CHIMICA FARMACEUTICA

PER BIOTECNOLOGIE

APPUNTI DI

Prof. Antonello Mai Dip. Studi Farmaceutici Universit La Sapienza Roma antonello.mai@uniroma1.it

Scoperta del LEAD COMPOUND

SCREENING:

Estensivo Random HTS Intermedi e sottoprodotti di sintesi

Studio medicine indigene Studio effetti biologici Studio effetti secondari dei farmaci Scoperta fortuita da prodotti industriali

VALORIZZAZIONE DI INFORMAZIONI BIOLOGICHE:

Conoscenza eziologia della malattia Conoscenza target computer-aided drug design

APPROCCIO RAZIONALE:

SCREENING
1. Estensivo: piccolo numero di molecole su uno studio farmacologico completo
Es.
H O N

Cl

Cl CH3 N CH3

BENZODIAZEPINE sintetizzate per errore e saggiate con s. estensivo dopo 5 anni

FENOTIAZINE
attivit neurolettica scoperta da s. estensivo condotto su antistaminici sedativi

2. Random: gran numero di molecole su target (e attivit) mirate

Es.
Antibiotici Ciclosporina A (polipeptide ciclico screenato come potenziale antibiotico e scoperto ad attivit immunosoppressiva) TAXOLO (Paclitaxel) (antitumorale)
H N O

CH3
N O

H N
N

N
N

N N

N H3C

NEVIRAPINA (anti-AIDS)

PIRENZEPINA (antiulcera)

3. High Throughput Screening (HTS) automatizzato: moltissime molecole su diversi sistemi biologici HO O (soprattutto enzimi)
Es.
LOVASTATINA (ipolipidemizzante)
O O C2H5 O CH3 CH3

H3C
O

O O N N HO HN N

H N

NH N O N H

N H O

ASPERLICINA (inibitore CCK)

INDOLIL-CARBOSSIAMIDI

4. Intermedi o sottoprodotti di sintesi:

Es.:
H N Cl N Cl

CLORDIAZEPOSSIDO (ansiolitico)
H N NHCH3

NH2CH 3
Cl

N O

NHCH3 N

Cl

N O

CLORDIAZEPOSSIDO

Es.

ISONIAZIDE (antitubercolare), 1912-1945

N O2 S N H S N R

N O2 S N H H2N S

H2N

SULFATIADIAZOLI (antibatterici)

SULFATIAZOLI

N R
H2N

S N R

NH2 H2N N H

H2N

N H

2-amminotiadiazoli

tiosemicarbazoni (promettente attivit antimicobatterica)

R-CHO

CHO

CONHNH2

COOC 2H5

COOH

CH3

piridin-4carbossialdeide

idrazide isonicotinica

etile isonicotinato

acido 4-metilpiridina isonicotinico

VALORIZZAZIONE DI INFORMAZIONE BIOLOGICA

1. Studio di medicine indigene:
COOH

HO N
OH

H3CO

AC. SALICILICO
N

CHININA, CHINIDINA

2. Studio degli effetti biologici:

Es. 1: trifoglio essiccato ---> emorragia letale allo stomaco
OH OH

DICUMAROLO
O O

CUMARINA

O O

CH3 S O CH3 COOH

Es. 2: Penicillina

N N H O

BENZILPENICILLINA

Pasteur (1878): antagonismo tra 2 ceppi di microorganismi Roux-Duchesne (1897): Contributo allo studio della competizione vitale tra microorganismi: antagonismo tra muffe e microbi Fleming (1928) Chain-Florey 1940: da studi sul LISOZIMA, antibiotico antimicrobico che era creduto attivo contro le ulcere duodenali

3. Studio di effetti secondari dei farmaci

Es. 1
Cl N H Cl

MOSTARDA AZOTATA Aggressivo chimico nella Ia Guerra Mondiale in Europa ---> distrugge i globuli bianchi

Es. 2
R

OH O H N CH3

CH3

b-BLOCCANTI (coronarodilatatori) ---> (antiipertensivi)

O O

OH H3C NH H3C NH

OH

CH3

analogo ciclico
CH3

CH3 CH3

CH3 CH 3

CH3 CH 3

O2N H3C NH

OH

NC N

OH

NC N

OH

CH3

COMPOSTO 1 antiipertensivo ad attivit vasodilatatrice periferica diretta: no b-bloccante Es. 3

Cl HN N H

COMPOSTO 2 100 volte pi potente

CROMAKALIM 3 volte pi potente attivatore canali del K sulla fibrocellula muscol. liscia delle arterie ipopolarizz. ---> vasodilat.

