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LEZIONE 1 - BIOLOGIA APPLICATA

CONCETTO DI “VITA”
Parlando di vita facciamo riferimento agli organismi viventi, ma quali sono le caratteristiche di un
organismo vivente? Perché sia vivente un organismo deve avere dei requisiti particolari:
1. Ordine e precisione: un cristallo è caratterizzato da un ordine estremo perché abbiamo
delle molecole legate tra di loro con determinati tipi di legami, ciascun legame con una
certa lunghezza quindi abbiamo una struttura precisa. Rispecchiando la precisione con cui
si organizza un cristallo una cellula va ad organizzare in maniera perfetta e precisa le sue
funzioni e lo fa assegnando ai vari organelli citoplasmatici dei compiti importanti, in questo
modo aumenta la sua efficienza nel poter svolgere una determinata funzione. L'organismo
vivente è organizzato con estremo ordine per poter compiere un lavoro in maniera più
efficiente;
2. Come progetto: riproduzione: un organismo vivente deve avere un progetto e il progetto è
quello di potersi riprodurre e quindi trasferire alla progenie la propria informazione
genetica, cioè il proprio di DNA. Un virus, pur essendo organizzato in maniera precisa, non
si può definire un organismo vivente, poiché non è in grado di riprodursi. Essi hanno
bisogno di poter infettare una cellula ospite, quindi non sono delle entità autonome, ma
sono dei parassiti obbligati cioè hanno bisogno di altre cellule per poter proliferare;
3. Preservare l’ambiente vitale (omeostasi) e la condizione stazionaria dell’organismo, di
ordine e precisione nelle comunicazioni cellulari: concetto importante in un organismo
vivente è quello secondo il quale l’organismo vivente deve poter preservare e proteggere il
proprio ambiente vitale. La cellula attraverso la membrana plasmatica protegge se stessa, il
proprio DNA e i propri organelli.
Preservare l’ambiente vitale non significa però creare una situazione stazionaria e di
assoluto equilibrio tra l’interno e l’esterno, questo perché le cellule hanno bisogno
continuamente di trasferire informazioni dall’interno all’esterno e viceversa. Gli ambienti
all’interno e all’esterno della cellula sono comunque ambienti dinamici, siccome la cellula
non è un’entità statica, ma dinamica. Essa è in continua relazione con l’ambiente esterno,
riceve stimoli e risponde a questi stimoli, tutto questo però avviene in maniera ordinata.
Parleremo quindi di trasduzione del segnale, ossia quando un segnale che arriva dall'
ambient extra-cellulare scatena una risposta cellulare, dopo che la cellula ha captato questo
segnale attraverso dei recettori, cioè delle proteine di membrana che sono capaci di
rispondere in maniera specifica a quel segnale. I recettori innescano delle vie di
segnalazione che generalmente portano ad una risposta, ossia quella di regolare
l’espressione di determinati tipi di geni. La cellula deve essere quindi identificata come
un’entità dinamica che continuamente risponde agli stimoli esterni attivando delle risposte.
È importante capire come la cellula, sfruttando le risorse che ha al suo interno, quindi sfruttando
quelle macromolecole, quegli organelli riesce a fare avvenire dei processi importanti, come ad
esempio duplicare il proprio DNA, trascrivere il proprio DNA, sintetizzare le proteine e come riesce
a rispondere a dei segnali, attivando o inibendo l'espressione dei geni.
Per arrivare ad organizzare il DNA o per arrivare ad organizzare una proteina e parlare di un
recettore di membrana, bisogna però conoscere tutta la scaletta di molecole, a partire dagli atomi,
che è indispensabile per strutturare la macromolecola. Partendo dagli atomi riusciamo,
incastrandoli tra loro, a formare delle molecole. Più molecole tenute insieme attraverso dei legami,
formano delle macromolecole (carboidrati, lipidi, proteine e acidi nucleici). Sfruttando le proprietà
e la struttura delle macromolecole si arriva ad organizzare un organelli. Più organelli vengono messi
insieme per formare una cellula e più cellule insieme formano un tessuto e così via, fino ad arrivare
alla formazione di popolazioni, di una comunità e dell’intera biosfera.

I principali elementi della vita …


Ma quali sono gli elementi fondamentali perché si possa parlare di vita ?

È importante chiedersi perché il carbonio, tra i vari elementi è quello che troviamo più di frequente
e che effettivamente è alla base delle strutture principali delle macromolecole. Nel corso
dell’evoluzione il carbonio è stato proprio selezionato, perché capace di dare gli scheletri carboniosi
più plastici possibili, cioè scheletri carboniosi con la capacità di creare forme diverse, strutture
diverse. La forma di una macromolecola già ci dà indicazioni importanti su quella che sarà la sua
funzione, le sue caratteristiche e le proprietà, che sono essenziali per creare delle strutture viventi.
Per conoscere le macromolecole parleremo di gruppi funzionali, ma per conoscere i gruppi
funzionali parleremo di atomi e per conoscere gli atomi dovremmo conoscere le proprietà degli
elementi che sono rappresentati in una tavola periodica.

L’obiettivo di ogni elemento è quello di riuscire ad acquisire una certa stabilità elettronica
attraverso il completamento dell'ottetto nell’orbitale più esterno. I metalli, che si trovano a sinistra
della tavola periodica, hanno la tendenza a cedere elettroni formando cationi, quindi questi riescono
a formare dei legami ionici interagendo con i non metalli, che invece hanno la tendenza ad acquisire
elettroni, formando anioni, per raggiungere la stabilità. Vi sono poi altri tipi di legami come quello
covalente, che prevede la condivisione di coppie di elettroni tra due non metalli, poi abbiamo il
legame metallico che si forma tra due metalli. Questi sono tutti legami forti.
Vi sono però anche dei legami deboli e questi sono i legami intermolecolari, come il LEGAME A
IDROGENO. La forza di legame si va a definire anche in termini di lunghezza del legame, perché
quanto più lungo è il legame, più debole è l’attrazione e meno forte è il legame stesso.

Nel legame a idrogeno abbiamo un ossigeno e un idrogeno di due molecole diverse che legati tra di
loro formano un legame a idrogeno. Sull’ossigeno, più elettronegativo, vi è una parziale carica
negativa, mentre sull’idrogeno vi è una parziale carica positiva. Il legame carbonio-ossigeno è
invece un legame covalente e sull’ossigeno vi è la parziale carica negativa perché è più
elettronegativo del carbonio e quindi attrae maggiormente ad esso gli elettroni di legame, così con
nel legame tra azoto e idrogeno. Tra i legami deboli il legame a idrogeno è quello più forte.

La materia vivente è una soluzione acquosa (70-90%)


È importante cercare di capire, nel momento in cui parliamo di nel momento in cui parliamo di
cellule, di strutture viventi, perché l'acqua è stata scelta come solvente per eccellenza. Perché la
materia vivente è costituita dall’acqua per il 70 90% ?
Bisogna analizzare la struttura e la formula della molecola d’acqua  H2O, dipolo elettrico tra i cui
atomi della molecola si stabilisce un legame covalente (tra atomi di idrogeno e ossigeno). Anche
sugli atomi della molecola d’acqua è possibile posizionare una parziale carica negativa
sull’ossigeno e una parziale carica positiva sugli idrogeni. Per come è strutturata la molecola
d’acqua, questa riuscirà ad organizzarsi e disporsi in maniera particolare intorno a eventuali
molecole, come il cloruro di sodio, che poi andrà a sciogliere. Capiremo poi come si organizzano le
molecole d'acqua intorno ad un soluto. Il soluto è la sostanza che sciogliamo in una soluzione, dove
il solvente è il liquido presente in maggior quantità, che deve sciogliere il soluto stesso. Il solvente
in questione è l’acqua, la cellula è fatta di acqua che troviamo però che nello spazio extracellulare.
L’acqua è stata selezionata come solvente per eccellenza per le sue proprietà. Essa, per come è
strutturata, ha dei punti di fusione e dei punti di ebollizione elevati e queste sue caratteristiche
consentono la vita. C’è bisogno di sbalzi di temperatura importanti per avere dei passaggi di stato e
questo è un modo per mantenere protette delle funzioni vitali, la cellula in questo modo si protegge,
altrimenti potrebbe diventare rigida se ci fossero sbalzi di temperatura rapidi, o fondersi se usassimo
un solvente alternativo all’acqua, con un punto di ebollizione meno elevato. L’acqua riesce ad avere
queste proprietà, perché tra le molecole d’acqua si creano delle forti interazioni.
Altro aspetto interessante è capire la densità dell’acqua, specialmente allo stato solido, aspetto
compatibile con la vita. Se prendo dell’acqua allo stato solido e dell’acqua allo stato liquido è lo
stato liquido ad avere una maggiore densità. Nei paesi polari l’acqua allo stato solido ha una densità
minore, ciò vuol dire che i blocchi di ghiaccio galleggiano consentendo che l’acqua nei fondali
rimanga allo stato liquido e che quindi sia possibile la vita e la sopravvivenza di molte specie.
Quindi il fatto di scegliere l'acqua come solvente e perché l'insieme di tutte le sue
caratteristiche e proprietà consentono la vita, sono compatibili con la vita.
Scegliendo l’acqua come solvente vitale per eccellenza dobbiamo capire come questa riesca ad
interagire con determinate molecole di soluto. Parliamo quindi di solvatazione, la capacità di un
solvente di interagire con un soluto. Facciamo riferimento al cloruro di sodio, composto ionico, che
se messo in acqua si scioglie e quindi può dissociarsi in ioni Na+ e Cl-.

Intorno a ciascuno di questi ioni, le molecole di acqua, descritte come dipoli elettrici, si orientano.
Intorno allo ione sodio con carica positiva, si dispone l’ossigeno con la parziale carica negativa,
mentre gli atomi di idrogeno che hanno una parziale carica positiva sono orientati in senso opposto.
Se guardiamo quello che succede intono allo ione cloruro, carico negativamente, vediamo una
disposizione di questi dipoli, perché evidentemente l'acqua si orienta in modo da rivolgere allo ione
cloruro i suoi atomi di idrogeno, quindi le sue cariche positive. Questo è il modo con cui l'acqua
riesce a creare con il soluto il maggior numero di interazioni elettrostatiche. Posso parlare di
solvatazione anche per un composto covalente come il glucosio.

Sostanze idrofile, idrofobiche e composti anfipatici…


Quand'è che posso definire una sostanza idrofilica? Parlo di una sostanza idrofilica quando quella
sostanza riesce ad interagire con l'acqua e si scioglie in essa, viceversa parlerò di una sostanza
idrofobica quando quella sostanza non avrà affinità con l’acqua e si scioglierà in solventi apolari,
ma non in acqua. In realtà molte macromolecole biologiche si possono definire come dei composti
anfipatici è un composto che ha nella sua struttura sia delle parti polari idrofiliche, che delle parti
apolari idrofobiche ed un esempio tipico di composto anfipatico è un fosfolipide di membrana. Un
fosfolipide è costituito da una testa polare che stabilisce dei rapporti con l’acqua ed è idrofilica e poi
vi è la parte rappresentata dalle catene di acidi grassi che invece rappresentano la porzione
idrofobica.
Se metto per esempio dei composti anfipatici in acqua viene fuori una struttura particolare, ovvero
la MICELLA, una sorta di cellula primitiva in cui i lipidi si dispongono con teste polari all’esterno
della micella, poiché devono poter interagire con l’acqua, mentre le code idrofobiche sono apolari e
sono orientate all’interno di questa struttura e interagiscono tra di loro, è come fosse una membrana
chiusa su se stessa in un solvente acquoso.
La cellula però è organizzata in maniera differente, essa presenta una struttura membranosa con un
doppio strato fosfolipidico poiché anche all’interno della cellula è presente acqua e quindi ho
bisogno di un doppio strato fosfolipidico dove le teste polari sono orientate verso l’esterno e verso
l’interno della cellula e nel mezzo cadono le code di acidi grassi idrofobiche che interagiscono tra di
loro.

È stato quindi sfruttato il binomio- STRUTTUTA=FUNZIONE, perché andando ad analizzare la


struttura di un composto anfipatico abbiamo capito come questa condiziona l’orientamento di questi
fosfolipidi e come è possibile che si formi una sovrastruttura della membrana biologica.

MACROMOLECOLE BIOLOGICHE
Bisogna iniziare ad introdurre le macromolecole biologiche e quindi dobbiamo cercare di capire
come è strutturato un carboidrato, come è strutturato un lipide, come sono organizzate le proteine e
come sono organizzati gli acidi nucleici. Le macromolecole biologiche si possono considerare
anche dei polimeri, perché fatte da porzioni più semplici ripetute che chiamiamo monomeri.
Dobbiamo quindi strutturare un polimero e per farlo ho bisogno di una serie di monomeri che si
incastrano tra di loro creando dei legami. Un concetto importante che ci torna utile quando parliamo
di monomeri e quando andiamo a conoscere la struttura dei monomeri è il concetto di isomeria,
anche perché spesso in questi scheletri strutturali il carbonio è l’elemento dominante, perché ha la
capacità di formare degli scheletri con forme e strutture diverse e questo lo riesce a fare perché per
gli scheletri carboniosi è possibile parlare di isomeria. Esistono vari livelli di isomeria:

1. Isomeria di catena: uno stesso numero di atomi di carbonio dà origine a catene diverse
lineari o ramificate. A parità di numero di atomi di carbonio io posso formare delle catene
che possano essere lineari o ramificate, che hanno diverse proprietà, ad esempio le catene
ramificate riescono a formare un maggior numero di interazioni se accostate ad altre
macromolecole;
2. Isomeria di posizione: ragioniamo osservando un determinato gruppo funzionale intorno ad
un atomo di carbonio, all’interno di una catena carboniosa. Posso disporre il gruppo
funzionale, ad esempio il gruppo ossidrilico –OH, in tutti i versi di questa catena. Andrò
quindi ad organizzare degli isomeri differenti per posizione di questo gruppo funzionale;
3. Isomeria ottica: se prendiamo un atomo di carbonio, che forma 4 legami, posso disporre gli
atomi o i gruppi funzionali intorno al carbonio centrale in maniera diversa. Ottengo quelli
che sono gli enantiomeri o stereoisomeri.

Questo concetto ci torna utile per strutturare uno zucchero molto semplice, la gliceraldeide:

Se la oriento e la osservo ad uno specchio ottengo uno stereoisomero, in cui l’orientamento del
gruppo più ingombrante –OH cambia.
Altra isomeria che possiamo considerare è quella di tipo -cis o –trans. Questa isomeria si osserva
in quei composti carboniosi dove si è venuto a creare un doppio legame carbonio-carbonio come
quello in foto:

Se i gruppi atomici più ingombranti sono orientati dallo stesso lato rispetto al doppio legame,
questo isomero è in conformazione –cis, viceversa nel caso in cui i gruppi sono orientati in direzioni
opposte rispetto al doppio legame, parlo di un’isomeria di tipo –trans.

I CARBOIDRATI
I carboidrati per come sono strutturati si possono suddividere in monosaccaridi, disaccaridi e
polisaccaridi.

Parlando per prima dei MONOSACCARIDI, li guardo in un primo momento in una conformazione
lineare e generalmente gli atomi di carbonio che costituiscono quello zucchero devono essere
numerati. Si tratta però di una numerazione convenzionale, partendo da un carbonio 1.
Il gruppo funzionale tipico che ritroviamo nei vari zuccheri –COH, è un gruppo aldeidico ed è
quello che caratterizza gli zuccheri semplici come la D-gliceraldeide e vado a numerare gli atomi di
carbonio assegnando la posizione 1 al carbonio coinvolto nella formazione di questo gruppo
aldeidico.
Possiamo sostanzialmente dire che i monosaccaridi sono gli zuccheri semplici e si suddividono a
loro volta in aldosi e in chetosi.

Gli aldosi presentano come caratteristica fondamentale il gruppo aldeidico –COH ( tipici aldosi
sono la gliceraldeide, il ribosio, il glucosio). I chetosi presentano un gruppo chetonico –CO in cui
il carbonio interagisce con altri due atomi di carbonio e forma poi un doppio legame con l’ossigeno
(tipici chetosi sono l’idrossiacetone, il ribulosio, il fruttosio).
Generalmente il gruppo chetonico è interno alla struttura di uno zucchero elementare, mentre il
gruppo aldeidico è all’estremità della struttura di uno zucchero elementare e proprio in base alla
presenza di questo gruppo funzionale, che posso considerare aldeidico o chetonico, vado a
distinguere gli zuccheri in ALDOSI E CHETOSI.
Nell’ambito degli aldosi vado a vedere quanti atomi di carbonio sono presenti nella struttura: se ho
tre atomi di carbonio parlo di triosi, se ho cinque atomi di carbonio parlo di pentosi, se ho sei atomi
di carbonio parlo di esosi (gli aldosi esosi hanno un gruppo aldeidico e 6 atomi di carbonio, quindi
parlo di un glucosio). Per i chetosi considero lo stesso meccanismo.

I monosaccaridi sono quindi le unità di base degli zuccheri più complessi, differenzio al loro interno
aldosi e chetosi in base al gruppo funzionale che posseggono e all’interno della famiglia degli aldosi
o dei chetosi differenzio altri zuccheri in base al numero di atomi di carbonio.
LEZIONE 2 – BIOLOGIA APPLICATA

LA CICLIZZAZIONE DEGLI ZUCCHERI

Quella rappresentata è la catena lineare degli zuccheri con atomi di carbonio C in


successione, e lo zucchero preso in esempio è un aldoso, in quanto ha il gruppo aldeidico in
posizione 1, e poi via via gli atomi di carbonio numerati da 1 a 6 (glucosio).
Quasi sempre, gli zuccheri non sono organizzati in una catena aperta lineare, ma tendono a
ciclizzare , tendono cioè a chiudersi per formare una struttura ad anello o struttura ciclica.
Affinché si formi questa struttura è necessario che avvenga una reazione, ovvero la
reazione tra il gruppo aldeidico legato al carbonio 1 e il gruppo ossidrilico OH legato al
carbonio 5. Tale reazione si completa con la totale chiusura; il carbonio va a interagire con
l’ossigeno, e l’ossigeno va a interagire con il carbonio 5, l’anello si chiude e l’idrogeno H
resta legato al carbonio 1, l’altro idrogeno è invece legato all’ossigeno. Al termine di tale
reazione, l’anello presenta all’estremità l’ossigeno che funge da ponte di connessione tra i
due atomi di carbonio. Il carbonio a seguito della reazione forma un legame semplice con
l’ossigeno. La posizione del gruppo ossidrilico OH legato al carbonio 1, può essere di due
tipi:

- Il gruppo ossidrilico si può trovare in basso rispetto al carbonio C, in tal caso


parliamo di un ά – glucosio;
- Il gruppo ossidrilico può trovarsi in alto rispetto al carbonio C,e abbiamo un isomero
del glucosio, che prenderà il nome di β – glucosio.
I monosaccaridi si trovano quasi sempre ad anello chiuso e mai lineare.
A seconda del numero di atomi di carbonio che compongono l’anello, parliamo di forme
furanosiche, quando vi sono cinque atomi di carbonio, parleremo invece di forme
piranosiche, quando vi sono sei atomi di carbonio.

Ribosio e desossiribosio, sono due zuccheri pentosi fondamentali per strutturare un


nucleotide. Essi si caratterizzano per il gruppo legato al carbonio in posizione 2.
Dal nome possiamo intuire che:

- Il ribosio è difatti caratterizzato dall’avere un gruppo OH ossidrilico legato al


carbonio 2;
- Il desossiribosio cioè “mancante di un ossigeno” , la posizione 2 è priva di ossigeno,
quindi al carbonio è legato soltanto un idrogeno H.

Osservando la formazione dei due zuccheri esosi (a sei atomi di carbonio), ά – mannosio e
ά – galattosio, è sempre una interazione carbonio 1 e carbonio 5, affinché avvenga la
chiusura dell’anello. Quando andiamo a chiudere l’anello, osserviamo che spesso gli
zuccheri non presentano solo questo tipo di conformazione, ma spesso sono organizzati a
creare una conformazione a sedia. L’anello piranosico che si è venuto a creare, se osservato
in ambiente tridimensionale, notiamo che non è piatto, ma tende a creare una angolazione di
109° tra i vari legami, che comporta una conformazione a sedia.
Per gli zuccheri possiamo parlare di:

 ISOMERI

Quando andiamo a formare degli anelli, possiamo osservare che alcuni zuccheri si
comportano come isomeri. Ciò significa che, molti monosaccaridi cambiano nella
distribuzione spaziale degli atomi. Questi zuccheri presentano sempre la stessa formula
(6 atomi di carbonio 12 di idrogeno e 6 di ossigeno), cambia però il modo in cui sono
disposti questi atomi, parliamo quindi di isomeri. Glucosio, galattosio e mannosio hanno la
medesima formula, cambia la loro distribuzione spaziale e questo comporta che ci siano
piccole variazioni di struttura e piccole variazione in proprietà chimiche.

 L’ORENTAMENTO DEL GRUPPO OSSIDRILICO LEGATO AL CARBONIO 1

Come abbiamo visto precedentemenete, possiamo parlare di zucchero di tipo ά o di tipo β,


a seconda se il gruppo ossidrilico si trovi rispettivamente al di sopra o al di sotto del piano
in cui si trova il carbonio 1. Anche l’orientamento fornisce ulteriori informazioni sulle
proprietà degli zuccheri. In quanto disporre diversamente i gruppi funzionali rispetto a un
piano, può cambiare le proprietà dello zucchero.

 DERIVATI DEGLI ZUCCHERI

In natura, gli zuccheri molto spesso non sono da soli, ma sono organizzati al fine di creare
interazioni con gli altri gruppi, parliamo quindi di derivati degli zuccheri.
Esempio: la glucosammina è costituita da glucosio al quale stiamo aggiungendo un gruppo
insolito per uno zucchero, ovvero il gruppo amminico NH₂.
IL LEGAME GLICOSIDICO

È inoltre importante porre la seguente distinzione:

- I monosaccaridi sono formati da singole unità; parliamo di singole unità


monosaccaridiche, e quindi li possiamo suddividere in pentosi,esosi,etc. a seconda
del numero di atomi di carbonio, e per ciascuna unità possiamo aggiungere altri
dettagli, cioè capire se ci sono degli isomeri, capire come è orientato il legame in
posizione 1. I monosaccaridi sono quindi singole unità di zuccheri.
- I disaccaridi, sono zuccheri semplici, ma caratterizzati da due unità.
- Gli oligosaccaridi, sono zuccheri leggermente più complessi, composti da un
massimo di dieci unità.

Nel passaggio da un mono a un disaccaride, il legame che si viene a costituire tra i due
zuccheri è detto legame glicosidico. Come si forma tale legame ?
Tra i disaccaridi ricordiamo il maltosio, fatto da due unità di glucosio, il lattosio, fatto da
due monosaccaridi (galattosio e il glucosio),e il saccarosio (zucchero da tavola) fatto da
glucosio e fruttosio. Essi si formano mediante il legame glicosidico.
Prendiamo in osservazione il saccarosio

Il saccarosio è formato da glucosio e da fruttosio; il glucosio coinvolto è il glucosio ά, ed è


proprio questo gruppo funzionale legato al carbonio 1, che fa un’interazione con un gruppo
ossidrilico di una seconda molecola, tale interazione provoca l’eliminazione di una
molecola d’acqua. Riscrivendo il legame, possiamo osservare che l’ossigeno funge da ponte
tra i due zuccheri, il glucosio e il fruttosio.

Prendiamo in osservazione il maltosio

Il maltosio e fatto da glucosio più glucosio; il primo glucosio che partecipa alla formazione
di questo disaccaride è l’ά – glucosio, l’altro è il β – glucosio. L’interazione tra il primo e il
secondo glucosio, interessa il carbonio in posizione 1 e il carbonio in posizione 4, quindi il
gruppo ossidrilico OH legato al carbonio 1, in posizione ά, reagisce con il gruppo ossidrilico
della seconda molecola che è legato al carbonio 4, e per eliminazione di una molecola
d’acqua fa avvenire il legame glicosidico, che prenderà il nome di legame 1,4 ά -
glicosidico.

Prendiamo in osservazione il cellobiosio

A differenza del maltosio per esempio, un altro disaccaride è il cellobiosio, fatto da due
unità di glucosio, ma con la differenza che sono entrambi β – glucosio. La formazione del
legame glicosidico coinvolge sempre il carbonio 1 e carbonio 4, e avviene sempre per
eliminazione di acqua. Dato però, che la prima unità di glucosio che si viene a creare è di
tipo β, il legame glicosidico che si verrà a formare sarà legame 1,4 β – glicosidico, perché il
carbonio 1 presenta l’ossidrile in posizione β.

Tutti i legami hanno questa denominazione “legame 1,4”, per essere precisi li definiamo con
ά e con β a seconda dei gruppi funzionale coinvolti. Quando un legame avviene per
eliminazione di acqua, parliamo di una reazione di condensazione.
I CARBOIDRATI

I polisaccaridi presentano un elevato numero di unità monosaccaridiche, e possono essere


distinti in:

 Omopolimeri, un polimero formato dallo stesso monomero che si ripete tante volte;
 Eteropolimeri, polimero fatto da più monomeri diverse.

Altra classificazione, a prescindere dalle catene carboniose, è:

1. Polisaccaridi di sostegno.
Chiamati “di sostegno” perché costituenti di pareti, di unità strutturali, che
sorreggono le cellule. Esempi di polisaccaride di sostegno sono:
- La cellulosa, è un polimero lineare di glucosio con legame 1,4 β – glicosidico.
- La chitina, che contiene zuccheri particolari, ovvero i cosiddetti zuccheri derivati.
La chitina infatti, contiene delle unità di N-acetilglucosammina.
2. Polisaccaridi di riserva.
Tra questi distinguiamo:
- Il glicogeno, di origine animale, è un polimero ramificato, quindi non ha un
successione lineare di unità di glucosio (come la cellulosa), bensì presenta dei punti
di ramificazione. Questo polimero funge da riserva energetica.
- L’amido, di origine vegetale, ed è anch’esso un polimero lineare di glucosio, però
rispetto alla cellulosa, cambia il tipo di legame che si ripete nelle varie unità di
glucosio, perché alla base della cellulosa abbiamo un legame di tipo β 1,4, mentre
nell’amido abbiamo un legame tipo ά 1,4 glicosidico.

Questi zuccheri hanno comportamenti interessanti.


La cellulosa è un carboidrato presente nella pareti delle cellule vegetali.
La chitina, con la sua composizione insolita, è un componente fondamentale
nell’esoscheletro esterno di alcuni insetti.
Gli altri due carboidrati, l’amido tipico delle cellule vegetali, mentre il glicogeno tipico
nelle cellule animali, sintetizzato a livello degli epatociti.
L’organismo umano è molto selettivo nei confronti dell’isomeria del legame glicosidico,
infatti l’intestino possiede enzimi capaci di idrolizzare solo i legami di tipo ά e non di tipo β.
Quindi l’uomo è in grado di digerire l’amico e il glicogeno, ma non la cellulosa.

I LIPIDI

I lipidi fanno parte del secondo gruppo di macromolecole biologiche, sono i costituenti
delle membrane, i cui monomeri sono gli acidi grassi. Un primo aspetto fondamentale dei
lipidi è il loro essere solubili in solventi apolari, non riescono quindi ad avere affinità con
l’acqua. In alcuni casi, come nei fosfolipidi che sono lipidi complessi, parliamo di molecole
anfipatiche, quindi ci sono delle porzioni che possono entrare in contatto con l’acqua.
Generalmente, lipidi e acidi grassi sono insolubili.
Sono una classe eterogenea di composti, in quanto possono essere classificati in vari
sottogruppi, secondo specifiche caratteristiche, e sono formati da acidi grassi caratterizzati
da una lunga catena di atomi di carbonio. A loro volta possiamo distinguere due tipi di acidi
grassi:

- Saturi se tra gli atomi di carbonio vi è un legame semplice;


- Insaturo quando tra atomi di carbonio vi è un legame doppio.

Questa classificazione è molto importante ai fini della struttura di una membrana biologica,
in quanto condiziona il polling della macromolecola. Il polling è il piegamento
tridimensionale, è la struttura terziaria di una macromolecola.
Quando invece parliamo di folding di una macromolecola biologica, significa vedere se la
macromolecola è biologicamente attiva. Le macromolecola possono organizzarsi vari
livelli strutturali, ma solo quando si è arrivati al livello terziario, ovvero alla conformazione
tridimensionale, il polimero inizia a funzionare, quindi inizia ad essere biologicamente
attivo, poiché si trova nella conformazione tale da poter creare il maggior numero di
interiezioni con le molecole circostanti.
Il fatto di avere un acido grasso insaturo, quindi doppio legame, cambia l’orientamento
dell’acido grasso, perché la catena non sarà lineare, ma in corrispondenza del doppio legame
tra i due atomi di carbonio, si viene a creare un gomito, che provoca conseguenze ai fini
della strutturazione della membrana biologica.
Quindi gli acidi grassi, costituenti dei lipidi, sono catene carboniose che possono essere
sature o insature a seconda del numero e del tipo di legami presenti all’interno della catena
carboniosa. I lipidi, inoltre, possono essere classificati in lipidi semplici e lipidi complessi.

 Lipidi semplici

A tale gruppo appartengono i gliceridi, i quali a loro volta possono diversi in monogliceridi,
digliceridi o trigliceridi, e anche le cere.

 Lipidi complessi

A questi invece, appartengono fosfogliceridi e sfingolipidi, che sono i costituenti


fondamentali delle membrane biologiche,.

 Gli steroidi.

Questi sono lipidi importanti per le cellule, in quanto hanno una funzione ormonale; gli
ormoni sono sostanze che consentono la comunicazione a distanza tra cellule, detto “a
distanza” poiché avvengono nel circolo sanguigno. Questi ormoni di natura steroidea, sono
molecole apolari, quindi possono passare facilmente il bilayer. Essi quindi trovano un
recettore intracellulare, attivano un meccanismo di trasduzione del segnale: attraversano il
bilayer, trovano il recettore intracellulare.
Per poter costruire un fosfolipide, bisogna partire dagli acidi grassi, in quanto condizionano
l’intera struttura.

Un acido grasso saturo è l’acido stearico, fatto da una catena carboniosa con tutti legami
semplici C-C. Alla fine questi acidi grassi hanno un gruppo funzionale, il gruppo
carbossilico -COOH, in una forma definita ionizzata (-COO¯), quindi ha perso un protone.
Un acido grasso insaturo invece, è l’acido oleico, ed è caratterizzato da un doppio legame
lungo la catena carboniosa, anch’esso presenta il forma ionizzata il gruppo carbossilico
all’estremità.

Possiamo quindi arrivare all’affermazione che, il cambiamento di un legame può


condizionare l’intero polling della macromolecola. Perché, in caso di legami semplici, la
catena di acido grasso saturo è lineare, quindi aggiungendo altre unità di acido stearico,
osserviamo un impacchettamento perfetto di queste molecole, che si dispongono l’una
sull’altra, creando il maggior numero di interazioni idrofobiche o interazione di van der
Waals. Invece, nel caso in cui tra due unità di acido stearico, si introduce un acido oleico,
muta tutto l’impacchettamento, perché la miscela di acido stearico e acido oleico crea dei
problemi, dato che l’acido oleico con il suo doppio legame crea un’angolatura e quando si
va a intercalare tra i due acidi grassi saturi, riduce in maniera drastica il numero di
interazioni di van dee Waals.
Questo lo troviamo ancora più amplificato nel momento in cui strutturiamo una membrana
plasmatica. La fluidità della membrana biologica dipende dal grado di saturazione degli
acidi grassi che formano i fosfolipidi.

Possiamo dire che, questo diventa ancora più un effetto importante se abbiamo dinanzi un
acido grasso polinsaturo, come l’acido linoleico, che presenta due doppi legami e di
conseguenza un doppio gomito. All’estremità di questo acido vi è il gruppo carbossilico
-COOH non in forma ionizzata.

ANDIAMO A STUDIARE UN TIPO DI LIPIDE SEMPLICE

I gliceridi, che possono essere monogliceridi,digliceridi,trigliceridi e possono presentarsi


sottoforma di grasso o sotto forma di liquido. Come si forma un gliceride?

Un gliceride si organizza a partire da un glicerolo. Il glicerolo è fatto da 3 atomi di carbonio


ai quali sono legati 3 gruppi ossidrilici OH, questi gruppi OH sono fondamentali per la
formazione dei trigliceridi. Se aggiungiamo a questo glicerolo una prima molecola di acido
grasso, avviene una reazione di condensazione, a seguito di una reazione tra il gruppo
ossidrilico di un glicerolo e il gruppo ossidrilico presente all’interno del gruppo carbossilico
estremo della catena acido grasso, quindi si elimina una molecola di acqua H₂O. Formiamo
un legame estere, il carbonio interagisce con l’altro carbonio e avendo il ponte di ossigeno,
attraverso un legame estere.
Quando avviciniamo un secondo acido grasso, avviene la stessa reazione, si elimina la
seconda molecola d’acqua e si forma il secondo legame estere, e abbiamo formato così un
digliceride.
Con la terza reazione, aggiungiamo un terzo acido grasso, si elimina la terza molecola
d’acqua, si forma il terzo legame estere, abbiamo così strutturato un trigliceride.

ANDIAMO A STUDIARE UN TIPO DI LIPIDE COMPLESSO

Sono i principali costituenti delle membrane biologiche, a differenza dei lipidi semplici che
presentano una natura apolare idrofobica, essi sono invece molecole anfipatiche, perché
hanno al loro interno delle porzioni idrofiliche. I fosfogliceridi o fosfolipidi sono tra i
costituenti principali di questo gruppo. Come si struttura un fosfolipide ?

Come nel trigliceridi, partiamo dal glicerolo, quindi partiamo da un alcol trivalente a 3
atomi di carbonio che rivolge all’esterno i 3 gruppi ossidrilici OH, ovvero i gruppi che
reagiscono. Possiamo inoltre osservare che, i gruppi ossidrilici o i gruppi alcolici in
posizione 1 e 2, sono quelli che prendono contatto con due acidi grassi, formando un legame
di tipo estere con una catena di acido grasso, sia legata alla posizione 1 sia legata in
posizione 2. Se legassimo una terza catena, otteniamo un trigliceride.
Quello che invece osserviamo è ciò che accade in posizione 3. Al carbonio 3, e quindi
all’ossidrile legato al carbonio 3, si lega un gruppo fosfato con formula PO₄³¯. Questa è la
base strutturale di un fosfolipide, e prende il nome di acido fosfatidico, fatto da un
glicerolo, due catene di acidi grassi e un fosfato legato al carbonio 3. L’acido fosfati dico
non è ancora il fosfolipide ben formato, poiché manca la parte polare.
Il caso qui rappresentato, è un fosfolipide che prende il nome di fosfatidilcolina. Questa ha
sempre l’acido fosfatidico di base, perché individuiamo un glicerolo e le catene di acido
grasso che possiamo chiamare idrocarburiche; la rappresentazione a “zig-zag” ai vertici è
presente un atomo di carbonio legato a degli atomo di idrogeno, quindi questo è un modo
più semplice e immediato di rappresentate una catena di acido grasso. Oltre al fosfato,
abbiamo un’altra struttura che prende il nome di colina dotata delle sua carica positiva.
In conclusione, glicerolo + acidi grassi + fosfato + gruppo polare, formano un fosfolipide,
che in questo caso prende il nome di fosfatidilcolina.

ATTENZIONE!

Vi è spesso un errore comune nella rappresentazione delle strutture di fosfolipidi. Le catene


di acidi grassi,che compongono i fosfolipidi di membrana, come ad esempio la
fosfatidilcolina, sono rappresentate come catene sature. Nella realtà, i fosfolipidi di
membrana, non hanno entrambe le catene di acidi grassi saturi, ma hanno due catene di acidi
grassi legate al carbonio 1 e 2 del glicerolo, di cui una è satura l’altra è insatura, vi è un
doppio legame nel mezzo che dà origine al gomito.
Le due catene di acidi grassi, prendono il nome di code apolari o idrofobiche. La porzione
polare, definita anche testa, è composta dal glicerolo, dal fosfato e dal gruppo colina.
Avendo il fosfolipide parti polari e parti apolari, possiamo definirlo anche molecola
anfipatica, le teste rivolte verso l’acqua, le code verso la porzione apolare. Quindi i
fosfolipidi differiscono tra loro solo per il tipo di gruppo polare aggiunto, lo scheletro di
base (acido fosfatidico) è uguale.

Il doppio legame presente nella catena di acido grasso dalla coda, ha ruolo importantissimo.
Esso fa in modo che fosfolipidi non si vadano a impacchettare in maniera rigida all’interno
della struttura, ma il gomito crea un grado di fluidità all’interno della membrana biologica.

APPROFONDIMENTO

Un altro costituente delle membrane biologiche è il colesterolo, il quale si va a incastrare tra


gli spazi vuoti creati dai gomiti, poiché i fosfolipidi non sono impacchettati in maniera
rigida, tendono a lasciare questi spazi vuoti, e questo aumenta la fluidità di membrana. Però
le membrane devono avere il giusto grado di fluidità, che dipende da tanti parametri, uno tra
questi è il fatto che gli acidi grassi no sono entrambi saturi, ma uno è insaturo.
Un altro tipo di lipidi complessi, sono gli sfingolipidi. Questi sono presenti nelle membrane
delle cellule animali, e abbondanti nelle cellule del tessuto nervoso.

Per come è organizzato un fosfolipide, essendo molecole anfipatica, a contatto con l’acqua,
si viene a formare la micella, con le teste polari rivolte verso l’esterno, e le code apolari
verso l’interno.
La membrana biologica si struttura in bilayer per la presenza di acqua sia all’interno che
all’esterno della cellula.
Vi è una situazione intermedia, quando dispongo di fosfolipidi a contatto sia con l’acqua
(fase polare) sia con l’aria (fase apolare), si crea un film in monostrato, cioè i lipidi si
organizzano in un monostrato rivolgendo le teste idrofile verso l’acqua e le loro code
idrofobe verso l’aria. Ciò non accade per la membrana biologica perché vi è acqua anche
all’esterno, e quindi la necessità di un doppia strato molecolare.
Sbobina biologia applicata 23/03
martedì 23 marzo 2021 21:18

Oltre i fosfolipidi, esistono altri lipidi complessi :


• Sfingolipidi: presenti nella membrana di cellule animali(tessuto nervoso) e vegetali
• Gliconsfingolipidi
• Steroidi

Sfingolipidi sono dei lipidi complessi quindi anche loro sono caratterizzati da una testa polare(idrofilica)
mentre la coda apolare (idrofobica), e quindi sono anfipatiche.
A differenza dei fosfolipidi la struttura base dei sfingolipidi è la sfingosina.
la sfingosina è formata da una catena carboniosa apolare che si lega a un gruppo polare che lo
definiamo un "amino alcol".
Il gruppo amminico della sfingosina reagisce con il gruppo carbossilico di un altro acido grasso, si avrà
una reazione di condensazione quindi si elimina H2O, la struttura che si formerà grazie all'adesione di
questo acido grasso si chiamerà Ceramide.
La ceramide rappresenta la vera struttura di base dei sfingolipidi, ad essa vengono aggiunti un gruppo
fosfato + una testa polare ad esempio la colina, queste 2 sostanze variano in base allo sfingolipide,
quindi questi 2 sono gli elementi diagnostici.

Che sia un fosfolipide o sfingolipide, esse sono sempre molecole anfipatiche, quindi si dispongono in
strutture ben precise, in base alla presenza dell'acqua,

Biologia Pagina 1
Se devono formare una membrana di rivestimento in base
alla presenza dell'acqua avremo che se l'acqua è presente
solo in un lato allora si formerà un singolo strato di lipidi
dove le teste sono disposte nella parte dove è presenta l'acqua
mentre se l'acqua è presente in entrambi lati come ad esempio
nella cellula che l'acqua è presente sia all'interno che all'esterno
allora si formerà un doppio strato di lipidi dove le teste sono
rivolte verso l'acqua come la membrana plasmatica della
cellula

Un altro lipide complesso è lo steroide


Uno steroide fondamentale è il colesterolo non solo perché esso caratterizza la fluidità della membrana
plasmatica, ma anche perché il colesterolo è il precursore dei ormoni steroidei (quindi quasi tutti gli
ormoni si costruiscono partendo/avendo come base il colesterolo)

Essi sono formati da una struttura di base cioè uno scheletro formato da un gruppo di anelli carboniosi,
chiamato anche "Ciclopentanoperidrofenantrene" da cui si andranno a formare i vari ormoni steroidi
Nel caso del colesterolo a questo scheletro si aggiunge un gruppo alcolico OH nell'anello A che
conferisce polarità alla molecola di colesterolo, mentre nell'anello D si aggiunge la catena laterale.
A partire dalla struttura del colesterolo si vengono a formare altri ormoni steroidei come ad esempio
testosterone, progesterone.
NOTA:
Ricordare che l'ormone è una sostanza che può essere di natura lipidica (come in questo caso) o natura
proteica, che viene prodotta da una cella e prende contatto a una cellula target lontanata e lo fa
attraverso il circolo sanguineo, generalmente le cellule rispondo a questa sostanza perché sono dotati di
recettori al difuori della cellula, ma gli ormoni hanno un meccanismo particolare di trasduzione,

Biologia Pagina 2
recettori al difuori della cellula, ma gli ormoni hanno un meccanismo particolare di trasduzione,
l'ormone steroideo attraversa la cellula per diffusione semplice grazie alla natura idrofobica passa
facilmente attraverso membrana plasmatica e quindi entrano dentro la cellula dove trovano il loro
recettore.

Proteine
Le Proteine sono sempre dei polimeri quindi sono formati da monomeri che si ripetono, i monomeri
delle proteine sono i gli aminoacidi

È importante conoscere la formula/struttura generale degli aminoacidi, un aminoacido è formato da un


carbonio centrale che è chiamato carbonio alfa, al carbonio α si lega :
• Un gruppo carbossilico
• Un gruppo amminico
• Un idrogeno(H)
• Una catena laterale R, la catena laterale varia a seconda dell'aminoacido e questo è l'elemento
diagnostico del nostro aminoacido
Solitamente a PH=7 sia il gruppo amminico che carbossilico si trovano in forma ionizzata, quindi COOH
perde un protone e diventa negativo e H2N acquista un protone e diventa positivo NH3.
Gli amminoacidi come monomeri delle proteine sono anche definiti residui amminoacidici.
Un insieme di amminoacidi come sappiamo formano le proteine ma essi possono formare anche dei
composti polipeptidi entrambi sono formati da una successione di aminoacidi, l'unica differenza è nel
loro peso molare, perché nel caso della proteina avrà un peso molecolare che è pari a 10KD(kilodalton)
quindi è una struttura molto più complessa rispetto al polipeptide e quindi avrà più amminoacidi e
quindi un peso maggiore.

Anche negli amminoacidi è presente l'isomeria ottica, visto che il carbonio α è asimmetrico rende

Biologia Pagina 3
Anche negli amminoacidi è presente l'isomeria ottica, visto che il carbonio α è asimmetrico rende
possibile la formazione di due molecole stereoisomeri, e quindi possiamo dare una denominazione L- o
D- in base alla posizione di NH3 rispetto a C, se NH3 è posizionato a sinistra rispetto a C allora useremo
la denominazione L- se a destra rispetto a C allora useremo la denominazione D

Le proteine contengono Esclusivamente L-amminoacidi


Esistono un totale di 22 amminoacidi che si differenziano in base alla catena laterale con cui
interagiscono.
Gli amminoacidi si possono dividere o classificare in base alla natura della catena R :
Aminoacidi Apolari dove la loro catena laterale è idrofoba

Amminoacidi Polari dove la catena laterale è idrofilica, sono ammino acidi sono privi di carica

Amminoacidi basici e acidi essi hanno una carica,


Gli amminoacidi acidi hanno nella catena laterale un gruppo carbossilico Ionizzato ( ) esempio
Acido aspartico (Asp D) e Acido glutammico (Glu E)
Gli amminoacidi basici hanno nella catena laterale un gruppo amminico ionizzato NH3, esempio
Lisina (lys K) istidina(His H) Arginina (Arg R)

Negli ultimi anni sono stati identificati 2 nuovi amminoacidi (totale 22), la selenocistena e la pirrolisina.

Biologia Pagina 4
Negli ultimi anni sono stati identificati 2 nuovi amminoacidi (totale 22), la selenocistena e la pirrolisina.
Questi due sono stati individuati successivamente perché a determinarli sono dei codoni che
normalmente funzionano come codone da stop, (Verrà specificato più avanti)

Le proteine sono sostanze anfotere (si comportano sia da acidi e basi)


L'acidità e a basicità dipende dal Gruppo R(la catena laterale) dei singoli amminoacidi, quindi sono quelli
che definiscono un comportamento acido o basico della proteina
Punto isoelettrico(pl): è il valore di pH a cui il numero di cariche positive e negativo sono esattamente
uguali.
Il punto isoelettrico è tipico di ogni proteina(non fisso) quindi varia da proteina a proteina e dipende
dagli amminoacidi della proteina

Per poter organizzare e quindi strutturare la proteina bisogna capire come essi si legano tra loro cioè
come avviene l'interazione tra 2 amminoacidi.
L'interazione tra due amminoacidi avviene attraverso il legame peptidico, il gruppo carbossilico del
primo amminoacido interagisce con il gruppo amminico del secondo amminoacido attraverso una
reazione di condensazione, quindi si perde OH dal gruppo carbossilico e H dal gruppo amminico e quindi
elimino una molecola d'acqua, il legame che si forma è il legame peptidico, questo avverà in successione
cioè lo stesso con il 2 e 3 amminoacido e così via, formando una catena lineare.

Per il legame Peptidico valgono le formule di risonanza, quindi il legame è possibile scriverlo in forma
diversa, perché gli elettroni che sono condivisi tra azoto carbonio e ossigeno possono circolare tra questi
3 elementi formando una struttura intermedia in cui questi elettroni sarebbero molto più attratti
dall'ossigeno dando una parziale carica negativa e una positiva su Idrogeno e quindi il doppio legame su
O si sposta su C=N, però nella realtà tra C=N non c'è né un legame semplice né uno doppio e questo
vale anche con O, ma è una via di mezzo formando così un ibrido.

Questa struttura permette che il legame peptidico sia difficile da scindere quindi il legame peptidico
conferisce un elevata rigidità all'amminoacido ed è questo il motivo per cui la struttura primaria è molto
rigida, quindi i movimenti di una proteina riguardano sostanzialmente le catene laterali e i contatti
laterali.
La plasticità strutturale delle proteine non è dovuta ai legami peptidiche, perché come sappiamo esse
sono molto rigide, ma è dovuto grazie alle interazioni delle catene laterali degli aminoacidi.

