Corso di Laurea: Scienze e Tecniche Psicologiche

Insegnamento: Biologia Applicata

Numero lezione: 12
Titolo: 12.0 Gli enzimi (Attività chimica e cellula eucariote)

GLI ENZIMI
Miliardi di anni di evoluzione hanno messo a punto una soluzione al problema sollevato
nell’ultima lezione, consistente nel permettere lo svolgimento delle reazioni chimiche
diminuendo la soglia di attivazione di ciascuna reazione e quindi aumentando il numero
delle molecole dei reagenti che in un dato momento presentano il contenuto energetico
adeguato a entrare nella reazione.

Questo effetto è conseguito attraverso l'uso di catalizzatori biologici, cioè di sostanze

che:
1) si legano in modo altamente specifico ai reagenti di una data reazione chimica,
abbassandone la soglia di attivazione;
2) non entrano a far parte della reazione e non ne determinano la direzione di
svolgimento;
3) non si “consumano” nel corso della reazione e quindi, al termine della stessa, ritornano
a essere nuovamente disponibili per ulteriori cicli di reazione.

A parte il caso particolare dei ribozimi, cioè particolari molecole di RNA coinvolte nella
maturazione delle altre molecole di RNA, i catalizzatori biologici sono sempre delle
proteine altamente specializzate per tale funzione, dette enzimi. Gli enzimi riconoscono in
modo specifico determinate molecole reagenti, permettendo che esse subiscano
altrettanto specifiche reazioni chimiche. Per tale motivo la denominazione degli enzimi è in
genere basata sulla reazione chimica catalizzata, sempre terminata dalla desinenza asi.
Ad esempio, l'enzima Glucosio-6-fosfato deidrogenasi (acronimo: G6PD) catalizza la
reazione di deidrogenazione di una molecola di glucosio dotata di un gruppo fosfato
sull'atomo di carbonio 6. Per una ragione puramente fonetica, nella lingua italiana le
denominazioni degli enzimi sono sempre di genere femminile. Si dirà pertanto: la G6PD.

La cinetica di azione degli enzimi permette a una singola molecola di questi catalizzatori di
promuovere in modo ripetuto un numero teoricamente infinito di cicli di reazione,
assicurando in tal modo un accumulo progressivo e indefinito delle molecole di prodotto
(tipicamente, un enzima catalizza la stessa reazione migliaia di volte al secondo). Gli
enzimi possono quindi agire in quantità minime e ciò fa sì che, nel linguaggio scientifico

1
 Corso di Laurea: Scienze e Tecniche Psicologiche
Insegnamento: Biologia Applicata
Numero lezione: 12
Titolo: 12.0 Gli enzimi (Attività chimica e cellula eucariote)

corrente, il termine “quantità catalitica” sia diventato sinonimo di “quantità minima”. L'uso
degli enzimi permette alle cellule di regolare con grande efficienza lo svolgimento delle
proprie reazioni chimiche. Per una cellula è infatti sufficiente sintetizzare di volta in volta
una piccola quantità di molecole enzimatiche, oppure attivare molecole di enzimi già in
essa presenti in forma inattiva, per riuscire molto velocemente a disporre di una gran
quantità di prodotti di una determinata reazione. Quando poi la quantità dei prodotti
diventa sufficiente, la loro sintesi può essere altrettanto velocemente interrotta
semplicemente distruggendo, o inattivando, l’enzima stesso.

La presenza di un numero molto elevato di enzimi diversi, ognuno dei quali in grado di
catalizzare una reazione specifica, regola il traffico chimico della cellula, permettendole di
svolgere le sue attività metaboliche. Lo studio dell'attività enzimatica e della sua
regolazione rappresenta un importante campo di studio della biologia.

D'altra parte, il metabolismo cellulare si basa sul contemporaneo svolgimento di un gran

numero di reazioni diverse, ciascuna delle quali deve essere attivata o interrotta con
estrema precisione al momento opportuno, a seconda dei bisogni della cellula. Rimane
quindi da comprendere come la materia vivente riesca a effettuare tale regolazione in
maniera efficiente e specifica per tutte le reazioni chimiche che si svolgono al suo interno.