-agonista da usarsi come vasocostrittore nasale o nel sapone da barba:

N Cl

-agonista pre-sinaptico ===> antiipertensivo

CLONIDINA

Es. 4

CONHNH2

INI (ISONIAZIDE) antitubercolare ---> solleva lumore: IDRAZIDI ANTI-MAO

CH3 O H N N H CH 3

O N H N

H N

H3C

IPRONIAZIDE (antidepressivo)

ISOCARBOSSIAZIDE (antidepresivo)

Es. 5
N CH3

N H3C CH3

N H3C

CH3

PROMETAZINA (antiistaminico) ---> (sedativo)

PROMAZINA antiistaminico/sedativo
S

Cl

CH3

IMIPRAMINA (antidepressivo triciclico)

N CH3

CLORPROMAZINA (neurolettico)

N H3C

CH3

Es. 6
H2N

O2 S NH2

O2 S N H H2N

Het

SULFANILAMIDE SULFAMIDICI antibatterici eff. collater.: diuretici, ipoglicemizzanti

O O2 S N H H3C N H CH3

N NH2 S S O2

H 3C

N H

TOLBUTAMIDE (ipoglicemizzante)

ACETAZOLAMIDE (diuretico)

4. Scoperta fortuita da prodotti industriali

Es. 1
O NO 2 O NO2 NO2 O

Es. 2
H2N

HS

N H

2-amminotiazolo
N

2-mercaptoimidazolo
O

NITROGLICERINA esplosivo vasodilatatore delle coronarie

HS

C2H5O

N CH3

N CH 3

Es. 3
C2H5 N

S S S S

C2H5 N C2H5

CARBIMAZOLO TIAMAZOLO (antitiroidei)

C2H5

DIETILDITIOURAME (DISULFIRAM) antiossidante nellindustria della gomma disassuefacente dallalcool

H3C OH H3C

O H

H3C

OH

APPROCCIO RAZIONALE
Basato sulla conoscenza:
1. delle alterazioni biochimico-metaboliche caratteristiche di determinate condizioni patologiche e responsabili, in taluni casi, della malattia e pi frequentemente dei suoi sintomi pi fastidiosi; 2. delle caratteristiche strutturali e/o funzionali di determinati target macromolecolari (enzimi, recettori, canali ionici, proteine trasportatrici); 3. della struttura chimica e delle funzioni biologiche dei ligandi fisiologici dei target sopracitati: agonisti, antagonisti, agonisti parziali ed inversi nel caso dei recettori; substrati, prodotti, attivatori ed inibitori nel caso di enzimi.

Contributi essenziali da parte di:

Biochimica, fisiologia, genetica, biologia molecolare, metodiche chimicofisiche (N.M.R., E.P.R., spettrometria di massa, raggi X, scattering di neutroni), informatica.

ESEMPI:

A. Terapia sintomatica ma razionale del morbo di Parkinson.

I sintomi compaiono quando il contenuto di DOPAMINA nel corpo striato diventa il 20-40 % dei valori normali.
HO NH2 HO NH2

COOH HO HO

non attraversa BBB

3,4 DIIDROSSIFENILALANINA (L- DOPA) (precursore fisiologico della dopamina) (mediatore endogeno)

DOPAMINA

attraversa BBB

DOPA-decarbossilasi (DDC)

(barriera emato encefalica)

BBB

TRATTO GI

SANGUE E TESSUTI PERIFERICI

CERVELLO

1%

DDC DOPAMINA

L - DOPA

DDC MAO

DDC COMT

90%

9%
NH2
CH3

H N
NHNH2

OH

HO

N H O OH OH

COOH HO

HO

CARBIDOPA

BENSERAZIDE

inibitori DOPA-decarbossilasi
non attraversano BBB

B.

Scoperta degli inibitori dellenzima di conversione dellangiotensina dellangiotensina. (ACE).

