L’INFLUENZA DEL MICROBIOMA

SULLA FISIOLOGIA DELL’APPARATO

RESPIRATORIO

• Le specie batteriche colonizzano le vie aeree del polmone sano:

Prevotella, Streptococcus, Veillonella, Fusobacterium, Porphyromonas
e Neisseria.
• È probabile che un equilibrio tra l'immigrazione di batteri dal tratto
respiratorio superiore (ad esempio, attraverso la microaspirazione) e
l’eliminazione dei batteri da parte dei meccanismi di difesa dell’ospite
(ad esempio, il trasporto mucociliare) determini la natura transitoria
del microbiota polmonare.
• L’aumento della propagazione batterica nel polmone malato supera
la capacità delle vie aeree di eliminare i microbi, con conseguente
aumento della densità microbica.
• Le ciglia disfunzionali e l'aumento della produzione di muco possono
contribuire alla riduzione della clearance e all’intrappolamento dei
microbi nelle vie aeree.
• Le diverse condizioni respiratorie sono caratterizzate da specie
batteriche dominanti; la fibrosi cistica è spesso caratterizzata
dalla crescita di P. aeruginosa, S. auerus e Burkholderia spp;
le bronchiectasie di P. aeruginosa, Veillonella, Prevotella
ed Haemophilus; l'asma debole-Th2 di Moraxella, Haemophilus
e Neisseria; l’asma eosinofila di Streptococcus, T. whipplei,
Actinomycetaceae ed Enterobacteriaceae; la fibrosi polmonare
idiopatica di Haemophilus, Veillonella, Streptococcus e Neisseria.

Wypych TP et al. Nat Immunol 2019;20(10):1279-1290

Negli ultimi due decenni, il microbioma ha mostrato di giocare
un ruolo nella patogenesi e nella progressione di una serie
di malattie polmonari, comprese quelle che da tempo si pensava
avessero una base microbica (ad es. asma, broncopneumopatia
cronica ostruttiva e fibrosi cistica) e condizioni che erano
tradizionalmente considerate asettiche (ad es. la fibrosi
polmonare idiopatica, la sindrome da distress respiratorio acuto
e il cancro ai polmoni).
Ad esempio, che le esposizioni microbiche nelle prime fasi
della vita abbiano conseguenze a lungo termine in termini
di suscettibilità all'asma è ben noto.
Forse più sorprendenti sono state le scoperte secondo cui
il microbiota polmonare è predittivo della progressione di malattia
nella fibrosi polmonare idiopatica e che il crosstalk tra microbiota
commensale e sistema immunitario dell’ospite è legato allo
sviluppo del tumore polmonare.
L’enorme potenziale del microbioma come una ricca fonte
di bersagli terapeutici e di marcatori diagnostici e prognostici
di malattia è ormai fuori discussione, ma è necessario investire
in nuove linee di ricerca e impegnarsi per realizzare questo
potenziale nella medicina respiratoria e nell’assistenza in
emergenza.

Editorial. Lancet Respir Med 2019;7(10):827

EFFETTI FUNZIONALI
DEL MICROBIOTA NELLE MALATTIE
RESPIRATORIE CRONICHE

L’abbondanza e il potenziale metabolico di specifici microbi

è aumentato nelle malattie respiratorie croniche contribuendo
alla disregolazione immunitaria e alle alterazioni strutturali
polmonari, che portano alla progressione di asma, fibrosi cistica,
bronchiectasie, BPCO e relative riacutizzazioni.

Budden KF et al. Lancet Respir Med 2019;7(10):907-920

EFFETTI FUNZIONALI DEL MICROBIOTA POLMONARE
NELLE MALATTIE RESPIRATORIE CRONICHE
ASMA

• I Proteobatteri spp, in particolare l’Haemophilus influenzae

sono associati ad asma grave come iper-reattività delle vie
aeree, cellule T-helper Th17 e infiammazione neutrofila
guidata dall’interleuchina IL-17, resistenza agli steroidi.
• Il microbiota ha mostrato di aumentare la capacità di
metabolizzare acidi grassi a catena corta.
• Gli acari della polvere domestica hanno mostrato di
aumentare l’abbondanza di citochine Th2 inducenti
Staphylococcus spp in modelli murini.
• Infezioni batteriche e virali nelle prime fasi della vita,
esposizioni ad Annelloviridae e a funghi sono associate
allo sviluppo, alla gravità e alle riacutizzazioni dell’asma.

