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Il test a tre punti

Dipartimento di Scienze Agronomiche e Genetica Vegetale Agraria Giovanna Attene

Ricombinazione tra geni associati


La frequenza di ricombinazione tra due loci dipende dalla frequenza di crossing over La frequenza di crossing over fra due loci funzione della loro distanza sul cromosoma (Morgan) La frequenza di ricombinazione viene assunta come misura della distanza dei geni sul cromosoma

Ricombinazione tra geni associati

Crossing-over singolo tra il gene A ed il gene B


Parentale Ricombinante Ricombinante Parentale

Crossing-over doppio a due filamenti tra il gene A ed il gene B


Parentale Parentale Parentale Parentale

Ricombinazione tra geni associati


Due geni
Crossing-over doppio a due filamenti tra il gene A ed il gene B
Parentale Parentale Parentale Parentale

Il crossing-over avvenuto ma non osservabile.

Crossing-over doppio a tre filamenti tra il gene A ed il gene B


Ricombinante Parentale Ricombinante Parentale

Crossing-over doppio a tre filamenti tra il gene A ed il gene B


Parentale Ricombinante Parentale Ricombinante

50% parentali 50% ricombinanti

Crossing-over doppio a quattro filamenti tra il gene A ed il gene B


b b B B Ricombinante Ricombinante Ricombinante Ricombinante

Ricombinazione tra geni associati


Tre geni
Crossing-over doppio a due filamenti e tre geni
C C c C c c

Tipo di gamete senza Tipo di gamete gene centrale (C)


Parentale Parentale Parentale Parentale

Non crossover Crossover doppio Crossover doppio Non crossover

Crossing-over doppio a tre filamenti e tre geni


C C c C c c

Crossover singolo Crossover doppio Crossover singolo Non crossover

Ricombinante Parentale Ricombinante Parentale

Crossing-over doppio a tre filamenti e tre geni


C C c C c c

Non crossover Crossover singolo Crossover doppio Crossover singolo

Parentale Ricombinante Parentale Ricombinante

Il gene centrale consente una stima pi precisa degli eventi di ricombinazione tra A e B e quindi della loro distanza di mappa

Crossing-over doppio a quattro filamenti e tre geni


C C c C c c

b b B B

Crossover singolo Crossover singolo Crossover singolo Crossover singolo

Ricombinante Ricombinante Ricombinante Ricombinante

IMPORTANTE:
NEI CROSSOVER DOPPI I GENI ESTREMI NON MOSTRANO RICOMBINAZIONE SOLO IL GENE CENTRALE MOSTRA RICOMBINAZIONE IL CONFRONTO FRA I FENOTIPI DEI PARENTALI E QUELLI DEI CROSSOVER DOPPI CONSENTE DI STABILIRE LA POSIZIONE DEL GENE CENTRALE E DI CONSEGUENZA LORDINE DEI GENI SUL CROMOSOMA
(ATTENZIONE: I FENOTIPI DELLA PROGENIE DEL REINCROCIO CORRISPONDONO AGLI APLOTIPI DEI GAMETI DEL TRIIBRIDO!!)
INSIEME DELLE FORME ALLELICHE PRESENTI IN UN GAMETE

Ricombinazione tra geni associati


Mappatura genica: Il test a tre punti
Reincrocio (BC1)

ShshCcWxwx X shshccwxwx
Gameti
Sh C wx sh C wx Sh c wx sh c wx Sh C Wx sh C Wx Sh c Wx sh c Wx

Fenotipo
pieno, colorato, ceroso collassato, colorato, ceroso pieno, non colorato, ceroso collassato, non colorato, ceroso pieno, colorato, normale collassato, colorato, normale pieno, non colorato, normale collassato, non colorato, normale

N. cariossidi
4455 509 12 17699 17959 20 524 4654

%
9.72 1.11 0.03 38.62 39.18 0.04 1.14 10.15

Totale
Con assortimento indipendente 1:1:1:1:1:1:1:1

45832

100

Quale lordine e la distanza tra i geni sul cromosoma?


? ?

C ?
Gameti Fenotipo

Sh ?

Wx ?
N. cariossidi %

Sh c wx sh c wx Sh C Wx sh C Wx

pieno, non colorato, ceroso collassato, non colorato, ceroso pieno, colorato, normale collassato, colorato, normale

12 17699 17959 20

0.03 38.62 39.18 0.04

Quali sono i genotipi dei parentali del triibrido?

