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Biofisica

Massimo Reconditi

2006/2007

Testo consigliato: Stefano Massari - Elementi di Biofisica


Piccin Editore
Cosa è la Biofisica?

Il miglior criterio per definire questa disciplina è di vedere


quali problemi biologici sono studiati con metodologie fisiche.
Alcuni aspetti della biofisica. 1.

Biofisica a livello molecolare:

Determinazione e predizione della struttura di proteine

Spettroscopia di singola molecola

Motori molecolari

Il problema del folding di proteine

Interazioni DNA-proteine
Alcuni aspetti della biofisica. 2.

Biofisica a livello cellulare:

Trasporto attraverso la membrana cellulare

Struttura e proprietà delle membrane cellulari

Propagazione dei segnali nervosi

Citoscheletro e motilità cellulare

Citochinesi
Alcuni aspetti della biofisica. 3.

Biofisica a livello multicellulare

Ingegneria biomedica e dei materiali biologici

Fisiologia fisica e matematica

Biomeccanica e bioreologia
Argomenti del corso:

Interazioni molecolari:
Es.: Interazioni elettrostatiche tra cariche e dipoli
Le forze di dispersione
Il legame idrofobico

Biofisica delle membrane cellulari:


Es.: Passaggio di molecole attraverso la membrana
I potenziali elettrici di membrana

Introduzione alla trasformata di Fourier e alle sue applicazioni in problemi biofisici:


Es.: I limiti fisici dell’acutezza visiva
La cristallografia di proteine
Analisi dei segnali NMR

Applicazioni delle biospettroscopie ai problemi biofisici:


Es.: Spettroscopia visibile-ultravioletto: fluorescenza
Spettroscopia NMR
Le forze e le loro grandezze a livello della singola moleca

Forze di tipo elastico: F=-k ∆x 1-100 pN

Legame covalente: 10,000 pN

Forze viscose: F=-γ v 1-1000 pN

Forze collisionali: 10-12-10-9 pN per 1 collisione/s

Forze di tipo termico termico: 100-1000 pN

Forze gravitazionali: 10-9 pN

Forze in una centrifuga: <10-3 pN

Forze elettrostatiche e di Van der Waals: 1-1000 pN

Forze magnetiche: << 10-6 pN


Forze elastiche:

F = -k ∆x

Tipicamente, per una proteina può essere k=1pN/nm

Se ∆x = 1 nm

Allora F = 1 pN
Forze viscose:

F = -γ v

γ è il coefficiente di viscosità

Esempio: proteina globulare di diametro 6 nm, massa ≅ 100kDa,


a 20°C, γ ≅ 60 pN s /m
velocità della proteina dovuta all’agitazione termica: v ≅ 8 m/s
F = 480 pN
Forze collisionali e termiche:

F = d(mv)/dt

mv è la quantità di moto

Esempio: massa di una molecola d’acqua m ≅ 30 10-27 kg


velocità termica: v ≅ 600 m/s

Se una proteina collide con una molecola d’acqua la forza della collisione
sarà F = 18-36 10-12 pN

In soluzione, ha luogo un alto numero di collisioni per secondo.


Le collisioni avvengono in tutte le direzioni e producono una forza
la cui direzione varia casualmente. La forza media “istantanea”
che agisce su una proteina di ca 100 kDa è ca 500 pN
Forze ottiche:

Un fotone possiede una quantità di moto che vale hν/c=h/nλ


dove h è la costante di Planck, ν è la frequenza, c la velocità della luce,
n l’indice di rifrazione, λ la lunghezza d’onda nel vuoto.
F = d(mv)/dt diventa equivalente a F = d(hν/c)/dt

Se una molecola in acqua (n=1.33) assorbe un fotone verde (λ=500 nm) al secondo,
la forza dovuta alla collisione vale 1.0 10-15 pN.

