Genetica I e II

INTRODUZIONE

La genetica è la scienza che studia la variabilità e l'ereditarietà degli individui. Essa si occupa di comprendere
le basi molecolari e l'ereditarietà delle caratteristiche che vengono trasmesse dai genitori e alla propria
discendenza, Includendo studi sull'ereditarietà, la natura molecolare del materiale genetico, il modo in cui i
geni che determinano le caratteristiche dell'organismo controllano le funzioni cellulari e la distribuzione e il
comportamento dei geni nelle popolazioni. Al fine di condurre questi studi vengono impiegati metodi
standardizzati e viene adottato un metodo di indagine ipotetico-deduttivo, Che consiste nel:
o Fare osservazioni;
o formulare ipotesi in grado di spiegare tali osservazioni;
o Eseguire esperimenti che consentano di fare previsioni in base alle ipotesi;
o Saggiare le proprie ipotesi.
Svolta secondo questo, la ricerca di base si propone di incrementare la conoscenza dei fenomeni fondamentali
al fine di sfruttarli per la ricerca applicata, volta a trovare la soluzione a specifici problemi che affliggono la
società.

Le branche della genetica

La genetica si divide in quattro branche:
1. La genetica della trasmissione dei caratteri, definita genetica classica, si occupa della trasmissione dei
geni e dei caratteri da una generazione a quella successiva e della ricombinazione dei geni;
2. la genetica molecolare studia la struttura e la funzione dei geni a livello molecolare e la natura e gli
effetti delle loro alterazioni;
3. la genetica di popolazioni studia la costituzione genetica in termini qualitativi e quantitativi, ovvero la
distribuzione delle frequenze
geniche nelle popolazioni;
4. la genetica quantitativa che
studia l'ereditarietà dei
caratteri quantitativi in una
popolazione, descritti
mediante parametri numerici.

Gli organismi della ricerca genetica

gli esperimenti per portare avanti la
ricerca genica vengono condotti su
particolari organismi modello, in modo
tale che i risultati ottenuti dagli studi
condotti su di essi possano essere
applicati a tutti gli organismi. Gli
organismi modello devono presentare
determinate caratteristiche:
o Avere un ciclo di vita breve;
o La progenie prodotta da un
accoppiamento deve essere
numerosa;
o L'organismo deve essere facile
da gestire sperimentalmente;
o Deve esserci variabilità
genetica tra gli individui della
popolazione cosicché,
inducendo l'insorgenza di
mutazioni, tale variabilità
possa essere studiata.

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Sara Scacchi
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IL DNA

L'informazione genetica codificata nel DNA è alla base della struttura, della funzione e dello sviluppo delle
cellule in ogni organismo.

La ricerca del materiale genetico

La scoperta dell’acido nucleico

Nel 1869, Friedrich Miescher, penso che il materiale genetico fosse contenuto all'interno di una proteina, isolò
dei leucociti e analizzandoli scoprì che essi contenevano carbonio, idrogeno, ossigeno, azoto e fosforo. Tuttavia
all'epoca si era già a conoscenza della struttura delle proteine e di conseguenza si sapeva che queste ultime
non contenessero fosforo. Miesher noto che questa sostanza era presente all'interno del nucleo di tutti i
campioni esaminati, e la chiamo nucleina.
Si scoprì quindi che all'interno del nucleo delle cellule oltre alle proteine era presente un'altra sostanza. Tuttavia
si pensava che l'informazione genetica fosse portata e trasmessa dalle proteine, poiché erano composte da
ben 20 differenti aminoacidi; Il dna al contrario costituito da soli quattro nucleotidi, era ritenuta una molecola
troppo semplice e pertanto inadatta a contenere tutto il patrimonio informazionale di un organismo.

