Esempio di incrocio a tre punti

Un individuo eterozigote AaBbCc viene sottoposto a testcross con un individuo aabbcc. E’ stata
esaminata una progenie rappresentata da 5318 individui. Considerando i risultati del saggio a tre
punti illustrati sotto, determinare:
(a) l’ordine dei geni
(b) le distanze di mappa relative
(c) l’interferenza
(d) Si supponga che l’individuo eterozigote sia stato generato da due linee pure. Quali sono i
genotipi dei genitori omozigoti che hanno generato il triplo eterozigote?

+++ 5 ++c 265

abc 3 ab+ 273
+bc 223 +b+ 2207
a++ 217 a+c 2125
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Si noti che i gameti prodotti dal triplo ibrido possono essere schematizzati utilizzando tre notazioni
diverse, che sono del tutto equivalenti

+++ ABC
abc abc abc
bc +bc Abc
a a++ aBC
ab ab+ abC
c ++c ABc
b +b+ AbC
ac a+c aBc
Poiché il genitore recessivo può produrre un solo tipo di gamete (abc), il fenotipo degli
individui della progenie sarà determinato esclusivamente dal gamete trasmesso dal
genitore triplo ibrido. La distribuzione dei fenotipi nella progenie (rapporti fenotipici) è data
dalla frequenza con cui viene prodotto un certo tipo di gamete dal genitore eterozigote.
Soluzione

Dalla numerosità delle classi, classifichiamo i tipi di gameti:

Da questa analisi deduciamo che l’individuo eterozigote a+b+c+ era effettivamente:

a+c/+b+
cioè gli aplotipi, ossia le combinazioni alleliche presenti sui cromosomi parentali erano:
a+c e +b+

Tuttavia, per sapere qual è il gene che sta al centro è necessario confrontare i gameti parentali con i gameti doppi
ricombinanti:

Si noti che la configurazione ac è presente sia nei parentali che nei doppi ricombinanti, quindi questi devono
essere i due marcatori laterali (ossia i due loci esterni),
mentre il gene b mostra associazioni differenti nei gameti parentali e nei ricombinanti, cioè è localizzato nel
pezzo di cromosoma che è stato scambiato e quindi il gene che sta al centro è proprio b .

Possiamo schematizzare l’evento di doppio scambio disegnando i due cromosomi parentali (con i corretti
aplotipi)

a + c
-------------------------------------------
-------------------------------------------
+ b +
I gameti che derivano da doppio crossing over saranno abc e +++ come indicato nello schema :

a + c
-------------------------------------------
X X
-------------------------------------------
+ b +

a b cb c
-------------------------------------------
-------------------------------------------
+ + +

Per determinare le distanze di mappa relative, cioè la distanza tra i loci a e b e quella tra b e c, dobbiamo calcolare la
frequenza di ricombinazione nelle due regioni.

a + c
-------------------------------------------
-------------------------------------------
+ b +

regione I regione II

Per calcolare la frequenza di ricombinazione nella regione I (a-b):

escludendo momentaneamente il locus c, si sommano tutti i ricombinanti derivanti da eventi di crossing over che si
verificano tra a e b,
cioè tutti i gameti con genotipo ab ed i reciproci ++

che sono:
3+273+5+265 =545
La frequenza di ricombinazione è data dal rapporto: ricombinanti regione I / totale gameti= 545/5318 = 0,102
In percentuale, si ha:
0,102 X 100 = 10,2% = 10,2 unità di mappa (u.m.) oppure centiMorgan (cM)
Per calcolare la frequenza di ricombinazione nella regione II (b-c):
escludendo momentaneamente il locus a, si sommano tutti i ricombinanti derivanti da eventi di crossing over che si
verificano tra b e c,
cioè tutti i gameti con genotipo bc ed i reciproci ++

che sono:
3+223+5+217 =448
La frequenza di ricombinazione è data dal rapporto ricombinanti regione I / totale gameti= 448/5318 = 0,084
In percentuale, si ha:
0,084 X 100 = 8,4% = 8,4 unità di mappa (u.m.) oppure centiMorgan (cM)
Calcolo dell’INTERFERENZA

Ricordiamo come si calcola il coefficiente di interferenza

I = 1-coefficiente di coincidenza (cc)

Il coefficiente di coincidenza è dato dal rapporto tra i doppi scambi osservati ed i doppi scambi
attesi
cc = doppi scambi osservati
doppi scambi attesi

Per determinare la frequenza dei doppi ricombinanti attesi, bisogna ipotizzare che le due regioni
siano indipendenti e che quindi la frequenza di un doppio scambio è pari al prodotto di:

probabilità di uno scambio nella regione I x probabilità di uno scambio nella regione II
=freq. ricombinazione tra a e b =freq. ricombinazione tra b e c

quindi, la probabilità di avere un doppio scambio è data da: 0,102 x 0, 084= 0,0086

Considerando un campione di 5318 gameti, il numero di gameti prodotti in seguito al doppio

scambio è 0, 0086 X 5138 = 45,7 che si arrotonda a 46.

Si noti che i doppi ricombinanti attesi sono più numerosi di quelli osservati (sono solo 8),
il che indica che nella realtà si sono verificati meno doppi scambi rispetto a quelli previsti nel caso
in cui le due regioni fossero indipendenti. Calcoliamo quindi il coefficiente di coincidenza e
l’interferenza

cc= 8/46 = 0,17

I = 1-0,17 = 0,83

Possiamo quindi concludere che in questa regione del cromosoma si ha un’interferenza pari all’83%
Infine, se l’individuo eterozigote a+c/+b+
è stato generato da due linee pure, significa che i due genitori sono omozigoti a tutti e tre i loci,
quindi ciascuno di loro può produrre solo un tipo di gamete, con genotipo identico a ciascuno dei
due aplotipi trovati nei gameti parentali: a+c e +b+
come si deduce dal seguente schema: