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La professoressa specifica che con la lezione precedente si sia esaurito il capitolo delle malattie
monogeniche. Oggi si affronterà un capitolo che riguarda quel gruppo numeroso di malattie definite
“complesse”.
Malattie complesse
Sono malattie che hanno due componenti:
- genetica; non si tratta di una componente monogenica in quanto più geni concorrono al
fenotipo. In alcuni casi, questi geni hanno un effetto additivo (si sommano). Sono dei geni
complessi nel risultato, perché alcuni hanno un effetto dominante, alcuni hanno un effetto
recessivo, alcuni sommano solo un tratto, altri invece hanno un peso maggiore. Quindi è
complicato capire qual è il loro contributo.
- ambientale; oltre alla componente genetica ci sono altri fattori, definiti ambientali, che
concorrono al fenotipo.
Quindi, quando parliamo di malattie complesse, parliamo sostanzialmente di malattie che non sono
determinate solo geneticamente, ma c’è una complessa interazione (a volte è difficile capirne i
meccanismi) tra varianti genetiche e fattori ambientali che cambiano/modificano questa
suscettibilità.
Questi geni possono avere un effetto additivo, cioè si sommano: ognuno contribuisce in qualche
modo al fenotipo. Questo viene esplicitato molto bene dal concetto, relativamente recente in
genetica, di geni modificatori, cioè geni che, quando presentano determinate varianti vanno a
modificare l’effetto di altri geni (con una sorta di cascata di interazioni). Queste malattie complesse,
che spesso definiamo multifattoriali, proprio perché ci sono diversi fattori che contribuiscono, hanno
quindi un’ereditarietà complessa, che è molto diverso dagli alberi genealogici che abbiamo visto
nelle lezioni passate. Queste malattie, che sono prevalenti nella popolazione, sono cancro, diabete,
una serie di disturbi psichiatrici, di difetti congeniti (dalla nascita) che non rientrano nelle malattie
mendeliane, patologie che riguardano il cuore... Sono malattie diffuse.
Perché nonostante siano malattie complesse, se guardiamo alcune famiglie ritroviamo più individui
affetti da quella patologia? Il concetto di aggregazione familiare nasce proprio dal fatto che individui
che appartengono alla stessa famiglia hanno una condivisione degli alleli e del loro genoma (ci
sono diversi gradi di condivisione, come si vedrà più avanti), ma soprattutto si condivide anche
l’ambiente, gli stili di vita, … si condividono quei fattori extragenetici che contribuiscono alla
malattia. Quindi, parliamo di aggregazione familiare perché, se prendiamo in considerazione due
individui malati appartenenti alla stessa famiglia rispetto a due soggetti che non hanno nulla in
comune, evidentemente c’è un arricchimento di fattori. I parenti di un individuo ammalato hanno una
più alta probabilità di avere lo stesso tipo di interazione gene-gene (condivisione di alleli) e di
interazione gene-ambiente. Quindi se in una famiglia si considera un probando, è possibile ritrovare
in quella famiglia altri individui affetti, indipendentemente dal grado di parentela.
- Eredità poligenica: effetti additivi di più geni. Il fenotipo dipende dall’espressione di più
geni. Non siamo di fronte a malattie monogeniche, ma malattie causate da più geni. Qualche
anno fa è stato condotto uno studio in America sull’obesità (malattia complessa) che ha
indentificato la serie di geni che potevano contribuire a questa patologia. La complicazione
sta nel fatto che il fenotipo è determinato dall’effetto di questi geni e dalla loro interazione
geni, dal modo in cui uno può regolare l’altro. Si tratta della modalità responsabile di molti
caratteri apparentemente semplici, tra cui altezza, peso, colore pelle, aspetti metabolici.
Questi caratteri sono governati da più geni che hanno effetti cumulativi. I tratti poligenici
non sono espressi come assoluti o discreti, come nel caso dei caratteri studiati da Mendel.
Al contrario, i tratti poligenici si caratterizzano per una gradazione di piccole differenze
(ovvero una variazione continua). I risultati formano una curva a campana, caratterizzata
da un valore medio e da estremi da ambo le parti.