L’esperimento di Griffith
Nel 1928 un ufficiale medico inglese, Frederic Griffith, condusse degli studi sullo streptococcus pneumoniae,
un batterio in grado di causare la polmonite. Griffith utilizzo i due ceppi del batterio:
o Il ceppo S (smooth): produce colonie lisce e lucenti per la presenza di un involucro polisaccaridico che
ne determina la virulenza;
o Il ceppo R (rough): dà origine a colonie rugose poiché, una mutazione impedisce la formazione
dell'involucro, rendendolo così non virulento.
Per quanto riguarda il ceppo S, ne esistono diverse varianti in base alla composizione chimica della capsula.
Griffith, studio le varianti note come IIS e IIIS. In seguito a mutazioni di batteri IIS si potevano sviluppare batteri
R (privi di capsula). I batteri R (detti IIR dal momento che derivano da batteri IIS) possono retromutare, cioè
riacquisire in modo naturale la capacità di produrre la capsula batterica, e formare pneumococchi di ceppo IIS.
Lo stesso vale per i batteri IIIS.
Griffith iniettò i diversi batteri in dei
topi, osservando che:
o Iniettando batteri IIR, la
cavia non si ammalava e non
era possibile isolare questi
batteri dai tessuti
dell'animale;
o Iniettando batteri IIIS,
l'animale si ammalava,
moriva ed era possibile
isolare questi batteri dai
tessuti;
o Iniettando batteri IIIS uccisi
tramite shock termico, il
topo non si ammalava e non
era possibile isolare i batteri IIIS dai tessuti dell'animale; riducendo che per provocare la malattia, è
necessaria la presenza della capsula e i batteri capsulati devono essere ovviamente vivi;
o Iniettando una miscela di batteri IIR vivi e batteri IIIS morti, l'animale si ammalava e moriva e nei suoi
tessuti era possibile riscontrare batteri del tipo IIIS.
Da questo ultimo perimento, dal risultato inaspettato, Griffith inizialmente dedusse che alcuni batteri IIR
iniettati fossero retromutati in batteri IIS, questo è da escludere dal momento che nei tessuti erano stati isolati
batteri IIIS e non IIS.

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La conclusione finale fu che alcuni batteri IIR, in seguito all'interazione con dei batteri IIIS morti, si erano
trasformati in IIIS. Evidentemente all'interno dei IIIS morti doveva essere presente una qualche sostanza in
grado di conferire ai batteri IIR la capacità di sintetizzare la capsula polisaccaridica: questa sostanza è il
materiale genetico che Griffith chiamo principio trasformante. Tuttavia lo scienziato ancora riteneva questa
sostanza di natura proteica.

L’esperimento di Avery, McLoad e McCarty

Questo esperimento permise di scoprire quale molecola contenesse l'informazione, dimostrando che il
principio trasformante è il DNA. I ricercatori sottoposero a lisi le cellule del tipo IIIS un curarono l'estratto con
batteri vivi di tipo IIR, osservando la conseguente comparsa di colonie di batteri del tipo IIIS. Al fine di
identificare la macromolecola responsabile di questa trasformazione, sottoposero a questo estratto cellulare a
diversi trattamenti enzimatici degradando le componenti una alla volta e verificando dopo ogni trattamento se
la trasformazione avvenisse ancora. La trasformazione non avveniva solo quando veniva degradato il DNA, che
risultò quindi essere il responsabile della trasformazione.

Trattando poi la miscela con ribonucleasi e, successivamente, ponendola in contatto con batteri vivi di tipo IIR,
si ottenevano trasformanti IIIS. Tuttavia, quando la miscela veniva trattata con dei sospiri ribonucleasi e
successivamente posta in contatto con batteri vivi IIR, non si ottenevano trasformanti IIIS.
Tuttavia questi esperimenti vennero screditati dagli scienziati del tempo, secondo i quali il materiale genetico
era costituito da proteine.

Gli esperimenti di Hershey e Chase

Hershey e Chase dedicarono lo studi ai
batteriofagi T2. I due scienziati, al fine di
dimostrare che il materiale genetico fosse
composto la DNA, coltivarono cellule di
escherichia coli o in un terreno che conteneva un
isotopo radioattivo del fosforo (32P), o un isotopo
radioattivo dello zolfo (35S), in virtù del fatto che il
DNA contiene fosforo ma non zolfo, mentre le
proteine contengono zolfo ma non fosforo. In
questo modo i batteri cresciuti sul terreno
contenente fosforo lo incorporano negli acidi
nucleici, mentre quelli cresciuti su un terreno
contenente zolfo lo incorporano in tutte le
proteine. Successivamente infettare due colture
di escherichia coli con i due diversi fagi T2 marcati
osservando che i batteri infettati dai fagi
contenevano grandi quantità di 32P, che fu rilevato
anche all'interno della progenie. Questo
esperimento dimostrò che il fattore trasformante
è il DNA.

Lo studio della genomica

Successivamente, dagli anni 90 fino al 2014, ci sono state numerosissime scoperte grazie all'evoluzione della
tecnologia applicata alla ricerca scientifica, ed in particolare nel 2003 è stato completato il progetto “genoma
umano”. Lo scopo del progetto era comprendere e mappare la sequenza di basi completa del DNA umano che
permettono la codifica del genoma, e, dal suo completamento, si è venuti a conoscenza di tutta la sequenza di
basi codificanti. Al fine poi di estrarre l'informazione codificante di ogni gene, sono state estese delle mappe
geniche, inizialmente incomplete e frammentate, fino ad arrivare ad una mappa fisica definitiva che identifica
la completa sequenza delle tre miliardi di coppie di basi del genoma umano. La genomica si divide in diverse
branche:
o La genomica funzionale, studia le interazioni tra geni ed i loro rispettivi ruoli nell'organismo;

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o La genomica strutturale studia la mappatura, le sequenze l'espressione l'identificazione dei geni e

l'epigenetica;
o La farmacogenomica permette di avere una medicina personalizzata grazie alla possibilità di studiare
le varietà genetiche utili per la sintesi di nuovi farmaci mirati a curare una precisa patologia.

La struttura del DNA

Struttura chimica

La doppia elica del DNA

Rosalind Franklin, usando la tecnica della diffrazione dei raggi X, mediante la quale un fascio parallelo di raggi
x viene diretto contro le molecole, studio fibre sottili di DNA e ricavo informazioni riguardanti la struttura
atomica della molecola notando che il DNA possiede una struttura elicoidale
caratterizzata da due periodicità lungo l'asse della molecola.
Questi studi vennero poi ripresi da Watson e Crick, i quali costruirono modelli
tridimensionali della struttura del DNA, presentanti le seguenti caratteristiche:
o Le due catene polinucleotidiche formano una doppia elica destrorsa;
o Le due catene sono antiparallele;
o Le impalcature zucchero fosfato sono posizionate all'esterno della doppia
elica, mentre le basi sono orientate verso l'asse centrale;
o Le basi sono tenute insieme da legami idrogeno;
o Il diametro esterno dell'elica è pari a 2nm, le coppie di basi sono alla distanza di 0,34 nm, un giro
completo dell'elica è lungo 3,4nm, pertanto, vi sono 10 coppie di basi bp per ogni giro;
o a causa del tipo di legame che unisce le basi, le impalcature zucchero fosfato non presentano sempre
eguale distanza lungo l'asse dell'elica stessa.

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L’organizzazione del materiale genetico in cromosomi

Il materiale genetico all'interno delle cellule si organizza creando super avvolgimenti, ovvero avvolgendosi
attorno al proprio asse, al fine di occupare meno spazio.
Nei procarioti il superavvolgimento si verifica quando la doppia elica è sottoposta a una tensione dovuta a un
avvolgimento o ad uno svolgimento che non possono essere compensati da un movimento opposto
all'estremità della molecola. Unendo semplicemente le due estremità di una molecola si ottiene un DNA
circolare in forma rilassata, se invece, si srotola un'estremità della molecola lineare per due giri si otterrà una
molecola presentante una piccola regione non avvolta. Tale struttura non è favorita dal punto di vista

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energetico ed andrà quindi ad avvolgersi su se stessa in direzione opposta formando un DNA con
superavvolgimento di tipo negativo. Quando invece le molecole sono sottoposte a una rotazione aggiuntiva
rispetto alla forma rilassata si parla di superavvolgimento positivo. Il grado di compattamento viene raggiunto
attraverso l'organizzazione del DNA in domini ad ansa.
Il superavvolgimento si verifica sia in molecole di DNA circolare che lineare, quando alle estremità di queste
ultime è impedito il movimento.
Nei cromosomi eucarioti invece l'associazione del DNA con proteine impedisce la compensazione della
tensione imposta dalla rotazione, generando il superavvolgimento, regolato da specifici enzimi chiamati
topoisomerasi.

La struttura dell’RNA
L'RNA è formato da uno zucchero pentoso chiamato ribosio e dalla base uracile al posto della timina. Bisogna
considerare che ogni volta che due basi possono appaiarsi, lo fanno punto di conseguenza, una molecola di
RNA singola elica si ripiegherà su se stessa formando regioni a doppia elica separate da regioni di RNA a singolo
filamento. Questo tipo di configurazione viene denominato struttura molecolare secondaria.

L’organizzazione del materiale genetico negli organismi

Virus
RNA o DNA a singolo o doppio filamento, lineare o circolare.

Procarioti
DNA a doppio filamento circolare.

