MSH2, MSH6, PMS1, PMS2
• Carcinoma Mammella/Ovaio → BRCA1, BRCA2
• Poliposi Adenomatosa del Colon (FAP) → APC
• Li Fraumeni → P53
• Retinoblastoma Familiare → RB1

Mentre, Sindromi neoplastiche a Trasmissione Autosomica Recessiva:

• Sindrome: Ataxia Telangiectasia → gene ATM → causa Linfomi
• Sindrome di Bloom → gene BLM → causa Carcinomi, leucemie, linfomi
• Sindrome: Xeroderma Pigmentosum → gene XPA-G → causa Carcinomi della pelle e melanomi
• Sindrome: Anemia di Fanconi → gene FANCA-E → causa Leucemie, carcinomi a cell squamose

Uno stesso gene può essere coinvolto sia in forme ereditarie sia in forme non ereditarie: RB1, APC, BRCA1
BRCA2…

LA SINDROME DI LI-FRAUMENI (LFS)

Diverse forme tumorali (sarcomi, tumori al seno, leucemie,...) che colpiscono diversi membri della famiglia, in
giovane età, ereditati per via autosomica dominante. Il gene oncosoppressore TP53 è inattivato nelle forme

102
sporadiche dei tumori nella LFS e il 70% dei casi di LFS presenta mutazioni a carico di TP53 come mutazione
germline. La LFS è un esempio di un gruppo di tumori che si manifestano sia in forma sporadica che in forma
familiare.

CARCINOMA MAMMARIO
La più frequente neoplasia maligna tra le donne di tutte le età (1/10 Nord America). Principale causa di morte
nella popolazione femminile oltre i 35 anni d’età (la probabilità aumenta intorno al periodo di menopausa e
cresce con l’età).

L’età è il principale fattore di rischio, assieme ad altre circostanze come la predisposizione familiare
(BRCA1/BRCA2, nel <10% casi), storia riproduttiva (età prima gravidanza), obesità, cattiva alimentazione ed
esposizione a raggi X.

La prevenzione e la diagnosi precoce possono ridurre notevolmente la mortalità: l’identificazione della malattia
negli stadi precoci innalza la probabilità di guarigione al 90%. In Italia
l’incidenza è pari a 48 casi per 100.000 abitanti.

Nel 1994-1995 sono stati identificati due geni responsabili della suscettibilità al
cancro della mammella: BRCA1, sul cromosoma 17, e BRCA2 sul cromosoma
13. In seguito ad un danno al DNA, le proteine BRCA interagiscono con altre
proteine in modo da modulare la riparazione del DNA (HR, DSBR), la
trascrizione e il ciclo cellulare.

Gli individui portatori di mutazioni a carico di uno dei due geni hanno un
rischio maggiore di insorgenza di tumore alla mammella o tumore ovarico ad
un certo punto della loro vita. Il rischio per una donna aumenta di 3 volte se è già stato colpito un parente di I
grado e 10 volte se ne è affetto più d’uno.

Il numero di mutazioni note a carico dei due geni è molto grande: circa 500 per BRCA1 e circa 300 per BRCA2.

C’è grossa fetta di tumori alla mammella che sono

ereditabili che però in larga parte non sono
ancora stati identificati.

La stessa cosa vale per i tumori ovarici: solo il 5-

10% è ereditabile (per il 90% dei casi circa
riconducibile a BRCA1 e 2), mentre i restanti casi
sono sporadici.

Allo stesso modo, un test BRCA negativo in una

famiglia con caratteristiche suggestive di
carcinoma mammario ereditario NON PUO’
ESCLUDERE una predisposizione genetica → Spiegazioni possibili:
• Test falso negativo: non tutte le mutazioni vengono identificate con le tecniche disponibili
• Alterazioni in un gene diverso da BRCA1 e 2

Ogni donna asintomatica della famiglia deve essere considerata ad alto rischio!

La suscettibilità allo sviluppo di un tumore risulta in genere:

•combinazione di alleli ereditati di geni che danno una debole predisposizione al tumore e mutazioni somatiche
responsabili della progressione tumorale
•+ componente AMBIENTALE

→INTERAZIONE GENE-GENE E GENI-AMBIENTE.

103
 04/06/20
[Lezione 8]

ERRORI CONGENITI DEL METABOLISMO

Alcuni sono talmente gravi che compaiono alla nascita.

Coinvolgono serie di geni. C’è gene mutato (enzima, proteina

strutturale o varie proteine) → se l’enzima non funziona si ha
accumulo di ciò che sta a monte dell’enzima e carenza di
molecole a valle.

La maggior parte sono autosomiche Recessive, ma ce ne sono

anche molte X linked (2^ posto) e infine abbiamo anche forme
Autosomiche dominanti. Si aggiungono anche alterazioni del
genoma mitocondriale (le meno frequenti). Sono più di 600 i
geni coinvolti in queste forme, e più di 10'000 enzimi.
Incidenza globale > 1/250 (non è più una malattia rara).

Si distinguono in:
− Esordio acuto neonatale
− Esordio acuto tardivo
− Esordio lento e progressivo (croniche)

ESORDIO ACUTO NEONATALE (EAN)

Sintomi generali:

• Rifiuto alimentazione
• Vomito
• Ipotonia
• Scarso accrescimento
• Letargia
• Malattie SNC
• Malattie gastrointestinali

Risultano in forme di intossicazione varie e in

forme da difetto di produzione di energia.

Sono alterazioni gravi che possono comportare

effetti importanti (dismorfismi facciali, alterazioni
scheletriche, disordini lisosomiali da accumulo…)

A segni e sintomi specifici corrispondono e sono comuni a serie di malattie, legate a accumulo di substrati che
danno serie di effetti simili.

104
Come esami diagnostici non si fa solo esame biochimico (pur fondamentale), ma si associano esami strumentali
di vario tipo: ecografia renale, ECG e eco-CG, Rx scheletrica, ecografia, RM cefalica → aiutano a fare diagnosi
precisa.

ESORDIO ACUTO TARDIVO (EAT)

Stessi gruppi di patologie EAN, ma a sviluppo più tardivo. Si caratterizzano anche per Febbre o alimenti
particolari. L’anamnesi circa le abitudini alimentari del paziente e/o dei suoi familiari, in particolare il rifiuto di
determinati cibi, o un eventuale relazione temporale fra l’inizio delle manifestazioni acute e l’ingestione di un
alimento possono essere utili indicatori, perché la sintomatologia acuta può insorgere dopo modificazioni
dietetiche.

ci possono essere manifestazioni intermittenti -

> a volte risoluzione spontanea ma diagnosi più
difficile.

Esempi: intolleranza al fruttosio, galattosemia…

Anche i farmaci possono avere ruolo
scatenante!

Manifestazioni cliniche varie, alcune si

sovrappongono all’esordio acuto. Si ha vomito,
ipoglicemia, epatopatia, cardiopatia, alterazioni
neurologiche (ictus, epilessia), SIDS, si può
arrivare a coma/alterazione dello stato di
coscienza.

ESORDIO LENTO E PROGRESSIVO (CRONICO)

Rischio di morte è minore ma risulta importante diagnosi precoce → adottare terapia, cambio dieta, assunzione
vitamine e neurotrasmettitori.

Sintomatologie: neurologiche ed extra neurologiche:

→ indagare quadro famigliare!

Extra neurologiche varie:

• Cute e annessi (SE chiaro →PKU; SE scuro → adrenoleucodistrofia XL (accumulo VLCFA); ipertricosi → MPS e
mucolipidosi)
• Circonferenza cranica
• Occhio (movimenti involontari, strabismo, macchie retiniche, glaucoma)
• Fegato e Milza

105
• Accrescimento staturo-ponderale
• Scheletro
• Alterazioni respiratorie
• Apparato cardiovascolare malattia di Fabry, mitocondriali, MPS, omocistinuria, malattie da difetto di
glicosilazione)
• Rene
• Alterazioni uditive
• Malformazioni

DIAGNOSI

Clinica → indagini biochimiche, a cui seguono quelle molecolari e strumentali (ci si aspetta serie di sintomi
associati a un certo difetto)

Es. da esami di routine: glicemia, chetoni, equilibrio acido-base, ammonio, urea, acido lattico e piruvico,
elettroliti, AST e ALT, uricemia, colesterolo, trigliceridi, lipoproteine, rame e ceruloplasmina, neurotrasmettitori
nel liquor, proteine, glucosio, acido lattico, aminoacidi, GABA e acidi organici.

Analisi di metaboliti specifici e dosaggi enzimatici:

• Aminoacidi plasmatici e urinari
• Acidi organici e acido orotico nelle urine
• Determinazione delle acilcarnitine con la tecnica Tandem Massa (LC-MS/MS)
• Livelli di VLCFA
• Glicosfingolipidi
• Oligosaccaridi e mucopolisaccaridi urinari
• Purine e pirimidine
• Acido malonico nelle urine
• A volte difetto enzimatico evidenziabile solo con saggi costosi e non facilmente disponibili di
complementazione e di incorporazione/uptake (cell da plasma, leucociti o fibroblasti, frammenti di muscolo o di
fegato, globuli rossi interi).

ANALISI GENETICO-MOLECOLARE

Non è indagine di primo livello: può esserlo se si ha quadro della famiglia → in caso di casi sporadici, l’analisi
genetico-molecolare viene introdotta in seconda battuta ed ha ruolo primario o di supporto per conferma
diagnostica e consulenza genetica.

Deficit ornitina carbamiltransferasi (OCT)

Difetto della seconda tappa del ciclo dell’urea
(Catabolismo proteico -->azoto di scarto →
trasformato in urea –> escreto in urine).

È malattia X linked, può essere sia Recessiva sia

Dominante. Mutazioni anche gravi possono
comportare morte

• Sintomi: danno cerebrale da accumulo di

ammonio e di aminoacidi (glutamina), che
penetra nelle cellule dando edema cerebrale

→ Forme a esordio acuto neonatale (ammoniemia elevata + sintomi generici: rifiuto alimentazione, irritabilità,
difficoltà respiratorie convulsioni, fino al coma) → morte nei primi 2-4 gg.

106
Nelle femmine, la gravità della malattia è variabile in funzione del grado di inattivazione del cromosoma X che
porta la mutazione. Analisi molecolare importante per identificare donne eterozigoti (→ possono avere figlio M
malato) e per eventuale diagnosi prenatale.

Sintomatologia: disgusto per le proteine fino al vomito ciclico, ritardo della crescita, ipotonia, ritardo
psicomotorio o episodi di coma iperammoniemico o patologie psichiatriche → nei maschi si ha coma
iperammoniemico neonatale molto grave, di solito letale.

→ Esistono anche forme ad esordio tardivo: Difetti con sintomatologia attenuata. In questo caso Esami da fare
con possibile iperammoniemia da difetto del ciclo dell’urea, da acidurie organiche, da difetti di B-ossidazione.

DIAGNOSI: ↑ glutamina, ↓ citrullina, ↑ acido orotico urine, ↑ transaminasi, ↓ urea plasmatica

Analisi molecolare importante per identificare donne eterozigoti e per eventuale diagnosi prenatale

TERAPIA: sospensione apporto proteico esogeno, somministrazione sodio benzoato/fenilacetato o fenilbutirrato

per permettere detossificazione endogena ammonio. Se fase avanzata = dialisi e poi terapia come sopra.

Esami bioptici –> Importante conservare biopsie per accertamenti , es conferma consulenza genetica grazie a
una diagnosi post-mortem.

Diagnosi prenatale → obiettivi:

- Terapia mirata in utero
- Terapia specifica da iniziare subito dopo la nascita
- Interruzione volontaria di gravidanza.

Diagnosi prenatale –> Quali esami:

- Villi coriali → attività enzimatiche e molecolari
- Liquido amniotico → specifici metaboliti (acilcarnitina, acidi organici, aa)
- Amniociti indagini enzimatiche molecolari o di incorporazione/uptake
- Sangue del cordone → indagini sui globuli rossi.

È possibile fare anche screening neonatali, con diversi test → per alcune patologie lo screening è attualmente
obbligatorio!

CRITERI PER LO SCREENING NEONATALE:

1. Non dannoso per il bambino
2. Problema reale di salute
3. Possibilità di attuare terapia risolutiva o almeno parziale
4. In mancanza di terapia, almeno deve esserci utilità per le successive gravidanze
5. Diagnosi precoce e rapida.

TERAPIA delle ECM: Su diagnosi precisa spesso terapia possibile

Es malattie degli aminoacidi, acidi organici e difetti del ciclo dell’urea, dove presente un accumulo di metaboliti
non degradati nei liquidi corporei → Molto spesso può essere sufficiente terapia dietetica abbinata
eventualmente a farmaci che agiscono al livello del blocco metabolico.

DIETOTERAPIA: apporto calorico adeguato ma restrizione su nutrienti (es Phe nella PKU, aa solforati nella
omocistinuria) o di supplementazione di metaboliti carenti a valle del blocco metabolico (es dopamina nel
difetto di tirosina idrossilasi, creatina nel deficit di sintesi di creatina, serina nel deficit di serina, amido di mais
nelle ipoglicemie, ecc)

107
Seconda tipologia di terapia: possibilità di detossificare l’organismo dall’accumulo di substrati:

- Omocistinuria: betaina, promuove la metilazione dell’omocisteina e ↓ nei soggetti affetti

- Eliminazione per coniugazione del metabolita tossico (es sodio benzoato)
- Somministrazione vitamine (piridossina nelle convulsioni piridossino-dipendenti; biotina nel deficit di
biotinidasi o di olocarbossilasi sintetasi, riboflavina in alcune forme di acidosi lattica e nell’aciduria glutarica T2,
nicotinamide nella malattia di Hartnup, vit B12 in alcune acidurie metilmaloniche e folati nel deficit di
metilentetraidofolato reduttasi).

Terza terapia per stadi avanzati:

• Terapia Enzimatica Sostitutiva (ERT) (es malattia di Gaucher, Fabry e patologie lisosomiali)
• Trapianto di midollo o di cellule staminali
• per Alcune LSD: inibitori della sintesi di glicosfingolipidi riducono i livelli di substrati non degradati
• Terapia genica.

Galattosemia
= Incapacità di metabolizzare il galattosio
(monosaccaride componente del lattosio).

Trasmissione autosomica recessiva. Frequenza 1/57.000

nati.

Normali alla nascita, sviluppano i sintomi pochi giorni

dopo: Disidratazione, mancanza di appetito; in seguito,
itterizia, cataratta e ritardo mentale. Nei casi gravi,
morte dopo pochi mesi.

Dieta instaurata pochi giorni dopo la nascita utilizzando

latte e derivati privi di lattosio e galattosio: prevenzione
ritardo mentale. Tuttavia, a differenza della PKU, il
trattamento dietetico non previene complicanze a lungo termine. La maggior parte dei pazienti ha problemi di
equilibrio e di motilità, oltre a problemi nella scrittura. Non si sa se ciò sia causato da lievi danni al sistema
nervoso durante lo sviluppo fetale o dall’accumulo a livelli tossici di qualche metabolita secondario.

Intolleranza ereditaria al fruttosio

= Secondaria all’introduzione di saccarosio e frutta nella dieta (latte vaccino zuccherato, frutta, vegetali).

Incidenza 1/20000. Autosomica Recessiva. La mutazione principale comporta deficit da Aldolasi-B (ALDOB). 3
mutazioni (A49P, A174D, N334K) riscontrabili nell’80% pazienti, quindi facile analisi genetica.

SINTOMI: disturbi gastrointestinali, nausea, vomito, ipoglicemia secondaria dovuta a somministrazione

fruttosio, pallore, sudorazione, fino a coma e convulsioni.
Se si continua con fruttosio = deficit di crescita, ittero, sanguinamento, edema, ascite

TEST: ipoglicemia post-prandiale da fruttosio, test da carico endovenoso di glucosio (ipoglicemia dopo 20’).

Altro Gene responsabili della malattia: FBP1 (fruttosio-1,6-difosfatasi = enzima regolatore della gluconeogenesi,
catalizza l’idrolisi del fruttosio 1,6 difosfato a fruttosio 6-fosfato e fosfato inorganico) → stesso cromosoma del
gene ALDOB. È Autosomica recessiva.

La deficienza di FBP1 è associata a ipoglicemia e acidosi metabolica.

108
CLASSIFICAZIONE DELLE PROTEINE:

> 3000 malattie monogeniche con difetto biochimico sconosciuto.

Ci sono proteine:
• Costitutive = presenti in tutte le cell (90%)
• Specializzate = tessuto specifiche (10%)
Effetti clinici di mutazioni in geni costitutivi sono spesso limitate ai tessuti in cui le proteine sono abbondanti o
hanno funzioni specifiche.

Proteine a funzione: enzimatica, di trasporto, strutturali, di omeostasi cellulari, come fattori di trascrizione,
controllo di crescita ed accrescimento, metabolismo e comunicazione cellulare → ciascuna proteina a varia fx,
se mutata, può comportare sviluppo patologia.

Correlazione genotipo-fenotipo = identificato un gene, si può risalire alla manifestazione fenotipica che questo
comporta.

• Eterogeneità allelica (B-globina)

• Eterogeneità di locus (PKU)
• Geni modificatori
• Fattori ambientali (dieta compresa).

Fenilchetonuria
IPERFENIALANINEMIA → AMINOACIDOPATIE

Dovuta a Mutazioni in geni PAH o nella sintesi/reciclo di BH4

Parte della Phe segue via alternativa → acido fenilpiruvico (chetoacido) → altri metaboliti escreti nelle urine

Si fa screening neonatale →prelievo goccia di sangue: SE livelli elevati di fenilalanina nel sangue: si può
accumulare a livello di diversi tessuti ma il danno maggiore si ha a carico di SNC (danno allo sviluppo)

Incidenza 1/2900 nati vivi. → NB: i portatori sono molti di più dei malati!
109
• Forma più comune: Autosomica Recessiva, gene PAH (12q24.1) → Assenza o deficit enzima epatico
fenilalanina idrossilasi (PAH), quindi Phe non viene convertita in Tyr. Cofattore enzimatico: tetraidrobiopterina
(BH4) (anche per TrpH e TyrH)

500 mutazioni del gene PAH descritte, 1/10000-15000 → si forma un difetto proporzionale alla gravità della
mutazione stessa: calcolare attività residua dell’enzima è fondamentale, che può giustificare sintomi più o meno
gravi della malattia:
− Con PKU (se PHA <1% attività);
− Senza PKU (PHA con > attività residua);
− Varianti PKU (tolleranza Phe intermedia).

• Forme lievi con difetto parziale (TII e TIII)

• Altre forme: difetto da BH4 (diidropteridina reduttasi e 6- piruvoiltetraidropterina sintetasi)

RITARDO MENTALE → dovuto ad accumulo di Phe e carenza di neurotrasmettitori (serotonina, dopamina

adrenalina, noradrenalina) per inibizione della TrpH e della TyrH causata dagli alti livelli di Phe

DIAGNOSI: alterazioni biochimiche (↑ Phe nel sangue; presenza di acido fenilpiruvico, di fenilacetico e
felillattico nelle urine). SE deficit da BH4: dosaggio diidropteridina reduttasi nei globuli rossi e biopterine nelle
urine.

PKU: eterogeneità allelica e di locus:

• PHA isolato nel 1986
• > 400 mutazioni (rare ma anche polimorfismi)
• Differenze pop specifiche
• Difficile correlazione genotipo fenotipo
• La mutazione più comune PAH (Arg408Trp) origini multiple→ aplotipi diversi.

Difetti metabolismo BH4 (AR):

• 1-3% bambini con iperPhemia → PAH normale
• Nonostante trattamento dietetico, problemi neurologici che insorgono perché BH4 necessita di altri 2 enzimi,
la TyrH e la TrpH per la sintesi di dopamina, norepinefrina, epinefrina e serotonina
• Importante definire quale step colpito della sintesi BH4 per trattamento differenziale (L.dopa e 5-HTrp)

TERAPIA PKU:

o Ridurre livelli di Phe, apporto proteico privo di Phe (però aa

essenziale quindi no eliminazione completa)
o Dieta povera di Phe continuata per tutta la vita (caseina o miscele di
aa prive di Phe)
o Nei deficit di BH4: reintegrazione di metaboliti carenti per il blocco
del metabolismo del Trp e Tyr mediante somministrazione di L-dopa
(più carbidopa) e di 5-OHtriptofano (recentemente somministrazione
anche di BH4)

Difetto metabolismo purine

• Sindrome di Lesch-Nyhan

• Gene HPRT (ipoxantina guanina fosforibosiltransferasi) → cromosoma X

In assenza di attività residua si hanno sintomi gravi: coreatetosi, spasticità,

ritardo mentale, eccesso di acido urico, automutilazione). Invece, in
presenza di attività residua (1- 30%) non si hanno sintomi neurologici.

110
Disordini da accumulo lisosomiale
Deficit di >48 idrolasi descritte o trasporto attraverso membrane lisosomiali. Per la maggior parte si tratta di
malattie AR. C’è eterogeneità allelica e di locus (mutazioni in geni diversi possono dare stesso fenotipo).

Lisosomi → difetti enzimi idrolitici → accumulo substrati → morte cellulare.

Può esserci coinvolgimento cerebrale con quadro degenerativo.

Malattia di Tay-Sachs
Malattia AR → Difetto enzima Esosaminidasi A (hex A), costituito da 3 subunità, deputato al taglio del residuo
terminale N-acetyl- β galattosamina dal ganglioside.

Manifestazioni cliniche indistinguibili a seconda della subunità mutata.

Ubiquitario ma impatto maggiore nel cervello

Vita normale fino a 3-4mesi → degenerazione neurologica → morte 2-4 aa

In presenza di Attività residua = forme adulte croniche → a volte atassia, psicosi

Negli Ebrei Ashkenazi prevalenza molto molto alta: 1/27 → Incidenza 100 volte superiore alla pop generale!

Mucopolisaccaridosi
Mucopolisaccaridi o glicosamminoglicani (GAGs) → Unità disaccaridiche ripetute

Diversi enzimi lisosomiali degradano i GAGs → GAGs non degradati si ritrovano nelle urine.

Complementazione di difetti di cellule in cocoltura.

Esempio di mucopolisaccaridosi: Sindrome di Hurler

METABOLISMO DEI COFATTORI

Cofattore = gruppo prostetico non proteico → cofattore di un enzima.

Compromissione di legame:
• Mutazioni → legame con il ligando, la sintesi il trasporto o la separazione di una proteina (leg covalente)
• Disordini genetici sensibili a terapie biochimiche soprattutto quando i cofattori o i precursori sono vitamine
idrosolubili → supplementazione dietetica può determinare risoluzione della problematica.

+ Altre anomalie

OMOCISTINURIE: varie forme → In figura 6 difetti genetici che possono causare omocistinuria:

111
OMOCISTINURIA da deficienza di Cistationina Sintetasi (CS)
Prima aminoacidopatia scoperta da compromissione legame con cofattore

Converte Omocisteina in Cistationina (→cistina) → comporta Accumulo di omocisteina

Malattia AR: distacco cristallino, ritardo mentale, osteoporosi, ossa lunghe, trombosi venose e arteriose (a causa
della sintomatologia può essere confusa con Sindrome di Marfan, disordine connettivi)

Efficacia del trattamento con vit B6 piridossal-fosfato = cofattore della CS e la piridoxina (precursore vitaminico
del cofattore)

Mutazioni possono però impedire legame con cofattore anche se aumenta la quantità

OMOCISTINURIA da deficienza di Metionina Sintetasi (MS)

La MS ha la funzione di rimetilare la omocisteina a metionina; se non metilata, si accumula.

Cofattore della MS è la metilcobalamina originata da complessi eventi biochimici

Disordini del metabolismo della cobalamina (Vit B12) → assorbimento intestinale e trasporto in altre cell
(spesso AR)

Patologia dà: Anemia megaloblastica, ritardo dello sviluppo e incapacità di procreare → spesso trattabili con Vit
B12.

ECM DELLA VITAMINA B12

La vitamina B12 (cobalamina), che introduciamo con vari alimenti di origine animale (carne, pesce, uova, latte e
latticini), per agire deve essere convertita nelle due forme attive : adenosilcobalamina (AdoCbl) e
metilcobalamina (MeCbl).

Difetti della B12 associati a varie problematiche → è fattore di molti enzimi, ha ruolo quindi in diversi tessuti.

Trattamento di vitamina – cofattore mancante. In questo caso la b6 è il cofattore del piridossal fosfato e la
piridossina è il precursore vitaminico del cofattore. Carenza non è esterna generale ma capacità del cofattore di
aumentare attività di un enzima. Mutazioni possono però impedire il legame con il cofattore. Se la mutazione va
a colpire l’enzima nel sito di legame con il cofattore, se si fornisce il cofattore non si ottengono grandi benefici.
Metionina genera l’omocisteina la cistationina sintetasi blocca trasformazione in cistationina e n-cistina quindi si
accumula la omocisteina.

+ anche delle mutazioni difetti metabolismo dei folati -> suscettibilità a sviluppare malattie, difetti sintesi,
metabolismo, assorbimento cobalamina. Ciclo dei folati è
complicato.

Omocisteinuria o deficienza di cis metionina sintetasi lo

stesso si ha anche se si ha deficit di metionina sintetasi -> se
non viene rimetilata si ha accumulo di omocisteina, il
cofattore è la metilcobalamina.

La cobalamina (vit b12) è impo, assorbita a livello intestinale

e trasportata in altre cellule. A questo livello possono
causare anche patologie impo di tipo autosomico recessivo.

Alcuni sintomi sono anemia megaloblastica, deficit sviluppo,

incapacità di procrear, turbe dell’alimentazione, ipotonia,
ritardo psicomotorio, microcefalia, convulsioni ecc... Terapia

112
con vit b12 sembra essere molto efficace. Ci sono diversi difetti legati ai cofattori. La b12 è una vit importante.
Noi la introduciamo con alimenti di origine animale e poi può essere convertita nelle due forme attive.
Cobalamina è impo in tutta una serie di passaggi che riguardano il ciclo dei folati.

DEFICIT ENZIMATICI E MALATTIE

1. Le enzimopatie sono quasi sempre recessive (spesso sufficiente <10%)

2. Accumulo substrato o deficienza di prodotto

3. Substrati diffusibili (molti tessuti) versus macromolecole di substrato (tessuti specifici)

4. Deficit enzimatici multipli (stessi cofattori, es. BH4; subunità comune o proteina attivatrice o stabilizzante, es
GM2 gangliosidosi; enzimi processati da stesso enzima modificatorre o uptake negli organelli compromesso, es
ICell; gruppo di enzimi assenti o inattivi, es difetto biogenesi perossisomi)

5. Omologie fenotipiche (enzimi della stessa via metabolica, es mucopolisaccaridosi; )

QUINDI i patway possono essere anche molto complessi → accumulo, scarsità di prodotto o deficienza. + anche
in alcuni casi necessità di detossificazione.

Deficit di alfa1-antitripsina: deficit di un inibitore di proteasi

• Patologia ostruttiva del polmone e da cirrosi del fegato

• AR, gene alfa 1-antitripsina, cr. 14 (Europa 1/2500, 3% portatori). Espresso principalmente nel fegato che
secerne nel plasma. Inibisce molte proteasi tra cui l’elastasi rilasciata dai neutrofili delle basse vie respiratorie.
75 varianti genetiche, di cui 12 alterano funzione: Più importante è la Z (Glu342Lys) origine NordEuropa →
inibizione funzione elastasi → Rischio di enfisema polmonare (degradazione elastina pareti alveolari)

• A livello epatico: aggregazione proteina nel RER epatociti

• ZZ = 15% attività (17% ittero e 25% cirrosi)

MALATTIA ECOGENETICA = Influenzata fortemente da interazione con fumo

DIFETTI NEI RECETTORI DELLE PROTEINE:

Ipercolesterolemia familiare (IF)

Comporta aumento colesterolo plasmatico per difetto di R-LDL: note più di 400 mutazioni, raggruppate in classi

È patologia AD = una singola mutazione può causare malattia. Gli eterozigoti sono malati

Comporta accumulo LDL in circolo → no attivazione di meccanismi a feedback di riduzione della sintesi
endogena, perché il colesterolo non entra in cellula epatica → si sviluppano cardiopatia da placche
ateromatose, xantomi (cute e tendini), arcus corneae.

Gli omozigoti: complicazioni cardiache in infanzia e non sopravvivono oltre terza decade.
113
Malattie del mtDNA ed eredità materna
Nelle Cellule normali ci sono >1000 copie mtDNA, nell’Ovocita maturo > 100000; invece ci sono Pochi
mitocondri negli spermatozoi, che vengono eliminati dopo fecondazione.

Mitocondri fondamentali per Fosforilazione ossidativa (OXPHOS) per la produzione di ATP. Se disfunzione:
aumento ossigeno reattivo → morte cellulare, segnali apoptotici.