Budden KF et al. Lancet Respir Med 2019;7(10):907-920

EFFETTI FUNZIONALI DEL MICROBIOTA POLMONARE
NELLE MALATTIE RESPIRATORIE CRONICHE
FIBROSI CISTICA

I microbiomi a dominanza orale e a dominanza patogena (ad es.

Pseudomonas aeruginosa) sono associati all'infiammazione e ai
cambiamenti strutturali del polmone.
• Il potenziale metabolico del microbioma è simile tra individui
con fibrosi cistica.
• L’inoculazione precoce di predatori batterici può aiutare a
controllare la colonizzazione cronica da parte dei patogeni
della fibrosi cistica.
• Il viroma (ad es. i Rinovirus) svolge un ruolo chiave nel
deterioramento della funzione polmonare, nelle
esacerbazioni e nella facilitazione della colonizzazione
batterica.
• Il micobioma contribuisce ad una serie di conseguenze
cliniche funzionali.

Budden KF et al. Lancet Respir Med 2019;7(10):907-920

EFFETTI FUNZIONALI DEL MICROBIOTA POLMONARE
NELLE MALATTIE RESPIRATORIE CRONICHE
BRONCHIECTASIE NON DA FIBROSI CISTICA

• L’uso di antibiotici è associato ad una maggiore diversità

microbica e alla conservazione della funzione polmonare,
ma può promuovere lo spostamento del microbiota
con Stenotrophomonas maltophilia o P. aeruginosa.
• Il genotipo dell’ospite (secernenti fucosiltransferasi 2) è legato
all’aumento di P. aeruginosa, che è costantemente associato
a riacutizzazioni e peggiori funzioni polmonari, esiti clinici
e mortalità.
• Le esacerbazioni potrebbero essere legate al comportamento
microbico piuttosto che all’aumento della carica batterica.
• Il viroma è associato all'infiammazione sistemica
e delle vie aeree, alle esacerbazioni e alla patologia
polmonare.
• L’Aspergillus è associato alla sensibilizzazione
e all’aspergillosi allergica broncopolmonare.
• Diversi ceppi di Aspergillus spp sono dominanti nelle coorti
di pazienti europei ed asiatici.

Budden KF et al. Lancet Respir Med 2019;7(10):907-920

EFFETTI FUNZIONALI DEL MICROBIOTA POLMONARE
NELLE MALATTIE RESPIRATORIE CRONICHE
BPCO

• Proteobatteri e Actinobatteri sono associati ad infiltrazione

di cellule immunitarie.
• Il microbiota commensale (ad es. Prevotella spp) può
ridurre l’infiammazione indotta da batteri patogeni
(ad es. Haemophilus spp).
• L’arricchimento del tratto respiratorio inferiore con taxa orali
è associato ad un aumento dell’infiammazione polmonare,
ad un’alterazione dei profili di metaboliti polmonari
e riduzione delle risposte TLR4 nei macrofagi alveolari.
• Il fumo di sigaretta altera il microbiota gastrointestinale
e può causare patologia gastrointestinale.
• Non è stato identificato alcun ruolo funzionale per il viroma,
se non quello di favorire le riacutizzazioni.
• Il micobioma può promuovere risposte di sensibilizzazione
nella BPCO-bronchiectasie.

Budden KF et al. Lancet Respir Med 2019;7(10):907-920

EFFETTI FUNZIONALI DEL MICROBIOTA POLMONARE
NELLE MALATTIE RESPIRATORIE CRONICHE
RIACUTIZZAZIONE INFETTIVE

• Numerosi batteri arricchiscono il microbioma respiratorio dei

pazienti affetti da malattie respiratorie croniche e possono
causare esacerbazioni (ad es. Haemophilus, Streptococcus,
Moraxella, Pseudomonas).
• Le infezioni virali regolano le molecole di adesione batterica,
compromettono la clearance mucociliare e l'immunità innata,
e danneggiano le cellule epiteliali, facilitando la persistenza
dei patogeni nel polmone.
• Differenti infezioni virali producono profili diversi di metaboliti
e di potenziale funzionale batterico.
• I metaboliti prodotti dal microbioma respiratorio possono
influenzare la suscettibilità alle infezioni virali.
• Il micobioma contribuisce alle esacerbazioni nelle malattie
respiratorie croniche.
• Diverse risposte o suscettibilità alle infezioni e alle
riacutizzazioni (ad es. virali, batteriche e fungine), regolate
dal microbioma, possono contribuire all'eterogeneità delle
malattie respiratorie croniche.

Budden KF et al. Lancet Respir Med 2019;7(10):907-920

EFFETTI FUNZIONALI DEL MICROBIOTA
POLMONARE NELLE MALATTIE
RESPIRATORIE CRONICHE

• Il microbiota respiratorio potrebbe anche avere un impatto

od essere influenzato dai trattamenti comuni per le malattie
respiratorie croniche e potrebbe offrire nuovi bersagli
terapeutici.

Budden KF et al. Lancet Respir Med 2019;7(10):907-920

INTERAZIONI TRA MICROBIOTA E TERAPIE
PER LE MALATTIE RESPIRATORIE CRONICHE
ANTIBIOTICI
La terapia antibiotica a lungo termine limita la durata
e la gravità delle esacerbazioni asmatiche
• L’uso di antibiotici in età prenatale o nelle prime fasi di vita
è legato allo sviluppo dell'asma attraverso il microbiota intestinale.
• L’azitromicina ha mostrato di ridurre la Prevotella, lo
Staphylococcus e l’Haemophilus polmonari in pazienti con asma.
• L’eritromicina a lungo termine ha mostrato di aumentare
l’Haemophilus parainfluenzae e di ridurre lo Streptococcus
pseudopneumoniae e l’Actinomyces odontolyticus in pazienti
con bronchiectasie. Nei pazienti senza infezione dominata
da Pseudomonas, il trattamento ha diminuito l’abbondanza
di Haemophilus influenzae.
• L’azitromicina non ha diminuito la carica batterica in pazienti
fumatori con enfisema, ma ha mostrato di ridurre l’α-diversità
e le citochine pro-infiammatorie e di aumentare i metaboliti batterici
antinfiammatori.
CORTICOSTEROIDI
• Nei pazienti con asma, i corticosteroidi hanno
mostrato di aumentare i Proteobacteria e ridurre
i Bacteroidetes, Fusobacteria e Prevotella.
• Nei pazienti con BPCO, i corticosteroidi sono
associati ad un aumento della ricchezza e diversità
microbica. Il trattamento sistemico durante le
esacerbazioni ha mostrato di arricchire il polmone
di Proteobacteria, Bacteroidetes e Firmicutes.
• I corticosteroidi compromettono la risposta antivirale
innata (interferone di tipo I) e adattativa (cellule T),
con conseguente ritardo nell'eliminazione del virus
e aumento della carica batterica polmonare.
• H. influenzae, Chlamydia, virus respiratorio sinciziale
e il virus dell’influenza A possono provocare
un’infiammazione delle vie aeree resistente agli
steroidi e iper-responsività delle vie aeree attraverso
le risposte mediate dalla microRNA-21/fosfatasi
e dell’omologo della tensina/fosfoinositide 3-
chinasi/istone deacetilasi 2, e dal dominio 3
di oligomerizzazione legante i nucleotidi
dell’inflammasoma.
Budden KF et al. Lancet Respir Med 2019;7(10):907-920
INTERAZIONI TRA MICROBIOTA E TERAPIE
PER LE MALATTIE RESPIRATORIE CRONICHE
TERAPIE PROBIOTICHE E PREBIOTICHE
• Il Lactobacillus gasseri ha mostrato di migliorare i sintomi
di asma e rinite allergica.
• In bambini con asma atopica da lieve a moderata,
Lactobacillus acidophilus e Bifidobacterium bifidum
hanno mostrato di migliorare la funzione polmonare
e di ridurre le esacerbazioni.
• Nei pazienti affetti da fibrosi cistica, i probiotici possono
ridurre le esacerbazioni polmonari e l'infiammazione
intestinale.
• La somministrazione di probiotici, o prebiotici, direttamente
dal tratto respiratorio superiore rimane inesplorata, anche se
la somministrazione intranasale di ceppi selezionati si è
rivelata in grado di ridurre l’infiammazione allergica nei topi.
• Le componenti del microbioma con effetti antinfiammatori
possono essere sfruttati terapeuticamente.
TARGET THERAPY CONTRO PATOGENI
• La vaccinazione contro i principali agenti patogeni
batterici e virali può ridurre il carico patogeno,
le infezioni secondarie e l’infiammazione associata.
• La prevenzione della colonizzazione cronica
da H. influenzae può alleviare o prevenire
l'infiammazione Th17-guidata, e la malattia
allergica delle vie aeree insensibile agli steroidi.
• I ceppi commensali possono proteggere dalla
crescita di batteri patogeni (ad es. l’Haemophilus
emolitico inibisce la crescita di H. influenzae
patogeno non tipizzabile).
• Le strategie che promuovono la crescita di batteri
respiratori commensali possono essere utilizzate
per gestire le infezioni nell’ambito di malattie
respiratorie croniche.
Budden KF et al. Lancet Respir Med 2019;7(10):907-920
LA CARICA BATTERICA POLMONARE
PREDICE LA PROGRESSIONE DELLA
MALATTIA NEI PAZIENTI CON FIBROSI
POLMONARE
Dall’analisi del BAL, i pazienti con fibrosi polmonare (FP)
nel terzile superiore (con la più alta carica batterica)
presentavano un rischio significativamente maggiore
di progressione di malattia vs quelli nel terzile inferiore
(HR = 3,58; IC 95%: 1,64-7,81; p = 0,0014).
Questa associazione risultava significativa
dopo aggiustamento per età, sesso, FVC, DLCO e stato
di fumatore (HR = 4,99; IC 95%: 1,96-12,71; p = 0,0007).