La struttura primaria : è determinata dalla successione degli aminoacidi legati con un legame peptidico,
questa struttura non è funzionale perché per poter lavorare in una cellula la proteina deve avere un suo
ripiegamento tridimensionale, soltanto se è ripiegata si dice attiva biologicamente.
Quindi la struttura primaria è semplicemente la base la cui si vanno organizzare i livelli strutturali
superiori.
Altra caratteristica della struttura primaria è che la sequenza di amminoacidi ha una certa direzionalità

Biologia Pagina 5
Altra caratteristica della struttura primaria è che la sequenza di amminoacidi ha una certa direzionalità
perché il primo amminoacido di questa catena è sempre un amminoacido che ha il gruppo amminico
libero ed è definito "Estremo ammino terminale" mentre l'ultimo di questa catena è sempre
l'amminoacido avente il gruppo carbossilico "Estremo carbossi terminale"

Dalla struttura primaria si forma la struttura secondaria, la strutta secondaria è un ripiegamento della
proteina nello spazio, è un ripiegamento parziale perché la struttura non è ancora biologicamente attiva,
perché c'è bisogno di un ulteriore ripiegamento e portarla a una struttura terziaria per renderla
biologicamente attiva
La struttura secondaria può essere di due tipi :
• Alfa elica : esso è un ripiegamento ad elica, cioè si forma una spirale destrorsa che gira intoro ad
un asse immaginario, e quindi si avvolge su se stessa, ed è stabilizzato da alcuni legami a idrogeno
che si formano parallelamente all'asse immaginario intorno al quale si a organizzare alfa elica e si
formano tra i gruppi carboni e amminici ogni 3 legami peptidici, i radicali R sono esterni perché
sono quelli che possono interagire con l'ambiente,
• Foglietto beta : sono dei foglietti proteici organizzati a zig zag, questi foglietti possono organizzarsi
creando catene parallele o catene antiparallele.
Catene Parallele se questi foglietti hanno la stessa direzionalità cioè partono da porzioni ammino
a porzione carbossi terminali
Catene antiparallele se questi foglietti hanno diversa direzionalità che formano le catene e quindi
hanno gli N terminale in direzione opposto

A stabilizzare i foglietti sono sempre i legami idrogeno che si formano sempre tra i gruppi amminici e
carbonilici, nel caso delle catene antiparallele i legami idrogeno sono organizzati in modo da essere
perfettamente paralleli tra di loro quindi la disposizione dei foglietti a catena antiparallele mi aumenta il
numero di legami idrogeno che posso formare dando una maggiore stabilità al foglietto.
Viceversa per le catene parallele, il legami idrogeno che si formano sono inclinati tra loro, e quindi si
formano un numero minore di legami H e quindi hanno minore stabilità,
Quindi è più frequente trovarli con catena antiparallela perché sono più stabili.
Oltre a questo dobbiamo dire che i radicali R anche essi sporgono al sopra o al disotto del piano della
catena, perché questi ripiegamenti fanno il modo che i radicali R si dispongono in modo da formare per
eventuale interazione, quindi il ripiegamento serve a far sì che questi radicali formano più legami
possibile con l'ambiente esterno per avere stabilità,

Biologia Pagina 6
Si nota che quando una proteina si ripiega non tutta la proteina si forma ad alfa elica o foglietto beta, ci
saranno dei tratti dove la proteina si organizza ad alfa elica e dei tratti a foglietto beta

Anche se sappiamo che esistono solo 2 tipi strutture secondaria, le proteine


possono avere tratti in cui hanno numerose strutture ben differenti.
Infatti esiste una particolarità, la particolarità è dato dall'aminoacido apolare
prolina.
La ciclicità della prolina crea difficoltà nel ripiegamento, la difficoltà si crea
Soprattutto quando sono presenti più proline che si susseguono in successione
formando eliche di poliprolina, questo è dovuto al fatto che l'amminoacido
ha un andamento particolare causato dalla elevata rigidità della prolina

È possibile creare un grafico per aiutarci


Livello strutturale Definizione Legami principali a livello strutturale
Struttura primaria Sequenza di amminoacidi Legami peptidici
Struttura secondaria Ripiegamento della catena Legami idrogeno
amminoacida formando struttura
alfa elica o foglietto beta e la
random coil
Struttura terziaria Completamento del ripiegamento • Legami idrogeno
tridimensionale di una proteina • Legami disolfuro ad associazione
contente una singola catena polare e apolare
polipeptidica • Forze di van der Walls
Struttura quaternaria Completamento del ripiegamento Uguale alla struttura terziaria
tridimensionale di una proteina
contente due o più catene
Polipeptidiche

Nota
Si ricorda che la proteina si ripiega sempre di più in modo da far sì che i radicali R formano più legami
possibili con l'ambiente esterno, ma anche per formare più legami interni possibili, garantendo una
stabilità maggiore alla proteina, questo è sempre l'obbiettivo.

Alcuni proteine si possono trovare in una forma Random Coil

Biologia Pagina 7
Alcuni proteine si possono trovare in una forma Random Coil
La random coil non è una vera e propria struttura secondaria, essa si viene a creare quando una proteina
viene denaturata, cioè quado la proteina si inizia a disorganizzare e quindi si viene a formare un
gomitolo casuale, questo avviene perché evidentemente si sono rotti i legami idrogeno/non covalenti
causando la perdita della funzione biologica da parte della proteina, la rottura del legame idrogeno è
dovuto ad agenti denaturanti come ad esempio agenti fisici e chimici (variazione di temperatura, PH ecc)
(i legami covalenti sono ben saldi)

Nota: i legami covalenti sono i legami peptidici, i legami non covalenti sono i legami idrogeno

Struttura terziaria
Con la struttura terziaria si avrà il completo ripiegamento tridimensionale per avvicinare amminoacidi
che in forma secondaria sono ancora molto distanti per creare nuove interazione intra e inter
molecolare per raggiungere la maggiore stabilità possibile, infatti i legami che stabilizzcano la struttura
terziaria non sono solo legami idrogeno ma anche ionici, disolfuro, forze di van der walls.
Questa stabilità che si raggiunge con la struttura terziaria rende la proteina biologicamente attiva
La proteina è dotata di plasticità cioè la capacità di assumere diverse conformazioni tridimensionale a
seconda dell'ambiente extracellulare o intracellulare in cui la proteina è situata, perché a seconda
dell'ambiente intorno alla proteina, essa andrà a ripiegarsi in modo da esporre certi amminoacidi che
rispetto ad altri,
Le interazioni che stabilizzano la struttura terziaria di una proteina interessano le catene laterali e gruppi
funzionali delle catene laterali degli amminoacidi, ad esempio i legami ionici con i gruppi carbossilici o
amminici delle catene laterali degli amminoacidi MA MAI quelli che formano i legami peptidici quelli
sono rigidi, non solo interazioni deboli a stabilizzare la struttura terziaria ci sono anche interazione forti
come il legame disolfuro che si forma tra 2 amminoacidi di cisteina che hanno nelle loro catene laterali
un gruppo SH per eliminazione di 2 atomi di idrogeno si forma un legame covalente S-S tra le due
cisteine .

Se la mia proteina è formata da una sola catena polipeptidica, non posso andare oltre la struttura
terziaria, mentre se sono proteine più complesse cioè formate da più catene polipeptidiche essa potrà
ripiegarsi in modo formare una struttura quadernaria, ciascuna catena polipeptidica che forma
la struttura quadernaria della proteina si definisce subunità, per assembrarla nella sua interezza devo
fare il modo che ciascuna subunità, ognuna dotata di una propria di struttura terziaria, vada
ulteriormente a ripiegarsi per prendere meglio contatti con la subunità vicina, tutto ciò si forma per
garantire maggiore stabilità

Biologia Pagina 8
Tratti a foglietto beta
Tratti ad alfa elica
Da notare come si
Ripiega su se stesso,
Per formare più legami
Possibili

Queste proteine formate da più subunità sono definite proteine oligomeriche.


Le proteine formate da 2 subunità identiche sono dette omodimeri se le subunità sono differenti si parla
eterodimeri.

Nota:
Polipeptide è una catena formato tra 10-20 amminoacidi

Quindi riassumendo tutto


• Partiamo sempre dalla struttura primaria dove gli amminoacidi cioè i monomeri si uniscono
attraverso il legame peptidico, questa struttura non è funzionale
• Dobbiamo ripiegare la catena per renderla funzionale e quindi otteniamo la struttura secondaria
che può essere alfa elica o foglietto ripiegato in entrambi i casi il legame stabilizzante è il legame
idrogeno, ancora però la struttura secondaria non è funzionale
• Quindi la ripieghiamo ancora di più e si ottiene la struttura terziaria, questa struttura ci permette
di fare altre interazione e quindi la proteina è abbastanza stabile per diventare funzionale.
• Se la proteina è formata da altre catene è possibile ripiegarlo ancora ottenendo la struttura
quadernaria.

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LEZIONE 4 – BIOLOGIA APPLICATA (25/03/2021)
STRUTTURA TERZIARIA: DOMINI E MOTIVI
In una struttura terziaria di una proteina in maniera del tutto simbolica, le zone ad alfa-elica sono
rappresentate da tratti a spirale, mentre quelle a struttura beta da frecce.

DOMINI
Quando una proteina ha una struttura terziaria, e quindi ha una forma tridimensionale, è possibile
che si formino delle zone della proteina che ha un ripiegamento particolare, diverso da quelli
descritti precedentemente, e che hanno un ruolo importante nella struttura proteica poiché
hanno la possibilità di ripiegarsi a loro piacimento dal resto della proteina. Queste zone sono
chiamate domini e sono da intendere come delle sotto-strutture della struttura terziaria della
proteina, con una grandezza variabile, in genere un dominio contiene dai 40 ai 350 amminoacidi.
Come in tutte le strutture biologiche una determinata struttura corrisponde a una precisa funzione
(STRUTTURA = FUNZIONE), la particolare struttura dei domini consente di svolgere determinate
funzioni che variano da tipo di proteina che sto andando ad analizzare. Se si tratta di una proteina
ha una funzione regolatoria, se è un particolare enzima ha una funzione catalitica. A causa proprio
di queste importanti funzioni indispensabili per la struttura proteica, i domini, sono spesso
conservati in specie molto diverse tra loro e molto distanti dal punto di vista evolutivo.

MOTIVI
Il motivo di una proteina è un particolare ripiegamento che la proteina assume ed ha una funzione
e una struttura diversa dai domini. Il dominio ha una struttura a gomitolo mentre il motivo ha una
struttura lineare. Alcuni motivi proteici sono molto comuni nelle strutture proteiche, tra i quali
bisogna ricordarsi di:
1. il motivo β-α-β o anche detto ripiegamento di Rossmann; definito in tal modo perché se si
osserva la struttura tridimensionale si notano due strutture a foglietto β intervallate da una
struttura ad α elica.
2. Il motivo elica-giro-elica o helix-tern-helix, formato pertanto da due strutture ad elica
intervallate da un’ansa.
La struttura dei motivi non è casuale ma è strettamente legata alla loro funzione di essere delle
regioni della proteina che formano legami con gli acidi nucleici. Questa importantissima funzione
dei motivi è stata osservata, soprattutto, nelle proteine che si trovano all’interno della molecola d
DNA. Le proteine che stabilizzano il DNA, si incastrano a livello del Solco Maggiore, ed utilizzano i
motivi strutturali per riconoscere in quale punto si devono incastrare.
ESEMPIO. Se la proteina ha un motivo elica-giro-elica, una delle due eliche ha la funzione di
riconoscimento identificando il Solco Maggiore a cui si deve ancorare. L’altra elica ha la funzione
di stabilizzazione, andando a stabilizzare quello che è lo stesso motivo proteico nel Solco
Maggiore.

DENATURAZIONE DELLE PROTEINE


Quando una proteina è soggetta a variazioni di temperatura o di pH o si trova a contatto con
determinate sostanze chimiche si può verificare una alterazione della struttura terziaria e
secondaria. Poiché le reazioni di denaturazione non sono così forti da provocare la rottura dei
legami peptidici la struttura primaria, ovvero la sequenza di amminoacidi rimane inalterata. È
invece alterato il livello di organizzazione tra gli amminoacidi appartenenti a una stessa catena o
tra gli amminoacidi di catene diverse. Si formano infatti legami a idrogeno che determinano le
strutture ad α-elica o β-foglietto. Possono essere inoltre distrutti i quattro tipi di forze che possono
concorrere a stabilizzare la struttura terziaria delle proteine ovvero le interazioni idrofobe o
idrofile, le attrazioni ioniche, i legami a idrogeno e i ponti disolfuro. Quando una proteina è
denaturata perde la sua funzione biologica come avviene, ad esempio, nel caso degli enzimi che
non riescono più a legarsi al sito attivo. Può avvenire che una volta rimosso l’agente denaturante
la proteina, della quale non è stata cambiata la struttura primaria ritorni allo stato di partenza.
Spesso, tuttavia, il processo è irreversibile e una volta denaturata la proteina non si riesce a
riportarla allo stato attivo.
NOTA BENE: Un altro famoso agente denaturante delle proteine è l’Urea perché in grandi
quantità, a causa della sua grande polarità, può formare dei legami con il legame ad idrogeno della
proteina denaturandola.

FOLDING E CHAPERONI MOLECOLARI


La conformazione che consente ad una proteina di svolgere la sua funzione corretta è
detta struttura “nativa”. Il processo cui la proteina va incontro per raggiungere la propria
conformazione nativa è detto “folding” (ripiegamento). I complessi proteici che assistono le
proteine durante il folding sono detti chaperoni molecolari. Tra gli chaperoni molecolari, si deve
certamente ricordare lo HSP 60 e lo HSP 70. Entrambi gli HSP hanno in comune che agiscono sul
ripiegamento attraverso l’energia ricavata dalla molecola di ATP, ed entrambe riconoscono la
proteina da foldare grazie a delle zone idrofobiche. A parte questi due similitudini, i due HSP
hanno due meccanismi di azione completamente diversi. La proteina HSP 70 agisce in maniera
precoce, quando la sintesi proteica non è ancora terminata invece la proteina HSP 60 interviene
quando la sintesi proteica è del tutto terminata. La struttura delle HSP 60 ,detta a ponte o a
gabbia, permette alle proteine di entrare completamente all’interno grazie a delle zone
idrofobiche con cui interagisce e una volta all’interno, quasi come un cocktail, viene shekerata per
ottenere il giusto ripiegamento proteico.

MISFOLDING
Nel caso in cui il ripiegamento proteico non è avvenuto correttamente, si parla di Misfolding
Proteico o di Proteine Misfolded. Queste proteine nella quasi totalità dei casi va incontro ad un
processo di degradazione, in quanto sono pericolose e dannose per la cellula stessa. Stranamente
a quanto si possa pensare della degradazione di queste proteine misfolded non se ne occupa il
lisosoma, ma sono degradate da un sistema biologico diverso, chiamato Proteasoma. Il
Proteasoma è un complesso multi proteico, riconoscendo la proteina misfolded, si organizza in
una sorta di cilindro cavo, in cui la proteina misfolded entra e va incontro alla degradazione. Il
riconoscimento da parte del Proteasoma delle proteine misfolded non avviene per puro caso, ma
avviene in seguito ad un processo in cui queste proteine vengono segnalate. Questo processo di
segnalazione di proteine misfolded viene effettuato mediante Poliubiquitinazione.
NOTA BENE: RIPETERE IL LISOSOMA E LA SUA FUNZIONE CELLULARE
Che cos’è l’Ubiquitina?
L’Ubiquitina è una proteina fondamentale, presente solo negli eucarioti, in quanto la sua funzione
è indispensabile per la vita stessa degli eucarioti. È formata da circa 76 amminoacidi di natura
termostabile e la cui struttura terziaria è formata da un filamento ad alfa elica e a quattro
filamenti beta. La funzione principale dell’ubiquitina che la rende indispensabile per la vita degli
eucarioti è la segnalazione di proteine misfolded da degradare.
In che modo l’ubiquitina segnala le molecole da degradare?
Quando una proteina è destinata ad essere degradata viene “segnata” attraverso il legame con
una catena di almeno 4 molecole di Ubiquitina. Il processo di segnalazione avviene grazie a tre
enzimi: L’enzima E1, l’enzima E2, l’enzima E3. L’enzima E1 si lega alla cosa dell’Ubiquitina
determinandone l’attivazione. Una volta attivata, l’Ubiquitina viene coniugata dall’enzima E2, che
la preleva dal complesso Ubiquitina-E1 formato precedentemente. A questo punto entra in gioco
l’enzima E3, che ha una forma a tenaglia che riesce a legare a un’estremità la proteina da
degradare e dall’altra L’Ubiquitina attivata e coniugata. La presenza di almeno 4 molecole di
Ubiquitina legate tra loro consente al complesso si essere attaccato al Proteasoma, che compirà la
degradazione della proteina misfolded. Le molecole di Ubiquitina vengono rimosse prima della
degradazione grazie all’azione di specifici enzimi e riciclate dal sistema celulla. Ancora oggi non è
stato ancora ben definito in che modo le molecole di Ubiquitina riescono a riconoscere le proteine
misfolded e discriminarle da quelle che sono ancora indispensabili per il funzionamento cellulare.
L’Ubiquitina, alcune volte, non serve solo a segnalare le proteine da degradare, ma quando si parla
di Monoubiquitinazione, in cui una sola molecola di Ubiquitina si aggancia alle proteine,
regolando il processo degli Istoni. Nel caso della Multiubiquitinazione, in cui più molecole di
Ubiquitina sono agganciate a due siti diversi della stessa proteina, segnalandola come una
molecola da far entrare nella cellula attraverso l’Endocitosi.

REGOLAZIONE ENZIMATICA – REGOLAZIONE ALLOSTERICA E REGOLAZIONE PER


MODIFICAZIONE COVALENTE.
Gli enzimi sono catalizzatori biologici che controllano la chimica cellulare, ma come sono a loro
volta controllati?
Uno dei controlli di controllo enzimatico è la Regolazione Allosterica. Alcuni enzimi possiedono un
sito recettoriale detto Sito Allosterico, distinto dal sito attivo, infatti la parola Allosterico significa
“un altro spazio”. Quando una sostanza si lega ad un sito allosterico di un enzima, la
conformazione del sito attivo dell’enzima cambia, modificando l’attività enzimatica. Le molecole
biologiche che influenzano l’attività enzimatica legandosi al sito allosterico sono dette regolatori
allosterici. Alcuni regolatori allosterici sono inibitori allosterici, perché mantengono l’enzima nella
sua forma inattiva, mentre altri sono attivatori allosterici, perché stabilizzano la forma attiva
dell’enzima.

Un altro esempio di regolazione enzimatica è la regolazione per modificazione covalente. In


questo tipo di regolazione l’attività enzimatica è regolata tramite l’aggiunta di un gruppo chimico
al sito allosterico dell’enzima stesso. Nella maggior parte dei casi il gruppo chimico usato per la
regolazione enzimatica è il Gruppo Fosfato, infatti gli enzimi sono defosforilati per renderli inattivi,
oppure sono Fosforilati per renderli attivi. l’enzima viene fosforilato da un altro enzima detto
Protein Chinasi, che riesce nel suo compito, prendendo il Gruppo Fosfato da una molecola di ATP,
che in seguito diventa a sua volta una molecola di ADP, rendendo l’enzima biologicamente attivo.
Se, invece l’enzima deve essere inattivato, esso deve essere defosforilato da un altro enzima detto
Protein Fosfatasi, che rimuove il gruppo fosfato rendendo l’enzima inattivo.
ACIDI NUCLEICI
Gli acidi nucleici sono la quarta classe delle macromolecole biologiche, i cui monomeri sono i
Nucleotidi. I due acidi nucleici sono il DNA e l’RNA.
A differenza dell’RNA, il DNA ha una funzione fondamentale nella cellula in quanto se ognuno di
noi ha dei determinati aspetti fenotipici, lo si deve al Genoma che ha dato queste informazioni,
contenuto nel nucleo delle cellule. Il Genoma pertanto rappresenta l’insieme di tutte le
informazioni genetiche, che nelle cellule umana si organizza in una particolare forma chiamata
Cromosoma. Dal Genoma, che è la base di tutta l’informazione genica, a seguito di una
trascrizione si passa al Trascrittoma, il quale rappresenta l’insieme di tutte le molecole di RNA
presenti all’interno della cellula, e che a sua volta può andare incontro a una traduzione per
ottenere il Proteoma, che rappresenta l’insieme di tutte le proteine presenti all’interno della
cellula.

ESPERIMENTO DI MIESCHER
La prima scoperta del DNA si deve al medico tedesco, Friedrich Miescher, il quale nel 1869
individuò una sostanza chiamata Nucleina, presente nel nucleo delle cellule analizzate, e che
aveva la particolarità di essere una sostanza acida, ricca di Fosforo.

ESPERIMENTO DI GRIFFITH
Nel 1928 il medico inglese Frederick Griffith stava studiando il batterio dello pneumococco, uno
degli agenti patogeni della polmonite umana: lo scopo di Griffith era sviluppare un vaccino contro
questa malattia che al tempo, prima della scoperta degli antibiotici, mieteva molte vittime. Griffith
inoculò in alcuni topolini degli pneumococchi S uccisi dal calore e osservò che i batteri erano
disattivati, cioè incapaci di produrre l’infezione. Quando però Griffith somministrò a un altro
gruppo di topi una miscela di batteri R vivi e batteri S uccisi dal calore, con sua grande meraviglia,
notò che gli animali contraevano la polmonite e morivano. Esaminando il sangue di questi animali,
Griffith lo trovò pieno di batteri vivi, molti dei quali dotati delle caratteristiche del ceppo virulento
S; egli concluse che in presenza degli pneumococchi S uccisi, alcuni degli pneumococchi R vivi si
erano trasformati in organismi del ceppo virulento S. La trasformazione non dipendeva da
qualcosa che avveniva nel corpo del topo, perché fu dimostrato che la semplice incubazione in una
provetta di batteri R vivi insieme a batteri S uccisi dal calore produceva la stessa trasformazione.
Alcuni anni dopo, un altro gruppo di scienziati scoprì che la trasformazione delle cellule R poteva
essere prodotta anche da un estratto acellulare di cellule S uccise dal calore (un estratto acellulare
contiene tutti gli ingredienti delle cellule frantumate, ma non cellule integre). Questo dimostrava
che una qualche sostanza, all’epoca chiamata principio transformante, estratta da pneumococchi
S morti poteva agire sulle cellule R provocando un cambiamento ereditario. A quel punto rimaneva
solo da individuare la natura chimica di questa sostanza.

ESPERIMENTO DI AVERY
Avery si procurò una coltura di pneumococchi di tipo S. A questo punto lisò le cellule (cioè ne
ruppe la parete e la membrana cellulare) in modo da ottenere una soluzione nella quale era
disciolto il materiale contenuto nei batteri, il cosiddetto estratto cellulare o lisato cellulare. Il
materiale genetico doveva presumibilmente essere uno dei diversi tipi di macromolecole biologiche
presenti nei batteri: (proteine, polisaccaridi, acidi nucleici, ovvero DNA e RNA, e lipidi). Avery e colleghi
riuscirono a separare l'estratto cellulare nelle varie componenti macromolecolari appena citate.
Successivamente cercarono di capire quali di queste sostanze erano effettivamente in grado di trasformare
batteri R avirulenti in batteri S virulenti. Le cavie sopravvivevano quando trattate con tutte le biomolecole
tranne gli acidi nucleici: il materiale genetico doveva essere quindi DNA e/o RNA.

Per capire quale delle due sostanze fosse, divisero l'estratto contenente l'acido nucleico in due
aliquote: una venne trattata con l'enzima ribonucleasi che degrada selettivamente l'RNA e non il
DNA, l'altra venne invece trattata con desossiribonucleasi che degrada selettivamente il DNA e
non l'RNA. Ciò che si osservò era la trasformazione dei batteri R in batteri S solo in seguito
all'aggiunta dell'aliquota trattata con RNasi (che quindi aveva degradato l'RNA). Il materiale
genetico doveva allora essere necessariamente il DNA.

ESPERIMENTO DI FRANKLIN E WILKINS


Un ulteriore passo in avanti nello studio del DNA, fu fatto negli anni 50 con l’esperimento di
Franklin e Wilkins che utilizzarono un’analisi cristallografica, riflettendo tramite un fascio di Raggi X
la molecola di DNA, riuscendo ad osservare tutta la struttura di una molecola di DNA.
Dall’osservazione di questa molecola di DNA, tramite cristallografia a raggi X, ricavarono delle
importanti informazioni:
1. videro che si trattava di un’elica;
2. riuscirono a calcolarne il diametro (circa 2 nanometri);
3. erano formato da due filamenti;
4. si ripiegava in qualche modo ancora sconosciuto per loro.
Tutte queste informazioni, in particolar modo furono usati come base per la scoperta definitiva del
DNA, grazie agli scienziati Watson e Crick, a poco tempo di distanza da quest’ ultimo esperimento
di Franklin e Wilkins.

NUCLEOTIDE
Il Nucleotide è il monomero degli Acidi Nucleici. Il nucleotide è formato da uno zucchero pentoso
(5 atomi di Carbonio). Questi atomi di carbonio dello zucchero del Nucleotide vengono disegnati in
modo tale da “numerarli” da 1’a 5’.
Molto importante è l’atomo di Carbonio 2’, perché se a quest’atomo di carbonio è legato solo un
Idrogeno, si tratta di una molecola di DNA, in quanto sto analizzando lo zucchero Desossirbosio.
Se al posto del singolo atomo di idrogeno, abbiamo il gruppo ossidrile OH, si tratta di una molecola
di RNA in quanto sto analizzando lo zucchero Ribosio.
L’atomo di Carbonio 1’ è anch’esso molto importante, in quanto è colui che si lega alla base
azotata, grazie ad un particolare legame chiamato N-Glicosidico. Chiamato in tal modo perché
avviene tra il carbonio 1 dello zucchero e l’azoto della base azotata.
L’atomo di Carbonio 3’ è colui che fa il legame con il successivo nucleotide
L’atomo di Carbonio 5’ è colui che interagisce con Il gruppo Fosfato con un legame chiamato
Fosforo-Estere. Inoltre grazie proprio al gruppo fosfato, nel quale sono presenti atomi fortemente
elettronegativi, si deve l’acidità degli Acidi Nucleici.
NOTA BENE: L’ARGOMENTO DELL’ACIDITA O DELLA BASICITA DEGLI ACIDI NUCLEICI SARA
DISCUSSA NELLE PROSSIME LEZIONI.
30/03/2021

LEZIONE 5 BIOLOGIA APPLICATA

Il nucleotide è il monomero di acidi nucleici (DNA e RNA). Individuiamo un carbonio chiamato 1’


che interagisce con la base tramite un legame chiamato N-glicosidico, quindi prende contatti con
un atomo di azoto di una base azotata. La posizione 2’ è altrettanto importante perché da questa
posizione capisco se sto analizzando un RNA o un DNA, perché nel caso in cui lo zucchero sia un
desossiribosio significa che in posizione 2’ del carbonio ho semplicemente un H legato.
Viceversa, nel caso in cui in posizione 2’ ho un gruppo H ossidrilico, si forma uno zucchero detto
ribosio che appartiene alla macromolecola RNA.

Le basi azotate si distinguono in due grossi raggruppamenti: purine e pirimidine.


• PURINE: sono dei doppi anelli; guanina e adenina, nello specifico le troviamo sia nel DNA
che nell’RNA.
• PIRIMIDINE: hanno un solo anello e sono timina, citosina e uracile, che è una molecola
tipica dell’RNA.

In questo modo si riescono anche ad individuare alcune tra le principali differenze tra DNA ed
RNA.

DNA RNA
Gruppo fosfato, zucchero pentoso Gruppo fosfato, zucchero pentoso (ribosio),
(desossiribosio), basi azotate (A-T;G-C) basi azotate (A-U;G-C).

Le pirimidine sono singoli anelli aromatici, significa che la posizione dei doppi legami non è fissa,
come per il legame peptidico possiamo scrivere delle forme di risonanza.
I componenti sono gruppo fosfato, zucchero pentoso e basi azotate.

Quando parliamo di nucleotide, parliamo di una struttura che ha 3 fosfati in successione (base
azotata, zucchero, fosfato). Questo può agganciarsi:
• al carbonio 5’ per creare un nucleoside monofosfato
• a un secondo fosfato formando un nucleoside difosfato
• a un terzo fosfato formando un nucleoside trifosfato (detto anche nucleotide).

I nucleotidi possono avere anche un significato energetico, in modo particolare ci si riferisce ad


ATP (adenosina trifosfato) e GTP (guanosina trifosfato).
Queste fonti di energie vengono usate dalla cellula in contesti diversi, perché la loro energia
dipende dalla rottura dei legami che sono ad alto contenuto energetico, perché tende vicine
cariche negative tra loro. Il ricorso all’ATP piuttosto che al GTP dipende anche dagli enzimi
disponibili. Quindi in termini di contenuto energetico non c’è una vera e propria differenza.

Il nucleotide di per sé ha bisogno di interagire con il nucleotide vicino, costruendo così una catena
polinucleotidica. Si utilizza la posizione 3’ del primo nucleotide e quella 5’ del secondo, in
particolare si instaura un legame fosfodiesterico tra il gruppo ossidrilico OH legato alla posizione 3’
del primo nucleotide e al gruppo OH legato al fosfato in posizione 5’.
Così si elimina il doppio fosfato (pirofosfato); eliminiamo acqua (condensazione) prendendo un H
legato all’ossidrile legato al carbonio 3’ e l’OH agganciato al fosfato.
Questo legame instaurato è detto 3’-5’ fosfodiesterico, perché il fosfato crea un doppio legame
estere con il carbonio 3’ e il carbonio 5’.

Questa reazione è sotto il controllo della DNA polimerasi, che sintetizza, allunga il DNA, usando
dei nucleotidi trifosfato come substrato (hanno il desossiribosio come zucchero). Come nelle
proteine, anche nel DNA abbiamo una direzionalità di sintesi, perché l’enzima procede in direzione
5’-3’, ciò significa che indipendentemente da quanto si allunga la catena durante il processo di
polimerizzazione, si avrà sempre un nucleotide 5’ libero e l’ultimo nucleotide libero di questa
catena ha un gruppo 3’ OH disponibile per agganciare eventualmente un altro nucleotide.
L’enzima trova questi nucleotidi nel nucleo stesso. Man mano che la catena si allunga, si può
notare che la catena si sta strutturando in modo tale che a sporgere siano i gruppi fosfato, e quindi
le cariche negative; le basi azotate invece si proiettano verso l’interno della doppia elica. Questo ci
spiega il comportamento del DNA.

Nel momento in cui affianco alla prima catena anche una seconda, osserviamo che le due catene
polinucleotidiche sono tra loro antiparallele; l’antiparallelismo è necessario per far “affacciare”
meglio le basi azotate le une verso le altre e consentire loro di creare il maggior numero di
interazioni possibili. In realtà le basi azotate impilate (disposte le une sopra le altre) interagiscono
già tra di loro attraverso interazioni deboli dette anche interazioni di van der Waals.

Le interazioni instaurate tra le basi azotate dei filamenti opposti antiparalleli, chiamati filamenti
complementari, interagiscono tramite legami a H, in particolare ne ritroviamo 2 tra A-T e 3 tra G-C.

La doppia elica del DNA non è statica, e non è da immaginare come una struttura rigida: al
contrario, c’è un continuo movimento a fisarmonica, perché i fosfati dei due nucleotidi successivi
avendo entrambi cariche negativi tendono a respingersi; vi sono dei momenti in cui i due
nucleotidi tendono ad avvicinarsi ma poi le cariche negative li portano a respingersi.

Quando la doppia elica si spiralizza su sé stessa, si avvolge seguendo un orientamento destrorso,


così facendo subisce un ripiegamento particolare creando delle insenature. La definizione del DNA
come una “scala a chiocciola”, non è corretta perché quando una scala a chiocciola si avvolge, lo fa
con regolarità; non si può dire la stessa cosa in una doppia elica di DNA. Infatti, non è simmetrica
proprio perché si creano dei solchi di profondità diversa (solco maggiore e solco minore).
Misurando la distanza da un punto estremo di una doppia elica al punto opposto possiamo
misurarne il diametro, che è pari a 20 Angstrom, che corrisponde a 2 nanometri.

Per quanto riguarda le basi azotate, fu condotto uno studio approfondito da Chargaff: Questi
constatò che le basi azotate non sono contenute in quantità equimolari, e la composizione di ogni
base dipende dalla specie che stiamo esaminando.
Se prendiamo come esempio l’uomo otteniamo come rapporto:

A+T/G+C= 1.5

Nell’escherichia coli il rapporto cambia e si riduce al di sotto di 1. Quindi in una molecola di DNA a
doppio filamento la concentrazione di A=T, la concentrazione di G=C.

Le forze che stabilizzano la doppia elica sono:


• Legami a H;
• Interazioni idrofobiche di van der Waals
• Ioni di carica positiva (Na, K, Mg)
• Istoni (proteine basiche), quando il DNA forma la cromatina

Così nasce il modello descritto da Watson e Crick, che hanno studiato il DNA di conformazione di
tipo B.
Watson e Crick, anche sulla base degli studi sulla cristallografia, nel 1953 definirono il modello del
DNA, confermando quanto detto in precedenza.
Complessivamente, l’elica di DNA misura 34 Angstrom (3,4 nm).
Il DNA viene definito come un acido desossiribonucleico, formato da basi azotate di natura,
appunto, basica. Nonostante vi sia la presenza delle basi, il DNA è comunque definito un acido
perché nell’avvolgersi espone i gruppi fosfato, quindi le cariche negative, quindi la natura acida; le
basi azotate non sono coinvolte ai fini di un legame, perché interagiscono solo tra di loro, bloccate
all’interno della doppia elica.

La struttura dinamica del DNA può assumere varie conformazioni; oltre a quella di tipo B, abbiamo
anche quella di tipo A e di tipo Z.

Cambiano il numero di solchi, la profondità, l’andamento (nel DNA Z è sinistrorso). Ogni nucleotide
ha un alto grado di flessibilità, così che possano cambiare le loro conformazioni. La
conformazione di tipo A tende ad essere piu schiacciata, quella di tipo Z è la più diversa in
assoluto. E’ stato studiato che in natura vi sono alcuni insetti che presentano del DNA formato da
cromosomi giganti con conformazioni di DNA di tipo Z a livello delle ghiandole salivari.
Altra caratteristica del DNA è che può presentarsi in forme diverse a seconda anche della sua
complessità.

Il DNA di una cellula eucariotica è molto più grosso e complesso, generalmente lineare, che si va a
frammentare e si divide in cromosomi. Osservando il DNA procariotico, è un unico DNA circolare
che si ripiega.
Ne deriva che la doppia elica è una struttura troppo grande per poter rimanere compatta in
questo stato, per farla entrare nel nucleo è necessario compattarla, sia negli eucarioti che nei
procarioti, anche se il problema è principalmente negli eucarioti (perché deve entrare nel nucleo).

PROPRIETA’ CHIMICO-FISICHE DEL DNA

Possiamo calcolarne la densità facendo “scivolare” la molecola in una soluzione di cloruro di cesio,
possiamo definirne la viscosità e descriverne le proprietà acido-basiche. Il DNA viene definito
come anfotero, perché contiene sia gruppi acidi che basici, come già detto in precedenza.

Il DNA assorbe energia ad una determinata lunghezza d’onda che è 260 nm. E’ detta proprietà
ottica ed è dovuta alla presenza di basi azotate.
Quando la doppia elica viene denaturata (aperta) le basi che erano prima racchiuse all’interno
delle eliche, ora sono libere di assorbire energia. Il livello di assorbimento di energia è detto
EFFETTO IPERCROMICO.

DENATURAZIONE: distruzione della doppia elica e rottura dei legami a H, ma non implica la rottura
dei legami fosfodiesterici. Le due catene si separano ma mantengono la loro integrità. La porzione
che denatura più facilmente è quella più ricca di A-T, perché sono legate solo da 2 legami a H.

La reversibilità del processo dipende dalla velocità con cui avviene, a seguito dell’innalzamento di
temperatura, il raffreddamento.
• Più sarà lento, maggiore probabilità ci sarà di riappaiare le basi in modo corretto;
• Se è un raffreddamento rapido e brusco, non favorisco la rinaturazione;

Gli agenti denaturanti sono:


• Calore
• Radiazioni
• Ionizzanti
• Valori estremi di pH

Riprendendo le curve di assorbimento della luce a 260 nm, in base alla temperatura, ricaviamo un
grafico:

Si crea una curva dipendente dalla temperatura. L’effetto inverso (raffreddamento) descrive
EFFETTO IPOCROMICO.
Per la denaturazione posso definire una Tm (temperatura alla quale il 50% di molecole di DNA in
una soluzione si presenta denaturata, l’altra invece ancora chiusa). Può anche essere definita
temperatura di fusione, che varia da molecola a molecola, ed è dipendente dalle basi azotate.
Un’altra definizione importante riguarda la grandezza di un genoma (contenuto di DNA presente
in una cellula).
Confrontando specie diverse, si deve fare riferimento al genoma aploide di quella specie. Nella
specie umana abbiamo 46 cromosomi, definiti anche come 23 coppie di cromosomi omologhi,
ogni cellula è diploide ad eccezione di cellule come gli spermatozoi e la cellula uovo, che hanno
solo 23 cromosomi.
Questo è dovuto al fatto che con la fecondazione della cellula uovo da parte dello spermatozoo
avremo: 23+23=46 cromosomi, tipici della specie umana.
Per confrontare i genomi, bisogna costruire le curve di C0t.

Vediamo come il DNA di varie specie si va a rinaturare in funzione al tempo. Le curve sono molto
simili tra di loro. Il discorso cambia esaminando la curva di C0t di un DNA eucariotico.
Non è una curva sigmoide. Nell’ambito di questo genoma ci sono regioni che possono rinaturare
in funzione del tempo con una velocità diversa, in particolare vi sono frazioni all’interno del
genoma eucariotico che sono:
• ripetute migliaia di volte (rinaturano con più velocità);
• moderatamente ripetute;
• poco ripetute (rinaturano con più lentezza);

Quanto più complesso è un organismo, minore è la possibilità che possa andare incontro a
trascrizione e traduzione.
Il genoma umano è particolarmente grande, confrontandolo in ordine di paia di basi con altri
genomi di altri organismi:
RNA
Alcune differenze importanti tra DNA ed RNA sono già state elencate.
Pur essendo a singolo filamento, è in grado di creare dei super avvolgimenti, come fanno le
proteine.

TRASCRITTOMA: contenuto di RNA presente in una cellula.

La percentuale di RNA codificante, rispetto al totale, è molto bassa (4%). Inoltre negli eucarioti non
si forma immediatamente, ma abbiamo prima un pre mRNA che deve subire delle modifiche e
rientrare in un quadro di maturazione dell’RNA. Il DNA non codificante comunque ha un ruolo
fondamentale come ad esempio:

• sRNA (small nuclear RNA)


• snoRNA (small nucleolar RNA)
L’RNA messaggero, rispetto agli altri che sono più stabili, ha una vita molto breve e quindi un
turnover molto rapido.
L’RNA si ripiega tridimensionalmente formando strutture secondarie e terziarie ma le interazioni
che le stabiliscono sono legame a H.
Le interazioni presenti nella struttura terziaria sono solitamente più deboli della struttura
secondaria.

Anche l’RNA ha un suo folding che ha come obiettivo la stabilità della molecola e in condizioni
stabili questo RNA si può considerare funzionalmente attivo.

L’RNA in effetti riesce anche a creare delle porzioni a doppia elica. SI creano delle regioni
particolari nell’atto del ripiegamento.
Nelle regioni stem la doppia elica assomiglia alla conformazione A del DNA e danno un contributo
negativo all’energia libera della molecola (la stabilizzano); diverso è per le regioni a singolo
filamento che sono destabilizzanti.
Nei tratti stem si formano appaiamenti non previsti da Watson e Crick, possono formarsi degli
appaiamenti non canonici come guanina-uracile, stabile tanto quanto un appaiamento canonico.

Dal momento che anche nel caso dell’RNA si può parlare di folding, si possono individuare anche
degli chaperoni, cioè proteine che controllano il processo.
Lezione 6 - biologia applicata 15/04/2021

Struttura secondaria RNA


Esistono diversi livelli strutturali per l’RNA infatti c’è la possibilità che
esso si ripieghi creando delle sovrastrutture, quindi l’idea storica per cui
l’RNA è a singolo filamento e che per questo si differenzia dal DNA è
stata più che superata visto che la molecola di RNA si ripiega creando
delle interazioni intramolecola tant’è vero che nell’ambito delle strutture
secondarie degli RNA possiamo individuare degli elementi che sono
stabilizzanti nella macromolecola.
Abbiamo fatto una differenza tra stem e loop di vario tipo sottolineando il
fatto che gli stem sono i veri e propri elementi stabilizzanti perchè sono
dei tratti in cui l’RNA forma una doppia elica e questa doppia elica è
quasi di conformazione A (nell’ambito del DNA esistono 3 tipi di
conformazioni: A, B, Z).
Quindi gli stem sono regioni a doppio filamento e sono stabilizzanti
rispetto alle regioni che compaiono a singolo filamento.
Nel momento in cui si creano degli appaiamenti, cioè si vengono a
creare delle interazioni intramolecola gli appaiamenti li immaginiamo
come quelli per la doppia elica del DNA es: citosina si appaia con la
guanina e adenina con la timina ( questi vengono chiamati appaiamenti
canonici) ma si possono verificare anche degli appaiamenti non
canonici che quindi non rispettano le regole di Watson- Crick come ad
esempio l’appaiamento GU che è molto frequente ed altrettanto stabile.
Questo per dire che la guanina pur rimanendo una purina può prendere
il posto dell’adenina ed appaiarsi all’uracile, resta un appaiamento non
canonico che però possiamo ritrovare nel momento in cui si vengono a
creare delle doppie eliche di RNA.

Ci sono 2 amminoacidi, pirrolisina e selenocisteina, che non sono stati


individuati insieme ai tanti altri questo semplicemente perché a
determinarli ci sono dei codoni di stop, in modo particolare la
selenocisteina è determinata dal codone UGA che normalmente
funziona come codone di stop mentre la pirrolisina dal codone UAG che
anch’esso funziona come codone di stop.
Però si può verificare che nell’ambito dell’RNA messaggero si venga a
creare una vera e propria struttura a forcina che prende il nome di
SECIS che è determinante per la sintesi di selenocisteina infatti il
termine SECIS sta per seleno-cysteine- insertion sequence e la troviamo
a valle di quello che è un codone UGA, viene interpretato in maniera
diversa cioè viene riconosciuto non più come codone di stop ma come
un codone per la selenocisteina.
A valle dell’UAG per la pirrolisina troviamo una simile struttura di tipo
PYLIS che è sempre una struttura a forcina come se fosse un
ripiegamento particolare che l’RNA fa per “segnalare” al sistema di
sintesi proteica che quei codoni non devono essere più interpretati come
codoni di stop ma come dei codoni specifici per alcuni amminoacidi.

Nell’ambito delle strutture secondarie che gli RNA possono formare sono
anche molto frequenti le strutture che vengono chiamate palindromi.
I palindromi sono elementi di grossa variabilità e plasticità per gli acidi
nucleici e vengono considerate delle sequenze ripetute e invertite,
ovvero sequenze che possiamo leggere da sinistra verso destra o da
destra verso sinistra in modo tale che la lettura rimanga la stessa.
Per capire il significato di un palindromo si prendono in considerazione
esempi come ETNA GIGANTE oppure I TRENI INERTI per cui se leggo
da sinistra verso destra o vicerva leggo sempre etna gigante, questo per
dire che la sequenza la posso leggere in entrambi i versi.
Il palindromo vedremo che è un elemento strutturale dell’RNA che poi
tornerà utile nel momento in cui parliamo di traduzione o di stabilità.
L’RNA può anche formare, come lo stesso DNA, oltre ai palindromi delle
strutture che si definiscono cruciformi e derivano sempre da ripiegamenti
che la macromolecola fa creando una struttura a forma di croce con una
interazione intracatena.

Anche per l’RNA è possibile parlare di folding, un po’ similmente come


già è stato fatto per le proteine.
Il folding dell’RNA viene controllato da chaperoni molecolari sebbene per
gli RNA ribosomiali vedremo che c’è un meccanismo di cattura
conformazionale per cui le proteine ribosomiali catturano questi RNA e
ne inducono un ripiegamento al fine di strutturare al meglio quelle che
sono le subunità minori e maggiore dei ribosomi.
Altri ripiegamenti che troviamo di frequente negli acidi nucleici e nella
fattispecie nell’RNA è un ripiegamento a forcina, anche in questo caso
c’è un tratto della macromolecola che è stabilizzato da interazioni
intramolecolari.

Il tratto UGCAG lo posso chiamare loop esterno.

Sia il DNA che l’RNA soprattutto nei tratti ricchi in G possono addirittura
formare delle eliche quadruple, questa struttura è stata vista e studiata
qualche anno fa tramite dei software tridimensionali infatti si parla di
G-quadruplex cioè una quadrupla elica stabilizzata da una molteplicità
di guanine. Oltre a queste guanine la caratteristica della G-quadruplex è
il fatto che molto spesso ci sono al centro della quadrupla elica dei
cationi monovalenti, ad esempio il potassio, e quindi tutti i fosfati
sporgendo verso il potassio trovano la stabilità mediante un’interazione
elettrostatica.
Questi G-quadruplex si trovano molto spesso a livello dei promotori,
telomeri (estremità terminali dei cromosomi), ecc..
Avendo parlato delle macromolecole biologiche sappiamo come sono
fatti i carboidrati, lipidi, proteine e acidi nucleici.
A questo punto bisogna capire semplicemente come utilizzare al meglio
queste macromolecole, ripiegarle e farle interagire in modo da far uscire
fuori delle strutture biologiche.
Su questa base molecolare che abbiamo costruito con il nostro
programma ora andiamo ad aggiungere un tassello di informazione
cercando di capire come, in particolare, acidi nucleici e proteine riescono
ad organizzarsi per far venir fuori dei virus, batteri oppure come gli acidi
nucleici si strutturano nell’ambito di una cellula eucariotica.
Tutto questo prima di addentrarci in quello che è il flusso
dell’informazione e quindi il cambiamento da DNA ad RNA mediante
trascrizione e da RNA a proteine mediante sintesi proteica.
VIRUS
I virus possono essere definiti organizzazioni acellulari perché nella
realtà dei fatti il virus non può essere considerato una cellula sebbene
abbia macromolecole di tipo acido nucleico e proteine.

Perché non posso parlare di una cellula?


Non posso parlare di una cellula perché queste strutture proteiche non
hanno un’attività autonoma nell’accrescimento e nella riproduzione, per
questo si definiscono parassiti obbligati cioè in maniera forzata questi
virus possono vivere soltanto a spese di altre cellule.
Quindi necessariamente per moltiplicarsi vanno ad infettare una
determinata cellula ospite o bersaglio ed utilizzano tutto il macchinario di
biosintesi che la cellula ha a sua disposizione per poter replicare e
produrre tante particelle virali.

Com’è composto un virus?


In generale i virus hanno:
1. Acido nucleico (core) che può essere un DNA o RNA
2. Rivestimento di natura proteico che si chiama capside
3. Membrana esterna che riveste il capside e che si chiama envelope
o pericapside.

Come si possono classificare in base alla cellula che vanno ad infettare?


Prima di tutto la cellula che vanno ad infettare viene riconosciuta in
maniera specifica questo è il motivo per cui parliamo di tropismo virale
cioè il virus può infettare in maniera ben specifica solo alcuni tipi di
cellule perché come vedremo utilizza delle proteine di attacco per
interagire soltanto con quella cellula bersaglio.
Quindi a seconda del target cellulare si chiamano:
- virus animali se infettano cellule eucariotiche di tipo animale
- virus vegetali se infettano cellule eucariotiche di tipo vegetale
- fagi o batteriofagi se infettano dei batteri ovvero cellule
procariotiche

Oltre alla classificazione in base al tipo di cellule che infettano possiamo


anche classificarli in base al tipo di genoma di cui sono provvisti perché
possono essere provvisti di un genoma a DNA o RNA, a loro volta nei
virus eucariotici questi genomi possono essere double-stranded cioè a
doppio filamento oppure possono essere single-stranded, avere ad
esempio un DNA a singola elica, filamento.
Questi genomi possono anche essere circolari o lineari.

Il fatto che ci sia un'enorme variabilità nel tipo di genoma virale


automaticamente c’è un’enorme variabilità nel tipo di proteine che questi
virus possono fare e con questo ci si può allacciare alla difficoltà di
strutturare dei vaccini perché bisogna in qualche modo individuare le
proteine determinanti per le fasi di attacco del virus su una determinata
cellula ospite e spesso i virus possono creare delle mutazioni spontanee
mettendo in discussione l’efficacia del vaccino prodotto.

Come va a strutturarsi questo tipo di genoma?


Le dimensioni di questi genomi sono estremamente piccole basta
pensare che nella famiglia dei batteriofagi (virus che infettano i batteri) il
T4 è quello più complesso perché ha un DNA a doppio filamento e
riesce a presentare nel suo genoma 200 geni; ci sono anche virus che
hanno soltanto 4 geni nel loro genoma e quindi di particelle davvero
piccolissime.
Stessa cosa anche per i virus animali che hanno un numero ridotto di
geni.
Questo numero di geni è estremamente ridotto rispetto agli altri
organismi e ciò spiega anche perché il virus per come è strutturato ha
bisogno di un supporto per potersi replicare perché da solo
effettivamente con un genoma così semplice non riesce a fare granchè.
Nonostante tutto esistono, sebbene nell’estrema semplicità di questi
genomi, delle modalità di ripiegamento e di impacchettamento di questi
genomi che sorprendono sostanzialmente perché ci aspettiamo questi
ripiegamenti, folding di cromatina, per le cellule eucariotiche ma nella
realtà dei fatti anche i virus riescono a ripiegare, per fare entrare
all’interno del capside, il genoma.
Quindi quello che possiamo osservare è che nel caso in cui il genoma
sia un DNA lineare c’è comunque una fase di impacchettamento e quasi
sempre questo impacchettamento porta alla chiusura del genoma che
quindi può diventare circolare oppure lo stesso genoma circolare può
presentare delle torsioni e si parla di stress torsionale ad opera di enzimi
che chiamiamo girasi che utilizzando l’energia di idrolisi dell’ATP
ripiegano questo DNA circolare.
Il genoma circolare può ripiegarsi su se stesso creando delle torsioni e
per districare queste torsioni spesso intervengono degli enzimi che si
chiamano topoisomerasi che devono “tagliare” i punti in cui si vengono a
generare dei superavvolgimenti che chiamiamo topoisomeri.
Questi genomi nella loro semplicità presentano comunque dei
ripiegamenti, dei folding sia che essi siano dei genomi a DNA lineari che
genomi a DNA circolari, in entrambi i casi si crea uno stress torsionale
ATP dipendente e poi c’è l’intervento di topoisomerasi.

Come fa un genoma tanto semplice che presenta pochi geni a dar luogo
alla variabilità?
Spesso anche nell’ambito della stessa famiglia i virus presentano delle
differenze strutturali che sono legate a loro volta a delle differenze nel
genoma.
Il genoma virale riesce a creare delle forme complesse di
compattamento dell’informazione genetica come se il virus adottasse
delle strategie per superare queste difficoltà strutturali legate al genoma.
Molto spesso nel genoma virale sono presenti dei geni sovrapposti
ovvero dei geni che condividono in parte delle sequenze anziché però
essere un gene unico, questi geni hanno pochi nucleotidi di differenza e
per questo riescono ad avere un significato diverso ai fini di una proteina
tant’è vero si dice che sfruttano delle cornici di lettura aperte alternative
(ORF) così che da geni molto vicini e distanziati per pochi nucleotidi
riusciamo a formare proteine diverse; questa è la prima strategia.

Un’altra strategia è lo splicing alternativo e ci riferiamo ad un


meccanismo secondo il quale possiamo alternativamente togliere degli
introni e ricucire esoni diversi, anche questa è una strategia per cui da
un unico filamento di RNA si possono formare più proteine diverse
perché sottopongo quest’unico filamento di RNA a processi di
maturazione alternativi. (lo splicing di base significa eliminazione di un
introne e ricucitura degli esoni).

Quando si parla di geni sovrapposti ci si riferisce al DNA, quindi vuol dire


che ho dei tratti di DNA che condividono delle sequenza nucleotidiche e
che si diversificano per pochi nucleotidi, questi possono andare incontro
a trascrizione e traduzione formando proteine alternative.
Nel caso dello splicing alternativo vuol dire che se per esempio un virus
ha come genoma dell’RNA questo RNA può subire dei processi di
maturazione alternative per cui da un unico RNA messaggero, posso
formare tantissime proteine diverse.

La maggior parte dei virus è ad RNA, presentano come genoma l’RNA.


Per replicare utilizza come enzima RNA-polimerasi RNA dipendente,
ovvero un enzima che sintetizza (polimerasi) RNA utilizzando come
stampo l’RNA.
Solitamente invece l’enzima che lavora nelle cellule eucariotiche è un
RNA-polimerasi DNA dipendente perché è un enzima che riesce a
sintetizzare l’RNA trascrivendo il DNA come stampo.
Il virus invece utilizza un enzima diverso che non ha la capacità di
correggere le bozze, cioè fa sintesi dell’RNA però non va a rivedere
quello che ha sintetizzato ed eventualmente seppure commette un
errore non sa controllarlo quindi automaticamente se nel corso della
replicazione fa degli errori di appaiamento questi errori permangono e
sono motivi anch’essi di un enorme variabilità.
Questi errori causano un forte tasso di mutazione.

BATTERIOFAGI
La struttura tipica di un batteriofago:
- testa di forma icosaedrica che contiene il core del DNA
- colletto
- guaina che ha un'attività contrattile, si deve contrarre perché
evidentemente nella fase di infezione contraendosi rilascia
all’interno della cellula ospite il genoma virale
- piastra basale è la parte terminante della coda ed è proprio da
questa piastra che partono fibre contenenti proteine di attacco ai
recettori batterici. Queste proteine fanno avvenire l’interazione tra
il virus e la cellula ospite.
Le proteine di attacco garantiscono la specificità dell’interazione
con la cellula ospite e quindi la gamma degli ospiti ( di cellule che
possono essere infettate da quel virus) è limitata perché
condizionata da queste proteine e dalla possibilità di poterle
riconoscere.

Nell’ambito dell’infezione virale ci sono delle tappe che possiamo


considerare tappe comuni anche se poi un virus può dare vita ad
un ciclo litico o lisogenico.
In prima battuta un virus per poter infettare una cellula ospite deve
essere riconosciuto e questo riconoscimento avviene proprio
grazie alle proteine di attacco presenti sulla piastra basale e sulle
fibre; dopo di che il virus penetra o l’intera particella virale oppure
penetra soltanto il suo acido nucleico; deve poi iniziare a
moltiplicarsi all’interno della cellula ospite e questo lo fa utilizzando
l’apparato enzimatico di questa cellula ospite perché non è capace
di farlo in autonomia, ecco perché è stato definito un parassita
obbligato.
Nel periodo in cui moltiplica il proprio genoma viene chiamato
eclisse, dopo di che va ad assemblare sempre all’interno della
cellula ospite tante particelle virali per poi farle fuoriuscire nella
fase di rilascio da questa cellula così che a partire da una singola
cellula infettata le numerosissime particelle virali che vengono
rilasciate all’esterno possono infettare tante altre cellule.

Quindi ricapitolando le tappe dell’infezione virale sono:


- riconoscimento
- penetrazione
- moltiplicazione= eclisse
- assemblaggio
- rilascio
INFEZIONE DA BATTERIOFAGI

A seconda del tipo di ciclo innescato dal virus si può parlare, nell’ambito
dei batteriofagi, di:
- Batteriofagi virulenti se innescano un ciclo litico che si conclude
con la distruzione totale del batterio infettato
- Batteriofagi temperati se innescano un ciclo lisogenico basato
su una pacifica convivenza tra virus e batterio e che quindi non
determina la lisi del batterio a meno che non c’è un qualche evento
scatenante che trasforma questo ciclo lisogenico in ciclo litico

Ora bisogna capire come queste tappe avvengono a seconda se il ciclo


sia litico o lisogenico.
A prescindere dal ciclo che poi si differenzierà nella fase di
moltiplicazione, le fasi iniziali sono comuni sia nel ciclo litico che in
quello lisogenico ovvero:
- attacco
- penetrazione

Indipendentemente dal ciclo che il batteriofago andrà ad innescare, il


batteriofago comunque si deve attaccare sulla cellula ospite, batterica, e
lo fa servendosi delle sue proteine di attacco.
Dopo di che c’è la fase di penetrazione, il virus per penetrare nella
cellula batterica si serve di un enzima, lisozima, che si trova
solitamente nella piastra basale che rompe meccanicamente la parete
del batterio e contraendo poi la guaina inietta il genoma all’interno del
batterio.
Tutto ciò che è rivestimento del genoma, capside, rimane all’esterno non
entra nella cellula infettata.
A questo punto una volta che il genoma è entrato nella cellula batterica
deve replicare ed è qui che nella replicazione ci sono modalità diverse a
seconda del ciclo litico o lisogenico.
Tipico ciclo litico di un fago o batteriofago virulento:

Immaginiamo che un fago stia infettando un batterio tipo Escherichia coli


e che abbia quindi iniettato all’interno della cellula ospite il cromosoma
fagico.
Nella realtà dei fatti questo DNA virale rimane staccato dal cromosoma
batterico, questo cromosoma fagico sta inducendo la rottura, attraverso
alcuni enzimi, il cromosoma batterico.
A questo punto sfrutta tutto il macchinario di biosintesi della cellula
ospite per poter replicare, fare tante copie del suo cromosoma.
Sintetizza tante copie del suo cromosoma a spese del batterio e a
questo punto poi va a creare,mediante espressioni di geni, tutti quelli
che sono i componenti strutturali del fago questo perché deve
ricostituire, assemblare le particelle fagiche. Una volta che queste
particelle sono diventate troppe si scatena la lisi del batterio con la
fuoriuscita di queste particelle virali.
Nella fase di moltiplicazione, o eclisse, vengono espressi subito dei geni
che vengono chiamati precoci (espressi subito dopo l’ingresso del
genoma virale) e servono a codificare per delle nucleasi.
Le nucleasi sono degli enzimi che degradano il DNA e sono gli enzimi
responsabili di rompere il cromosoma batterico.
Più tardi vengono utilizzati dei geni tardivi che codificano per proteine
strutturali del fago, sono geni che vengono poi trascritti e tradotti per fare
le proteine del capside e per assemblarlo.
Altri geni tardivi sono quelli che codificano per enzimi che causeranno la
lisi stessa del batterio, quindi nel periodo di eclisse notiamo un
espressione prima di geni precoci e poi tardivi.
Nel momento in cui le particelle strutturali del fago si sono organizzate
evidentemente queste particelle devono assemblarsi intorno al
cromosoma fagico che è stato replicato e invece questa fase che si
chiama assemblaggio o maturazione abbiamo che tutte le proteine
capsidiche sintetizzate si assemblano e il DNA viene impacchettato
all’interno della testa.
Che sia un genoma lineare o circolare questo DNA viene sottoposto a
delle torsioni utilizzando l’energia dell’ATP in modo da incastrare questo
genoma all’interno di questo rivestimento che chiamiamo capside.

A questo punto bisogna far uscire queste particelle virali e il rilascio


avviene per mezzo di un lisozima virale che romperà la membrana del
batterio per far fuoriuscire le numerose particelle virali neo-formate
ovviamente con la rottura della membrana e la fuoriuscita di queste
particelle il batterio è morto.
Il ciclo litico è un ciclo che causa la lisi, rottura del batterio.

Il ciclo lisogenico, invece, viene messo in atto da fagi o batteriofagi che


chiamiamo temperati (esempio: quelli della famiglia lambda).
La cosa più immediata che possiamo notare in questa infezione è che
anche in questo caso per contrazione della guaina entra il genoma virale
nella cellula ospite ma questo genoma anziché rimanere separato, come
succede nel caso del ciclo litico, va ad integrarsi con il cromosoma
batterico.
Quindi il cromosoma batterico rimane intatto non va incontro ad una
rottura anzi tutt'al più subisce una ricombinazione per cui integra al suo
interno il genoma virale e si costituisce un nuovo DNA che chiamiamo
profago.
A questo punto si crea una vera e propria convivenza, nel senso che a
mano a mano che questo cromosoma batterico replica sta replicando in
maniera automatica anche il genoma virale, quindi si è creata una
convivenza pacifica tra le due unità biologiche (virus e il batterio) per cui
se questo batterio si divide nelle due cellule figlie per la scissione
ciascuna di queste due cellule nuove esibirà all’interno del suo
cromosoma una parte del genoma che è quello virale.
Rispetto alla cellula batterica di partenza, le cellule figlie sono nuove e
hanno delle proprietà nuove perché hanno integrato all’interno del loro
cromosoma anche il DNA virale.

Un meccanismo di ricombinazione genica è quello responsabile


dell’integrazione del genoma fagico con quello batterico, il DNA del fago
inserito prende il nome di profago (nome per indicare un genoma che si
è differenziato perché non è più autonomo ma si è integrato all’interno
del cromosoma batterico).

I batteri ospiti sono detti lisogeni e riescono a replicare portando al loro


interno e nelle cellule figlie il cromosoma che possiamo considerare
cromosoma virale, ovviamente questa convivenza può essere protratta
nel tempo.

E’ possibile che un ciclo lisogenico si trasformi in ciclo litico?

Può verificarsi occasionalmente ma di solito ci deve essere un qualche


evento, esempio irradiazione da ultravioletti o agenti chimici che
possono innescare un distacco del genoma fagico da un cromosoma
batterico.
In modo particolare questo evento può determinare la produzione di
proteasi che degradano le proteine di repressione così che i geni del
fago vengano espressi, il genoma fagico possa essere liberato da quello
batterico e che possa poi iniziare un ciclo litico.
E’ come se per un certo periodo il fago fosse “dormiente” integrandosi
semplicemente nel cromosoma batterico, questo evento scatenante fa
venire il distacco e quindi automaticamente questo cromosoma fagico
distaccato innesca un ciclo litico.
Quindi riguardando questo schema possiamo immaginare che un
batteriofago possa innescare un ciclo litico con il genoma virale che è
separato da quello batterico innescando tutta la via per cui alla fine le
numerose particelle virali che si sono prodotte causano la morte del
batterio.
A destra, sempre della stessa immagine, è presente un ciclo lisogenico
per cui il cromosoma o genoma virale si va ad integrare all’interno del
cromosoma batterico per cui ad ogni ciclo replicativo questo cromosoma
fagico viene in qualche modo perpetuato nelle varie generazioni finché
ad un certo punto si può scatenare un evento per cui questo profago si
stacca è può diventare anche autonomo e fare innescare un ciclo litico.

Nel momento in cui il DNA del fago si stacca dal cromosoma batterico, si
può verificare sempre in maniera casuale, porta con sé dei tratti di
questo cromosoma batterico.
Quando questo fago va ad infettare un’altra cellula ospite porta in questa
cellula ospite dei tratti del cromosoma batterico che aveva infettato
precedentemente, questo meccanismo prende il nome di trasduzione.
E’ un fenomeno per cui il virus fa in qualche modo da vettore, riesce a
trasferire informazione da un batterio ad un altro perché in maniera
spontanea e casuale con il distacco del suo genoma dal cromosoma
batterico si è portato dietro dei frammenti di DNA batterico e li sta
andando a trasferire in un’altra cellula batterica.
Vedremo poi come la trasduzione può essere generalizzata o
specializzata.
Questo fenomeno però consiste di trasferire un'informazione genetica da
un batterio all’altro via virus.

Con il discorso della trasduzione abbiamo completato il meccanismo di


replicazione dei batteriofagi o chiamati anche virus batterici.

Vediamo invece come fa a replicare un virus eucariotico cioè un virus


che infetta una tipica cellula eucariotica che ha un DNA racchiuso in un
nucleo mentre nel caso del batteriofago il cromosoma della cellula ospite
non è presente nel nucleo ed è più facile che il cromosoma fagico riesca
poi ad attaccare il cromosoma batterico.

Nel caso del ciclo replicativo di un virus eucariotico c’è bisogno di


qualche tappa in più.
In prima battuta vale sempre il discorso delle fasi iniziali che anche in
questo caso sono mantenute.
Fase iniziale è quella di attacco per cui questo virus che presenta
determinate proteine trova dei recettori specifici sulla cellula ospite che
deve andare ad infettare.

Come fa ad entrare il virus all’interno della cellula ospite?


La penetrazione del virus può avvenire per:
- fusione: la membrana plasmatica si fonde con il capside del virus
e lo fa in maniera indipendente dal pH
- endocitosi mediata da recettore: il processo è pH dipendente
perché il virus entra inglobato in una vescicola rivestita da clatrina,
proteina che riveste la membrana nella parte citoplasmatica, e che
va ad inglobare questa sostanza per distacco di membrana in una
vescicola. All'interno di questa vescicola che chiamiamo
endosoma il pH acido va a staccare il rivestimento virale (cioè il
capside) dal genoma.
Il genoma virale che si è denudato del rivestimento e si chiama
uncoating viene riportato verso il nucleo.
Con questi due processi entra tutto il virus nella cellula, questo
virus si spoglia del capside che viene degradato e il DNA virale
non può rimanere nel citoplasma ma viene veicolato verso il
nucleo dove c’è anche il genoma della cellula ospite.
A questo punto anche il DNA virale viene trascritto, quindi si forma
sia l’RNA messaggero della cellula ospite che l’RNA messaggero
del virus che utilizzerà i ribosomi della cellula ospite per poter
sintetizzare proteine.
Queste proteine vengono anche in parte veicolate verso la
membrana plasmatica ma allo stesso tempo questo RNA
messaggero deve riassemblarsi e creare nuovamente il capside
intorno alla particella virale che si assembla e fuoriesce poi in
forma alterata per un meccanismo quasi di esocitosi.
Questo meccanismo di rilascio della particella virale prende il
nome di gemmazione perché la membrana plasmatica si
estroflette, forma una protuberanza che prende il nome di
budding che consente poi il distacco della nuova particella virale.
Nell’ambito delle endocitosi si distinguono:
- Fagocitosi: ingresso di grandi particelle spesso anche dei batteri
- Pinocitosi: consente di assimilare delle molecole di soluto veicolate
da un liquido
- Endocitosi mediata da recettore: invaginazione della membrana
per far entrare qualche sostanza però mentre fago-pinocitosi sono
meccanismi generici e aspecifici, perché ciò che entra non è
mediato da un interazione, nel caso dell’endocitosi la sostanza
deve essere riconosciuta prima attraverso specifici recettori.

A prescindere dai cicli litici o lisogenici, quindi dalle modalità di infezione,


dobbiamo ancora soffermarci sulle caratteristiche dei genomi virali per
capire come il virus, malgrado la semplicità del suo genoma possa in
qualche modo presentare una complessità strutturale.
Le possibilità di organizzare il proprio genoma sono tante perché i virus
possono essere a DNA, RNA, circolari o lineari, a singolo o doppio
filamento.
Altra caratteristica di questi genomi è il fatto che posso essere di tipo
segmentato (questo succede soprattutto per alcuni batteriofagi ad RNA),
ciò vuol dire che i geni di quel virus sono presenti su frammenti di
molecole di RNA, quindi è come se ci fosse la presenza di più molecole
di RNA all’interno di quei fago.
Questa complessità strutturale è molto spesso determinata dal fatto che
tanti genomi virali si presentano come dei geni sovrapposti.

I geni sovrapposti condividono la sequenza nucleotidica.


Il gene B (codifica per una determinata proteina) condivide parzialmente
la sequenza del gene A. Il gene B è sovrapposto ad A e ha delle cornici
di lettura diverse, quindi pur condividendo la stessa sequenza i trascritti
che sono ottenuti sono diversi e saranno automaticamente tradotti in
proteine diverse.
La gamma di variabilità dei genomi virali interessa anche i virus
eucariotici anche per questo il genoma può essere a DNA ed RNA, a
singolo o doppio filamento, lineare o circolare, segmentato e non.
Le strutture del genoma sono molteplici.
Altra caratteristica dei virus di cui dobbiamo tener conto è che siano ad
RNA.
La maggior parte di questi virus sono ad RNA.

Come si comportano i virus ad RNA all’interno della cellula che


infettano ?
Ciò dipende molto dal tipo di RNA, dal fatto che il loro genoma possa
essere costituito da RNA a doppio filamento oppure da RNA a singolo
filamento.

1) I virus dotati di un genoma di RNA bicatenario (con 2 filamenti


“double stranded” ) sono anche detti frammentati perché la doppia
elica di RNA è frammentata in tante molecole ma nel momento in
cui questo virus sta infettando una determinata cellula ospite
succede che uno dei due filamenti, che chiamiamo filamento meno
(-), è quello che viene trascritto; cioè questo filamento viene
utilizzato dalla trascrittasi virale per formare un messaggero.
Quindi la doppia elica tende ad aprirsi e soltanto uno dei 2
filamenti che definiamo filamento - è utilizzato per la trascrizione.
Tutto il ciclo di replicazione si svolge all’interno del citoplasma
della cellula infettata.

2) I virus a singolo filamento di RNA può avere due diverse polarità:


- positiva: se il filamento ha la stessa polarità dell’RNA
messaggero e questo vuol dire che nel momento in cui entra
nella cellula ospite questo genoma viene immediatamente
utilizzato, la trascrizione di questo genoma non è più
necessaria perché viene già visto questo genoma come se
fosse un messaggero quindi non ha delle trascrittasi virali
che servono per fare la trascrizione ma viene
immediatamente tradotto all’interno del citoplasma.
Questo genoma si comporta direttamente come RNA
messaggero, presenta all’estremità 5’ una lunga regione che
può assumere forme ansa- stelo con cui si lega al ribosoma.
Questi virus, soprattutto della famiglia dei Poliovirus,
producono un’unica grande proteina che chiamiamo
poliproteina che all’interno presenta varie proteine
intrinseche, è quindi una grossa proteina che può essere
tagliata in tante proteine finali. Queste proteine finali sono
quelle che entreranno poi nel capside, altre sono delle
RNA-polimerasi che fanno avvenire la sintesi di altro genoma
virali (enzimi responsabili di replicare le particelle virali).
Il single stranded + viene immediatamente tradotto e non ha
bisogno di essere trascritto.
- negativa: detto anche antisenso, questo genoma ha bisogno
di essere trascritto perché non ha la stessa polarità di un
messaggero quindi in questo caso c’è bisogno di una
trascrittasi virale che fa avvenire la trascrizione e poi la
traduzione. Il virus ha bisogno sostanzialmente di
RNA-polimerasi RNA dipendente, cioè di un enzima che
riesca a sintetizzare tanto RNA a partire da ancora RNA,
utilizza quindi un genoma che ha una polarità negativa per
fare un messaggero che ha poi polarità positiva.
Questo messaggero che viene poi sintetizzato sarà
ovviamente tradotto per fare tutte le proteine virali.
La differenza con quello positivo è che quello negativo deve
essere prima trascritto e poi tradotto.

Ciò che differenzia in particolare il virus che sia un batteriofago o un


virus eucariotico è la modalità di infezione quindi come va a replicare
nell’ambito delle cellule.
Caratteristiche strutturali del coronavirus
Partendo dall’esterno quella che preoccupa maggiormente è una
glicoproteina di membrana che si chiama SPIKE perché per forma
sembra uno “spuntone”.
In realtà questa glicoproteina spike non è unica, generalmente forma un
trimero perché va ad organizzarsi insieme ad altre 2 glicoproteine
adiacenti e questi trimeri vanno a rivestire l’intero envelope del virus per
formare una sorta di corona.
La differenza tra questo coronavirus e il virus della SARS precedente sta
nella glicoproteina Spike, tant’è vero che i vaccini vanno a “giostrare”
l’espressione di questa glicoproteina spike.
Questa è la proteina che consente al virus di attaccare in maniera
specifica determinate cellule bersaglio.
Le cellule bersaglio predilette dal virus sono le cellule epiteliali del tratto
respiratorio perché su queste cellule è presente il recettore ACE2
(angiotensin converting enzyme 2) che riconosce la proteina spike.
Le difficoltà legate a questa infezione sostanzialmente dipendono dal
fatto che nuove ricerche scientifiche mettono in evidenza che questo
virus si possa annidare in altri organi dell’organismo e che possa fare
danno a distanza di tempo perché questo recettore ACE2 è presente in
altri organi.
Il recettore ACE2 è presente ad esempio a livello testicolare, quindi se
l’infezione viene contratta in età pediatrica o adolescenziale ci
potrebbero essere dei risvolti in età adulta e potrebbe alterare la fertilità
dell’individuo, ma tutto ciò rappresenta ancora delle sperimentazioni ai
primordi.
Oltre alla glicoproteina spike che consente l’attacco del virus alla cellula
ospite, il virus ha tutta una serie di proteine di rivestimento:
- proteina di membrana
- emagglutinina-esterasi: è coinvolta nel rilascio del virus all’interno
della cellula ospite
- proteina E: aiuta la glicoproteina spike ad attaccarsi alla cellula
bersaglio

Per quanto riguarda il genoma del coronavirus è un genoma ad RNA a


singolo filamento a polarità positiva. L’RNA dà origine a 7 proteine virali
ed è associato alla proteina N che ne aumenta la stabilità.
CELLULA PROCARIOTICHE

Le cellule procariotiche non sono provviste di un nucleo, sono cellule


che hanno un genoma esclusivamente citoplasmatico presente nel
citoplasma, entrano in connessione con altre cellule quindi spesso fanno
dei ponti citoplasmatici, si riproducono per scissione binaria (da una
cellula madre di partenza si divide nelle 2 cellule figlie) e sono anch’essi
caratterizzate da numerose peculiarità perché ci sono procarioti immotili
e procarioti che invece riescono a muoversi visto che sono dotati di
prolungamenti che chiamiamo flagelli che sono polimeri di una proteina,
flagellina.
Il flagello è un unico filamento grande che prende contatti con la
membrana di rivestimento del batterio e si va ad incastrare all’interno
della struttura attraverso il corpo basale fatto da anelli proteici.
Oltre al flagello ci sono tante ciglia che sono delle estroflessioni più corte
e numerose che rivestono la membrana della cellula procariotica.
Per quanto riguarda il genoma lo possiamo definire nucleoide, lo
troviamo più o meno nella parte centrale della cellula e oltre al DNA
procariotico nucleoide spesso all’interno del batterio troviamo altre unità
di DNA che chiamiamo plasmidi.
Un’altra caratteristica della cellula procariotica è che non è dotata di
compartimentazione interna ciò vuol dire che in questa cellula non
possiamo riconoscere ed individuare degli organelli cosa che invece
caratterizza la cellula eucariotica che assegna a determinati organelli
delle determinate funzioni e quindi riesce a suddividere il proprio lavoro
in tanti comparti.
La cellula procariotica presenta semplicemente dei ribosomi in grado di
svolgere sintesi proteica e presenta delle introflessioni di membrana che
prendono il nome di mesosomi che sono coinvolti nella replicazione del
cromosoma batterico e nella sintesi di ATP, quindi anziché utilizzare dei
mitocondri per sintetizzare ATP i procarioti batterici utilizzano queste
introflessioni ed è lì che si vanno a posizionare gli enzimi responsabili
della sintesi di ATP.
La membrana plasmatica che riveste la cellula batterica a sua volta è
rivestita da una parete cellulare che però non è presente in tutti i batteri.
In alcuni casi oltre questa parete, che è una struttura rigida, è presente
una capsula di natura polisaccaridica.
I batteri hanno ulteriori rivestimenti al di là della membrana plasmatica
sempre c’è una parete e in alcuni casi c’è una capsula esterna.
Quindi nella cellula procariotica:
- assenza di nucleo
- DNA circolare (nucleoide) libero nel citoplasma
- Il nucleoide è connesso alla membrana soprattutto a livello dei
mesosomi.

Nel batterio Escherichia coli, il DNA di partenza ha un diametro che non


è riscontrato poi nella fase di maturazione. Se partiamo da un concetto
di dimensioni per cui un genoma batterico ha una determinata
circonferenza che può essere nell’ordine dei millimetri e si deve
incastrare in un batterio nell'ordine dei micron, nasce qui la necessità di
un ripiegamento ma più di un ripiegamento si parla di
superavvolgimento. Tutto ciò per indicare che partendo da una
macromolecola che se distesa è nell’ordine di millimetro per mettere
questo genoma in strutture cellulari che sono più piccola bisogna
ripiegare questo genoma e farlo attraverso l’intervento di enzimi.
Gli enzimi che svolgono questa attività sono delle DNA-girasi che
appunto dal termine si capisce che devono ripiegare il DNA e laddove si
crea uno stato di superavvolgimento devono intervenire delle
topoisomerasi che vanno coinvolte per far si che questo DNA venga
superavvolto.
Questo DNA viene compattato anche tramite l’intervento di proteine
istoniche (gli istoni sono formati da amminoacidi basici come ad esempio
lisina ed arginina).
La cellula procariotica

In generale sappiamo che le cellule


procariotiche :

▪ non stabiliscono connessioni con


cellule vicine ;
▪ sono di solito immotili , ma alcune
volte si muovono grazie al consenso
di alcuni flagelli chiamati polimeri
di flagellina ;

▪ la membrana plasmatica si
introflette all’interno. Le
introflessioni sono chiamate
mesosoma , qui sono localizzati gli
enzimi per la sintesi di ATP ;

▪ oltre al genoma batterico sono


presenti forme di DNA
extragenomico chiamate plasmidi ;

▪ i procarioti sono privi di una


compartimentalizzazione cellulare
poichè non sono presenti organuli a
livello della cellula;

▪ sono presenti ribosomi (non sono


organelli perché sprovvisti di
membrana) ;

Il DNA circolare che caratterizza i


procarioti (nucleoide) è libero nel
citosol anche se tende ad avere contatti
con i mesosomi . Nonostante la sua
semplicità può essere organizzato e
compattato al meglio :

1. Il DNA di partenza di una cellula


batterica è un DNA circolare , ma
data la circonferenza di questo, non
riusciamo a lasciarlo inalterato e ad
inserirlo in un batterio (es. E. Coli).
Abbiamo così la necessità di
compattarlo.
2. Ripieghiamo il DNA creando delle
anse poggiate su frammenti di RNA.
La struttura ottenuta è una fibra
cromatica di 2nm. Occorre però
riavvolgere queste anse attraverso
l’attività controllata di due enzimi ,
la DNA girasi e la topoisomerasi
di tipo 1 , passando così da 2 a
12nm.
3. Questo avvolgimento è mediato da
istoni ? Nella fibra di 12nm esistono
delle proteine di tipo istonico HLP .
La più abbondante di queste
proteine usate per
l’impacchettamento del DNA è la
proteina HU : strutturalmente si
allontana dagli istoni eucariotici ma
funzionalmente tende ad
organizzarsi in un tetrametro
( complesso con 4 unità intorno al
quale si avvolge il DNA).

Però all’interno di una cellula batterica


è possibile trovare delle molecole di
DNA circolare di dimensioni molto più
piccole che prendono il nome di
plasmidi . Questi sono in grado di
duplicare indipendentemente dal
genoma batterico (duplicazione
autonoma), e riescono a conferire
attraverso opportuni geni la resistenza
dagli antibiotici.

La riproduzione

Altro punto importante che riguarda


l’attività delle cellule procariotiche è la
riproduzione per scissione binaria. Però
possiamo parlare di forme diverse di
sessualità nei batteri , poiché ci sono
diversi meccanismi che fanno si che
due cellule batteriche possano entrare
in contatto e scambiarsi del materiale
genetico. Sono tre : trasformazione ,
coniugazione, trasduzione .

• TRASFORMAZIONE: una cellula di


partenza va incontro ad una lisi
rilasciando nell’ambiente
extracellulare il proprio genoma
denudato. Questo genoma può
entrare tramite stimoli in una
cellula ricevente integrandosi con il
cromosoma di quel batterio.
Trasmettendo l’informazione
genetica alla cellula ricevente il suo
corredo cambia andandola a
trasformare (rimescolamento
patrimonio genetico).

• CONIUGAZIONE: si verifica un
contatto fisico tra le due cellule
andando così a creare un
prolungamento citoplasmatico
attraverso il quale vengono
trasferite porzioni di DNA tramite
un nucleoide o un plasmide.

• TRASDUZIONE: il rapporto tra i


due batteri è mediato da un virus,
che andando ad infettare un
batterio diventa un batteriofago e
si allontana per infettare una nuova
cellula trasferendo il materiale
genetico della cellula di partenza.

In funzione del tipo di ciclo (litico o


lisogenico) che il virus ha messo in
atto, possiamo parlare di due tipi di
trasduzione:

⁃ Trasduzione generalizzata:
Avviene quando un ciclo litico sta
terminando. Viene definito
generalizzato perché la quantità che
entra all’interno del batteriofago va
in base alla sua grandezza e quindi
è tutto casuale.

⁃ Trasduzione specializzata: Avviene


quando è presente un ciclo
lisogenico. Specializzata perché i
frammenti che vengono attaccati
all’interno del batteriofago sono ben
precisi; il genoma virale sia inserito
nel cromosoma batterico a livello di
posti ben definiti. Quindi i
frammenti staccati andranno così in
punti specifici chiamati regioni di
omologia .

La cellula eucariotica
La cellula eucariotica presenta un
nucleo ed è ben organizzata a livello
compartimentale grazie alla presenza
di molteplici organelli. Come è fatto il
nucleo?
È composto da una carioteca, un
nucleoscheletro, e da un parte centrale
chiamata nucleoplasma che contiene la
cromatina. Una caratteristica della
carioteca è la presenza di due
membrane , una esterna e una
interna , che prendono contatto in
alcuni punti chiamati pori attraverso i
quali passa informazioni.
Come è strutturato il poro?

È localizzato sulla membrana. Presenta


un’organizzazione ottagonale poiché è
composto da 8 proteine globulari che
formano due anelli concentrici, uno
sulla membrana nucleare esterna,
l’altro su quella interna. Vicino questi
anelli sono presenti delle proteine di
ancoraggio che si incastrano nello
spazio perinucleare ; inoltre sono
presenti 8 fibre che partono dall’anello
e vanno verso il nucleo a formare una
struttura a cesto.
Il poro presenta al suo interno un
trasportatore che rappresenta il canale
attraverso il quale passano le
macromolecole. Il trasportatore,
all’interno, è occupato da particolari
proteine chiamate nucleoporine
(proteine del poro nucleare) , le quali
mediano un trasporto non specifico : le
sostanze che passano attraverso il poro
non sono selezionate in base alla loro
natura ma in base alla loro dimensione.

A livello della membrana plasmatica, ci


sono diversi meccanismi di trasporto:
diffusione passiva , facilitata e trasporto
attivo .
Ma quali sono le molecole che possono
attraversare i pori nucleari?
Dal nucleo fuoriescono gli RNA
(prodotti all’interno del nucleo per
trascrizione del DNA ), poiché la loro
attività è concentrata nel citoplasma.
Un altro tipo di macromolecole che
possono entrare e uscire dal nucleo
sono le proteine, poiché tutti gli enzimi
presenti all’interno del nucleo devono
essere trasferiti dal citoplasma ad esso.
Che tipo di proteine possiamo trovare
all’interno del nucleo ?

• gli istoni (che compattano la


cromatina);

• le ribonucleoproteine ;

• tutti gli enzimi coinvolti nel


processo di duplicazione del DNA ;

• le lamine (che formano la lamina


nucleare ) ;

• le nucleoporine .

Queste proteine per poter passare


attraverso il poro, seguono una
modalità di trasporto attivo poiché c’è
bisogno di energia per il trasferimento ;
viene utilizzata come fonte di energia il
GTP . Quindi l’ingresso di una proteina
nel nucleo avviene attraverso un ciclo
di importazione .
✓ le proteine entrano attraverso un
segnale NLS , una sequenza di
amminoacidi agganciati tra di loro .
Questo segnale viene riconosciuto
da una importina , la quale forma
un complesso che passa attraverso il
poro per poi entrare nel nucleo.

✓ quando la proteina CARGO entra


nel nucleo, interviene una proteina
Ran (in forma attiva o inattiva ) ,
quando Ran è legata al GTP si
presenta in forma attiva; viceversa,
quando è legata al GDP si presenta
in forma inattiva. In questo caso la
Rai attiva compete con l’importina e
prende così il posto della CARGO
venendo così rilasciata nel nucleo
mentre l’importina si aggancia a
Ran.

✓ Ran fuoriesce andando nel citosol


solo dopo che Ran per idrolisi del
GTP passa ad una forma inattiva,
così subisce una variazione
conformazionale che consente il
rilascio dell’ importina che fa partire
un nuovo ciclo.

Esiste però anche un ciclo di


esportazione .
✓ il materiale che fuoriesce dal
nucleo, presenta un tipo di segnale
NES definito monopartito perché la
sequenza è tutta compattata in un
blocco. La proteina CARGO viene
riconosciuta dall’esportina a cui poi
si aggancia Ran in forma attiva
legato al GTP .

✓ un complesso attraversa così il poro


nucleare e arriva al citosol. In
questo momento Ran idrolizza il
GTP in GDP + fosfato, passando
così ad una forma inattiva.

✓ il complesso viene rilasciato e


quindi la CARGO va a lavorare nel
citosol , mentre l’esportina rientra
all’interno del nucleo favorendo un
nuovo ciclo.

Esiste un ciclo di esportazione diverso


per gli acidi nucleici.
Per RNA transfer o ribosomi:
questo meccanismo è mediato da
esportino e RNA-GTP; entrambi creano
un complesso con il tRNA o l’unità
ribosomiale trasferendoli così
all’esterno.

Per mRNA:
L’esportazione avviene
indipendentemente da Ran; infatti
questi messaggeri sono associati a delle
proteine che formano un complesso
ribonucleoproteico che non richiede il
legame con Ran messaggero exporter.
Questo riconosce il tipo di messaggero
da spostare, arrivando nel lato
citoplasmatico. Il trasportatore si
dissocia dal messaggero grazie ad
RNAlicasi che a sua volta dissocia
l’RNA mediante idrolisi dell’ ATP .

A prescindere dai segnali che mediano


questi trasporti, questo complesso
cargo-proteina deve attraversare
l’interno del poro. Qui entrano in gioco
le nucleoporine che vanno a creare
delle maglie consentendo cosi il
passaggio del complesso. Ciò dipende
sempre dalla dimensione delle maglie ,
perché le nucleoporine sono formate da
sequenze ripetute di fenilalanina-
glicina ; queste sequenze creano dei
domini che fungono da spazzole. Nel
caso in cui queste sequenze vengono
modificate per N-acetil-glicosilazione ,
la loro rete risulta indebolita,
permettendo così il passaggio del
complesso. Se invece non vengono
modificate , le reti sono rigide e quindi
il complesso non passa.

Il nucleolo
All’interno del nucleoplasma, oltre ad
essere presente il nucleoscheletro nella
veste di matrice nucleare, e un insieme
di enzimi e cromosomi, esiste una
struttura più addensata chiamata
nucleolo . Ma quanti nucleoli sono
presenti in una cellula ? Ciò dipende
dall’attività biosintetica di essa, cioè
capire quanta sintesi proteica è svolta
da questa cellula.
Come esempi di cellule che hanno una
struttura nucleolare ben sviluppata,
conosciamo l’ovocita di Xenopus , il
quale presenta un nucleo pieno di
nucleoli.

Il nucleolo non ha una propria


membrana, ha una forma variabile, per
questo presenta due porzioni: fibrillare
e granulare.
Queste due porzioni sono
strutturalmente e funzionalmente
diverse.
• nella fibrillare: avviene la sintesi
degli RNA ribosomali;
• nella granulare: vengono uniti gli
RNA ribosomali con le proteine per
formare la subunità maggiore e
minore.
BIOLOGIA 8 DEL 22-04

IL NUCLEOPLASMA

Il nucleoplasma è l'interno del nucleo e contiene la quasi totalità del genoma. Nelle cellule eucariotiche
trovo il genoma anche nei mitocondri, anche se in questi il numero di geni è molto limitato e questo DNA
assomiglia a quello batterico.

Il mitocondrio, infatti, è stato chiamato “batterio d’origine” dalla teoria endosimbiotica, secondo la quale il
mitocondrio è batterio che è stato semplicemente fagocitato da una cellula eucariotica e ha assunto poi
un'identità diversa.

Gli istoni

Come il DNA eucariotico si organizza all’interno del nucleo?


Prendendo in considerazione la cellula umana, se distendessimo questo DNA sarebbe lunghissimo, e deve
entrare in un nucleo che ha il diametro nell'ordine dei micron. Da qui la necessità di compattare questo
DNA.

In primo luogo possiamo dire che questo DNA non si trova mai da solo all' interno del nucleo, ma si
organizza con proteine di natura basica: gli istoni.

Gli istoni+le proteine formano la cromatina.

Nel nucleo, oltre agli istoni, troviamo anche proteine di tipo non istonico, come tutti gli enzimi coinvolti in
duplicazione, trascrizione, maturazione degli RNA.

Sono un gruppo abbastanza eterogeneo di proteine che vengono sintetizzate nel citoplasma attraverso il
segnale di tipo NLS entrano poi nel nucleo.

Per la cromatina ci rivolgiamo esclusivamente a proteine istoniche, che sono proteine basiche.

Lisina e arginina, due amminoacidi basici, sono i due componenti principali degli istoni eucariotici, istoni che
chiamiamo: H1, H2A, H2B, H3, H4.
Nella tabella sono riportati i pesi molecolari di ciascuno di essi e il numero di amminoacidi corrispondenti, la
percentuale relativa di lisina e arginina.

Gli istoni sono proteine le cui porzioni ammino-terminali sporgono dalla cromatina e possono andare
incontro a delle modifiche post-traduzionali. Dopo che le proteine istoniche sono state integrate al’' interno
della cromatina, in corrispondenza agli ammino-terminali, possono andare incontro a modifiche.

Queste modifiche possono essere di vario tipo:

 Acetilazione;
 Metilazione;
 Fosforilazione.

Queste sono modifiche reversibili: c’ è un pool di enzimi che fa avvenire la modifica e un pool di enzimi che
toglie la modifica, a dimostrazione del fatto che queste modifiche possono mantenersi e essere eliminate
all’ occorrenza.

A cosa servono queste modifiche?

Nel momento in cui inserisco in una proteina un gruppo fosfato, facendo in modo che attraverso una
chinasi avvenga una fosforilazione, altero la conformazione della proteina, perché:

1. Creo un ingombro sferico all’ interno della struttura;


2. Il gruppo fosfato inserito ha delle cariche, dunque vado a creare la repulsione tra le eventuali
cariche negative vicine e l’ attrazione di cariche positive che erano lontane: altero il folding della
proteina, inducendo o sfavorendo interazioni.

Visto che gli istoni sono proteine chiave nella formazioni di cromatina, in quanto il DNA si organizza intorno
agli istoni, quando l’ istone cambia la sa conformazione, di riflesso anche la cromatina cambia la sua
conformazione, assumendo forme diverse.
La cromatina può assumere forme differenti in base alla modificazione subita:

 Forma aperta, rilassata: i promotori di alcuni geni, elementi chiave per far partire la trascrizione si
rendono disponibili, sono meglio visualizzabili e tutti gli eventuali fattori trascrizionali, e lo stesso
enzima RNA-polimerasi, si possono poggiare più facilmente su tali promotori. Questo comporta
attivazione trascrizionale.

Un esempio di attivazione trascrizionale è quello che si ha in una cromatina acetilata. Se sto acetilando gli
istoni, la cromatina è rilassata.

Quando invece la modificazione istonica ha compattato la struttura dell’ istone, ha potuto compattare,
di riflesso, anche la struttura della cromatina.

 Forma chiusa: chiudendosi, la cromatina si presenta meno accessibile ai fattori trascrizionali. Ne


deriva repressione trascrizionale.
Cromatina deacetilata vuol dire trascrizione repressa.

L’ effetto finale di una modifica istonica è al livello trascrizionale.

Per altri tipi di modifiche istoniche l’ effetto finale è univoco.

 L’acetilazione istonica vuol dire sempre attivazione trascrizionale.


 L’ ubiquitinazione
 Sumoilazione vuol dire sempre chiusura del cromatide, dunque repressione trascrizionale

Ma alcune modifiche come metilazione e fosforilazione hanno un effetto non univco: possono significare
sia attivazione, sia regressione trascrizionale.

Da cosa dipende la variazione del significato?

Gli istoni sono 5, dunque il significato della modifica istonica può essere condizionato dal tipo di istone che
sto andando a metilare o fosforilare e dipende eventualmente anche dal sito preciso che sto andando a
modificare.

Nell’ambito dello stesso istone, se vado a metilare una lisina in posizione, ad esempio, 20, questo significa
attivazione trascrizionale; se vado a metilare la lisina 54 dello stesso istone, questo può causare repressione
trascrizionale. Anche solo un cambio di residuo amminoacidico ha tutto un altro significato.
Per questo, data la complessità del fenomeno, si parla di codice istonico, ad indicare l'insieme di modifiche
post traduzionale a carico degli istoni che hanno effetti sulla trascrizione.

Il codice istonico è un messaggio da interpretare Infatti per alcune modifiche come metilazione e
fosforilazione noi dobbiamo interpretare il significato.

Non dobbiamo pensare che dove ci sia acetilazione istonica si attivi tutta la cromatina, dunque l'intero
genoma, bensì se sto acetilando un determinato istone in una determinata posizione della cromatina, solo
quella porzione di cromatina è attivata trascrizionalmente. È un meccanismo dinamico e territoriale allo
stesso tempo: posso avere porzioni di cromatina che possono essere rilassate e altre porzioni che possono
essere compattate e questo perché in quelle porzioni ho geni che devono trascrivere altri geni che devo
imprimere.
Inoltre io sto alterando gli istoni inducendo o reprimendo l'attivazione trascrizionale senza andare ad
alterare la sequenza dei geni, io sto giocando sulla cromatina per avere come effetto un' espressione
genica: sto dunque regolando l' espressione di un gene indipendentemente dalla sequenza nucleotidica del
genere stesso. Questo che stiamo vedendo è un effetto epigenetico (al di sopra dei geni), ossia ottengo un
effetto sull' espressione genica senza andare a modificare la sequenza nucleotidica del gene, ma andando a
regolare la struttura della cromatina all'interno della quale si trova quel gene. L'obiettivo dell'effetto
epigenetico è dunque la regolazione genica senza però indurre cambiamenti nei geni stessi.

Il codice istonico non è l'unico meccanismo epigenetico, ce ne sono altri due:

 La metilazione del DNA, dove per metilazione intendo l' aggiunta di un gruppo metilico a livello del
DNA, quindi sto inserendo un gruppo all'esterno della sequenza nucleotidica e l'inserimento di
questo gruppo sta modificando comunque l'espressione di un gene senza cambiare la sequenza
nucleotidica del gene stesso.
 RNA non codificanti, i quali vanno a condizionare la stabilità e la traducibilità di alcuni RNA e quindi
hanno comunque come effetto finale la produzione o non produzione di proteine.

Come si organizzano gli istoni per formare la cromatina?

Il primo step di organizzazione strutturale prende il nome di


nucleosoma.

Il nucleosoma è una struttura costituita da otto istoni(H2A,


H2B, H3, H4 in duplice copia, formando un ottamero). L’
istone mancante è l’H1, che si trova al di fuori.

Intorno a questo ottamero istonico si avvolge il DNA, facendo


un giro e tre quarti.
C'è Inoltre del DNA Libero a fare da collante tra due nucleosomi
successivi e questo prende il nome di DNA Linker ed è formato da
circa una quarantina di nucleotidi.

Livelli strutturali della cromatina

1. La successione di nucleosomi forma il primo livello strutturale


della cromatina che si chiama collana di perle. L’istone H1, il più
grosso di tutti, formato da quasi 250 amminoacidi, si trova al di
fuori del ottamero istonico, ma si trova posizionato in
corrispondenza per ciascun nucleosoma. Questo istone H1 ha un
ruolo importante perché medio il passaggio dalla collana di perle, che è una fibra di 10 nanometri, a
quello che è il livello strutturale successivo che prende il nome di solenoide.
2. Il solenoide è una fibra di cromatina più spessa, infatti mano a mano che i livelli di cromatina si
costituiscono la cromatina tende sempre di più a compattarsi perché l'obiettivo è quello di farlo
entrare nel nucleo che che ha diametro di 2 nanometri. Nel solenoide la fibra arriva ad uno
spessore di 30 nanometri la precedente collana di perle si spiralizza in ogni giro di spirale Sono
inclusi circa 6 nucleosomi.
La fosforilazione dell' istone H1 è un evento importante perché rappresenta lo stimolo perché
la collana di perle vada ad avvolgersi a spirale formando un solenoide. In realtà la struttura del
solenoide non è chiara, possiamo formulare un modello A e un modello B.
-Il MODELLO A prevede che sei nucleosomi vadano a formare un giro d' elica, la quale elica si
super avvolge ed è tenuta insieme dalle interazioni tra i vari istoni.
-il modello più accreditato è il MODELLO B, secondo cui la collana di perle, invece che ripiegarsi
in una struttura a spirale, si andrebbe a ripiegare formando una struttura a zig-zag, dove
l’istone H1 creerebbe quasi un angolo di entrata e di uscita dal nucleosoma, cioè questa
struttura a DNA con l’ istone H1 che va a posizionarsi in questi angoli.

Sebbene con la collana di perle e il solenoide stia andando già a compattare la cromatina, questa cromatina
si può ancora considerare rilassata perché deve seguire altri step di compattamento prima di potersi dire
una cromatina chiusa.

