Mappe genetiche

I limiti della ricombinazione.

Ø Se due loci genici sono cosi lontani fra loro sul cromosoma che la probabilità
che si formi un chiasma fra loro e’ del 100%, allora il 50% dei gameti sarà di
tipo parentale (cioe’ non avrà subito crossing-over) e il 50% di tipo
ricombinante (che avrà subito crossing-over).
Ø Quando questi individui diibridi vengono reincrociati col doppio recessivo, ci
si aspetta che producano una progenie nel rapporto di 1 : 1 : 1 : 1 come ci si
aspetterebbe da geni su cromosomi diversi.
Ø La ricombinazione fra due geni associati non puo’ superare il 50% anche
quando fra di loro si producono crossing-over multipli.
Øcrossing-over doppi tra due geni molto lontani daranno solo
individui di tipo parentale. Sottostimando le distanze di mappa
Crossing-over multipli.

Per reperire questi crossing-over doppi, bisogna

ricorrere ad un terzo locus genico (C) centrale ai
due marcatori considerati
IMPORTANTE:

NEI CROSSOVER DOPPI I GENI ESTREMI NON MOSTRANO

RICOMBINAZIONE

SOLO IL GENE CENTRALE MOSTRA RICOMBINAZIONE

IL CONFRONTO FRA I FENOTIPI DEI PARENTALI E QUELLI DEI

CROSSOVER DOPPI CONSENTE DI STABILIRE LA POSIZIONE
DEL GENE CENTRALE E DI CONSEGUENZA L’ORDINE DEI GENI
SUL CROMOSOMA

(ATTENZIONE: I FENOTIPI DELLA PROGENIE DEL REINCROCIO

CORRISPONDONO AGLI APLOTIPI DEI GAMETI DEL
TRIIBRIDO!!)

INSIEME DELLE FORME ALLELICHE PRESENTI IN UN GAMETE

Per aplotipo (dal greco = unico) si intende una
serie di alleli che si trovano in loci associati su un
singolo cromosoma.
Analisi del triibrido
Stabilire l’ordine dei geni nei
seguenti Parentali

e+ st + ss + / e st ss X e st ss / e st ss
 Calcolo delle
distanze di
mappa

d p-j= (52+46+4+2) x100 =20,8um

500

d j-r= (22+22+4+2) x100 =10 um

r 500
r+

d p-r attesa: 20,8+10=30,8

 Calcolo della distanza tra p-r
ignorando j

d p-r= (52+46+22+22)x100=28,4um
500

d p-r= (52+46+22+22+4+2+4+2)x100
500

r
r+ 30,8um (20,8+10)

bisogna aggiungere due

volte i doppi scambi
Poiché, la probabilità che avvengano due eventi di
crossing-over indipendenti è uguale al prodotto delle
singole probabilità, per geni distanti 30 u.m. avremo:

Frdoppi crossing-over= 0,3 x 0,3 = 0,09

se non consideriamo i doppi crossing over si fa un errore

di 10 volte più grande rispetto a due geni che distano di
10 u.m.

Quindi l’ideale è sempre sommare due distanze più brevi!

 Questa situazione…

NON è SEMPRE VERA!

In quanto può accadere che un evento di

crossing-over influenzi la possibilità che ne
avvenga un secondo nella stessa regione.
Si definisce interferenza quel fenomeno
per cui un evento di crossing over
interferisce sulla produzione di un
secondo evento di crossing over.
L’interferenza può variare da regione a
regione del cromosoma e causa una
discrepanza tra la frequenza di
ricombinanti e la distanza di mappa.
Curva di Haldane e interferenza

i= 1- cc
 Interferenza e
coefficiente di coincidenza
Interferenza (I) = 1- coefficiente di coincidenza

Coefficiente di coincidenza (cc) = Fr dei doppi scambi osservati

Fr dei doppi scambi attesi
 Quando i:

• doppi scambi osservati = attesi

c.c. = 1 I=0

• doppi scambi osservati < attesi

c.c. < 1 I>0

 MAPPATURA GENICA
INCROCIO A 3 PUNTI
Un tipico incrocio a 3 punti è quello che si realizza tra un individuo triplo eterozigote (o
triibrido) con uno triplo omozigote recessivo.

A B C a b c
a b c a b c

Da un incrocio di questo tipo, di solito, si ottengono 2 classi parentali e 6 classi ricombinanti

originatesi a causa di eventi di crossing over sia in prima che in seconda regione.