Dettagli biochimici del sistema renina-angiotensina noti dai primi anni 60. angiotensinogeno renina ---> angiotensina I (10 AA)
(inattiva)

chininogeno <--- callicreina bradichinina (9 AA)

(potente vasodilatatore)

<------------ ACE ------------>

(vasocostrittore 40 volte pi potente di nor-adrenalina: stimola il rilascio di aldosterone)

angiotensina II (8 AA)

eptapeptide inattivo

TEPROTIDE (9 AA)

pyro-Glu-Trp-Pro-Arg-Pro-Glu-Ile-Pro-Pro-OH

primo inibitore noto di ACE ad attivit antiipertensiva (1965) non biodisponibile per via orale
OOO O O
-

R N

S-

R N

O OO O O O O-

ac. benzilsuccinico inibitore carbossipeptidasi A

ipotesi di design di inibitori ACE

COOH OH

COOH OH O

COOH
N

COOH
O

COOH

OH
O SH

SH H 3C H

N-succinilprolina
(330 mM)

H 3C

CH3

(22 mM)

(1480 mM)

(0.20 mM)

CAPTOPRIL
(0.023 mM)

C.

Scoperta di antagonisti selettivi del recettore istaminergico H2.

Antistaminici classici (mepiramina) non antagonizzano la secrezione acida gastrica da IST = nuova sottoclasse recettoriale (Black et al., 1964)
NH2 HN HN NH NH2

ligando endogeno agonista puro

ISTAMINA

sintesi di oltre 200 composti correlati

NH

N-GUANILISTAMINA
1 lead compound agonista parziale
NH

Requisiti per attivit antagonista: anello imidazolico catena alchilica n = 2-4 gruppo finale protonabile (funzionalit amidinica) per leg. H bidentato con ossiacido

( )n
X HN N Y

n = 2-4; X = S, NH; Y = SCH3, CH3, NH2 Tutti agonisti parziali

NH

( )n
X HN N Y
HN N

H N

NHCH3

1 antagonista puro non biodisponibile per os

H3C S HN N S H N

BURIMAMIDE

NHCH3

10 vv pi potente biodisponibile per os tossicit dovuta a residuo di tiourea

H3C S HN N N-CN H N

METIAMIDE

NHCH3

1 anti-H2 approvato contro lulcera peptica (1976)

CIMETIDINA

D.

Computer-aided drug design

Si utilizza un modello 3D sperimentale o ipotetico del sito di binding del target molecolare sviluppando nuovi ligandi mediante: - Ottimizzazione di ligando gi noto - Ricerca nei database di strutture 3D di composti con caratteristiche stereoelettroniche ottimali per linterazione - Progettazione de novo di ligandi specifici A. PROGETTAZIONE DIRETTA DI LIGANDO BASATA SU STRUTTURA 3D NOTA DEL SITO DI BINDING
B. PROGETTAZIONE INDIRETTA DI LIGANDO BASATA SU UN MODELLO 3D DEL SITO DI BINDING DEDOTTO DA ALTRI LIGANDI A STRUTTURA 3D NOTA (AGONISTI O ANTAGONISTI)

STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN LIGAND-BASED DRUG DESIGN

STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN Isolamento e produzione su vasta scala di target (tecnologia: DNA ricombinante) Determinazione della sua struttura 3D attraverso: cristallografia a raggi X tecniche NMR scattering di neutroni Identificazione e caratterizzazione sito di binding sterica (DOCK) elettrostatica (GRID) Determinazione della conformazione di binding di ligando noto (AUTODOCK, MACROMODEL) Ricerca o design di nuovi ligandi Calcolo di energie di affinit (DG) e costanti di inibizione (Ki)

LIGAND-BASED DRUG DESIGN Impossibile isolare e/o produrre il target in quantit adeguate per risoluzione struttura 3D Unici dati disponibili = dati di serie pi o meno ampie di agonisti e antagonisti Identificazione del farmacoforo o modello farmacoforico Mappatura del sito di binding, cio deduzione del modello 3D dello stesso Ricerca e design di nuovi ligandi 3D-QSAR (CoMFA)

Ottimizzazione del LEAD COMPOUND

1. 2. 3. 4.