3. Lo step successivo al solenoide è una fibra di 300 nanometri, sto quindi inspessendo la
cromatina 10 volte nel momento in cui permetto al solenoide di ripiegarsi in anse. Queste anse
si poggiano su uno scaffold proteico, una struttura proteica fatta da proteine non istoniche che
rappresenta una struttura di ancoraggio per il DNA. Partendo da questa struttura proteica il
DNA si solleva allora in anse. Le anse di DNA non sono altro che un solenoide ripiegato, così
facendo la struttura che si ottiene è una struttura di 300 nanometri. Questa struttura è
comunque eucromatica, ossia cromatina attiva trascrizionalmente. Questa cromatina è ancora
da ritenersi rilassata, dunque se ho un tratto di 300 nanometri, questo tratto espone ancora
bene i promotori genici, dunque è attiva da un punto di vista trascrizionale.
In un nucleo eucariotico non dobbiamo immaginare una situazione omogenea, ma una situazione a zone,
per cui una zona in cui è presente una fibra i 300 nanometri è trascrizionalmente attiva e posso parlare di
eucromatina.

4. L’ eucromatina può andare incontro a ulteriori ripiegamenti, ma questo ripiegamento ulteriore


la rende trascrizionalmente inattiva. La fibra di 500 nanometri è una fibra di eterocromatina,
una cromatina trascrizionalmente inattiva.
5. Il massimo livello di condensazione della cromatina si ottiene con il cromosoma, che ha uno
spessore di 1400 nanometri, il massimo livello di compattamento che la cromatina può
assumere.

Quando in una cellula sono visibili i cromosomi significa che quella cellula non è più attiva
trascrizionalmente.

A livello dei cromosomi però ci sono delle regioni che sono rispettivamente i telomeri, cioè l'estremità di un
cromosoma, e il centromero che è la parte centrale del cromosoma, che pur essendo porzioni condensate -
e quindi chiuse- hanno uno spessore minore, di 700 nanometri, pur trattandosi di eterocromatina.

A partire dai 500 nm abbiamo eterocromatina.

I CROMOSOMI

CHI AIUTA LA CROMATINA A CONDENSARSI DURANTE UN CICLO CELLULARE?


Ci sono delle proteine, chiamate condensina, che sono responsabili della condensazione della cromatina a
formare dei cromosomi.

Prima di entrare in mitosi, la cromatina si condensa in cromosomi, e a quel punto la cellula non può fare più
trascrizioni. Tutto ciò di cui ha bisogno per fare la successiva mitosi, la cellula se lo produce prima, nelle fasi
precedenti, in modo particolare in fase G1 e in fase G2.

La massima spiralizzazione della cromatina si ha in metafase, la fase della mitosi in cui i cromosomi sono
allineati nel piano equatoriale della cellula. Dato che prima della mitosi c’ è stata la fase s di duplicazione
questi cromosomi, sono formati da due cromatidi fratelli perchè prima c’è stata la duplicazione del DNA. Si
chiamano fratelli perché sono identici.

Il numero di cromosomi dipende dalle specie. Se ci riferiamo alla specie umana, abbiamo 23 coppie di
cromosomi omologhi. All’ interno di una coppia, un cromosoma è di origine paterna e l’ altro di origine
materna. Questi hanno una morfologia piuttosto simile, dunque la forma e inoltre hanno la stessa
corrispondenza genica, gli stessi locus genici.
Quindi in una porzione del cromosoma 1 materno trovo, ad esempio, il gene responsabile del colore degli
occhi, nella porzione corrispondente a livello del cromosoma 1 paterno, trovo sempre il gene responsabile
del colore degli occhi.

L’ informazione riportata da questi geni è la stessa?

No. Si parla infatti di alleli per intendere una forma alternativa di un determinato gene. L’ allele portato
dalla madre può essere diverso dall’ allele portato dal padre.

Ricapitolando:

-L’ eucromatina una cromatina rilassata, decondensata, trascrizionalmente attiva.

-L’ eterocromatina è una cromatina condensata. Questa può essere:

 Facoltativa, ossia ho dei tratti di cromatina che possono essere accesi in questo momento e più in
avanti nel ciclo cellulare posso spegnerli. Vi è dunque uno spegnimento o accensione dell’
eterocromatina dietro opportuni stimoli di crescita, a seconda della necessità della cellula di
esprimere dei geni piuttosto che altri.
 Costitutiva, ossia che questa cromatina è sempre spenta, sempre non informazionale, non è
trascritta mai. Le porzioni telomeriche e centromeriche sono tratti di eterocromatina simil-
costitutiva, dunque sempre inattive.

Al contrario, quando la cellula esce dalla mitosi, il cromosoma viene despiralizzato.

In profase, all’ inizio della mitosi, la cromatina si spiralizza formando i cromosomi. In telofase, alla fine della
mitosi, i cromosomi despiralizzano e tornano cromatina. Intorno a ciascun blocco di cromosomi si
ricostituisce l’ involucro nucleare. Si ha dunque un rilassamento della cromatina e questo è il motivo per cui
i cromosomi non sono eterocromatina costitutiva, perché la cellula si può decondensare in qualsiasi
momento.

Da cosa dipende la porzione di eterocromatina in una cellula?


Se c’è tanta eterocromatina in una cellula significa che questa cellula non ha un alto grado di
specializzazione, perché in questa forma di eterocromatina la cellula in interfase non può fare tanta
trascrizione e sintesi proteica.

Si può affermare che il grado di eterocromaticità di una cellula è inversamente proporzionale al livello di
specializzazione di questa cellula. Più una cellula si deve specializzare in un tessuto, maggiore deve essere la
quantità di eucromatina, perché questa cellula deve fare molta trascrizione.

Territorialità nucleare.

I cromosomi presenti nel nucleo non sono disposti in maniera casuale, ma vanno a posizionarsi in punti ben
precisi chiamati territori nucleari. Questa scoperta è stata fatta colpendo il nucleo con laggi laser e
osservando che, diversamente da un’ ipotesi di organizzazione casuale che avrebbe portato a danneggiare
di volta in volta cromosomi sempre diversi, il laser colpendo un punto preciso del nucleo danneggiava
sempre e solo lo stesso tipo di cromosomi.

I territori cromosomici sono fondamentali perché vuol dire che i cromosomi occupano posizioni ben
precise, sono dunque cellule e tessuti specifici che possono cambiare durante il differenziamento, lo
sviluppo e i diversi momenti fisiologici di una data cellula.

Se una regione del genoma cambia posizione può significare che mette in atto meccanismi regolativi che
possono essere fisiologici, cioè legati al differenziamento e allo sviluppo, oppure patologi.

Andiamo a vedere i cromosomi da vicino.


I cromosomi sono fatti da due cromatidi fratelli uniti al livello del centromero. Tale centromero, che si
chiama anche posizione primaria, non è l’unico punto di aggancio dei cromatidi fratelli
Se guardo bene la struttura del cromosoma vedo delle connessioni tra un cromatide e l’ altro, chiamate
coesine. Le coesine sono complessi proteici eterotetramerici, fatti da 4 subunità tutte diverse, e sono
proteine che servono a compattare, avvicinare i cromatidi fratelli.
Il ruolo delle coesine non è solo questo. Esse sembrano infatti anche regolare il folding della cromatina in
generale, quando la cellula è in interfase, mediando interazioni inter e intra-cromatidiche.
Le coesine hanno quindi ruoli aggiuntivi. Questo è stato scoperto creando un modello animale, chiamato
Knockout RAD21, in cui Knockout si riferisce ad un animale che non esprime un determinato gene.

Se elimino geneticamente RAD21, a livello nucleare vedo, oltre dei cromosi scompattati, una generale
disorganizzazione dell’architettura nucleare: non solo vedo un cambiamento al livello dei cromosomi, ossia
la diversa disposizone dei territori cromosomici nel knockout rispetto all’ animale normale, ma anche
l’architettura normale del nucleo sta cambiando, diventando più rilassata.

Ciò a dimostrazione del fatto che le coesine regolano il folding della cromatina in interfase, sono capaci di
mediare interazioni tra i cromosomi e consentono la formazione di territori nucleari.

A parte le coesine c'è una connessione tra i due cromatidi fratelli al livello del centromero.

Il centromero è formato dal cinetocore, dunque per ogni cromatide fratello ho un cinetocore.
A livello del cinetocore ho delle proteine che sono funzionalmente diverse: le proteine in lilla
nell'immagine sono capaci di legare il DNA, chiamato DNA satellite perché formate da sequenze che
solitamente non vengono mai trascritte, mentre l'altra regione del cinetocore simboleggiata in viola è fatta
di proteine capaci di legare i microtubuli, sono dunque proteine motrici che hanno la capacità di scivolare
lungo i microtubuli durante l'anafase. La posizione del centromero all'interno dei cromosomi non è fissa,
posso Infatti classificare i cromosomi in base alla posizione del centromero.
Parliamo di:

 Cromosoma metacentrico, se il centromero è a metà e dunque crea un braccio corto e un braccio


lungo del cromosoma.
 Cromosoma acrocentrico, se il centromero è quasi all'estremità quindi il braccio corto si riduce a
ben poco.
 Cromosoma telocentrico, se il centromero è estremamente periferico, dunque scorgo un unico
braccio. Il cariotipo umano è privo di questi cromosomi.

Il cariotipo umano

Il cariotipo è l'insieme dei cromosomi di una determinata cellula, dunque l'insieme dei cromosomi tipici di
quello organismo. Posso definirlo anche come un intero assetto cromosomico.

Il numero di cromosomi cambia in base alla specie e nella specie umana al livello delle cellule somatiche il
corredo cromosomico è diploide ed è fatto da 46 cromosomi, o 23 coppie di cromosomi omologhi.

Nel caso delle cellule germinali, spermatozoi e cellule uovo, il corredo viene dimezzato arrivando a 23
cromosomi, infatti è un corredo aploide. Le cellule germinali devo necessariamente avere un corredo
aploide perché dal momento che uno zigote nasce dalla fusione del genoma materno e paterno, se avessi di
base dei corredi diploidi, con la fusione, lo zigote avrebbe un corredo tetraploide.

Secondo quale meccanismo di divisione cellulare si passa da una cellula diploide ha una cellula aploide?

La meiosi.

Mentre la divisione mitotica è una divisione equazionale, che non comporta alterazione nel corredo
cromosomico, ma va semplicemente a trasmettere in modo fedele l'informazione genetica, invece con la
meiosi ho un dimezzamento del corredo cromosomico e, attraverso il Crossing over e la separazione
indipendente degli omologhi, ottengo anche variabilità genetica.

Ad esempio, osservando la meiosi lungo il tratto riproduttivo maschile, alla fine della spermatogenesi
ottengo 4 spermatozoi che sono aploidi ma anche diversi tra di loro e della cellula di partenza che li ha
generati.

Ottengo una variabilità genetica necessaria per un discorso evolutivo: senza variabilità genetica dovremmo
immaginare una situazione statica nelle condizioni ambientali. Anche se non ci riferiamo alla specie umana,
ma all'una specie animale che immagino possa vivere in un determinato ambiente a determinate condizioni
ambientali, devo sperare che le condizioni ambientali rimangono invariate nel tempo dato che poi gli
organismi sono tutti geneticamente uguali.

Se dovesse cambiare l'ambiente e diventare da ospitale a inospitale quella specie sarebbe destinata
all'estinzione, al contrario se ho una popolazione con individui sono geneticamente diversi posso sperare
che, pur cambiando le condizioni ambientali, alcuni di quegli individui sia più adatto a sopravvivere al
cambiamento, facendo in modo che la specie possa perpetuare nel tempo.
Delle 23 coppie di cromosomi caratteristiche della specie umana, 22 coppie si chiamano autosomi e l'ultima
coppia e di cromosomi sessuali: XX per organismi di sesso femminile e XY per organismi di sesso maschile.
Se guardo i cromosomi XX e immagino che su questi cromosomi siano presenti dei geni che si definiscono X
Linked, cioè legate al cromosoma x, in un organismo di sesso femminile dovrei avere un sovradosaggio di
quel gene, una doppia presenza di quei geni rispetto gli organismo di sesso maschile, questo non accade
perché si verifica un fenomeno di condensazione di dosi per cui uno dei due cromosomi X è spento,
ulteriormente compattato: si parla di corpo di Barr.

Da un punto di vista di espressione genica la donna si riporta nelle condizioni di un individuo di sesso
maschile per quanto riguarda la fetta di geni legata al cromosoma X.

Cio succede nelle cellule somatiche.

Su molti libri questo fenomeno è un esempio di eterocromatina costitutiva perché uno dei due cromosomi
xx spento sempre, in tutte le cellule somatiche.

Nella realtà dei fatti più che un esempio di eterocromatina costitutiva si può definire comunque
eterocromatina facoltativa perché nelle cellule germinali questo cromosoma X si riattiva, perché poi nella
separazione di questi cromosomi alle cellule figlie entrambi i cromosomi devono essere accesi, in modo che
le cellule figlie possano ereditare cromosomi X attivi.

I segnali molecolari che individuano quale dei due cromosomi, non sono del tutto chiari. Si pensa che
l’individuazione del cromosoma X da spegnere sia mediato da un long non-coding RNA che segnala quale
dei cromosomi X si debba spegnere, ma quali siano i segnali che ancor prima permettano al long non-
coding di ancorarsi al cromosoma X da spegnere è ancora da scoprire.
Duplicazione - Procarioti e Eucarioti
Con la descrizione della settimana scorsa, partendo dai virus fino alla cellula eucariotica,
abbiamo completato un quadro della caratterizzazione della cromatina; abbiamo visto
come il DNA riesce in qualche modo ad organizzarsi, con livelli di complessità che sono
direttamente proporzionali al sistema cellulare, quindi possiamo concludere dicendo che la
cellula eucariotica è decisamente molto più complessa rispetto alla cellula procariotica e
necessita di fasi importanti per poter strutturare la cromatina.

In questo percorso, parlare di flusso d’informazione fra le macromolecole biologiche sta a


significare come un’informazione scritta dei nucleotidi possa essere trascritta in RNA e
come dall’RNA si possa passare alle proteine e per sottolineare questo passaggio è giusto
evidenziare, come già detto nelle precedenti lezioni, l’importanza dell’RNA che però è
stato considerato fino ad ora uno step intermedio, una macromolecola di transito tra DNA
e proteine, anche se in realtà sappiamo bene che il trascrittore cellulare ha ruoli molto
importanti ai fini di regolazione dell’espressione genica e quindi possiamo dire che questa
piccola fetta d’informazione è stata fortemente sottovalutata per anni ed è stata rivalutata
grazie alle ultime ricerche scientifiche effettuate, soprattutto se facciamo riferimento agli
RNA costitutivi di una cellula (RNA ribosomiale, RNA messaggero ed RNA transfer). Nel fare
questo tipo di descrizione, ovvero passare per DNA, RNA e proteine, è necessario tener
conto di questo loop autoregolativo che consiste proprio nel permettere al DNA di
duplicare prima ancora che la cellula vada incontro ad una divisione cellulare, evidenziando
in particolare una fase importante del ciclo cellulare dedicata interamente alla
duplicazione del DNA, ovvero ‘’FASE S’’ dove il DNA duplica e precisamente in G2 la cellula
si prepara, con intensa attività di biosintesi, ad ottenere tutte le macromolecole di cui ha
bisogno, anche perché successivamente, all’inizio della ‘’FASE M’’ o ‘’MITOSI’’, la cellula
organizza la cromatina in cromosomi e quindi, nel momento in cui quest’ultima arriva al
punto tale da ottenere i cromosomi, è giusto immaginare che la cellula sia inattiva,
concludendo che tutto ciò di cui ha bisogno nelle successive fasi di MITOSI lo deve aver già
sintetizzato nelle fasi precedenti.

Replicazione

A prescindere dalle peculiarità del processo di duplicazione in procarioti ed eucarioti, ci


sono delle caratteristiche che accomunano i due modelli cellulari, sia negli eucarioti che nei
procarioti; la duplicazione può essere definita come:
 SEMICONSERVATIVA: partendo da DNA parentale, si riescono ad ottenere due
molecole di DNA figlie che conservano un filamento del DNA di partenza e lo usano per
ottenere un nuovo filamento di nuova sintesi, quindi per questa ragione viene usato
viene il termine semiconservativo, proprio perché conservano qualcosa della molecola
di partenza avendo anche un filamento nuovo; ovviamente i due filamenti di DNA che si
ottengono sono identiche fra di loro, questo perché la cellula deve assicurarsi di
trasferire l’informazione genetica che possiede in ugual maniera tra le due cellule figlie,
che arriveranno poi ad ottenersi alla fine della mitosi.
 SEMIDISCONTINUA: in questo tipo di duplicazione, la velocità con cui avviene la sintesi
del nuovo filamento cambia a seconda del filamento stesso.
 BIDIREZIONALE: nel momento in cui si viene a creare l’apertura della doppia elica,
detta ‘’bolla di replicazione’’, a partire da un punto che definiamo ‘’origine di
replicazione’’, il processo di sintesi del DNA procede in entrambe le direzioni, questo sia
nei procarioti che negli eucarioti.

Per arrivare a definire semiconservativo il modello di duplicazione del DNA è stato fatto un
esperimento, nel 1958, da due ricercatori di nome Meselson e Stahl, utilizzando
‘’Escherichia coli’’ come cellula preferenziale. I modelli proposti da entrambi i ricercatori
per la duplicazione del DNA in realtà erano di tre tipi, ipotizzando un modello
conservativo, un modello dispersivo ed un modello semiconservativo; il primo prevedeva
che la doppia elica non si aprisse e che quindi rimanesse tale per fare da stampo ad
un’elica nuova, tutto questo al primo ciclo di replicazione, mentre nel secondo ciclo di
replicazione abbiamo ancora, come è possibile vedere dall’immagine proposta, una
situazione in cui c’è un’elica parentale e un’elica di nuova sintesi. Saltando il modello
semiconservativo (dove le eliche figlie hanno un filamento parentale e un filamento di
nuova sintesi) e passando al modello dispersivo, quest’ultimo prevedeva sostanzialmente
che le due eliche figlie avessero frammenti o miscele di frammenti vecchi e frammenti
nuovi, una sorta di promiscuità. Questi modelli furono effettivamente confermati
attraverso esperimenti che utilizzavano isotopi, inseriti nel terreno di crescita
dell’Escherichia Coli, riuscendo a capire quale modello venisse seguito dalla duplicazione
del DNA, a seguito poi della valutazione della densità delle molecole prodotte.
Il primo modello quindi, partendo da una doppia elica parentale, che aveva incorporato
N15 (azoto pesante), e se la duplicazione fosse stata conservativa si dovevano osservare
due eliche, di cui una completamente fatta da isotopo 15 e l’altra invece fatta da N14
(isotopo 14), tutto questo perché Escherichia Coli, nel sintetizzare nel nuovo DNA, avrebbe
acquisito l’isotopo leggero dal terreno di cultura e quindi, con la centrifugazione in cloruro
di cesio, si dovevano visualizzare due bande di pesi diversi (una di peso maggiore e una di
peso minore), nel caso in cui valesse il modello dispersivo, la banda che si attendeva di
duplicazione era una banda unica, con un peso intermedio tra l’isotopo pesante e l’isotopo
leggero, perché la doppia elica conteneva frammenti parentali con all’interno isotopi
pesanti e frammenti nudi con all’interno isotopo leggero, quindi ci si aspettava un’unica
banda in centrifugazione con un peso intermedio, tutto questo purtroppo inosservato.
Tutto quello che fu osservato nel primo ciclo di replicazione fu la formazione di una sola
banda (acquisendo isotopo pesante e isotopo leggero) e che successivamente in seconda
centrifugazione, in una seconda fase di replicazione, dava origine a due bande, una
totalmente fatta da isotopo leggero, l’altra invece fatta da isotopo intermedio.
Concludendo, questo esperimento condotto da questi due ricercatori confermò che la
modalità di duplicazione del DNA è semiconservativa.
Perché questo DNA di partenza potesse fungere da stampo, era necessaria sicuramente la
doppia elica, separare i due filamenti di DNA e fare in modo che ciascuno di questi
fungesse appunto da stampo, ovvero che le basi azotate che possiamo trovare sul nuovo
filamento rispettassero le regole di complementarietà (Adenina - Timina, Citosina -
Guanina) e, come si deduce da questo fardello, le due molecole di DNA sono
perfettamente identiche. Da ricordare, l’apertura della doppia elica non significa rottura
dei legami fosfodiesterici che caratterizzano il singolo filamento nucleotidico ma significa
semplicemente rottura dei legami a idrogeno che si vengono a scavare dalle basi azotate.

Duplicazione del DNA nei procarioti

Come già detto, l’apertura della doppia elica nei procarioti genera la formazione di una
‘’bolla di replicazione’’, la quale presenta al suo interno un punto ben preciso che si
chiama ‘’origine di replicazione’’ (oriC), dopodiché a partire da questa legge, nel processo
si prosegue in maniera bidirezionale avanzando su entrambi i lati, quindi all’interno di una
bolla si possono individuare due forche o forcelle di replicazione. Per denaturazione si
intende sostanzialmente rompere i legami a idrogeno, rimanendo inalterati i legami
covalenti; questo processo di denaturazione è controllato da un enzima chiamato
‘’elicasi’’, il quale ha bisogno di energia per far si che questo processo possa avvenire;
quindi a partire da questa bolla di replicazione si vengono a creare queste due forche o
forcelle.
Ricordando che il DNA procariotico è di forma circolare a doppio filamento e che delle
volte si ripiega e si superavvolge, non essendo in questo caso disteso quindi perfettamente
circolare a doppio filamento, come facciamo ad individuare l’origine di duplicazione?
Ovviamente per permettere ciò devono esserci dei segnalini o delle sequenze indicative;
con un esempio (immagine di sopra) di regione che si estende per più di 200bp, con 2
ripetizioni (una di 9 e una di 13 nt), questa ripetizione di 9 è attaccata ad una particolare
proteina ce sarebbe la DnaA, la quale si attacca per consentire l’apertura della doppia
elica, la quale a sua volta è facilitata nelle regioni che sono più ricche di AT, questo perché
c’è un minor numero di legami a idrogeno. Successivamente intervengono dette DnaB e
DnaC, dove vi è C che descrive un ruolo transitorio, in quanto serve a facilitare il legame
della B (elicasi).
Osservando la figura, è possibile dedurre che l’elicasi, a mano a mano che esso procede,
ovvero che apre la doppia elica, alle spalle dell’elicasi potrebbe verificarsi un nuovo
appaiamento perché c’è complementarietà tra le basi azotate, i due filamenti potrebbero
riconoscersi e unirsi nuovamente anche se ciò vanificherebbe il lavoro svolto dall’elicasi
stessa, la quale ha speso energia per aprire la doppia elica, quindi è necessario che venga
superata questa difficoltà.
Il miglior modo è un intervento da parte di proteine chiamate SSBP (Single-strand binding
protein), proteine che si attaccano ai singoli filamenti di DNA, impedendo al DNA di
richiudersi per complementarietà. Considerando questa doppia elica come se fosse un
elastico e immaginando di allargare queste estremità, viene a crearsi una sorta di
superavvolgimento, un roviglio che impedirebbe in questo caso all’elicasi di scorrere
veloce, motivo per cui tali superavvolgimenti, chiamati anche topoisomeri, devono essere
rimossi altrimenti l’elicasi non ha possibilità di procedere.
Mentre alle spalle dell’elicasi intervengono queste proteine, davanti ad esso vanno a
crearsi dei grovigli che vengono districati da un enzima che si chiama ‘’Topoisomerasi’’,
ovvero un enzima che deve eliminare questi topoisomeri e può farlo in due modi:
 Topoisomerasi I: la prima forma della topoisomerasi introduce una rottura in uno
dei due filamenti, tagliando un filamento è come se si andasse a districare la
matassa;
 Topoisomerasi II: la seconda forma della topoisomerasi introduce una rottura su
entrambi i filamenti della doppia elica, tra l’altro facendo in questo modo rilassa la
doppia elica, consentendo all’elicasi subito dopo di procedere.
Man mano che la doppia elica si srotola, deve intervenire un enzima chiave che polimerizza
il DNA, chiamato DNA polimerasi, il quale ha bisogno di trovare già un nucleotide
posizionato con un’estremità libera 3’ OH per agganciare un altro nucleotide, non essendo
in grado di inserire nella catena nascente il 1° nucleotide. Questo limite costringe la cellula
a chiamare in causa ancora un altro enzima che prende il nome di primasi.
L’enzima primasi sintetizza un frammento di RNA chiamato ‘’Innesco’’; immaginando che
la doppia elica si sia aperta grazie all’attività svolta dall’elicasi e che il DNA stampo si sia
duplicato, la DNA polimerasi non può subito intervenire perché questo enzima ha un
limite, non riesce a fare tutto da solo e deve trovare un punto già ben posizionato e
proprio per questo interviene un enzima chiamato primasi che sintetizza un frammento di
RNA, con un intervento successivo da parte della DNA polimerasi la quale, in maniera
complementare, va a posizionare dei nuovi nucleotidi e quindi a fare un nuovo DNA.
Quando si parla di forcella si intende discutere di quello che succede a partire dall’origine
di duplicazione; nel seguire la forcella di replicazione, è necessario tener conto di quello
che è il senso di avanzamento, capire esattamente come si sta aprendo la doppia elica.
Dall’immagine sopraindicata, è possibile guardare una forcella di replicazione che va da
sinistra verso destra, vedere l’esatto movimento dell’elicasi che sta aprendo la doppia
elica, dove interverrà una topoisomerasi che eliminerà i cosiddetti topoisomeri. Per
comprendere ancor di più la questione sulla semi discontinuità della replicazione bisogna
anche scrivere evidentemente l’orientamento dei filamenti parentali perché la sintesi del
nuovo DNA avviene con velocità diversa, a seconda dello stampo e della direzione di
avanzamento della forcella di replicazione.
Da ciò che è possibile osservare sul filamento, l’enzima DNA polimerasi sta avanzando e sta
seguendo la stessa velocità e la stessa direzione di apertura della forcella (da sinistra verso
destra); la polimerasi seguendo l’apertura della forcella, sintetizza senza alcuna difficoltà
un DNA nuovo, usando uno stampo che trova disponibile, senza alcuno sforzo, motivo per
cui il filamento neo sintetizzato è un filamento veloce (Filamento anticipato). Quello che
succede sul filamento opposto, la DNA polimerasi avanza da destra verso sinistra,
muovendosi controcorrente, in maniera opposta all’apertura della forcella, non riuscendo
a fare una sintesi continua ma, a partire da una RNA iniziatore, sintetizza un tratto nuovo
di DNA, si ferma, si stacca, interviene un’altra primasi, segue la polimerasi e fa un altro
tratto di DNA, questo per dire che su questo filamento chiamato ‘’filamento ritardato’’ la
sintesi avviene in maniera discontinua attraverso piccoli frammenti chiamati ‘’frammenti di
Okazaki’’.
Sostanzialmente l’enzima chiave della duplicazione dei procarioti è la Polimerasi di tipo III,
il quale lavora sintetizzando il DNA in direzione 5’; siccome questa Polimerasi III non riesce
a lavorare da sola, occorre che gli inneschi vengano rimossi, visto che è improponibile
pensare che ci siano dei filamenti dei DNA all’interno di una doppia elica di DNA, e per
permettere ciò è necessario un intervento da parte della Polimerasi I e della Polimerasi II, i
quali rimuovono i ribonucleotidi per sostituirli con i desossiribonucleotidi (Rimuovere gli
inneschi e sostituirli con il DNA); tutto ciò è possibile grazie ad un’attività esonucleasica
(Rimozione degli inneschi partendo dalla direzione 5’-3’).

Riassumendo:
1. L’elicasi distende la doppia elica del DNA parentale.
2. Le proteine che legano il DNA a singolo filamento stabilizzano i filamenti stampo
distesi.
3. Il filamento guida viene sintetizzato in maniera continua nella direzione 5’-3’ a
opera del DNA polimerasi III.
4. La primasi inizia la sintesi del primer di RNA per il quinto frammento di Okazaki.
5. La DNA polimerasi III completa la sintesi del quarto frammento. Dopo aver
raggiunto il primer di RNA sul terzo frammento, tale enzima si dissocia e mira verso
la forca di replicazione dove inizia ad aggiungere desossiribonucleotidi all’estremità
3’ del primer del quinto frammento.
6. La DNA polimerasi I rimuove il primer dall’estremità 5’ de secondo frammento,
sostituendolo con desossiribonucleotidi che vengono aggiunti, uno per volta,
all’estremità 3’ del terzo frammento. La sostituzione dell’ultimo ribonucleotide con
DNA lascia libera l’estremità 3’ dello scheletro zucchero-fosfato.
7. La DNA ligasi unisce l’estremità 3’ del secondo frammento all’estremità 5’ del primo
frammento.
Analizzando il processo in Escherichia Coli all’interno di una cellula procariotica, il processo
termina quando le due forcine di replicazione, a mano a mano che si avvicinano, in
maniera diametralmente opposta a oriC, nei pressi del quale sono presenti delle
‘’sequenze di terminazione’’, dove viene riconosciuta una proteina che lega il DNA detta
‘’Tus’’ (Proteina che individua il punto in cui le forcine devono rimanere intrappolate).

Duplicazione del DNA negli eucarioti


Se mettiamo a confronto la duplicazione che avviene sul filamento guida e quella sul
filamento ritardato, i protagonisti sono gli stessi tranne che per l’azione dell’elicasi.
Ammesso ciò, ovvero che il processo di duplicazione negli eucarioti si svolga in maniera
identica, cioè che gli attori di questo procedimento abbiano stesse caratteristiche e stesse
proprietà, dobbiamo cercare effettivamente di capire delle divergenze.

Nella tabella seguente vi si può notare che:


 Mentre nei procarioti l’origine di duplicazione è unica, negli eucarioti invece ne sono
tante;
 Nei procarioti vi è presente obbligatoriamente una primasi e negli eucarioti vi è la
stessa con l’aggiunta di DNA polimerasi alfa;
 L’enzima principale che sintetizza il DNA all’interno dei procarioti è la DNA polimerasi
III, mentre negli eucarioti si nota un DNA polimerasi delta che si fa aiutare da un’altra
molecola che si chiama ‘’PCNA’’ con un DNA polimerasi alfa;
 Riguardo la rimozione degli inneschi, nei procarioti avviene con DNA polimerasi I e DNA
polimerasi II e negli eucarioti avviene con un RNasi, aiutata a sua volta da una proteina
chiamata FEN1.
Altra cosa che bisogna osservare negli eucarioti è la difficoltà che si incontra durante il
processo di polimerizzazione all’interno di essi rispetto a quello che accade nei procarioti;
in primo luogo abbiamo il problema della lunghezza del cromosoma che è molto più lungo
rispetto a quello che troviamo nei procarioti, subito dopo vi è la problematica legata alle
estremità dei cromosomi (Telomeri), le quali devono essere controllate ed infine, parlando
di DNA in fase di duplicazione negli eucarioti, ovvero organizzato insieme ad istoni che non
devono aumentare, per sostenere questo nuovo DNA sintetizzato.

In questa tabella è possibile osservare ed essere a conoscenza delle principali DNA


polimerasi, tanto procariotiche quanto eucariotiche; è necessario soffermarsi sulla
polimerasi delta, enzima principale che agisce insieme ad una proteina accessoria chiamata
antigene nucleare delle cellule proliferanti (PCNA), sulla polimerasi alfa, la quale ha la
funzione di innescare la replicazione formando un complesso con la primasi. Ricordiamo
che anche negli eucarioti vi sono presenti le proteine SSB, proprio perché il processo è lo
stesso, nel senso che i filamenti spagliati, a seguito della denaturazione, potrebbero
rinchiudersi per complementarietà e la seguente SSB, negli eucarioti, prende il nome di
Proteina di replicazione (RPA) e il distacco di questo SSB per consentire alla polimerasi di
agganciarsi è dovuto ad una seconda serie di proteine dette proteine che mediano la
replicazione (RMP).

Nel momento in cui mi trovo a rimuovere questi inneschi di RNA (questo accade in modo
particolare lungo il filamento lagging, dove di inneschi ce ne sono numerosi), c’è bisogno
della presenza di un enzima chiamato ‘’RnasiH’’, il quale ha come dovere quello di
degradare l’RNA, eliminare l’innesco presente per sostituirlo con del DNA, anche se vi è
aspetto strano di questo enzima, ovvero che essi non riescono a rompere che esiste tra
l’ultimo ribonucleotide e il primo desossiribonucleotide, per tale motivo necessita
dell’intervento di un’altra proteina chiamata FEN1, la quale è un’endonucleasi (rimuove
l’ultimo ribonucleotide, entrando all’interno del filamento, per poter consentire la sintesi
di eventuali frammenti). Riguardo la terminazione della replicazione, negli eucarioti non
sono note sequenze di terminazioni equivalenti a quelle batteriche, né sono state
identificate proteine simili a Tus, in poche parole circa i punti precisi di fine replicazione
negli eucarioti ci sono ancora vari punti di domanda.
LEZIONE 10 - BIOLOGIA APPLICATA 29/04

Riguardo alla duplicazione del DNA negli eucarioti nasce il problema della
gestione dell’estremità telomerica. Per telomero si intende l’estremità di un
cromosoma, quella anche più esposta all’azione di nucleasi, ovvero l’azione
di enzimi che possono rompere o danneggiare il cromosoma.

L’enzima fondamentale per allungare il telomero ed evitare il suo


accorciamento ad ogni ciclo replicato è chiamato telomerasi e possiede una
componente proteica chiamata TERT (Telomerase Reverse Trascriptase ) ed
un RNA associato ad essa chiamato TERC (Telomerase RNA Component).

Il meccanismo della
telomerasi è controllato
attraverso l’intervento
della proteina TRF1 che
svolge l’attività di
sensore. Quando il
telomero tende ad
accorciarsi questa
proteina, che si trova
attaccata al telomero,
riduce il numero di copie.

Nel momento in cui il


telomero si allunga le
proteine TRF1 si
riattaccano e ciò comporta un ricompattare la cromatina ed impedire alla
telomerasi di agganciarsi.

In condizioni siologiche le cellule dopo un determinato numero di divisioni


vanno incontro a SENESCENZA e tendono ad accorciare i loro cromosomi.

Il rischio di senescenza è inesistente invece nelle cellule riproduttive e in


quelle staminali poiché questo tipo di cellule vanno incontro a continue
proliferazioni.

In condizioni patologiche, i checkpoint (punti di controllo del ciclo cellulare)


saltano completamente permettendo alle cellule di proliferare senza alcun
controllo. 

Negli eucarioti l’elica del DNA viene fortemente compattata attraverso gli
ISTONI . Gli istoni sono proteine basiche che formano insieme al DNA i
nucleosomi.

Durante la duplicazione del DNA , si ha un raddoppiamento dell’informazione


e quindi si è ipotizzato che anche gli istoni devono aumentare per sostenere
il DNA in aumento.

fi
Quindi durante il ciclo cellulare c’è anche un’intensa sintesi di istoni.

Gli istoni, come proteine, vengono sintetizzate nei ribosomi liberi nel
citoplasma ed essendo destinati al nucleo presentano dei segnali di
indirizzamento (NLS).

TRASCRIZIONE:

Lungo il flusso dell’informazione genetica un’informazione scritta sotto


forma di nucleotidi ( in termine di DNA) può trasformarsi in RNA e poi
andare incontro a traduzione.
Questi 3 livelli di organizzazione cellulare possono anche essere definiti
come:
• genoma
• trascrittoma (da cui dipende la fisiologia della cellula)
• proteoma

La vita di una cellula è fortemente convenzionata da questi livelli


strutturali.

A questi tre livelli di base si vanno ad agganciare:


• l’epigenoma
• l’epitrascrittoma
Si presentano come un complesso di modifiche post trascrizioni che l’RNA
può subire. Ne condizionano l’orientamento e la capacità di interagire con
proteine specializzate a legare con l’RNA.

La maggior parte dell’RNA viene definito non codificante.


Tuttavia in questa parte di RNA non codificante ci sono
alcuni RNA che possono essere definiti HOUSEKEEPING ovvero sempre
presenti in tutti gli organismi
• RNA transfer
• RNA ribosomiali

Essi si presentano in una forma immatura, devono quindi subire dei


processi di maturazione per poter diventare RNA operativi in grado di
controllare la sintesi proteica.

La sintesi di tutti gli RNA ( siano essi codificanti che non) prende il nome
di TRASCRIZIONE e dunque passare da una molecola di DNA ad una
molecola di RNA e modificare il significato di questo messaggio.

L’enzima responsabile di trascrivere il DNA in RNA prende il nome di RNA


POLIMERASI, egli polimerizza (sintetizza) l’RNA usando uno stampo del
DNA (una delle due eliche). Per far avvenire ciò bisogna seguire le regole
di complementarietà rispetto allo stampo.
Per la trascrizione esiste una direzione di sintesi ovvero 5” 3”.
La porzione che viene trascritta viene riconosciuta perché a monte del +1
(simbolo arbitrario per indicare il primo nucleotide che si deve trascrivere)
c’è una regione chiamata PROMOTORE che ha un ruolo fondamentale
durante la trascrizione.
Essa viene individuata dall’RNA POLIMERASI che consente l’aggancio
dell’enzima e fa partire la trascrizione.
Per individuare il promotore occorre riconoscere all’interno di questa
regione delle sequenze “segnale”.

Nell’RNA POLIMERASI batterica questo enzima ha un’organizzazione


piuttosto complessa. Esso si presenta strutturato in diverse subunità:
• due subunità α
• una subunità β
• una subunità β’

A queste 4 subunità si aggancia anche


una subinità σ .

Se per gene si intende l’unità del DNA da trascrivere , la porzione a monte


del gene viene de nito PROMOTORE. Molti de nivano “gene” il tratto di
DNA che doveva essere trascritto e tradotto. Successivamente questa
de nizione è mutata ed il GENE è diventato il tratto di DNA che può essere
trascritto ma non necessariamente tradotto.

Come riferimento per il promotore procariotico si prende in considerazione


E. Coli

fi

fi
fi

In questa slide è possibile visualizzare le due sequenze a -10 e a -35. La


prima viene de nita TATA BOX poiché vede la ripetizione di Timina e
Adenina.

Il promotore è una regione di controllo della trascrizione perché consente


all’enzima RNA POLIMERASI di potersi agganciare e far partire la
trascrizione, ma di per sé questa regione non viene trascritta. È
semplicemente un tratto di DNA che ha azioni regolative.

La polimera inizialmente si lega in modo non speci co al DNA e migra lungo


la molecola no a che la subunità sigma si lega agli elementi -35 e -10 del
promotore, formando un complesso chiuso. A questo punto la polimerasi
svolge il DNA intorno al sito di inizio e la trascrizione viene iniziata dalla
polimerizzazione di NTP liberi (un tipo di nucleotidi) . La subunità sigma si
dissocia poi dal nucleo della polimera che migra lungo il DNA e allunga la
catena di RNA crescente.

Nei procarioti il riconoscimento del promotore è mediato dall’enzima RNA


POLIMERASI.

L’enzima inizia a polimerizzare perdendo la subunità sigma.

La subunità sigma si aggancia alle altre quattro, che sono de nite core
dell’enzima.

L’enzima nel suo complesso può essere anche chiamato Oloenzima


Oloenzima: core + sigma
fi
fi
fi
fi
La trascrizione ha un sito di terminazione ben preciso, così come ha un
inizio di trascrizione. Nei procarioti la terminazione viene ingaggiata da
sequenze segnale. In corrispondenza del sito di terminazione è presente una
ripetizione invertita (un palindromo) ricco in CITOSINA , GUANINA e seguito
da quattro residui di ADENINA. Quando si incontra questa porzione sul DNA
si crea una struttura ansa e forcina.

TERMINE DELLA TRASCRIZIONE NEI BATTERI:


La terminazione della trascrizione nei batteri può essere sia

RHO DIPENDENTE: prevede che la proteina rho viaggia alle spalle


della RNA polimerasi a velocità costante sul lamento nascente di RNA.

La presenza di rho favorirebbe la liberazione dell’RNA.

Il sito terminatore è ricco in CITOSINA , GUANINA.

RHO INDIPENDENTE: detta anche “terminazione spontanea” ovvero


non dipende da altri fattori che possono entrare in gioco.

fi
Nei procarioti un mRNA non subisce alcuna modi ca ed è tradotto
immediatamente a di erenza degli altri due RNA house keeping i quali
possono subire dei cambiamenti.

Ciò che caratterizza gli RNA house keeping è il fatto che spesso
vengono sintetizzati sotto forma di un unico grande RNA che in seguito
viene opportunamente tagliato.

TRASCRIZIONE DEGLI EUCARIOTI:


All’interno degli eucarioti le RNA POLIMERASI coinvolte sono varie:

• RNA POLIMERASI I

• RNA POLIMERASI II

• RNA POLIMERASI III

Alcuni piccoli RNA nucleari (sn) e citoplasmatici (sc) sono trascritti dalla RNA
POLIMERASI II e altri dalla RNA POLIMERASI III.

Le RNA polimerasi dei mitocondri e dei cloroplasti sono simili agli enzimi
batterici.

La RNA polimerasi II per riconoscere la TATA BOX (la sequenza all’interno


del promotore a monte del +1) ha bisogno di diversi fattori aggiuntivi
chiamati (GTF). Sono dei fattori trascrizionali che aiutano la polimerasi ad
agganciarsi.

Il fattore più importante che lega per primo la TATA BOX è chiamato “TFIID”

ff
fi
In questo modo si crea un complesso enzimatico formato dalla polimerasi,
dai vari fattori enzimatici e da un attivatore.

L’attivatore riesce a sintetizzare RNA genando all’interno del DNA un


ripiegamento creando una sorta di ansa.

Questo ripiegamento, indotto dall’attivatore, prende nome di bending.

Oltre alla TATA BOX, all’interno dei promotori eucariotici, è presente anche
una CCAAT BOX ed in più sequenze che sono ricche in CITOSINA e
GUANINA ( sequenze che fanno capire alla polimerasi qual è la regione da
trascrivere).

Le sequenze che favoriscono la trascrizione sono chiamate “enhancer”.

Sebbene ci siano tanti fattori coinvolti a riconoscere il promotore, che


mediano l’aggancio dell’enzima RNA polimerasi, per far avvenire la
trascrizione è necessario che l’enzima subisca una forsforilazione della sua
porzione carbossiterminale.

Questo evento assicura che, a seguito di un cambio conformazionale


dell’enzima, si possa partire in quanto la polimerasi si stacca da tutti gli altri
modulatori e può scorrere lungo il lamento del DNA per sintetizzare l’RNA.

Mettendo a confronto la cellula procariotica con quella eucariotica si può


notare che in quella procariotica gli eventi della traduzione e trascrizione
sono contemporanei.
Poiché la cellula eucariotica va a localizzare nel nucleo l’evento di
trascrizione, il messaggero si può considerare in una forma prematura che
può subire modi che per maturare.

Durante l’evento maturativo il messaggero viene processato in modo


d’aggiungere all’estremità 5’ un cappuccio (base modi cata). All’estremità 3’
il messaggero subisce un taglio enzimatico e successivamente l’aggiunta di
una coda POLI-A (sequenza ripetuta di tante Adenine).

fi
fi
fi

Gli eventi che riguardano la maturazione dell’mRNA eucariotico sono:

A. Capping
Vero e proprio cappuccio all’estremità 5’ che serve alla cellula per
distinguere gli mRNA dagli altri tipi di RNA

Questo cappuccio è una base azotata ( 7- metilguanosina)

B. Poliadenilazione
All’estremità opposta ovvero 3’ , viene individuata una sequenza (AAUAA).

Una sequenza importante perché a valle viene tagliata e successivamente,


ad opera di una POLI-A polimerasi, si agganciano tante ADENINE.

IL TERZO EVENTO DI MATURAZIONE DELL’ mRNA: SPLICING


Per splicing si intende un accorciamento del messaggero prematuro.

All’interno di un gene si possono individuare delle sequenze esoniche e


delle sequenze introniche.

La di erenza tra esone e introne consiste nel fatto che per introne si intende
una sequenza che generalmente viene rimossa. Viene trascritta ma non viene
tradotta. Rimuovendo gli introni, si dice che gli esodi vengono ricuciti.

ff
TRASCRIZIONE E MATURAZIONE DEGLI RNA
Abbiamo descritto la trascrizione, dove per trascrizione intendiamo il processo biomolecolare che
determina la sintesi di RNA utilizzando come stampo il DNA e determina la sintesi di tutte le classi di
RNA. A seconda del tipo di RNA sintetizzato, ci saranno degli eventi di maturazione a doc per quel tipo di
RNA. In generale il prodotto della trascrizione prende nome di trascritto

Anche se i processi alla base della trasmissione dell’informazione genetica è simile fra eucarioti e
procarioti, in realtà nel caso dei procarioti l'enzima coinvolto è caratterizzato da varie subunità:

 la subunità sigma è quella determinante per riconoscere una regione sul DNA, che si chiama
promotore che è a monte del gene dell'unità che deve essere trascritta. Questa regione sarà più
visibile e più esposta nel caso in cui il nostro DNA è in una conformazione rilassata, cioè in forma
di eucromatina, per cui i promotori genici si rendono disponibili, è per questo motivo diciamo
che l'eucromatine è trascrizionalmente attiva perchè avendo un folding più rilassato i promotori
riemergono e quindi consentono l'attacco degli RNA polimerasi.

Come riconscere il promotore procariotico, evidentemente il promotore dell'escherichia coli che è una
regione che non viene trascritta, serve semplicemente all'attacco di tutto il bagaglio enzimatico
necessario per la trascrizione viene individuato perche ci sono delle seguenze particolari, una delle più
importanti è la tatabox che si trova 10 nucleotidi a monte del +1, che è il primo nucleotide che viene
trascritto.

La subunità sigma dell'enzima serve a riconoscere il promotore, essa viene rilasciata e la parte del core
enzimatico può scorrere su questo gene per poterlo trascrivere, quindi si allunga fino a che non incontra
questa struttura a forcina ricca ECG che rappresenta il sito di terminazione nella trascrizione. Nel caso
dei batteri abbiamo visto la possibilità che la terminazione della trascrizione sia spontanea o anche
detta indipendente dal RHO oppure dipendente da questa proteina che viaggia alle spalle dell'enzima
RNA polimerasi e va a liberare RNA che è stato sintetizzato.

Nel caso in cui sia stato trascritto e quindi sintetizzato un mRNA (RNA messaggero) trattandosi di una
cellula procariotica e priva di nucleo, vengono direttamente tradotti e non subiscono maturazione
poichè mRNA nel momento in cui viene trascritto viene subito attaccato dai ribosomi, quindi non ha la
possibilità di essere modificato perchè immediatamente tradotto, al contrario vengono modificati
(quindi maturano) gli altri RNA ovvero; tRNA (RNA transfer) e rRNA (RNA ribosomiale) La loro sintesi
avviene sempre per trascrizione e la maturazione consiste nel fatto che di solito i procarioti sintetizzano
un unico grosso RNA che contiene le varie forme di RNA ribosomale in più degli RNA transfer, quindi
attraverso dei tagli enzimatici ad opera di RNA vengono liberati i trascritti maturi quindi, a differenza
dell'RNA messaggero che nei procarioti viene immediatamente tradotto in quanto manca il nucleo, gli
RNA ribosomiali e RNA transfer possono andare in contro a processi d maturazione, sono però processi
semplici perchè consistono soltanto in tagli enzimatici ad opera di enzimi quali le RNasi.

Negli eucariotici il complesso enzimatico coinvolto è più articolato poichè ci sono diversi tipi di enzimi
RNA polimerasi, ciascuna per i vari gruppi di RNA:
• RNA polimerasi I  trascrive gli rRNA di grandi dimensioni

• RNA polimerasi II  trascrive gli mRNA e gli rRNA nucleare (ribozimi)

• RNA polimerasi III  trascrive gli rRNA di piccole dimensioni ed i tRNA

Si è visto che la RNA polimerasi II si serve di tutta una serie di fattori trascrizionali chiamati GTF che
legano sempre le regioni del promotore, che legano sostanzialmente la TATA BOX e il fattore
determinante per il riconoscimento della TATA BOX è il fattore 2D che derermina l'aggancio del fattore
2A e fa da catena agli altri che fanno da mediatori finchè non partecipa un attivatore. L’attivatore riesce
a sintetizzare RNA genando all’interno del DNA un ripiegamento creando una sorta di ansa. Questo
ripiegamento, indotto dall’attivatore, prende nome di bending.