• Tasso di mutazione 10X nucleare

• Patologie neuromuscolari, miopatie

Malattie specifiche diverse si associano a mutazioni a carico di geni mitocondriali.

Fenotipi malattie mtDNA → Tessuti con necessità energetica, encefalopatie, miopatie atassie, degenerazioni
retiniche, perdita di funzione muscoli oculari esterni ma anche disfunzioni epatiche, aplasia midollare, deficit
isole pancreatiche, diabete sordità etc → diabete mellito in 0.5-1.5% della popolazione è legato a mutazioni
mitocondriali.

FARMACOGENETICA

= Studio di varianti genetiche che alternano la capacità del corpo di assorbire, trasportare, metabolizzare ed
espellere i farmaci o i loro metaboliti → Es, barbiturici in persone affette da porfiria acuta intermittente; alcol e
sindrome feto-alcolica nelle gravide

Polimorfismi importanti nel corso dell’evoluzione (dieta e altri xenobiotici), ipotesi supportata dalla
distribuzione geografica di questi alleli.

Farmaco= xenobiotico che può interagire con aspetto genetico.

Vari enzimi possono interagire con xenobiotici → enzimi classe 1
sono attivanti, classe 2 neutralizzano.

Prendendo in considerazione la distribuzione legata a un

metabolita nelle urine: vi sono due distribuzioni interne alla
popolazione → in presenza di curve bimodali o tri modali fa
pensare a aspetto genetico: la genetica ci può spiegare parte della
variabilità del metabolita.

Se 2 distribuzioni→ 2 genotipi che hanno funzionalità diversa.

CYP2D6→ della famiglia dei citocromi → attività diversa a seconda
dei polimorfismi e varianti che caratterizzano questi geni. Alcuni
soggetti sono in grado di metabolizzare in modo più veloce altri
più lento

Ipertermia maligna
= Reazione ad anestetico da inalazione (alotano) e rilassante
muscolare (cloro-succinilcolina).

Provoca: brusco aumento della temperatura, forte contrazione muscolare e ipercatabolismo.

Incidenza bambini 1/12000 > adulti 1/100000 → Può portare a morte. È maggiore nei maschi (2.5:1).

− Mutazioni gene RYR1 (recettore della rianodina 1) = canale rilascio Ca (→ importanza in tessuto
muscolare per la contrazione) –> cr.19 (40% soggetti).
− Altro gene: CACNL1A3

Sono reazioni gravi che possono comportare morte!

114
Sensibilità alla Colinesterasi Sierica e alla Succinilcolina
Colinesterasi Sierica idrolizza esteri della colina, come l’ acetilcolina; Succinilcolina è usato come rilassante
muscolare ed è formato da 2 molecole di AcColina

Europa: 1/3300 omozigote per variante ↓ attività → APNEA PROLUNGATA e necessità SUPPORTO
RESPIRATORIO ARTIFICIALE.

GENI ACETILAZIONE

• Curva bimodale della velocità di scomparsa dell’isoniazide (TBC). varianti di geni NAT1-NAT2 cr 8. La fx di
questi geni è di detossificare da alcune sostanze pericolose.

• Acetilatori lenti (3 varianti comuni + altre rare): minore quantità di enzima nel fegato (omozigoti per alleli
recessivi) → necessità di aumentare la dose di farmaco

• Acetilatori veloci: etero- o omozigoti normali NAT-1, cr 8, unica variante per acetilatore lento

• Differenze etniche per AL: asiatici 5-20%, afroamericani 50%, caucasoidi 65%

n acetiltransferasi 2 ha distribuzione di varianti diverse nella popolazione. Varianti diverse in popolazioni diverse
→ vantaggi in alcuni ambienti

Fenomeno dell’acetilazione può portare a neutralizzazione di alcuni farmaci e di alcune sostanze esogene. Se mi
neutralizza un farmaco non è positivo (se somministro un farmaco a una persona ma se individuo lo neutralizza
velocemente attraverso acetilazione rapida vuol dire che dovrò usare dosi maggiori per quel soggetto. Mentre
acetilatori lenti sono a rischio ad esempio cancro della vescica→ se acetilatori sono lenti ho una maggiore
probabilità di tumore alla vescica. La arilammina è metabolizzata lentamente quindi da effetto perché ha più
tempo di rimanere a contatto).

Porfiria acuta intermittente

• Disfunzioni neurologiche di tipo intermittente

• A seguito di terapie ormonali prolungate

• Geni controllo sintesi eme, carenza di porfibilinogeno deaminasi (PBG), AD

• Riduzione eme nel fegato dopo barbiturici, ormoni steroidei,

• Esposizione → sintesi CYP450 epatico → ↓↓eme cellulare, no feedback inibitorio sulle sintetasi dell’acido δ-
amminolevulinico → sintesi eme

• Sintomi: SNC, periferico e autonomo, dolori addomali, psicosi

Deficit della G6PD

Glucosio 6 fosfato deidrogenasi, cr. X. Forma Recessiva.

Uno dei geni soggetto a selezione positiva, infatti si osserva aumento della frequenza in alcune popolazioni.

In seguito a questo difetto si ha emolisi indotta da farmaci, ma si può avere emolisi indotta anche da sostanze
naturali → es favismo: ittero neaonatale e anemia emolitica congenita non sferocitica.

Il NADPH (nicotinammide-adenina dinucleotide fosfato), uno dei prodotti della G6PD, è il principale agente
riducente dei globuli rossi: protegge le cellule dal danno ossidativo rigenerando il glutatione ridotto dalla sua
forma ossidata. Diversi farmaci consumano glutatione ridotto e il conseguente danno ossidativo provoca
emolisi.

115
TRATTAMENTO MALATTIE MULTIFATTORIALI

Multifattoriali → identificato fattore ambientale → possibile prevenzione (es fumo ed enfisema e def alfa1-AT)

Se c’è interazione con fattori ambientali, bisogna intervenire anche su quell’aspetto.

Si fanno trattamenti farmacologici + Trattamenti chirurgici (es malformazioni cardiache etc). NB: Spesso scarse
informazioni sull’eziologia e sulla complessità della patogenesi

TRATTAMENTO MALATTIE MONOGENICHE

Terapie sostitutive = somministrazione da esterno

dell’enzima o del prodotto dell’enzima

Rispetto alle multifattoriali, i successi della terapia

sono minori a causa della gravità della malattia che
spesso insorge già in stadio avanzato con difficoltà di
ripristinare una situazione normale.

Il trattamento può essere anche protratto a lungo →

la terapia si applica per cercare di alleviare i sintomi.

TRATTAMENTO ANOMALIE METABOLICHE

RESTRIZIONE DELLA DIETA

Successo con malattie relative a 24 loci diversi → MA diete spesso pesanti per tutta la vita

Molte riguardano le vie del catabolismo degli aa → restrizione contenuto in proteine (ma non degli aa
essenziali)

Se non è essenziale eliminato (es galattosio)

→PKU: bambini normali alla nascita grazie a enzima PAH della madre(Phe < 0.4mM)

SOSTITUZIONE

Somministrazione di metaboliti, cofattori o ormoni

Malattie monogeniche:

• Ipotiroidismo congenito (10-15% genetica, 1/4000 neonati)

- difetti nello sviluppo della tiroide o nella sintesi del suo prodotto tiroxina (previene ritardo mentale)

• Deficit di biotinidasi, che impedisce il recupero della biotina dalle proteine biotinilate (no reciclo
cofattore)→somministrazione orale previene danno neurologico

UTILIZZO DI VIE METABOLICHE ALTERNATIVE

Per ridurre concentrazione metabolita dannoso → Es difetti del ciclo dell’urea (argininsuccinato sintetasi o della
liasi)

INIBIZIONE

Inibizione farmacologica di enzimi → es statine che inibiscono produzione colesterolo.

116
RIMOZIONE

= di composti nocivi dall’organismo → esempio: aferesi delle LDL (2/week): rimozione LDL da plasma su colonna
legando ApoB → riduzione del 70%

AUMENTO ATTIVITÀ CATALITICA RESIDUA DI PROTEINA MUTATA

→ Somministrazione cofattori = vitamine non tossiche. NON SEMPRE LA SOMMINISTRZOINE del cofattore dà
effetti voluti, ma se una parte delle molecole si lega al cofattore: una attività residua si può avere.

Esempi:
- biotinidasi e biotina

- omocistinuria da carenza di cistationina sintasi →piridossal fosfato non è legato covalentemente all’apoenzima
→piridossina (Vit B6) → ↓ omocisteinemia

SOSTITUZIONE DELLA PROTEINA

→ con fattori esterni.

Solo nei pochi casi in cui le proteine agiscono principalmente nel plasma o nel liquido extracellulare (es
trasfusione FVIII in emofilici)

POSSIBILI PROBLEMI:
- Necessarie notevoli quantità di proteina
- Somministazione frequente (emivita breve)
- Anticorpi neutralizzanti
- Contaminazione da virus nella trasfusione (HCV, HIV)

117
 [Lezione 9]

HLA E MALATTIE
HLA = Antigeni Leucocitari Umani → impo per rx immunitaria. Si trova su cr. 6, comprende molti geni (n. 224) in
una regione di circa 4 mega basi. Di questi geni, la metà circa sono coinvolti in rx immunitaria.

La presenza di molti geni e molte varianti comporta elevato polimorfismo, così il nostro sistema immunitario è
in grado di rispondere correttamente a antigeni esogeni o anche endogeni → elevato polimorfismo è
meccanismo di selezione che ha permesso di avere risposta adeguata nei cfr di patogeni ambientali.

C’è forte linkage disequilibrium in questa regione.

Sistema HLA diviso in 3 classi: la classe 1 e 2 sono coinvolte direttamente in rx immunitaria, mentre classe 3
contiene geni con fx diversa, tra cui geni del complemento…

Classe 1: A,B,C → presentano peptidi endogeni ai linfociti T CD8+

Classe 2: DR, DQ, DP → presentano peptidi esogeni ai linfociti T CD4+

Struttura molecola HLA classica:

ci sono regioni ipervariabili, dove ci sono tutti i

polimorfismi che permettono di riconoscere molecole
diverse. Vale sia per classe 1 sia per classe 2, con la
differenza che classe 1 è molecola transmembrana con
domini esterni, mentre classe 2 ha 2 eterodimeri

Le varianti polimorfiche si concentrano nella porzione

legante l’antigene e determinano la risposta immunitaria
diversa → differenze tra soggetti anche di 20 aa. I
polimorfismi influenzano il legame delle molecole HLA
agli antigeni. Pertanto Molecole HLA diverse presentano
peptidi diversi.

118
I metodi di tipizzazione HLA:

1- Sierologici (tradizionali) → usano anticorpi; riconoscono antigeni (molecole sulla superficie cellulare)

2- Biologia molecolare: riconoscono alleli (variazioni di sequenza sul DNA) → la classificazione molecolare è più
dettagliata, consente di fare il sequenziamento dell’hla. Quindi alla fine chiamiamo gli alleli base per base. Ogni
base che varia è un allele diverso. Quindi la classificazione molecolare va nel dettaglio di posizioni, sottotipi, va a
valutare le variazioni nella zona non codificante, intronica ecc.. quindi se faccio studio dna in soggetti diversi
sono in grado di prevedere il numero di alleli che esistono nella popolazione. Sono in grado di tipizzarli ad alta
risoluzione.

Quindi con i metodi sierologici distinguo 24 antigeni mentre oggi ne abbiamo scoperti più di 800. La tipizzazione
molecolare ci dà un livello di risoluzione più elevato nella diversità molecolare→ ci mette in evidenza differenza
tra persone che hanno difese immunitarie diverse.

Questo è impo anche x i trapianti→ se il mio HLA è compatibile con quello di un altro soggetto posso fare
trapianto senza problemi, questo accade solo tra gemelli omozigotici mentre anche tra i parenti di 1 grado ho
differenze.

Linkage Disequilibrium = Fenomeno per cui la frequenza osservata nella popolazione di una particolare
combinazione di alleli a loci vicini (APLOTIPO) è maggiore della frequenza attesa in base alla loro frequenza
genica: Combinazione preferenziale di alleli a loci vicini

→ Alcune combinazioni aplotipiche HLA sono estremamente conservate e sembrano derivare senza
modificazioni da comuni remoti antenati : Aplotipi Estesi Conservati o Ancestrali

Il linkage rende DIFFICILE CAPIRE QUALE ALLELE È PRIMARIAMENTE COINVOLTO nella malattia.

11/06/20

HLA e MALATTIE

1. MALATTIE MONOGENICHE: geni malattia nella regione HLA classe 3:

• Deficit 21-idrossilasi
• Emocromatosi
• Deficit di fattori del complemento

2. Malattie multifattoriali:
• Autoimmuni
• Infettive
• Tumori
→Tutte e tre con componente immunitaria. non è causalità al 100%, più che
altro si parla di suscettibilità genetica, a cui si associano poi fattori ambientali:
la malattia è complessa.

Il polimorfismo di HLA comporta diversità nella capacità di sviluppare risposte immunitarie.

119
Malattie associate a HLA sono
numerose. Comunque POCHE
associazioni forti Ci sono
frequenze diverse di malattia
in casi e controlli. Inoltre si
può misurare un RR per ogni
malattia: varia molto a
seconda della malattia
considerata, es celiachia ha RR
del 30%. Nella spolindite
anchilosante si osserva un
rischio relativo maggiore di
150 rispetto alla popolazione
generale. Ci sono HLA
associati anche a diabete.

* Relative risk (RR) is defined

as the probability of the disease developing in individuals with a particular HLA allele versus individuals
lacking that allele

Celiachia
È una enteropatia dipendente dalla ingestione di glutine (frazione GLIADINA -> contenuto in frumento, segale,
orzo, farro), il quale causa Atrofia dei villi intestinali con conseguente malassorbimento → Terapia: rimozione
del glutine dalla dieta.

Da pdv di componente genetica: DQ2 e DQ8 sono tra gli alleli più responsabili con associazione tra HLA.
L’interazione geni + ambiente scatena la malattia.

DQ2 e DQ8 → presenti anche nei controlli:

La presenza di fattore genetico anche nei controlli indica il fatto che il fattore genetico da solo non è sufficiente
a scatenare la malattia! Il rischio per i pz è sicuramente aumentato ma si parla sempre di suscettibilità. Cmq OR
= 51 → rischio alto MA la tipizzazione HLA non è sufficiente per identificare i soggetti celiaci.

Il test genetico si usa come predittore negativo = essendo presente nella quasi totalità dei celiaci, se un
soggetto non presenta queste varianti HLA, si può escludere che sia celiaco o che lo diventerà.

HLA trasmessi da madre e padre in varie combinazioni:

120
→ aplotipo = combinazione allelica preferenziale. È concetto scoperto proprio nello studiare HLA. Gli aplotipi
devono contenere alleli di rischio e in base a quello si può studiare una probabilità di ammalarsi.

− Frequenza malattia tra parenti di 1° grado = circa 10%

− Frequenza nella popolazione generale >1/200
− Concordanza gemelli MZ = 80% (in Chron è 33%), DZ =11% → maggiore la differenza tra gemelli MZ e
DZ, maggiore la base genetica.

PREDISPOSIZIONE HLA
• Fratelli HLA identici mostrano una concordanza della malattia del 30%
• >90% pazienti celiaci è HLA-DQ2, presente solo nel 20% popolazione sana
• 6% malati ha DQ8
• 3% malati ha DQ1, DQ7 o altre specificità

PREDISPOSIZIONE NON-HLA → da studi sui gemelli: 60%. serie di loci che contribuiscono alla risposta
immunitaria, contribuiscono alla suscettibilità ma in modo trasversale→ ci sono malattie autoimmuni che
condividono dei geni di suscettibilità

121
*Possibilità di combinazione di eterodimeri → in cis e trans → equivale a generare una molecola hla di rischio.
Combinazione in cis e in trans-> combinazione di rischio che si trovano da una parte o dall’altra (trans vuol dire
su cromosomi diversi)

Aggregazione famigliare si può stabilire con fattore λr = 20 (inteso come rischio relativo generale) → in Coppie
di fratelli affetti, λHLA = 4.

nella celiachia all’inizio sono stati fatti studi di linkage, ma non essendo malattia monogenica il linkage ha
portato ad identificazione di alcuni loci ma essendoci anche appunto componenti ambientali gli studi di linkage
risultavano complessi→ quindi si è passati a studi di associazione: questi prendono gruppo di casi e gruppo di
controlli, poi vedono quali loci sono più presenti nei casi → in questo caso oltre ad HLA sono comparsi altri loci
coinvolti nel meccanismo autoimmunitario → Quindi Nessun chiaro pathway ma molte associazioni diverse.

Biochimica della celiachia:

Anticorpi IgA anti-endomisio (EMA → efficace biomarcatore, 98-100% di sensibilità e un PPV=43%) e anti-
gliadina

+ Ab contro tranglutaminasi tissutale tipo2 (TG2) che interagisce con gliadina nella mucosa duodenale. TG2 è
infatti espresso nella mucosa dell’intestino e il complesso TG2-gliadina viene presentato da APC ai linfociti B.

Il glutine viene digerito nel lume, poi può però penetrare la mucosa e essere riconosciuto da molecole HLA:

122
Nota la patogenesi, obiettivo è cercare di targettare la patogenesi stessa attrvaerso intervent terapeutici:

Sicuramente alcune combinazioni aplotipiche possono comportare un maggiore rischio di sviluppare la malattia,
con elaborazione di un Gradiente di rischio in base al genotipo HLA-DQ.

Assenza degli alleli HLA a rischio di celiachia → Tale condizione rende altamente improbabile la comparsa della
celiachia: analisi di esclusione

La presenza di almeno una di tali condizioni è indicativa di suscettibilità alla celiachia e non implica lo sviluppo
della malattia, la cui diagnosi deve essere verificata con test sierologici e biopsia intestinale:
a. Presenza dell’eterodimero DQ2 (DQA1*05, DQB1*02) → Stato DQB1*02 omozigote: presente / assente
/non determinato
b. Presenza della sola catena beta del dimero DQ2 (DQB1*02)
c. Presenza dell’eterodimero DQ8 (DQA1*03, DQB1*0302)

QUINDI tipizzazione HLA: quando e a chi farla:

− in caso di incertezza diagnostica (p.e. anticorpi e/o biopsia dubbi o discrepanti). Molto raramente
compare in assenza di HLA-DQ2/DQ8 (anche se la presenza non è sufficiente). Quindi la tipizzazione HLA NON è
diagnostica ma ha valore predittivo negativo.

− in soggetti appartenenti a categorie a rischio, tra cui i familiari di primo grado degli affetti, per decidere
se continuare il follow-up in caso di sierologia negativa.

→Rischio nei famigliari di primo grado di soggetti celiaci:

123
Malattie infiammatorie croniche intestinali
Malattie eterogenee, ad eziologia multipla. Simili a causa del limitato repertorio della risposta infiammatoria
intestinale → Morbo di Crohn, Colite Ulcerosa, Colite Indeterminata.

M:F = 1:1; c’è familiarità e sono diagnosticate in Giovani adulti II-III decade

5-6 casi ogni 100000 in Italia.

Fattori di rischio: Razza ebraica; Fumo di sigaretta (protettivo per la CU ma non per il MC).

Sono però in aumento:

→ fattori ambientali: stile di vita, stress…

Presenza di un’infiammazione “fisiologica” → con enorme carico antigenico endoluminale.

C’è componente immunitaria coinvolta; sono stati identificati serie di elementi: monociti, macrofagi, cellule
dendritiche, APC:

Fattori che causano attivazione

abnorme del sistema immunitario:
fattori immunitari, fattori ambientali,
fattori dietetici, fattori psicosociali,
fattori infettivi, fattori genetici.

Invece, fattori Che scatenano

infiammazione intestinale: citochine,
fattori di crescita, eicosanoidi,
neuropeptidi, NO e RLO2, enzimi
proteolitici, anticorpi e autoanticorpi.

COLITE ULCEROSA
= Malattia infiammatoria cronica del colon che interessa sempre il retto e talora tutto il colon con carattere di
continuità.

Manifestazioni cliniche: Sanguinamento rettale, Tachicardia, Diarrea, Anemia, Tenesmo, Dimagrimento, Dolore
addominale, Disidratazione, Astenia, Pallore, Febbre, Dolorabilità diffusa addominale, Timpanismo addominale

Può causare perforazioni ed emorragie, ma spt megacolon tossico; come complicanze croniche determina
aumentato rischio di K colon retto.

124
MORBO DI CROHN
= Malattia caratterizzata da un processo infiammatorio cronico focale e segmentario, spesso transmurale, che
può colpire qualsiasi tratto del tubo digerente dalla bocca all’ano.

Manifestazioni cliniche VARIABILI A SECONDA DELLA LOCALIZZAZIONE E DELLA ESTENSIONE DELLA MALATTIA:
- Diarrea (talora con sangue)
- Dolore addominale (subocclusivo, simil appendicite)
- Febbricola
- Malassorbimento (dimagrimento, anemia, edemi )
- Malattia perianale (ragadi , fistole, ascessi anali)

Esami diagnostici per UC e CD si assomigliano molto.

In generale per IBD Rischio maggiore se presenti parenti di primo grado affetti.

− CD/MC → Concordanza gemelli MZ: 42-58%

− UC →Concordanza gemelli MZ: 6-17% = componente genetica è più limitata rispetto a Crohn o a
celiachia.

- CD > nelle femmine

- UC > nei maschi
→ probabili meccanismi epigenetici

Quali i patway convolti in scatenamento IBD:

GENI CANDIDATI:

NOD2 = caspasi → ↑ rischio di CD ileale o ileocolonico ma non di colonico o UC. NOD2 è un membro della
famiglia dei toll-like receptors (TLRs) che riconoscono pattern molecolari associati a patogeni (PAMPs) e attivano
il sistema immune innato

Altri loci coinvolti:

- nei meccanismi di immuno-attivazione: interferon regulatory factor1 (IRF1),
- citochine come IL4, IL13, IL5, IL3 (stessa regione in forte LD)
- trasportatori cationi organici (OCTN1/2 ovvero SLC22A4/5)
125
- HLA classe II: DRB1*1502 per UC e DRB1*0103 per UC e CD
- Nod-like-receptor family NLRP3
- tumor necrosis factor superfamily 15
- IL23R = Recettore IL23
- ATG16L1 e IRGM → coinvolti in autofagia → Autofagia = meccanismo antico altamente conservato nelle cell
eucariotiche. Consiste in Autodigestione di componenti intracellulari in condizione di scarsità di nutrienti per
riciclare organelli danneggiati o superflui e degradare proteine a lunga-vita
-…

Diabete tipo 1
HLA → combinazione DR3 e DR4 che aumenta il rischio di
DM1, tuttavia è presente anche nei controlli → di nuovo si
parla di aumentata suscettibilità.

Si può capire se gli hla sono a rischio di sviluppare una

patologia vedendo una distribuzione attesa nella
popolazione normale, sulla base della segregazione
normale → figli ereditano normalmente le varie possibilità di combinazioni di aplotipi di alleli materni e paterni.

Ma se andiamo a vedere i fratelli affetti vediamo una distribuzione diversa dalla popolazione materna. I figli
affetti sono quelli che condividono entrambi gli aplotipi. Se ne condividono 1 : aumentato rischio. Affected
siblings share HLA alleles more frequently than expected by
chance!

HLA in DM1:

HLA Non serve a fare diagnosi!

In realtà fino a quando non sarà disponibile una efficace
prevenzione (vaccinazione?) non serve identificare i soggetti a
maggior rischio;
è da discutere se consigliare la tipizzazione HLA nei familiari di
primo grado degli affetti, per modificare il rischio di malattia.

Quando eseguire la tipizzazione HLA per malattie complesse?

A. Quando il test HLA può assumere valore di conferma diagnostica per quelle malattie la cui diagnosi non è di
certezza:
- Narcolessia (DRB1*1601 DQB1*0601: RR 100), Corioretinopatia tipo Birdshot (A29: RR 200),
Behçet (B51: RR 35), Spondilite Anchilosante (B27: RR 100)
B. Se l’identificazione dei soggetti a rischio permette di diversificare il follow-up: Familiari di celiaci (DQ2,
DQ8)
C. Qualora la malattia avesse prognosi diversa a seconda della tipizzazione HLA
D. Se la risposta terapeutica fosse diversa → HLA-B5701 e risposta all’abacavir nella terapia dell’infezione da
HIV.

In ogni caso occorre ricordare che Si tratta di malattie complesse, dovute all’interazione di fattori ambientali e
molti fattori genetici e Che stiamo valutando solo uno dei fattori genetici di suscettibilità.

126
 [Lezione 10]

GENETICA DELL’OBESITÀ ED EPIGENETICA

Prevalenza dell’obesità nel mondo per
età e per sesso (WHO, 2004): 1.1 miliardi
di individui adulti sono in sovrappeso
(BMI>25), 312 milioni sono obesi
(BMI>30)

Trend obesità: in realtà sono proiezioni

lineari, significherebbe che a un certo
punto tutta la popolazione mondiale
sarebbe obesa = surreale → inoltre la
scala è molto lunga (2110!)

Variabilità interindividuale: alimentazione

ipercalorica e riduzione dell’attività fisica → aumento BMI. Tuttavia non tutti i soggetti hanno lo stesso rischio, a
parità di fattori ambientali → significa che c’è componente genetica. sono stati fatti studi su gemelli → Studi
gemelli MZ adottati separatamente: BMI più simile a genitori biologici che adottivi.

→ si è stimato allora che Ereditabilità (H2): 50-70% per il BMI; 75-80% per grasso totale corporeo.

altri studi sui gemelli:

Che cosa significa una ereditabilità del 50% ?

→ Che cosa NON significa:

– Metà del tessuto adiposo che compone il nostro organismo è controllato da geni, metà dall’ambiente

– Metà degli individui che sono obesi lo sono a causa dei loro geni, metà lo sono per cause ambientali (perché
mangiano troppo e fanno poco esercizio fisico, ecc.)

→ Che cosa significa:

– Metà della varianza delle curve di distribuzione dei parametri associati all’obesità nella popolazione può
essere attribuita alla varianza dei polimorfismi genetici in quella popolazione.

Come la genetica può interagire con l’equazione che regola il bilancio energetico?

Bilancio energetico = introduzione di energia attraverso il cibo – dispendio di energia

Questa è una equazione ovvia. Tuttavia è diversa dalle altre equazioni perchè le quantità non sono costanti. Sia
l’energia assunta, sia quella consumata, cambiano nel tempo… E la GENETICA fa sì che ogni persona possa
rispondere in modo diverso!

127
 → Regolazione fisiologica del bilancio energetico
passa attraverso stimolazione ormonale che va ad
agire poi a livello ipotalamico. Esistono infatti
diversi gruppi neuronali che determinano una
segnalazione oressigenica piuttosto che
anoressigenica.

In qual modo i geni possono contribuire?

• Regolando i meccanismi della fame e della

sazietà
• Nei tassi di alcuni processi metabolici
• Nella temperatura corporea
• Nella propensione all’esercizio fisico
• Nella distribuzione dei tessuti
• Nelle preferenze dei cibi

Aspetti genetici: quali?

Esistono prove statisticamente convincenti

Dell’esistenza di geni che controllano l’obesità.
Sono stati clonati geni che in alcuni casi causano obesità e sono ereditati con trasmissione mendeliana semplici
(monogenici). In che modo la scoperta di geni che causano obesità, o anche la semplice conoscenza che
esistono, può cambiarne la terapia?

MALATTIE MONOGENICHE

Rare mutazioni in geni che codificano per proteine regolatrici dell’appetito possono causare l’esordio precoce di
una forma di obesità importante:
- Leptina (LEP) e il suo R (LEPR) → Ruolo della leptina ed effetti della terapia a base di leptina
- melanocortin-4 receptor (MC4R)
- pro-opiomelanocortin (POMC) → Come le mutazioni del gene per la melanocortina influenzano l’obesità

Obesità come disordine del bilancio energetico:

1) riduzione del consumo calorico basale e basato sull'esercizio fisico (a causa di una ridotta ossidazione dei
grassi)

2) accumulo eccessivo di grasso con lipolisi non reattiva negli adipociti

3) LEPTIN (LEPT): viene rilasciato in risposta ad adiposità e funzioni crescenti per ridurre l'appetito e indurre
sazietà

4) Nei roditori, la leptina agisce per aumentare il dispendio energetico attraverso la termogenesi del tessuto
adiposo marrone (BAT).

5) Mentre il tessuto adiposo bianco è il sito principale di accumulo di grasso, la BAT è coinvolta nel dispendio
energetico attraverso la termogenesi.

6) Esistono ora prove evidenti di depositi di BAT metabolicamente attivi negli adulti umani.