- Eredità multifattoriale: oltre alla componente genetica si tiene conto della componente
A, EREDITÀ MULTIFATTORIALE
ambientale, quindi degli altri fattori che contribuiscono alla malattia. Eredità poligenica ed
ereditàdimultifattoriali
alità responsabile sono due concetti diversi.
molti caratteri
- Variazione discontinua: presenza di classi fenotipiche ben distinte e non sovrapposte
tra cui altezza, peso, continua:
- Variazione colore pelle,distribuzione continua del fenotipo da un estremo all’altro con tutta
caratteri sono governati da più geni
una serie di gradazioni o continui. Ad esempio, l’altezza: non abbiamo dei valori precisi e
ivi. discreti, ma uno spettro di altezze. L’altezza è un carattere multifattoriale (quando si parla di
malattia complessa, si vedrà tra poco che si parla anche di caratteri complessi multifattoriali,
condizionio fisiologiche
espressi come assoluti discreti, comedeterminate da più fattori, genetici o ambientali). Se si prendessero
varie misure di altezze e le si inserissero in un grafico, si otterrebbe una curva gaussiana
ti da Mendel. in cui ci sono i vari fenotipi.
genici si
una Ecco la gaussiana, in cui possono essere rappresentati
fferenze fenotipi che rientrano in caratteri complessi: peso, altezza,
colore della pelle, aspetti metabolici… Tanti fenotipi rientrano
ontinua). nei caratteri complessi. Si parla, quindi, di gradazioni: questi
curva a geni, che interagiscono tra loro, contribuiscono ciascuno al
da un fenotipo.
da ambo
- Alcune malattie si definiscono con una penetranza incompleta, cioè non vedo
esattamente il fenotipo perché quel gene da solo non riesce a dare completamente
quel fenotipo. Questo è un elemento confondente, complicante.
- Espressività
- Alcuni geni possono avere comportamento dominante, e altri recessivo. In caso di
malattia monogenica era più semplice perché riguardava un singolo allele (o
recessivo, o dominante). Se, invece, in una malattia complessa contribuiscono più
DISTRIBUZIONE NORMALE
geni, alcuni possono essere dominanti e altri recessivi, magari alcuni hanno
penetranza completa, e altri no. Diventa molto difficile andare a capire cosa succede
e calcolare il rischio per altri soggetti all’interno della famiglia o della popolazione.
❖ Distribuzione normale o gaussiana: la posizione del picco e la
La curva gaussiana, che definisce una distribuzione normale, ci aiuta a descrivere alcuni di questi
larghezza della
caratteri complessi, curva
cioè questo spettrosono
continuo digovernate
fenotipi. Quando abbiamodalla media
distribuzioni normalie dalla
considerate fisiologiche, per alcune patologie si nota una distribuzione diversa da quella che
varianza
consideriamo (odistribuzione
dalla deviazione
normale. Ad esempio, standard).
se consideriamo Es. Pressione
la curva blu (non normale),sistolica
questa sta tendendo verso la parte alta. Immaginiamo che la curva rappresenti i valori di pressione
in due popolazioni
sistolica: diverse
avremo una popolazione con valori normali (curva rossa), e una popolazione con valori (ad
esempio) più alti. È ipertesa per vari motivi, tra cui stili di vita e dieta. Dal punto di vista medico,
❖ La questa
distribuzione normale
curva ci permette di definire anche dei rangefornisce le
fisiologici, soprattutto perlinee guida pe
le patologie. Quindi,
ci permette di dire che sopra un certo valore distinguiamo dei soggetti affetti da patologia, rispetto ai
l’impostazione
soggetti sani. dei limiti del range normale
Eredità poligenica
I caratteri poligenici possono essere misurati. Spesso questi geni che contribuiscono al fenotipo
hanno un effetto additivo tra di loro, cioè si sommano. Per avere un fenotipo, devo avere queste
diverse varianti nei diversi geni che contribuiscono a quel fenotipo. Quando si parla di eredità
poligenica, è importante parlare – più che dell’individuo – della popolazione.
Vediamo da dove deriva questa curva di distribuzione gaussiana:
- Se si considera un gene che ha due varianti, si ottengono tre classi fenotipiche: 00, 01 e 11
(figura a).
- Se si considerano due geni (A e B), ciascuno con due alleli (0 e 1), si ottengono 5 classi
diverse (figura b).
MODELLO DI EREDITARIETÀ POLIGENICA A PIÙ
In caso di eredità poligenica, si considerano molteplici geni con i loro diversi alleli. Si ottengono
quindi varie classi fenotipiche. La curva in grafico dipenderà dalle combinazioni di geni e alleli.
LOCI
Questi alleli hanno effetto additivo. Esistono però anche geni modificatori che non hanno effetto
(non si sommano) o, addirittura, contrastano l’effetto di altri geni. Quindi o contribuisce al fenotipo,
o non contribuisce o addirittura controlla altri geni.
Secondo l’ipotesi dei “fattori multipli” ogni allele può essere additivo o nullo:
- Allele additivo: un allele che contribuisce per un quantum discreto al fenotipo.
- Allele non-additivo: un allele che non contribuisce quantitativamente al fenotipo osservato
- A differenza dei fenotipi continui, alcuni difetti congeniti e alcune malattie croniche dell’adulto
(asma, osteoporosi) sono considerati caratteri discontinui.
- Il modello statistico che descrive i caratteri discontinui prevede la presenza di una soglia:
sviluppano il fenotipo solo le persone che hanno un numero di fattori di suscettibilità superiore
ad un livello soglia empiricamente definito.
- I consanguinei dei pazienti, che condividono con loro un numero di alleli proporzionale al
grado di consanguineità, presentano in media un numero di fattori di suscettibilità maggiore
rispetto alla popolazione generale.
- Nella popolazione generale, poche persone si trovano agli estremi della curva (pochi o molti
fattori di rischio/suscettibilità)
- Familiarità: a seconda del grado di parentela, varia la probabilità di superare o meno la soglia.
Dall’incrocio di due consanguinei, la curva si sposta verso destra: aumenta il numero di
individui che supera la soglia.
Si è vista la curva a campana. Per alcuni caratteri come età o altezza, non si deve definire una
soglia. Ma ci sono dei caratteri per cui va definita una soglia: ossia il valore oltre il quale i soggetti
sono malati, e sotto il quale sono sani. Questo è importante perché, se riprendiamo il concetto di
aggregazione familiare, cioè il fatto che possano esserci arricchimenti di soggetti che hanno quel
fenotipo (malattia) in quella famiglia, con l’aumentare della condivisione del genoma e degli alleli
aumenta la probabilità che in quella famiglia ci sia la malattia. Cioè, aumenta la probabilità di avere
un numero elevato di fattori di suscettibilità o quei 3, 4 o 5 alleli che determinano il fenotipo
malattia.
Quindi, per molte patologie, gli studi di popolazione ci permettono di definire questa curva, ma
soprattutto di definire quali sono i valori soglia, cioè il numero di alleli oltre i quali si è più suscettibili
a sviluppare una determinata malattia. Vediamo diversi casi:
Questo esempio rappresentato dalle immagini dimostra come l’ambiente ha un peso maggiore
laddove ci sono i geni di suscettibilità. Se il DNA non ha le varianti in quei geni di suscettibilità,
l’ambiente pesa, ma non è sufficiente. L’ambiente pesa dove c’è predisposizione / suscettibilità (sono
sinonimi). Da un punto di vista genetico, e soprattutto epidemiologico, gli studi sono molto
importanti perché in caso di predisposizione genetica si possono identificare i fattori di rischio
ambientale che permettono di superare le soglie.
Gli studi dell’identificazione dei fattori ambientali permettono di definire:
- le soglie, ossia
PREDISPOSIZIONE quali sono gli
A SUPERARE LAelementi
SOGLIA minimi
NELLEdi suscettibilità
- quali fattori FAMIGLIE
ambientali permettono il superamento della soglia
A seconda del grado di parentela c’è una condivisione diversa della quota di DNA (50% in caso di
genitori-figlio-fratello, 100% di gemelli omozigoti, 50% di gemelli dizigoti). Quindi, quando si fanno
questi studi familiari, si prendono più soggetti. È importante tener conto del grado di parentela perché
indica quanto genoma (alleli) è in condivisione; identifichiamo, così, una eventuale presenza di
aggregazione/arricchimento di una determinata patologia. È importante tenere presente che a
volte, proprio perché tendenzialmente dell’ambiente che gioca un ruolo fondamentale, vediamo
aggregazione familiare non necessariamente dovuta a componente genetica, proprio perché
tendenzialmente le famiglie vivono nello stesso ambiente e con simili stili di vita. Sia in questi studi
familiari sia in quelli di caso-controllo, è importante far attenzione a non introdurre bias di selezione,
cioè soprattutto nei casi-controllo, è importante che non ci sia una selezione di determinati soggetti.