Le sequenze che favoriscono la trascrizione sono chiamate “enhancer” ed è appunto una sequenza
che viene legata da alcune proteine, quali fattori di trascrizione e proteine attivatrici della trascrizione,
favorendo la trascrizione del gene a partire dal promotore, al contrario, il silencer viene legata da
repressori della trascrizione. Il silencer inoltre è un sito che silenzia la trascrizione.

Sebbene ci siano tanti fattori coinvolti a riconoscere il promotore, che mediano l’aggancio dell’enzima
RNA polimerasi, per far avvenire la trascrizione è necessario che l’enzima ad un certo punto si sposti dal
promotore per far si che la trascrizione possa proseguire e questo avviene per fosforilazione del
dominio carbossiterminale dell’enzima polimerasi ad opera per idrolisi di ATP, e ovviamente con la
fosforilazione viene indotta una variazione conformazionale dell’enzima che si stacca da tutti gli altri
fattori e quindi può andare e scivolare lungo il DNA, se dovesse subentrare il processo di duplicazione, la
fosforilazione e la trascrizione verrà interrotta.

Gli eventi che consentono la maturazione di un trascritto eucariotico si dividono in:

1. Capping

2. Poliadenilazione

3. Splicing

E sono degli eventi che avvengono nel nucleo.

RNA MESSAGGERO
L’RNA messaggero fuoriesce dal nucleo in forma matura (ciclo di esportazione) per far si che possa venir
tradotto nel citoplasma, nel citoplasma sarà attaccato dalla subunità minore del ribosoma procedendo
con la traduzione del messaggero, tutti questi cambiamenti sono indispensabili al messaggero per:

 distinguere il messaggero dall’RNA ribosomiale e transfer

 per proteggere il messaggero che potrebbe andare in contro a degradazione, siccome il suo è un
ruolo fondamentale per formare il corredo proteico di quella cellula, generalmente sarà
protetto dall’attacco di nucleasi.

Durante l’evento maturativo il messaggero viene processato in modo d’aggiungere all’estremità 5’ un


cappuccio (base modificata). All’estremità 3’ il messaggero subisce un taglio enzimatico e
successivamente vi è l’aggiunta di una coda POLI-A o poliadenilata (sequenza ripetuta di tante Adenine
e l’enzima è polia polimerasi), utile a far riconoscere al resto della cellula l'avvenuta maturazione ed
esportazione di questo fuori dal nucleo.

SPLICING

Per splicing si intende un accorciamento del messaggero prematuro. All’interno di un gene si possono
individuare delle sequenze esoniche e delle sequenze introniche.

La differenza tra esone e introne consiste nel fatto che:

 per introni si intende una sequenza che generalmente viene rimossa. Viene trascritta ma non vi
viene tradotta. Sono eliminati durante la fase del RNA messaggero del precursore (pre-mRNA) di
maturazione del mRNA impiombando nel RNA.

 per esone si intende una sequenza codificata da quest’ultimo che rappresenta il codice espresso
dagli mRNA maturi.

Quindi esoni ed introni sono semplicemente delle seguenze nucletidiche.


Per comprendere dove far avvenire il taglio, quindi dove finisce l'esone I e dove inizia l’introne I,
evidentemente il confine tra esone ed introne, detto sito di splicing al 5’, è caratterizzato da una
sequenza di tipo GU, mentre il sito di taglio al 3’, quindi il confine tra introne ed esone all’estremità 3’
detto sito di splicing al 3’ , è caratterizzato da un BINUCLEOTIDE del tipo AG, quesì di siti sono anche
chiamati:

 sito DONATORE

 sito ACCETTORE

Un altro punto importate per far avvenire lo splicing è un punto definito di ramificazione che si trova
all’interno dell’introne ed è molto più vicino al sito di splicing al 3’ , questo punto di ramificazione ha un
ruolo importante ed è un altro processo di regolazione.
Affinché si abbia un taglio dell’introne, interviene un complesso ribonucleoproteico formato da small
nuclear RNA (snRNA) e vengono rappresentati con U1,U2,U3,U4,U5,U6.. ed operano affinché l’introne
possa essere rimosso, quindi grazie a questo complesso multi proteico chiamato splacesoma (proteine +
snRNA) avviene il riconoscimento in modo del segnale al 5’ del punto GU avviene un primo taglip lì, si
viene a creare una chiusura favorita al punto di ramificazione.

In seguito al taglio si forma una struttura chiamata lariat perché si viene a creare una sorta di cappio
dove il GU prende contatto con questa adenina del punto di ramificazione, e solo dopo la fromazione del
lariat avviene il taglio al sito 3’ in corrispondenza di un BNUCLEOTIDE AG questo processo però è
mediato da due reazioni successive che prevedono un trasferimento di fosfato e perciò chiamate
reazioni di TRANS-ESTERIFICAZIONE

quindi il primo taglio avviene al 5’ in corrispondenza del GU una volta avvenuto il taglio può prendere
contatti con il punto di ramificazione A dopodiché avviene il taglio al 3’ in corrispondenza del
D-nucleotide AG quindi si è staccato completamente questo introne che verosimilmente va in contro a
degradazione ad opera di nucleasi, successivamente gli esoni vengono ricongiunti.

Nel momento in cui viene trascritto un gene questo trascritto va in contro a maturazione e lo splicing è
un processo importante di maturazione poichè dai colori rappresentativi si capisce che con la
maturazione saranno eliminate delle seguenze introniche facendo in modo che nel trascritto maturo
restassero solo degli isoni, ciascuno responsabile di domini particolari del polipeptide finale, questo
ovviamente immaginando che il processo stia avvenendo sull'RNA messaggero.
SPLICING ALTERNATIVO

Dentro al nucleo, gli introni sono rimossi e avviene cosi lo splicing alternativo, producendo
diversi mRNA a partire dallo stesso pre-mRNA. Grazie allo splicing alternativo posso, partire
dall'mRNA prematuro, opzionare vari messaggeri maturi. Il significato funzionale di questi
trascritti cambia e in modo particolare cambierà, durante la traduzione, la cornice di lettura di
questi messaggeri

Lo splicing
alternativo permette la trasformazione di trascritti maturi diversi in seguito al fatto che alcuni
introni vengono considerati esoni, da un tratto di DNA origineranno prodotti diversi. E' il caso ,
ad esempio, dell'immunoglobuline M e D che vengono generate dallo stesso mRNA a seconda
dei quali vengono rimossi.

Inoltre lo splicing alternativo contiene sequenze che definiscono confine tra esone e introne
grazie a fattori proteici denominati fattori di splicing alternativo che sono in grado di
collaborare con gli splicesomi aiutandoli, di volta in volta, a riconoscere isiti su cui operare i
tagli. Vi è poi un altro meccanismo che consente ad un tratto di DNA di dare prodotti diversi:
l'RNA polimerasi. Esso infatti può iniziare a trascrivere a partire da un secondo segnale (sito di
inizio della trascrizione alternativa). E' il caso del genere per il GnRH che presenta duetrascritti
diversia livello ipotalamico e a livello di altri tessuri, come ad esempio la placenta.

Il secondo sito di inzio della trascrizione si trova a -579 e dipende da un secondo promotore.
Altri geni possono avere anche segnali di terminazione della trascrizione alteraniti (forme
tronche).
Rispetto allo splicing canonico e allo spilicing alternativo, un altro processo interessante è il cosiddetto
back-splicing, il termine stesso ci da l'idea di quello che fa un back-splicing.

Immaginando di avere dinnanzi sempre un RNA messaggero prematuro, nello schema quello
rappresentanto contiene 4 esoni e 3 introni. Qualunque tipo di RNA messaggero potenzialmente può
sottoporsi a meccanismi di back-splicing .

Il back-splicing sostanzialmente prevede la chiusura covalente cioè, l'estremità tra il primo riesce a
ricongiungersi in maniera covalente (quindi in maniera piuttosto solida) all'estremità 5'), quindi il
trascritto che viene fuori da un back-splicing non sarà un trascritto lineare, bensì sarà un trascritto
circolare ecco perchè gli rna che sono prodotti a seguito di un back splicing si chiamano RNA circolari,
da non confondere con gli RNA circolanti.

 RNA cricolanti vuol dire che si trovano nei fluidi, quindi presenti in vescicole circolano nel
sangue;

 RNA circolari: per intendere RNA che hanno le estremità 5' e 3' chiuse in maniera covalente.
Anche in questo caso e possibile formare varie combinazioni di RNA circolari.

Gli RNA circolari possono essere distinti in:


 esonici se sono formati esclusivamente da esoni chiusi;

 intronici se sono formati esclusivamente da introni che si chiusono su se stessi;

 esointronici sono formati sia da esoni che da introni.

Inizialmente gli RNA circolari venivano classificati come RNA spazzatura, successivamente grazie a nuove
tecniche di identificazione si è scoperto che gli RNA circolari rappresentano la fetta piu abbondante del
trascrittoma umano, con tutte massime di espressione a livello dell'encefalo e a livello del testicolo. La
loro attività funzionale è considerata molto interessante perchè si dice che abbiano una sponge acivity
(attività di spugna) in grado di sequestrare i microRNA(miRNA), i quali sono inibitori di traduzione,
sequestrando i miRNA liberano i targhet rendendoli disponibili alla traduzione. Quindi con il
back-splicing la cellula fa regolazione dell'espressione genica.

Alcuni RNA circolari sono in grado di essere tradotti ma non utilizzando lo schema classico della
traduzione (aggancio, cappuccio..) bensì potranno essere tradotti individuandone eventualmente le
seguenze ires.

Facendo un confronto tra RNA messaggeri procariotici ed RNA messaggeri eucariotici, oltre a dire che i
primi non maturano ma vengono immeditamente tradotti, quelli eucariotici subiscono importanti eventi
di maturazione, è giusto dire che vi è un'altra differenza importante è che l'informazione presente in un
messaggero procariotico è una infromazione particolare perche questi messaggeri sono detti
policistronici, chiamati cosi perchè sono in grado di codificare per più proteine, è come se riuscissero ad
avere per ciascune sequenza esonica una cornice di lettura indipendente consentendo quindi che dai
singoli esoni si possano venire ad orginare più proteine differenti.

Questo non avviene per gli RNA messaggeri eucariotici che di solito vengono definiti monocistronici
perchè riescono a codificare per una singola proteina, a meno che il messaggero, in forma prematura,
non abbia subito uno splicing alternativo per cui in tal caso si siano venuti già a formare dei trascritti
alternativi.

SINTESI DI RNA RIBOSOMIALE

Il DNA che viene trascritto in rRNA viene anche definito come NOR (un tratto di DNA che è un cluster
di geni, che porta in se informazioni per i vari tipi di rRNA). In seguito alla trascrizione di questa regione
NOR, si ottiene anche in questo caso un trascritto prematuro o primario di RNA, quindi un pre-rRNA.

Sostanzialmente la maturazione di questo rRNA consiste nell'andare a tagliare queste porzioni di RNA
definito RNA spaziatore che funge da intervallo tra le varie forme di RNA ribosomiale maturo. Una volta
maturati vengono assemblati con le proteine ribosomiali a formare, a livello del nucleolo due subunità:
la subunità maggiore(60s) e la subunità minore(40s) del ribosoma, le quali subunità fuoriescono
separatamente dai pori nucleari e vanno nel citoplasma, il loro ricongiungimento avviene in
corrispondenza di un RNA messaggero durante la sintesi proteica.

RICORDA: le proteine ribosomiali che devono entrare nel nucleo presentano un segnale NLS (segnale di
localizzazione nucleare) perchè devono poter entrare nel nucleo per formare le due subunità, maggiore
e minore del ribosoma.
MATURAZIONE DI RRNA E TRNA NEI PROCARIOTI
Gli rRNA e i tRNA possono subire maturazione tanto nei procarioti quanto negli eucarioti.

 nei procarioti si formano dei trascritti molto grandi chiamati precursori che generalemnte
includono al loro interno varie forme di rRNA e anche alcuni tRNA. Gli RNA transfer però nei
procarioti potrebbero anche collegarsi in un altro modo, cioè oltre ad entrare a far parte di
precursori che includono anche gli rRNA possono agganciarsi in questo altro modo.

 negli eucarioti il meccanismo è leggermente diverso. Nel caso di rRNA si forma di solito un
precursore molto grande (40s) e gli eucarioti riconoscono i tratti da eliminare perchè non fanno
parte dell'RNA ribosomiale maturo, attraverso un meccanismo di metilazione (al 2'), cioè
metilare i tratti che non devono essere eliminati. Per capire precisamente i punti da metilare
vengono coinvolti gli snRNA ovvero gli small nucleolar RNA che hanno al 3' una regione che si
chiama D box, una regione che consente l'appaiamento dello small nucleolar RNA con l'RNA da
maturare, quindi si forma un DUPLEX, cioè una doppia elica RNA RNA. Generalmente 5
nucleotidi a valle della D box, rappresentano il sito che viene metilato in corrispondenza
dell'RNA ribosomiale prematuro, quindi attraverso questo duplex di RNA vengono facilmente
individuati i siti che dobbiamo metilare, e quindi i siti metilati sono quelli che devono essere
mantnuti, invece le porzioni che non risultano metilate devono essere rimosse. Un altro
meccanismo prevede invece che questo precursore, che contiene RNA 28s possieda degli
introni o anche porzioni spaziatrice, le rimuove attraverso una strategia alternativa, creando dei
super avvolgimenti cioè strutture ad ansa in grado di autoeliminarsi (self-splicing) senza
l'intervento di proteine.

IL tRNA

Il tRNA negli eucarioti nel momento in cui viene sintetizzato perde delle porzioni introniche al 3' , e tutti
al 3' subiscono l'aggiunta di tre nucletidi che sono CCA ed hanno un ruolo fondamentale perchè
rappresentano il sito d'aggancio dell'amminoacido chiamato anche stelo accettore. Questi tRNA
subiscono anche dei ripiegamenti a formare strutture secondarie e terziarie, nel ripiegarsi il tRNA forma
dei loop oltre che delle porzioni a doppio filamento chiamati STERM, dove c'è un appaiamento canonico
delle basi.

Un loop importante si chiama braccio D che contiene un nucleotide modificato, una caratteristica del
tRNA è avere basi azotate modificate, a partire dalle basi azotate canoniche hanno subuto l'aggiunta di
altri gruppi funzionali. Una di queste basi rappresentata del braccio D è il diidrouracile.
Un altro punto fondamentale del tRNA è l'ansa dell'anticodone che ha un ruolo determinante ai fini
della sintesi proteica perchè quest'ansa si appaia in maniera complementare con i codoni presenti sui
messaggeri. Inoltre è presente un braccio variabile, la sua lungehzza varia a seconda del tRNA ch viene
analizzato in modo tale che abbiano tutti la stessa lunghezza. Altro braccio importante è quello che
precede lo stelo accettore e presenta una base azotata ancora modificata chiamata pseudouracile che
interagisce con l'rRNA 5s della subunità maggiore del ribosoma per ancorare ad essa il tRNA.
CODICE GENETICO
si intende l’insieme di codoni che corrisponde a vari
amminoacidi (aa)

DNA RNA PROTEINE


NUCLEOTIDI NUCLEOTIDI AMMINOACIDI
4 4 22
CODICE: significa che c’è qualcosa da dover interpretare e quindi
bisogna capire quale sia il sistema che viene messo in atto dalla
cellula per passare da un’informazione che è scritta sotto forma di
‘nucleotide’ ad un’informazione scritta sotto forma di ‘amminoacidi’.
Gli istoni sono stati molteplici, non soltanto per capire come
l’informazione potesse cambiare, ma come anche districare questo
tipo di messaggio dal momento che i nucleotidi noti tanto nel DNA
quanto nell’RNA sono soltanto 4.
Questi 4 nucleotidi devono potersi combinare per sintetizzare in
effetti delle proteine, all’interno delle quali noi possiamo trovare al
massimo 22 amminoacidi.

Per poter interpretare il codice genetico, e capire come i nucleotidi


si organizzano per dar luogo a degli amminoacidi, sono state fatte
molteplici analisi. Uno dei primi studi prende il nome di IPOTESI
DI GAMOW il quale propone un’importante teoria di come gli
nucleotidi si possano organizzare per formare 20 amminoacidi.
Sostanzialmente lui si accorse che nella decodifica dell’RNA
messaggero non poteva essere considerato un nucleotide alla volta
perchè avendo soltanto 4 nucleotidi a disposizione avrei potuto
identificare esclusivamente 4 amminoacidi, ma neanche la
possibilità di combinare 2 nucleotidi si poteva considerare veritiera
perchè su 4 basi azotate, facendo un piccolo calcolo 4 alla 2 cioè 4
nucleotidi combinati in doppietti può dar luogo semplicemente a 16
amminoacidi ,cioè un’organizzazione di nucleotidi in due posizioni
per volta non è sufficiente per rispondere a tutti quanti gli
amminoacidi presenti in natura.
L’informazione nucleotidica nell’ambito dell’RNA messaggero
deve essere interpretata 3 nucleotidi alla volta.
Bisogna inoltre capire la corrispondenza che si viene a creare tra
un nucleotide e un amminoacido, quindi se per ogni nucleotide
viene letto corrisponde ad un amminoacido e se 4 sono i possibili
nucleotidi presenti in un RNA messaggero potrei avere come
risultato esclusivamente 4 alla 1 cioè 4 amminoacidi. Gli
amminoacidi da interpretare sono 22 non sono 4. Allora, la lettura
dell’RNA messaggero non è fatta sul singolo nucleotide ma deve
essere interpretato in un diverso modo evidentemente tutto
l’apparato che fa la biosintesi o traduzione non legge un singolo
nucleotide alla volta ma probabilmente come diceva GAMOW li
legge 2 alla volta e si potevano ottenere 16 amminoacidi, ma
nemmeno questa opzione è corretta.
Passando all’analisi di 3 nucleotidi alla volta, l’RNA messaggero
viene letto considerando 3 nucleotidi che devono corrispondere ad
un singolo amminoacido, facendo questa volta 4 alla terza .
4 sono i nucleotidi possibili che posso avere in un messaggero
combinati in triplette danno 64 amminoacidi. In conclusione la
lettura dell’RNA messaggero avviene 3 nucleotidi alla volta cioè in
triplette o codoni.
Ci furono molti altri studi più o meno intervallati di pochi anni.
L'ipotesi di GAMOW fu sostenuta da CRICK e BRENNER che
furono in grado di dimostrare in maniera definitiva che i codoni
consistono in 3 basi all’interno del DNA e dell’RNA, quindi il
messaggio contenuto in un RNA messaggero è un messaggio
composto da codoni.
IL SIGNIFICATO DI CODONE fu ulteriormente chiarito in
esperimenti di Matthaei che insieme a Nirenberg utilizzarono degli
RNA messaggeri sintetici (artificiali) quindi non lavoravano in
sistemi cellulari ma utilizzavano trascritti sintetici che in realtà erano
fatti da un’unica base ripetuta. L’uracile,infatti, si ripeteva
moltissime volte per cui il primo RNA promoter era un RNA uracile.

Scoprirono che con questa ripetizione loro ottenevano un unico


peptide contenente un singolo amminoacido che nella fenilalanina
riuscirono anche ad interpretare il significato del codone.
Perchè una volta detto che l’RNA messaggero dovesse essere letto
in codoni si trattava di capire ogni codone quindi ognuna delle 64
combinazioni a quale amminoacidi corrispondessero.
Utilizzando questa strategia capirono che il codone UUU fosse un
codone responsabile di specificare per l’amminoacido fenilalanina e
così via, quindi un pò alla volta sintetizzarono prima degli RNA con
la singola base ripetuta decine di volte e poi iniziarono a fare
combinazione di due basi alla volta (AU AU AU).
Contemporaneamente o poco dopo Holley aggiunse altri
interessanti studi che determinarono la struttura dell’RNA transfer
(tRNA) e sottolineavano il ruolo importante di questa
macromolecola come mediatrice della traduzione. Molta attenzione
con questi studi fu rivolta all’RNA messaggero che doveva essere
tradotto e su come dovesse essere interpretato. Ma l’RNA
messaggero ,non è l’unico attore della traduzione, contiene al suo
interno il messaggio da decifrare per ottenere un proteina ma
per poterlo decifrare occorre far intervenire i ribosomi ed occorre far
intervenire il tRNA. Quindi gli studi di Holley furono importanti per
capire che l’RNA transfer ha un ruolo determinante in quanto si
carica dell’amminoacido e che si riesce a posizionare nel punto
corretto in quanto con il suo anticodone riesce ad interagire in
maniera complementare con il codone presente sull’RNA
messaggero.

Gli amminoacidi che possono essere determinanti dai 64 codoni


possibili sono in maggioranza rispetto ai 22 amminoacidi reali
presenti in natura.
Visto che il numero di combinazione di nucleotidi è superiore a
quello degli amminoacidi, vuol dire che esistono codoni sinonimi
cioè che codificano per lo stesso amminoacido. Tale fenomeno è
noto come DEGENERAZIONE DEL CODICE GENETICO.

Il codice è letto in modo lineare, senza interruzione, né


sovrapposizione.
Questo tipo di conclusione è stato raggiunto attraverso sempre
analisi di RNA messaggero sintetici e si è arrivati con questi studi in
VITRO, non in cellule, cioè in provetta.
Altra importante considerazione è che partendo dal DNA, quindi da
un gene, arrivo a sintetizzare una proteina. Questo è quello che
affermava Yanofsky con il suo PRINCIPIO DI COLINEARITÀ’,
ovvero una corrispondenza lineare tra gene e proteina, al meno che
non si verificano dei punti di mutazione, per cui mutando il gene sto
modificando la sequenza nucleotidica anche all’interno dell’RNA
messaggero comportando dei cambi amminoacidi nella proteina
alterata. Queste sostituzioni amminoacidiche sarebbero il frutto
di eventuali mutazioni.

Secondo il ‘dogma centrale’ della biologia molecolare, il flusso


dell’informazione genetica avviene unidirezionalmente
(interpretato in modo da partire da un messaggio scritto in DNA,
spostarsi su una molecola di RNA per poi arrivare sulla proteina) e
segue un PRINCIPIO DI COLINEARITÀ’: un gene, ossia un
tratto di DNA costituito da una sequenza lineare dei nucleotidi,
viene trascritto in un filamento complementare di RNA messaggero,
e questo a sua volta specifica una sequenza corrispondente di
amminoacidi appartenenti al polipeptide che verrà sintetizzato.

In questa tabella troviamo il significato delle triplette,la


corrispondenza degli amminoacidi e il significato di alcuni codoni
speciali.
I codoni speciali sono il codone AUG perchè è stato interpretato
come il codone di inizio delle sintesi proteica, al quale corrisponde
un unico amminoacido che è la METIONINA.
Si è visto che AUG corrisponde alla METIONINA negli eucarioti
mentre negli procarioti l’AUG corrisponde alla FORMILMETIONINA.
Inoltre ci sono 3 codoni: UAA, UAG e UGA che in realtà non
corrispondo ad alcun amminoacido e per questo sono interpretati
come dei codoni di STOP della sintesi proteica, ciò vuol dire che
quando si arriva scorrendo lungo questo RNA messaggero ad
incontrare uno di questi tre codoni praticamente il ribosoma e il
tRNA non sono in grado di di riconoscere per bene questo codone
e posarci sopra un amminoacido corrispondente.
In realtà la possibilità di avere una corrispondenza con altri
amminoacidi c’è per questi codoni anche se è necessario che a
valle di questi codoni si vengano a presentare o a formare delle
strutture particolari.

Su 64 codoni possibili posso specificare 22 amminoacidi


evidentemente vuol dire che ci sono più codoni che specificano per
uno stesso amminoacido. Per alcuni di questi però il significato
del codone è un significato univoco.
Fatta eccezione per la metionina ed il triptofano per il quale c’è
soltanto il codone UGG.

Se sul messaggero per esempio incontro AGC o incontro AGU il


tRNA che si posiziona è sempre e solo un tRNA che si carica di
serina. Questo tRNA deve avere una grossa abilità cioè deve
riuscire ad essere particolarmente plastico come RNA così da poter
adagiarsi a due codoni diversi portando lo stesso amminoacido, ed
è possibile perché nella realtà dei fatti l'appaiamento tra codone e
anticodone non avviene in maniera perfetta.

Nel momento in cui l’RNA messaggero deve essere tradotto


partendo da un codone di inizio che corrisponde all’ AUG, il
messaggero viene letto 3 nucleotidi alla volta, ossia triplette in
tripletta. Affinchè questi codoni (tipo CUC e CUU) possano essere
letti allo stesso modo, pur essendo diversi in sequenza e quindi
possano corrispondere allo stesso amminoacido, cioè la leucina ( in
questo caso rappresentato) evidentemente questo tRNA che deve
portare l’amminoacido leucina non avrà appaiamento perfetto come
il messaggero. L’anticodone , quindi, presente nel tRNA si
appaierà in maniere perfetta per i primi due nucleotidi ma in terza
base si dice che si può avere un’anomalia, cioè è possibile che non
si rispettino le normali regole di appaiamento.
In terza base la guanina (che normalmente si appaia con la
citosina) potrebbe in maniera ‘eccezionale’ appaiarsi anche con
l’uracile, in tal caso si verrebbe a creare un cosiddetto ‘tagliamento
vacillante’. Grazie a questo tagliamento vacillante è possibile la
degenerazione del codice genetico.

L’appaiamento anticodone e codone potrebbe non essere un


appaiamento o canonico, cioè un appaiamento che segue le
regole canoniche di appaiamento tra nucleotidi,ossia che la adenina
corrisponde a l'uracile e la citosina corrisponda alla guanina quindi
quello che è stato dimostrato è che mentre per le prime due basi
dell’anticodone c’è un appaiamento perfetto o canonico con il
codone sul messaggero, in terza base si potrebbe verificare un
appaiamento di tipo non canonico e nella fattispecie,nell’esempio
che è sopra indicato,si potrebbe verificare il caso in cui la guanina
in terza base, in maniera complementare si appaia alla citosina (e
questo è l’appaiamento canonico normale) ma si potrebbe verificare
il caso in cui la guanina in maniera irregolare ( a livello
dell’anticodone) andrebbe a riconoscere l’uracile sul codone e
quindi a livello dell’RNA messaggero. Questo appaiamento si
definisce APPAIAMENTO VACILLANTE, cioè non perfetto ed è
grazie a questo appaiamento che quindi codoni diversi sull’RNA
messaggero possono considerarsi sinonimi, ossia possono
specificare per lo stesso amminoacido.

Il concetto di WOBBLE POSITION, posizione vacillante


dell’anticodone ha (in terza base) un appaiamento di tipo non
canonico e quindi mi spiega la degenerazione.
Tanto che in maniera schematica, ma tridimensionale, si vede
ancora meglio come questo sia possibile. Dobbiamo anche
immaginare che questi RNA che rappresentiamo in maniera
schematica abbiano anche un loro folding, un loro ripiegamento.
Il ripiegamento del tRNA che ha per esempio (vedendo
l’immagine) in questo caso caricato l’amminoacido serina al suo
stelo accettore.
L’anticodone (rappresentato) è posizionato a livello di un’ansa e
quindi verosimilmente trovandosi in braccio ripiegato questa terza
base potrebbe non appaiarsi in maniera perfetta a livello del codone
presente sull’RNA messaggero. Il vacillamento in terza base che
giustifica la degenerazione del codice genetico ha come
motivazione il ripiegamento o folding delle macromolecole che
stanno entrando in gioco.

IL CODICE GENETICO È’ UNIVERSALE, nel senso che se


vado a considerare specie diverse dovrei avere la stessa
interpretazione, non di questi codoni, quindi se un codone specifica
per l’arginina praticamente questo significato dovrebbe essere
universalmente riconosciuto. In realtà ci possono essere delle
eccezioni a questa regola e spesso si verificano nelle piante o a
livello mitocondriale, dove il DNA mitocondriale viene trascritto e
tradotto seguendo delle interpretazioni un pò diverse da quella che
è la lettura universale del codice genetico.

ESPERIMENTO

Esperimento riguardante l’interpretazione del codice genetico,


l’interpretazione dei singoli codoni per capire ciascun codone a
quale amminoacido corrispondesse. In realtà quindi l’utilizzo degli
RNA messaggeri fu fondamentale per questo tipo di indagine.
Partendo da un RNA messaggero sintetico fatto soltanto da uracile
ripetuto arrivava appunto ad ottenere un peptide fatto soltanto da
fenilalanina così da arrivare alla conclusione che l’uracile in
successione, un codone di tipo UUU, specificasse per la
fenilalanina.
Ad esempio se prendiamo la citosina ripetuta si ottiene in realtà la
prolina ripetuta, ovviamente partendo da questi singoli nucleotidi
ripetuti si arrivò a fare una combinazione di due nucleotidi per volta
e sostanzialmente nel messaggero sintetico si riusciva ad ottenere
un’alternanza di due possibili codoni. Questo partendo da un
polinucleotide fatto da due possibili base azotate.
I due codoni ottenuti del tipo UGU e GUG in realtà specificano per
gli amminoacidi, quindi il peptide che si veniva a sintetizzare era
appunto un’alternanza di cisteina, valina.
‘Questi esperimenti hanno contribuito attraverso dei messaggeri
sintetici a decodificare il codice genetico’.

Il ruolo del tRNA nella sintesi proteica è un ruolo determinante


perché fa da tramite tra codone presente sull’RNA messaggero e
amminoacido .CLICK lo definì tentativo della natura di far svolgere
ad un acido nucleico il ruolo che più comunemente è svolto da una
proteina, cioè questo tRNA quasi si assume la responsabilità di
sintetizzare la proteina perchè si carica di un amminoacido e in che
modo lo fa?
Evidentemente lo fa inserendo questo amminoacido nel cosiddetto
braccio accettore ma dopo aver fatto questo riesce a posizionarsi
sul messaggero appunto andando a far adagiare il suo anticodone
al codone presente sul messaggero.
Il tRNA si carica dell’amminoacido prima ancora che avvenga
l’interazione codone anticodoni , quindi se vediamo quello che
accade all’interno della cellula ,in modo particolare ci spostiamo ad
una cellula eucariotica dove tutto questo meccanismo si sta
mettendo in gioco nel citoplasma ,dato per scontato che l’RNA
messaggero, l’RNA RIBOSOMALE, L’RNA TRANSFER sono tutti
maturati a livello del nucleo . Fuoriuscendo dal nucleo attraverso i
pori nucleari, nel citoplasma il macchinario si attiva per la sintesi
proteica. Una volta che le macromolecole sono uscite nel
citoplasma, i tRNA essendo molecole libere trovano dei pool di
aminoacidi disponibili. Gli amminoacidi sono presenti nel citoplasma
e riescono a catturare con una specificità determinati amminoacidi
facendo avvenire la formazione di un legame di tipo estere con un
sito accettore, si caricano già dell’amminoacido e soltanto dopo che
si posizionano con il loro anticodone sul codone per poi staccarsi in
un secondo luogo e lasciando che questo peptide invia di sintesi
possa essere completato.
Affinché questo caricamento possa aver luogo dobbiamo tener
conto della interazione tra il tRNA e l’amminoacido. E’ quindi
necessario che questo amminoacido venga in qualche modo
catturato dal tRNA. Questo tipo di interazione è facilitata da un
enzima. L’enzima in questione si chiama AMMINOACIL-tRNA
sintetasi ed è un enzima che sintetizza l’interazione tra tRNA e
amminoacido. Questo enzima ha dei siti di riconoscimento nel
tRNA, ha un sito di riconoscimento per l’ATP perchè è un processo
che richiede energia e ha un sito di riconoscimento per
l’amminoacido.
Inizialmente l’enzima attiva l’amminoacido catalizzando una
reazione con l’ATP. Vuol dire che l’enzima cattura tanto
l’amminoacido quanto l’ATP e fa avvenire una prima reazione, cioè
un amminoacido in presenza di ATP che viene idrolizzata con
l’eliminazione di un pirofosfato riesce praticamente a energizzare
questo amminoacido perchè a questo amminoacido sarà legato la
MP.
A questo punto MP viene perso e rimane ancorato all'enzima tRNA
con l’amminoacido legato. Ovviamente tRNA si deve staccare
perchè si deve poter rendere disponibile per l'interazione codone
anticodone.
Tutto questo ciclo di reazioni avviene ancor prima che il tRNA si
posiziona sul codone quindi il caricamento del tRNA con uno
specifico amminoacido avviene prima ed è immediato dall’enzima
AMMINOACIL-tRNA sintetasi.
Se per errore il tRNA si caricasse di un amminoacido sbagliato
quindi se non ci fosse un corretto controllo dell'AMMINOACIL-tRNA
sintetasi, ‘il prodotto sarebbe una proteina alterata’ perché
sostanzialmente la specificità in cui il messaggero viene letto è
determinata soltanto dell'appaiamento codone anticodone.
Infine,se per qualche motivo dovesse avvenire un errore prima, cioè
in fase di caricamento del tRNA, questo errore sarebbe deleterio,
perchè poi quel tRNA con l’amminoacido caricato in maniera
sbagliata tenderebbe ad appaiarsi tramite il suo anticodone con il
codone quindi porterebbe un amminoacido sbagliato.
ANCHE SOLO UN AMMINOACIDO SBAGLIATO PUÒ’
ALTERARE UN’INTERA PROTEINA? In alcune casi basta
veramente un singolo amminoacido a dar luogo a prodotti proteici
che sono completamente alterati in funzione.

Una volta stabilito il ruolo del tRNA nella interazione codone


anticodone e una volta che abbiamo sottolineato la cosiddetta
ipotesi di vacillamento in terza base che fu suggerita da CHICK nel
66 e con questa definizione si prevede appunto che il codone possa
non avere un appaiamento perfetto con il codone presente sul
messaggero, quindi questa posizione vacillante appunto avrebbe
un ruolo determinante per spiegare la degenerazione del codice
genetico dobbiamo capire il ruolo del ribosoma nella sintesi
proteica.
Il messaggero tRNA fuoriescono come tali dai pori nucleari al
contrario invece i RNA ribosomiali si vanno ad assemblare a delle
proteine e formando un ribosoma. Il ribosoma non si complessa già
all’interno del nucleo, questo è un ribosoma completo fatto dalla
subunità maggiore e da quella minore. Queste subunità nella
realtà dei fatti rimangono separate dal nucleo attraverso i pori.

La loro interazione avviene soltanto in fase di sintesi proteica, cioè


di traduzione del messaggero direttamente sul trascritto.
Nell’analisi di questo ribosoma dobbiamo sottolineare due aspetti
importanti:
1. la prima subunità che si collega al messaggero è la subunità
minore ma l’azione trainante del ribosoma è invece
dipendente dalla subunità maggiore.
All’interno della subunità possiamo individuare 3 diversi siti:
1. SITO E
2. SITO P
3. SITO A
Questi siti vanno in qualche modo a orchestrare l’ingresso del tRNA
al messaggero, la fuoriuscita poi del tRNA vuoto, cioè che si è
scaricato dell’amminoacido e quindi la fuoriuscita dal complesso.
Nel momento in cui dobbiamo tradurre un RNA messaggero
dobbiamo riconoscere 3 diversi momenti:
1.TAPPA INIZIALE DELLA TRADUZIONE O SINTESI
PROTEICA
2.FASE DI ALLUNGAMENTO
3..FASE DI TERMINAZIONE
Nella fase di inizio (come si può osservare) è la subunità minore
del ribosoma che si aggancia al messaggero. Dobbiamo però
capire chi media l’aggancio cioè questa subunità minore perchè si
posiziona in alcuni punti precisi e non altrove e soltanto dopo
questo posizionamento si va a collegare anche la subunità
maggiore. Quindi si crea il ribosoma completo, il quale in fase di
allungamento si muove su questo messaggero e mano a mano
che slitta (dallo schema) il polipeptide che si sta sintetizzando
fuoriesce dal ribosoma finché non si arriva alla tappa finale della
sintesi proteica terminando il processo.

Termina il processo quando vedremo che il ribosoma incontra uno


dei tre codoni che abbiamo definito essere codoni di STOP.
In questo caso siccome a questi codoni non corrisponde alcun tipo
di RNA e quindi non è portato alcun amminoacido questo è un
segnale al che la sintesi proteica deve essere completata e quindi il
polipeptide viene rilasciato nel citoplasma mentre in effetti il
ribosoma si può dissociare. Si separa così la subunità maggiore e
quella minore.
COME AVVIENE LA LETTURA DI QUESTO RNA
MESSAGGERO?

Come al solito l’RNA messaggero viene letto in direzione 5’ 3’


primo. Questa è la direzione che viene seguita dai ribosomi in fase
di scivolamento sul trascritto.
La proteina che stiamo andando a sintetizzare presenterà essa
stessa delle estremità e sono in modo particolare la porzione
ammino terminale e la porzione carbossi terminale.
A livello di questa porzione si può verificare spesso che c’è la
presenza di sequenza segnale. Facendo riferimento ad una cellula
eucariotica ( che è appunto la più complessa perché è divisa in sub
comparti) come fa una proteina a capire dove deve arrivare?Chi
definisce il destino della proteina?
In qualche modo parlando dei segnali NLS CODONI ci sono dei
segnali di indirizzamento, cioè dei segnali che vengono interpretati
dalla cellula e fanno capire dove quella proteina deve lavorare.
Questi segnali di indirizzamento sono presenti quasi sempre nella
porzione AMMINO TERMINALE perchè questa è la prima porzione
che viene sintetizzata della proteina.

Partendo da un altro presupposto che la sintesi proteica in una


cellula eucariotica comincia sempre nel citoplasma grazie alla
presenza di ribosomi liberi nel citosol. I ribosomi sono liberi
anche nel RETICOLO ENDOPLASMATICO RUGOSO.
La sintesi proteica parte sempre sui ribosomi liberi nel citoplasma
ma nel momento in cui viene sintetizzata la porzione ammino
terminale ed eventualmente qui sono presenti delle sequenze
segnale molto speciali. La sintesi proteica si blocca nel citosol e
tutto questo complesso in via di traduzione si sposta sulle
membrane del reticolo endoplasmatico rugoso facendo in modo che
la proteina venga completata all’interno del reticolo.
Quindi c’è un vero e proprio spostamento di tutto il sistema di
biosintesi o traduzione proteica dal citosol verso le membrane del
RER.
Il movimento è finalizzato a far maturare la proteina nel RER e poi
l’APPARATO DI GOLGI per ottenere poi una proteina finale che
raggiunga determinati distretti cellulari.(DESTINO POST
SINTETICO DELLE PROTEINE).
QUALI SONO I SEGNALI DI INIZIO DELLA
TRADUZIONE?

Il codone è l'inizio della sintesi proteica (AUG). Come al solito,


l’AUG si trova all’interno di un RNA messaggero,cioè all’interno di
una sequenza polinucleotidica. Inevitabilmente ci dovrebbe essere
una qualche sequenza segnale poco prima di quello che deve
essere l’AUG di inizio.
La cellula utilizza dei segnali per poter capire che è l’AUG di inizio e
sono:
1.Nella cellula procariotica è una particolare sequenza che viene
riconosciuta come segnale e si chiama SHINE-
DALGARNO.(messa in evidenza in giallo) Si trova proprio a pochi
nucleotidi a monte, cioè prima di quello che è l’AUG di inizio. In un
AUG successivo questa sequenza non è presente.
Inoltre questa sequenza viene riconosciuta all RNA ribosomale 16s
( procarioti) che riesce ad allinearsi in maniera complementare
proprio alla sequenza di SHINE- DALGARNO.
Nelle vicinanze della sua estremità 3’ ha un tratto di
complementarità e quindi è questo aggancio che fa partire la sintesi
proteica.
Negli eucarioti, il segnale di SHINE- DALGARNO non c’è.

Quando abbiamo parlato di maturazione e dell’RNA messaggero


eucariotico abbiamo detto che al 5’ si ha all’aggiunta di un
cappuccio ed è proprio questo ad essere riconosciuto dalla
subunità minore e del ribosoma .

Il cappuccio metilato è un segnale di riconoscimento: serve a


distinguere un messaggero da tutti gli altri tipi di RNA.
La subunità minore del ribosoma si lega proprio a questo
cappuccio 5’.
Nella realtà dei fatti in alternativa al SHINE- DALGARNO prima
della AUG d'inizio si trova all’interno dell’RNA MESSAGGERO
eucariotico un’altra sequenza definita sequenza di KOZAK.
Quest’ultima è la sequenza che favorisce identifica il segnale con il
ribosoma e va ad individuare l’AUG di invio. In alternativa alla
sequenza di KOZAK spesso si possono anche trovare in alcuni
trascritti le cosiddette sequenze IRES ( Internal Ribosome Entry
Sites) vuol dire ‘SITI INTERNI DI ANCORAGGIO DI RIBOSOMA’.
SBOBINA DI BIOLOGIA APPLICATA 13/05

La cellula, sia essa eucariotica o procariotica, riesce a


trasformare un linguaggio scritto in nucleotidi in uno
sotto forma di amminoacidi

Numerose sono state le scoperte che hanno portato alla decifrazione del codice genetico, si
trattava di capire come interpretare queste informazioni scritte in nucleotidi per avere degli
amminoacidi. Si è arrivati alla conclusione che l’mRNA, ovvero l’RNA che deve essere tradotto, è
letto tre nucleotidi alla volta, che costituiscono un Codone (o tripletta). Con tre nucleotidi
possiamo formare 64 combinazioni, ciò signi ca 64 amminoacidi che vengono speci cati.

Noi abbiamo molti più codoni o triplette


rispetto al numero di amminoacidi che
realmente possiamo posizionare. Da
qui il concetto che esistono dei codoni
chiamati ‘sinonimi’, cioè che hanno lo
stesso signi cato siologico, ovvero a
cui corrisponde lo stesso tipo di
amminoacido, questo principio prende
il nome di degenerazione del codice
genetico.
fi
fi
fi
fi

Il codone AUG è particolarmente importante per la sintesi proteica, poiché rappresenta il codone
di inizio della sintesi proteica, al quale corrisponde negli eucarioti l’amminoacido metionina e nei
procarioti invece la Formilmetionina. L’altro amminoacido per il quale occorre un singolo codone
(UGG) è il Triptofano. Ci sono poi tre codoni (UAA, UAG e UGA) che sono considerati codoni di
stop, ovvero quando il macchinario della sintesi proteica incontra uno di questi tre codoni la
sintesi proteica termina perché ad esso non corrisponde nessun amminoacido. Ma con un’analisi
più approfondita del folding (o ripiegamento) dell’RNA, è stato possibile osservare che due di
questi codoni non sono sempre di stop, ma se presentano delle strutture a forcina, questi
prendono signi cato diverso a cui corrispondono due nuovi aminoacidi (Selenocisteina e la
Pirrolisina).

Come avviene la degenerazione del codice genetico?

Il tramite fondamentale tra l’mRNA e l’amminoacido è rappresentato dalla molecola di tRNA.

La molecola di tRNA rappresenta realmente quella che è la capacità di un RNA di ripiegarsi su se


stesso, perché per molto tempo si é detto che l’RNA fosse lineare, a singola elica rispetto al DNA
a doppia elica destrorsa, attraverso il DNA abbiamo avuto la dimostrazione che anche l’RNA si
può ripiegare formando dei tratti a doppio lamento, questi tratti sono de niti Stem. Alcune
sporgenze sono a singolo lamento e vengono chiamate Loop, e in questi Loop sono spesso
concentrate delle basi non canoniche, cioè delle basi modi cate. Quindi le porzioni interessanti di
questa molecola sono due: al 3’ dell’RNA troviamo il cosiddetto sito di attacco dell’amminoacido,
che termina con la sequenza CCA, e poi c’è la cosiddetta ansa dell’anti codone. Questa ansa è in
grado di appaiarsi, in maniera complementare, con la tripletta o codone presente sul messaggero.

fi
fi
fi
fi
fi
Il caricamento del tRNA con
l’amminoacido avviene prima ancora
che il tRNA riconosca con il suo
anticodone il codone presente sul
messaggero, i tRNA sono già carichi
dei rispettivi amminoacidi, per cui se si
dovesse veri care un errore nella fase
di caricamento il tRNA porterebbe in
corrispondenza di quel codone un
amminoacido alterato.

Si è visto anche che il caricamento del tRNA dell’aminoacido corrispondente avviene con
richiesta energetica, per l’attivazione dell’amminoacido c’è bisogno di ATP e di un enzima che
faccia da tramite ed è l’amminoacil-tRNA-sintetasi, cioè un enzima che va ad associare all’RNA
un determinato amminoacido, cioè una prima reazione in cui l’amminoacido viene attivato. Infatti
ad esso si legherà l’aaAMP con la perdita di pilofosfato. Questa reazione avviene ancora prima
che il tRNA possa individuare il codone sul quale poggiarsi, per cui ogni errore porterà ad una
proteina alterata nonostante il riconoscimento codone- anticodone sia avvenuto in modo corretta.

fi
In questo esperimento c’è un’a nità tra codone
anticodone, posizionati in modo antiparallelo.

Il folding del tRNA contribuisce ad un non


perfetto appaiamento di questa base con quella
del codone, quindi la guanina dell’anticodone
anziché riconoscere la citosina potrebbe
riconoscere l’uracile.

Questo giusti ca il perché a codoni diversi


possa corrispondere lo stesso tipo di
amminoacido.

Un ruolo fondamentale nella sintesi proteica è


data dai ribosomi.

Sono costituiti da RNA, che prende il nome di


RNA-ribosomiale e proteine.

Abbiamo diversi tipi di RNA-ribosimiali se si


tratta della cellula eucariotica o procariotica.

Il 5,5.8 e il 28S formano la subunità maggiore.

Il 18S insieme alle proteine formano la subunità


minore.

L’organizzazione delle subunità ha luogo nel


nucleolo. La sintesi proteica parte dal citosol
dove si trovano i ribosomi liberi.
fi
ffi

Il ribosoma guida in modo importante la sintesi


proteica.

La prima subunità che si lega all’mRNA è la


subunità minore alla quale si aggancia,
succesivamente, la subunità maggiore.

Subunità maggiore ha un peso di 60S.

Subunità minore ha un peso di 40S

Nel complesso, il ribosoma, ha un peso di 80S.

Nel caso dei procarioti il peso cambia:

La subunità maggiore pesa 50S.

Quella minore 30S.

Nel complesso il suo peso sarà di 60S.

I processi vengono, di solito, prima spiegati nei


procarioti dove tutto è più semplice.

Nei procarioti, mancando il nucleo, il messaggero


viene direttamente trascritto e tradotto senza subire
maturazione.

La subunità maggiore è molto importante perché


guida l’attività catalitica della sintesi proteica.

Presenta dei siti, come si nota in foto, Sito P, A e E.

A livello del sito P si aggancia il tRNA.

Il tRNA con il suo codone si incontra con l’mRNA e


il suo anticodone mediati dalla subunità maggiore.

Mentre il ribosoma avanza lungo l’mRNA in corrispondenza del sito A troveremo un secondo
codone al quale si dovrà agganciare un secondo tRNA, portatore di un nuovo aminoacido, cosi da
consentire la sintesi di quella proteina.

L’amminoacido portato dal primo tRNA, viene agganciato al secondo formando il legame
peptidico e il tRNA svuotato dal suo aminoacido viene portato al sito adiacente (sito E o exit).

Come tutti i processi, la sintesi proteica presenta:

Fase d’inizio
Fase di allungamento
Fase di terminazione.

Nella fase di inizio la subunità minore del ribosoma si aggancia al messaggero e questo aggancio
avviene in un punto in cui c’è il codone di inizio (AUG) e dopo si aggancia la subunità maggiore.
Questa fase è sostenuta da tanti fattore che vengono in aiuto ai fattori di inizio, allungamento e
terminazione, si tratta di fattori proteici che entrano in gioco per aiutare il complesso.

Successivamente, mentre il ribosoma scorre sul messaggero, la catena polipeptidica si allunga.