CCShShWxWx X ccshshwxwx

CcShshWxwx

ccshshwxwx

Gameti Fenotipo
c sh wx C Sh Wx non colorato, collassato, ceroso colorato, pieno, normale

N. cariossidi
17699 17959

%
38.62 39.18

Quale la distanza tra i geni sul cromosoma?


C c Sh sh Wx wx

Ricombinanti della regione I


Cromosomi parentali
C c sh Sh wx Wx

509 524 20 12 1065

Tipi di crossing over


C Sh Wx

Ricombinanti
C c C c sh Sh wx Wx sh Sh Wx wx

sh

wx

Ricombinanti della regione II


C Sh Wx C c c sh wx Sh sh wx Wx C c Sh sh wx Wx

4455 4654 20 12 9141

Sh

Wx

C c

sh Sh

Wx wx

C c

sh Sh

Wx wx

sh

wx

Quale la distanza tra i geni sul cromosoma?


? ?

C ?
Ricombinanti della regione C-Sh
C c sh Sh wx Wx

Sh ?

Wx ?
Ricombinanti della regione Sh-Wx
C c Sh sh wx Wx

509 524 20 12 1065 / 45832 * 100 = 2.32% = 2.32 cM

4455 4654 20 12 9141 / 45832 * 100 = 19.94% = 19.94 cM

C c

sh Sh

Wx wx

C c

sh Sh

Wx wx

Quale la distanza tra i geni sul cromosoma?


2.32 cM 19.94 cM ?

C ?

Sh ?

Wx ?

22.26 cM Ricombinanti della regione Sh-Wx Ricombinanti della regione C-Sh


C c sh Sh wx Wx

509 524 20 12 1065 / 45832 * 100 = 2.32% = 2.32 cM

C c

Sh sh

wx Wx

4455 4654 20 12 9141 / 45832 * 100 = 19.94% = 19.94 cM

C c

sh Sh

Wx wx

C c

sh Sh

Wx wx

2.32 cM
2.25 cM

19.94 cM
19.87 cM

Sh
22.26 cM 22.12 cM

Wx
SOTTOSTIMA DISTANZE !!!

Senza considerare crossing over doppi:

Ricombinanti della regione C-Sh


C c sh Sh wx Wx

Ricombinanti della regione Sh-Wx


C c Sh sh wx Wx

509 524 20 12 1033 1065 / 45832 * 100 = 2.32% = 2.32 cM = 2.25% = 2.25 cM

4455 4654 20 12

C c

sh Sh

Wx wx

C c

sh Sh

Wx wx

9109 9141 / 45832 * 100 = 19.94% = 19.94 cM = 19.87% = 19.87 cM

Grado di interferenza e coefficiente di coincidenza


Nellipotesi che i due crossing over singoli siano due eventi indipendenti la probabilit che questi avvengano contemporaneamente (= crossing over doppi attesi) data dal prodotto delle probabilit dei crossing over singoli:
Crossover doppi attesi Crossover doppi osservati Probabilit crossover C-Sh 2.32% Probabilit crossover Sh-Wx 19.94% = 0.46%

= 0.07%

Interferenza

Coefficiente di coincidenza Grado di interferenza

Crossover doppi osservati = Crossover doppi attesi = 0.07% /0.46% = 15.22%

= 100-15.22 = 84.78%

Grazie ai test a due punti e a tre punti possibile mappare i geni e stabilire il loro ordine sul cromosoma Il calcolo delle distanze tra i geni alla base della costruzione delle mappe genetiche La mappa genetica la rappresentazione grafica dei gruppi di associazione di una specie con lindicazione dellordine e della posizione relativa dei geni lungo il cromosoma I gruppi di associazione sono tanti quante sono le coppie di cromosomi omologhi di una specie Le distanze tra i geni nelle mappe genetiche sono misurate in cM (unit di ricombinazione, unit di mappa)

Oltre alle mappe genetiche ora possibile costruire le mappe fisiche, misurate in bp (coppie di basi) fisiche La relazione tra mappe genetiche e mappe fisiche spesso non uniforme pur conservando i loci lo stesso ordine tra le due mappe (colinearit) y w y w c s
Mappa genetica Mappa fisica

c s