Cosa intendiamo con “molecola organica?

” Inizialmente con questo termine si intendevano

esclusivamente le molecole sintetizzate dagli organismi viventi: si pensava infatti che solo questi
possedessero la “forza vitale” per sintetizzarli. In realtà si scoprì successivamente che le molecole
organiche sono sintetizzabili anche in vitro in un laboratorio: Friedrich Wöhler dimostrò infatti che era
possibile sintetizzare l’urea, un noto composto organico, a partire dall’ammonio cianato. Di fatto, le
molecole organiche possono essere sintetizzate in laboratorio al pari di quelle inorganiche.
La chimica organica è la chimica del carbonio. Tutti i composti organici presentano uno scheletro
carbonioso. Tutte le molecole che contengono carbonio dovrebbero essere considerate organiche? No!
Ad esempio il monossido e diossido di carbonio, il diamante, la grafite, lo ione carbonato non vengono
considerati composti organici, e sono competenza della chimica inorganica.

Il carbonio è presente in grandi quantitativi nel nostro corpo costituendo circa il 15% di massa corporea.

Il carbonio presenta una configurazione elettronica con due elettroni nel primo orbitale s, due nel secondo
orbitale s e 2 nell’orbitale 2p. Il carbonio difficilmente si trasformerà in carbo-catione e carbo-anione. Ciò
che il carbonio può fare più facilmente è completare il suo ottetto acquisendo quattro elettroni, attraverso
la formazione di quattro legami. Ma se il carbonio presenta soltanto due elettroni nell’orbitale 2p, com’è
possibile ciò? Per spiegare questa situazione possiamo usare il modello degli orbitali ibridi: quando il
carbonio forma quattro legami, un elettrone dell’orbitale 2s “salta” nell’orbitale 2p vuoto. A questo punto
abbiamo quattro orbitali semivuoti, che “ibridano” con formazione di quattro orbitali ibridi sp3.

Il carbonio può formare legami stabili con molti altri elementi (H, F, Cl, Br, I, O, N, S, P ecc.) La
maggior parte dei composti organici sono composti da carbonio, alcuni atomi di idrogeno e tracce di
ossigeno, zolfo, fosforo e cosi via.
Gli atomi di carbonio sono in grado di formare strutture complesse, come catene lunghe, catene
ramificate, anelli, composti chirali, forme tridimensionali complesse ecc.
Ci sono 16.000.000 di molecole organiche differenti, contro le 600.000 molecole inorganiche. Questo
significa che il carbonio ha incredibili proprietà per formare molecole molto complesse e con proprietà
molto varie.
Solitamente i composti organici sono uniti da legami covalenti, mentre invece i composti inorganici sono
solitamente uniti da legami ionici.

Quando il carbonio deve formare dei composti può assumere diversi tipi di organizzazione strutturale. Se
gli atomi di carbonio si vengono ad unire per dare gli alcani si formano quattro orbitali ibridi sp3. Gli
orbitali ibridi sp3 si dispongono a costituire un tetraedro con angoli di legame di 109,5 gradi, in modo tale
da essere il più distanti possibile. Quando il carbonio forma legami singoli con atomi di carbonio o altri
elementi vi è libera rotazione degli atomi intorno al legame. Questa libertà di rotazione non è possibile
con doppi o tripli legami.

Cos’è un isomero? Gli isomeri sono composti con stessa formula bruta, ma i gruppo atomici sono
disposti in maniera diversa a costituire la molecola. Gli isomeri di struttura sono invece molecole con
atomi connessi tra loro in modo differente. Ad esempio, l’alcol etilico e il dimetil-etere sono isomeri di
struttura (si tratta di un alcool e di un’etere):

' Cztloo
i ↑ ↑ ↑
"
È" g- ÷
"

f- § f-
- -
" -
-

, ti
Le molecole organiche sono spesso organizzate in strutture dette gruppi funzionali, che sono
caratteristiche organizzazioni di atomi che forniscono proprietà chimiche e fisiche della classi di composti
organici. I composti organici com gli stessi gruppi funzionali tendono ad a condividere caratteristiche
fisiche e chimiche simili.

Gli alcani non hanno gruppi funzionali.

Gli alcheni presentano uno o più doppi legami nella struttura:

Gli alchini presentano uno o più tripli legami:

I composti aromatici presentano un anello esagonale in cui si alternano legami doppi e singoli (in realtà i
legami sono a metà strada tra legami singoli e doppi:

Gli alcoli presentano il gruppo ossidrile:

Gli eteri presentano nella loro struttura un ponte di ossigeno:

Le aldeidi hanno come gruppo funzionale il gruppo carbonilico, legato as una catena R e ad un atomo
di idrogeno:

I chetoni hanno come gruppo funzionale il gruppo carbonilico, legato a due catene R:

Gli acidi carbossilici hanno come gruppo funzionale il gruppo carbossilico:

Gli esteri hanno come gruppo funzionale RCOOR’:

Le ammine hanno come hanno come gruppo funzionale NH2:

Le ammidi hanno come gruppo funzionale il gruppo RCONH2:

Come si scrivono le molecole?

Nella formula strutturale espansa vengono rappresentati tutti gli atomi e legami;

i i
'

H -
C -
C -
ti

↓ ti
Nella rappresentazione lineare i legami sono raopresentati da linee; in ogni punto in cui due linee si
incontrano, iniziano o finiscono c’è un atomo di carbonio. Gli atomi di idrogeno legati al carbonio non sono
rappresentati, ma devono essere disegnati nel caso siano legati ad altri elementi:

Nelle strutture di formula condensate soltanto specifici legami sono rappresentati, come quelli tra
atomi di carbonio:

CH , CH -
CH
}

GLI IDROCARBURI

Gli idrocarburi contengono solo carbonio e idrogeno.

Gli alcani sono idrocarburi saturi: ogni atomo di carbonio è legato al massimo numero possibile di
atomi di idrogeno, e non sono presenti doppi legami tra gli atomi di carbonio.
Il butano è un alcano molto comune, che presenta un isomero, l’isobutano.

Gli alcheni e gli alchini sono idrocarburi insaturi: vi sono legami doppi o tripli tra gli atomi di
carbonio.

GLI ALCANI

Come già detto, gli alcani sono idrocarburi saturi, e quindi possiedono solo legami singoli tra atomi di
carbonio. La loro formula generale è CnH2n+2. Tra gli alcani più comuni ricordiamo:

Il metano: si tratta del componente principale del gas naturale, ed è prodotto dalla decomposizione
batterica di organismi in assenza di ossigeno. Brucia molto facilmente ed è inodore.

L’etano: componente minore del gas naturale.

Il propano: utilizzato come combustibile industriale, e nel riscaldamento domestico, oltre che nella
cucina.
Il butano (CH3-CH2-CH2-CH3) (C4H10) si trova negli accendini per sigarette. Il butano è
costituito da una catena lineare; esiste tuttavia un alcano ramificato con la medesima formula
bruta: la catena carboniosa principale è formata da tre atomi di carbonio, e presenta un gruppo
metile legato al carbonio centrale di essa: si tratta dell’isobutano. Butano ed isobutano sono
isomeri di struttura:

↑
(
}

(H
>
( Hzcttzctt } CH CHCH
> }

Butano Isobutano

Con conformazione definiamo la differente disposizione degli atomi e gruppi nello spazio in
riferimento alla rotazione di un legame singolo. Molecole che differiscono solo per la disposizione
degli atomi intorno ai legami singoli sono la stessa molecola.

Per denominare gli alcani secondo la IUPAC procederemo in questo modo:

Usiamo una radice per definire il numero di atomi di carbonio della catena principale (meta-,-eta,-
propa,-buta,-penta e cosi via);

Il suffisso -ano;

Una serie di prefissi che identificano il numero e la posizione dei sostituenti.

Nel caso in cui la catena sia lineare, possiamo contare gli atomi di carbonio indifferentemente da un
verso e dall’altro. Se la catena presenta ramificazioni, la catena carboniosa principale è quella con
più atomi di carbonio. In caso di catena ramificata, bisogna iniziare ad attribuire i numeri ai carboni
della catena principale in modo tale che la somma dei numeri di posizione dei sostituenti legati ad
essi sia la più bassa possibile. Ogni sostituente viene indicato dal proprio nome scritto prima di
quello della catena principale e preceduto da un numero che indica la sua posizione sulla catena. Se
è presente più di un’unità di un certo sostituente lungo la catena principale, di fronte al suo nome
verrà posto un suffisso numerico, come di-, tri- e cosi via. Quando sono presente più tipi di
sostituente, il criterio da seguire per ordinarli nel nome del composto è di tipo alfabetico: se
avessero suffissi, allora questi non vanno considerati.
Gli alcani possono esistere anche in forma ciclica, oltre ad essere presenti in forma lineare. La formula
generale dei cicloalcani è CnH2n (per un singolo anello)

Per nominare i cicloalcani, l’anello viene considerato la catena principale. Il prefisso ciclo- viene aggiunto
al normale complesso radice e suffisso. Quando dobbiamo dare un nome a cicloalcani monosostituiti, non
è necessario specificare la posizione del sostituente. Quando sono presenti più sostituenti, si procede da un
sostituente legato ad un atomo del carbonio che verrà considerato il primo, per poi assegnare di
conseguenza i numeri di posizione agli altri in modo tale però che essi abbiamo il numero complessivo più
basso possibile.

Il ciclopropano presenta angoli di legame di 60 gradi, a differenza del propano che presenta angoli di
legame di 109,5 gradi. Si tratta di una molecola piatta.

Il ciclobutano presenta angoli di legame di circa 90 gradi. Si tratta di una molecola grossomodo piatta.

Il ciclopentano possiede angoli di legame di 108 gradi. Presenta una forma essenzialmente piatta, anche
se non del tutto.

Se il cicloesano fosse piatto, i suoi angoli di legame sarebbero di circa 120 gradi; nella realtà però questa
molecola assume una conformazione a sedia o a barca, in cui gli angoli di legame sono di 109,5 gradi.
Nei cicloalcani non vi è libera rotazione intorno ai legami:

( 43

(H ( 43 ( 43
,

Queste due molecole, pur essendo alcani, non sono la stessa molecola: si tratta invece di
stereoisomeri, composti com la stessa formula molecolare e strutturale ma con disoosizione degli
atomi nello spazio differente. Gli stereoisomeri in cui questa caratteristica è mantenuta da anelli o doppi
legami sono detti isomeri geometrici o cis-trans.

Gli alcani sono molecole non polari, quindi sono insolubili in acqua (idrofobici) e dato che la loro
densità è inferiore rispetto a quella dell’acqua galleggiano su di essa. Le molecole di alcani hanno bassa
attrazione le une per le altre, e tendono ad avere punti di fusione ed ebollizione più bassi rispetto a
composti organici di pari peso molecolare. Gli alcani a catena lineare costituiscono una serie omologa
nella quale ciascun membro differisce da quello precedente e da quello successivo per un CH2. In una
serie omologa le caratteristiche fisiche variano con una certa gradualità.

Gli alcani sono i meno reattivi tra i composti organici. Solitamente non reagiscono con acidi e basi e
con la maggior parte degli agenti ossidanti e riducenti. Essi comunque bruciano molto facilmente nelle
reazioni di combustione, con produzione di grandi quantità di energia:

In assenza di sufficiente ossigeno per la completa conversione degli alcani in acqua e anidride
carbonica, vi sono alcuni prodotti comunemente generati dalla combustione incompleta degli alcani:

il monossido di carbonio, che è tossico incolore e inodore. Viene prodotto dalle auto come scarto della
combustione che avviene nel motore è la maggior parte di esso viene convertito in diossido di carbonio
grazie alla marmitta catalitica.

Carbonio elementare che si deposita. A volte la reazione di incompleta combustione degli alcani viene
sfruttata per ottenere il carbonio che verrà sfruttato in vari ambiti .
Gli alogenuri alchilici sono alcani in cui uno o più atomi di idrogeno sono stati sostituitida atomi di
elementi alogeni come il fluoro, il cloro, il bromo o lo iodio. La maggior parte degli alogenuri alchilici
non sono solubili in acqua. Alcuni alogenuri alchilici sono più densi dell’acqua, altri meno. Gli alogenuri
alchilici sono denominati dagli alcani corrispondenti e aggiungendo un prefisso che indica il tipo l’alogeno
che funge da sostituente (fluoro-, bromo-, cloro-, iodo-).
Diversi alogenuri alchilici semplici sono meglio conosciuti con il loro nome comune:

Il cloroformio (triclorometano): si tratta di un liquido che, in forma di vapore, veniva impiegato come
anestetico. Essendo però cancerogeno e tossico per il fegato, il suo impiego in ambieto sanitario venne
sostituito da altre sostanze.

Tetraclorometano: un solvente organico ampiamente utilizzato per la pulizia e l’eliminazione di macchie.

Tuttavia è tossico e cancerogeno e contribuisce allo sfaldamento dell’ozono, per cui è stato sostituito da
altri solventi.
Gli Idrocarburi saturi contengono solo legami singoli tra gli atomi di carbonio. Gli idrocarburi insaturi
contengono legami doppi o tripli tra atomi di carbonio. Tra gli idrocarburi insaturi ricordiamo gli alcheni,
che possiedono doppi legami nella catena carboniosa. La formula bruta degli Alcheni é CnH2n.

Quando il carbonio è legato ad altri tre atomi (tra i quali ad uno con un doppio legame) la molecola è
modellata dalla fusione di un orbitale 2s e due orbitali 2p a dare tre orbitali ibridi sp2. Siccome non tutti e
tre gli orbitali 2p sono ibridati, ne rimane uno normale. Tutti e tre gli orbitali 2p hanno la stessa energia e
le stesse caratteristiche. I tre orbitali ibridi sp2 sono arrangiati in una disposizione trigonale-planare
intorno all’atomo di carbonio, con angoli di legame di 120 gradi. L’rbitale non ibridato di dispone
perpendicolarmente al piano degli orbitali sp2. Quando due orbitali sp2 sono uno vicino all’altro, si
possono avere due tipi di sovrapposizione degli orbitali:

Sovrapposizione frontale con costituzione di un legame sigma

Sovrapposizione laterale con formazione di un legame pi greco

legame to
'
,

SÌ sp
2

H
H .
"
• . .

( ' ≥
( ( (
sp sp t
'
.
.

H
-

H
legame o

Per denominare gli alcheni:

Identificare la catena carboniosa più lunga che contiene il doppio legame;

Numerare la catena carboniosa in modo tale che il doppio legame che si trova in essa presenti il numero
più basso possibile. Se il doppio legame è equidistante da entrambi gli estremi della catena, fare
riferimento ai sostituenti;

Assegnare il numero al doppio legame grazie all’atomo di carbonio del legame con numero più basso.

Localizzare e numerare i sostituenti;

Combinare i vari elementi del nome.

Se è presente più di un doppio legame:

Bisogna posizionare un prefisso (di-,tri-, tetra-) di fronte al suffiso -ene per indicare il numero di doppi
legami;

Solitamente viene posta una “a” prima del prefisso numerico per facilitare la pronuncia;

La posizione iniziale di ciascun doppio legame è indicata con il numero più basso tra i due aatomi di
carbonio che lo compongono .
Per i cicloalcheni l’anello è denominato ciclo+n.-Atomi di carbonio+ -ene; uno degli atomi di carbonio
del doppio legame dev’essere necessariamente denominato 1;

Poiché la rotazione libera non è possibile con un doppio legame, esistono due forme del 2-butene
(esempio), che prendono il nome di isomeri geometrici (isomeri cis/trans): si può avere isomeria cis/
trans solo quando gli atomi di carbonio del doppio legame sono legati a due sostituenti diversi.
 Gli isomeri geometrici, essendo molecole diverse hanno nomi diversi:

Il prefisso cis- si utilizza quando le braccia della catena carboniosa principale sono sullo stesso lato del
doppio legame;

Il prefisso trans- si utilizza quando,e braccia della catena carboniosa principale si trovano su lati diversi
del doppio legame. Le proprietà dei due isomeri possono essere molto differenti tra loro.

" " " <"

3
\
i. i
/
( =L
/ "
(H
}
ÌH }
(H ! ti

cis -2 -
butene trans -2 butene
-

Tra gli alcheni ricordiamo l’etene o polietilene. Il rilascio di etilene stimola la maturazione di numerosi
tipi di frutti e viene impiegato per farli maturare una volta giunti a destinazione. In forma polimerica
(polietilene) l’etilene è utilizzato nella produzione di plastica.

Alcheni e alcani hanno proprietà fisiche simili. Gli alcheni sono non polari, insolubili in acqua e solubili
in composti apolari. Le proprietà chimiche degli alcheni, comunque, sono completamente diverse
rispetto a quelle degli alcani. Vediamo le reazioni che coinvolgono gli alcheni.

La maggior parte degli alcheni da reazioni di addizione, nella quale entrambe le porzioni di un reagente
vengono addizionate al doppio legame carbonio-carbonio.
R R R
' l '
( =L + A -
B → R -
C -
C -
R

R
/ '
R I 1
A B

Nelle reazioni di idrogenazione, un atomo di idrogeno è aggiunto su ciascun carbonio del doppio legame,
convertendo un alchene in un alcano. La reazione prende corpo grazie ad un catalizzatore. Lo stesso
processo viene impiegato per idrogenare oli vegetali come la margarina.

R
i ↑ ↑
( =L 1- ti -
ti → R -
C -
C -
R

←
'
r
t ti
,

Gli acidi possono essere aggiunti al doppio legame per produrre alogenuri alchilici

Se l’alchene è asimmetrico vi sono due differenti prodotti in questo tipo di reazione. Il prodotto che tenderà
a formarsi può essere previsto attraverso la Regola di Markovnikov: quando una molecola con
struttura H-X è aggiunta ad un doppio legame, l’idrogeno si attacca all’atomo di carbonio che è
attaccato a più atomi di idrogeno: “il ricco diventa più ricco”.
Gli acidi possono essere aggiunti al doppio legame per produrre alogenuri alchilici.

i ↑ ↑
R
,c={ atti
-
× → R -
C -
C -

a ti ↓
Se l’alchene è asimmetrico vi sono due differenti prodotti in questo tipo di reazione.

( tlz H Br ( Ha
= (H (
43 + → ( H chi (Hz CH CH
-
0
- -
-
-
-

}
3

È ↓ f, ↓ ,

Il prodotto che avrà maggiore tendenza a formarsi può essere previsto attraverso la Regola di
Markovnikov: quando una molecola con struttura H-X è aggiunta ad un doppio legame, l’idrogeno si
attacca all’atomo di carbonio che è attaccato a più atomi di idrogeno: “il ricco diventa più ricco”.

In una reazione di idratazione, l’acqua è addizionata ad un alchene per produrre un alcol. Questa
reazione richiede la presenza di un acido forte (solitamente acido solforico). Anche questa reazione
segue la regola di Markovnikov.
1-12504

(H -
CH -
( Hzt H -
OH CH - ( H -
( Hz
, }

oh ti
Nell’alogenazione degli alcheni, un alchene reagisce com una molecola di bromo o cloro a dare un
alogenuro alchilico.

ii.
%.ir → R C c R
nati
-
× - - -

↓ ↓
'
R

I polimeri sono lunghe molecole organiche a catena costituite da subunità chiamate monomeri. Nei
polimeri di addizione, ogni atomo delle molecole reagenti viene incorporato nel polimero risultante.
Solitamente i monomeri presentano un doppio legame.

Esistono due tipologie si polimeri, amorfi e complessi:

I polimeri amorfi sono molto semplici, solitamente consistono in una o due subunità che si ripetono e
non hanno struttura tridimensionale.

I polimeri complessi consistono in un certo numero di subunità, hanno una complessa struttura
bidimensionale e tridimensionale.
L’ossigeno è nel sesto gruppo principale della tavola periodica, e nella maggior parte dei composti forma
due legami singoli e presenta due doppietti elettronici spaiati (o un doppio legame e due elettroni spaiati),
ed è ibridato sp3 con una forma molecolare angolare. I gruppi funzionali di alcoli, fenoli ed eteri si
trovano in numerose molecole biologiche importanti.

Gli alcoli sono caratterizzati dal gruppo ossidrile -OH, tipico anche dei fenoli. La differenza sta nel fatto
che negli alcoli il gruppo ossidrile è connesso ad un atomo di carbonio, mentre invece nei fenoli è
connesso ad un anello benzenico. Quando invece due atomi di carbonio sono connessi fra di loro
attraverso un atomo di ossigeno con i quali formano un legame singolo si parla di gruppo funzionale
etere.

' 04
R -
OH R -0 -
R

alcol Etere Fenolo

Per denominare gli alcoli bisogna seguire questo procedimento:

Numerare la catena di carbonio più lunga a cui è legato il gruppo ossidrile. Il nome della catena è
ottenibile eliminando la o finale del nome del corrispondente alcano e aggiungendo il suffisso -olo;
naturalmente la catena principale dev’essere numerata per attribuire al gruppo ossidrile il numero più
basso possibile.

Localizzare e denominare gli altri sostituenti presenti lungo la catena carboniosa principale.

Se sono presenti più gruppi ossidrile lungo la catena principale viene aggiunto un prefisso numerico di
fronte al suffisso -olo;

Per gli alcoli ciclici il carbonio legato all’ossidrile è numerato come 1.

I fenoli invece sono nominati in riferimento al composto che da il nome a questa classe di molecole
organiche, il fenolo: il carbonio legato al gruppo OH è considerato il carbonio 1.

Gli alcoli sono classificati in primari, secondari e terziari in base al numero di atomi di idrogeno legati al
carbonio che lega il gruppo OH. Il numero di atomi di idrogeno al carbonio che lega OH può influenzare le
proprietà chimiche degli alcoli.

"

H H R

I 1 I
R -
C -
OH R -

C -04 R -
C -
OH
1 1 I
'
H R R

Alcol Y) Alcol secondario Alcol terziario ( 3º)

primario (
Il legame tra idrogeno e ossigeno è decisamente polare, perchè l’ossigeno è molto più elettronegativo
dell’idrogeno. Cosi gli alcoli sono polari, e sono solubili in acqua e in generale nei solventi polari, secondo
la regola per cui “il simile scioglie il simile”. Questo però fin quando la catena carboniosa principale ha
dimensioni ridotte. Più essa è lunga, più l’alcol è meno solubile. Dato che gli alcoli sono caratterizzati dal
gruppo ossidrile e questo permette di formare legami a ponte di idrogeno, gli alcoli hanno punti di
ebollizione più alti rispetto agli alcani di pari peso molecolare. La temperatura di ebollizione aumenta con
l’aumentare in dimensioni della molecola.

La disidratazione degli alcoli produce alcheni: riscaldando gli alcoli in una soluzione concentrata di
acido solforico A 180 gradi rimuove il gruppo ossidrile e un idrogeno da un carbonio adiacente e si ha la
produzione di un alchene e di acqua. La reazione è detta di disidratazione perchè si elimina una molecola
d’acqua dall’alcol.
R R
R R

R -
c' - c' → È tè +1-1=0
180º /
| I R la
H OH

Se è presentw più di un possibile prodotto con una reazione di disidratazione, il prodotto che verrà
generato maggiormente può essere predetto attraverso la la Regola di Zaitsev: quando un alchene è
prodotto in una reazione di eliminazione, il prodotto preponderante della reazione è quello in
cui il doppio è maggiormente sostituito.

1-12504 90%
CH ( Hz CH CH ( H} CHIH CH +420
¥
- -
- - -

} } }

ÒH CH
10%
CH
}
-
( Hz -
= ( N2

La disidratazione degli alcoli può anche produrre eteri: se gli alcoli vengono riscaldati in una
soluzione concentrata di acido solforico a 140 gradi, una molecola d’acqua viene rimossa tra due
molecole di alcol, causando il legame delle due catene R all’atomo di ossigeno residuo, il che produce un
gruppo funzionale etere.

Hasan
R OH 1- R OH R O R + H2O
%
-
- - -
Una reazione di ossidazione avviene quando una molecola perde elettroni. Questo solitamente si manifesta
in un aumento nel numero di atomi di ossigeno o in una diminuzione del numero di atomi di idrogeno.
Alcuni agenti ossidanti comuni sono il permanganato di potassio, l’acido cromico, il dicromato di sodio e
altri.
Gli alcoli possono essere ossidati rimuovendo due atomi di idrogeno dalla molecola; il preciso prodotto di
reazione dipende dal tipo di alcol:

Rz ( H OH t LO] → Rac = o + 1-1=0

↑
ossidante
agente
Alcoli primari o secondari possono essere ossidati per produrre molecole contenenti il gruppo carbonile.

Gli alcoli primari sono ossidati in aldeidi, ma le aldeidi a loro volta sono spesso ossidate in acidi carbossilici:

f-
È È
"
lo]
R ti →

g-
-

/ \ / \
R H R OH
µ

Gli alcoli secondari sono ossidati in chetoni, che non possono essere più ossidati:

È
ti
f-
← R
'
%
§
-

/ \ '
R R

Gli alcoli terziari, non avendo atomi di idrogeno uniti al carbonio legato al gruppo OH, non possono
ossidarsi.

I fenoli sono solitamente acidi deboli; una soluzione di fenolo in acqua (acido carbolico) può essere
utilizzata come antisettico e disinfettante. Joseph Lister fu il primo ad impiegare il fenolo come antisettico
negli ospedali, cosa che taglio drasticamente la mortalità a causa delle complicazioni risultanti dall’utilizzo di
strumentazione non sterile. I fenoli sono composti che danno facilmente reazioni di sostituzione elettrofila
aromatica a causa della presenza del gruppo -OH.
Tale gruppo si comporta da forte attivante e dirige i sostituenti in posizione orto- e para-.
Negli eteri il gruppo funzionale è costituito da un atomo di ossigeno che lega due radicali alchilici.
Possono essere simmetrici o asimmetrici, a seconda che R sia uguale o meno ad R’. Il loro nome deriva
da quello dei due radicali alchilici, scritti in ordine alfabetico, con aggiunta della parola “etere” alla fine.
Se l’etere è simmetrico, di fronte al nome dei sostituenti si usa il prefisso di-.

' '
cio
'

- - c- ( " 3- 0 -
CH ( H -0 -

CHZCH }
} ≥

|
.

|
.

Alcuni eteri possono essere trovati in strutture cicliche. Un anello che contiene anche elementi diversi
dal carbonio è detto anello eterociclico.

0 0
Furano Tetraidrofurano girano
A differenza degli alcoli, che presentano legami tra idrogeno ed ossigeno e quindi possono formare
ponti di idrogeno, gli eteri non presentano questo tipo di legami e quindi non possono formare forti
legami ad idrogeno.
Gli eteri sono composti poco polari e possono formare ponti di idrogeno con l’acqua molto deboli grazie
al loro atomo di ossigeno. Gli eteri presentano bassi punti di ebollizione e maggiore solubulità in acqua
rispetto agli idrocarburi. Gli eteri sono inerti rispetto alla maggior parte dei reagenti, e quindi sono
buoni solventi nelle reazioni chimiche. Alcuni eteri sono buoni anestetici.

Lo zolfo si trova nello stesso gruppo della tavola periodica dell’ossigeno e quindi forma molti composti
simili a quelli dell’ossigeno, come i tioli o tioalcoli. La formula generale dei tioli è R-SH. Contengono il
gruppo Solfidrico -SH. I tioli hanno lo stesso nome degli alcoli corrispondenti, ma il suffisso -olo è
sostituito da -tiolo. Molti tioli presentano un odore forte e sgradevole, e vengono uniti ai gas inodori
per poterne rilevare la presenza. Il gruppo solfidrico è proprio dell’amminoacido cisteina, e può
formare ponti disolfuro con altri -SH.
Il gruppo carbonilico è caratteristico delle aldeidi e dei chetoni, e può essere trovato in molti altri gruppi
funzionali. Il carbonio nel gruppo carbonilico è ibridato sp2, con angoli di legame di 120 gradi. Nelle aldeidi
il carbonio del carbonile è legato ad un carbonio e ad un idrogeno, mentre nei chetoni è legato a due
atomi di carbonio.

↑ %
R ti R
/ {R '

Per denominare le aldeidi bisogna seguire questo procedimento:

Individuare la più lunga catena carboniosa contenente il gruppo carbonilico;

la lettera finale -o del nome dell’alcano corrispondente è sostituito dal suffisso -ale;

Il carbonio del gruppo carbonile è sempre numerato come 1 (non é necessario includere il numero nel
nome);

Denominare e localizzare i sostituenti come di consueto.

Per denominare i chetoni bisogna invece seguire questo procedimento:

Individuare la catena carboniosa più lunga contenente il carbonio del gruppo carbonile;

La lettera finale -o dell’alcano corrispondente è sostituita dal suffisso -one

Numerare i carboni della catena principale in modo tale che al carbonio del gruppo carbonilico venga
attribuito il numero più basso possibile. Nel nome del chetone bisogna inoltre indicare la posizione del
carbonile, di fronte al nome della catena principale,

Localizzare e denominare i sostituenti come di consueto.

Dobbiamo poi ricordare alcune altre regole:

Nei chetoni ciclici, il gruppo carbonilico è sempre numerato come 1, e la sua posizione non va inclusa nel
nome. La numerazione dei sostituenti procederà in senso orario o antiorario, in modo tale da attribuire ad
essi il numero di posizione più basso possibile;

Molecole con più di un gruppo chetonico sono denominate facendo precedere il suffisso da un prefisso
numerico (dione, trione, e cosi via); i numeri di posizione per i gruppi chetonici in questo caso devono
essere inseriti nel nome.

Le aldeidi aromatiche (in cui il gruppo aldeidico è direttamente legato ad un anello benzenico) sono
denominate in riferimento al composto capostipite benzaldeide. Il carbonio a cui è legato il gruppo
aldeidico è denominato 1.

I composti con gruppo carbonilico sono polari, in quanto si costituisce un dipolo tra il doppio legame di
carbonio e ossigeno. Questo produce deboli forme di attrazione tra i composti carbonilici, ma queste
forze di attrazione non sono forti come i legami a ponte di idrogeno.

È È " " "" " " "" È "" " "

Siccome l’ossigeno del carbonile non si lega ad atomi di idrogeno, aldeidi e chetoni non formano legami a
idrogeno fra loro. Le aldeidi e i chetoni hanno punti di ebollizione tra gli alcoli e gli idrocarburi di pari
peso molecolare: gli alcoli infatti formano legami ad idrogeno, e quindi le forze di attrazione tra le
molecole sono più forti; gli idrocarburi sono non polari e le molecole non si attraggono quasi per nulla; le
aldeidi e i chetoni invece sono polari e quindi hanno punti di ebollizione più alti rispetto agli idrocarburi,
ma non alti quanto gli alcoli che interagiscono con forze più intense.

Tuttavia, i composti con gruppo carbonilico possono formare legami ad idrogeno con l’acqua, grazie
all’ossigeno del carbonile. Le aldeidi e i chetoni di basso peso molecolare sono solubili in acqua; la loro
solubilità diminuisce all’aumentare delle dimensioni della molecola.

_ ◦
'
ti ti
" "
"
' "
◦ 0
"
R -
CIR
'

← Kpi
Una poli-idrossi-aldeide è il glucosio, uno dei più importanti carboidrati. Il metabolismo del glucosio è
una delle principali fonti di energia negli organismi viventi. Altro importante carboidrato è il fruttosio, che
assieme al glucosio costituisce il saccarosio.

Iii
" " "

HOCH
,
-
,
c- c- c- c- è
I "
OH 6h ↓ l
OH
0

Le aldeidi possono essere ossidate per dare acidi carbossilici, cosi come gli alcoli primari: ricordiamo
infatti che gli alcoli primari si ossidano in aldeidi che, ossidate, danno a loro volta acidi carbossilici.

↑
° 0

-0-+1-7 ! !
% I
,
R
/
IN ← '
OH

Gli alcoli secondari ossidandosi danno chetoni, che non si ossidano ulteriormente.

È
"

i
R -
c -0 -
ti
È>
/
, '
R '

Il reattivo di Tollens è un agente ossidante composto da ioni argento in una soluzione acquosa basica di
ammoniaca. In presenza del gruppo aldeidico, gli ioni argento si riducono ad argento metallico, che si
deposita sulle pareti della provetta usata per il saggio. Nel frattempo si ha la formazione dell’acido
carbossilico corrispondente. I chetoni, come detto, non si ossidano, quindi non si forma nessun deposito di
argento.

Oltre all’ossidazione delle aldeidi, è possibile anche la loro idrogenazione. L’idrogenazione delle aldeidi
con idrogeno gassoso e un catalizzatore di platino produce un alcol primario. È possibile anche
l’idrogenazione dei chetoni, che avviene nelle stesse condizioni di quella delle aldeidi e che produce
alcoli secondari.

OH

È
OH

R -
È -
ti + Ha
Pt
R -
t -
H R - - R' +
Ha
"
R -
{ -
R
'

! !
Le aldeidi possono addiziomare acqua formando aldeidi idrate, con aumento della solubilità. Per esempio,
una soluzione acquosa di formaldeide è costituita quasi totalmente da aldeide idrata:
R R
"
HO c- OH
H2O →
-

1
H ti

Le aldeidi reagiscono con gli alcoli: l’addizione di una molecola di alcol al gruppo carbonilico di un’aldeide
produce un emiacetale. La reazione è favorita sa una catalisi acida: un idrogenione si lega all’ossigeno
parzialmente negativo del gruppo carbonilico; in tal modo viene accentuata la carica positiva del carbonio
che è maggiormente suscettibile ad un attacco nucleofilo da parte di un alcol. Il gruppo funzionale degli
emiacetali è formato da un carbonio legato ad un -OH e a un -OR. L’emiacetale va poi incontro ad una
successiva reazione di sostituzione nucleofila. Il prodotto finale è un acetale.
"
0

IR
OH
"
,÷÷
I
R -
C -
R
'
R -
C
1
-
R' È R -
C -
ti
, ' R
"
-
OH 1 "
OR OR

0 OH OCH
}
11 ti 1 I
CH - C -
H - CH } -
C -
H ( ti - C -
ti
} }
,
CH OH
>
| ( " 301--1
OCH
}
OCH
}

I chetoni reagiscono con gli alcoli per formare emichetali, e successivamente reagiscono con l’alcol in
eccesso per produrre chetali.
'"

OR
OH

È '
Ht
R
I
'
Ht | '

g-
R - -
R -
R R -
C -
R

|
"
"
R -
OH
,
R' - OH
◦ pi OR
"

% ↑
" OCH
}
Nt
↓
+
"
CH -
C -
CH CH -
C -
CH
}
CH - -
CH
} } } } }
CH
>
OH | CH OH |
>
OCH} OCH
}
 Reazioni di addizione intramolecolare: in molecole che presentano sia un gruppo -OH che un gruppo
carbonilico legati ad atomi di carbonio differenti, può avvenire una reazione di addizione intramolecolare,
che peoduce un emicetale o emichetale ciclici:

I H OH
c- ti

Hzc OH Ht

Hzc ( Hz

÷
Questo tipo di reazioni sono molto importanti nella chimica dei carboidrati. Nel glucosio, per esempio, il
carbonile aldeidico reagisce con il gruppo ossidrile in C5 con chiusura della molecola in un anello
emiacetalico esagonale. Nel corso della formazione del ciclo, il gruppo OH emiacetalico può posizionarsi al
di sotto o al di sopra del piano dell’anello, dando luogo rispettivamente alla forma alfa e alla firma beta. La
forma alfa, quella beta e la molecola aperta del glucosio sono in equilibrio fra loro. L’alfa-glucosio e il beta-
glucosio sono isomeri conformazionali.
( HZOH

È
iki
"

itto
"
l
' " " 1
"
i
-0 "
i
µ:
-

on NO
io "
-

' ,
HO
f- H
-

" H OH

" -

i
-0 "

" µ ÈÈ °
"-120 "

H- c- OH
I
1
H OH
I
ti #% "

CHZOH / H I
"◦ pH | H

↓ OH
'

In ambiente acido, l’acqua può essere utilizzata per rigenerare l’aldeide o il chetone originale dall’acetale o
chetale.
'
OR 0

' "
+
" '
R -
C -

1-1+1-1=0 R -
C -
H +212 -
OH
1 '
OR

''
OR 0

1 +
" Il
R' +1-120
"
R - C -
R -
C -
R' + ZR -
OH
1
'' '
R
?⃝
Gli acidi carbossilici sono acidi deboli di natura organica che contengono il gruppo carbossilico (-COOH)
La formula generale degli acidi carbossilici é RCO2H

:p
:
carloossile

È
gruppo
↳ carbossilico /
" " "

/ ' "
R - -
◦ +, / io:/
Per quanto riguarda la nomenclatura degli acidi carbossilici, bisogna seguire il seguente procedimento:
Individuare la catena carboniosa più lunga contenente il gruppo carbossilico. La -o finale del nome
dell’alcano corrispondente viene sostituita dal suffisso -oico, e di fronte al nome della catena principale si
pone il termine acido;
Il carbonio del gruppo carbossilico è denominato 1, ma esso non viene indicato nel nome della molecola;
Localizzare e denominare i sostituenti come di consueto;
Gli acidi carbossilici aromatici (in cui il gruppo carbossilico è direttamente legato ad un anello
benzenico) sono denominati in riferimento alla molecola capostipite, detta acido benzoico;
Per molecole con più di un gruppo carbossilico (acidi bicarbossilici) si utilizza il suffisso -dioico per
"
\

denominare la catena principale;

Ci sono anche acidi carbossilici detti tricarbossilici, perchè dotati di tre gruppi carbossilici.

HOOC YOON
CH "
=L
-

10h "

Due molecole di acido carbossilico possono interagire tra loro con legami a ponte di idrogeno per formare
un dimero, ma possono formare legami ad idrogeno anche con l’acqua.

" -
H -

" 3C -

-
n . . _
È -
CH
}

Siccome gli acidi carbossilici possono formare più di un legame ad idrogeno attraverso il gruppo
carbossilico, essi presentano generalmente un punto di ebollizione più alto rispetto alle molecole di pari
peso molecolare.
Gli acidi carbossilici con catena carboniosa principale corta sono generalmente liquidi a temperatura
ambiente. Gli acidi carbossilici a catena carboniosa lunga a temperatura ambiente hanno la consistenza di
solidi cerosi.
Gli acidi carbossilici con un numerxo di atomi di carbonio nella catena principale tra 12 e 20 sono definiti
spesso acidi grassi, siccome si trovano a costituire i trigliceridi.
Gli acidi carbossilici con catena principale corta sono più solubili in acqua rispetto a quelli con catena
lunga.
All’ aumentare dei carboni della catena principale, la solubilità diminuisce e il punto di ebollizione
aumenta.
Dopo aver trattato gli acidi carbossilici in generale, parliamo del rapporto tra acidi e basi.

Gli acidi presentano un sapore aspro, reagiscono con i metalli attivi producendo idrogeno gassoso e
rendono la cartina tornasole rossastra.

Le basi presentano un sapore amaro e rendono la cartina tornasole bluastra.

Quando reagiscono gli uni con gli altri, acidi e basi annullano le proprietà dell’altro in una reazione di
neutralizzazione, che produce acqua e un sale.

Un acido cede protoni ad un’altra specie. Essi producono ioni idronio quando sono disciolti in
acqua. Un acido forte si dissocia completamente in acqua. Quando in acqua viene invece disciolto
un acido debole, soltanto una piccola parte delle molecole si dissocia. In altre parole, si instaura
un equilibrio tra la reazione di dissociazione e la reazione inversa, in cui la molecola di acido viene
rigenerata.

L’acidità di una soluzione si calcola in base al pH, che viene definito come il logaritmo negativo in base
dieci della concentrazione degli ioni idronio.

Se la concentrazione degli ioni idronio è uguale a 7 la soluzione è neutra

Se la concentrazione degli ioni idronio è maggiore di 7 la soluzione è acida

Se la concentrazione degli ioni idronio è minore di 7 la soluzione è basica

Gli acidi carbossilici sono acidi deboli: in acqua essi si dissociano per produrre uno ione idronio e
uno ione carbossilato.

0 0

Il Il
R -

I
c -
0H +

H20 R -
c - 0 +

H,0t
acido carloossilico lone carbossillato

Essendo acidi deboli, la reazione di dissociazione degli acidi carbossilici è reversibile, e la posizione di
equilibrio può essere variata aggiungendo acido o base.

IHo
0
X gH
alto
R
- C R -
c +

&OH pH basso

Al pH fisiologico (pari a 7.4) la forma carbossilata dell’acido è quella preponderante.

Gli acidi carbossilici reagiscono con le basi forti per dare sali carbossillati. I sali carbossillati sono
denominati scrivendo prima il nome del metallo, e poi sostituendo il suffisso -oico con quello degli
alcani, vale a dire -ato.
 R -
È -
OH + NaOH R -
È -0
-

Nat +1-1=0

( Ha -
È -0
-

Nat
- etanolo di sodio
I sali carbossillati sono composti ionici, e sono solitamente solidi a temperatura ambiente. In quanto
composti ionici, i sali carbossillati sono di solito molto più solubili in acqua rispetto agli acidi da cui
derivano.
La reazione di un acido carbossilico con una base forte è importante nel processo di produzione del sapone.

i
CH (cha) , o C -
OH + NaOH
}

CH
} (CH 2) È -
0
-

Nat +420
Gli esteri sono derivati degli acidi carbossilici nei quali una catena R è legata con legame singolo ad un
atomo di ossigeno, al quale è anche legato il gruppo carbossilico.

I '

R - C -

O -
R

- ✓
acida alcolica
parte parte
Per quanto riguarda la nomenclatura degli esteri, bisogna seguire questo procedimento:

Denominare prima la parte “alcolica” dell’estere;

La parte “acida” è denominata come un acido carbossilico, ma sostituendo il suffisso -oico con il suffisso
-ato, ed eliminando il termine acido.

0 .

"
←
<
IO -
ti + ti -0
-
R
'
"

a
+

[ '
+ Hao

Reazione di sintesi degli esteri: il modo più semplice per sintetizzare un estere è riscaldare un acido
carbossilico con un alcol o un fenolo (e impiegando un catalizzatore acido): l’ossigeno dell’alcol si lega al
gruppo carbossilico, e si elimina una molecola d’acqua formata dal gruppo ossidrile del carbossile e
dall’idrogeno dell’ossidrile dell’alcol. Si parla di reazione di esterificazione. Poichè la reazione è
reversibile, si raggiunge in equilibrio per cui grandi quantità dei reagenti sono ancora presenti.

HOCUZCH 204 È - -
c HOCHZCHZOH
/
HO µ

nocn.cn. asina
-

Fenena anemia

Poliesteri (polimeri di condensazione): si tratta di polimeri che si formano con la perdita di una piccola
molecola (solitamente acqua o acido cloridrico) nei polimeri di condensazione, come i poliesteri o le
poliammidi si formano quando ciascun monomero contiene due gruppi funzionali uguali, cosicchè la
reazione avviene alle due estremità della molecola.
Idrolisi degli esteri: gli esteri possono rompersi in condizioni acide con l’intervento dell’acqua, per

dare un acido carbossilico e un alcol. Si tratta di fatto della reazione opposta all’esterificazione, che
vede reagire queste due molecole per dare un estere.

I "
+ i
OR
'
+ Hao R C - OH 1- R' OH
R C
-
-
-

estere acido carbossilico acido

Saponificazione: gli esteri possono essere rotti in condizioni basiche da idrossido di sodio (NaOH) o
da idrossido di potassio (KOH) per formare sali carbossillati e alcoli.

a
R -
C -
◦ R' + NaOH R -
c- ónat

Acidi carbossilici a lunga catena sono spesso chiamati acidi grassi, e sono spesso immagazzinati dagli
organismi viventi combinandoli con una molecola di glicerolo per produrre tri-esteri detti trigliceridi. I
trigliceridi, a temperatura ambiente, possono essere solidi, semisolidi o si trovano in forma di liquidi
viscosi chiamati oli.

GHz OH
-

1-
CYK OH
-

( Hz -
OH

I trigliceridi possono essere rotti in condizioni basiche per produrre sali carbossillati a lunga catena
contrariamente agli acidi grassi (carbossilici) da cui derivano, i sali carbossillati sono solubili in acqua. I
sali degli acidi grassi combinano due differenti caratteristiche: una lunga catena idrocarburica
idrofobica chiamata “coda” e una “testa” polare carica positivamente. Quando queste sostanze sono
poste in acqua, le loro code si aggrovigliano dissolvendosi vicendevolmente, lasciando le teste idrofile
sporgere nella soluzione, permettendo all’intera micella di dissolversi, agendo da sapone.
L’acido acetico viene prodotto dal nostro corpo a partire da etanolo, che si trasforma in acetaldeide e poi in
acetato. L’acido acetico, non appena viene prodotto, viene trasformato da alcuni enzimi in acetil-CoA,
fondamentale in alcune vie metaboliche.

Quando siamo a digiuno una condizionw che si instaura è la ipoglicemia. L’organismo deve mantenere i
livelli di glucosio nel sangue entro un certo range. Dobbiamo quindi ridurre il consumo di glucosio da parte
di tessuti che possono impiegare anche vie metaboliche. In particolar modo il muscolo è in grado di
effettuare catabolismo, cioè demolisce le proprie proteine. Il muscolo preleva le propriw proteine, le
trasforma in chetoacidi che vengono inviati al fegato, che effettua neoglucogenesi producendo alcune
molecole. Quando il muscolo non è in grado di fare ciò si instaura una condizione di insulino-resistenza.

L’acido ossalico è dato da due gruppi carbossilici legati fra loro. Quando al posto di un gruppo ossidrile di un
gruppo carbossilico abbiamo un idrogeno si passa all’acido gliossilico. Le piante possono produrre durante
la fase luminosa ATP e altre molecole per produrre durante la fase oscura glucosio. Ma per fare ciò è
necessaria la luce solare. Come fa una pianta a germogliare, dato che il seme non può fare la fotosintesi?
Essi possono utilizzare gli acidi grassi per sintetizzare glucosio. Questo ciclo di sintesi è detto ciclo dell’acido
gliossilico.
L’acido maloico non si trova in questa forma, ma solitamente come metil malomato.
I nucleotidi da un punto di vista chimico non servono solo a costituire gli acidi nucleici, ma possono far parte di alcune
molecole molto più complesse e più grandi, come i cofattori enzimatici.

I nucleoitidi sono la base costituente degli acidi nucleici: il DNA e l’RNA. I principali componenti dell’acido
deossiribonucleico e dell’acido ribonucleico, depositari dell’informazione genetica, presentano una sostanziale
differenza: l’uracile é un nucleotide tipico dell’RNA, il quale viene sostituito dalla timina nel DNA. Inoltre, i nucleotidi
nell’RNA presentano come zucchero pentoso il ribosio, mentre nel DNA troviamo il deossiribosio, il che rende la
struttura più stabile. Consuderiamo inoltre che nel DNA si appaiano due filamenti complementari e con orientamento
antiparallelo, mentre invece nell’RNA abbiamo un singolo filamento che si avvolge ad elica destrorsa.

Il nucleotide è un estere dell’acido fosforico. Quindi uno zucchero pentoso ciclico reagendo con un gruppo fosfato
costituisce un nucleotide. Il nucleotide è costituito dal nucleoside, composto a sua volta da ribosio o deossiribosio che
viene legato in posizione 1 (carbonio anomerico) da una base azotata. La ciclizzazione della carena zuccherina parte
dal penultimo carbonio con legato un gruppo OH che reagisce con il carbonio in posizione 1, che diventa un carbonio
chirale (nuovo centro stereogenico) e si costituisce un anello. Per esempio, prendendo in considerazione il ribosio, una
volta che si forma il Beta-D-ribosio quest’ultimo può perdere il gruppo ossidrile sul carbonio in posizione 2,
trasformandosi in 2-deossi-B-D-ribosio.
Fosfato Pentosio îx
151
%

H
H2H
d cializza

-oHH
o
{
siperde wnoH

CHe Base azotata - H

E OH
{
õn óH

ò Ç B
0
H
-

-D-ribosio
-

H
OH
f f
z
CH-
0
CHzOH
0

1o
H
Dribosio

OH OH oH 2-

deossi-B-D-ribosio
Sia che si tratti di un ribosio che di un deossiribosio, per costituire il nucleoside il carbonio in posizione 1 subisce un
attacco nucleofilo da parte di una struttura aromatica: se la struttura aromatica ha un anello a 6 atomi e presenta
due carboni sostituiti da due atomi di zoto si parla di pirimidina, invece se la struttura aromatica è costituita da da
due anello aromatici condensati, uno esagonale (con due carboni sostituiti da due atomi di azoto) e uno pentagonale
(con due atomi di carbonio sostituiti da azoto, di cui uno legato ad idrogeno) si parla di purina.

Le basi azotate puriniche sono l’adenina, che possiede un gruppo amminico legato all’anello aromatico a sei atomi di
carbonio; la guanina, che presenta un gruppo amminico sull’anello del cicloesano in posizione 2 e un gruppo
carbonilico in posizione 6.

Tra le pirimidine abbiamo la citosina, che presenta un carbonio carbonilico legato in posizione 3 e un gruppo
amminico in posizione 4; l’uracile, con due gruppi carbonilici in posizione rispettivamente due e quattro; la timina,
con gruppi carbonilici in posizione due e quattro e un metile in posizione 5.

Vengono definite basi azotate perchè le strutture cicliche presentano azoto, con caratteristiche basiche, e altri gruppi
nucleofili che fanno si che queste molecole si comportino da basi. o
o

nfçîçNİcH
ll

wNççrv
Pirimiline
rC
C H

ñ INNCH
l
¿
CH
ll ll
¿ C

VY
O
H f \
ìnfé ii v v Citosina
w ll
~ç
i

NHz
çrCHy
H
l
Adenina guahind H N
1
C vracile il
NF YH ¿ CH
x
ç Ym ^
N-
H
IN
Purine H
Timina
L’anello del ribosio può trovarsi in diverse conformazioni: infatti uno dei 5 atomi di carbonio del ciclo non è sullo
stesso piano degli altri: Se l'atomo di fuori del piano è spostato dallo stesso lato dell'anello rispetto all'atomo C(5') si
dice che ha la conformazione endo, mentre se è spostato nel lato opposto dell'anello rispetto a C(5') ha la
conformazione eso. Nella maggior parte delle strutture note di nucleosidi e nucleotidi l'atomo fuori dal piano è o C(2')
o C(3'). C(2')-endo è il ripiegamento del ribosio che si trova più frequentemente, assieme anche a C(3') -endo e -eso.
Go
5
endo
çi

ç
3^

30
2" Base
eso
Base

p jí
zl

Come si lega lo zucchero pentoso alla base azotata? Il loro legame é molto simile a quello glicosidico che si viene ad
instaurare tra zuccheri esosi o pentosi per dare disaccaridi o polisaccaridi: laddove peró il ponte tra i monosaccaridi é
costituito dall’ossigeno, tra il monosaccaride e la base azotata il ponte é dato dall’azoto (legame N glicosidico). Il
legame potrá essere poi alfa o beta a seconda che si trovi dallo stesso lato o meno del carbonio terminale.
M
[

N CH

l i \
E H
Ç
o
N I
H
CHzH

V
~1
H O C H o
t \ -
2
2

H H

ÖnôH ~1 OH

L’uracile (2-4-diossipirimidina) esiste in tre forme tautomeriche cheto-enoliche, dette lattame, lattime e doppio
lattime. Il lattime é detto forma monoenolica, il doppio lattime é detto in forma dienolica.
OH
Q QH l

+
Lattame Lattime N Doppio
lattime

o N ~
in
N7
o H O
H N
H

Se consideriamo i desossinucleotidi in forma libera a pH 7 essi presentano carica negativa, data dal contributo del
gruppo fosfato. Inoltre questi nucleotidi possono essere indicati anche con delle lettere o con altre scritture (A sta per
adenosina, dA sta per deossiadenosina, dAMP sta per deossi-adenosina-monofosfato; stesso discorso vale per i
nucleotidi con le altre 3 basi azotate presenti nel DNA). Lo stesso discorso vale anche per i ribonucleotidi. I nucleotidi
presentano un picco di assorbanza (radiazione elettromagnetica assorbita da un corpo) ad una lunghezza d’onda di
260 nanometri.

Il nucleotide é di fatto un nucleoside monofosfato. L’aggiunta di un gruppo fosfato fornirebbe un nucleoside difosfato,
e l’aggiunta di un ulteriore nucleoside darebbe un nucleoside trifosfato, come per esempio l’adenosina tri-fosfato o
ATP, che avendo gruppi fosfato che fungono da buoni gruppi uscenti può attuare buoni attacchi nucleofili e quindi é un
importante catalizzatore in numerosissime reazioni biologiche.

I nucleosidi trifosfato sono trasportatori di energia. In particolare l’ATP ha un ruolo centrale nel metabolismo
energetico; il GTP é importante nella sintesi proteica e nella trasduzione del segnale; il CTP é importante nella sintesi
dei lipidi, mentre l’UTP é importante nel metabolismo dei carboidrati. In generale, questi nucleosidi vengono impiegati
tutti come molecole energetiche e sono coinvolti nella segnalazione cellulare.
Il legame tra i gruppi fosfato e il carbonio dello zucchero in posizione 5 é un legame estere. Considerando una delle
funzioni dei nucleosidi-fosfati, la segnalazione cellulare, l’ATP, ad esempio, perde due dei gruppi fosfato ad opera dell’
enzima adenilato ciclasi e si trasforma in AMP ciclico, che funge da mediatore di segnale intracellulare, coinvolto nel
meccanismo di segnalazione con proteine G. Giunge un mediatore extracellulare che riconosce un sito di legame
recettoriale, e innesca un cambiamento conformazionale che si trasmette alla parte interna della molecola. La proteina
G inattiva, una volta attivata dalla modificazione conformazionale precedentemente citato é in grado di legarsi
all’enzima adenilato ciclasi, attivandolo a sua volta. A questo punto l’adenilato ciclasi comincia a sintetizzare cAMP
attraverso il legame con ATP. L’AMP ciclico attiva poi la proteina chinasi A, che fosforila un enzima, o può attivare e
inattivare particolari molecole.

estere

O P O P O P CH
z

Adenina
Fi \
Fl
I

Anidride H H

OH O H
1
La struttura dell’adenosina è presente in molte molecole che sono cofattori enzimatici. Per esempio nel coenzima A
possiamo facilmente riconoscere una 3-fosfoadenosina difosfato legata ad una fosfopanteteina grazie ad un legame
fosfoanidridico

L’adenosina monofosfato entra a far parte anche del NAD+, ossia la nicotinammide-adenin-dinucleotide, costituito da
un adenosina monofosfato e da nicotinammide. Il NAD+ è una forma ossidata, che si può quindi ridurre. Il NAD in
riferimento a questa sua caratteristica, é un cofattore per molte reazioni. Il NADP+ (o NAD fosfato) è anch’esso un
cofattore, che però interviene in reazioni differenti. Nel NAD fosfato il gruppo OH in posizione due é sostituito da un
gruppo fosfato addizionale.

Il FAD é costituito sempre da adenosina monofosfato e da FMN, ossia riboflavina o vitamina B2, che si può trovare
anche in forma isolata. Il FAD é sempre coinvolto in reazioni redox, e partecipa al trasferimento di protoni ed elettroni
tra specie ossidate e ridotte. Mentre il NAD é un cofattore libero, il FAD é covalentemente legato all’enzima della
reazione in cui é coinvolto. La rigenerazione del FAD (esso si deve riossidare) deve tener conto dell’enzima a cui si
lega. Gli enzimi la cui attività è coadiuvata dal FAD sono detti FAD-dipendenti.
I nucleotidi possono anche essere prodotti di scarto del metabolismo: per esempio l’ipoxantina viene
convertita in xantina, che viene poi convertita in acido urico. C’é una rara patologia per cui l’enzima che
catalizza una di queste reazioni non é prodotto e quindi vi é accumulo di aueste molecole tossiche
nell’organismo.

La 7-metil guanosina è un nucleotide che costituisce il cappuccio protettivo aggiunto all’mRNA messaggero
una volta che questo é stato trascritto nel nucleo. Sembra inoltre fungere da segnale di Stop nell’mRNA.

CH
- N

3
+
-

y
- r

L v
~ N

Per struttura primaria negli acidi nucleici si intende la struttura data dal legame 3’—>5’ fosfodiesterico tra
nucleotidi contigui. I nucleotidi della catena presenteranno dei gruppi che sporgeranno da un lato o dall’altro
della catena: in particolare da un lato della catena (quello interno) avremo le basi azotate, mentre dall’altra
avremo i gruppi fosfato dei singolo nucleotidi (lato esterno). Ciò è importante nel momento in cui le catene
nucleotidiche dovranno interagire a dare la doppia elica del DNA. Inoltre la presenza dei gruppi fosfato
all’esterno della catena rende il DNA non solo dotato di carica negativa, ma fornisce alla catena idrofilia in
quei punti. Una delle due catene del DNA che si appaiano avrá orientamento 3’—>5’, mentre l’altra ha avrà
orientamento 5’—>3’ (i filamenti sono antiparalleli). Adenina e timina nella catena interagiscono con due
legami a ponte di idrogeno, mentre citosina e guanina con 3 legami. La molecola di DNA nel momento in cui
filamenti si sono appaiati si avvolge in riferimento ad un asse longitudinale a dare una doppia elica destrorsa
La doppia elica del DNA presenta, alternati,un solco maggiore ed un solco minore.

Il DNA si può denaturare: questo avviene per rottura dei legami a ponte di idrogeno tra i due filamenti. La
denaturazione può essere parziale o totale. A parità di una singola molecola di DNA ed RNA, il DNA risulta piú
stabile per l’assenza del gruppo OH in posizione 2 legato allo zucchero pentoso. È possibile comprendere se
stiamo studiando una molecola a doppia elica o a singola elica in ambito di denturazione, in quanto avrò
un’assorbanza diversa da parte delle basi ad una lunghezza d’onda di 260 nm tra una molecola a singolo o a
doppio filamento nucleotidico.

In una molecola di DNA, regioni che presentano un maggiore quantitativo di guanosine e citosine risultano
più stabili rispetto a quelle che ne presentano una percentuale minore. Questo significa che una sequenza di
DNA con maggiore presenza di queste due basi é maggiore rispetto a una sequenza che ne presenta un
numero minore.
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La replicazione del DNA é semiconservativa, vale a dire che a seguito della replicazione otterremo due
molecole di DNA ottenute ciascuna da un filamento preesistente e un nuovo filamento sintetizzato per
complementarietà a quello preesistente. Il DNA può andare incontro a variazioni strutturali: possiamo
infatti trovarlo in forma A B o Z. Queste variazioni dipendono dalle diverse conformazioni che il
deossiribosio può assumere, dalla rotazione intorno a legami contigui dello scheletro del fosforibosio e
dalla libera rotazione intorno al legame C-1’-N-glicosidico. La forma A e quella B sono eliche destrorse,
mentre nella forma B abbiamo un elica sinistrorsa. La forma A é presente in ambienti poveri di acqua,
quella B in ambiente acquoso mentre quella Z é presente quando c’é alternanza nucleotidica tra purina e
pirimidina.
I lipidi vengono classificati sulla base della loro carica in lipidi polari o neutri, oppure come steroli, quando si
tratta di derivati chimici dello sterolo, un composto policiclico formato da 4 anelli a sei atomi di carbonio
condensati tra loro.

Essi vengono però anche classificati funzionalmente in lipidi di riserva, lipidi strutturali, e lipidi con altre
funzioni, come di segnalazione molecolare; gli ormoni o le vitamine.

I lipidi principali individuabili nel nostro organismo sono gli acidi grassi, ossia molecole formate da una
catena carboniosa molto lunga, da 4 a 36 atomi di carbonio, con un gruppo metilico da un lato e un gruppo
carbossilico dall’altro, che conferisce all’acido grasso delle proprietà più idrofiliche (per questo sono detti
acidi). Nella catena carboniosa principale possomo essere presenti o meno dei doppi legami. Quando un
acido grasso presenta doppi legami tra i carboni della catena principale, esso si dice insaturo. Il doppio
legame porta ad una torsione della catena dell’acido grasso, e quindi vi sarà una diversa disposizione
spaziale degli atomi e una diversa reattività.

Ciascun acido grasso viene indicato da un due numeri separati da due punti: il primo indica il numero di
atomi di carbonio degli atomi della catena principale, mentre il numero dopo i due punti rappresenta il
numero di doppi legami e quindi il grado di insaturazione dell’acido grasso.

Se un acido grasso presenta un solo doppio legame, viene detto monoinsaturo, se ne presenta due o più,
viene detto polinsaturo. Prendendo in esame l’acido linoleico, (detto nella nomenclatura IUPAC acido
cis-9,12, octadecadienoico) esso presenta nella catena carboniosa principale due doppi legami, uno in
posizione 9 ed uno in posizione 12: essi sono soggetti ad isomeria geometrica cis-trans, e nel caso specifico
di questo acido grasso sono in conformazione cis, quindi i due lati della catena principale sono dallo stesso
lato del legame.
Negli acidi grassi i doppi legami che costituiscono l’insaturazione non sono MAI coniugati, ma sempre
separatati da un gruppo metile (CH2).

Negli acidi grassi cosiddetti omega-3 il doppio legame si trova in posizione 3 a partire dall’estremità omega
o metilica (estremità opposta rispetto a quella del gruppo carbossilico); negli acidi omega-6 il doppio
legame si troverà in posizione 6.

L’acido arachidonico (un acido grasso omega-6, derivato dall’acido gamma linoleico) può assumere una
forma molto particolare, in cui i punti di insaturazione si trovano l’uno di fronte all’altro: questa disposizione
spaziale dipende da enzimi che permettono di ottenere le molecole necessarie per i processi di segnalazione
intracellulare. Gli eicosanoidi (il cui precursore è l’acido arachidonico) vale a dire le prostaglandine, i
trombossani, i leucotrieni e le lipossine sono fondamentali mediatori delle interazioni tra cellule. Gli
eicosanoidi sono definiti autacoidi o paracrini (la segnalazione paracrina é generata da un segnale
endocrino; a quel punto la cellula bersaglio diventa cellula secretoria, rilascia messaggeri rivolti alle cellule
vicine; talvolta i messaggeri sono rivolti slla cellula stessa, e si parla di segnalazione autocrina).

Gli acidi grassi si possono classificare in: acidi grassi a catena corta (fino a 6 atomi di carbonio); a catena
media (da 6 a 14 atomi di carbonio); a catena lunga (fino a 36 atomi di carbonio).

Gli acidi grassi saturi, avendo catena lineare, si possono facilmente aggregare tra di loro. Più comunemente
però gli acidi grassi si troveranno in una miscela di acidi grassi saturi ed insaturi. Quando gli acidi grassi
sono in miscela in ambiente acquoso tenderanno a formare le cosiddette micelle, aggregati sferici nei quali
le teste idrofiliche composte dal gruppo carbossilico sono rivolte verso l’esterno, mentre le code idrofobiche
si dispongono all’interno di tale struttura.

Una molecola importante per le sue interazioni con gli acidi grassi a formare i lipidi è il glicerolo. Il glicerolo
viene ottenuto dal nostro organismo dal glicogeno, attraverso una reazione di de-esterificazione. Il glicerolo
può essere prodotto anche industrialmente, venendo impiegato come additivo alimentare o nei prodotti
cosmetici. Il glicerolo viene unito attraverso legami estere con 3 acidi grassi, che possono essere saturi
oppure insaturi: questo porta alla costituzione dei trigliceridi. Ciascun acido grasso interagisce con un
gruppo alcolico del glicerolo. Di solito gli acidi grassi insaturi vengono esterificati al carbonio 2. I trigliceridi
sono insolubili in acqua, ma non formano micelle. Si accumulano negli adipociti e costituiscono la riserva
energetica dell’organismo. Hanmo funzione termogenica e isolante.
Le cere sono gli esteri di acidi grassi saturi e insaturi a catena lunga che reagiscono con alcoli a catena
lunga. Le cere sono solitamente solide a temperatura ambiente, e risultano completamente insolubili in
acqua.

I fosfolipidi sono suddivisibili in due classi: i glicerofosfolipidi e gli sfingofosfolipidi. I glicerofosfolipidi sono
composti da una molecola di glicerolo legata a due acidi grassi. Al glicerolo è inoltre legato un gruppo
fosfato a cui si lega un alcol. I legami che uniscono glicerolo e fosfato e fosfato e gruppo alcolico sono
legami fosfodiesterici. A seconda del gruppo che viene sostituito al gruppo -OH, origineranno una serie di
glicerofosfolipidi, come la fosfatidilcolina, la fosfatidilserina o il difosfatidilglicerolo.

I fosfolipidi, contrariamente agli acidi grassi, sono in grado di formare, aggregandosi, un struttura
bistratificata in cui le teste idrofile sono rivolte verso l’esterno del doppio strato, mentre le code idrofobiche
si rivolgono verso l’interno del doppio strato. Questo forma delle strutture che prendono il nome di
liposoma, con uno strato esterno e cuore idrofilico.

In alcuni siti di legame dei fosfolipidi ci sono dei siti di taglio della molecola, per cui attraverso un taglio
enzimatico è possibile ottenere, da un fosfolipide, molecole di glicerolo e acidi grassi: il legame
fosfodiesterico é un legame altamente reattivo. Per quanto concerne i fosfolipidi, essi sono di frequente
coinvolti in meccanismi di segnalazione a cascata intracellulare il cui obiettivo è quello di attivare una
determinata risposta da parte della cellula.

Gli enzimi in grado di “tagliare” i fosfolipidi prendono il nome di fosfolipasi: la fosfolipasi A2, per esempio, è
in grado di tagliare da un fosfolipide l’acido grasso detto acido arachidonico, che abbiamo detto essere il
precursore degli eicosanoidi. La fosfolipasi A2 é inibita dagli ormoni glucocorticoidi come il cortisolo.

Gli sfingolipidi sono lipidi con caratteristiche più polari. Essi sono composti da una molecola di sfingosina,
che può legarsi con l’OH in posizione 2 ad un acido grasso, ma mantiene liberi i gruppi OH in posizione 1 e
3, ed è per questa motivazione che gli sfingolipidi risultano più idrofilici dei fosfolipidi (attraverso i gruppi
alcolici, infatti, è possibile per queste molecole stabilire interazioni polari con le molecole d’acqua).

Uno sfingolipide molto importante per la sua firte presenza nelle membrane cellulari é la sfingomielina,
composta da ceramide (formata a sua volta da sfingosina e da un acido grasso uniti attraverso un legame
carboammidico) e una fosfocolina.

I residui oligosaccaridici di alcuni sfingolipidi sono molto importanti perchè essi determinano alcune
caratteristiche biologiche come la definizione dei gruppi sanguigni. Le differenze nella composizione di
questi residui oligosaccaridici tra uno sfingolipide e un altro sulla superficie degli eritrociti determina per
esempio io sistema antigenico AB0.
Gli steroli derivano dal ciclopentanoperidrofenantrene detto nucleo sterolico. Il Nucleo sterolico è una
struttura policliciclica formata da un ciclopentano insieme a 3 anelli di cicloesano. Esso costituisce la base
del colesterolo.
Il colesterolo è una molecola a 27 atomi di carbonio. Essi sono disposti a formare quattro anelli ciclici
chiusi fusi tra loro; abbiamo inoltre un gruppo OH in posizione 3 sul cicloesano A, un doppio legame in
posizione 5 nell’anello cicloesanico B e una catena laterale alchilica legata al ciclopentano derivata
dall’acido acetico.

Il colesterolo si forma da un intermedio detto isoprene. La sintesi del colesterolo parte da un precursore,
l’acetil-CoA, da cui si otterrà isoprene Andando a polimerizzare più strutture isopreniche fosforilate,
mediante l’uscita di due gruppi fosfato otterremo una molecola che a sua volta si unirà ad un’altra
molecola attraverso l’uscita di due gruppi fosfato. Ciò porterà alla fine al precursore dal punto di vista
strutturale e chimico del colesterolo, che é lo squalene. Dallo squalene attraverso la squalene
monossigenasi si ottiene per sggiunta di un ossigeno un epossido, lo squalene 2,3-epossido. Negli animali
ad opera dell’enzima ciclasi la catena viene ripiegata e si costituiscono gli anelli, portando alla costituzione
del lanosterolo. Tra il lanosterolo e il colesterolo vi sono una ventina di reazioni, che consistono
essenzialmente nell’aggiunta e rimozione di gruppi metilici.

Il colesterolo è una componente fondamentale delle membrane biologiche: infatti è impiegato per
modulare la fluidità della membrana. Quando si associa a glicerofosfolipidi e sfingolipidi con acidi grassi
insaturi rende il doppio strato meno fluido, viceversa quando si lega glicerofosfolipidi e sfingolipidi con
acidi grassi saturi la membrana plasmatica diviene più fluida.

Il colesterolo è il precursore biosintetico degli acidi biliari molecole di natura anfipatica, ma non solo; è
anche il precursore biosintetico degli ormoni steroidei, nello specifico del testosterone, dell’estradiolo, del
cortisolo e dell’aldosterone. Gli ormoni steroidei reagiscono con proteine intracellulari recettoriali e
legandosi a siti specifici del genoma che ne regolano la trascrizione.
Le proteine rappresentano i più importanti prodotti finali dell’informazione genetica. Si tratta delle
macromolecole più abbondanti nelle cellule: in una cellula se ne trovano migliaia di tipologie differenti. Si
tratta di polimeri di amminoacidi che svolgono numerosissime funzioni.

Le proteine svolgono la funzione di: enzimi, proteine strutturali, proteine di trasporto, regolatori
dell’espressione genica, recettori, anticorpi, ormoni, proteine contrattili, proteine della coagulazione del
sangue.

Le proteine si suddividono in semplici, composte esclusivamente da amminoacidi, e in complesse, che

contengono, oltre agli amminoacidi, gruppi Eme, lipidi, glucidi ecc.

Dal punto di vista strutturale si possono inoltre distinguere in proteine fibrose e globulari.

Le proteine di qualsiasi organismo vivente sono formate da amminoacidi. Ogni amminoacido è costituito da
un carbonio alfa anomerico legato a quattro sostituenti diversi: un idrogeno, un gruppo carbossilico e un
gruppo amminico e una catena laterale R, che rappresenta l’elemento di differenziazione tra gli
amminoacidi. Nella glicina il sostituente R é sostituito da un idrogeno, e quindi il carbonio non è ibridato
Sp3, conseguentemente la glicina non origina stereoisomeri. La presenza di un centro chirale permette
l’esistenza per ogni altro amminoacido di due enantiomeri, uno D e uno L. Gli amminoacidi che entrano a
far parte del nostro organismo sono tutti enantiomeri L. La distinzione tra enantiomero L e l’enantiomero D
viene evidenziata attraverso il confronti con la gliceraldeide, la cui struttura è del tutto simile a quella degli
amminoacidi, nelle sue due forme enantiomeriche.

Gli amminoacidi che presentano gruppi alifatici non polari sono la glicina, l’alanina, la valina, la prolina, la
leucina, la metionina e l’isoleucina. Gli amminoacidi posso essere indicati attraverso una sigla di tre lettere
oppure da una lettera maiuscola.

Quando il gruppo R è sostituito da un gruppo aromatici, avremo gli amminoacidi aromatici: la fenilalanina,
la tirosina e il triptofano: essi sono caratterizzati dal fenomeno della risonanza, e il gruppo aromatico
permette a questi amminoacidi di avere un picco di assorbanza della luce ad una lunghezza d’onda di 280
nanometri.

In alcuni casi il sostituente dell’amminoacido potrebbe essere un gruppo polare, e quindi l’amminoacido
possiede una carica netta. Quelli con carica netta negativa sono aspartato e glutammato.
Nel caso della lisina, dell’arginina e dell’istidina invece, esse sono dotate di un secondo gruppo amminico,
che apporta alla struttura una potenziale carica positiva (a pH fisiologico).
Vi sono poi amminoacidi che possiedono catene laterali R polari, ma che non rendono gli amminoacidi di
cui fanno parte carichi, come la serina o la prolina.

Bisogna ricordare che il carbonio alfa é quello legato al gruppo carbossilico.

Gli amminoacidi possono essere carichi o meno nel nostro organismo. Osservando per esempio una curva
di titolazione, in cui abbiamo riportato gli equivalenti basici aggiunti in funzione del pH, possiamo
individuare il quantitativo di acido presente in soluzione in base al quantitativo di equivalenti basici che
abbiamo aggiunto per neutralizzarli. Trasponiamo questo concetto agli amminoacidi. I gruppo laterali R
degli amminoacidi nel nostro organismo fanno si che gli amminoacidi si trovino sotto forma dissociata di
Zwitterioni, la cui carica netta é pari a 0.
Se consideriamo la glicina, i gruppi funzionali nell’amminoacido sono il gruppo carbossilico e il gruppo
amminico, fortemente influenzati dal pH, perchè variando quest’ultimo vi è la possibilità di deprotonare il
gruppo carbossilico, ottenendo una carica netta negativa, o protonare il gruppo amminico, ottenendo una
carica netta positiva. A pH acido la glicina si presenta prevalentemente in forma protonata (carica netta
positiva). Quando si raggiunge il punto isoelettrico non solo avremo il gruppo amminico protonato, ma
osserviamo anche il gruppo amminico deprotonato: la glicina si trova in forma di zwitterione e ha quindi
carica netta nulla. A pH basico invece prevale la forma deprotonata.
Si definisce punto isoelettrico pI il valore del pH a cui un amminoacido ha carica uguale a 0. Il punto
isoelettrico si può definire anche com la somma dei due Pka (acido e basico) che l’amminoacido può
assumere a valori diversi di pH.
Quando il valore del pKa (in riferimento al gruppo carbossilico, che deprotona) è minore del pH della
soluzione prevale la forma deprotonata; per valori di pKa maggiori del pH della soluzione prevale la forma
protonata. Per esempio la glicina ha un pKa acido pari a 2.34 e un pKa basico pari a 9.60. Se
immaginassimo che questo amminoacido si trovi a pH 7, in riferimento a quanto detto prima il gruppo
carbossilico si troverà nella forma deprotonata, mentre il gruppo amminico si troverà nella forma
protonata. A pH 7 la glicina tende verso una carica negativa, ma complessivamente avrà una carica neutra.

Come facciamo a capire se una proteina, e quindi una catena di peptidi, ha una carica netta oppure è
neutra? Ricordiamoci che se in un amminoacido abbiamo anche il valore del pKa per la catena laterale R,
va tenuta in considerazione per il calcolo della carica netta dell’amminoacido.

Immaginiamo di avere un dipeptide: in esso un gruppo amminico e un gruppo carbossilico sono stati
impiegati per la formazione del legame tra i due amminoacidi, e quindi non potranno intervenire nel calcolo
della carica. Supponiamo di avere un polipeptide formsto da AKG…..
L’alanina ha un valore di pKa per il gruppo carbossilico di 2.34, quindi essendo il pKa minore del pH prevale
la forma deprotonata. Il gruppo amminico avendo pKa maggiore del PH avrebbe una carica netta positiva,
ma esso viene impiegato nel legame ammidico e non viene considerato. Il gruppo R della lisina avendo un
valore di Pka maggiore del pH sarà dotato di carica positiva. Nel secondo amminoacido, la lisina, il gruppo
amminico e quello carbossilico sono impiegati nei legami ammidici, e quindi non vengono tenuti in
considerazione. Terremo conti soltanto della catena laterale R. La glicina non contribuirà affatto alla carica,
non avendo una catena laterale R che possa contribuire e i gruppi carbossilico e amminico impegnati nei
legami ammidici. La glucina contribuisce con il ù

Il legame peptidico prevede la fuoriuscita di una molecola d’acqua (reazione di disidratazione). In ogni
catena peptidica avremo sempre un’estremità N (amminica) terminale ed un’estremità C (carbossilica)
terminale. Tutte le proteine sono composte dagli stessi amminoacidi, e ciò che distingue una catena
peptidica da un’altra è la sequenza degli amminoacidi e la lunghezza della catena. Il numero di residui di
cui è composto il peptide non è indicativo delle dimensioni della proteina stessa. Infatti la titina umana, che
presenta un unica catena come il citocromo C, ha un peso molecolare enormemente superiore rispetto a
questa proteina.

Tra amminoacidi si possono costituite anche legami non convenzionali: per esempio la cistina è data dalla
condensazione di due cisteine attraverso la costituzione di un ponte disolfuro tra i due amminoacidi. Questo
tipo di interazioni può avvenire sia tra amminoacidi di una stessa catena, sia tra amminoacidi di catene
peptidiche diverse, che in questo modo interagiscono tra di loro: per esempio questo è il caso delle due
catene costituenti l’insulina.

La sequenza degli amminoacidi nella catena peptidica costituisce la struttura primaria. Questa attraverso
interazioni tra i residui amminoacidici può ripiegarsi e dare la struttura secondaria, la quale a sua volta può
ripiegarsi ulteriormente per dare la struttura terziaria; più strutture terziarie, unendosi fra loro, darà vita
alla struttura quaternaria.

Alcune proteine possono avere al loro interno porzioni di natura non proteica, che contribuiscono al peso
molecolare della proteina: si parla di proteine coniugate, e ne distinguiamo varie classi a seconda del
gruppo o gruppi non peptidici legati alla catena peltidica. Questi gruppi sono detti prostetici. Un esempio
sono i gruppi eme delle subunità globiniche dell’emoglobina.

Come si possono separare gli amminoacidi di una proteina? Un metodo è quello

sell’isoelettrofocalizzazione. Le proteine vengono poste in una soluzione anfolitica incorporata in un gel.
Stabilendo un gradiente di pH stabile nel gel attraverso un campo elettrico, gli amminoacidi in base alle
loro caratteristiche si distribuiranno in punto differenti del gel, in base al loro punto isoelettrico. Se
avessimo a disposizione delle proteine, allo stesso modo queste migreranno in corrispondenza del loro
punto isoelettrico.

Dopo aver ottenuto una specifica proteina, è possibile denaturarla attraverso, per esempio una soluzione di
sodio dodecil solfato: in pratica, rompendo legami, siamo in grado di “svolgere” la catena e renderla
lineare.

Nell’elettroforesi, le proteine vengono separate in base al loro peso molecolare, non in base alla loro carica
Questo metodo è importante perchè se non conoscessimo una proteina, potremmo attraverso l’elettroforesi
ottenere un grafico in cui è rappresentata una retta che indica l’andamento della migrazione delle varie
proteine nel gel. Si calcola la distanza incognita percorsa dalla proteina sconosciuta e si risale al peso
molecolare. Si potrebbe impiegare anche un metodo misto di separazione, che consiste nel separare prima
le proteine in base al pH e poi in base al peso molecolare. Otterremmo quindi un gel bidimensionale, nel
quale gli amminoacidi sono separati in base alla loro carica sia in base al loro peso molecolare.

L’elettroforesi delle proteine è un metodo diagnistico per scoprire il livello di albumina nel plasma del
paziente, le cui alterazioni sono indici della presenza di patologie.