Bisogna cercare di pensare gli studi in maniera che i controlli siano reali e che non inficino le analisi.
Nella tabella, vengono riportate le condivisioni genetiche di alleli tra generazioni, queste
frequenze sono state ottenute considerando soggetti reali e analizzandone DNA, alleli e
distribuzione di questi; quindi, di fatto si ottengono le frequenze che ci si aspetta in teoria dai calcoli
che si eseguono.
La presenza sia di fenocopie sia del fenomeno della penetranza incompleta complica il quadro,
soprattutto se si vogliono identificare i geni responsabili di questi caratteri complessi, perché si
possono avere soggetti che hanno varianti ma non la malattia, e che quindi possono essere in
qualche modo esclusi dagli studi effettuati.
IL RISCHIO RELATIVO
Tutto questo porta a un concetto importante: il rischio relativo. L’aggregazione familiare, la
presenza di più soggetti malati, ci porta a definire il rischio come la presenza della malattia in una
determinata famiglia rispetto a quanto è prevalente quella patologia nella popolazione generale. Il
L’aggregazione
valore, quindi, indica sefamigliare
la famiglia ha può essere
un rischio più alto misurata paragonando
o più basso rispetto la
alla popolazione
frequenza
generale. Maggioredella malattia
è questo nei
valore di parenti
rischio relativo,di un più
quindi affetto
è alta la(probando)
presenza di quelcon la
fenotipo
nella famiglia rispetto alla popolazione generale, più siamo portati a pensare che ci sia aggregazione
frequenza della genetico
familiare: c’è contributo malattia (prevalenza)
+ contributo ambientale.nella popolazione generale.
Ereditabilità (H2): parametro per determinare quanto le differenze genetiche tra individui in una
popolazione contribuiscono alla variabilità di quel tratto nella popolazione
Ereditabilità (H2): frazione della varianza fenotipica totale di un tratto quantitativo che è dovuto alla
variazione allelica (indipendentemente dal meccanismo con cui i vari alleli influiscono sul fenotipo).
•
Più è alta l’ereditabilità, più grande è il contributo delle differenze genetiche tra le persone
alla variabilità del tratto nella popolazione
• H2=0 il genotipo non contribuisce alla varianza fenotipica totale della popolazione
• H2 =1 il genotipo è completamente responsabile della varianza fenotipica totale della
STUDI SULLE FAMIGLIE: EREDITABILITA’
popolazione
❖ Varianza genetica: varianza fenotipica di un carattere in una
popolazione attribuibile
L’ereditabilità a differenze
è un parametro che genotipiche
ci permette di capire quanto le differenze genetiche tra individui
appartenenti a una determinata popolazione contribuiscono al fenotipo, alla variabilità di quel
determinato carattere. Se l’ereditabilità è pari a zero, la componente genetica ha un peso irrilevante.
❖ Varianza ambientale: varianza fenotipica di un carattere in una
Se invece ho valore che si avvicina a 1, sono in una condizione in cui la componente genetica pesa
popolazione
di più, edattribuibile a differenze
è quasi l’unico ambientali
determinante del fenotipo.
Relationship to Proband
Proportion of Alleles in Common Occorre tener quindi conto della
with Proband percentuale di condivisione degli alleli:
Monozygotic (MZ) twins 1 - quando l’ereditabilità è pari al 50%, la
genetica pesa quanto l’ambiente
Dizygotic (DZ) twins 1/2 - quando l’ereditabilità è pari a 1, la
genetica peserà al 100%.
First-degree relative 1/2
Calcolare tutti questi fattori (di ereditabilità, ecc..) è importante per comprendere il rischio che, ad
esempio, i figli sviluppino la malattia. Essendo una malattia complessa, bisogna capire quali sono
i rischi e come questi cambiano in base alla malattia e al grado di parentela, molto più difficili da
calcolare rispetto a quanto avvenga con le patologie monogeniche.
Si vedono qui le percentuali di rischio a seconda della malattia e a seconda del grado di parentela.