Questo è quello che succede se siamo nel citoplasma là dove nella porzione ammino-terminale,
che è la prima parte della proteina che si viene a formare, compare qualche segnale la sintesi
proteica si ferma e tutto il sistema trasloca sulla membrana del Reticolo Rugoso.

La sintesi termina quando si incontra un codone di stop.

Una fase importante di questo processo di traduzione è l’individuazione del codone di inizio.

Che si trova all’estremità 5’ infatti la proteina viene sintetizzata partendo all’estremità 5’ no a


quella 3’.

fi

Per individuare l’AUG di inzio dell’mRNA abbiamo due meccanismi di erenti:

Nell’ambito dei procarioti, l’AUG di inizio è preceduto da una sequenza nota come ‘sequenza di
Shine-Dalgarno’, viene individuata dall’RNA-ribosomiale 16S perché ha una sequenza
complementare.

A questa AUG di inizio corrisponderà un portatore di inizio di formil-metionina, questo è un punto


di distinzione tra eucarioti e procarioti,

All’AUG di inizio degli eucarioti corrisponde una Metionina.

C’è la possibilità di individuare la sequenza di


inizio negli eucarioti attraverso la sequenza di
Kozak sopra l’mRNA.

Negli eucarioti possono esserci altre sequenze


come quelle IRES, che sono sequenze interne.

ff

La subunità minore per agganciarsi utilizza fattori di inizio, in realtà partecipano vari fattori, in
particolare IF2, a volte anche IF3, che si serve dell’idrolisi del GTP formando il tRNA iniziale o
iniziatore, che riconosce l’AUG e porta la formil-metionina al nostro mRNA.

In un secondo momento, grazie al distacco dei fattori di inizio è possibile agganciare o unire la
subunità maggiore. Il ribosoma si trova sopra l’mRNA ed è pronto a tradurlo.

La di erenza dell’aminoacido tra i procarioti e gli eucarioti sta nel gruppo formilico
presente dei procarioti.

FASE DI ALLUNGAMENTO:
In questo intervengono i fattori di allungamento EF.

Il sito A, inizialmente vuoto, è posizionato su un codone successivo all’AUG.

Ci sarà un secondo tRNA che ha già caricato precedentemente l’amminoacido, si va a


posizionare in corrispondenza del sito A. È necessario che la prolina, possa legarsi alla metionina,
questo legame è peptidico. Il primo tRNA iniziatore si svuota della sua metionina perché si è
agganciata alla propina, quindi il tRNA passa al sito E, pronto ad essere eliminato.

Il secondo tRNA che porterà insieme a se i due amminoacidi, slitta dal sito A a quello P adiacente
e nel frattempo il ribosoma sta slittando lungo l’mRNA permettendo al secondo tRNA di passare
dal sito A al sito P.

Infatti il ribosoma slittando lungo l’mRNA permette l’entrata nel sito A di codoni nuovi ai quali
andare ad agganciare dei tRNA.

Al sito A si andrà ad agganciare un terzo tRNA con un altro amminoacido dove si comporterà allo
stesso modo del secondo tRNA. Infatti il dipeptide (prolina-metionina) si legherà al terzo
amminoacido liberando il secondo tRNA nel sito E dove verrà eliminato.

ff
In questo modo il terzo tRNA con tre amminoacidi agganciati (metionina-prolina-tirosina) si sposta
al sito P e così via no a quando nel sito A non comparirà un codone di STOP e quindi la sintesi
proteica si bloccherà.

Le proteine che catalizzano una reazione enzimatica si chiamano enzimi, quando invece la
reazione enzimatica non è catalizzata da una proteina ma da un rRNA viene chiamato ribozima
che controlla l’attività peptidil-trasferasi.

In corrispondenza del sito P, abbiamo il tRNA con vari amminoacidi agganciati e il sito A si viene a
trovare un codone di tipo UAA, codone di stop. Al sito A si attaccano dei fattori di rilascio che
consentono la liberazione del tRNA dal sito P, così come la liberazione della catena polipeptidica
che si è formata.

Anche le subunità maggiore e minore si possono dissociare dall’mRNA ritornando subunità libere
nel citoplasma. 

fi

Il polipeptide completo subirà delle modi che post-traduzionali, modi che che gli consentiranno
di raggiungere vari organelli.

I Chaperoni Molecolari contribuiscono al


ripiegamento della proteina.

Utilizzano l’energia di idrolisi dell’ATP per


ripiegare le proteine.

Troviamo l’intervento di due HSP 60 e 70.

La forma 70 agisce in maniera precoce, prima


che la sintesi proteica si completi.

La proteina solo in una forma completa può


essere funzionale.
fi
fi
Al contrario, le proteine HSP60 agiscono sulle
proteine solo quando sono state del tutto
sintetizzate.

La sintesi si completa e la proteina viene


agganciata alla proteine HSP70 che entra in
una forma non ripiegata in questa struttura a
gabbia. La struttura a gabbia viene chiusa e
l’HSP60 avvolge completamente la proteina e
attraverso l’energia data dall’ATP, questa
proteina viene completamente ripiegata.

Quindi la botte apre il suo cappuccio e


consente la fuoriuscita della proteina solo
quando si è raggiunta la conformazione
corretta. La proteina ora può svolgere i suoi
compiti nella cellula. 

Pagina 1
LEZIONE 14, 18/05

RICAPITOLAZIONE
Per la traduzione dell’RNA messaggero occorrono:

• l’RNA messaggero stesso;

• I ribosomi

• Il tRNA che ha un ruolo importante in quanto si carica dell’amminoacido e, attraverso


un’interazione complementare tra codone e anticodone riesce a portare questo amminoacido
sul codone corrispondente.

Abbiamo approfondito il discorso anche sul codice genetico, che è un codice degenerato, ossia
ci sono codoni sinonimi che possono codi care per lo stesso amminoacido; questo concetto però
non vale per il codone di inizio, il codone AUG, che è lo stesso per eucarioti e procarioti ma
comporta una distinzione: il tipo di amminoacido che viene portato in corrispondenza di questo
codone negli eucarioti è la metionina, nei procarioti è la formilmetionina.

Ciò che ci consente di individuare l’AUG di inizio sono alcune sequenze (anche qui si pone una
distinzione tra eucarioti e procarioti):

Nei procarioti abbiamo la sequenza Shine-Dalgarno che viene riconosciuta dall’rRNA che ha una
sequenza complementare alla sequenza Shine-Dalgarno e permette di legare l’mRNA alla
subunità minore del ribosoma;

Negli eucarioti c’è un’altra sequenza, la sequenza di Kozak o IRES. In particolar modo, il primo
modo per riconoscere l’mRNA negli eucarioti è il cappuccio di 7-metil guanosina all’estremità
5’, cappuccio che non abbiamo nei procarioti in quanto l’mRNA nei procarioti, in mancanza di
nucleo, non va incontro a maturazione (e quindi la traduzione avviene subito dopo la trascrizione
dell’mRNA).

La sintesi proteica termina quando si incontrano sulla cornice di lettura del messaggero alcuni
segnali di terminazione che sono le triplette di stop (o codoni di stop) UAA, UAG,UGA. A questi
codoni, infatti, non verrà a ancato nessun amminoacido in quanto non esiste un tRNA portatore
di un amminoacido per questi tre codoni (fatta eccezione per la pirrolisina e la selenocisteina che
sono determinati da questi codoni in condizioni particolari).

LEZIONE NUOVA

QUANDO E DOVE SI REALIZZA LA SINTESI PROTEICA NELLA


CELLULA EUCARIOTICA?

È noto che i ribosomi sono collocati sia liberi nel citosol sia adesi alle membrane del reticolo
endoplasmatico. Dunque anche il reticolo endoplasmatico rugoso può intervenire della sintesi
proteica a seconda delle proteine che bisogna sintetizzare.

La sintesi proteica parte sempre a livello del citosol, quindi abbiamo subito l’attacco delle
subunità minore e maggiore del ribosoma sul messaggero e l’iniziale formazione del polipeptide.

La traduzione del messaggero viene e ettuata in direzione 5’-3’ e la prima parte del polipeptide
nascente è l’amminoterminale; in questa porzione potrebbero esserci dei segnali di smistamento
che sono delle sequenze amminoacidiche piuttosto corte e permettono di dirigere la proteina
verso un determinato target.

Come abbiamo studiato in precedenza, le proteine svolgono molti ruoli all’interno della cellula,
dunque hanno bisogno di trovarsi in determinati organelli e per raggiungere questi ultimi è
necessario che la proteina sia “segnalata”. Dunque il segnale stabilisce dove deve andare la
proteina.

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Per alcune proteine, come quelle indirizzate verso i mitocondri, il nucleo, i cloroplasti e i
perossisomi, lo smistamento della proteina avviene a traduzione completata nel citoplasma
stesso e per questo parliamo di uno smistamento post-traduzionale (come vediamo nella
parte sinistra della slide sopra);

Per altre proteine, come quelle indirizzate al RE, al Golgi, ai lisosomi, ai vacuoli, alla membrana
plasmatica, vi è uno smistamento co-traduzionale (come si nota nella parte destra della slide).
Si tratta di proteine che possiedono nella porzione amminoterminale speciali peptidi segnali; di
conseguenza la sintesi proteica che è partita nel citosol si blocca e tutto questo macchinario
trasloca sulle membrane del reticolo endoplasmatico rugoso. Quindi la sintesi proteica è
completata all’interno della matrice del reticolo endoplasmatico e lì, oltre a completare la
proteina, si provvede a modi carla enzimaticamente e a foldarla (ci riferiamo al folding proteico,
quindi il ripiegamento tridimensionale che consente alla proteina di essere biologicamente
attiva). Dal reticolo, poi, la proteina si sposta verso l’apparato di Golgi dove subisce ulteriori
modi che enzimatiche e tagli enzimatici necessari a raggiungere un livello di maturazione
successivo. Dopodichè:
- in alcuni casi la proteina va verso la membrana plasmatica,
- in altri casi la proteina dovrà essere esocitata e quindi spostata all’esterno della cellula ,
- in altri casi ancora (non rappresentati in gura) la proteina torna indietro nel reticolo
endoplasmatico dove dovrà sostare in maniera de nitiva. (Il fatto che la proteina torni
indietro nel reticolo endoplasmatico testimonia che la tappa verso il Golgi è una tappa
obbligata in quanto nel Golgi avvengono modi che di erenti da quella che la proteina ha
subito a livello reticolare).

Ci sono poi altre proteine destinate al citoplasma le quali perdono il peptide segnale e in seguito
alla traduzione resteranno del citoplasma.
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Dunque ciò che fa la di erenza tra le due modalità di smistamento delle proteine è proprio la
presenza di questo peptide segnale che farà bloccare temporaneamente la sintesi proteica nel
citosol per smistare tutto il complesso verso le membrane del reticolo endoplasmatico.

Caratteristiche di questa sequenza segnale:

- è collocata nella porzione ammino-terminale della proteina nascente;

- consiste di 20 amminoacidi idrofobici e verrà successivamente tagliata dalla catena


polipeptidica nel lume del reticolo endoplasmatico perchè il suo ruolo è semplicemente quello
di trasferire il sistema molecolare verso le membrane del reticolo;

- viene riconosciuta da una particella SRP, ossia una particella di riconoscimento del
segnale. Si tratta di un complesso fatto di proteine e un piccolo RNA citoplasmatico che
agganciandosi in corrispondenza della sequenza segnale crea un ingombro sterico che è la
causa del blocco temporaneo della traduzione.

SCHEMA RAPPRESENTATIVO

1. Abbiamo un ribosoma che sta scorrendo sull’ mRNA per poterlo tradurre; la prima porzione
del polipeptide neosintetizzato è la porzione amminoterminale con questo peptide segnale
riconosciuto dalla particella SRP;

2. Questa SRP nell’agganciarsi al peptide blocca la traduzione temporaneamente e fa si che


tutto il macchinario biosintetico possa traslocare sulle membrane del reticolo endoplasmatico
rugoso;

3. Questa traslocazione avviene perchè la particella SRP riesce a trovare sulle membrane del
reticolo endoplasmatico un recettore speci co che consente l'aggancio di tutto il sistema
sulle membrane del reticolo. Questo recettore della particella SRP fa parte di un complesso di
traslocazione (parliamo di un traslocone Sec61) fatto da più subunità:

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Pagina 4
- In primis c'è il recettore che riconosce in maniera speci ca la particella SRP il quale ha un
ruolo determinante perchè consente l'attacco di tutto il complesso biosintetico sulle
membrane del reticolo;

- c’è un recettore che ancora i ribosomi alle membrane reticolari

- c'è una proteina canale;

- c’è una peptidasi che è un enzima idrolitico;

4. La proteina canale consente l’ingresso del peptide con consumo di GTP


5. l’enzima idrolitico (peptidasi) entra in gioco per tagliare il peptide segnale che ormai non ha
più motivo di esistere e a seguito della rimozione continua ad avvenire la sintesi proteica secondo
le modalità della traduzione che abbiamo precedentemente studiato (quindi il peptide si allunga e
riesce a traslocare all'interno del reticolo e man mano che la traslocazione avviene la particella
SRP viene rilasciata nel citosol per poter identi care una nuova sequenza segnale);

6. la proteina rimanente del polipeptide completato si distacca dal ribosoma e si ripiega no ad


assumere la sua conformazione decisiva.

LA PROTEINA BIP NEGLI EUCARIOTI


Nell'ambito degli eucarioti il traslocone Sec61è supportato da uno chaperone particolare che si
chiama Bip. Questo chaperone ha il compito di regolare e ripiegare la proteina, si trova al di
sotto del traslocone Sec61 e tende ad aiutare la proteina all’interno del RE rugoso. Ovviamente
tutto ciò avviene con dispendio energetico e l'energia è o erta dall'idrolisi dell'ATP.

Di solito questo chaperone


lega le porzioni idrofobiche
di questa proteina in corso
di sintesi e nel momento in
cui si attacca alla proteina la
tira giù e inizia a ripiegarla
tridimensionalmente così
che possa essere
biologicamente attiva.
Dunque il folding reticolare è
sotto il controllo di
chaperoni, in modo
particolare del Bip che
lavora insieme a due
proteine coadiuvanti che
sono la calnessina e la
calreticulina.

LA PROTEINA BIP NEI BATTERI

Sappiamo bene che


la cellula procariotica
è priva di organelli,
quindi la proteina Bip
si trova a livello
della membrana
plasmatica e tende a
spingere le proteine
verso l'esterno della
cellula nel caso in cui
si debba veri care
un’esocitosi.

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Pagina 5
FUNZIONI DEL RE RUGOSO NEL MECCANISMO DI SINTESI PROTEICA
Esso svolge diverse funzioni:

partecipa alla sintesi di proteine destinate alla matrice cellulare (proteine che devono essere
esportate);

partecipa alla sintesi di proteine destinate alla membrana plasmatica;

partecipa alla sintesi di proteine destinate ai lisosomi. I lisosomi infatti possiedono enzimi
idrolitici che hanno il ruolo di frammentare le molecole;

interviene nel ripiegamento della proteina in struttura terziaria infatti sappiamo che quest’ultima,
rispetto alla struttura secondaria, prevede molti altri legami tra cui i ponti disolfuro, legami ionici,
legami covalenti;

molto importante è anche la glicosilazione, ossia l'aggiunta di zuccheri: il risultato nale


sarà la glicoproteina. In particolare parliamo di N-glicosilazione, quindi sono aggiunti zuccheri
al gruppo amminico (NH2) presente sulla catena laterale dell'amminoacido asparagina e non al
gruppo amminico coinvolto nel legame peptidico in quanto a livello di quest’ultimo la struttura
della proteina si presenta piuttosto rigida e dunque il gruppo amminico non è disponibile ad
essere glicosilato.

GLICOSILAZIONE: La reazione
parte dal citoplasma e richiede
l'intervento di un lipide
denominato DOLICOLO
FOSFATO che è completamente
immerso nel doppio strato
lipidico della membrana del RER
e ha un ruolo fondamentale
perchè aggancia sul versante
citoplasmatico degli zuccheri:
dapprima delle unità di N-acetil
glucosammina e poi delle unità di
mannosio. Dopodichè questo
albero oligosaccaridico si sposta
ruotando completamente dal
citoplasma al reticolo
endoplasmatico rugoso
attraverso un ip- op (un
movimento da una parte all'altra
del bilayer). Ovviamente questo
movimento richiede l'intervento
dell'enzima ippasi e di
energia. Una volta che questo
albero oligosaccaridico si trova
nel reticolo endoplasmatico,
mano a mano si aggiunge il
glucosio e in seguito si stacca dal
dolicolo fosfato e viene trasferito
alla proteina attraverso una
proteina che si chiama
OLIGOSACCARIDE
TRASFERASI. In questo modo le
proteine all'interno del reticolo
endoplasmatico subiscono la
N-glicosilazione.

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Pagina 6
RISPOSTA UPR E RETICOLO ENDOPLASMATICO
Abbiamo a ermato che il reticolo è coinvolto nel folding di una proteina grazie all'intervento di un
tipico chaperone (BIP), ma che cosa succede quando in alcune condizioni di stress o
invecchiamento il sistema di chaperoni è compromesso?

In mancanza di un'e ciente azione da parte degli chaperoni, nel reticolo endoplasmatico rugoso
si accumulano numerose proteine unfolded, ossia non ripiegate, o proteine misfolded, ossia
ripiegate non correttamente.

Queste proteine sono tossiche per la cellula e quindi l’accumulo di queste proteine scatena una
risposta reticolare che prende il nome di UPR, ossia Unfolded Protein Response (= risposta a
proteine unfolded); si tratta di una risposta cellulare con funzioni protettive.

Il campanello d’allarme è avvertito dalla proteina BIP (Binding Immunoglobulin Protein) attiva
subito una risposta che ha come compito la promozione del refolding a nchè le proteine
possano essere ripiegate in maniera corretta.

BIP attiva altri tre mediatori che sono: PERK, IRE1 e ATF6. Questi tre mediatori sono richiamati
da BIP e associati a quest’ultimo in un primo momento, dopodichè BIP si dissocia a nché possa
scatenarsi la risposta mediata da questi sensori che attivano una cascata molecolare.
Questa cascata molecolare spinge l’intera cellula a provvedere il ripristino del folding di queste
proteine attivando anche dei nuovi chaperoni da mandare verso il reticolo per soddisfare il
bisogno del reticolo di foldare un grosso numero di proteine.

In modo particolare ATF6 si stacca dal reticolo e va verso il Golgi dove viene tagliato in varie parti
e in modo particolare viene tagliata una porzione detta peptide attivo che trasloca nel nucleo dove
attiva la trascrizione e l’espressione di chaperoni che possono essere trasferiti verso il reticolo
per consentire di promuovere il folding di tutte le proteine che si stanno accumulando nello stato
non foldato.

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RUOLO DEL COMPLESSO DEL GOLGI NELLA VIA DI SVISTAMENTO
DELLE PROTEINE
Come abbiamo accennato in precedenza, una tappa obbligata per la proteina è il complesso del
Golgi dove si completa la maturazione proteica.

Esso è caratterizzato da varie cisterne appiattite che, strutturalmente e funzionalmente sono


divise in cisterne cis, mediane e trans.

Queste cisterne si diversi cano tra loro sia per il ph che per il contenuto enzimatico:

laddove le cisterne cis sono quelle rivolte verso il nucleo e il reticolo, le cisterne trans a acciano
verso la membrana plasmatica, quindi il contenuto delle cisterne cambia e di conseguenza la
proteina che deve essere maturata, a seconda della modi ca che deve subire, viaggia lungo
queste cisterne attraverso delle vescicole di trasporto che vanno da una cisterna a un’altra.

Quello che si può


osservare
morfologicamente è che
all’estremità queste
cisterne appaiono
bombate: questo accade
perché le vescicole di
trasporto si staccano da
una cisterna e si fondono
con quella successiva
comportando questo
ringon amento della
cisterna all’estremità.

Queste vescicole si
chiamano anche
VESCICOLE SPOLA,
perchè veicolano le
proteine da un distretto ad
un altro per completare la
maturazione della proteina.
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La volta scorsa abbiamo introdotto il Golgi come organulo, dicendo che al di la della morfologia è
importante capire in che modo il Golgi
partecipa a questi meccanismi di modifiche
delle proteine nascenti. Quindi abbiamo
sottolineato che il complesso del Golgi è fatto
da varie cisterne: cisterne CIS, mediane e
cisterne TRANS, che sono differenti tra di loro
per vari motivi: sono differenti per spessore di
membrana; per PH perché passiamo da un PH
quasi neutro delle cisterne CIS ad un PH più
acido per quanto riguarda le cisterne TRANS
che sono quelle rivolte verso la membrana
plasmatica; ma è importante sottolineare che
cambia proprio il contenuto enzimatico di
ciascuna cisterna e questo significa che nelle varie
cisterne possono avvenire modifiche differenti, e
questo è il motivo per cui spesso la proteina viene
veicolata da una cisterna all’altra attraverso queste
vescicole spola, che si staccano da una cisterna e
passano a quella successiva. Quindi questo distacco e
questo nuovo ingresso sono dei meccanismi di
esocitosi ed endocitosi, quindi di fusione delle
vescicole alle membrane delle cisterne proprio poi
per consentire il rilascio del contenuto di questa
vescicola, ovvero di questa proteina che nel Golgi
deve subire le giuste modifiche.

Evidentemente l’apparato di Golgi rappresenta una stazione necessaria a modificare proteine che
sono destinate alla membrana plasmatica o destinate all’esocitosi; in effetti molte delle proteine
che passano dal reticolo verso il Golgi poi nella realtà
dei fatti devono ritornare verso il reticolo perché è
nel reticolo che la proteina deve funzionare, quindi il
fatto che possa passare dal reticolo al Golgi dimostra
semplicemente che la proteina ha bisogno di questo
passaggio per poter maturare ulteriormente e,
soltanto dopo che ha subito delle opportune
modifiche, può ritornare a “casa”, cioè dietro un
opportuno riconoscimento di un segnale che poi
vedremo può ritornare verso le membrane del
reticolo perché è lì che deve svolgere il suo compito.
Quindi l’apparato del Golgi ha un ruolo fondamentale tanto nei meccanismi di esocitosi quanto in
generale nella maturazione di un prodotto proteico.
Qui rivediamo quello che abbiamo descritto
fino adesso, cioè che le proteine attraverso
delle vescicole si staccano dal RER e questa
volta è più giusto però parlare di
glicoproteine, che vanno nelle cisterne CIS e
poi riescono ad essere trasferite da una
cisterna CIS a quella mediana e a quella
TRANS per poi, eventualmente, andare
incontro a esocitosi.

Dobbiamo sottolineare quali tipi di modifiche


queste proteine possono subire all’interno
del complesso del Golgi. Qui non soltanto le
proteine ma anche i lipidi transitano per
essere modificati. Sicuramente una delle più
importanti modifiche che ha sede nel
complesso del Golgi è la cosiddetta O-
GLICOSILAZIONE. Come dice il termine
stesso, se parliamo di O-GLICOSILAZIONE,
vogliamo differenziare questo tipo di
reazione da quella che precedentemente è
stata descritta per il RER (N-
GLICOSILAZIONE), in quanto in questo caso
l’aggiunta di catene oligosaccaridiche, a
livello della proteina, sta avvenendo in
corrispondenza di un gruppo OH, cioè di
un gruppo ossidrilico presente nella
catena laterale di due tipici amminoacidi
la serina e la treonina. Quindi la O-
GLICOSILAZIONE è una delle reazioni più
caratteristiche che hanno luogo
all’interno del complesso di Golgi; ma
non è l’unica perché nel complesso di
Golgi a seconda delle modifiche, delle
proteine che stiamo andando a
considerare e a seconda dei targhet
cellulari rispetto ai quali le proteine
devono giungere, la proteina subirà
determinati rimaneggiamenti, quindi
non per tutte le proteine che arrivano al
Golgi avviene la O-GLICOSILAZIONE o la
fosforilazione ecc ma la modifica che la proteina subisce nel Golgi è strettamente correlata al tipo
di proteina che stiamo considerando oppure al targhet cellulare che quella proteina deve
raggiungere. Quindi in generale noi stiamo vedendo modifiche tipiche del complesso del Golgi , ma
il tipo di modifica che la proteina subisce è dipendente dalla proteina stessa. Quindi oltre alla O-
GLICOSILAZIONE, le proteine all’interno del Golgi possono subire la fosforilazione, la solvatazione,
aggiunta di acidi grassi o anche tagli proteolitici: cioè dobbiamo tagliare delle porzioni della
proteina per poterla maturare, quindi l’obbiettivo è sempre fare in modo che la proteina maturi.

Un esempio tipico di rimaneggiamento legato al taglio proteolitico riguarda l’insulina. L’insulina, in


realtà , si presenta in una forma prematura che prende il nome di Preproinsulina. Se guardiamo
quest’ormone proteico, possiamo notare che in questa forma sicuramente è presente la sequenza
segnale, sono presenti due peptidi che vengono poi collegati da polipeptide A e polipeptide b, che
sono collegati da un polipeptide di connessione. In un primo momento la proteina subisce
all’interno del RER il taglio della sequenza
segnale e questo è un processo tipico che
abbiamo individuato all’interno del RER perché
appunto la peptidasi del segnale elimina la
sequenza segnale. Quello che succede nel RER è
la formazione di ponti di solfuro, perché il RER è
responsabile del rimaneggiamento della
proteina e quindi della formazione di una sua
struttura terziaria e uno dei tipici legami che
stabilizza la struttura terziaria delle proteine è
proprio il ponte di solfuro. Il ponte di solfuro si
viene a formare tra i due peptidi: il peptide A e il
peptide B. Quindi la proteina da che era
rilassata e distesa inizia ad essere rimaneggiata quindi ripiegata così da avvicinare i due peptidi
apparentemente distanti e consentire la formazione dei ponti di solfuro. Con questo legame la
proteina ha subito una modifica importante da prepoinsulina si è trasformata in proinsulina; ma la
proinsulina non è il prodotto finale, maturo di quest’ormone, perché nel Golgi questa proinsulina
subisce, mediante taglio proteolitico, l’eliminazione del polipeptide di connessione. Quello che
rimane sono soltanto i due peptidi funzionali ( A e B) collegati tra di loro mediante ponti di solfuro.
Quindi il Golgi, attraverso il taglio proteolitico, si forma il prodotti finale proteico che sarebbe
l’insulina. Quindi questa è un a dimostrazione del fatto che il Golgi partecipa al rimaneggiamento
delle proteine e collabora con il RER affinché le proteine possano essere modificate, maturate;
quindi la stazione del Golgi è una stazione obbligata e una delle modifiche proteiche è appunto il
taglio proteolitico ed un esempio è quello che subisce l’insulina nella sua fase di processamento a
partire dal RER fino ad andare al Golgi.

Le proteine , quindi arrivate al Golgi subiscono delle opportune modifiche e quindi riescono a
maturare e queste proteine si servono di sequenze segnale per poter far capire alla cellula dove
arrivare e che tipo di taghet cellulare raggiungere. Le proteine però non si spostano da un
organello all’altro nude e crude, ma solitamente vengono vescicolate, quindi vengono inglobate in
queste vescicole membranose e spostate da un distretto all’altro della cellula e a questo punto
viene spontaneo capire se queste vescicole hanno esse stesse dei segnali di smistamento visto che
queste vescicole sono tante all’interno della cellula e sono anche molto simili perché sono delle
strutture membranose che si spostano, quindi esistono dei segnali che permettano di individuare
le vescicole e veicolarle verso il giusto targhet cellulare? Evidentemente Sì. Cerchiamo di capire
cosa succede guardando il RER e soprattutto il transito di proteine dal reticolo rugoso vero le varie
cisterne del Golgi ovvero la cisterna CIS, mediana e TRANS che si chiama anche TGN, cioè Trans
Golgi Network che è la parte di membrana dell’apparato di Golgi che viene posta sul versante più
vicino alla membrana plasmatica, quindi dal RER al Golgi vengono veicolate numerose vescicole.
Queste vescicole sono rivestite da
una proteina che si chiama COP II ,
COP sta per coating protein, quindi
una proteina di rivestimento che
avvolge la vescicola; quindi la
presenza di COP II sulla membrana di
queste vescicole rappresenta un
segnale a che questa vescicola ha un
contenuto proteico che deve
maturare quindi inevitabilmente
bisogna spostarsi dal RER verso il
Golgi per consentire tale
maturazione. Qui la proteina viene
rilasciata perché la vescicola si fonde
con le cisterne e riversa il suo
contenuto all’interno delle cisterne , e poi viene rimaneggiata al punto giusto maturata a seconda
delle necessità con un taglio proteolitico, una fosforilazione o altro. All’interno del TGN si
accumulano altre proteine che devono seguire vari destini, generalmente devono andare verso i
lisosomi o anche devono poter andare verso la membrana o anche devono essere secrete; quindi
le vescicole che si staccano dal TGN per raggiungere questi distretti hanno un rivestimento di tipo
clatrina, dove anche la clatrina è una proteina di rivestimento che segnala, una volta che si trova
sulla superficie della vescicola, che questa vescicola sta uscendo dal TGN per poter raggiungere o
la membrana o anche essere esocitata. Alcune vescicole, in realtà, dopo che il prodotto proteico
del Golgi ha subito la giusta maturazione tornano indietro, quindi dal Golgi tornano verso il
reticolo, il rivestimento sta cambiando perché anziché avere un rivestimento di tipo COP II hanno
un rivestimento di tipo COP I, dove COP I è sempre una coating protein. Quindi stiamo parlando di
famiglie di proteine di rivestimento che però cambiano per sequenza amminoacidica e quindi fa da
segnale a che la vescicola possa ritornare verso il RER e quindi cosa riporta indietro verso il RER?
Evidentemente porta indietro delle proteine ce sono state modificate nel Golgi ma che sono
destinate a lavorare nel RER, e queste proteine hanno un qualche segnale di ritorno verso il
reticolo? Sì, hanno un segnale che si chiama KDEL .

KDEL, in verità, è una sequenza di amminoacidi; K-D-E-L sono semplicemente delle iniziali di
amminoacidi quali: lisina, acido aspartico, acido glutammico e leucina. Quando le proteine
presentano un segnale di tipo KDEL sono
proteine destinate a rientrare verso il RER;
quindi una proteina che esce dal RER matura
nel Golgi, viene vescicolata all’interno di una
struttura membranosa e questa vescicola ha
un rivestimento di tipo COP II , riversa il
contenuto proteico all’interno delle cisterne
del Goldi e qui la proteina viene rimaneggiata
opportunamente e poi siccome è presente il
segnale KDEL si individua perfettamente che
questa proteina è destinata a ritornare
indietro verso il reticolo endoplasmatico.
Quindi le membrane del Golgi presentano
recettori per il KDEL, quindi captano questa proteina ( indicata nella slide con un pallino rosso) e
per esocitosi di questa di questa cisterna si forma una vescicola, in cui è inglobato sia il recettore
che la proteina che ha la sequenza KDEL e la vescicola ha un rivestimento, essendo una vescicola di
ritorno, di tipo COP I . Questa vescicola ritorna nel RER , qui si fonde con le membrane del reticolo
, riversa le proteine maturate nel reticolo e succede che il recettore viene riciclato. E abbiamo visto
più di un’occasione che c’è un riciclo di proteine specialmente recettori perché questi possano
funzionare in altri transiti, quindi i recettori vengono riportati di nuovo verso il Golgi per poter
captare eventuali nuove proteine che avendo un segnale KDEL sono destinate al RER. Quindi un
segnale interessante di smistamento proteico è il segnale KDEL che indirizza le proteine verso il
RER.

Quindi nell’ambito di questa segnalazione proteica e nell’ambito di questi tragitti, un latro segnale
da tener conto è il segnale del MANNOSIO-6-FOSFATO, che è un disaccaridi che viene aggiunto a
livello del RER e laddove presente rappresenta un segnale di smistamento verso i lisosomi. Quindi
nelle membrane del RER immaginiamo che sia arrivato il segnale di un enzima lisosomiale; quindi
come vedremo tra poco questo organello presenta all’interno tanti enzimi idrolitici che devono
digerire del materiale in ingresso , quindi immaginiamo un enzima peptidasi, nucleasi che devono
lavorare nel lisosoma devono prima
maturare e per queste proteine quindi si
parla di uno smistamento co-traduzionale,
ovvero c’è una maturazione del polipeptide
segnale e si innesca il meccanismo FRP
dipendente e succede che all’interno del
RER l’enzima lisosomiale che si sta
rimaneggiando viene modificato nel senso
che viene aggiunto un carboidrato che è
appunto il mannosio. Questo mannosio
però non è ancora in forma fosforilata e
succede che dal RER l’enzima si stacca
perché viene vescicolato e quindi veicolato
verso le cisterne CIS del Golgi e poi deve
maturare lungo queste cisterne. All’interno delle cisterne CIS del Golgi succede che quest’enzima
oltre ad essere glicosilato viene anche fosforilato o meglio il segnale mannosio, che era stato
aggiunto precedentemente nel RER, subisce fosforilazione. Il segnale mannosio- 6 – fosfato è un
segnale importante, perché ci sarà un recettore per il mannosio-6 –fosfato che è posto proprio
sulle membrane delle cisterne TRANS del Golgi, quindi questo recettore riesce a riconoscere
l’etichetta che l’enzima ha visto legarsi già precedentemente a partire dal reticolo e quindi si
stacca dalle cisterne TRANS de Golgi una vescicola che contiene all’interno lo zucchero così come il
mannosio-6-fosfato e poi c’è anche il recettore che aveva captato il segnale. Su questa vescicola
però il PH si presenta acido o meglio il PH viene abbassato e quest’abbassamento consente la
dissociazione, separazione di questo recettore dal segnale mannosio-6-fosfato. Quindi il recettore
viene veicolato di nuovo verso le cisterne TRANS del Golgi, cioè viene riciclato sempre sotto forma
vescicolare e viene recuperato così da poter individuare un altro segnale simile di tipo manbnosio-
6-fosfato; mentre la vescicola che contiene l’enzima con l’etichetta mannosio-6-fofato viene
indirizzato verso i lisosomi. Quindi oltre al KDEL che indirizza la proteina verso le membrane del
reticolo endoplasmatico rugoso , un altro segnale è il mannosio-6-fosfato che rappresenta un
segnale di indirizzamento verso i lisosomi attraverso il meccanismo appena descritto.
Quindi dopo il KDEL abbiamo detto che il
mannosio-6-fosfato è il segnale che consente
agli lisosomiali di poter arrivare verso il
lisosoma. Un altro segnale che abbiamo già
incontrato è il segnale NLS per il ciclo di
importazione, perché è il segnale di
localizzazione nucleare, quindi è il segnale che
permette a una proteina dopo essere stata
riconosciuta dall’importina di poter entrare
all’interno del nucleo. Questo segnale NLS,
però è un segnale che le proteine hanno ,
proteine che sono però state sintetizzate nel
citoplasma; cioè le proteine che sono
destinate al nucleo sono proteine che
subiscono uno smistamento post-traduzione, ovvero vuol dire che la proteina viene sintetizzata a
livello del citoplasma ,quindi la sintesi si completa sui ribosomi liberi, e soltanto dopo che la sintesi
si è completata emerge questo segnale NLS che consente alla proteina di poter entrare all’interno
del nucleo attraversando il poro nucleare, quindi il segnale NLS si riconosce solo dopo che la
sintesi della proteina si è completata all’interno del
citosol. Quindi le proteine all’interno del nucleo
subiscono uno smistamento post-traduzionale e
questo è quello che succede anche alle proteine
mitocondriali. Ritornando allo schema iniziale,
proteine che sono destinate al mitocondrio, ai
cloroplasti oppure ai perossisomi sono proteine
che vengono spostate verso l’organello dopo che la
traduzione si è completata, cioè dopo che la
proteina sia stata completamente tradotta, quindi
per queste proteine si parla di una importazione
post-traduzionale. Invece per le proteine che sono
destinate a questi distretti in modo particolare alla
membrana oppure proteine che devono essere secrete, per queste proteine lo smistamento o
l’importazione è co-traduzionale .

Se in effetti devo far arrivare una proteina verso il mitocondrio evidentemente per questa
proteina posso parlare dio uno smistamento post-traduzionale, cioè la proteina viene
completamente tradotta nel citosol sui ribosomi liberi dopodiché è destinata ad entrare nel
mitocondrio. Questa è una schematizzazione del mitocondrio , in modo particolare riconosciamo
semplicemente le sue membrane visto che i mitocondri hanno una membrana doppia, cioè ha una
membrana mitocondriale esterna ed
una interna che circonda la matrice
mitocondriale. Questa proteina
destinata al mitocondrio viene
sintetizzata nel citosol, ma attraverso
una sequenza segnale viene indirizzata
poi nelle vicinanze del mitocondrio. In
realtà poi questa proteina viene
rimaneggiata immediatamente da uno
chaperone, che è una proteina Hsp70 di
tipo citosolico perché ovviamente è una proteina che troviamo nel citosol , rimaneggia una
proteina in quanto le consente di mantenere una conformazione lineare. Perché è necessario che
questa proteina mantenga una conformazione lineare ? Perché questa proteina deve poter
entrare più facilmente all’interno di un primo canale, in realtà di un primo traslocatore e questo
primo traslocatore si trova sulla membrana mitocondriale esterna e per questo si chiama TOM (
Translocator outer membrane cioè un traslocatore di membrana esterna), quindi soltanto se è in
forma distesa questa proteina riesce ad entrare nel canale organizzato dal complesso Tom che è in
stretto collegamento con un canale interno che è presente sulla membrana mitocondriale interna
ovvero TIM ( Translocator inner membrane cioè un traslocatore di membrana interna). Quindi
TOM e TIM sono in connessione funzionale perché la proteina passa attraverso TOM e poi trasloca
attraverso TIM, e una volta che attraversa il canale organizzato attraverso Tim entra attraverso la
matrice mitocondriale. A questo punto una volta che la proteina ha raggiunto l’organello non è
ancora pronta, perché a causa dello chaperone citosolico aveva perso la sua conformazione
funzionale, cioè era stata distesa per poter attraversare meglio le membrane e soprattutto i
complessi TOM e TIM, quindi che modifiche subisce una volta che è entrata nella matrice
mitocondriale? Innanzitutto interviene un enzima che taglia la sequenza segnale e quest’enzima è
una peptidasi di tipo mitocondriale che elimina appunto la sequenza segnale e in più questa
proteina viene attaccata immediatamente da uno chaperone di tipo mitocondriale che utilizzando
l’energia di idrolisi dell’ATP riesce a ripiegare la proteina, quindi interviene nel rimaneggiamento
della proteina così che foldata questa proteina possa essere attiva all’interno dell’organello.

Smistamento Post-traduzionale: significa che la proteina si sposta e va verso il mitocondrio dopo


che la sua sintesi è stata completata

Smistamento Co-traduzionale: vuol dire che la proteina si sposta nel mentre in cui viene tradotta

Ritornando al punto A della slide , in questo


punto è racchiusa l’idea che il Golgi modifichi
comunque quelle che sono le glicoproteine o
i glicolipidi che giungono ad esso, ovvero nel
Golgi arrivano le proteine già in forma
glicosilata che provengono dal RER, dove già
hanno subito una glicosilazione, quindi nel
Golgi questi gruppi glucidici vengono
rimaneggiati: alcuni vengono rimossi e altri
aggiunti; quindi questo punto può essere
interpretato come per dire che il Golgi è
responsabile di modifiche a carico tanto di
proteine quanto di lipidi destinate a un
rimaneggiamento degli zuccheri
precedentemente aggiunti a livello del RER..

Il Golgi ha tantissime altre funzioni, non è semplicemente la stazione intermedia tra reticolo e
membrana , non è soltanto responsabile di modificare proteine o anche lipidi ovvero di
rimaneggiare glicolipidi e glicoproteine; ma ha anche altre due importanti funzioni , una riguarda
strettamente alcuni tipi di cellule del nostro organismo che sono le cellule germinali, perché il
Golgi è responsabile della formazione di una struttura molto importante che si chiama acrosoma,
che è una vescicola che si trova all’interno dello spermatozoo all’interno della testa ed è una
vescicola che si trova sopra al nucleo e ha un ruolo fondamentale perché è formato al suo interno
da tutta una serie di enzimi che sono responsabili di favorire l’ingresso dello spermatozoo nella
cellula uovo, infatti in vista della fecondazione c’è la cosiddetta reazione acrosomiale cioè
l’apertura di questa vescicola quindi la fuoriuscita di questi enzimi che devono digerire gelatinosi
che rivestono la cellula uovo per consentire poi allo spermatozoo di avvicinarsi alla cellula uovo
stessa. La formazione di questa vescicola parte proprio dal complesso del Golgi. Altra funzione
importante è la formazione dei lisosomi.

I lisosomi sono degli organelli con funzioni digestive che nascono proprio per gemmazione dalla
faccia TRANS del Golgi. I lisosomi sono organelli che contengono enzimi idrolitici; il termine enzima
idrolitico sta ad indicare l’enzima che digerisce qualsiasi tipo di macromolecola si trova davanti,
infatti all’interno del lisosoma troviamo gli enzimi idrolitici più disparati : lipasi, proteasi, nucleasi,
quindi enzimi che devono digerire delle
macromolecole. Ma questi enzimi riescono
a lavorare in condizioni particolari, cioè
lavorano rispetto al citosol che ha un PH
neutro lavorano ha un PH acido e questo è
una scelta della cellula perché la cellula va a
limitare l’azione di questi enzimi che se per
qualche motivo si dovessero trovare nel
citoplasma potrebbero digerire la cellula nel
suo complesso, invece sono racchiusi in
questa vescicola e mantenuti a un PH acido.
Questi enzimi sono mantenuti a un PH acido
attraverso l’azione di una pompa protonica,
cioè di una proteina di membrana che sfruttando l’energia di idrolisi dell’ATP fa un trasporto
attivo, cioè trasferisce in maniera attiva quindi contro gradiente ioni H+ verso l’interno di questo
organello, quindi abbassa continuamente il PH.
Che funzioni sono svolte dal lisosoma?

1. FAGOCITOSI. Degradare ciò che proviene dall’ambiente esterno e questo meccanismo di


degradazione che viene dall’esterno della cellula prende il nome di FAGOCITOSI. Quando
parliamo di fagocitosi intendiamo la capacità della cellula di digerire grosso materiale,
quindi parliamo anche di microrganismi che vengono ingeriti per fagocitosi. Durante la
fagocitosi succede che la membrana plasmatica subisce una introflessione quindi questa
introflessione diventa sempre più spinta al punto tale ad attaccarsi a una vescicola . Questa
vescicola ha un nome particolare, cioè Vacuolo alimentare e contiene questo materiale
che deve essere digerito,
quindi il vacuolo alimentare
ha bisogno di fondersi con i
lisosomi e questa funzione è
fondamentale perché gli
enzimi idrolitici presenti a
livello dei lisosomi
praticamente riescono a
digerire tutto il materiale
fagocitato e quindi con la
digestione vengono eliminate
le macromolecole e i
micronutrienti di cui la cellula
ha bisogno per fare delle
nuove macromolecole.
2. AUTOFAGIA. Il processo di
fagocitosi ha un significato diverso se ad essere fagocitato è invece un componente interno
alla cellula. Per motivi più svariati è possibile che la cellula presenti al suo interno degli
organelli che sono stati danneggiati tipo mitocondri, perossisomi ; nell’immagine al
microscopio( a destra) si vede un mitocondrio e un perossisoma che vengono vescicolati
come la cellula limitasse il danno degradando gli organelli danneggiati, quindi questi
organelli li vescicola, cioè crea intorno una struttura membranosa che racchiude questi
organelli che sono stati danneggiati e prende il nome di autofagosoma. Quindi questa
grossa vescicola va poi a fondersi, in questo caso con i lisosomi, così che gli enzimi idrolitici
presenti all’interno del lisosoma possano digerire questi organelli danneggiati così da
limitare il danno.
Questi sono meccanismi di endocitosi , cioè
meccanismi attraverso i quali la cellula fa entrare un
qualche materiale che può avere diversa natura. Per
fagocitosi la cellula digerisce grosse macromolecole
e addirittura nella parte destra della slide c’è la
fagocitosi di un batterio e quindi si può inglobare da
una cellula fino a grosse macromolecole per
fagocitosi. Generalmente prima dell’introflessione,
di cui vi ho parlato, la cellula emette dei
prolungamenti che si chiamano pseudopodi che
avvolgono il materiale che deve essere fagocitato e
poi avviene l’invaginazione per creare il cosiddetto
vacuolo alimentare.

Il vacuolo alimentare può chiamarsi anche


fagosoma, cioè può prendere nomi diversi ma
rimane lo stesso , cioè è questo batterio,
macromolecola ecc che viene fagocitato; quindi il
vacuolo alimentare è un fagosoma e poi ha bisogno
di fondersi con i lisosomi per poter digerire ciò che
è entrato all’interno della cellula.

Un meccanismo alternativo alla fagocitosi prende il


nome di Pinocitosi. Per pinocitosi la cellula riesce a
internalizzare delle piccole molecole che però si
presentano disciolte in goccioline d’acqua, quindi pinocitosi perché è come se la cellula bevesse.
Quindi stanno entrando queste piccole molecole all’interno , sempre per introflessione della
membrana plasmatica e per distacco di questa vescicola che poi deve essere opportunatamente
digerita sempre con l’intervento dei lisosomi. In entrambi i casi, sia per fago che per pinocitosi,
però stiamo internalizzando un materiale in maniera aspecifica, cioè questo materiale che entra
all’interno della cellula non viene riconosciuto da un qualche recettore ed evidentemente se
questi sono dei meccanismi di endocitosi poco selettiva è perché la cellula ha la possibilità di
internalizzare del materiale in maniera molto più selettiva ovvero parliamo in questo caso di
endocitosi mediata da recettori.

Anche l’autofagia non necessita di particolari recettori di membrana ma il mitocondrio o


l’organello danneggiato viene avvolto da una qualche vescicola che prende il nome di
autofagosoma, quindi fagosoma se la vescicola si forma intorno a un materiale che proviene
dall’esterno , autofagosoma se invece le vescicole avvolgono organelli introcitoplasmatici
danneggiati.
BIOLOGIA LEZIONE 25/05/2021
Il traffico cellulare per la cellula eucariotica è molto importante in
quanto permette di veicolare le proteine che devono essere smistate nei
vari distretti cellulari. Perché la proteina venga indirizzata verso un
determinato organello, è necessario che presenti all’interno della sua
sequenza qualche segnale; ad esempio il segnale KDEL (che indirizza la
proteina verso il reticolo) o il mannosio-6-fosfato (se la proteina delle
essere smistata ai lisosomi), dunque se si tratta di un enzima idrolitico,
oppure NLS se la proteina deve andare a finire nel nucleo.
La proteina non cammina da sola nel citoplasma, ma si muove
sottoforma di vescicole: è inglobata in vescicole e viene trasportata da
un distretto all’altro. Si può osservare che le stesse vescicole presentano
segnali sulla superficie: ad esempio, le vescicole ricoperte da COPII
(coating proteins), una proteina di rivestimento che va dal RE al Golgi;
viceversa le vescicole rivestite da COPI si muovono dal Golgi verso il RE.
Un altro rivestimento è la clatrina, che riveste vescicole che escono dalla
parte più estrema del Golgi e portano le proteine o verso i lisosomi (se
deve portate gli enzimi lisosomiali) o verso gli endosomi.

Abbiamo già introdotto 2 meccanismi di risposta cellulare: esocitosi ed


endocitosi.
Per endocitosi intendiamo un trasporto dalla matrice extracellulare
attraverso la membrana verso l’interno della cellula. Dunque qualcosa
sta entrando dentro la cellula, ed è generalmente veicolato dentro
endosomi e destinato al lisosoma in quanto deve essere
necessariamente digerito; Quindi la cellula ingerisce qualcosa
dall’esterno, lo ingloba invaginandolo e lo demolisce. A seconda di ciò
che la cellula sta digerendo, il processo prende nomi diversi, ma non
sempre è collegata ai lisosomi.
Si parla di fagocitosi se la cellula sta digerendo grandi particelle solide,
dunque cibo o -per quanto riguarda i globuli bianchi- i batteri. La
membrana si solleva ed avvolge il materiale che deve far entrare
invaginandolo; questa vescicola (vacuolo alimentare/fagosoma) va a
fondersi con un lisosoma così che gli enzimi idrolitici del lisosoma
possano attivarsi e digerire quello che è stato introdotto.
Un altro meccanismo è la pinocitosi, dove la cellula incorpora delle
piccole goccioline di liquido con dentro piccole molecole di soluto.
Quando avvengono questi meccanismi la cellula non registra le
informazioni, va semplicemente ad incamerare il materiale per poi
demolirlo.
C’è un altro meccanismo molto particolare, ovvero la autofagocitosi in
cui la cellula controlla la propria qualità e dunque controlla che al suo
interno ci siano organelli integri o danneggiati e provvede a vescicolare
quelli danneggiati ed attiva un organismo autofagico per impedire che il
danno possa amplificarsi ed andare incontro a morte programmata.