Obesità come disordine degli adipociti

La massa grassa nell'uomo è determinata sia dalla dimensione che dal numero degli adipociti, con popolazioni
più grandi di adipociti più grandi nelle persone obese. La popolazione di adipociti aumenta costantemente
durante l'infanzia e l'adolescenza, indipendentemente dal peso, ma rimane strettamente regolata a un numero
128
costante durante l'età adulta.

Obesità come disordine del comportamento

→Difetti nel controllo neurologico dell'appetito e dell'assunzione di cibo.

La maggior parte dei geni in cui le mutazioni provocano l'obesità monogena sono coinvolte nel controllo
dell'appetito attraverso la via leptina-melanocortina

• Leptina
• recettore della leptina (LEPR) → LEP e LEPR hanno dimostrato di essere associati a preferenze dolci,
suggerendo un ruolo aggiuntivo per la segnalazione di leptina nell'obesità regolando l'assunzione di cibi dolci,
tipicamente ricchi di calorie
• proopiomelanocortina (POMC)
• pro-ormone convertasi subtilisina / kexin tipo 1 (PCSK1) 32
• MC4R.

Funzione ipotalamo:

• omologa 1 (SIM1)
• BDNF
• Recettore neurotrofico della tirosina chinasi di tipo 2 (NTRK2; noto anche come chinasi B correlata alla
tropomiosina, TRKB) 37.

Mutazioni a carico di MC4R → in eterozigosi o in

omozigosi. Comportano non solo alterazioni di peso ma
anche di altezza.

Quale informazione in più la conoscenza dei geni che

controllano l’obesità offre al clinico? → Bambini sopra il
97th percentile di BMI per età sono potenziali candidati
per una diagnosi di mutazione molecolare, poichè è
molto probabile che abbiano mutazioni identificate in
geni noti o candidati per causare obesità. La probabilità
che questi bambini abbiano mutazioni che causano obesità è ancora maggiore se altri componenti della famiglia
sono obesi (ma attenzione alle abitudini alimentari famigliari!)

Quali caratteri possono essere informativi per diagnosticare obesità di natura genetica?

- il livello di leptina nel plasma (livelli molto bassi indicano mutazioni nel gene della leptina, livelli molto alti
indicano mutazioni nel gene per il recettore della leptina),

- il livello di insulina e proinsulina (livelli alti di proinsulina possono indicare un difetto nelle proteasi che
intervengono nella sintesi dei pro-ormoni),

- il colore dei capelli (famiglie con capelli rossi in vari suoi componenti e obesità possono avere difetti di POMC).

- Forse anche altezza e densità ossea (?MC4R).

QTL (quantitative trait locus) = locus che contribuisce nel determinare il fenotipo di un carattere continuo → si
può fare QTL di quei loci che contribuiscono a altezza, a ipertensione, a colesterolo…

Le modalità di trasmissione dei QTL possono essere infinite: la penetranza può aumentare con il numero di loci;
la espressività può variare con il numero di loci; le mutazioni in alcuni loci possono essere dominanti, in altri
recessive.

129
Forme monogeniche di obesità: studi di linkage
sono state eseguite più di 60 scansioni del genoma, con conseguente identificazione di 250 QTL entro il 2006. La
clonazione di posizione basata sui risultati del collegamento ha identificato geni candidati promettenti:

• glutammato decarbossilasi 2 (GAD2): GAD2 catalizza la formazione del neurotrasmettitore acido γ-

aminobutirrico, che sovraregola l'assunzione di cibo

• Ectonucleotide pyrophosposphatase / phosphodiesterase 1 (ENPP1): enPP1 inibisce l'attività del recettore

dell'insulina e i topi knockout per il recettore dell'insulina sono obesi

• famiglia portante di soluti 6 (trasportatore di aminoacidi), membro 14 (SLC6A14): SlC6A14 è un trasportatore

di triptofano - il triptofano è un precursore del neurotrasmettitore serotonina, che regola l'appetito

• AD monogenica MC4R → più comune – 1-6% di individui obesi di diversi gruppi etnici, con una prevalenza
maggiore nei casi con maggiore gravità e precoce età di insorgenza

• Replicazione debole → più forte per FTO ma solo 1% di variazione dell'IMC.

Forme sindromiche di obesità

> 20 rare sindromi causate da difetti genetici discreti o anomalie cromosomiche, sia autosomiche che legate
all'X, sono caratterizzate da obesità. La maggior parte con ritardo mentale

La più frequente di queste sindromi (1 su 25.000 nascite) è la sindrome di Prader-Willi (PWS), una malattia
autosomica dominante caratterizzata da obesità e iperfagia (↑ grelina , ↑ appetito interagendo con i neuroni
ipotalamici POMC / CART e NPY )

La perdita del gene omogolo a SIM1 è stata anche associata all'iperfagia nell'obesità sindromica.

La sindrome da pseudoipoparatiroidismo di tipo 1A (PHP1A) è dovuta a una mutazione materna trasmessa in

GNAS1, che codifica per la subunità αdella proteina GS (circuiti ipotalamici alterati).

L'origine dell'obesità è più complessa nella sindrome di Bardet – Biedl (BBS)

Molto spesso ci sono sindromi associate ad obesità, sia frequenti sia occasionali (es Down) + cause endocrine di
obesità (es Cushing, ipotiroidismo, deficit GH…)

L’ obesità comunque è una patologia multifattoriale: Dieta, esercizio fisico (ambiente) e genetica
contribuiscono a causare l’obesità in proporzioni diverse da individuo a individuo. Tali fattori – genetici ed
ambientali – interagiscono tra di loro. Per esempio: determinati alleli di certi geni favoriscono perdita di peso in
conseguenza dell’esercizio fisico più di altri alleli degli stessi geni.

Loci genetici associati ad obesità

- GAD2 → catalizza la forimazione del neurotrasmettitore acido γ-
aminobutirrico, che determina aumento del food intake

- SLC6A14 = carrier solubile degli aminoacidi: SlC6A14 in particolare funzie tra

trasportatore del triptofano, precursore della serotonina, che regola il senso
di fame.

-…

130
Come la scoperta di geni che controllano l’obesità può cambiare la terapia?

Esistono molti modi diversi di diventare obesi. Il modo di diventare obesi può influenzare la risposta alla terapia.

Mutazioni missenso e obesità complessa

Mutazioni missenso sono le maggiori responsabili dell’obesità complessa.

Varianti non sinonime di LEP e LEPR sono state associate all'obesità adulta, con LEPR implicato anche
nell'obesità infantile estrema. Più recentemente, è stato dimostrato che i polimorfismi di LEP e LEPR sono
associati a preferenze dolci, suggerendo un ruolo aggiuntivo per la segnalazione della leptina nell'obesità
regolando l'assunzione di cibi dolci, tipicamente ricchi di calorie.

È stata segnalata una mutazione missenso che interrompe la funzione POMC per aumentare la suscettibilità
all'obesità ad esordio precoce in diverse popolazioni e varianti di codifica non sinonime comuni nel PCSK1 sono
state associate all'obesità sia negli adulti che nei bambini.

Le mutazioni del gene MC4R che provocano sostituzioni di aminoacidi che portano alla perdita della funzione
proteica in genere causano obesità monogena, ma con penetranza variabile. Al contrario, le rare mutazioni di
guadagno di funzione v103I e I251l (trovate tra lo 0,5% e il 2% della popolazione) sono state costantemente
associate a un effetto protettivo contro l'obesità.

Il SNP comune –11391G> A, che si trova nel promotore prossimale del gene adiponectina (ADIPOQ) e aumenta
l'espressione di ADIPOQ (e livelli di adiponectina), è stato associato a grave infanzia e obesità adulta nei
caucasici francesi e con obesità adulta in altri popolazioni.

La scoperta di associazioni tra obesità e geni che codificano per il recettore dei cannabinoidi 1 (CNR1), il
recettore della dopamina 2 (DRD2) e il recettore della serotonina 2C (HTR2C) sottolinea l'importanza della
segnalazione neurale e della patogenesi dell'obesità. I geni coinvolti nella regolazione della funzione
serotoninergica (SLC6A4) edei livelli di monoamina (MAOA) hanno anche dimostrato di essere predittivi
dell'IMC.

Genome wide association studies:

Loci identificati: l'obesità definita dall'IMC è

aumentata di 16 (localizzata in 15 loci diversi)

gene associato a massa grassa e obesità (FTO) →

alta espressione nell'ipotalamo e nelle isole
pancreatiche. La proteina FTO mostra un'elevata
omologia con l'enzima AlkB che demetilizza
ossidativamente il DNA.

Selezione dei soggetti:

Se esistono geni che predispongono all'obesità

grave, devono essere reclutati soggetti estremi. Lo
studio di soggetti estremamente obesi è probabile
che identifichi geni di grande effetto in un piccolo
sottogruppo della popolazione, in cui i benefici per
la salute dei trattamenti informati dai risultati dello studio genetico saranno significativi.

Inoltre, molti studi non considerano le possibili differenze tra l'analisi dell'obesità infantile e dell'adulto e
l'importanza di ciò è stata recentemente dimostrata dall'identificazione di associazioni che variano in forza a
seconda dell'età dei soggetti studiati.

131
EPIGENETICA
L'epigenetica studia i cambiamenti ereditabili nell'espressione genica che non comportano cambiamenti nella
sequenza di DNA sottostante. Questi processi includono metilazione del DNA, modifiche dell'istone covalente,
piegatura della cromatina e, più recentemente descritto, l'azione regolatoria dei miRNA.

I meccanismi epigenetici consentono agli organismi in via di sviluppo di produrre fenotipi cellulari diversi e
stabili dallo stesso genotipo

Le modifiche epigenetiche alla cromatina includono:

- 5 'metilazione del residuo di citosina nei dinucleotidi CpG del DNA

- modifiche covalenti (tra cui metilazione, acetilazione, fosforilazione e ubiquitinazione) degli istoni, le proteine
che impacchettano il DNA nella cromatina
- attività di regolazione genica e di organizzazione della cromatina di RNA non codificanti.

La metilazione del DNA è una modifica covalente,

ereditabile dalle cellule somatiche dopo la divisione
cellulare.

• Molti siti CpG nel DNA umano sono metilati. Tuttavia,

questa metilazione si verifica principalmente in aree in
cui la densità di CpG è bassa o in siti ripetuti di DNA.

• La maggior parte delle isole CpG (dove la densità di

CpG è elevata) non sono metilate.

La metilazione del DNA è coinvolta nella regolazione di

molti processi cellulari, tra cui la struttura e il
rimodellamento della cromatina, l'inattivazione del
cromosoma X, l'imprinting genomico, la stabilità
cromosomica e la trascrizione genica

IMPRINTING –> L'imprinting genomico è una forma

epigenetica non mendeliana, ereditata dalla linea
germinale, di regolazione genica che comporta
metilazione del DNA e modifiche dell'istone → Circa l'1% dei geni autosomici sono impressi.

EPIGENETICA AMBIENTALE → Si osserva un rischio di

malattia. Ci sono serie di elementi che possono
influenzare la metilazione di specifici geni o globale del
DNA. Anche alimentazione può influire su quadro
epigenetico. Alimentazione viene intesa come fattore
ambientale che può comportare serie di sviluppi
epigenetici che possono comportare un aumentato
rischio di malattia.

Epigenetica cambia nel corso del tempo, a differenza della genetica. Infatti i gemelli monozigotici hanno profili
epigenetici molto simili nei primi anni di vita, ma questi si modificano con gli anni: ciò spiega come l’ambiente
possa modificare l’assetto epigenetico di un individuo

132
Modificatori della metilazione del DNA:

− Invecchiamento, micronutrienti (carenza di folati),

infiammazione, chemioterapia
− Inquinanti ambientali.

Le prove epidemiologiche suggeriscono sempre più che le

esposizioni ambientali nelle prime fasi dello sviluppo hanno un
ruolo nella suscettibilità alle malattie nell’età adulta. Inoltre,
alcuni di questi effetti ambientali sembrano essere trasmessi
attraverso le generazioni successive.

Le modificazioni epigenetiche forniscono un legame plausibile tra l'ambiente e alterazioni nell'espressione

genica che potrebbero portare a fenotipi di malattia. Un numero crescente di prove provenienti da studi sugli
animali supporta il ruolo dell'epigenetica ambientale nella suscettibilità alle malattie.

Esempio: Metilazione del DNA ematico globale inferiore associata a: maggiore omocisteina plasmatica, Malattia
cardiovascolare e Cancro.

Quindi nel modello di sviluppo di malattie complesse va considerata anche la componente epigenetica oltre a
quella genetica. Durante tutto il corso della vita possono esserci cambiamenti legati ad esempio allo stile di vita
o a esposizione a inquinanti ecc e quindi possono svilupparsi modificazioni epigenetiche → sicuramente i
cambiamenti epigenetici che si verificano nei primissimi anni di vita o nel corso della gametogenesi sono per lo
più irreversibili in età adulta; ci sono invece altri cambiamenti epigenetici indotti da comportamenti/fattori
ambientali sono reversibili se viene a mancare il fattore ambientale scatenante (es fumare → smettere di
fumare)

133
L’ambiente può influenzare cambiamenti epigenetici → esempio: la carestia dell’inverno 1944 nei Paesi Bassi. I
tedeschi bloccarono l’introduzione di cibo nei Paesi Bassi nell’inverno del 1944 dopo lo sbarco in Normandia (D-
Day). Per 4 milioni e mezzo di persone il consumo medio scese da 2.000 a 500 calorie al giorno. I bambini nati o
allevati in quel periodo erano magri, di bassa statura e molti di loro affetti da varie patologie quali edemi,
anemie, diabete e depressione. La studio dal titolo Dutch Famine Birth Cohort ha dimostrato che le donne
vissute in quel periodo generarono 20-30 anni dopo figli con gli stessi loro problemi anche se concepiti in
condizioni normali e sottoposti a regimi dietetici bilanciati.

L'epigenetica è un legame importante tra gli eventi della prima infanzia e la malattia degli adulti? I meccanismi
epigenetici forniscono una potenziale spiegazione di come le influenze ambientali nella prima infanzia causino
cambiamenti a lungo termine nella suscettibilità alle malattie croniche. Mentre la disregolazione epigenetica è
sempre più implicata in varie rare sindromi e tumori dello sviluppo, è da chiarire il ruolo dell'epigenetica nelle
malattie croniche complesse, come le malattie cardiovascolari, il diabete di tipo 2 e l'obesità. Modelli animali:
modello murino che mostra che l'integrazione nella dieta con donatore di metile previene l'amplificazione
transgenerazionale dell'obesità, suggerendo un ruolo per la metilazione del DNA nello sviluppo della regolazione
del peso corporeo.

Eredità epigenetica transgenerazionale

Alcuni cambiamenti epigenetici sono transgenerazionali, cioè cambiamenti che si fissano nelle generazioni
(ipotesi non confermata nell’uomo) → Per essere considerati un meccanismo potenziale di cambiamenti
fenotipici ereditati, questi cambiamenti devono essere mantenuti almeno nella generazione F3 quando è
coinvolta un'esposizione embrionale.

L’ eredità epigenetica transgenerazionale viene spiegata perché le modifiche epigenetiche non vengono
completamente cancellate durante la gametogenesi e l'embriogenesi precoce, con conseguente persistenza
della memoria dello stato epigenetico e trasferimento alla generazione successiva.

Evidenze di esposizione:
• metalli pesanti che causano il cancro
• nutrizione anormale (ad esempio, restrizione calorica) che causa difetti diabetici e uterini
• esposizione chimica (ad esempio benzo (a) pirene) che causa difetti cerebrali ed endocrini
• interferenti endocrini che causano difetti riproduttivi ed endocrini

Ad esempio, La vinclozolina, un interferente endocrino, che è un composto anti-androgeno, induce patogenesi

transgenerazionale nei ratti, causando difetti spermatogenici, infertilità maschile, cancro al seno, malattie
renali, malattie della prostata e anomalie immunitarie a frequenze che vanno dal 20% al 90% →
transgenerazionalità.

Differenze di metilazione del DNA correlate al fumo valutate mediante analisi dell'intero genoma → LOCI
DIFFERENZIALMENTE METILATI
CORRELATI AL FUMO:

- Gene AHRR: (Aryl Hydrocarbon

Receptor Repressor) → coinvolto nella
regolazione della crescita e
differenziazione cellulare e associato a
disfunzione riproduttiva e tumorigenesi
nell'uomo → correlazione con tumore

- Gene F2RL3 : simile al recettore del

fattore II della coagulazione (trombina) 3 → correlato a patologia cv.

134
Sono state identificate due classi distinte di siti CpG: siti la cui metilazione ritorna ai livelli tipici dei non fumatori
entro decenni dopo l'interruzione del fumo e i siti che rimangono differenziati metilati, anche più di 35 anni
dopo l'interruzione del fumo.
MA i danni persistenti possono contribuire ulteriormente al rischio di danno di cancro al polmone?
Sembrerebbe di sì.

FUMO E METILAZIONE DNA:

- all’aumentare dell’esposizione al fumo si riduce la metilazione, in modo inoltre proporzionale agli anni di fumo.
L’interruzione del fumo aumenta progressivamente la metilazione.
- molti segnali: Reversibili e Non reversibili
- alterazioni di metilazione legate al fumo sono in Grado di predire il rischio di tumore al polmone

Fumo in gravidanza e metilazione del DNA dei neonati:

Se la mamma fuma, il fumo Colpisce F0 (la mamma), F1 = il feto e F2 = le gonadi del feto
→ quindi F2 è colpito in modo diretto, per quello si deve parlare di F3 per dire che c’è
transgenerazionalità.

Analisi di 13 COORTI (n = 6,685) → Circa 6,000 segnali significativi identificati. Molti geni
sono coinvolti potenzialmente in malattie (es., labioschisi, asma, diversi tumori, etc).
Arricchimento anche in alterazioni di metilazione in geni coinvolti in processi critici dello
sviluppo. Molti cambiamenti nel neonato persistono anche in età adulta.

EPIGENETICA ED OBESITÀ
Accanto agli studi genome wide ci sono gli studi epigenome-wide = si studiano tutti (o quasi) i siti di metilazione
nel genoma. Al fine dell’epigenetica dell’obesità, l’idea alla base di questi studi è cercare di capire quali siti
correlino con obesità.

Un’indicazione che il fenotipo obesità cambi in relazione

anche alle modificazioni epigenetiche indotte dalla dieta
arriva da uno studio condotto sui ratti, in particolare su ratti
F gravide che veniva nutrite con dieta supplementata con
genisteina (donatore di metili) → topo Agouti (obeso, pelo
rosso) se alimentato con ginesteina shifta il proprio fenotipo
a uno non obeso (pelo scuro). Questo sarebbe dovuto a un
meccanismo molecolare per cui la ginesteina aumenterebbe
la metilazione di una precisa sequenza del DNA, alterando
l’espressione genica del topo Agouti e modificando quindi
sia il fenotipo obesità e il colore del pelo.

Individualità ed epigenetica nell’obesità

L'epigenetica studia i cambiamenti ereditabili

nell'espressione genica che non comportano cambiamenti
nella sequenza di DNA sottostante. Questi processi
includono metilazione del DNA, modifiche dell'istone
covalente, piegatura della cromatina e, più recentemente
descritto, l'azione regolatoria dei miRNA.

Metilazione nei geni correlati all'obesità (geni epi-obesi),

come FGF2, PTEN, CDKN1A ed ESR1, implicata

135
nell'adipogenesi, SOCS1 / SOCS3, nell'infiammazione e COX7A1 LPL, CAV1 e IGFBP3, nel metabolismo
intermedio e nella segnalazione dell'insulina. Lo stato epigenetico del DNA e il fenotipo associato possono
talvolta essere ereditati in quella che viene chiamata eredità epigenetica transgenerazionale.

Nell’uomo sono state identificati molti geni con differenze di metilazione.

In soggetti già obesi, il cambiamento di

metilazione è causa o conseguenza?
Secondo questo studio questi
cambiamenti sarebbero una
conseguenza dell’obesità → e ciò è vero
per molti segnali coinvolti in metabolismo lipidico, vie di infiammazione…

Tuttavia, i cambiamenti nelle metilazioni possono dividere la popolazione di soggetti obesi in sottogruppi a
rischio o non a rischio di sviluppare DM2.

La metilazione del DNA è legata anche a età

biologica → molti geni metilati correlano con età
biologica. ciò ci può dire se il soggetto sta
invecchiando più velocemente rispetto all’età
cronologica. La metilazione può dire anche se chi
fuma di più invecchia più velocemente e se chi
aderisce maggiormente alla dieta mediterranea è
più protetto dall’invecchiamento.

Epigenetica comportamentale

Epigenetica è impo anche per aspetti comportamentali: soggetti che hanno avuto traumi possono avere profili
epigenetici alterati. Non è chiaro se però questi siano ereditabili o meno → ciò potrebbe avere ricadute in
termini di malattie psichiatriche / disturbo da stress…

La metilazione può essere influenzata anche dai farmaci.

136
 [Lezione 11]

NUTRIGENETICA E NUTRIGENOMICA

Quali sono le scienze omiche?

137
La scienza della nutrizione ha lo scopo di capire il ruolo dei nutrienti e di altri componenti della dieta nello stato
di salute o malattia dell’uomo lungo tutto il ciclo di vita:

Oggi si è fatta avanti l’ipotesi secondo la quale le patologie croniche sono provocate da un insieme di varianti
genetiche che contribuiscono allo sviluppo della malattia. La complessità di queste interazioni genetiche ha reso
difficile per gli studi di epidemiologia molecolare localizzare i geni associati alle malattie croniche.

CONCETTO BASE DELLA NUTRIGENOMICA: I nutrienti possono avere un effetto diretto e indiretto
sull’espressione genica, addirittura alterando il cell signalling intracellulare.

In particolare, i nutrienti possono interagire con i ligandi, alterare il legame substrato-intermedio o influenzare
(in modo positivo o negativo) vie di trasduzione del segnale, con influenza finale sull’espressione genica:

L’importanza della dieta:

Influenza dieta in malattie causate da una singola mutazione, quali Emocromatosi, PKU e Galattosemia →
controllo della malattia attraverso una dieta adeguata!

La dieta può essere un fattore di rischio: Esempi di ridotto intake di specifici micronutrienti:
• Vitamine B, E, Carotenoidi → CVD
• Folati e carotenoidi → Cancro
• Folati → Difetti del tubo neurale
• B6, B12 e folati →Iperomocisteinemia

Ma anche: Effetti di un alterato intake di proteine: Alcuni metodi di cottura producono composti nocivi =
nitrosammine (da cottura alla brace delle carni) → Un eccessivo consumo di carni nei soggetti “acetilatori
rapidi” ed elevata attività del CYP1A2 aumenta il rischio di carcinogenesi.

Per le malattie complesse inoltre è fondamentale considerare non solo l’aspetto genetico ma anche quello
epigenetico, quindi il discorso legato alla metilazione e demetilazione del DNA. C’è una stretta correlazione tra
dieta e variazioni epigenetiche ed epigenetiche. Ad esempio in DM2, Il rimodellamento della cromatina o
metilazione del DNA indotti da dieta sbilanciata contribuiscono all’irreversibilità della mutazione genica.

138
 La NUTRIGENOMICA è l’applicazione delle tecnologie genomiche in
campo nutrizionale. Essa rappresenta l'interfaccia tra l'ambiente e i
processi cellulari/genetici. Tale scienza consente di capire in che modo
sostanze nutritive influenzano l'equilibrio tra salute e malattia,
alterando l'espressione e/o la struttura genetica.

Basi concettuali della ricerca in campo nutrigenomico:

1. Sostanze chimiche comunemente presenti nella dieta agiscono sul genoma umano in modo diretto o
indiretto, alterando l'espressione o la struttura di un gene.
2. In alcune condizioni ed in alcuni individui la dieta può rappresentare un serio fattore di rischio di alcune
patologie.
3. Alcuni geni regolati attraverso la dieta (e le loro varianti comuni) possono svolgere un ruolo nell'inizio,
nella progressione e/o nella gravità di patologie croniche.
4. L'entità dell'influenza esercitata dalla dieta nell'equilibrio tra stato di salute e malattia può dipendere
dalla predisposizione genetica individuale.
5. Interventi dietetici basati sulle conoscenze dei fabbisogni nutrizionali, dello stato nutrizionale e del
genotipo, possono essere utilizzati per prevenire, migliorare o curare patologie croniche (nutrizione
individualizzata).

Obiettivi primari della ricerca genomica nutrizionale:

1. Stabilire le raccomandazioni dietetiche in grado di:

• avere un elevato valore predittivo per la prevenzione di malattie
• minimizzare il rischio associato a effetti non prevedibili
• ridurre le variazioni dovute a differenze genetiche

2. Delineare efficaci regimi dietetici per il management di complesse malattie croniche. L’identificazione degli
alleli coinvolti in malattie complesse quali obesità, diabete, ipertensione ecc., consentirà di progettare interventi
dietetici volti a prevenire e/o trattare i fenotipi di queste patologie.

Reciproche interazioni tra nutrizione e genoma

Le variazioni genetiche esistenti all’interno della specie umana sono il
risultato di adattamenti molecolari a pressioni evolutive che si sono
estese durante tutti i processi di mutazione dei geni e di selezione
adattativa.

La nutrizione probabilmente ha rappresentato il fattore ambientale

più duraturo, persistente e variabile, che ha contribuito alla
formazione e modellamento del genoma umano.

Le conoscenze e le ricerche degli ultimi decenni hanno stabilito che il

genoma umano viene continuamente modificato in risposta a
esposizioni nutrizionali.

Singoli componenti dietetici possono influenzare la velocità di

mutazione genica. I nutrienti possono influenzare anche la vitalità del
feto e modificare la penetranza di mutazioni deleterie: la nutrizione in
utero del feto può essere considerata la pressione selettiva che contribuisce alla fissazione di nuove mutazioni
all’interno del genoma.

139
Quindi si sviluppano risposte genomiche adattative individuali a livello di trascrizione, traduzione e stabilità
delle proteine a seguito delle condizioni dell’ambiente nutrizionale. Quali risposte:
− regolare la velocità e la quota di trasporto dei nutrienti
− regolare lo stato nutrizionale
− modificare le capacità di accumulo dei nutrienti
− modificare l’adattamento fine del flusso di intermedi attraverso i punti di incrocio delle vie metaboliche
− ristrutturare la trascrizione (transcriptoma) e la produzione di proteine (proteoma)
− dare l’avvio ai programmi di differenziazione cellulare, ciclo cellulare e apoptosi.

Meccanismo d’azione dei nutrienti

Le sostanze chimiche dietetiche possono influenzare l'espressione genica

direttamente o indirettamente. A livello cellulare i nutrienti possono:
A. Agire come ligandi per recettori di fattori di trascrizione;
B. Essere metabolizzati da vie metaboliche primarie o secondarie e perciò
alterare la concentrazione di substrati o intermedi;
C. Influenzare positivamente o negativamente le vie di trasduzione di segnali
cellulari.

Seguono serie di esempi (solo leggere)

Esempio di ligandi per recettori nucleari:

1. Regolazione diretta → acidi grassi quali: palmitico oleico, linolenico,

arachidonico, linoleico e gli eicosanoidi, sono ligandi per le PPAR che quindi si comportano come sensori
per ac. Grassi. Anche la vitamina A è in grado di legare direttamente recettori nucleari e influenzare
l'espressione genica.

2. Regolazione indiretta → I recettori nucleari SREBPs (sterol regulatory element binding proteins)
vengono attivati da proteasi a loro volta regolate da condizioni quali: bassi livelli di oxysterols,
cambiamenti nel rapporto insulina/glucosio, presenza di ac.grassi e PUFA

La dieta può rappresentare un fattore di rischio per malattie. La prima associazione tra l’intake di uno specifico
alimento e una patologia risale al 1908 quando si scoprì che ratti nutriti a uova, latte e carne sviluppavano a
livello di arterie lesioni simili all’aterosclerosi umana. Le associazioni tra colesterolo e ipercolesterolemia, tra
ipercolesterolemia e aterosclerosi portarono l’attenzione al legame tra l’ammontare calorico e/o livelli e tipi di
vitamine, grassi e carboidrati rispetto a patologie quali aterosclerosi, cancro, diabete, obesità ecc. I legami tra
alimenti, geni e patologie multifattoriali sono difficili da chiarire come ad esempio dimostra il caso
dell’associazione tra tipo e livello di grassi alimentari ed incidenza di tumore al seno.

Gli individui possono potenzialmente presentare differenze in milioni di paia di basi ed alcune di queste
differenze possono spiegare la diversa risposta alle stesse condizioni nutrizionali.

Con l’avvento delle informazioni che ci provengono dal sequenziamento genomico e lo sviluppo di metodologie
ad alto impatto tecnologico, è ora possibile analizzate i SNPs o altri polimorfismi anche in geni multipli. La
possibilità di analizzare pattern di SNPs per subfenotipi di patologie croniche richiede sofisticati strumenti
statistici e ampi studi di popolazione e storie familiari.