Se una molecola assorbe 109 fotoni/s (p.es. da un laser molto potente), la forza è
ancora molto bassa, 10-6 pN.
Forze gravitazionali:

F = mg

g=9.8 m/s2

Esempio: una proteina di 100 kDa ha una massa di 166 10-24 kg.
F=9.8 · 166·10-24 N = 1.6 10-9 pN

Forze centrifughe:

In una ultracentrifuga l’accelerazione può essere anche 100 000 g


Quindi per la proteina di 100 kDa, F=1.6 10-4 pN

Con un coefficiente di viscosità di 60 pN s/m la velocità media è ca 3 µm/s, quindi


la proteina, su una distanza di 100 mm, sedimenta in ca 10 ore.
Forze elettrostatiche:

F = qE

Dove q è la carica elettrica e E è il campo elettrico.

Esempio: uno ione di sodio con q=1.6 10-19 Coulomb sente una forza elettrica
quando si muove attraverso un canale ionico. Se il potenziale attraverso
la membrana è ca 60 mV, per uno spessore di 4 nm, allora il campo
elettrico è 15 106 V/m
La forza sullo ione è 2.4 pN

Forze di Van der Waals:

Anche le forze di Van der Waals hanno una natura elettrostatica. Esse originano
dalla separazione di carica indotta tra atomi vicini. Il loro valore può arrivare
a ca 100 pN per nm2 di interfaccia proteina-proteina.
Forze magnetiche:

Le forze magnetiche sono molto piccole a livello molecolare.


Per esempio, la forza massima su un protone negli spettrometri NMR
più potenti è solo di 10-12 pN. Anche una proteina con 3000 aminoacidi
e 60000 atomi subirà una forza magnetica di meno di 10-6 pN
Forza Lavoro Energia

B → →
LAB = ∫ F ( r ) •d r
A

Se LAB dipende soltanto da A e B e non dal percorso, la


forza F(r) si dice conservativa e vi si associa un’energia
potenziale E(r).

LAB = E A − E B
Nel mondo degli atomi, delle molecole, delle cellule, le forze che
conosciamo a livello mesoscopico danno luogo a fenomeni che il
senso comune non si aspetterebbe. Vediamo per esempio l’effetto
della viscosità del fluido (acqua) sul moto di un batterio.

Definizione del coefficiente di viscosità η

F dv

A dx
ρLv
Numero di Reynolds Re =
η
Dove ρ è la densità del mezzo, L la dimensione caratteristica
dell’oggetto che si muove nel mezzo a velocità v, η il coefficiente
di viscosità

Se Re < 1 la resistenza viscosa è proporzionale alla velocità,


e nel caso di una sfera di raggio r:

F = −γv = −6πηvr

(Legge di Stokes)
Qual è la forza che i motori molecolari devono generare per mantenere
il movimento di un batterio di 2 µm di lunghezza, come ad esempio
l’E.coli che nuota nell’acqua a una velocità di 25 µm/s, con un valore
di γ = 6πηr = 20 nN s/m?

|F|=γv=20 • 10-9 N s/m • 25 • 10-6 m/s=500 •10-15 N= 0.5 pN


Lo stesso batterio dell’esempio precedente, di quanto continua a
muoversi per inerzia dopo che i motori molecolari si sono fermati?

Si consideri solo la sua massa e la viscosità del fluido:


l’equazione del moto è
dv(t )
m + γ ⋅ v(t ) = 0
dt
Quando il motore si ferma e i flagelli cessano di nuotare, la velocità
diminuisce esponenzialmente come
v(t ) = v(0) ⋅ exp(−t / τ )
dove τ è la costante di tempo e vale τ=m/γ
In prima approssimazione: m = 4/3 πr3ρ ~ 4 • 10-15 kg,
con r ~ 1 µm, ρ ~ 1000 kg/m3
e γ = 20 nN s/m (vedi es. precedente): quindi τ = 0.2 µs
La distanza x percorsa dal batterio per inerzia nel tempo t da quando
i flagelli si fermano è data da:
∞ ∞
x = ∫ v(t ) ⋅ dt = ∫ v(0) ⋅ exp(−t / τ ) ⋅ dt = v(0) ⋅τ
0 0

E per una velocità iniziale v(0)=25 µm/s, la distanza percorsa è

x ~ 5 pm = 0.05 Å