Il sito attivo dell’enzima

La capacità degli enzimi di catalizzare le reazioni chimiche della materia vivente è dovuta
alla loro natura proteica e alla loro struttura tridimensionale di grande complessità e
consistente in avvolgimenti di tipo secondario, terziario e spesso anche quaternario. Tale
struttura tridimensionale permette agli enzimi di avere una superficie caratterizzata da
varie regioni che ne mediano l'interazione con le molecole dei reagenti, nonché con fattori
vari che regolano la funzione enzimatica oppure, ad esempio, ne indirizzano la
localizzazione intracellulare. In particolare, tutti gli enzimi presentano sempre sulla loro
superficie una regione specifica, il sito attivo dell'enzima, nella quale avviene il
riconoscimento stereo-specifico della/le molecola/e del substrato, cioè dei reagenti
della reazione catalizzata. Il termine stereo-specificità indica un riconoscimento basato
sulle forme complementari del sito attivo e dei reagenti, analogo a quello che, ad esempio,
si stabilisce tra una mano e il suo guanto.

2
 Corso di Laurea: Scienze e Tecniche Psicologiche
Insegnamento: Biologia Applicata
Numero lezione: 12
Titolo: 12.0 Gli enzimi (Attività chimica e cellula eucariote)

Il sito attivo è infatti paragonabile a una sorta di cavità o tasca scavata nella superficie
della proteina enzimatica, nella quale, sotto la spinta incessante dell’agitazione termica, le
varie molecole presenti nell'ambiente entrano prima o poi in modo casuale e subito
riescono, a meno che esse possano in qualche modo legarsi al sito attivo stesso. Ciò è
quanto in effetti avviene nel caso delle molecole dei reagenti, la cui conformazione
atomica è tale da permettere loro di inserirsi in modo esatto nella cavità del sito attivo e qui
stabilizzarsi mediante la formazione di legami deboli con gli atomi presenti sulle pareti
della cavità stessa. L'insieme dell’enzima e delle molecole dei reagenti legate al suo sito
attivo è indicato con il termine di complesso enzima-substrato. È importante ribadire che
nelle condizioni della cellula l'incontro tra sito attivo e molecole di substrato è del tutto
casuale e la probabilità di tale incontro aumenta con l'aumentare della concentrazione dei
reagenti. Di contro, l'effettiva formazione del complesso enzima-substrato dipende dal
riconoscimento tra sito attivo e reagenti e quindi dalle reciproche strutture atomiche
tridimensionali. Un valido modello di spiegazione della interazione tra enzima e substrato
(cioè dei reagenti della reazione) è quello detto della serratura, proposto a fine del XIX
sec. dal chimico tedesco E. Fisher. Secondo questo modello, il sito attivo accoglie in modo
stereo-specifico le molecole di substrato perché ha una forma ad esse complementare, in
modo analogo a come una serratura accoglie la propria chiave.

Il sito attivo di un enzima è un solco o tasca che lega un substrato specifico

Encyclopædia Britannica, Inc. (https://www.britannica.com/science/enzyme#/media/1/189245/198753)

3
 Corso di Laurea: Scienze e Tecniche Psicologiche
Insegnamento: Biologia Applicata
Numero lezione: 12
Titolo: 12.0 Gli enzimi (Attività chimica e cellula eucariote)

Il modello di Fisher offre una spiegazione semplice anche al fatto che i vari enzimi
possono differire fra loro per il grado di specificità che presentano nei confronti delle
molecole di substrato. Tale fenomeno dipende essenzialmente dall'estensione e dalla
struttura del sito attivo dell'enzima. Infatti, nel caso in cui il sito attivo riconosca le molecole
dei reagenti in gran parte della loro superficie, la specificità delle interazioni tra sito attivo e
molecole di substrato sarà molto elevata. In questo caso solo quelle date molecole di
reagenti e non altre, potranno entrare in modo esatto nel sito attivo e quindi fungere da
substrato per la reazione catalizzata dall'enzima, dando origine a un complesso enzima-
substrato. In alternativa alla possibilità precedente, può aversi il caso che le molecole dei
reagenti siano accolte nel sito attivo dell'enzima solo con una porzione più o meno ristretta
come ad esempio avviene nel caso di una chiave, che entra nella serratura con la
porzione dei dentelli, ma non con l'impugnatura. La stessa serratura potrà quindi
accogliere un'ampia varietà di chiavi, che differiscano tra loro nell'impugnatura ma che
siano dotate degli stessi dentelli. In questo caso potranno essere utilizzate some substrato
molecole diverse anche in modo cospicuo nella porzione che rimane fuori del sito attivo,
ma tra loro uguali o simili nella porzione che entra nel sito attivo.