Eucarioti
Nel nucleo DNA a doppio filamento lineare mentre in mitocondri e cloroplasti Dna a doppio filamento circolare,
poiché secondo la teoria endosimbiontica questi ultimi deriverebbero da batteri contenti DNA circolare.

L’organizzazione del materiale genetico negli eucarioti

Il genoma eucariotico è organizzato in cromosomi lineari, strutture costituite da cromatina, associata a
proteine.

Le proteine associate al DNA possono essere:

o Gli istoni, le proteine più abbondanti, sono basiche con una carica netta positiva che agevola il loro
legame con il DNA a carico negativamente. I tipi di istoni associati al DNA sono cinque: HI, H2A, H2B,
H3 e H4. Le sequenze amminoacidiche di queste proteine si sono altamente conservate nel corso
dell'evoluzione il che dimostra che, nei cromosomi eucariotici, esse svolgono il medesimo ruolo di
base. Gli istoni giocano un ruolo cruciale del DNA nella cromatina poiché gli permettono di essere
contenuto all'interno di un nucleo il cui diametro è pari a pochi micrometri.
o Le proteine non istoniche sono tutte quelle proteine diverse dagli istoni. E se giocano un ruolo nella
duplicazione, riparazione, trascrizione e ricombinazione del DNA.

Grado di impacchettamento del DNA

Il grado di condensazione del DNA cambia nel corso del ciclo cellulare, Presentandosi meno compattata quando
i cromosomi sono in procinto di duplicazione è più compatta durante la fase M. La condensazione varia anche
da una regione all'altra del cromosoma poiché, le regioni contenenti geni trascrizionalmente attivi, presentano
un minor grado di condensazione.
La maggior parte del genoma di una cellula attiva è eucromatica e mostra fasi di condensazione e dei
condensazione durante il ciclo cellulare, presentandosi più scura in metafase e più chiara in fase S. Le cromatina
e trascritta in modo attivo in maniera tale che i geni in essa contenuti possano essere espressi, e priva di
sequenze ripetute.
Eterocromatina, al contrario, rappresenta regioni cromosomiche che rimangono allo stato condensato e
all'interno delle quali si trovano geni trascrizionalmente inattivi. Vi sono tipi di eterocromatina:

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o L’ eterocromatina costitutiva è presente in tutte le cellule negli stessi loci su entrambi i cromosomi ed
è esemplificata dalle regioni centromeriche e telomeriche;
o L’ eterocromatina facoltativa, è varia ed è rappresentata da segmenti di eucromatina condensati e
perciò inattivi trascrizionalmente (un esempio di eterocromatina facoltativa sono i corpi di Barr).
La cromatina presenta diversi gradi di compattamento:
o La fibra cromatinica da 10nm, presenta una caratteristica morfologia filo di perle, chiamati nucleosomi,
le unità strutturali di base della cromatina eucariotica. Questi ultimi hanno un diametro di 11
nanometri e un nucleo composto di 8 proteine istoniche del tipo H2A, H2B, H3 e H4, a sua volta avvolto
da un segmento di 147bp di DNA. I singoli nucleosomi sono connessi tra loro tramite DNA linker di
lunghezza variabile. Questa struttura è sottoposta ad un ulteriore livello di compattamento dovuto
all’istone H1, il quale si lega sia al filamento linker che al core istonico.
o La fibra cromatinica da 30nm, si presenta come un filamento irregolare di nucleosomi con andamento
a zig-zag. Questo grado di condensazione, necessario al raggiungimento della metafase della divisione
cellulare, è costituito da circa 2000 domini ad ansa di DNA di 30-90 kb, attaccate ad un'impalcatura
proteica di proteine non istoniche, che costituiscono l'impalcatura cromosomica.
o La fibra cromatinica da 300nm, rappresentante il massimo avvolgimento del materiale genetico,
consiste in un ulteriore avvolgimento e compattamento degli stessi domini ad ansa, che portano alla
formazione del cromosoma metafasico. Lo spessore di un cromatidio in questa fase è pari a 700 nm e
il suo avvolgimento viene regolato localmente, a scopo trascrizionale, mediante modifiche
epigenetiche sul DNA e sugli istoni da parte di specifici enzimi.