Nello studio delle varabili genetiche un fattore da tenere in considerazione è dato dalle differenze nelle
frequenze alleliche tra sottopopolazioni umane.

140
NAT-2

• Si può considerare l’esempio del gene per la N-acetiltransferasi 2 (NAT2) che è polimorfico. Le varianti
codificano per un allele chiamato “acetilatore veloce” e diversi sottotipi di “acetilatori lenti” che sono
diversamente rappresentati in diverse aree geografiche e in diverse regioni.

• L’allele lento è presente nel 72% della popolazione caucasica e degli Stati Uniti, ma solo nel 31% di quella
giapponese. Gli individui con l’allele NAT2 acetilatore lento sono più suscettibili al tumore alla vescica quando
esposti ad agenti pro-ossidanti.

• Le frequenze alleliche di NAT2 fanno comprendere quanto è importante conoscere sia la distribuzione allelica
nelle popolazioni sia le influenze ambientali.

POLIMORFISMO DI UN SINGOLO NUCLEOTIDE

La variazione genetica interindividuale è un determinante critico per la definizione dei fabbisogni di nutrienti. La
variabilità genetica più comune è il polimorfismo di un singolo nucleotide (SNP) che è provocata dalla
sostituzione di una singola base nella sequenza di DNA. Questo errore ricorre frequentemente (circa ogni
1000/2000 nucleotidi all’interno del genoma umano).

L’SNP può essere il risultato di una:

• predisposizione genetica
• influenza ambientale
• combinazione di entrambi
L’SNP quindi, è alla base delle variazioni che si osservano negli individui e in tutte le forme di vita.

Oggi sono stati identificati diversi polimorfismi genetici importanti anche dal punto di vista nutrizionale.

SNP AD IMPATTO NUTRIZIONALE

Ci sono serie di polimorfismi noti su geni che se hanno certe mutazioni possono avere rilevanza importante.
Questi polimorfismi noti Possono modificare in maniera non causativa ma interagendo con altre mutazioni
genetiche contribuendo a determinare fenotipi complessi → ad esempio:

Un esempio semplice ma chiaro di come un SNP possa alterare l’espressione genica è il polimorfismo che altera
la tolleranza al lattosio.
Una mutazione verificatasi circa 9000 anni fa nel nord Europa ha modificato l’espressione del gene per la lattasi
141
idrolasi (locus LCH). Benchè esistano 11 polimorfismi, classificati in 4 aplotipi differenti (A, B, C, U), un SNP
chiamato C13910T localizzato 14 kb a monte del gene LCH è altamente associato con la tolleranza al lattosio.

L’aplotipo A conferisce l’intolleranza al lattosio: frequenza del 86% nelle popolazioni del nord Europa, ma solo
del 36% di quelle del sud. Il permanere di tale variante nelle popolazioni può conferire alcuni vantaggi selettivi
che comprendono un’alimentazione migliore, la prevenzione delle disidratazione ed un miglior assorbimento
del calcio.

Un altro esempio riguarda un comune

polimorfismo nel gene A222V per il metilen-
tetraidrofolato reduttasi (MTHFR). Questo SNP
provoca la sostituzione di un amminoacido
nell’enzima in grado di modificarne e alterarne
l’affinità per il suo cofattore (vit.B12) →
CARENZA di B12 può comportare anomalie del
ciclo dei folati.

Variazioni dietetiche, metilazione del DNA e variazioni nell’espressione genica

La metilazione a livello della Citosina è uno dei meccanismi legati alla attivazione/disattivazione della
trascrizione dei geni. Alterazioni nel processo di metilazione, con le conseguenti alterazioni nell’espressione
genica, possono avere importanti conseguenze per l’embriogenesi. Infatti le configurazioni di metilazione
vengono definite già durante lo sviluppo embrionale e possono permanere per tutta la vita.

I polimorfismi nel MTHFR alterano la distribuzione tra i folati utilizzati per il DNA e quelli necessari per la
rimetilazione della Omocisteina (Hcy). Lo stato nutrizionale materno e l’eventuale supplementazione con folati o
altri donatori di gruppi metilici può quindi alterare lo stato di metilazione del DNA nell’embrione. Tale azione sul
genoma embrionale avrà conseguenze per tutta la vita dell’individuo.

Ci sono serie di carenze di micronutrienti associate a danno al DNA, esempi:

142
LA DIETA PUÒ RAPPRESENTARE UN FATTORE DI RISCHIO PER MALATTIE!

Fintanto che i nutrienti sono ingeriti regolarmente, partecipano direttamente od indirettamente al processo di
regolazione dell’espressione, conseguentemente i geni regolati dalla dieta possono essere coinvolti nel processo
di iniziazione, progressione e gravità della patologia.

Ad esempio la quantità di angiotensinogeno ANG circolante è associata con l’aumento della pressione
sanguigna. Un SNP chiamato AA, in posizione del nucleotide 6 del gene per ANG è legato ai livelli di
angiotensinogeno. Individui con il genotipo AA che seguono la dieta DASH mostrano una riduzione sensibile
della pressione sistolica ma la stessa dieta è meno efficace nel ridurre la pressione in individui con un genotipo
GG.

Concludendo:

Variazioni genetiche individuali possono influenzare il modo con cui un nutriente può essere assimilato,
metabolizzato, conservato ed escreto.

La possibilità di comprendere le interazioni nutrienti-genoma consentirà quindi di:

− sviluppare una dietetica personalizzata

− influenzare le raccomandazioni dietetiche
− definire le strategie di politica nutrizionale

FUTURO ?

• Dieta personale costruita a misura sul proprio profilo genetico, anche per l’assunzione di vitamine che saranno
dosate su misura

• L’effetto della dieta in base al proprio genotipo, in modo che sia efficace

143
LA GENETICA DEL GUSTO
Le papille gustative hanno vari recettori gustativi, per tutti i gusti noti:

NB: il piccante non è un gusto, ma una percezione sensoriale simile ad un bruciore, legata alla presenza di
alcune sostanze. La sensazione piccante non è uniforme, ma dipende dalla sostanza che la induce; le principali
sostanze sono la capsaicina, presente nei peperoncini; la piperina, presente in tutti i tipi di pepe; vari tipi di
isosolfocianato e isotiocianato nel rafano, nella senape e in alcune rape o rapanelli; l‘allicina nell‘aglio, nella
cipolla, nello scalogno; lo zingerone nello zenzero.

Quando ad es. mangiamo un peperoncino, nella saliva si scioglie la capsaicina, molecola responsabile del
piccante. La sensazione di bruciore è dovuta al nervo trigemino, che comunica tali sensazioni al cervello, e che è
in grado di avvertire anche caldo, freddo e dolore. Il piccante non è quindi un gusto, ma una sensazione
trigeminale. Una sensazione affine al piccante è il fresco mentolato, causato dal mentolo, associato alla
stimolazione chimica dei recettori del freddo.

Nel corso dell'evoluzione, uno dei primi motivi della comparsa del senso del gusto per la sopravvivenza è stata la
necessità di distinguere fra sostanze nutrienti e tossiche prima dell’ingestione. Al giorno d’oggi la percezione del
gusto non è più funzione della sopravvivenza delle specie, ma soprattutto del piacere sensoriale.

La percezione del dolce è associata a cibi ricchi di zuccheri, un evidente significato nella ricerca di cibi ad alto
contenuto calorico. In un’ipotetica popolazione in cui solo alcuni percepiscono e apprezzano il dolce, questi
sono avvantaggiati (se le calorie sono scarse) perché saranno indotti per istinto a consumare cibi ricchi di
zuccheri.

La percezione dell’umami è associata a cibi ricchi di amminoacidi, quindi sostanze azotate importanti per
l’apporto nutrizionale.

L'elevata acidità può segnalare la presenza di un cibo guasto, che è andato incontro a fermentazione non voluta.
Questa eventualità, ovviamente, era più di frequente nel passato rispetto a oggi; la percezione dell’acido è
associata dunque alla percezione di acidità dovuta a possibile fermentazione (rischio microbiologico).

La percezione del salato è associata a cibi ricchi di Sali minerali ed è legata alla necessità di ingerire una certa
quota di sali minerali, quindi sostanze importanti per l’equilibrio salino.

Di norma tutte le popolazioni umane hanno invece una avversione per i cibi amari. È ragionevole pensare che
l'avversione per l'amaro sia dovuta al fatto che molti composti nocivi per la salute sono contenuti in vegetali dal
gusto amaro. La percezione dell’amaro quindi è associata alla percezione di sostanze tossiche (rischio chimico).
Il nostro organismo ha perciò sviluppato un sistema di difesa preventivo contro questi rischi.

144
Oggi, in un ambiente dove vi è abbondanza di alimenti, i gusti come si sono sviluppati durante l’evoluzione NON
SONO PIÙ un vantaggio.

- L’eccessivo consumo di sale provoca: ipertensione arteriosa, ictus cerebrali, attacchi cardiaci, malattie renali,
calcoli renali.

- L’eccessivo consumo di zuccheri semplici provoca: carie, diabete, obesità

- Il gusto amaro spesso si associa a alimenti ricchi in polifenoli e sostanze antiossidanti quindi protettive da pdv
della salute.

AMARO

I recettori per l’amaro sono 30 e sono più numerosi rispetto a quelli per gli altri gusti perché sono responsabili
del riconoscimento di un’ampia gamma di sostanze potenzialmente tossiche per l’uomo. Infatti, durante
l’evoluzione il gusto si è sviluppato come un sistema in grado di determinare se i cibi siano utili oppure dannosi.

I recettori per l’amaro vengono codificati da una grande famiglia genica, ma in realtà vengono riconosciuti
nell’unica sensazione dell’amaro.

Nel 1931 mentre Fox stava sintetizzando in laboratorio il PTC (Phenythiocarbamide) (tiourea) alcuni cristalli
vennero dispersi nell’aria e alcuni suoi colleghi percepirono una forte sapore amaro mentre lui assolutamente
niente. Da questa osservazione sono derivati diversi studi familiari e di popolazione.

L’incidenza dell’incapacità di percezione del PTC/PROP varia da popolazione a popolazione da un minimo del3%
nell’Africa occidentale ad oltre il 40% in India. nella popolazione caucasica circa il 30% è indicato come incapace
(nontaster) di riconoscere il gusto amaro, mentre il 70% sono responsivi (taster). La capacità percettiva
diminuisce con l’età e il tratto è più comune nelle donne (che da adulte preferiscono cibi amari rifiutati da
bambini).

PTC/PROP taster → Soggetti piu sensibili e non prediligono:

• cibi amari quali broccoli crudi (da bambini)
• cibi conteneti caffeina, chinino, isoumuloni (amaro della birra), naringina (pompelmi).
Invece sono maggiormente sensibili alla percezione del:
• dolce, del piccante (capsaicina-chili,
• piperina-black pepper, e zingerone-ginger), del grasso (distinguono molto meglio tra insalate con il 40% e il
10% di grassi rispetto ai nontaster)

→questo comporta:

− Vantaggio selettivo dei taster nell’evitare i cibi amari che spesso in natura sono anche tossici e/o
velenosi
− Vantaggio nell’evitare alcuni cibi (crucifere: cavoli, broccoli, cavoletti di Bruxelles, rapa, ravizzone) che
quando introdotti in grande quantità interagiscono con il metabolismo dello iodio producendo gozzo
(infatti i deficit tiroidei sono rari tra i taster).
− Svantaggi legati a diete povere in frutta e vegetali e quindi possibile prevenzione di tumori.

GENE PTC

L’analisi del gene ha messo in evidenza alcune differenze nella sequenza della proteina prodotta dal gene PTC
(TAS2R38):

− Alanina-Valina-Isoleucina AVI (tipico dei non taster 47%)

− Prolina-Alanina-Valina PAV (tipico dei taster 49%)

145
Le due sequenze AVI e PAV
identificano tre diverse combinazioni
di aplotipi:

PAV/PAV (PTC score sopra 10)

PAV/AVI (PTC score tra 8.8 e 9.6)

AVI/AVI (PTC score tra 1.8 e 4)

Oltre 2500 piante producono

glucosidi cianogenetici amari
(TOSSICI!). Alcuni di essi contenuti
nella manioca, ad esempio, sono tossici sia per l’uomo che per il parassita della malaria ma l’uomo ha imparato
a detossificare la manioca prima del consumo, anche se la detossificazione non è mai completa.

Il recettore per l’amaro che riconosce queste sostanze è mutato e poco attivo (non taster) nelle popolazioni che
vivono nell’Africa subsahariana, dove la malaria è endemica; ciò fa sì che l’amaro di queste piante sia meglio
tollerato favorendone il consumo, il che conferisce una certa resistenza verso la malaria.

Quindi, nelle zone endemiche della malaria (Africa Sub-Sahariana e India), la frequenza dei non-taster è alta;
mentre in zone in cui la malaria ha meno incidenza (Africa Occidentale) gli individui con genotipo non-taster
hanno una frequenza più bassa.

Ricordate il chinino come terapia anti-malarica

(la parte seguente tutta copiata)

DOLCE

La percezione del dolce può essere stimolata da una grande varietà di sostanze chimiche. Tuttavia il
meccanismo molecolare è rimasto a lungo oscuro, tanto che ancora negli anni 1990 non era chiaro se esistesse
un unico tipo di recettore del dolce.

La principale svolta nella comprensione della percezione del dolce avvenne nel 2001, quando degli esperimenti
sui topi provarono come animali con diverse forme alleliche del gene T1R3 esibiscano diversi livelli di preferenza
per i cibi dolci. Ricerche successive hanno dimostrato che la proteina T1R3 forma un complesso con la proteina
T1R2 per formare un recettore accoppiato a proteine G responsabile della percezione del dolce nei mammiferi.

la coppia di recettori funziona come due sub-unità associate, in grado di interagire con una vasta gamma di
sostanze; non è quindi il singolo recettore ad essere importante, come dimostra il fatto che il T1R3 è implicato
sia nella percezione del dolce che dell'umami, ma l'insieme creato dall'unione dei due recettori.

Per poter rilevare un numero elevato di sostanze differenti, il recettore dispone di diverse zone attive, in grado
di combinarsi con le varie molecole I recettori per il dolce interagiscono con gli zuccheri naturali, i dolcificanti
artificiali e con alcune proteine. Alcune cellule gustative dispongono solo del recettore T1R3, che si è
dimostrato, da solo, in grado di rilevare solo gli zuccheri naturali presenti in quantità elevate.