Cambiamento conformazionale dell’enzima

Analizziamo ora in maggiore dettaglio il ruolo che il complesso enzima-substrato svolge
nell'abbassare la soglia di attivazione di una reazione. Come già detto, solo una piccola
frazione degli urti casuali tra molecole dei reagenti ha come risultato l'effettivo svolgimento
di una reazione chimica, poiché il più delle volte la posizione relativa delle molecole al
momento dell'urto è inappropriata, oppure l’energia cinetica dell'urto stesso è in qualche
modo inadeguata. Pertanto, la richiesta energetica globalmente necessaria per l'innesco
della reazione comprende anche l'energia spesa negli urti che non hanno come esito lo
svolgimento della reazione stessa. In una reazione biochimica, invece, il complesso
enzima-substrato permette di ottimizzare il posizionamento relativo dei reagenti,
mantenendoli reciprocamente immobilizzati per il tempo necessario affinché essi possano
reagire (come già detto, un tipico enzima può catalizzare una data reazione migliaia o
decine di migliaia di volte al secondo). Perciò, la presenza del catalizzatore enzimatico ha
come effetto finale quello di rendere la grande maggioranza degli urti tra molecole dei
reagenti efficace ai fini dello svolgimento della reazione stessa. In conclusione, la
presenza di un enzima permette alla reazione chimica di svolgersi ad elevata velocità

4
 Corso di Laurea: Scienze e Tecniche Psicologiche
Insegnamento: Biologia Applicata
Numero lezione: 12
Titolo: 12.0 Gli enzimi (Attività chimica e cellula eucariote)

minimizzando l'energia necessaria per il suo innesco, cioè abbassando la soglia di

attivazione della reazione.

In termini strettamente energetici, nel complesso enzima (E)-substrato (S), il substrato

forma il complesso attivato, caratterizzato da un livello energetico superiore a quello sia
dei reagenti che dei prodotti. Di conseguenza, come ho detto in precedenza, il complesso
enzima-substrato (E-S) è termodinamicamente instabile e ha pertanto una vita
estremamente breve. Esso infatti tende a “cadere” in una delle due “valli energetiche” che
lo affiancano, cioè:
1) a revertire alla condizione iniziale di enzima + reagenti;
oppure
2) a procedere nello svolgimento della reazione, trasformandosi nella condizione di
enzima + prodotti (P).
E + S ↔ E-S ↔ E + P

È importante notare che il ruolo dell'enzima è esclusivamente limitato alla formazione del
complesso attivato, ma non alla scelta della direzione verso la quale il complesso attivato
stesso procede dopo la sua formazione. Infatti, come vi ho spiegato prima, la direzione
della reazione dipende da una serie di parametri, il più importante dei quali è il bilancio tra
la concentrazione dei reagenti e quella dei prodotti. In altre parole, nel caso vi sia
abbondanza di reagenti e penuria di prodotti, i primi avranno maggiore probabilità di
incontrare l'enzima e la reazione tenderà quindi a procedere verso la formazione dei
prodotti o “verso destra”. Nel caso opposto, i prodotti avranno maggiore probabilità di
incontrare l'enzima e la reazione tenderà invece a procedere dai prodotti verso la
formazione di reagenti o “verso sinistra”. In conclusione, l'enzima catalizza la formazione
del complesso attivato, ma non determina la direzione della reazione.

Anche se quanto vi ho detto è in linea di massima valido per tutti i catalizzatori, sia
biologici che inorganici, in effetti gli enzimi esercitano la loro funzione in modo molto più
efficiente e specifico rispetto ai catalizzatori non biologici. Infatti, trattandosi di proteine e
quindi di macromolecole dotate di una struttura tridimensionale complessa, la condizione
di instabilità del complesso enzima-substrato viene superata mediante un cambiamento
conformazionale dell’intero enzima. Questa modificazione conformazionale avvia a sua
volta la reazione chimica e la trasformazione dei reagenti in prodotti.

5
 Corso di Laurea: Scienze e Tecniche Psicologiche
Insegnamento: Biologia Applicata
Numero lezione: 12
Titolo: 12.0 Gli enzimi (Attività chimica e cellula eucariote)

I cambiamenti conformazionali sono alla base del funzionamento non solo degli enzimi,
ma anche di proteine e complessi proteici che hanno funzioni del tutto diverse. Ad
esempio, vanno incontro a modificazioni conformazionali le proteine della membrana
plasmatica di diretto interesse per la neurobiologia, quali i recettori, i canali ionici, i
trasportatori di membrana, le pompe ioniche, ecc. Inoltre, cambiamenti conformazionali di
proteine che ne regolano l'attività biologica possono essere causati da modificazioni
post-traduzionali.