A B C
A B C a b c PARENTALI
A b c
A B C SINGOLI RICOMBINANTI IN I
a B C
REGIONE (SR I)
a b c Si otterranno le A B c
SINGOLI RICOMBINANTI IN II
seguenti classi a b C
a b c REGIONE (SR II)
A b C
Regione 1
a B c DOPPI RICOMBINANTI (DR)
Regione 2
Per calcolare le distanze tra 3 geni avendo a disposizione solo le frequenze osservate per
ogni classe, la prima cosa da fare è stabilire quali sono le classi parentali e le classi dei
doppi ricombinanti.
Quindi se ad esempio:

Abc 44
ABC 8 DR Il passaggio successivo è quello di stabilire qual è
abC 196 P l’ordine corretto dei 3 geni lungo il cromosoma
aBc 87 confrontando proprio le classi parentali e doppie
ricombinanti
ABc 200 P
aBC 43
abc 6 DR
AbC 80
A c B
a C b PARENTALI AcB 200
A C b
SINGOLI RICOMBINANTI IN I
aCb 196
A c B a c B REGIONE (SR I) ACb 80
A c B A c b acB 87
Si otterranno le SINGOLI RICOMBINANTI IN II
a C B
a C b seguenti classi REGIONE (SR II) Acb 44
genotipiche A C B
DOPPI RICOMBINANTI (DR) aCB 43
a C b a c b
ACB 8
acb 6
v A questo punto, si calcola la percentuale di ricombinanti in quanto questa può essere
utilizzata come misura quantitativa della distanza tra due geni.

v Per poter calcolare la frequenza di ricombinazione e quindi, la distanza di mappa, è

necessario analizzare due geni per volta:

SR I + DR 80+87+8+6
Frequenza di ricombinazione 17,5 u.m.
0,175 %
in regione I (A-C) PROGENIE 664
TOTALE

Frequenza di ricombinazione SR II + DR 44+43+8+6 0,152 % 15,2 u.m.

in regione II (C-B) PROGENIE 664
TOTALE

Frequenza di ricombinazione Frequenza di ricombinazione in regione I + frequenza di ricombinazione in

(A-B) regione II

A 17,5 u.m. C 15,2 u.m. B

 Quindi, è possibile calcolare l’ INTERFERENZA, in quanto a volte la presenza di un crossing
over interferisce con la formazione di un altro crossing over nelle vicinanze.
L’interferenza è espressa in funzione del COEFFICIENTE DI COINCIDENZA.
DR
PROGENIE
COEFFICIENTE DI COINCIDENZA FREQUENZA DI DR OSSERVATI TOTALE
FREQUENZA DI DR ATTESI FREQUENZA FREQUENZA
RICOMBINAZIONE RICOMBINAZIONE
REGIONE I REGIONE II

N.B. La frequenza dei doppi ricombinanti si calcola moltiplicando la frequenza degli scambi in I regione
con la frequenza degli scambi in II regione, in quanto si tratta di calcolare la probabilità che due eventi
indipendenti si verifichino contemporaneamente.
INTERFERENZA 1 – COEFFICIENTE DI COINCIDENZA

Pertanto, per l’esempio riportato:

8+6
COEFFICIENTE DI COINCIDENZA 664
O,8
0,17 0,15

INTERFERENZA 1 – 0,8 0,2

ØSe l’interferenza ha un valore negativo, ciò significa
che avvengono più doppi crossing over rispetto
all’atteso.

ØSe l’interferenza ha valore positivo significa che il

verificarsi di un crossing over viene interferito dalla
formazione di un altro nelle vicinanze.

ØSe l’interferenza è pari a 0 i crossing over attesi

sono uguali a quelli osservati.
 I Caso 3 geni associati

Supponiamo di avere che i geni A, B e C siano disposti sul cromosoma nel

seguente ordine e con le seguenti distanze di mappa.
Per calcolare la frequenza di ottenere un dato gamete dall’incrocio tra un
individuo triplo eterozigote (o triibrido) con uno triplo omozigote recessivo,
avendo a disposizione solo le distanze che intercorrono tra i geni considerati, il
primo passo è la definizione delle classi parentali e ricombinanti.