Per le malattie complesse sono stati fondamentali. Tanti database hanno raccolto dati degli studi
svolti, proprio perché ci permettono di capire i contributi della componente genetica e ambientale. È
un contributo diverso se i gemelli sono omozigoti o dizigoti, essendo originati da una storia
geneticamente diversa.
- Monozigoti: originano da una stessa cellula uovo fecondata e condividono il 100% del
patrimonio genetico
- Dizigoti: originano da due cellule uovo distinte fecondate da due spermatozoi distinti e
condividono in media il 50% del patrimonio genetico
STUDI SUI GEMELLI
un tratto è multifattoriale con componente genetica
nificativa, Sii definisce
gemelliil tasso
MZ disaranno concordanti
concordanza, in seuna
cioè si scopre i gemelli omozigoti (100% di analogia
porzione inferiore al 100%,
genetica, sono ma significativamente
uguali) hanno un fenotipo concorde più alta Quindi sostanzialmente il tasso di
o meno.
concordanza definisce, prendendo una coorte abbastanza ampia di gemelli, quanto sono
etto a quella dei gemelli DZ
concordanti tra di loro per un determinato carattere. Negli studi sui gemelli, è importante sapere se
sono cresciuti insieme o se sono stati divisi, anche se questo caso è raro. La premessa è che le
condizioni ambientali siano le stesse. Già in fase prenatale sono stati esposti allo stesso ambiente.
È importante confrontare gli studi tra gemelli omozigoti e dizigoti perché ci permettono di capire
quanto l’ambiente e la genetica possano fare la differenza.
La presenza dei registri nazionali (anche in Italia ce n’è uno) sui gemelli è importante perché in
alcuni casi ci possono essere dei soggetti che sono stati separati, e quindi ci permettono di capire il
contributo ambientale. Essendo cresciuti in ambienti diversi, studiare come il fenotipo si è evoluto
in un caso e nell’altro ci permette di dire che cosa ha determinato l’ambiente sul fenotipo di questi
pazienti. Il Registro Nazionale Gemelli (RNG) è controllato dall’Istituto Superiore di Sanità. È stato
istituito in linea con quello che succede in Europa (si stavano diffondendo già vari registri). Questi
soggetti ci permettono di fare alcuni studi di associazione che altrimenti sarebbero molto più
complicati. Esistono anche registri a livello europeo, ad esempio in Europa ci sono tre coorti molto
importanti in cui le persone vengono seguite nel tempo permettendo di capire anche in maniera
retrospettiva quali sono i fenotipi che sono stati sviluppati, e di riuscire a fare una correlazione con il
genotipo, individuando i geni di suscettibilità.
4. STUDI CASO-CONTROLLO
Bisogna fare attenzione a non inserire dei bias di selezione. I casi sono i pazienti che hanno
determinate patologie; i controlli saranno dei soggetti che hanno le stesse caratteristiche. Ad
esempio, se si hanno come casi, 100 pazienti di cui circa 80 maschi e 20 femmine, i controlli
dovranno essere 100 casi di cui 80 maschi e 20 femmine. Se i casi avranno un’età media di 50 anni,
l’età dovrà essere mantenuta anche nei controlli. I gruppi devono essere simili, altrimenti si rischia
di introdurre bias di selezione, e i dati non sono più validi.
È quindi importante una serie di parametri, ma soprattutto se si parla di malattie complesse in cui
l’ambiente è importante, devo anche tenere presente la loro posizione geografica. I casi-controlli
devono essere più possibilmente simili dal punto di vista di esposizione ambientale.
Quello che è importante e che distingue in maniera netta le malattie monogeniche da quelle
complesse è che, se c’è un’associazione, non è necessariamente una relazione di causalità. Va
GLI STUDI CASO-CONTROLLO
dimostrata. Per questo si parla di predisposizione / suscettibilità. C’è un’associazione che è
diverso dall’essere causativo.
Queste varianti vengono identificate attraverso il sequenziamento del DNA o attraverso sistemi
array, sistemi automatizzati che vanno a studiare queste varianti nel DNA. A differenza delle malattie
monogeniche, in cui queste varianti polimorfiche causative il fenotipo, vanno filtrate via durante uno
dei primi passaggi dello studio, perché non sono causative della GWAS (GENOME
malattia WIDEnel
monogenica; ASSOCIATION
caso delle STUDIES
malattie complesse, invece, tutte le varianti che ci sono nei vari genomi
studiati vengono considerate.