O’Dwyer DN et al. Am J Respir Crit Care Med 2019; 199: 1127–1138

L’INFIAMMAZIONE ALVEOLARE È CORRELATA
ALLA DIVERSITÀ E ALLA COMPOSIZIONE DEL
MICROBIOTA NEI PAZIENTI CON FIBROSI POLMONARE

Associazione positiva tra IL-6 alveolare e

abbondanza relativa del phylum Firmicutes
(p = 0,0001) Associazione negativa tra
IL-12p70 ed abbondanza relativa del
phylum Proteobatteri (p = 0,0014).

La diminuzione della diversità batterica polmonare (indice di diversità di Shannon)

è risultata significativamente correlata con un aumento delle concentrazioni alveolari
di citochine proinfiammatorie, profibrotiche e di fattori di crescita, tra cui IL-1Ra
(p = 0,0058), IL-1b (p = 0,0004), CXCL8 (p = 0,015) , MIP-1a (p = 0,0009 aggiustato),
G-CSF (p = 0,025 aggiustato) ed EGF(p = 0,041).

O’Dwyer DN et al. Am J Respir Crit Care Med 2019; 199: 1127–1138

IN MODELLI MURINI LA DISBIOSI POLMONARE
PRECEDE IL PICCO DEL DANNO POLMONARE
E PERSISTE NEL POLMONE FIBROTICO

Per determinare la relazione temporale tra disbiosi polmonare, infiammazione e fibrogenesi è stata somministrata
bleomicina a topi adulti C57BL/6 di 8-10 settimane per lo stato di infiammazione acuta (giorni 0-7), fibroproliferazione
(giorni 7-14) e fibrosi (giorni 14-21)

La diversità batterica, misurata in base alla ricchezza della comunità
batterica, aumenta dopo la somministrazione bleomicina e raggiunge il suo
massimo prima del picco di danno polmonare al 7° giorno (p = 0,04)*
La composizione della comunità di batteri polmonari è stata alterata in modo
acuto dopo l’instillazione di bleomicina, e ciò si riflette nell’abbondanza
relativa del phylum Firmicutes.
La composizione della comunità batterica polmonare si è
mantenuta alterata fino alla fibrosi polmonare al 21° giorno.
Dopo bleomicina, le comunità batteriche mostravano
di contenere un’aumentata abbondanza relativa del phylum
Firmicutes con un calo non significativo, ma sostenuto, del
phylum dei Bacteroidetes (p = 0,05)*.

O’Dwyer DN et al. Am J Respir Crit Care Med 2019; 199: 1127–1138

Negli ultimi due decenni, il microbioma ha mostrato di giocare
un ruolo nella patogenesi e nella progressione di una serie di malattie
polmonari, comprese quelle che da tempo si pensava avessero una
base microbica (ad es. asma, broncopneumopatia cronica ostruttiva
e fibrosi cistica) e condizioni che erano tradizionalmente considerate
asettiche (ad es. la fibrosi polmonare idiopatica, la sindrome da
distress respiratorio acuto e il cancro ai polmoni).
Ad esempio, che le esposizioni microbiche nelle prime fasi della vita
abbiano conseguenze a lungo termine in termini di suscettibilità
all'asma è ben noto. Forse più sorprendenti sono state le scoperte
secondo cui il microbiota polmonare è predittivo della progressione
di malattia nella fibrosi polmonare idiopatica e che il crosstalk tra
microbiota commensale e sistema immunitario dell'ospite è legato
allo sviluppo del tumore polmonare.
L’enorme potenziale del microbioma come una ricca fonte di bersagli
terapeutici e di marcatori diagnostici e prognostici di malattia è ormai
fuori discussione, ma è necessario investire in nuove linee di ricerca
e impegnarsi per realizzare questo potenziale nella medicina
respiratoria e nell'assistenza in emergenza.