DNA centromerico e telomerico

Il centromero e il telomero sono
regioni specializzate dei
cromosomi eucarioti.
Il centromero è la regione di un
cromosoma contenente sequenze
di DNA a livello del quale si
localizzano strutture proteiche
dette cinetocori, deputate
all'ancoraggio delle fibre del fuso
mitotico e meiotico durante la
divisione cellulare. Esse appaiono
come una restrizione del
cromosoma che tiene Uniti i due
cromatidi fratelli. Le sequenze
centromeriche vengono anche
chiamate sequenze CEN. Sebbene
i centromeri esplichino le stesse
funzioni in tutti gli eucarioti, non
esiste una sequenza unica
responsabile di tale funzione.
Il telomero è una regione
costituita da una sequenza
specifica posizionata alla fine di un
cromosoma lineare, stabilizza il
cromosoma e svolge una precisa
funzione durante la replicazione.
Tutti i telomeri di una specie
presentano una stessa sequenza,
ma le sequenze differiscono tra le
diverse specie.

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I cromosomi
Cromatina e proteine associate, come sopra descritte, vanno a costituire i cromosomi. Questi ultimi sono quindi
lunghi filamenti di DNA contenenti i geni che, essendo porzioni codificanti di DNA per le proteine, vanno a
rappresentare i reali effettori delle funzioni biologiche dell’organismo, e a
determinarne i caratteri fenotipici. Un gene è costituito da nucleotidi, è
infatti una porzione di DNA, di lunghezza variabile, che serve a dettare
l'informazione per la sintesi proteica. I geni sono organizzati in una
particolare sequenza, e ciascun gene occupa uno specifico locus sul
cromosoma. Un organismo può
presentare un assetto
cromosomico aploide (n) o diploide (2n). Questa classificazione fa
riferimento al numero di set informazionali presenti in una cellula, die
infatti, si fa riferimento alla configurazione numerica di copie omologhe,
ovvero presentanti gli stessi geni sugli stessi loci, del corredo genetico.
Nel caso dell'uomo si parla di un organismo diploide, in quanto esistono
due set informazionali completi. Di ogni cromosoma è presente una
duplice copia, che va a formare una coppia di cromosomi omologhi.
La presenza o meno di un duplice corredo cromosomico è riconducibile al tipo di riproduzione, che può essere:
o Sessuata, quando comporta la confluenza di informazioni genetiche di due genitori, producendo
individui geneticamente diversi tra loro, e rispetto a entrambi i genitori, e garantendo una grande
variabilità genetica. La riproduzione sessuata è basata sull’alternanza di cellule aploidi e diploidi,
poiché, il corredo diploide è frutto della fusione di due gameti aploidi, uno di origine materna e uno di
origine paterna.
o Asessuata, quando un'unica cellula che si divide dà origine a una cellula figlia geneticamente identica
a sé stessa. In questo caso la variabilità genetica è riconducibile solo a eventuali mutazioni oppure a
vari meccanismi para sessuali. Tale tipo di riproduzione funziona lì dove le condizioni ambientali non
variano e rimangono sempre le stesse.

L’assetto cromosomico completo di un organismo eucariotico viene chiamato cariotipo. Quest’ultimo può
essere ben osservato, fotografato e studiato durante la metafase della
riproduzione cellulare. Nel tipo i cromosomi vengono disposti in ordine
secondo la dimensione e la posizione del loro centromero. Quando i diversi
cromosomi sono colorati in modo uniforme, è difficile distinguerli in modo
non ambiguo basandosi solo sulla loro dimensione e forma. Per questo sono
state sviluppate serie di tecniche che permettono di colorare alcune bande
cromosomiche più intensamente di altre. Una di queste tecniche di
colorazione è chiamata bandeggio G: i cromosomi sono trattati con calore
moderato o con enzimi proteolitici per digerire parzialmente le proteine
cromosomiche e vengono quindi colorati con il colorante giemsa per
produrre delle bande scure chiamate bande G. Nell'uomo nei cromosomi
metafasici possono essere evidenziate circa 300 bande G. Questo tipo di
tecnica è utile soprattutto per
individuare un eventuale
cromosoma mutato.
Ad oggi esistono altre
tecniche per lo studio del cariotipo che permettono di evitare
l'utilizzo del bandeggio. Una di queste è l’ibridazione in situ: è
una tecnica citogenetica che può essere utilizzata per rilevare e
localizzare la presenza o l'assenza di specifiche sequenze
di DNA nei cromosomi. Essa utilizza delle sonde a fluorescenza che
si legano in modo estremamente selettivo per via di una
sequenza complementare ad alcune specifiche regioni del
cromosoma.

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