A B C

A B C
a b c

a b c

40 u.m. 20 u.m.
 A B C A B C
a b c PARENTALI
A B C A b c SINGOLI RICOMBINANTI IN I
Si otterranno le a B C REGIONE (SR I)
a b c
seguenti classi A B c SINGOLI RICOMBINANTI IN II
a b c a b C REGIONE (SR II)
A b C
40 u.m. 20 u.m. a B c DOPPI RICOMBINANTI (DR)

Poiché le distanze di mappa non sono altro che le frequenze di ricombinazione, a questo
punto è possibile determinare la frequenza delle classi parentali, in quanto :

Frequenza DR attesi frequenza di ricombinazione regione I frequenza di ricombinazione regione II

Frequenza SR regione I attesi frequenza di ricombinazione regione I – frequenza DR attesi

Frequenza SR regione II attesi frequenza di ricombinazione regione II – frequenza DR aXesi

Frequenza classi parentali aXesi 1 - (frequenza di ricombinazione regione I + frequenza ricombinazione regione II + frequenza dei DR)
Pertanto, per l’esempio riportato, la frequenza attesa per la varie classi è:

0,04 AbC
Frequenza DR attesi 0,40 0,20 0,08
0,04 aBc

0,16 Abc
Frequenza SR regione I attesi O,40 – 0,08 0,32
0,16 aBC

0,06 ABc
Frequenza SR regione II attesi O,20 – 0,08 0,12
0,06 abC

0,24 ABC
Frequenza classi parentali attesi 1 - (0,32 + 0,12 + 0,08) 0,48
0,24 abc

calcolo la probabilità di oIenere un dato gamete

 II Caso 2 geni associate ed 1 Non associato

v Per calcolare la frequenza di ottenere un dato gamete

dall’incrocio tra un individuo triplo eterozigote (o triibrido) con
uno triplo omozigote recessivo, avendo a disposizione la distanza
che intercorre tra due geni presenti sullo stesso cromosoma e
sapendo che, ad esempio, il terzo gene in analisi è indipendente,
in prima istanza bisogna stabilire quali sono le classi parentali e
ricombinanti.

v In tal caso bisogna tener presente che il gene non associato, che
nell’esempio sotto riportato si trova su un altro cromosoma , per
effetto dell’assortimento indipendente segrega in modo
indipendente alla formazione dei gameti rispetto agli altri geni.
Pertanto, le diverse classi sono:
 A b D

A b d
PARENTALI
A b D a B D

A b D a B d
Si otterranno le
a B d seguenti classi A B D
genotipiche
a B A B d
d
RICOMBINANTI
20 u.m. a b D

a b d

A questo punto è possibile stabilire le frequenze sia delle classi ricombinanti che parentali mediante l’utilizzo
della distanza di mappa :
5% ABD
Frequenza ricombinanti 20% 5% ABd
Distanza di mappa tra i geni associati
5% abD
5% abd
20% AbD
Frequenza classi parentali 20% Abd
100% - frequenza di ricombinazione 100% - 20% 80% 20% aBD
20% aBd
 II Caso 2 geni associate ed 1 associato ad una grande distanza

Se, invece, consideriamo il caso di un triibrido in cui vi sono tre geni sullo stesso
cromosoma e vogliamo calcolare la frequenza delle classi gameKche prodoLe
avendo, però, a disposizione le distanze di mappa tra A e B di 30 cM e tra B e D di
70 cM, la prima cosa da fare è quella di stabilire quali sono le classi ricombinanK
(SRI, SRII e DR) e le parentali.

A B D

A B D

a b d

a b d
30 u.m. 70 u.m.
 Quindi, la frequenza aLesa delle varie classi è:

B D 25%
A B 35%
b d PARENTALI 50%
a b PARENTALI 70% 25%
35%
15% B d 25%
A b
b D RICOMBINANTI 50%
a B RICOMBINANTI 30% 25%
15%

• Per quanto riguarda la distanza tra A e B, dire che tali geni distano 30 u.m. significa che si osservano per
quesN due geni il 30% di ricombinanN (divisi tra le classi Ab e aB) e quindi, il 70% di parentali (divisi tra
le classi AB e ab).
• Invece, nel caso della distanza tra B e D, dire che i geni B e D distano 70 u.m. significa affermare che tra
quesN due geni si osserva il 50% di ricombinanN (Bd e bD) e il 50% di parentali (BD e bd).
• Quindi, ogni classe gameMca oLenuta per i geni A e B ha il 50% di probabilità di segregare
con D e il 50% di probabilità di segregare con d.
• Pertanto, la frequenza delle classi gametiche è:
D =17,5 % N.B. Si ottiene una distribuzione
P 35% A B d =17,5 % delle classi gametiche tipica di una
D = 17,5 % segregazione di due geni associati
35% a b d = 17,5 % ed uno indipendente anche se in
realtà i tre geni, come inizialmente
affermato, sono presenti sullo
D =7.5%
15% A b stesso cromosoma
R d =7.5%
D =7.5%
15% a B d =7.5%

calcolo la probabilità di ottenere un dato gamete

Dai dati presentati pensate come faccio a capire se in questa regione
c’è interferenza?
i=1-cc cc = FrDRO
FrDRA