Editorial. Lancet Respir Med. 2019;7(10):827

LO SVILUPPO DEL TUMORE AL POLMONE È ASSOCIATO
AD UN’ALTERAZIONE DEL MICROBIOTA LOCALE
E AD UN’AUMENTATA ESPRESSIONE DI CITOCHINE
PROINFIAMMATORIE IN MODELLI MURINI
Rispetto ai topi sani (non portatori di tumore), lo sviluppo del
tumore polmonare è risultato associato ad un aumento significativo
della carica batterica totale e ad una riduzione della diversità
batterica nelle vie aeree, misurata dalla quantità totale di 16S
DNA e dall'indice di Shannon della comunità batterica nel BAL
(Figura 2A, B).
Nei topi trattati con antibiotici che eliminavano parzialmente
i batteri commensali, la carica batterica locale nel polmone,
ma non quella fecale, era significativamente correlata con la
carica tumorale (Figura 2C).
Da tumori polmonari in fase avanzata in topi privi di un patogeno
specifico (specific-pathogen free, SPF) è stata isolata e coltivata
una serie di specie batteriche; tali batteri sono stati poi inoculati per
via intratracheale in una coorte separata di topi KrasLSL-G12D/+;
p53flox/flox (KP) poco dopo l'inizio del tumore. L'introduzione di
questo pool di isolati batterici in questi topi ha accelerato
drasticamente lo sviluppo della malattia rispetto ai controlli non
trattati (Figura 2D).
Rispetto ai polmoni sani, si è registrato un aumento significativo
dell’espressione genica di IL-1β e IL-23 p19 associato all’aumento
della carica batterica locale nei tessuti polmonari dei topi con
tumore; tale aumento dell'espressione delle citochine è stato
soppresso nei topi privi di germi (germ-free, GF) (Figura 2E).

Jin C et al. Cell 2019; 176(5): 998–1013

IL MICROBIOTA GUIDA L’ESPANSIONE DELLE CELLULE T γδ
PRODUTTRICI DI IL-17 ASSOCIATE ALL’ADENOCARCINOMA
POLMONARE IN MODELLI MURINI

Si registra un aumento drastico

dell’abbondanza di cellule T associato
all’adenocarcinoma polmonare nei topi SPF
(Figura 3A).
È importante notare che l’espansione delle
cellule T associate al tumore è stata
completamente annullata nei topi GF (Figura
3A, B), suggerendo che il microbiota
commensale sia fondamentale per guidare
questa risposta.

Il polmone è un tessuto mucoso colonizzato da una comunità batterica diversificata

e le infezioni polmonari comunemente presenti nei pazienti affetti da cancro
del polmone sono legate agli esiti clinici. Il microbiota locale provoca l'infiammazione
associata all'adenocarcinoma polmonare attivando le cellule T γδ residenti nel polmone.
I topi privi di germi o trattati con antibiotici erano significativamente protetti dallo
sviluppo del tumore polmonare indotto dalla mutazione di Kras e dalla perdita di p53.
Meccanicamente, i batteri commensali hanno stimolato la produzione di IL-1β e IL-23,
inducendo la proliferazione e l’attivazione delle cellule T γδ che hanno prodotto IL-17
e altre molecole effettrici in grado di favorire l'infiammazione e la proliferazione
delle cellule tumorali.

Jin C et al. Cell 2019; 176(5): 998–1013

DIREZIONI FUTURE

La maggior parte degli studi

sul microbioma respiratorio nelle MRC
sono stati di tipo osservazionale.
L’integrazione delle tecnologie
“omiche” ha migliorato la conoscenza
delle funzioni del microbiota.
Gli studi futuri dovranno valutare
la funzione microbica attraverso studi
longitudinali e interventistici,
considerando i concetti emergenti
nel disegno sperimentale, come
la variabilità del microbiota e gli effetti
specie-specifici e ceppo-specifici.

Budden KF et al. Lancet Respir Med 2019;7(10):907-920