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SCRIVERE LA STRUTTURA DI UN PEPTIDE E DETERMINARNE

LA CARICA NETTA
Un peptide ha la sequenza Glu-His-Trp-Ser-Gly-Leu-Arg-Pro-Gly determinare la
carica netta del peptide a pH 3, 8 e 11. Determinare il pI del peptide.
Il Peptide in questione coinvolge i seguenti Alfa-AmminoAcidi, ovvero composti
chimici che rispondono alle strutture
H
|
H2N-C-COOH
|
R

e sono distinti l'uno dall'altro (sono venti) a seconda della precisa natura del
gruppo "R" ; nel caso in specie, gli AminoAcidi in discussione sono
1. Glu: ACIDO GLUTAMMICO, il cui gruppo R porta un altro Gruppo Acido cui
compete
pKa = 4.25
2. His: ISTIDINA, il cui gruppo R porta un altro Gruppo Basico cui compete
pKa = 6.00
3. Trp: TRIPTOFANO, , il cui gruppo R non vanta natura ne acida ne basica
4. Ser: SERINA, , il cui gruppo R non vanta natura ne acida ne basica
5. Gly: GLICINA, , il cui gruppo R non vanta natura ne acida ne basica
6. Leu: LEUCINA, , il cui gruppo R non vanta natura ne acida ne basica
7. Arg: ARGININA, , il cui gruppo R porta un altro Gruppo Basico cui compete
pKa = 12.48
8. Pro: PROLINA, , il cui gruppo R non vanta natura ne acida ne basica

Il lettore quindi si aspetta che il Peptide mostri una struttura percorrendo la


quale si incontrano Gruppi Acidi o Basici quali quelli dovuti all'Acido
Glutammico, Istidina e Arginina.
Per, il lettore non deve omettere che la Convenzione Internazionale di
Sequenza dei Peptidi stabilisce che lamminoacido a inizio sequenza (sinistra)
mantiene libero il suo Gruppo Amminico mentre lamminoacido di fine
sequenza (destra) mantiene libero il suo Gruppo Carbossilico : ai tre Gruppi di
cui sopra vanno ad aggiungersi il gruppo "NH2" dellAcido Glutammico e il
gruppo "COOH" della Glicina.
Ricapitolando, i COLOGARITMI D'EQUILIBRIO (pKa) DEI GRUPPI ACIDI/BASICI DEL
PEPTIDE sono :

Glu:

pKa NH3+ = 9.67 (perch Glu si trova allN-terminale)


pKa COO- = 4.25 (gruppo carbossilico della catena R)

Hys:

pKa NH3+ = 6.00

Arg

pKa NH3+ = 12.48

Gly

pKa COO- = 2.34

A pH=3.00
Tali Gruppi Acidi/Basici quando immersi in soluzione acquosa tamponata A
'pH=3.00' danno 4 Gruppi Elettrici Monovalenti, CARICA NETTA DIVIENE "+3 -1
= +2"
Glu: UN SOLO GRUPPO ELETTRO-CARICO, "NH3+"
pH=3.00 < pKa NH3+ = 9.67 c' "NH3+" anzich "NH2"
pH=3.00 < pKa COO- = 4.25 c' "COOH" anzich "COO-"
Hys: UN SOLO GRUPPO ELETTRO-CARICO, "NH3+"
pH=3.00 < pKa NH3+ = 6.00 c' "NH3+" anzich "NH2"
Arg: UN SOLO GRUPPO ELETTRO-CARICO, "NH3+"
pH=3.00 < pKa NH3+ = 12.48 c' "NH3+" anzich "NH2"
Gly: UN SOLO GRUPPO ELETTRO-CARICO, "COO-"
pH=3.00 > pKa COO- = 2.34

c' "COO-" anzich "COOH"

A pH=8.00
Tali Gruppi Acidi/Basici quando immersi in soluzione acquosa tamponata A
'pH=8.00' danno 4 Gruppi Elettrici Monovalenti Positivi, CARICA NETTA DIVIENE
"+2 -2 = 0"
Glu: DUE GRUPPI ELETTRO-CARICHI, "NH3+" e "COO-"
pH=8.00 < pKa NH3+ = 9.67 c' "NH3+" anzich "NH2"
pH=8.00 > pKa COO- = 4.25 c' "COO-" anzich "COOH"
Hys : NESSUN GRUPPO ELETTRO-CARICO
pH=8.00 > pKa NH3+ = 6.00 c' "NH2" anzich "NH3+"

Arg:UN SOLO GRUPPO ELETTRO-CARICO, "NH3+"


pH=8.00 < pKa NH3+ = 12.48 c' "NH3+" anzich "NH2"
Gly: UN SOLO GRUPPO ELETTRO-CARICO, "COO-"
pH=8.00 > pKa COO- = 2.34 c' "COO-" anzich "COOH"

A pH=11.00
Tali Gruppi Acidi/Basici quando immersi in soluzione acquosa tamponata A
'pH=11.00' danno 3 Gruppi Elettrici Monovalenti Positivi, CARICA NETTA
DIVIENE "+1 -2 = -1"
Glu: UN SOLO GRUPPO ELETTRO-CARICO, "COO-"
pH=11.00 > pKa NH3+ = 9.67 c' "NH2" anzich "NH3+"
pH=11.00 > pKa COO- = 4.25 c' "COO-" anzich "COOH"
Hys: NESSUN GRUPPO ELETTRO-CARICO
pH=11.00 > pKa NH3+ = 6.00 c' "NH2" anzich "NH3+"
Arg: UN SOLO GRUPPO ELETTRO-CARICO, "NH3+"
pH=11.00 < pKa NH3+ = 12.48 c' "NH3+" anzich "NH2"
Gly: UN SOLO GRUPPO ELETTRO-CARICO, "COO-"
pH=11.00 > pKa COO- = 2.34...c' "COO-" anzich "COOH"

Gi il precedente quesito ha mostrato che IL PEPTIDE HA CARICA GLOBALE


NULLA NEL CASO 'pH=8.0'. Quest'indicazione circostanziale, prossima al
PUNTO ISOELETTRICO 'pI' ma non assumersi quale appropriata stima. Piuttosto,
data l'additivit aritmetica dei cologaritmi 'pKa', si invita a calcolare la Media
Aritmetica degli stessi.
MEDIA(pKa) = (9.67 + 4.25 + 6.00 + 12.48 + 2.34) / 5 = 6.95
Si ha ora un'indicazione che si suole arrotondare a 'pH=7.00', CONDIZIONE
ALLA QUALE SI VERIFICA (con il metodo gi presentato) CHE LA CARICA NETTA
E' PARI A "+2 -2 = 0" giacch ben quattro gruppi sono ionizzati (fa eccezione
"NH2" di Istidina).