FrDRO= 22 (n.DRO)/4197(TOT)= 0,005

FrDRA = Fr RI x Fr RII =(0,117 x 0,059) = 0,007

i= 1 – cc= 1- 0,005= 0,3 è l’interferenza

0,007
 C’è interferenza in questa regione ?

tot 1000

1. Calcoliamo la distanza tra i geni

2. facciamo una mappa geneBca
3. calcoliamo l’interferenza
Calcolo distanze tra i geni:

a-b = 58+42+8+ 10 x 100 =11,8 u.m.

1000

b-c = 142+158+8+10 x 100 = 31,8 u.m.

1000 P

RII

a-c= 31.8 +11.8 = = 43.6 u.m. RI

DR
a b c

11.8 u.m. 31.8 u.m. 43.6 u.m.

i=1-cc cc = FrDRO
FrDRA

FrDRO= 18 (n.DRO)/1000(TOT)= 0,018

FrDRA = FrRI x Fr RII =(0,3 x 0,1) = 0,03

i= 1 – cc= 1-0,018= 0,4 è l’interferenza

0,03 calcolo le Fr di DR
Prevedere la progenie
di un incrocio usando 3
marcatori genetici a
distanza nota e
l’interferenza
 A 12 um f 24 um D

a F d

Calcoliamo la progenie attesa su 1000 individui

dall’incrocio del triibrido
in questione per il triplo omozigote recessivo
a)senza interferenza (i=0)
b)con una interferenza pari a 0.4
 A 12 um f 24 um D

a F d

1. N. Classi fenotipiche di un triibrido = 23 =8= gameti

2. cioè:
AfD P
aFd
aFd RI i= 1- DRO/DRA
afD
Afd RII
aFD frDRA= FRI x FRII =
AFD DR =0,12 x 0,24= 0,03
afd
 A 12 um f 24 um D

a F d

Calcoliamo la progenie attesa su 1000

i=1-cc cc = DRO individui dall’incrocio del triibrido
in questione per il triplo omozigote
DRA recessivo
a) senza interferenza
b) con una interferenza pari a 0.4
n.DRA= 0,028 x100= circa 3

1. i=0 , quando DRO=DRA=3, quindi i=1-1=0

2. i=0.4, quando DRO=1,8

cioè 0,4 = 1-DRO DRO= 3 - 1,2 = 1.8

3
Ø Grazie ai test a due punti e a tre punti è possibile mappare i
geni e stabilire il loro ordine sul cromosoma.

Ø Il calcolo delle distanze tra i geni è alla base della costruzione

delle mappe genetiche

Ø La mappa genetica è la rappresentazione grafica dei gruppi di

associazione di una specie con l’indicazione dell’ordine e
della posizione relativa dei geni lungo il cromosoma

Ø I gruppi di associazione sono tanti quante sono le coppie di

cromosomi omologhi di una specie

Ø Le distanze tra i geni nelle mappe genetiche sono misurate in

cM (unità di ricombinazione, unità di mappa)
 La ricombinazione
avviene anche nelle
cellule somatiche
Ricordiamo le situazioni di mosaicismo genetico:
Ricombinazione somatica
La eterocromatizzazione dell’ X
La non-disgiunzione cromosomica
La disattivazione o delezione somatica di un allele dominante

Queste situazioni che avvengono nelle cellule somatiche

interessano l’organismo in cui sono avvenute ma non
sono ereditabili.

Questo è il motivo per cui si può ereditare la predisposizione

ma non il cancro.
…e perchè?
In una Drosophila y sn+ / y+sn, la maggior parte del corpo è di
Cpo selvaCco in alcuni casi nascono Drosophile con fenoCpi
eterogenei

Come si spiega geneticamente questo

fenomeno di mosaicismo genetico che si
osserva sul corpo della Drosophila ?
 La ricombinazione mitotica si può osservare
in individui eterozigoti

(a) In una femmina di Drosophila y sn+ / y+sn, un crossing-over mitotico tra il centromero e sn può produrre
due cellule figlie, una omozigote per y e l’altra omozigote per sn, che possono svilupparsi in macchie anomale
adiacenti (macchie gemelle). Questo risultato dipende da una distribuzione particolare dei cromatidi in anafase
(sopra).
 Il crossing-over
mitotico:macchie singole

(b) se crossing-over mitotico avvenisse tra il gene sn e il gene y