SALATO E ACIDO

I recettori per il gusto salato e acido appartengono ai canali ionici: un canale ionico può essere esemplificato
come un cancello che può aprirsi lasciando passare specifici ioni in accordo con il loro gradiente di
concentrazione (cioè da dove sono più concentrati a dove lo sono meno).

146
In seguito all’accumulo di questi ioni dentro la cellula, si ha una cascata di reazioni che porta alla liberazione di
neurotrasmettitori, i quali raggiungono i neuroni che, infine, trasmettono il segnale al cervello.

UMAMI

Umami è un termine giapponese che significa “delizioso” ed indica la sensazione gustativa evocata dal
Lglutammato monosodico, un esaltatore di sapidità molto usato nella cucina orientale. Il glutammato è un
amminoacido abbondante, presente nei cibi ricchi di proteine

Il glutammato è ampiamente usato dall’organismo come neurotrasmettitore. Nel sistema nervoso sono state
identificate diverse classi di recettori per il glutammato

Negli anni 80 l’umami è stato riconosciuto come gusto base. Solo nel 2000 con la scoperta di un recettore
specifico è stato confermato che l’umami rappresenta il quinto gusto.

l'umami ed il dolce, condividono la stessa piccola famiglia di recettori, denominata T1R, che presenta la stessa
origine evolutiva. il recettore per l’umami è formato dalla coppia T1R1 e T1R3 e interagisce con L-glutammato e
L-aspartato. Il gusto umami, inoltre, è fortemente amplificato dalla contemporanea presenza di nucleotidi
purinici, come il guanosinmonofosfato (GMP).

Sono state identificate varianti geniche in entrambe le subunità in grado di modificare la percezione. Nelle
diverse popolazioni ci sono frequenze diverse di questi polimorfismi

NB: GUSTO E SAPORE sono concetti diversi:

Il gusto è la sensazione che deriva dalla stimolazione dei recettori gustativi

Il sapore è definibile come una combinazione dei differenti gusti primari, associata anche alle sensazioni
olfattive localizzate all’interno della bocca (mouth smell)

Il sapore di una sostanza è determinato dal tipo di molecole che vengono disciolte nella saliva al momento
dell’ingestione e conseguentemente dal tipo di stimolo nervoso che genera il recettore gustativo.

Il sapore di un cibo, così come di un vino, è determinato dal contatto delle sostanze aromatiche in esso
contenute, con la mucosa olfattiva. Ecco perché non è corretto per esempio parlare di yogurt al gusto di fragola;
dovremmo invece dire yogurt all’aroma di fragola (o di mirtillo, limone,…), perché quello che definisce il sapore
di una sostanza non è il gusto ma l’aroma. Allo stesso modo, se beviamo dell’acqua zuccherata non diremo che
l’acqua ha un sapore dolce ma che ha un gusto dolce, visto che lo zucchero è un alimento che non ha aroma.

Sensazione gustative: come avviene? → Quando i recettori gustativi percepiscono la presenza di molecole nella
saliva, inviano, attraverso i neuroni sensoriali a essi collegati, un segnale ai nervi facciali e cranici i quali lo
trasmettono al talamo che a sua volta trasferisce il segnale alla corteccia sensoriale: qui vi è la discriminazione
netta dei differenti sapori.

Una volta percepito e riconosciuto il sapore, il cervello trasmette il segnale nervoso all’ipotalamo e all’amigdala,
i quali regolano conseguentemente l’appetito e di sazietà. Inoltre, grazie ad alcuni processi evolutivi, l’uomo
tende naturalmente a ricercare o rifiutare alcuni sapori: per esempio il dolce è considerato come sinonimo di
alimento adatto alla nutrizione e quindi maggiormente apprezzato; l’acido o l’amaro al contrario indica il rischio
che un cibo sia tossico o velenoso e quindi tende a suscitare disgusto

La percezione di un sapore e un odore piacevoli possono stimolare una maggiore salivazione mentre un sapore
molto acido o amaro può causare secchezza della cavità orale.

La sensazione gustativa consiste in un quadro sensoriale complesso, del quale fanno parte non soltanto le
sensazioni provocate dall’eccitamento dei recettori specifici del gusto, ma anche quelle evocate dei recettori
147
buccali del tatto, del caldo e del freddo e, soprattutto, le sensazioni olfattive. Il nostro sistema gustativo è molto
meno sensibile di quello olfattivo. Per produrre una stimolazione sono necessarie concentrazioni di sostanza
3000 volte superiori a quella dell'olfatto.

GWAS E PREFERENZE ALIMENTARI

Studi di correlazione tra QTL e consumo alimenti → i pallini alti nel grafico sono significatività per geni localizzati
in cromosomi e legati al consumo di alimenti. Questo consumo può avere risvolti patologici (sviluppo malattie) o
anche commerciale.

148
Sommario
MANIPOLAZIONE DEL DNA IN GENETICA UMANA E MEDICA ............................................................................................................................... 1
Biotecnologie per la diagnosi di genetica molecolare ...................................................................................................................................... 3
Sonde (probes) molecolari................................................................................................................................................................................. 3
Endonucleasi di restrizione ................................................................................................................................................................................ 4
MODELLO WATSON E CRICK .............................................................................................................................................................................. 9
GENE UMANO MEDIO...................................................................................................................................................................................... 10
Tipi di mutazione......................................................................................................................................................................................... 10
PCR-BASED SNP/MUTATION DETECTION SYSTEMS ........................................................................................................................................ 12
Enzimi di restrizione.................................................................................................................................................................................... 12
Risequenziamento e analisi delle mutazioni mediante microarrays di oligonucleotidi ............................................................................ 13
Primer extension genotyping...................................................................................................................................................................... 13
Gene expression analysis ............................................................................................................................................................................ 14
TAQMAN .......................................................................................................................................................................................................... 14
CITOGENETICA ...................................................................................................................................................................................................... 17
Bandeggio cromosomico ................................................................................................................................................................................. 21
ANOMALIE CROMOSOMICHE ............................................................................................................................................................................... 22
ANEUPLOIDIA ................................................................................................................................................................................................... 24
Gravità delle anomalie cromosomiche ............................................................................................................................................................ 24
TRASLOCAZIONE ROBERTSONIANA ................................................................................................................................................................. 25
Frequenza delle anomalie cromosomiche ...................................................................................................................................................... 25
POLIPLOIDIE ..................................................................................................................................................................................................... 27
MALATTIE MENDELIANE ....................................................................................................................................................................................... 30
MALATTIE EREDITARIE DOMINANTI ................................................................................................................................................................ 31
MALATTIE EREDITARIE RECESSIVE ................................................................................................................................................................... 31
EREDITÀ AUTOSOMICA DOMINANTE .............................................................................................................................................................. 31
EREDITÀ AUTOSOMICA RECESSIVA ................................................................................................................................................................. 32
EREDITÀ X LINKED RECESSIVA.......................................................................................................................................................................... 32
EREDITÀ X LINKED DOMINANTE (rara) ............................................................................................................................................................ 32
EREDITÀ Y-LINKED (rara) .................................................................................................................................................................................. 32
Variabilità di trasmissione ed espressione genica ........................................................................................................................................... 33
IPERCOLESTEROLEMIA FAMIGLIARE................................................................................................................................................................ 41
SINDROME DI MARFAN ................................................................................................................................................................................... 43
OSTEOGENESI IMPERFETTA ............................................................................................................................................................................. 44
ACONDROPLASIA ............................................................................................................................................................................................. 45
FENILCHETONURIA........................................................................................................................................................................................... 46
FIBROSI CISTICA ................................................................................................................................................................................................ 47
ANEMIA FALCIFORME ...................................................................................................................................................................................... 48
Variabilità di trasmissione ed espressione genica ........................................................................................................................................... 48
SINDROME DI PRADER WILLI ........................................................................................................................................................................... 48
SINDROME DI ANGELMAN ............................................................................................................................................................................... 48
SINDROME DELL’X FRAGILE ............................................................................................................................................................................. 50
COREA (MALATTIA) DI HUNTINGTON.............................................................................................................................................................. 50

149
 DISTROFIA MIOTONICA .................................................................................................................................................................................... 50
DISTROFIA MUSCOLARE DI DUCHENNE .......................................................................................................................................................... 53
EMOFILIA A....................................................................................................................................................................................................... 53
Variabilità di trasmissione ed espressione genica ........................................................................................................................................... 54
GENOMA, POPOLAZIONI E MALATTIE .................................................................................................................................................................. 55
STRATIFICAZIONE ............................................................................................................................................................................................. 59
DERIVA GENETICA ............................................................................................................................................................................................ 60
MUTAZIONE ..................................................................................................................................................................................................... 60
Frequenze geniche ........................................................................................................................................................................................... 61
Meccanismi evolutivi che spiegano la permanenza delle malattie genetiche ............................................................................................... 63
LINKAGE DISEQUILIBRIUM, POPOLAZIONI E MALATTIE ....................................................................................................................................... 65
APLOTIPI E POPOLAZIONI ................................................................................................................................................................................ 67
Mappatura per linkage disequilibrium ............................................................................................................................................................ 67
Cambiamenti LD ............................................................................................................................................................................................... 69
ANALISI DI LINKAGE (CONCATENAZIONE) ....................................................................................................................................................... 70
Analisi di linkage per caratteri mendeliani ................................................................................................................................................. 71
Analisi del linkage ............................................................................................................................................................................................. 71
LD E SELEZIONE POSITIVA ................................................................................................................................................................................ 72
Selezione positiva ed evoluzione ..................................................................................................................................................................... 74
GENETICA DELLE MALATTIE COMPLESSE ............................................................................................................................................................. 78
Caratteri multifattoriali continui o quantitativi ............................................................................................................................................... 78
Frequenza di tipi diversi di malattie genetiche ............................................................................................................................................... 79
Eredità dei caratteri complessi ........................................................................................................................................................................ 79
RISCHIO TEORICO DI RICORRENZA .................................................................................................................................................................. 79
Il modello additivo a soglia .............................................................................................................................................................................. 79
Ereditabilità ...................................................................................................................................................................................................... 80
Ereditabilità h2 di alcune malformazioni congenite ................................................................................................................................... 81
Rapporto fra coefficiente di correlazione (r) e percentuale di geni in comune ............................................................................................. 82
Eredità complessa di caratteri qualitativi ........................................................................................................................................................ 83
Identità per stato e identità per discendenza ............................................................................................................................................ 83
Analisi delle coppie di fratelli affetti (Affected Sib Pair analysis) ............................................................................................................... 83
Il “transmission disequilibrium test” (TDT) ................................................................................................................................................ 84
RISCHIO RELATIVO ........................................................................................................................................................................................... 84
ODDS RATIO ................................................................................................................................................................................................ 85
DIABETE MELLITO – Esempio di patologia complessa ......................................................................................................................................... 86
Classificazione clinica del DM .......................................................................................................................................................................... 86
Diabete mellito tipo 1 o insulino dipendente.................................................................................................................................................. 87
Fattori di rischio: HLA.................................................................................................................................................................................. 88
Studi genomici............................................................................................................................................................................................. 89
Loci non HLA................................................................................................................................................................................................ 90
Fattori eziologici (di rischio) ........................................................................................................................................................................ 90
Diabete mellito tipo 2 o non insulino dipendente (NIDDM) ........................................................................................................................... 91
Fattori di rischio .......................................................................................................................................................................................... 91
150
 Interessamento di organi e tessuti: ............................................................................................................................................................ 93
Diabete mitocondriale ................................................................................................................................................................................ 93
GENETICA DEI TUMORI ......................................................................................................................................................................................... 96
Modello multistadio ......................................................................................................................................................................................... 97
Cause ambientali di cancro .............................................................................................................................................................................. 97
Interazione geni-ambiente .............................................................................................................................................................................. 98
Geni di suscettibilità al Cancro ........................................................................................................................................................................ 99
Instabilità genetica ......................................................................................................................................................................................... 102
Caratteristiche dei Tumori Ereditari .............................................................................................................................................................. 102
ERRORI CONGENITI DEL METABOLISMO ............................................................................................................................................................ 104
Deficit ornitina carbamiltransferasi (OCT) ..................................................................................................................................................... 106
Galattosemia .................................................................................................................................................................................................. 108
Intolleranza ereditaria al fruttosio................................................................................................................................................................. 108
Fenilchetonuria .............................................................................................................................................................................................. 109
Difetto metabolismo purine .......................................................................................................................................................................... 110
Disordini da accumulo lisosomiale ................................................................................................................................................................ 111
Malattia di Tay-Sachs ..................................................................................................................................................................................... 111
Mucopolisaccaridosi ...................................................................................................................................................................................... 111
OMOCISTINURIA da deficienza di Cistationina Sintetasi (CS) ....................................................................................................................... 112
OMOCISTINURIA da deficienza di Metionina Sintetasi (MS) ........................................................................................................................ 112
Deficit di alfa1-antitripsina: deficit di un inibitore di proteasi ...................................................................................................................... 113
Ipercolesterolemia familiare (IF) ................................................................................................................................................................... 113
Malattie del mtDNA ed eredità materna ...................................................................................................................................................... 114
Ipertermia maligna......................................................................................................................................................................................... 114
Sensibilità alla Colinesterasi Sierica e alla Succinilcolina............................................................................................................................... 115
Porfiria acuta intermittente ........................................................................................................................................................................... 115
Deficit della G6PD .......................................................................................................................................................................................... 115
HLA E MALATTIE .................................................................................................................................................................................................. 118
Celiachia ......................................................................................................................................................................................................... 120
Malattie infiammatorie croniche intestinali .................................................................................................................................................. 124
Diabete tipo 1................................................................................................................................................................................................. 126
GENETICA DELL’OBESITÀ ED EPIGENETICA ........................................................................................................................................................ 127
Forme monogeniche di obesità: studi di linkage .......................................................................................................................................... 130
Forme sindromiche di obesità ....................................................................................................................................................................... 130
Loci genetici associati ad obesità................................................................................................................................................................... 130
Mutazioni missenso e obesità complessa ..................................................................................................................................................... 131
EPIGENETICA .................................................................................................................................................................................................. 132
Eredità epigenetica transgenerazionale ................................................................................................................................................... 134
EPIGENETICA ED OBESITÀ .............................................................................................................................................................................. 135
NUTRIGENETICA E NUTRIGENOMICA ................................................................................................................................................................. 137
Reciproche interazioni tra nutrizione e genoma ........................................................................................................................................... 139
LA GENETICA DEL GUSTO.................................................................................................................................................................................... 144

151