Per cui, per esempio, l’allele 1 sia nei controlli che nei casi ha la stessa
frequenza, o l’allele 3 ha una frequenza molto bassa nei controlli, ma molto alta nei pazienti che
hanno quella malattia. Quindi, questo allele 3 è un fattore di rischio, perché l’ho visto più associato
al fenomeno malattia rispetto ai soggetti non affetti.
GWAS (GENOME WIDE ASSOCIATION STUDIES)
Questi studi, fatti su centinaia di
migliaia di casi, analizzano
sull’intero genoma la
distribuzione delle varianti;
successivamente si
costruiscono questi grafici
colorati, chiamati Manhattan
plot (grafico simile a un profilo
dei grattacieli di Manhattan).
Tutti questi studi si basano su
dati statistici molto forti. Se la
presenza di una determinata
variante è molto frequente nei
casi, ma non nei controlli, come
nel caso del puntino in alto a
destra che esce dal profilo
colorato di sotto, significa che
non ho trovato delle varianti che
si associano al controllo. Il
puntino rappresenta un allele
significativamente associato a
un fenomeno malattia che non
ritrovo nei controlli. Questa variante si va ad analizzare in una seconda coorte, completamente
diversa di casi-controllo. In questa seconda coorte trovo quella variante esattamente sempre nei
casi e mai nei controlli? Se la risposta è affermativa, è il segnale che si tratta di un allele di
suscettibilità per quella patologia. Si controlla, poi, se questo allele di suscettibilità è associato anche
ad altre malattie. Si prendono coorti di casi che hanno sviluppato un’altra malattia; ad esempio, se
analizzo la malattia ipertensione, prendo una coorte in cui il fenotipo è obesità. Se ritrovo la stessa
variante anche in altre coorti, sarà associata anche ad altri fenotipi. Se invece trovo quella variante
solo in soggetti ipertesi significa che è associata solo a quel fenotipo. Successivamente verrà
studiato l’effettivo contributo degli alleli di suscettibilità, per capire se ci sono dei geni
modificatori. La variante trovata in un determinato gene va a modificare l’effetto di altri geni o è
sufficiente per scatenare la malattia? Cosa fa essenzialmente questa variante?
Quindi, quello che ci permettono di fare questi studi GWAS sono dei grafici in cui vengono inseriti
in un’asse la frequenza allelica, e nell’altro l’effetto che hanno. Alcune varianti sono molto rare,
GWAS (GENOME
altre varianti WIDE ASSOCIATION
sono relativamente STUDIES)
comuni (le troviamo frequentemente in una determinata
popolazione).
Qual è il loro impatto/fenotipo?
Alcune varianti rare hanno un certo
effetto oppure alcune varianti hanno
penetranza molto forte e sono
causative (varianti rare
monogeniche), ad esempio la
fibrosi cistica (delezione della
fenilalanina in posizione 508). Ho
questa variante à ho il fenotipo
malattia. Viceversa, ho delle varianti
abbastanza comuni, per esempio
questa variante nel gene APOE. La
presenza dell’allele E4 è un fattore
di rischio, è un allele di suscettibilità
/ predisposizione all’Alzheimer. Una
variante causativa se presente
causa il fenotipo; invece, se c’è
APOE ad esempio, la presenza di
questo allele non necessariamente porta allo sviluppo dell’Alzheimer. È un allele di predisposizione;
si sviluppa se sono presenti altri fattori che pesano di più.
IL FLUSSO DELLA RICERCA
Define phenotype
Data analysis
Linkage analysis
Genetic Model Base
Association studies
Genetic model free
Geni - ambiente
LA MAGGIOR
Riprendendo PARTE su
il discorso DELLE
geni ePATOLOGIE
ambiente, si È
vede che ci sono alcune malattie completamente
guidate dalla genetica, altre
“COMPLESSA” totalmente ambientali, e nel mezzo abbiamo un grande gruppo di
patologie multifattoriali influenzate da un diverso contributo di genetica
GENIeEambiente.
MALATTIE
ESEMPI DI MALATTIE MULTIFATTORIALI
Malformazioni multifattoriali congenite