Esiste un altro meccanismo molto più specifico e selettivo: endocitosi


mediata da recettori. Qui sono dunque coinvolti i recettori di membrana,
ovvero proteine transmembrana (monopasso o multipasso, in base al
recettore esaminato), ben ancorate alla membrana plasmatica.
L’esocitosi mediata da recettori è un processo molto preciso in quanto i
recettori incartano in maniera selettiva una specifica proteina bersaglio.
Nel tratto di membrana occupato da questi recettori, la membrana è
rivestita da proteine chiamate clatrina. Dopo che il recettore ha
individuato la proteina bersaglio, nella membrana subisce
un’invaginazione e si forma una fossetta rivestita: al di sotto della
membrana vi è un rivestimento fatto di clatrina. Questa invaginazione
diventa sempre più spinta e una proteina particolare chiamata dinamina
fa staccare la vescicola formatasi dalla clatrina. Tra la clatrina e il
recettore ci passa un’altra proteina, chiamata adattina, che fa da tramite
tra clatrina e recettore.
Una volta che questa vescicola è entrata all’interno del citoplasma, il
rivestimento si stacca totalmente dalla vescicola e si sposta verso la
membrana, per rendersi disponibile per una eventuale endocitosi. La
vescicola dopo aver perso il rivestimento diventa una vescicola “nuda” e
si fonde con un endosoma, che ha un pH molto acido. Proprio l’acidità di
questo pH andrà a determinare il distacco del ligando dal recettore, in
quanto un pH particolarmente acido può andare a modificare la
conformazione della proteina. L’endosoma contenente il ligando,
dunque si fonde con un lisosoma per la digestione e la vescicola
contenente il recettore torna alla membrana e si fonde con essa.
Questo tipo particolare di endocitosi può prendere anche il nome di
transcitosi, in quanto la vescicola con il ligando invece di proseguire per i
lisosomi potrebbe addirittura tornare sulla membrana.
Ma cos’è la transcitosi? È un processo mediante il quale una cellula va
semplicemente a trasportare -da un punto all’altro del suo citoplasma-
delle molecole. Ciò può avere diversi significati fisiologici; ad esempio, se
un recettore si trova normalmente sulla membrana basale o laterale di
una cellula epiteliale ma deve essere trasferito sul lato apicale, perché la
cellula epiteliale è molto particolare e i lati non sono tutti uguali e sono
morfologicamente molto diversi.

Per esocitosi (secrezione) intendiamo il passaggio di molecole dal RE al


Golgi verso la membrana plasmatica o fuori; questa sequenza prende il
nome di trasporto anterogrado, che termina con la vescicola che si
fonde con la membrana plasmatica e rilascia all’esterno della cellula il
suo contenuto molecolare. Questo processo è fortemente favorito dal
calcio presente nella cellula. Possiamo avere due tipi di secrezione:
costitutiva o regolata. Costitutiva quando indipendentemente da
eventuali stimoli, la cellula rilascia continuamente materiali verso
l’esterno; regolata è una secrezione intermittente attraverso la quale la
cellula rilascia materiale solo dopo un’opportuna segnalazione, che può
essere un ormone, un neurotrasmettitore (dipende dalla cellula che
andiamo a considerare); il segnale viene trasdotto, un trasferimento di
informazione all’interno della cellula e in risposta la cellula scatena una
esocitosi, ovvero va a staccare dal Golgi una vescicola secretoria che
riverserà all’esterno il proprio contenuto fondendosi con la membrana
plasmatica.

Durante le endocitosi la cellula perde parti della membrana, ma


complessivamente essa si mantiene stabile perché nelle vicinanze
dell’endocitosi la cellula può dar vita ad una secrezione.

LA RISPOSTA AL SEGNALE
Rimanendo nell’ambito di comunicazione cellulare, la cellula ha vari
modi per rispondere ad un segnale. Essa sicuramente riesce ad essere
attiva fisiologicamente se ha delle buone interazioni con le cellule vicine,
se riesce a captare dei segnali che avvengono a grosse distanze e riesce a
rispondere anche ad ambiente extra cellulare; essa, dunque, si adegua al
contesto in cui si trova, è dunque altamente dinamica e dotata di
plasticità. Alla base di questa plasticità ci sono vari tipi di comunicazione,
che prendono vari nomi, che la cellula può stabilire con cellule di uguale
o diversa natura, a seconda delle esigenze. È possibile parlare di
comunicazione paracrina, autocrina ed endocrina.

Nel caso di una comunicazione paracrina, la comunicazione avviene tra


cellule molto vicine tra loro, dunque appartenenti allo stesso tessuto,
per le quali vale il discorso che una cellula segnalante rilascia questo
segnale (mediatore locale, che può avere diverse nature) che cambia a
seconda del contesto cellulare. Questo segnale riesce a trasferirsi alle
cellule bersaglio, che formano sulle proprie membrane dei complessi
altamente specifici chiamati ligando recettori. Questo recettore farà
partire una trasduzione del segnale, quindi trasferirà l’informazione
all’interno della cellula, che risponderà al segnale.
Nel caso di una comunicazione autocrina, è la stessa cellula che segnala
sé stessa, ovvero la cellula che segnala è la stessa cellula che ha sulla
superficie i recettori adeguati per rispondere a quel segnale.
Quando parliamo di una comunicazione endocrina? Quando la cellula
segnalante e la cellula bersaglio sono molto lontane, dunque non
appartengono né allo stesso tessuto né a tessuti vicini; prendiamo come
esempio una cellula dell’encefalo e una cellula dell’ovaio: queste cellule
per comunicare devono servirsi del sangue, del corrente ematico, per
trasferire la molecola segnale. La circolazione sanguigna viene
individuata come il mezzo attraverso il quale le cellule possono
comunicare se appartenenti a parti del corpo molto lontane. La sostanza
rilasciata nel sangue prende il nome di ormone.

NB: In realtà, ci sono diverse correnti di pensiero per la definizione di


ormone, e questa è la definizione classica. La nuova corrente di pensiero
vede l’ormone come una qualsiasi sostanza utilizzata per comunicare,
indipendentemente che la comunicazione avvenga tra cellule vicine o
lontane.
C’è anche un altro tipo di comunicazione che prende il nome di
comunicazione dipendente da contatto, ovvero tra la cellula segnalante
e la cellula bersaglio si viene a formare un’interazione fisica, dunque, da
contatto e avviene ad esempio nello sviluppo embrionale
Se il discorso di segnalazione avviene a livello di cellule nervose, è giusto
parlare di signaling o segnalazione sinaptica. Cos’è la sinapsi? La sinapsi
è una comunicazione tra cellule nervose (i neuroni) che rilasciano
neurotrasmettitori. I neuroni hanno prolungamenti chiamati dendriti e
un prolungamento molto grosso chiamato assone; esso termina con un
bottone sinaptico, una protuberanza finale, dove si producono i
neurotrasmettitori, rilasciati nello spazio di comunicazione tra cellula
nervosa e cellula bersaglio (sinapsi) e riescono a segnalare alla cellula
bersaglio perché ha dei recettori specifici sulle molecole.

Spesso succede che tra la comunicazione endocrina e nervosa c’è la


possibilità che si crei una conversazione tra ghiandole responsabili di una
segnalazione endocrina e strutture nervose. Ciò prende il nome di
comunicazione neuro-endocrina: una comunicazione tra sistema
endocrino e nervoso, che sono strettamente collegati tra di loro. Ad
esempio, prendiamo in considerazione l’asse ipotalamo-ipofisi-gonade,
che è un asse emblematico di questa conversazione. Una struttura
nervosa come l’ipotalamo -che presenta la parte mediale di una
vescicola encefalica (encefalo)- è molto particolare: riesce a captare i
segnali dell’ambiente extracellulare e comunica con l’asse riproduttivo,
rilasciando il GNRH, in sigla ormone di rilascio delle gonadotropine, che
comunica direttamente con l’ipofisi anteriore perché trova qui dei
recettori specifici per il GNRH. Così l’ipotalamo (nervoso) entra a
contatto con l’ipofisi (ghiandolare) e produce due importanti ormoni per
la riproduzione: FSH (ormone follicolo-stimolante) e LH (ormone
luteinizzante); questi ormoni vanno nel sangue e raggiungono le gonadi,
sia maschili che femminili. Quando raggiunge il testicolo, questi ormoni
agiscono su determinati tipi cellulari: la cellula di Leydig (somatica)
risponde all’ormone LH e va ad accendere la propria attività
steroidogenica, la leydig produce ormoni steroidei importanti per le
gonadi. L’ormone FSH agisce sulle cellule germinali, per scatenare la
progressione delle cellule germinali, che da spermatogoni diventano
spermatidi e poi spermatozoi.
La gonade comunica sia con l’ipofisi che con l’ipotalamo e crea un
feedback negativo, ovvero se non ha bisogno di altri ormoni dice loro di
fermarsi.

Indipendentemente dal tipo di comunicazione che andiamo a vedere, la


risposta della cellula bersaglio si può avere con una trasduzione del
segnale, cioè a seguito dell’attivazione da parte di quel ligando -che sia
mediatore o ormone- nei confronti di un recettore. Quindi la trasduzione
del segnale rappresenta il meccanico attraverso cui la cellula trasferisce
il segnale all’interno scatenando una risposta.

Noi possiamo differenziare la risposta della cellula differenziando la


natura del ligando.
Il ligando può essere idrofilico o idrofobico. Il ligando idrofilico è captato
da una proteina transmembrana. I recettori di membrana scatenano
come risposta una variazione dell’espressione genica; le cellule
cambiano risposta attivando o reprimendo geni per la trascrizione.
Il ligando idrofobico è captato da un recettore intracellulare che ha una
doppia capacità: non soltanto capta la molecola idrofobica, ma lavora
come un fattore trascrizionale, esso trasloca nel nucleo e va ad attivare
una risposta in termini di regolazione dell’espressione genica.
Il riconoscimento ligando-recettore avviene attraverso una specificità
sterica, assicurata dalla presenza nella struttura tridimensionale del
ligando di una regione complementare al recettore detta sito di legame.
L’interazione ligando-recettore avviene in modo spontaneo con
interazioni deboli ed è infatti reversibile (altrimenti non si potrebbe
rompere); l’affinità di legame individua le concentrazioni di ligando
necessarie per formare il complesso con il recettore.

Le proteine multipasso presentano 3 regioni: la porzione extracellulare è


quella fondamentale per le interazioni con il ligando, tanto che in questa
zona c’è il sito di legame con il ligando, c’è poi una regione
transmembrana e una interna (rivolta verso il citosol, interagisce con
altri modulatori).
Lezione 17 - Biologia applicata

Remind della lezione precedente


Argomento: comunicazione cellulare, i diversi tipi di comunicazione, in particolare la
comunicazione neuroindocrina, la quale necessita di un particolare cross-talk (colloquio) tra strutture
nervose ed endocrine (ghiandolare).
Alla base di queste comunicazioni, indipendentemente dal nome dato, vi è sempre l’attivazione di
una determinata cellula target a seguito della stimolazione di un determinato recettore.

È stato introdotto il concetto di trasduzione del segnale, ovvero quel meccanismo attraverso il quale,
a valle di un’attivazione recettoriale, vi è un trasferimento del segnale nel citoplasma della cellula
target con una successiva risposta.

La natura del ligando può essere idro lica o idrofobica:


- Nel caso di un ligando idro lico, questo necessita di un recettore di membrana visto che non può
attraversare liberamente il bilayer (doppio strato fosfolipidico), per cui il recettore in questione è
una proteina transmembrana (o intrinseca) che in seguito segnala nella cellula attraverso dei
modulatori secondari;
- Nel caso di un ligando idrofobico, data la sua natura, può attraversare il bilayer, e quindi trova
nella cellula un suo recettore, il quale sarà citoplasmatico e in grado di trasdurre la risposta
scatenando una reazione cellulare.

Il recettore di membrana strutturalmente ha una porzione che sporge verso l’ambiente extracellulare
nella quale si trova la casca con il legame con il ligando o il sito di legame speci co.
Data la grande af nità, il recettore si espone a quel tipo di legame e non ad altri.

Vi è poi una porzione che attraversa completamente il bilayer, una porzione citoplasmatica, la quale
poi viene collegata ad eventuali modulatori (o secondi messaggeri).

Si sottolinea che l’interazione tra il ligando e il recettore è una interazione reversibile, ovvero
stabilizzata da interazioni molto deboli poiché ci deve essere una certa elasticità e essibilità
nell’interazione con il ligando, per cui poi il recettore potrebbe smettere di funzionare in risposta di
quest’ultimo.

Da qui inizia la lezione odierna

Caratteristiche dei recettori intracellulari


Il recettore intracellulare si attiva a seguito dello stimolo offerto da un ligando idrofobico, il quale
presenta delle porzioni particolari:
- Una porzione in grado di attivare la trascrizione legando porzioni ben precise di DNA;
- Una porzione che lega la sostanza ligando (chiamata anche ormone essendo una molecola
segnale, vista la natura idrofobica).

CL

fi

fi

fi

fi
fl

Il recettore presenta due forme:


- Forma inattiva: qui il recettore è legato ad un inibitore, il
quale, in assenza di stimoli, va a mascherare/bloccare il
sito di legame con il DNA; è come se mantenesse il
recettore, essendo un inibitore, in una forma inattiva,
impedendo a questo recettore di individuare e
riconoscere il DNA;
- Forma attiva: in seguito all’arrivo del ligando (sostanza-
segnale), il recettore cambia la sua conformazione, e nel
fare ciò stacca l’inibitore smascherando il sito di legame
che pertanto si presenta libero di poter individuare e
riconoscere delle sequenze particolari.

Il recettore per poter attivare la trascrizione deve poter


legare promotori di geni - bersaglio, quindi verosimilmente
la regione del DNA che viene riconosciuta da questi
recettori non è altro che la regione dei promotori di geni-
target.

Quindi: è il ligando che induce la variazione conformazionale necessaria al che si attivi la


trascrizione dei geni-target.

Domanda: questo è un complesso promotore-operatore?


Nonono, non c’entra niente operatore promotore, a t t e n z i o n e. Questo è un recettore
intracellulare che riconosce un promotore perchè funge da fattore trascrizionale.

La sostanza che fa da segnala-ormoni entra nella cellula e trova il suo recettore nel citoplasma, il
quale ha sicuramente:
• Il sito di legame con il ligando;
• Il sito di legame al DNA il quale è bloccato dall’inibitore;
• Il dominio che gli permette di attivare la trascrizione.

Nel momento in cui il ligando si attiva, vi è una variazione conformazionale, e quindi l’inibitore si
stacca. Dopodiché, il recettore forma un complesso con il ligando e a questo punto è in grado di
traslocare nel nucleo. Questa è una particolarità dei recettori intracellulari, poiché quelli di
membrana rimangono ssi sulla membrana.

Una volta che il recettore trasloca nel nucleo, questo funge da fattore trascrizionale, e come da
fattore trascrizionale lega i promotori (geni-target) di interesse per poi far partire la trascrizione.

CL

fi

Le vie di trasduzione del segnale si possono servire di diversi meccanismi, i quali si possono basare
su:
I. Fosforilazione di proteine modulatrici;
II. Cambiamenti di concentrazione dei livelli di calcio.

I. Il recettore viene stimolato dall’arrivo del ligando, e af nché la cellula possa rispondere deve
modi care determinate proteine (o modulatori), necessari per trasdurre il segnale. Molto spesso la
regolazione delle proteine (in particolare enzimi) necessita di cambi di livelli di fosforilazione (ad
opera di enzimi chinasi). La fosforilazione è un processo ATP dipendente, per cui il fosfato è preso
dall’ATP e anche l’energia necessaria per fosforilare dall’ATP.

Questo tipo di modi ca è reversibile poiché nel momento in cui la risposta è terminata è possibile
che si veri chi in un qualsiasi momento una defosforilazione (vengono staccati dei fosfati ad opera di
enzimi fosfatasi, contrari alla chinasi).

Quando si fosforila una qualsiasi proteina target si sta introducendo un gruppo ingombrante carico
negativamente, quindi si altera il folding della proteina in esame.

II. Altro meccanismo è il controllato dal calcio, calcio che solitamente nella cellula è immagazzinato
all’interno di un organello, il reticolo endoplasmatico liscio. Quindi nel momento in cui il recettore
viene stimolato si attiva un cascata di eventi necessaria a stimolare la fuoriuscita di calcio dal reticolo
endoplasmatico liscio attraverso delle opportune pompe. Il calcio nel citosol funziona come secondo
messaggero, e viene legato da particolari tipi di proteine: calmoduline.

La calmodulina presenta due porzioni globulari


collegate da un’alfa elica, per cui nella sua
struttura presenza 4 siti di legame con il calcio in
corrispondenza delle porzioni globulari.

La calmodulina fa da proteina-trasporto del


calcio, per cui subisce, a seguito dell’aggancio
del calcio, un cambio conformazionale, cosi da
poter riconoscere e interagire meglio con la
proteina bersaglio la quale eventualmente deve
essere stimolata/attivata.

La calmodulina quindi fa da mediatore legando


gli ioni calcio liberati dal reticolo in risposta alla
stimolazione di un recettore.

Questi meccanismi sono molto generici, i quali


possono essere attivati in risposta a qualche segnale.

Classi speci che di recettori


Nell’ambito dei recettori di membrana si riconoscono tre classi:
- Recettori accoppiati alle proteine G, sono recettori che hanno 7 domini transmembrana con la
parte citoplasmatica che lega le proteine G;
- Recettori tirosinchinasici (o enzimatici), i quali presentano un unico dominio transmembrana e si
servono di una cascata di chinasi la quale deve essere attivata mediante fosforilazione;
- Canali ionici a controllo ligando, ovvero proteine transmembrana in funzione di canali, avendo un
foro centrale, il quale sarà attraversato dal ligando.

CL

fi
fi
fi
fi

fi

Recettori accoppiati alle proteine G


Vengono chiamati anche GPCR, ovvero recettori accoppiati a
proteine G. Le proteine G sono eterotrimeriche, ovvero
costituite da tre subunità diverse: alfa, beta e gamma.
Dallo schema è possibile notare che all’arrivo di un ligando,
il recettore accoppiato alle proteine G si va ad associare con
la sua porzione citoplasmatica in maniera transitoria alla
proteina G.

La proteina G si può trovare in due forme:


1. Forma inattiva;
2. Forma attiva.

Da cosa dipende l’attività o la non attività della proteina?


Dipende dalla subunità alfa (la più importante), la quale può
tenere legata a se il GDP; in questo caso la proteina G si
presenta in forma inattiva: questo accade in condizioni di
“riposo”. Nel momento in cui arriva lo stimolo, ovvero il
ligando, il quale reagisce con il recettore, la proteina si
presenta in forma attiva per via del legame della subunità alfa
con il GTP.

La subunità alfa ha un ruolo importante: la G con alfa va a


stimolare un’ulteriore proteina, effettrice, una proteina che va
ad azionare altre proteine cellulari. Quindi questa proteina può essere stimolata dalla subunità alfa
solo se in forma attiva!

Quali sono le principali proteine effettrici che possono essere stimolate da proteine G?
I principali effettori sono due:
1. Adenilato ciclasi;
2. Fosfolipasi C.

Questi sono i più comuni effettori collegati ai recettori di GPCR.

Meccanismo d’azione dell’adenilato ciclasi


Si tratta di un enzima che usa come substrato l’ATP, e agisce staccando
un pirofosfato (doppio fosfato); essendo un adenilato ciclasi, l’anello
dell’AMP viene chiuso per creare la AMP ciclico (cAMP). Quindi
l’adenilato ciclasi libera un pirofosfato e chiude l’adenosina mono
fosfato, creando l’AMP ciclico, il quale funziona come secondo
messaggero.

Ricapitolando: arriva il ligando —> il recettore viene stimolato —> la


subunità G con alfa diventa attiva —> adenilato ciclasi (effettore)
stimolato.
L’adenilato ciclasi sfrutta l’ATP presente nella cellula per sintetizzare
l’AMP ciclico (cAMP), il quale fa da secondo messaggero, ovvero
traduce il segnale stimolando una proteina, la protein chinasi A (PKA).

Quest’ultima è una chinasi, per cui aggiungerà fosfati alle proteine


bersaglio (scatena una fosforilazione); quindi è un’enzima particolare
costituito da 4 subunità (tetramero): due subunità hanno funzione
regolativa, e sono quelle in corrispondenza delle quali si legherà l’AMP
ciclico; le altre due subunità hanno invece funzione catalitica, ovvero
funzionano a livello enzimatico e servono a velocizzare la reazione.

CL

Se la PKA è inattiva, vuol dire che non c’è l’ingresso dell’AMP ciclico, e quindi le subunità regolative
sono vuote (nei siti di legame con l’AMP ciclico), e di conseguenza la parte catalitica della PKA non
è attiva (non funziona).

Nel momento in cui arriva la cAMP, e questa si associa alle


subunità regolative, avviene un cambio conformazionale,
comportando la liberazione delle subunità catalitiche, le quali,
libere e attive, possono fosforilare determinate proteine-target (o
bersaglio).

Quali sono le proteine-target della PKA?


Cambiano a seconda della cellula in considerazione: per es.
nelle cellule muscolari l’enzima PKA attiva gli enzimi necessari
a debolire il glicogeno.

Una volta che l’enzima è stato attivato (in seguito al distacco


delle subunità regolative), quest’ultimo può entrare nel nucleo e
fosforilare determinati regolatori della trascrizione.

L’enzima PKA, entrato nel nucleo, va a fosforilare CREB: è un


regolatore in grado di riconoscere delle sequenze responsive
(sequenze CREB per l’appunto) nei promotori di determinati
geni-target. Quindi nel momento in cui CREB si associa alle
sequenze promotrici, questo sta attivando la trascrizione di
geni-bersaglio.

CREB viene attivato per fosforilazione dalla PKA.

Meccanismo d’azione della fosfolipasi C


La fosfolipasi C è un altro enzima che agisce su un determinato substrato, ovvero un fosfolipide di
membrana PIP2, il quale viene scisso in due altre molecole dalla fosfolipasi C:
- Inositolo tri-fosfato;
- Diacil-glicerolo (DAG);

Arriva il ligando (molecola-segnale), la subunità G con alfa si presenta attiva perché lega il GTP e
attiva l’effettore fosfolipasi C. L’enzima fosfolipasi C ha come substrato il PIP2 (fosfolipide di
membrana), quest’ultimo viene scisso in due parti (le due molecole citate sopra).

Queste molecole sono idrofobiche (molecole lipidiche), una più idrofobica dell’altra: il diacil-
glicerolo avendo una parte con acidi grassi legate rimane ancorata alla membrana; quello che si
stacca e rimane/circola nel citosol è l’inositolo tri-fosfato, il quale è più idro lico. L’inositolo tri-
fosfato tende a legare delle proteine canale presenti a livello del reticolo endoplasmatico liscio,
andando a stimolare/liberare il calcio dalle membrane del REL, il quale nisce del citosol, per poi
legare con proteine calmoduline.

CL

fi
fi

Quindi: La molecola segnale (ligando) stimola il recettore accoppiato alle proteine G, la G con alfa
attiva la fosfolipasi C la quale va a scindere il PIP2 in inositolo tri-fosfato e diacil-glicerolo. L’inositolo
ha un ruolo importante poiché induce l’apertura del canale del calcio presente nel REL e quindi la
fuoriuscita del calcio.

Il calcio, tra le varie funzioni che svolge, può anche andare a regolare l’azione della protein chinasi C
(non altro è che una calmodulina con attività chinasica).

Cosa succede se vi è un’eccessiva stimolazione della cellula?


Premessa: i recettori GPCR sono la famiglia più abbondante di proteine di membrana e mediano la
maggior parte delle risposte cellulari a ormoni e neurotrasmettitori.
Tali recettori vanno incontro, in seguito ad attivazione dipendente da ligando, a desensibilizzazione,
internalizzazione e riciclo in una maniera ciclica. Tale comportamento protegge le cellula da
un’eccessiva stimolazione o da prolungata desensibilizzazione e conseguente insensibilità ad
ormoni.

E qui entra in gioco l’endocitosi.

L’endocitosi non è sono un meccanismo collegato ai lisosomi per cui tutto ciò che entra nella cellula
viene digerito, ma è anche un modo per impedire che in presenza di una stimolazione prolungata
questo recettore possa andare in contro a desensibilizzazione, ovvero la cellula potrebbe rispondere
per un tempo troppo prolungato, e questa non sarebbe più una condizione siologica, bensì
patologica.

I recettori in seguito ad un attivazione eccessiva da parte di un ligando subiscono


un’internalizzazione, come se fosse endocitato. Nel momento in cui la cellula non ha più un
recettore sulla sua membrana, questo non può più rispondere a quel stimolo.

Questo è un comportamento che la cellula mette in atto per proteggersi da una eccessiva
stimolazione e questo spiega una vera e propria sensibilità per alcuni tessuti ad un adattamento
ormonale prolungato, poiché si attiva un meccanismo di internalizzazione del recettore.

CL

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Regolazione del processo


C’è una grande variabilità in termini di regolazione del processo: l’internalizzazione è mediata dalla
fosforilazione del recettore stesso a livello della porzione carbossi-terminale, e a seguito della
fosforilazione il recettore lega la beta-
arrestina.

Questo legame impedisce la recettore


di poter interagire con le proteine G; è
come se il recettore seguisse una via di
escamotage alternativa alla trasduzione
del segnale. Quindi il legame con la
beta-arrestina fa partire un pathway
endocitotico.

Oltre alla fosforilazione, entra il gioco l’ubiquitinazione dei recettori, come una modi ca necessaria
a regolare la segnaletica dei recettori. L’ubiquitinazione è l’aggiunta di residui di ubiquitina, ed è un
processo che dipende da una cascata di enzimi E1, E2, E3; ha un signi cato polivalente: il segnale si
diversi ca a seconda che si tratti di una monoubiquitinazione o poliubiquitinazione (già discusso con
le proteine misfolded).

Il segnale ubiquitina però non sempre signi ca degradazione


verso il proteasoma, e quindi l’ubiquitinazione dei recettori
accoppiati alle proteine G può essere un modo per poter
regolare il segnale nella trasduzione.

Esempio: nel lievito l’ubiquitinazione ha un ruolo importante


nel favorire l’internalizzazione del recettore.
Questo effetto non è richiesto nel mammifero. Piuttosto, nel
mammifero è stato visto che ad essere ubiquitinata non è il
recettore, ma la beta-arrestina.

Queste alternative sono reversibili, il recettore internalizza non


in maniera permanente, poiché qualora lo stimolo dovesse
sopraggiungere in fase successiva, la cellula riesce a riportare/
riciclare questi recettori sulla membrana e renderli nuovamente
funzionanti. Nella realtà dei fatti c’è una vera e propria
dinamicità: il recettore può essere ubiquitinato o deubiquitinato
e quindi in questo modo il recettore può internalizzare/riciclare
al meglio. Per cui si tratta di modi che reversibili e dinamiche
controllate da enzimi (DUB).

Ricapitolando: si è fatto riferimento alla via di trasduzione legata ai recettori GPCR (recettori con 7
domini transmembrana) collegati a proteine G, che servono a mediare la trasduzione del segnale. Le
proteine G per trasferire l’informazione nella cellula si servono di due classi di effettori: fosfolipasi C
e adenilato ciclasi.

Recettori tirosinchinasici (RTK)


Sono proteine che, pur funzionando da recettori, hanno attività enzimatica, ovvero sono in grado di
funzionare come delle chinasi, quindi fosforilare determinati siti. A differenza protein chinasi A (o
altri), gli RTK tendono a fosforilare dei residui di tirosina

Come funzionano?
Innanzitutto sono monopasso, ovvero attraversano il doppio strato fosfolipidico una sola volta, ma
interessante è che il recettore, per poter essere attivo, ha bisogno di dimerizzare (come se si

CL
fi

fi

fi

fi
fi
avvicinassero due recettori), formando quindi un dimero. Quindi ha bisogno di dimerizzare per
intercettare il ligando e a seguito della dimerizzazione si attiva.

Si può osservare nella struttura schematica del recettore una porzione che rappresenta il dominio di
legame al ligando, e una porzione del dominio chinasico intracellulare.

Quindi nel momento in cui due recettori si associano (dimerizzano), questi si attivano e si
autofosforilano a vicenda. Da qui ne consegue un’ulteriore attivazione del recettore, per cui si
autoregola per fosforilazione. Nel momento in cui si attiva va inevitabilmente a regolare proteine
responsive (o adattatrici).

Tutta la via di segnalazione che scaturisce da questi recettori tirosinchinasici si basa su fosforilazione
e defosforilazione di tutta una catena di proteine target; quindi vi è proprio un’ampli cazione del
segnale mediata da variazioni dovute a fosforilazione di proteine target.

Ricapitolando: una volta che il ligando si presenta alla cellula, il recettore deve poter dimerizzare
(fondamentale!) in modo tale da permettere la stimolazione mediante autofosforilazione. Nel
momento in cui avviene la fosforilazione vengono attivate altre proteine (adattatrici).

Quali sono le principali proteine adattatrici collegate ai recettori?


Sono le proteine Grb2 e Sos, le quali possono attivare un ulteriore modulatore, Ras.

È possibile notare i due recettori che hanno formato un dimero, quest’ultimo si autofosforilara a
seguito dell’autofosforilazione e si attivano i due adattatori Grb2 e Sos, i quali fanno da tramite tra il
recettore e la proteina Ras. La proteina RAS è di tipo G-monomerica, per cui è in grado di legare GTP
e passare da uno stato inattivo ad uno attivo a seconda che ad essa è legato il GTP o GDP.

In questo caso, a differenza delle proteine G (viste in precedenza), la proteina RAS è G-monomerica
(un unico blocco). Questa risulta attiva se ad essa è legata il GTP, per cui essendo attivata può
trasmettere il segnale in maniera ampli cata.

A valle del dimero, e attraverso queste proteine si attiva RAS.


CL

fi

fi

La cascata di eventi a valle di RAS si basa sull’attivazione di chinasi, infatti si parla di cascata MAP
chinasica, una cascata di enzimi che va a fosforilare altre proteine bersaglio. L’obiettivo è ampli care
il segnale di partenza attraverso i meccanismi di fosforilazione.

Nell’ampli care il segnale di partenza, la risposta


nale ottenuta dalla cellula è signi cativa, ed
ecco perchè questa via di trasduzione è attivata in
maniera speci ca mediante meccanismi di
differenziamento/proliferazione cellulare.
Quindi: stiamo parlando di recettori accoppiati
alle proteine G, ovvero recettori che riescono a
captare il segnale dimerizzando e
autofosforilandosi.

Una volta attivato il recettore tramite mediatori (o


effettori) GRP2 e SOS, si attiva la proteina RAS;
quest’ultima va a fosforilare una prima chinasi
(RAF), la quale fosforila una seconda chinasi
(MEK), la quale fosforila una terza chinasi (ERK,
questa attiva altre proteine di diverso tipo, una
gamma molto ampia di proteine responsive).
Questo processo è de nito come cascata di
fosforilazione, e prende il nome di MAP-chinasi.

Ne consegue un’ampli cazione del segnale e una


risposta cellulare molto importante.

La segnalazione può avere target diversi a seconda della cellula in esame!

Nota: le ERC sono l’ultimo tassello de nite MAP-chinasi nali della via di trasduzione del segnale, le
quali possono fosforilare determinate proteine responsive.

Af nché la cascata di chinasi possa essere più


veloce della risposta cellulare, gli enzimi (RAF,
MEK, ERK) devono essere organizzati da proteine
scaffold, per cui queste ultime organizzano i
diversi componenti in un unico complesso
proteico per far si che la risposta possa essere
molto più rapida/ottimale cosicché ci sia da parte
della cellula una segnalazione più ef cace.

La presenza di una proteina scaffold consente di


localizzare la cascata delle chinasi in un punto
ben preciso del citosol.

Se la fosforilazione è stato l’evento chiave


permettendo agli enzimi, attraverso proteine
effettrici, di attivare i RAS, la defosforilazione
inevitabilmente blocca questi recettori.

Internalizzazione (spiegato in diverso modo)


Innanzitutto il recettore viene internalizzato per non sovrastimolare la cellula, ovvero se c’è un
segnale prolungato la cellula sarebbe iperstimolata e quindi darebbe una risposta ampli cata e
duratura, e questo fenomeno non sarebbe più siologico, ma diventerebbe patologico.

CL
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fi
fi

fi
fi

fi

fi
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fi

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fi
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Il recettore è una proteina sintetizzata utilizzando energia, per cui degradare il recettore sarebbe
un’ulteriore utilizzo (spreco) di energia, ed è per questo che la cellula adotta uno strumento diverso,
ovvero il recettore viene allontanato dalla membrana: viene internalizzato, quindi endocitato.

L’endocitosi è sempre collegata ai lisosomi?


No, l’endocitosi in questo caso è un modo per internalizzare dei recettori, disattivandoli. La proteina
di membrana, per invaginazione della membrana, viene tolta dalla membrana stessa e viene
racchiusa in una vescicola endocitotica (o endosoma). Quindi nel momento in cui la membrana è
priva di quel recettore la cellula non risponde più al segnale esterno.

Quindi: Il meccanismo che scatena un pathway endocitotico è un’alternativa alla trasduzione del
segnale: endocitosi.

Nei mammiferi, l’internalizzazione richiede un segnale in cambiamento, quindi il recettore deve


subire, a livello della sua porzione carbossi-terminale, una fosforilazione. Una seconda modi ca
avviene in seguito a fosforilazione del recettore e la beta-arrestina viene ubiquitinata, e quindi si lega
al recettore fosforilato impedendo che il recettore riconosca le proteine G, le quali sono necessarie a
far partire la trasduzione del segnale (come se prendesse il posto delle proteine G).

Così facendo, questa segnalazione fa si che il recettore venga endocitato, ovvero allontanato dalla
membrana.

Dopo diverso tempo la cellula, però, potrebbe aver nuovamente bisogno di quel recettore per
rispondere ad un segnale, e in questo caso il recettore potrebbe essere riciclato su membrana. Quindi
le vescicole ritornano su membrana, si rifondono alla membrana stessa e il recettore viene
ripresentato su membrana.

Con un gioco di modulazione (fosforilazione e ubiquitinazione) si va a gestire la disponibilità del


recettore su membrana, e quindi a regolare la sua funzione.

———————————————————————————————————————————

Nella lezione successiva si andrà a concludere la trasduzione del segnale spiegando il meccanismo
d’azione dei canali ionici a controllo di ligando e spendendo quale parola sulla meccanotrasduzione.

CL

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lezione 18 biologia applicata


 TRASDUZIONE DEL SEGNALE
(parte nuova e conclusione) andiamo ad analizzare il comportamento di canali ionici che
sono proteine di membrana che lasciano passare degli ioni però questo canale non è
sempre aperto altrimenti avremmo un’entrata o fuoriuscita di ioni senza regolazione ma il
canale è chiuso e solo dopo l’aggancio del ligando il canale si apre consentendo
passaggio di ioni. Questa attività è frequente per le cellule nervose che comunicano con
quelle muscolari con questo tipo di canale ad esempio recettore nicotinico per l’acetilcolina
che si trova su cellule muscolari dunque è responsabile per far partire la contrazione
muscolare.
esempio:

Guardiamo questa giunzione neuromuscolare, è una terminazione nervosa che arriva ad


una fibra muscolare e sappiamo che la contrazione muscolare è sotto il controllo del calcio
quindi si attiva a seguito di un impulso nervoso da parte dell’assone si attiva il rilascio di
questo neurotrasmettitore cioè l’acetilcolina che viene rilasciata all’interno dello spazio
simpatico ovvero lo spazio che intercorre tra l’assone e la fibra muscolare e quindi ciò che
succede dopo che l’acetilcolina è stata rilasciata e l’attivazione di tutta una serie di canali
ionici a livello della fibra muscolare quindi da una giunzione a riposo siamo passati da una
giunzione attivata, questo recettore che troviamo sulla cellula muscolare funge da canale
del sodio, nel momento in cui questo recettore è stimolato dal ligando (dopo l’impulso
nervoso) ovviamente iniziano ad entrare ioni sodio quindi il canale si apre, fa passare gli
ioni sodio e in contemporanea all’ingresso di sodio viene rilasciato calcio da parte del
reticolo saccoplasmatico, questi sono gli eventi necessari a far contrarre le fibrille
muscolari nella cellula muscolare. Questo recettore per il neurotrasmettitore sta lavorando
come canale ionico.

A parte questi canali ionici a controllo del ligando che troviamo espressi soprattutto a
livello delle cellule nervose (quindi a livello di giunzioni neuromuscolari) per gli altri due tipi
di recettori ovvero quelli associati alle proteine G e per i recettori con attività terosin
chinasica esiste una cross reattività tra le vie vuol dire che le vie di trasduzione a valle
dei recettori accoppiati alle proteine G e a valle dei recettori tirosin chinasici non sono vie
che non interagiscono ma sono vie che possono prendere contatto tra di loro e questo è
un meccanismo di autoregolazione della cellula cioè un modo che la cellula usa per
garantirsi una risposta a seguito della stimolazione di un ligando anche in condizioni in cui
qualche modulatore potrebbe non essere efficiente dunque un modo di avere sempre la
risposta pronta dinanzi la stimolazione di un ligando.

Cosa interessante è un altro meccanismo di trasmissione di un segnale ovvero la


meccanotrasduzione.
Lo studio della
meccanotrasduzione
è relativamente
recente e viene
identificato come un
meccanismo di
trasmissione del
segnale che ha
come fine
regolazione della
cromatina. A
seguito di un impulso
meccanico si
attivano recettori di
membrana (la
stimolazione è
regolata dalla
matrice extra
cellulare ci sono integrine e collagene che regolano questi impulsi meccanici) i recettori di
membrana trasferiscono questo tipo di segnalazione non A secondi messaggeri come
solitamente fanno i recettori accoppiati alle proteine G oppure i recettori tirosin chinasici
ma propagano il segnale attraverso le fibre citoschetriche (ricordiamo che il citoscheletro
ha tre componenti principali: microtubuli, microfilamenti, filamenti intermedi). Un ruolo
fondamentale è dato alle anchirine ovvero una classe di proteine che include una gamma
di proteine segnale che hanno il compito di trasferire questo segnale dalla membrana al
citoscheletro legandosi ad un’altra classe di proteine ovvero le spectrine, quindi dalla
matrice extracellulare parte un impulso che arriva dai recettori che tramite le anchirine e
poi le spectrine vanno a collegarsi al citoscheletro che può coinvolgere i microfilamenti
quanto i microtubuli quanto i filamenti intermedi a seconda della classe di fibre
citoscheletriche che vengono coinvolte (che dipende dal segnale a monte) il segnale è
come se viaggiasse su canali diversi.
A seconda che ci sia un coinvolgimento del filamento di actina oppure dei filamenti
intermedi ovviamente il segnale arriva a proteine differenti che si chiamano nesprine Che
sono a loro volta organizzati in varie classi ad esempio se il segnale si è propagato
attraverso i filamenti di actina vengono stimolate le nesprine di tipo uno o di tipo due se
invece il filamento intermedio che ha fatto da mediazione risponde la nesprina tre. Queste
nesprine sono interessanti perché formano insieme ad un’altra classe di proteine ovvero
insieme alle proteine Sun formano il complesso link che collega il citoscheletro con il
nucleoscheletro.
Ricapitolando le
fibre
citoscheletriche
comunicano con
proteine del
complesso link
ovvero un
complesso
proteico che risulta
essere attivo a
livello
dell’involucro
nucleare.
(il complesso link è
un complesso
nucleoscheletrico
che collega il
citoscheletro con il
nucleoscheletro e
trasmette il segnale dal citoscheletro alla lamina nucleare, che sappiamo avere ruoli
importanti in quanto sorregge l’involucro nucleare e condiziona quelli che sono i territori
cromosomici quindi la disponibilità della cromatina a poter essere espressa, quindi in
seguito a questo impulsò meccanico il nucleo risponde quindi l’impulso che parte della
matrice extracellulare viaggia lungo il cito scheletro attraverso il complesso link arriva il
nucleoscheletro e ha come risposta finale il Folding della cromatina ovvero un
rimodellamento della cromatina e ciò significa rendere disponibili dei promotori genici e
quindi consentire o meno una risposta in termini di attivazione dell’espressione genica).

N.B. vediamo come il rimodellamento della cromatina significa anche cambio del codice
istonico cioè la cromatina si rimodella in virtù di particolari modifiche istoniche che
possono essere modifiche attivanti o no la trascrizione.
 REGOLAZIONE DELL’ESPRESSIONE GENICA

I geni possono essere regolati a più livelli e soprattutto la regolazione può dipendere da
una serie di segnali; quando abbiamo parlato di trascrizione abbiamo visto che il concetto
di gene è stato rivisto nel corso del tempo in quanto inizialmente si pensava che il gene
fosse semplicemente quel
tratto di DNA responsabile di
dar luogo ad una proteina
perché trascritto e tradotto
ma con il tempo questo
concetto è stato rivisitato
perché il gene è un tratto di
DNA che viene trascritto e
rimane in forma di trascritti
questo è il caso di RNA
ribosomiale ed RNA transfer
che con meccanismi di
splicing alternativo questi
geni possono avere più
trascritti e quindi un unico
gene può avere più strumenti di segnalazione attraverso lo splicing alternativo.

Abbiamo anche visto che il DNA eucariotico presenta dei tratti a singola copia cioè che
possono considerarsi Informazionali che sono ridotti rispetto alla globalità del genoma
quindi che la maggior parte del DNA si presenta in forma mediamente ripetuta rispetto al
tratto che realmente viene tradotto che appunto è una percentuale minima.
Perché è importante capire come si regola l’espressione attraverso il rimodellamento della
cromatina? perché rappresenta la risposta da parte della cellula a particolari tipi di segnali,
se noi pensiamo alla complessità dell’organismo umano il DNA contenuto nelle nostre
cellule é uguale cioè il DNA di una cellula epatica è uguale al genoma di una cellula
muscolare e ciò è semplicemente il risultato di una fine regolazione dell’espressione dei
propri geni e quindi di un fine differenziamento cellulare. Dobbiamo capire a che livelli
possiamo operare se trascrizionali o post trascrizionali e quindi fare in modo che il
trascritto si formi ma poi condizionarne la traduzione oppure possiamo agire a livello post
traduzionali. La cellula si serve di più strumenti per poter regolare l’espressione di un
gene.
Spesso la regolazione dell’espressione di un gene viene definita retroregolazione
nel senso che se immaginaniamo una via
di segnalazione che porta ad un prodotto
finale nel momento in cui la cellula si trova
dinanzi ad elevate concentrazioni di quel
prodotto finale informa la via di
segnalazione che di prodotto finale ce n’è
abbastanza e quindi tende ad inibire
l’attività di particolare enzimi coinvolti in
quella sintesi.
Quindi il concetto di analisi del controllo
trascrizionale è strettamente collegato a
rimodellamento della cromatina cioè condizionare la trascrizione di un gene significa
influenzare folding della cromatina dunque far si che se la cromatina sia relativamente
rilassata quella parte di gene può essere espressa se invece abbiamo una cromatina
relativamente chiusa ovviamente c’è inibizione dell’espressione genica sappiamo anche
che giocare con la cromatina significa condizionare a livello post traduzionale gli istoni
infatti noi sappiamo bene che le code istoniche che sporgono da questi nucleosomi
possono subire delle modifiche.

Elementi di controllo fondamentali per quanto riguarda la trascrizione di un gene al di là


del
promotore
sono gli
enhancer o i
silencer
(troviamo a
monte del
promotore
agganciate
da proteine
attivatrici
cioè queste
proteine
sotto
opportuni
stimoli
potrebbero
collegarsi a
quelle che
sono le
sequenze
enhancer
così da consentire in un secondo momento il ripiegamento del DNA e questo folding
andrebbe ad avvicinare queste proteine attivatrici al promotore di quel gene si crea così un
grande complesso proteico che richiama l’enzima RNA polimerasi e facendo partire la
trascrizione quindi noi abbiamo regolato la trascrizione di questo gene attraverso un
elemento di controllo enhancer e quindi attraverso un cambio di conformazione del DNA).
L’azione di questi intensificatori è un’azione dipendente dal tessuto specifico cioè siccome
la risposta cellulare è una risposta appunto dipendente dal tipo di cellula che stiamo
considerando avremo un pattern di espressione che sono tessuto specifico.

La regolazione dell’espressione genica segue dei cammini differenziale a seconda


che stiamo analizzando dei procarioti o degli eucarioti ciò perché I procarioti hanno
degli RNA messaggeri particolari che sono policistronici nel senso che un solo MRNA può
codificare per più geni proprio perché hanno un genoma che è molto più piccolo rispetto a
quello degli eucarioti ovvero molto più semplice quindi nell’ambito di un unico messaggero
io posso avere informazione per ottenere più proteine diverse e questo è un meccanismo
che i procarioti utilizzano Per soddisfare un genoma relativamente piccolo e semplice per
di più in termini di regolazione per l’espressione genica a livello trascrizionale i procarioti si
servono di un modello particolare che è il modello dell’operone, ma che cos’è? È un tratto
abbastanza complesso di DNA che contiene dei geni di interesse che chiamiamo geni
strutturali e a monte di questi presentano delle sequenze di regolazione e in modo
particolare un promotore e un operatore quasi sempre all’interno dell’operatore c’è il punto
di inizio della trascrizione quindi tutto questo blocco di informazione si chiama operone.
Gli operoni possono
essere di due tipi
possiamo avere operoni
inducibili e reprimibili.
Inducibili sono anche
detti catabolici,
reprimibili anche detti
anabolici (catabolismo
vuol dire demolire
qualcosa, anabolismo
vuol dire costruire
qualcosa) quindi
sostanzialmente gli
operoni inducibili o
catabolici ad esempio
operone del lattosio in
grado quindi di regolare
la scissione del lattosio,
la demolizione del
lattosio, il lattosio sappiamo essere scisso sostanzialmente in glucosio e galattosio.
Ma come avviene la regolazione di tipico operone inducibile come l’operone lattosio? X, Y
e Z sono i geni strutturali che fanno parte di questo operone che se tradotti daranno luogo
a questi tre enzimi che sono enzimi chiave coinvolti nella scissione del lattosio a monte
abbiamo un promotore e operatore.
Se non c’è lattosio, in assenza di lattosio ovviamente questi geni non possono essere
attivati e quindi quello che succede è che interviene una molecola che chiamiamo
repressore, questo repressore interagisce con un alto grado di specificità con l’operatore
quindi si aggancia all’operatore e all’interno dell’operatore risiedeva il punto di inizio della
trascrizione, quindi appoggiandosi sull’operatore blocca in maniera allosterica l’inizio della
trascrizione cioè impedisce che vengano trascritti i geni X, Y e Z e che quindi vengano
sintetizzati gli enzimi necessari alla scissione del lattosio.
Se invece il lattosio c’è e ce n’è in abbondanza al punto tale da spingere la cellula
batterica ad attivare la via catabolica il lattosio si veste di una funzione particolare cioè
lattosio diventa induttore e dunque in qualità di induttore si lega al repressore e nel
momento in cui si lega al repressore ne cambia la conformazione quindi si crea un
complesso (abbiamo avuto esperienza con altre macromolecole che nel momento in cui si
formano dei complessi proteici evidentemente vengono indotte delle variazioni
conformazionali, quindi se il repressore subisce una variazione conformazionale perde la
capacità di legare l’operatore dunque il non legame con l’operatore comporta l’espressione
cioè L’attivazione trascrizionale di X, Y e Z quindi viene fatto un RNA messaggero
vengono fatti enzimi e si scinde il lattosio quindi l’operone è attivo ovviamente e quindi si
scinde il lattosio).

