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Tassonomia

Tassonomia è sinonimo di
classificazione, e prevede due fasi:

 l’identificazione

 la nomenclatura.
La varietà dei procarioti attuali è il risultato di un processo
evolutivo avvenuto per mutazione, ricombinazione e
selezione naturale
La tassonomia classica
La tassonomia batterica utilizza l’analisi fenotipica come
base per la classificazione. I parametri utilizzati includono:

 Morfologia – forma; dimensioni; reazione di Gram,


motilità (flagelli, scivolamento, vescicole di gas).

 Nutrizione, fisiologia e habitat– metabolismo


energetico (fototrofo, chemioorganotrofo,
chemiolitotrofo); richiesta/ tolleranza O2,
temperatura, pH, sali; utilizzo fonti di C, N, S.

 Altri fattori – pigmenti; inclusioni cellulari, strati


superficiali; patogenicità; sensibilità agli antibiotici.
Tassonomia determinativa: identificazione di un enterobatterio
Isolamento di un batterio dall’intestino
di un animale a sangue caldo

Allestimento di una coltura pura

Colorazione di Gram

Gram negativo

Forma a bastoncello

Aerobio facoltativo

Fermenta lattosio con


produzione di acidi e gas

Prove biochimiche:
Positive: indolo, rosso metile e mucato Escherichia coli
Negative: citrato, Voges-Praskauer, H2S
Multitest per l’identificazione
di enterobatteri
Le enterobatteriacee sono piccoli batteri a bastoncello,
gram-negativi, strettamente correlati tra loro. La loro
identificazione è essenziale per il trattamento terapeutico di
malattie infettive (gastrointestinali e nosocomiali).

L’identificazione di una specie enterica veniva


tradizionalmente effettuata mediante test biochimici
eseguiti in provetta, un sistema lungo e costoso.
Attualmente usiamo sistemi rapidi miniaturizzati detti
multitest che forniscono dati facilmente elaborabili da un
computer.

Esempi di questi multitest tube per enterobatteriacee sono


il Sistema API 20E e l’Enterotube II.
SISTEMA API 20E

Il sistema API 20E è una versione standardizzata e


miniaturizzata di una ventina di test biochimici
convenzionali per l’identificazione di
Enterobacteriacee. L’identificazione di
Salmonella, Shigella, E. coli e Vibrio cholera
dovrebbe essere confermata sierologicamente. Il
sistema è formato da gallerie composte di
microprovette contenenti substrati disidrati, che
prima dell’uso vengono inumiditi e inoculati.
Dopo un periodo di incubazione, le gallerie
vengono facilmente lette per lo sviluppo di
reazioni colorate.
I TEST DEL SISTEMA API 20E
ONPG β-galattosidasi
ADH arginina diidrolasi
LDC lisina decarbossilasi
ODC ornitina decarbossilasi
CIT utilizzazione del citrato
H2S produzione acido solfidrico
URE ureasi
TDA triptofano deaminasi
IND produzione di indolo
VP test di Voges-Proskauer per l’acetoino
GEL liquefazione della gelatina
GLU fermentazione del glucosio
MAN fermentazione del mannitolo
INO fermentazione del inositolo
SOR fermentazione del sorbitolo
RHA fermentazione del ramnosio
SAC fermentazione del saccarosio
MEL fermentazione del melibiosio
AMY fermentazione del amigdalina
ARA fermentazione del arabinosio
OXI* test dell’ossidasi
Enterotube II

Enterotube II viene utilizzato per


identificare le Enterobacteriaceae e cioè i
batteri aerobi, anaerobi facoltativi, gram-
negativi che sono ossidasi-negativi. La
combinazione dei test dell’ossidasi e
Enterotube II permettono la
differenziazione delle Enterobacteriaceae
da altri gruppi di microrganismi gram-
negativi comunemente riscontrabili.
Enterotube II
Kit formato da una provetta di plastica con 12 sezioni, ciascuna contenente un terreno di coltura
diverso. Un filo metallico passa attraverso i vari terreni di coltura e sporge da entrambe le
estremità della provetta; un’estremità viene usata per prelevare cellule da una colonia batterica
da identificare e poi tirato attraverso le varie sezioni della provetta, inoculando tutti i terreni. La
coltura viene poi identificata seguendo i modelli convenzionali per le reazioni biochimiche e le
fermentazioni positive e negative, oppure mediante un sistema a codice computerizzato.

Questo microrganismo è positivo per Glucosio (destrosio) e produzione di Gas, Lisina,


Ornitina, H2S, Arabinosio, Sorbitolo, e Dulcitolo. Numero di ID: 37070.
Esiste un rapporto univoco tra ID e specie microbica?
Api20.mov
Schema per l’identificazione di Enterobacteriaceae
Colorazione gram

Gram+ Gram-

cocchi bastoncelli

Test
catalasi anaerobi aerobi Test dell’ossidasi
Clostridium Bacillus
+
+ -
Oxi/Ferm Tube Enterotube II
Micrococcus
Staphylococcus

-
Streptococcus Destrosio in anaerobiosi Destrosio in anaerobiosi

+ - + -
Aeromonas sp. Achrobacter sp. Acinetobacter anitratus
Enterobacteriaceae
Pleslomonas sp. Alcaligenes sp. Acinetobacter iwoffli
Vibrio sp. (bastoncelli):
Bordetella bronchiseptica Pseudomonas cepacia
Flavobacterium sp. Pseudomonas
Moraxella sp. maltophila
Pasteurella sp.
Pseudomonas aeruginosa
Pseudomonas sp.
Variabilità batterica e identificazione
In natura, un microrganismo e il suo habitat sono in una condizione di
equilibrio che favorisce la stabilità di quel microrganismo. Quindi, un
certo microrganismo presente in un certo habitat dovrebbe avere
caratteristiche genetiche e biochimico-fisiologiche abbastanza costanti
nel tempo e nello spazio da permetterne l’identificazione.

Comunque, dobbiamo tenere conto della rilevante variabilità che si


riscontra in popolazioni di microrganismi di una data specie (variabilità
intraspecifica).

Un microrganismo descritto con criteri rigidi potrebbe quindi risultare


atipico, e la sua classificazione potrebbe risultare errata.

Perciò, anche se risulta conveniente impiegare a fini identificativi certi


facili caratteri distintivi, singoli caratteri non possono essere
determinanti per una assegnazione tassonomica.
La tassonomia numerica

Un approccio quantitativo alle somiglianze e


alle differenze tra i vari organismi aiuta a
risolvere il problema della variabilità naturale
dei microrganismi. Questo approccio è
conosciuto come tassonomia numerica.

La classificazione che ne risulta si basa sul


livello generale di similarità (o omologia)
stimato mediante confronto di un numero
ampio (da un minimo di 50 a diverse
centinaia) di caratteri qualitativi (presenza
o assenza del carattere) tutti di pari dignità.
Tassonomia e computer

La tassonomia numerica è stata


certamente aiutata dall’avvento di
sistemi computerizzati, che hanno
reso possibile, mediante metodi
matematici, lo studio comparativo
di un grande numero di isolati per
un grande numero di caratteri
diversi.