Il promotore è quello che noi sappiamo essere una regione del DNA a monte di
determinati geni, il promotore come regione del DNA contiene l’operatore che a sua volta
é un tratto più piccolo di DNA. L’operatore rispetto al promotore è un tratto più piccolo
di DNA che contiene il sito di inizio della trascrizione dunque è a livello
dell’operatore che si fa agganciare questo repressore se è attivo oppure se il
repressore è inattivato dal lattosio stesso quindi l’operatore è libero e quindi
automaticamente è libero il sito di inizio della trascrizione; sono tratti di DNA a
monte dei geni strutturali quindi sequenze di regolazione e infatti prima le abbiamo
definite come sequenze regolative presenti nel DNA.

Un altro meccanismo di regolazione che i procarioti utilizzano invece è il meccanismo


mediato dagli operoni reprimibili, allora nel caso degli operoni reprimibili parliamo di
operoni che hanno funzioni anaboliche vuol dire che questi operoni generalmente sono
coinvolti nella sintesi di molecole, molto spesso questi contengono geni che codificano per
enzimi preposti alla sintesi di aminoacidi stiamo parlando sempre di procarioti e allora
parliamo di un meccanismo d’azione di un operone reprimibile, ovviamente abbiamo geni
strutturali a monte di questi un promotore e all’interno l’operatore, inizialmente il
repressore si può presentare in forma inattiva se il repressore è inattivo l’operatore è libero
quindi automaticamente può partire la trascrizione di questi geni quindi può avvenire la
sintesi dell’amminoacido in questione per esempio la sintesi di triptofano ma nel caso in
cui il triptofano sia già stato prodotto, sia già presente a livello di quella cellula non c’è
bisogno di sintetizzarne altro quindi la cellula correre ai ripari cioè attraverso il suo
prodotto finale va a regolare l’espressione dei geni coinvolti in questa via di attivazione
quindi il triptofano funziona come corepressore cioè il triptofano si aggancia a questo
repressore e ne cambia la conformazione e questa volta il cambio conformazionale è
positivo nel senso che favorisce questa volta a differenza di quanto succedeva con il
lattosio, il cambio conformazionale invece rende il repressore attivo e quindi consente
l’aggancio all’operatore così che la trascrizione è bloccata quindi c’è il triptofano non
trascrivo i geni che codificano per enzimi coinvolti nella biosintesi del triptofano. Questi
operoni anabolici però si servono di meccanismi di regolazione che chiamiamo
attenuazione.
Ma che
significa?
vediamo che
ci sono vari
geni
strutturali,
TRP sta per
triptofano,
EDCB e A
sono i geni
strutturali, il
gene invece
di tipo TPRN
è un tratto di
DNA che
presenta al
suo interno
una
sequenza di
regolazione
e contiene anche un sito diciamo che si chiama sito attenuatore ed è quello che controlla i
livelli di triptofano perché ovviamente con la regolazione che abbiamo visto prima questa
regolazione qui eravamo un po’ borderline nel senso c’è triptofano o non c’è
completamente ma se vogliamo essere più precisi noi dobbiamo tener conto dei livelli di
triptofano presenti in una cellula cioè se c’è altro triptofano o basso non abbiamo sempre
le situazioni estreme quindi immaginiamo che ci sia poco triptofano o basso livello di
triptofano ovviamente questo rappresenta un segnale a che la cascata di geni strutturali
venga attivata per poter sintetizzare molto più triptofano quindi nel momento in cui c’è
basso triptofano si arresta la traduzione di questa sequenza leader nella realtà dei fatti si
scatena l’appaiamento della regione due e tre quindi praticamente le due regioni centrali
dei geni strutturali si appaiano, nel momento in cui si appaiono queste due regioni la
regione tre e quattro non possono interagire di solito quando queste regioni interagiscono
formano una forcina di terminazione della trascrizione quindi non potendo terminare la
trascrizione c’è una trascrizione molto attiva quindi vuol dire che si forma tantissimo
operone attivo e quindi è pronta a sintetizzare il triptofano, al contrario invece se i livelli di
triptofano sono alti è un segnale a che la porzione tre e la porzione quattro si possono
appaiare creando una struttura a forcina, questa struttura a forcina inibisce la trascrizione
quindi il risultato sarà un mRNA che si dice attenuato cioè una bassa trascrizione o
trascrizione nulla significa un blocco trascrizionale dovuto al triptofano quindi con il
meccanismo di attenuazione stiamo considerando i livelli di triptofano presenti in una
cellula quindi basso o alto livellosignifica regolazione di geni strutturali che fanno parte
dell’operone. Con il meccanismo operone dipendente i procarioti riescono in maniera
piuttosto efficiente a rispondere appunto a queste che sono le esigenze di regolazione
dell’espressione genica.

Un altro meccanismo di regolazione molto particolare adottato dagli archea, funghi e


batteri è l’utilizzo di particolari tratti di RNA che prendono il nome di riboswitch. Ma cosa
sono? nell’ambito di un mRNA un riboswitch è un tratto di questo messaggero che può
legare un determinato tipo di molecola. Consideriamo una molecola bersaglio o metabolita
che sta quindi trasmettendo un segnale ora se arriva dunque se c’è questo metabolita
questo può essere un riboswitch e questo può essere e diciamo un sito di inizio della
traduzione a livello del messaggero dunque se c’è il metabolita e quindi non c’è necessità
di un attiva traduzione succede che il metabolita riconosce questo tratto del messaggero
che appunto chiamiamo Riboswitch e il legame con il metabolita all’interno di opportune
sequenze di riconoscimento va a generare un avvolgimento dell’mRNA stesso e nel super
avvolgersi l’mRNA va a mascherare il sito di inizio della traduzione quindi nel momento in
cui c’è questo ripiegamento questo è un segnale per cui l’interruttore si può definire
interruttore spento, quindi c’è il metabolita vuol dire che non ho necessità di far partire la
traduzione e quindi blocco traduzione, non c’è il metabolita, riboswitch rilassato,
interruttore acceso quindi vuol dire che sto consentendo la traduzione di quel messaggero
diciamo non tutti i riboswitch hanno funzioni inibitorie una volta accese o legate o dal
metabolita esistono sequenze nell’ambito del messaggero di riboswitch che hanno un
ruolo attivatore ai fini traduzionali quindi altro meccanismo di regolazione da parte dei
procarioti e soprattutto meccanismo di regolazione traduzionale è mediato da queste
sequenze riboswitches.

Negli eucarioti il fatto di non avere dei messaggeri policistronici sfavorisce molto il
modello dell’operone quindi il modello di regolazione dell’operone è sostanzialmente un
modello che caratterizza i procarioti; per di più nell’ambito degli eucarioti abbiamo una
difficoltà in più dovuto all’organizzazione del genoma molto complesso e al fatto che questi
geni Eucarioti possono far parte di unità funzionali diverse potrebbero subire una doppia
regolazione. Nell’ambito degli eucarioti possiamo servirci di vari meccanismi di regolazione
che sono più complessi rispetto al modello operone in modo particolare noi possiamo
andare a controllare la stabilità di un messaggero. In che modo? abbiamo visto nei
procarioti che trascrizione e traduzione sono eventi simultanei perché appunto manca la
compartimentalizzazione cellulare per cui nel mentre viene trascritto questo messaggero
viene anche tradotto al contrario invece abbiamo visto che negli eucarioti questi
messaggeri sono bloccati nel nucleo e sono prematuri hanno bisogno di poter maturare e
maturano attraverso dei meccanismi di splicing e non solo ma abbiamo parlato di
poliadenilazione di aggiunta del cappuccio di sette metil guanosina, abbiamo anche detto
che le cellule eucariotiche possono utilizzare altri meccanismi di splicing alternativo per cui
da un unico grosso trascritto possiamo ottenere da un trascritto primario prematuro molto
grande dei trascritti maturi differenti che per traduzione potrebbero dar luogo a proteine
diverse quindi sicuramente rappresenta un importante meccanismo con cui regoliamo
l’espressione di un gene, abbiamo anche fatto riferimento ad un meccanismo di splicing
non canonico che abbiamo definito come back splicing per cui c’è una chiusura di questo
trascritto e abbiamo la formazione di un RNA molto stabile perché avendo l’estremità
chiuse in maniera covalente diciamo sfugge all’azione di esonucleasi e quindi ha suo alto
grado di stabilità. Questi trascritti una volta maturati escono nel citosol e possono diciamo
avere una stabilità più o meno temporanea e sostanzialmente la stabilità di questi
messaggeri sotto il controllo di tutta una serie di RNA diversi nel senso che la stabilità di
un mRNA può essere condizionata anche da classi di RNA non codificanti come Ribozimi
è un messaggero che ha funzioni enzimatiche cioè funzioni catalitiche quindi sono
semplicemente RNA che possono controllare la stabilità dei messaggeri e la stabilità dei
messaggeri è sotto il controllo del ripiegamento dei messaggero stesso cioè un
messaggero opportunamente foldato che può essere più o meno stabile e soprattutto più o
meno attivo in base alla funzione che deve svolgere.

Un altro meccanismo di regolazione è quello mediato da regolatori che definiamo in cis o


trans, regolatori in cis sono sequenze di regolazione presenti all’interno stesso di DNA e
quindi si trovano nelle vicinanze di gene che deve essere trascritto quindi possiamo
immaginare che dei regolatori in cis siano sequenze di tipo enhancer che quindi a monte
di un determinato promotore condizionano l’espressione di un determinato gene; quando
parliamo di regolatori trans ci riferiamo sostanzialmente a fattori esterni al DNA quindi
molto spesso ci riferiamo a delle proteine che sono in grado di controllare le sequenze in
cis cioè riescono a legare le sequenze in cis e quindi a controllare l’espressione di
determinati geni questo è un discorso fortemente legato alla stabilità di RNA che può
essere sotto il controllo non solo di sequenze regolative dell’RNA stesso ma anche di
regolatori in trans cioè di binding protein ovvero proteine che sono in grado di legare
L’RNA e dunque sono in grado di condizionarne la stabilità. A livello trascrizionale
possiamo immaginare che RNA non codificanti vadano da pagarsi ad RNA messaggeri
quindi stiamo condizionando in effetti attraverso la creazione di queste doppie eliche RNA
RNA la stabilità di quel trascritto e quindi da duplex possono derivare piccoli RNA che
chiamiamo SiRNA cioè piccoli RNA interferenti che degradano determinati tipi di RNA
messaggeri cioè possiamo immaginare un meccanismo di silenziamento per cui quell’RNA
viene silenziato cioè non viene più tradotto quindi questi trascritti condizionano la stabilità
dei messaggi e quindi la possibilità che ha il messaggio di essere tradotto. Rimanendo
nell’ambito della regolazione trascrizionale possiamo ancora fare ferimento al folding della
cromatina cioè condizionare attraverso opportune modifiche istoniche e quindi andare a
controllare la disposizione dei territori cromatidici è un modo importante che la cellula ha
per regolare l’espressione di un gene ovviamente sappiamo che é sotto il controllo della
metilazione di DNA stiamo inibendo determinati tipi di geni quindi stiamo bloccando la
trascrizione. La metilazione di un gene è un meccanismo di repressione genica quindi era
un modo per silenziare geni abbiamo detto che la metilazione del DNA rientrava nei tre
meccanismi epigenetici perché apportando questa modifica al DNA se ne stava in qualche
modo controllando la stabilità e quindi se ne andava a condizionare diciamo di
conseguenza la trascrizione quindi con la metilazione del DNA oppure con le modifiche
istoniche io sto condizionando il folding della cromatina e quindi automaticamente sto
condizionando l’espressione di determinati geni target. Il folding della cromatina non si
controlla in maniera omogenea all’interno del nucleo ma in maniera territoriale quindi io
posso rilassare la cromatina in un territorio del nucleo dove sono presenti dei geni
viceversa posso condensare la cromatina in un altro territorio per impedire che altri geni
vengono espressi.

TERRITORI NUCLEARI (CROMATINA) => che significa automaticamente territori


cromatidi e se questa cromatina si è già condensata in cromosomi il posizionamento di
questi cromosomi all’interno del nucleo è un altro fattore di cui tener conto perché a
seconda delle posizioni occupate nel nucleo significa che quei cromosomi potrebbero
diciamo avere corsie preferenziali nella trascrizione (se guardo la posizione dei cromosomi
all’interno del nucleo di uno spermatozoo vedo che ci sono dei cromosomi che hanno delle
posizioni preferenziali e quasi sempre sono in punta al nucleo questo fa capire che su quei
cromosomi verosimilmente sono presenti i geni che devono essere immediatamente
trascritti al momento della fecondazione quindi la posizione dei cromosomi quindi la
territorialità è sicuramente un modo per influenzare l’espressione di geni durante le prime
tappe di sviluppo embrionale).
Lezione di Genetica
10/06/2021

Lezione di Genetica
Giovedì 10 giugno 2021

La genetica consiste nell'applicazione dei concetti relativi a meiosi e mitosi e capire come i
caratteri si esprimono e si ereditano nonché le probabilità di ereditare determinati caratteri
piuttosto che altri.

Per poter comprendere tutti i concetti importanti in ambito genetico è opportuno far
riferimento ad una corretta terminologia:

MORFOLOGIA DEL CROMOSOMA


I due filamenti rappresentano i cromatidi del cromosoma e sono bastoncelli formati da DNA e
istoni e originano quando la cellula è in interfase. In interfase, infatti, nel nucleo troviamo la
cromatina.
Il massimo compattamento della cromatina è il cromosoma ed è per convenzione descritto in
metafase mitotica. In questa fase del ciclo cellulare, ciascun cromosoma è formato da due
cromatidi, formati in fase S del ciclo cellulare in seguito a duplicazione.
I due cromatidi pertanto sono uguali proprio perché prodotto della replicazione e contengono
la stessa quantità e tipologia di informazione.

Come si dislocano i caratteri sui due cromatidi?


Dislocano in loci, che sono delle porzioni del DNA in corrispondenza delle quali troviamo
specifiche informazioni come il colore degli occhi, dei capelli, ecc..
Per semplicità li esprimiamo in relazione ad un solo gene anche se nella realtà l'informazione
per il colore degli occhi è relativa a più geni.
Consideriamo che A sia il carattere per gli occhi scuri ed a quello per gli occhi chiari.
Possiamo dire che A è dominante su a ( carattere occhi scuri domina su quello per gli occhi
chiari). Questo vuol dire che si esprime se è in assortimento con il carattere sempre relativo al
colore degli occhi ma recessivo (occhi chiari appunto).

Dunque se su un cromatidio c'è un carattere A per gli occhi scuri, il corrispondente cromatidio
fratello dovrà avere lo stesso carattere A poiché essendo uguali mantengono la stessa
informazione.
Il cromosoma nella globalità porterà il carattere A.
Lezione di Genetica
10/06/2021

Analogamente se su un cromatidio ho il carattere recessivo a anche il suo cromatidio fratello


avrà lo stesso carattere a sul locus corrispondente.
Il cromosoma nella globalità porterà il carattere a.

CROMOSOMI OMOLOGHI

Sono coppie di cromosomi morfologicamente identici eucariotici che in loci corrispondenti


presentano uguale dimensione e lo stesso numero di geni ma non necessariamente lo stesso
tipo di informazione.
Questo vuol dire che sui due cromosomi omologhi sicuramente troveremo in loci
corrispondenti il gene portatore dell'informazione relativa ad un carattere ( ex: colore degli
occhi), ma non è detto che l'informazione sia la stessa (ex: uno può contenere il carattere occhi
scuri e l'altro il carattere occhi chiari).

Nb: Ovviamente i due omologhi possono contenere la stessa informazione ma non è detto che
sia sempre cosí.

Come si indica il genotipo relativo ai due omologhi?


Indicando con A il carattere "occhi scuri" e con a il carattere "occhi chiari" , se i due omologhi
contengono la stessa identica informazione allora l'individuo avrà, in relazione al carattere per
il colore degli occhi, un genotipo di tipo:
• AA se gli omologhi contengono entrambi il carattere "occhi scuri";
• aa se gli omologhi contengono entrambi il carattere "occhi chiari".
• Aa se uno dei due ha il carattere "occhi chiari" e l'altro il carattere "occhi scuri".
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10/06/2021

GENOTIPO

Il genotipo è come i geni sono assortiti sia in riferimento ad un locus che all'insieme di tutti i
loci. Nel nostro caso, in relazione al gene portatore del colore degli occhi, si può parlare di:
• AA omozigosi dominante detta anche linea pura dominante;
• Aa eterozigosi perché abbiamo alleli presenti in dominanza e in recessività;
• aa è omozigosi recessiva detta anche linea pura recessiva.

CORREDO DIPLOIDE

Un corredo diploide in generale è un corredo rappresentato per coppie di cromosomi detti


omologhi.
Infatti, la diploidia è la condizione in cui nelle cellule somatiche di un organismo vivente sono
presenti due copie per ogni cromosoma, definite cromosomi omologhi. La
condizione diploide viene spesso indicata con il simbolo "2n", ad indicare le due copie
del corredo cromosomico aploide "n", caratteristico della specie.
Sui cromosomi omologhi troveremo gli alleli.

ALLELI
L'allele è la forma alternativa di un determinato gene che può presentarsi in forma dominante
o recessiva e ovviamente può dare origine alle tre condizioni di sopra.

LINEA PURA
In termini genetici, una linea pura è costituita da individui omozigoti in tutti i loci.
Quindi gli assortimenti dei geni, cioè i genotipi possono anche essere linea pura dominante o
omozigosi dominante e linea pura recessiva o omozigosi recessiva.

ETEROZIGOSI
È quando ho geni presenti in loci corrispondenti che presentano uno il carattere dominante e
l'altro il carattere recessivo.

Cosa succede se oltre al colore degli occhi voglio sapere il colore dei capelli relativi al gene B
che si pone su un'altra coppia di omologhi? Rispetto ai due geni posso avere genotipo:

• AA BB detta linea pura dominante;


• Aa BB dove ho eterozigosi per A e omozigosi per B detto monoibrido;
• Aa Bb ho eterozigosi per entrambi si parla di diibrido;
• aa bb dove ho linea pura recessiva;
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10/06/2021

CONCETTO DI IBRIDO
Il concetto di ibrido rappresenta il grado di eterozigosi del genotipo. Pertanto si parla di:
• Monoibrido quando abbiamo solo una coppia in eterozigosi;
• Diibrido quando abbiamo due coppie in eterozigosi;
• Triibrido quando ne abbiamo tre, ecc;

Ex: Considero 4 caratteri aggiungendo ad A(colore occhi) e B (colore dei capelli), i caratteri C
(lunghezza del mignolo) e D (lunghezza del medio).
Se ho come genotipo Aa Bb CC dd questo è un di-ibrido perché è in eterozigosi solo per il
carattere A e per il carattere B.

ASSORTIMENTO

Questi alleli per poter essere ereditati si devono assortire nei gameti e la divisione cellulare che
porta alla formazione dei gameti è la meiosi.

Quali sono le differenze tra i due meccanismi di divisione?

Dobbiamo ricordare che nella mitosi il corredo cromosomico è diploide e viene ereditato in
quanto tale.
Ovviamente prima della divisione abbiamo la fase S in cui avviene la duplicazione questo ci
porta a capire perché i cromosomi in metafase sono dicromatici.
In mitosi tali cromosomi dovranno trasmettere i caratteri alle cellule figlie in modo invariato
per qualità e quantità di cromosomi separandosi. Quindi se la cellula somatica iniziale aveva 46
cromosomi ciascuno con 2 cromatidi, questi si separano in 92 cromatidi (46x2).

Tali cromatidi vengono divisi tramite le fibre del fuso in modo tale che i due cromatidi fratelli
siano distribuiti uno per ogni cellula si ottengano due cellule figlie diploidi con cromosomi (46)
monocromatici.
Da una cellula diploide ottengo due cellule diploidi identiche.

Nella meiosi, invece, partiamo sempre da una cellula diploide con cromosomi dicromatici ma
ciò che cambia è il prodotto finale. Infatti, mentre nella mitosi si assiste alla separazione dei
cromatidi fratelli, in questo caso abbiamo due divisioni successive:
✓ Meiosi I : Le coppie di omologhi si allineano in piastra metafasica si separano ottenendo
due cellule aploidi ma ancora con cromosomi dicromatici. Considerando i 46
cromosomi iniziali (con un totale di 92 cromatidi) si ottengono 2 cellule con 23
cromosomi ciascuna (per un totale di 46 cromatidi per cellula).
Lezione di Genetica
10/06/2021

Dunque il carattere distintivo della divisione dei cromosomi è che si separano gli omologhi.
È, inoltre, avvenuto uno scambio di informazione tra gli omologhi di tratti corrispondenti e
quindi di ricombinazione detto Crossing-over che è avvenuto prima della segregazione degli
omologhi.

I cromosomi divisi nelle cellule figlie sono ricombinati e diversi tra loro e da quelli della madre.

Nb: La prima divisione è detta riduzionale perche ho separato gli omologhi dando origine ad
un corredo aploide con separazione tramite assortimento indipendente.

✓ Meiosi II : La seconda è detta equazionale perche è simile alla mitosi separiamo solo i
cromatidi fratelli ottenendo quattro cellule aploidi monocromatidiche con 23
cromosomi.

Con quale meccanismo si ripartiscono i cromosomi omologhi?

A. Nella mitosi i cromatidi fratelli sono tenuti insieme dalle coesine di natura proteica delle quali
la coesina mitodica è detta rad21. Un enzima detta separasi tra metafase e anafase rompe
rad21 e i cromatidi si separano migrando ai poli opposti del fuso e dando origine a 46
cromosomi monocromatidici per cellula.

B. Nella meiosi la cellula da diploide diventa aploide tramite separazione degli omologhi. Si
separano loro e non i cromatidi perché c'è una coesina detta Rec8 che si presenta diversamente
ai telomeri dove si uniscono i cromosomi omologhi e al centromero dove si agganciano i
cromatidi fratelli.
Lezione di Genetica
10/06/2021

Quale è la differenza tra le due Rec8?


Rec8 telomerico non e protetto mentre Rec8 centromerico è protetto da un'altra serie di
proteine dette sgosine. Questa protezione non consente ai cromatidi fratelli di separarsi e
quindi si separano solo gli omologhi e nelle cellule figlie ho corredo aploide dicromatidico.

Tra la prima e la seconda meiosi le sgosine si degradano e rec8 centromerico non è più protetto
dalle sgosine. Questo permette la separazione dei cromatidi per ottenere corredo aploide
monocromatidico.

Inoltre: In meiosi I entrambi i cinetocori dei cromatidi fratelli sono orientati verso le stesse fibre
del fuso perche devono andare dallo stesso lato. Questo vuol dire che in meiosi I i cinetocori
subiranno una regolazione circa il loro orientamento da parte di una proteina specifica che
troviamo solo nella prima meiosi e che orienta i cinetocori dalla stessa parte detta Meikin.
Questo fa si che i cromatidi fratelli possano migrare insieme.
In meiosi II, invece, i cinetocori sono disposti in modo diverso per potersi separare.
Lezione di Genetica
10/06/2021

Ha senso parlare di ricombinazione genetica soltanto in meiosi I in cui abbiamo cromosomi


omologhi ancora legati e per i quali può avvenire uno scambio di frammenti omologhi. Questo
non avrebbe senso in relazione alla meiosi II poiché abbiamo solo i cromatidi fratelli che sono
tra loro identici quindi non ci sarebbe riassortimento.

ASSORTIMENTO INDIPENDENTE

Per assortimento indipendente si intende un meccanismo di separazione degli omologhi


indipendentemente dalla loro origine. Sappiamo, infatti, che i cromosomi omologhi sono uno
di origine materna e l'altro paterna. Quando vengono divisi durante la meiosi I vengono
assortiti indipendentemente dal fatto che siano paterni o materni e questo porta alla
formazione di cellule aploidi in cui appunto abbiamo un assortimento casuale di omologhi.

Consideriamo il caso dei geni A e B per i quali abbiamo la coppia di omologhi con genotipo Aa
e Bb.
I cromosomi omologhi che contengono allele A e allele a sono destinati a separarsi (potrebbero
stare insieme ma questo porterebbe all'insorgenza di malattie gravi).

Dunque in prima meiosi il cromosoma che contiene A va da un lato del fuso quello che
contiene a andrà dall'altro lato del fuso. Questo è il primo carattere che consente alla meiosi il
carattere riduzionale.
Lezione di Genetica
10/06/2021

Stessa cosa vale per B ma il moto di B è indipendente da quello di A ecco perché si parla di
assortimento indipendente. Cioè la migrazione delle coppie di omologhi non influenza la
separazione delle altre coppie di omologhi. Se A va dalla parte sinistra della cellula, a va dal lato
opposto. Questo non vuol dire che B debba andare per forza con A. Può andarci anche b,
l'importante è che B e b siano separati. Con la stessa probabilità A può essere assortito con B
e b.

Come si vede dalla diapositiva, il fatto di avere 2 cromosomi per ogni coppia di omologhi ci
porta a dire che, grazie all'assortimento indipendente, il numero di combinazioni possibili è
pari a 223 . Questo vuol dire che i gameti possono essere diversi per un numero infinito di volte
quindi alla fine della spermatogenesi non troveremo mai due spermatozoi uguali così come per
le cellule uovo.

Questo anche perché oltre all'assortimento indipendente troviamo anche il fenomeno del
crossing-over che comporta ulteriore variabilità genetica.

Una fecondazione da origine ad un individuo ma una seconda fecondazione darebbe origine


ad un individuo diverso dal primo. I fratelli non sono mai identici perché la possibilità che in
due fecondazioni successive si incontrino due gameti identici è quasi nulla.
Lezione di Genetica
10/06/2021

Quale può essere l'unico caso in cui due fratelli sono genotipicamente identici?
Sono identici solo quando si parla di gemelli mono-oculari perché sono due unità identiche che
derivano dalla separazione di una cellula che da origine a due cellule identiche
immediatamente dopo la fecondazione.

Questi meccanismi ricombinativi sono di base alla variabilità motivo per cui i fratelli non sono
uguali.
Che in un uomo si formino due spermatozoi uguali nel corso della vita è un evento
praticamente impossibile e che questi due vadano a fecondare due cellule uovo identiche a
loro volta è ancora più improbabile.

FENOTIPO
Il fenotipo è come i caratteri si manifestano, cioè è come gli alleli rendono i caratteri manifesti.
Nel caso del carattere A relativo al colore degli occhi possiamo dire di avere:
• Assortimento Aa eterozigosi darà sempre fenotipo dominante;
• Assortimento aa omozigosi recessiva dà fenotipo recessivo;
• Assortimento AA omozigosi dominante dà fenotipo dominante.

Ex: se incrocio due individui AA x aa, cioè uno con omozigosi dominante e l'altro con omozigosi
recessiva tramite il quadrato di Punnet possiamo ipotizzare i genotipi dei discendenti.

Notiamo che:
• Le classi di gamete che si forma durante la meiosi di AA è solo una di tipo A per il colore degli
occhi.
• Il 100% degli spermatozoi porterà l'allele A.
• La sua compagna è recessiva aa questo vuol dire che i suoi gameti 100% ovociti porterà l'allele
a.
• I figli saranno diploidi e genotipicamente eterozigoti Aa.
• Avremo un unico fenotipo che è quello dominante.
• Nella generazione filiale il carattere dominante predomina su quello recessivo.
Lezione di Genetica
10/06/2021

Ex: Analizziamo un altro incrocio del tipo Aa x Aa

Notiamo che:
✓ Alla meiosi si formano due classi di gameti A ed a sia per uno che per l'altro;
✓ Le possibili fecondazione possono dare origine a genotipi diversi del tipo AA, Aa e aa.

Parlando di probabilità, i due genitori hanno:


✓ Il 50% di avere figli in eterozigosi;
✓ Il 25% di avere omozigosi dominante;
✓ Il 25% di avere figli in omozigosi recessiva.

Considerando che in eterozigosi il carattere che si manifesta è quello dominante A possiamo


dire che:
• I rapporti genotipici sono 1-2-1 (25% / 50% / 25)
• I rapporti fenotipici sono 3-1

Questo tipo di incrocio mi dice che gli alleli segregano.


Nb: Per convenzione si mette prima il carattere dominante e poi il recessivo.

Leggi di Mendel

Questi incroci furono studiati da Mendel per capire i fenomeni di dominanza e di segregazione
e riassunse quanto osservato nelle sue prime due leggi.
Dunque, le leggi di Mendel solo la conseguenza della meiosi. È, infatti, la meiosi che impone ai
cromosomi di muoversi in un determinato modo e Mendel capì queste proprietà quando la
genetica non esisteva ancora come branca della scienza e cioè quando non si sapeva ancora
nulla della meiosi.
Lezione di Genetica
10/06/2021

Le leggi, in sintesi, affermano che:


➢ Prima legge: Incrociando tra loro individui che differiscono per un solo carattere, si
ottengono alla prima generazione ibridi tutti uguali.

Ex: la prima legge fa riferimento al primo esempio di incrocio riportato in cui solo uno dei due
caratteri domina sull'altro e il risultato è che abbiamo tutti individui con lo stesso fenotipo.

➢ Seconda legge: incrociando tra loro individui eterozigoti per un carattere, gli alleli che
lo controllano si separano (segregano) e vengono trasmessi a gameti diversi. Si
ottengono 1/4 degli individui con il carattere recessivo e 3/4 con il carattere dominante.
Di questi ultimi 2/3 sono eterozigoti, 1/3 è omozigote.

Ex: la seconda legge viene descritta dal secondo esempio di incrocio riportato in cui si
manifesta anche il carattere recessivo.

➢ Terza legge : Incrociando individui che differiscono tra loro per due o più caratteri (
due di-ibridi), ogni coppia di alleli per ciascun carattere viene ereditata in maniera del
tutto indipendente dall'altra. Si hanno così tutte le possibili combinazioni degli alleli di
ciascuna coppia e la comparsa di individui con caratteri nuovi.

Ex: il quadrato di Punnet di seguito descrive la terza legge di Mendel.

1. I gameti che si ottengono per entrambi i genitori sono 4: Ab, AB, aB e ab.
2. Si da origine a ben 4 classi fenotipiche in cui si riscontra 9 volte il carattere dominante,
3 volte uno solo dominante e l'altro recessivo, 3 volte solo l'altro carattere dominante
e una sola volta entrambi i caratteri recessivi.
Lezione di Genetica
10/06/2021

È importante considerare che Mendel lo scoprì semplicemente incrociando piante di piselli


senza conoscere la meiosi, senza sapere cosa fosse un gene e fu così visionario nella
formulazione delle sue leggi preso per pazzo.
Quando nel 1900 Morgan con gli studi relativi alla Drosophila riscoprì quanto Mendel aveva già
annunciato anni addietro, avendo alla base conoscenze relative anche alla meiosi e concetti di
genetica, dovette ammettere che era stato preceduto da Mendel, quando tutta la fase della
meiosi non era ancora stata scoperta e conosciuta.

In questo modo noi possiamo sapere a priori quali sono le classi di gameti a partire dal grado
di ibridismo perché il numero di classi di gameti è 2𝑛 dove n è il grado di ibridismo.
Pertanto, se è un diibrido le classi di gameti sono 4, se è un triibrido sono 8 ecc..

REINCROCIO
Il reincrocio o test-cross è un incrocio che si fa utilizzando tra i due partner un omozigote
recessivo e viene usato per chiarire alcuni problemi ad esempio per capire quale sia il genotipo
di un individuo.

Ad esempio: posso avere un fenotipo dominante che può derivare da due genotipi o da un
omozigosi dominanti del tipo AA oppure un eterozigosi come Aa.

Allora per capire che genotipo abbia lo incrocio con un omozigote recessivo.
3. Questo perché se l'individuo è omozigoticamente dominante e lo incrocio
con uno recessivo avrò un fenotipo tutto dominante (100%).
4. Se invece questo genitore è in eterozigosi non avrò tutti individui con
fenotipo dominante ma 50% di dominanza e il 50% di recessività.

Nb: Ovviamente lo posso usare per le piante e per gli animali con prole numerosa, ma di certo
non posso considerare che questo metodo possa valere per gli uomini.
Per gli uomini, posso concludere se sono eterozigote solo se, con un partner omozigote
recessivo, ottengo un bimbo recessivo. In tutti gli altri casi non è possibile definire con certezza
il genotipo di un individuo poiché dovremmo avere una prole molto numerosa.

Nb: Inoltre se i due genitori hanno fenotipo dominante e danno origine ad un figlio recessivo
posso dire con certezza che il genotipo dei due individui è eterozigote di tipo Aa x Aa in modo
tale da poter ottenere aa (omozigote recessivo).

Allora questo principio fa sì che io possa fare un albero genealogico e capire se un determinato
carattere e legato gli autosomi ( i cromosomi che non sono sessuali).
Grazie a questo diagramma è possibile capire se un determinato carattere è autosomico
dominante oppure autosomico recessivo.
Lezione di Genetica
10/06/2021

Alberi genealogici presentano una schematizzazione ricorrente:


5. il maschio è il quadrato;
6. la femmina è il pallino;
7. il matrimonio è chiaramente il quadrato che si collega al puntino;
8. in basso ci sono i figli.

Allora se un'eredità è autosomica dominante, se io sto seguendo un carattere autosomico


dominante, questo si manifesterà in AA, si manifesterà Aa mentre non si manifesterà
solamente nel caso in cui abbiamo aa.

Quindi la probabilità che io trovi questo carattere è molto elevata quindi non ci saranno salti
di generazione. Di generazione in generazione io troverò sempre il carattere se questo è
autosomico dominante.
Viceversa, se il carattere autosomico recessivo, si manifesterà solamente in omozigosi
recessiva quindi è probabile che durante la genealogia dei matrimoni (che sono stati fatti dai
nostri genitori, dai nostri nonni, dai nostri bisnonni ecc..) questo carattere può essere rimasto
nascosto perché non si manifesta quando in eterozigosi ma si manifesterà solamente se ci sarà
un matrimonio Aa x Aa quindi ci saranno i salti di generazioni.

Quindi se non ci sono salti in generazioni l'eredità sarà autosomica dominante e se ci sono salti
di generazioni l'eredita sarà autosomica recessiva.

Ex: questo si può manifestare per patologie per esempio l' albinismo che è un carattere
autosomico recessivo che può essere che rimanga nascosto per generazioni ma può
manifestarsi quando ho la sfortuna di fare un figlio con una compagna che nella sua famiglia
ha manifestato questo gene e ha tenuto questo carattere nascosto per generazioni per
generazioni.
Lezione di Genetica
10/06/2021

Quindi, non sapendo di portare il carattere entrambi i genitori, portatori sani della malattia,
potranno dare origine a un figlio omozigote malato.

Dominanza completa e Incompleta.

Fino a questo momento abbiamo sempre parlato di alleli dominanti e recessivi e quando c'è il
dominante il recessivo non si manifesta. Questo topo di fenomeno prende il nome di
DOMINANZA COMPLETA.

Ma non è sempre detto che gli alleli abbiano un rapporto di forza in piena dominanza in piena
recessività. È probabile che entrambi gli alleli si esprimano in modo che ci sia la DOMINANZA
INCOMPLETA.

Ex: combinando fiori Rossi con fiori bianchi nascono i fiori rosa perché i fiori bianchi
contribuiscono al fenotipo dato che non sono completamente recessivi.

Altro concetto, invece, è la CODOMINANZA che si ottiene quando entrambi gli alleli si
esprimono simultaneamente.

SISTEMA AB0
il sistema AB0 è un esempio importante attraverso il quale possiamo parlare di codominanza,
possiamo anche parlare di un altro modo in cui gli alleli interagiscono fra di loro e si chiama
allelia multipla, di un altro modo in cui i generi diversi interagiscono non allelici fra di loro e
questo fenomeno si chiama epistasi.
Lezione di Genetica
10/06/2021

Quindi dobbiamo capire codominanza, allelia multipla ed epistasi usando il sistema AB0 che è
un modo di classificare i gruppi sanguinei.

Questo viene fuori grazie a tre alleli: 𝑖 𝐴 , 𝑖 𝐵 , 𝑖 0.


Questi pur essendo tre diversi alleli possono occupare soltanto due loci. Non sono mai presente
tutti e tre ma solo due.
Nb: Avere tre alleli per un gene mi configura un esempio di allelia multipla.

Per capire cosa fanno devo considerare anche il gene H.


Questo può avere genotipo hh (recessivo), Hh oppure HH (dominante).
Quando il gene ha genotipo HH si dice attivo e codifica in dominanza per la fucosil-transferasi
che trasferisce il fucosio ad un polisaccaride di base che si trova sulla membrana del globulo
rosso.
Quindi grazie al gene H in dominanza io ho che un polisaccaride di base diventa per aggiunta
di fucosio sostanza h.

Se si esprime anche il gene 𝑖 𝐴 , questo produce un enzima che trasferisce l'N-


acetilgalattossammina alla sostanza H. Il complesso N-acetilgalattossammina + sostanza H
diventa antigene A, che caratterizza il gruppo sanguineo A.
Dunque il gruppo sanguineo è detto A perche sulla membrana del globulo rosso abbiamo
l'antigene A che è formato da N-acetilgalattossammina + sostanza H.

Se si esprime 𝑖 𝐵 questo sintetizza per un altro enzima che trasferisce sulla sostanza H il
galattosio che insieme formano l'antigene B. Tale conformazione è quella che troviamo sui
globuli rossi di un individuo con gruppo sanguineo B.

Ex: Dato gli alleli 𝑖 𝐴 , 𝑖 𝐵 , 𝑖 0 verifichiamo i possibili genotipi.


Lezione di Genetica
10/06/2021

9. Rispetto ad 𝑖 , un genotipo 𝑖 𝐴 𝑖 𝐴 darà come fenotipo il gruppo sanguineo


A.
10. Un genotipo 𝑖 𝐵 𝑖 𝐵 darà come fenotipo il gruppo sanguineo B.
11. L'allele 𝑖 0 è recessivo rispetto ad 𝑖 𝐴 e 𝑖 𝐵 . Perciò 𝑖 𝐴 𝑖 0 darà gruppo
sanguineo A e 𝑖 𝐵 𝑖 0 darà B.
12. Un signore ha gruppo fenotipico AB solo se sono presenti 𝑖 𝐴 𝑖 𝐵 per i quali è
evidente un fenomeno di codominanza.
13. 𝑖 0 𝑖 0 è l'unico tipo in cui abbiamo fenotipo 0.

Il gruppo sanguineo si esprime solo se si esprime il gene H.


Se H non funziona la sostanza H non si forma. Questo vuol dire che l'allele 𝑖 𝐴 e 𝑖 𝐵 pur
sintetizzando non hanno il substrato a cui agganciare. Quindi non possono funzionare né
antigene A ne B.

Attenzione: 𝑖 0 non produce niente la sostanza H rimane invariata.

Può essere generato un individuo A da un incrocio 0 x 0?

Il genotipo 𝐻𝐻𝑖 0 𝑖 0 ha fenotipo 0.


Il genotipo hh𝑖 𝐴 𝑖 𝐴 ha fenotipo 0 perché nonostante porta 𝑖 𝐴 , h non è attivo.
Dall'incrocio nasce un figlio 𝐻h𝑖 𝐴 𝑖 0 che porta fenotipo A.

Ecco perché l'analisi dei gruppi sanguinei non viene mai usata per riconoscere la paternità
poiché può comunque avere origine antigene A nonostante hanno entrambi fenotipo 0 perché
uno dei due ha l'allele 𝑖 𝐴 che però non si eprimeva per mancata espressione di H.
Si parla del fenotipo Bombay.

Che rapporto di forza c'è fra il gene i e il gene H, cioè tra questi due geni non alleli?
Il rapporto di forza tra geni non alleli prende il nome di Epistasi.
Gene epistatico permette l'espressione di un altro gene, come il gene H che se si esprime
permette l'espressione del gene i.
A sua volta il gene i verrà definito ipostatico rispetto al gene epistatico. Pertanto si dice
ipostatico quel gene che sta a valle e si esprime in dipendenza di un gene epistatico (il gene i
appunto per manifestarsi ha bisogno che si esprime H).
Lezione di Genetica
10/06/2021

Penetranza

È la probabilità che un gene si esprima negli individui che lo possiedono. Quindi se una
popolazione ha i geni 𝑖 𝐴 ci aspettiamo che il gruppo sanguineo della popolazione sia 100% A.
Devo tener presente, però, che A si esprime in dipendenza della frequenza di H, quindi una
penetranza del 100% ci sarà una presenza di 𝑖 𝐴 e H. Se c'è anche hh avrò una penetranza
incompleta, inferiore al 100% perché l'espressione di 𝑖 𝐴 dipenderà dalla presenza di hh.

In omozigosi non è detto che tutti i fenotipi siano uguali. Perche il fenotipo dipende
dall'interazione del genotipo con l'ambiente e si assiste ad una certa variabilità fenotipica
nonostante il genotipo sia lo stesso.
Questo concetto viene definito di Espressività degli alleli.
Lezione di Genetica
Martedì 15 giugno 2021

GENI CONCATENATI

Con i principi di Mendel e con lo studio della dinamica della meiosi sappiamo che due geni si
trasmettono ciascuno in modo indipendente rispetto all’altro se sono localizzati su paia di
cromosomi diversi. Geni che sono localizzati insieme sullo stesso cromosoma si chiamano geni
concatenati ,i geni possono essere concatenati mediante due distribuzioni diverse:

Come si nota dall’immagine A è concatenato con B ovviamente ciò si verifica anche sul cromatidio
fratello e se sull’omologo sono presenti i recessivi a è concatenato con b nei loci corrispondenti,
questa disposizione si chiama disposizione in CIS cioè A e B stanno insieme e a e b stanno insieme,
questi sono gruppi di associazione, però può succedere che i gruppi di associazione prevedano che
il dominante sia concatenato con il recessivo in questo caso si dirà che i gruppi di associazione
sono in TRANS. Se i geni sono strettamente concatenati o associati avremo che quando gli
omologhi si andranno a separare le classi di gameti saranno solamente due perché A è gruppo di
associazione con B da una parte e a è gruppo di associazione con b e quindi il cromosoma omologo
va dall’altra parte. I gruppi di associazione migrano con gli omologhi quindi le classi di gameti non
possono che essere due a meno che non avvenga un processo che si chiama crossing-over cioè lo
scambio di pezzi di cromosomi tra cromosomi omologhi, in questo modo si formeranno le classi di
gameti chiamate ricombinanti dette così perché frutto di ricombinazione, quindi A potrà andare
con b e a potrà andare con B. Dato il genotipo di un diibrido Aa Bb come posso sapere se A e B
sono indipendenti o sono concatenati? Come posso sapere quali sono i gruppi di associazione cioè
l’associazione in CIS o l’associazione in TRANS? Come posso stabilire la distanza tra il gene A e il
gene B? Il crossing-over è un evento probabilistico, non è obbligatorio che avvenga, la probabilità
che avvenga il crossing-over dipenderà dalla distanza fra i geni, più sono distanti i geni più è
probabile che il crossing-over avvenga.

COME SI MISURA LA DISTANZA TRA DUE GENI?

Si misura in unità di mappa, l’unità di mappa è la distanza tra due geni che permette di ottenere
un gamete ricombinante (portatore di crossing-over) ogni 100 gameti. In onore a T.H. Morgan: 1
unità di mappa = 1 centimorgan (cM).

1 cM equivale alla distanza tra due geni che dà una frequenza di ricombinazione dell’1%. La
distanza di mappa è quindi uguale alla frequenza di ricombinazione scritta come percentuale. I
geni sono collocati su cromosomi in ordine lineare. Per comprendere l’esatta localizzazione dei
geni è necessario costruire una mappa genetica per determinare l’ordine lineare dei geni e la
distanza relativa tra i vari geni cioè la distanza di mappa. L’unità di mappa genetica rappresenta la
distanza tra coppie di geni per i quali 1 prodotto della meiosi su 100 è ricombinante.

1 unità di mappa (uM)= 1 centimorgan (cM) è la frequenza dei ricombinanti all’1%. La


ricombinazione tra due geni associati può essere utilizzata per stabilire la loro distanza sul
cromosoma. La frequenza di ricombinazione può essere può variare da 0 a 50 : sarà 0 in assenza di
ricombinazione , sarà 50 nel caso di indipendenza.

La distanza tra due geni associati si misura con la frequenza di ricombinazione : progenie
ricombinante/ totale progenie x100.
Nella maggior parte degli organismi eucarioti i geni rappresentano i principali determinanti del
sesso, i principali geni del sesso sono localizzati sui cromosomi sessuali. In genere, uno dei due
sessi possiede due cromosomi sessuali dello stesso tipo e produce gameti tra loro identici per
quanto concerne i cromosomi sessuali. L’altro sesso possiede due cromosomi sessuali differenti e
produce due classi di gameti, ciascuna delle quali porta un solo tipo di cromosoma sessuale. Le
cellule delle femmine hanno due cromosomi sessuali uguali chiamati cromosomi X . I maschi,al
contrario, hanno un unico cromosoma X e un cromosoma Y più piccolo che presenta un numero
limitato di geni . Ad esempio, nella specie umana, gli individui di sesso femminile hanno 22 paia di
autosomi, che sono tutti i cromosomi non sessuali, più un paio di cromosomi X; gli individui di
sesso maschile hanno 22 paia di autosomi più un cromosoma X e un cromosoma Y. Nella specie
umana, gli individui di sesso maschile hanno il fenotipo maschile perché possiedono un solo
cromosoma X o perché hanno un cromosoma Y? Lo studio di individui che presentano anomalie a
carico dei cromosomi sessuali fornisce molte indicazioni che ci permettono di rispondere a questa
domanda. Un soggetto XXY è un individuo con un aspetto esteriore maschile,ma presenta gonadi
iposviluppate ( sindrome di Klinfelter). Un soggetto con un unico cromosoma X, ma senza
cromosoma Y, ha le sembianze di un individuo di sesso femminile ma presenta difetti quali bassa
statura e ovaie scarsamente sviluppate ( sindrome di Turner). Un embrione con una Y, ma senza
X,non sopravvive. Basandosi su questa e altre osservazioni, i biologi conclusero che tutti gli
individui richiedono almeno un X, mentre l’Y è il cromosoma che determina il sesso maschile.
Infatti, molti geni coinvolti nella determinazione del sesso maschile sono stati identificati sull’ Y.
Sul cromosoma Y, il maggiore gene deputato alla determinazione del sesso (SRY), funziona come
un “interruttore genetico” che causa nel feto lo sviluppo dei testicoli. Si dice che il cromosoma Y
oltre SRY non contiene granchè quindi è geneticamente vuoto,mentre il cromosoma X possiede
geni che non possiede il cromosoma Y. Il cromosoma X possiede numerosi geni necessari a
entrambi i sessi, ma una femmina normale ne ha due copie per ogni locus, mentre un maschi
normale ne possiede una sola. Un meccanismo, detto compensazione del dosaggio, rende
equivalenti le due dosi della femmina e la singola del maschio. Grazie alla compensazione del
dosaggio, i maschi e le femmine producono la stessa quantità di proteine prodotte dai geni
associati al cromosoma X. La nostra comprensione della compensazione del dosaggio nell’uomo e
in altri mammiferi è parziale, ma è noto che il processo implica generalmente l’inattivazione di uno
dei due cromosomi X nella femmina. Durante l’interfase, sotto la superficie del nucleo di ogni
cellula di mammifero femmina colorata e osservata al microscopio è visibile una macchia scura di
cromatina. Questa macchia scura, il corpo di Barr, rappresenta uno dei due cromosomi X
metabolicamente inattivo. Per aberrazioni cromosomiche intendiamo due tipi di anomalie:
aberrazioni che possono essere genomiche cioè che riguardano l’intero assetto cromosomico e le
abberrazioni che riguardano la morfologia dei cromosomi. Le anomalie genomiche sono quelle
anomalie che determinano un cambiamento nel numero dei cromosomi di un genoma, o
cariotipo. Si possono distinguere due tipi di anomalie genomiche la poliploidia e la aneuploidia.

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