Principio di Isosteria Principio di Omologia lineare e ciclica Composti Viniloghi e Benzologhi Semplificazione e Complicazione Molecolare (approcci disgiuntivi e congiuntivi) 5. Distanze intramolecolari 6. Raddoppiamento molecolare (farmaci gemelli)

Principio di Isosteria
Concetto base: introdurre nel lead compound modificazioni chimiche tali che, pur variandone alcune caratteristiche strutturali e chimico-fisiche, ne mantengano intatta la capacit di interagire con il target biologico. Nuovo composto = profilo farmacologico complessivo migliore

1918, Langmuir:
isosteri due molecole che contengono lo stesso numero e disposizione di elettroni:

O2-, F-, Ne, Na+, Mg+2, Al+3 CO, N2 CO2, N2O ClO4-, SO4-2, PO4-3

MOLECOLE MONOATOMICHE MOLECOLE BIATOMICHE MOLECOLE TRIATOMICHE MOLECOLE POLIATOMICHE

1925, Grimm (legge dello spostamento dellidruro):

laggiunta di un idrogeno ad un atomo conferisce alaggregato la propriet dellatomo successivo nella tavola periodica:
n elettroni gruppi isosteri isoelettronici

7
8 9 14 16 36

N
O F CH=CH CH2-CH2

CH
NH OH N=N NH-NH CH2 NH2 C=O S
N

CH3

N
N

N H

N H

O
N
N

O
N

42
N
N

N
N
N

44
S

1932, Erlemmeyer (ampliamento del concetto di isosteria): Isosteri = atomi, ioni, gruppi funzionali o molecole che presentano la stessa configurazione elettronica ESTERNA
O N C S P Si Se VI GRUPPO (6 elettroni nel guscio pi esterno) V GRUPPO (5 elettroni nel guscio pi esterno) IV GRUPPO (4 elettroni nel guscio pi esterno)

Inclusi anche gruppi funzionali con marcate analogie chimico-fisiche: Cl, CN, SCN Equivalente di anello: solo in composti ciclici S isostere di CH=CH

1951, Friedman (da isosteria a bioisosteria): bioisosteri = gruppi o molecole aventi almeno una analogia chimica o fisica, che producono effetti biologici spiccatamente simili Es. 1:
R1 O R NH O O R1 HN O R NH O

entrambi Antiepilettici isosteri e bioisosteri

OSSAZOLIDINDIONI Es. 2:
H2N

IDANTOINE
H2N

OH
S O2

NH2

antimetaboliti bioisosteri

AC. P-AMINOBENZOICO

SULFANILAMIDE

Es. 3:
HO O HO O
HO N O

H N H N H
N H

GABA Es. 4:

ISOGUVACINA

THIP

GABA-agonisti: -pKa circa = 4 per tutti -funzione basica protonabile -distanza intercarica = 5

O H2N O N C2H5 H2N

HN N

C2H5

PROCAINA anestetico locale

C2H5

PROCAINAMIDE antiaritmico

C2H5

isosteri classici non bioisosteri

Omologia lineare e ciclica

Serie omologa = insieme di composti che differiscono per una o pi unit metileniche (-CH2-) ed hanno differenze qualitative e/o quantitative di attivit farmacologica A. OMOLOGIA LINEARE (derivati monoalchilati) R-X R-CH2-X R-CH2-CH2-X R-(CH2)n-X

Es. 1:
N Cl CH3

CETILPIRIDINIO CLORURO (Cepacol) tensioattivo cationico ad attivit antisettica omologhi con n. di metileni <15 sono inattivi come germicidi

Es. 2:
OH

Analoghi della NOR-ADRENALINA

H N R

R H

recett. , b , b b b b b

Eff. ipertensivo ++ ++ + -

Eff. ipotensivo + + ++ ++ ++

HO OH

Me Et

n-Prop

Esempio di inversione di attivit farmacologica in serie omologa

iso-Prop n-But iso-But

B. OMOLOGIA CICLICA (composti ciclopolimetilenici) X X Es. 1:

NH (CH2)n N N H NH2

(CH2)n

(CH2)n+1

serie omologa di composti ad attivit antiipertensiva

NH N N H NH2

GUANETIDINA optimum di attivit antiipertensiva per n = 7

Es. 2:

analoghi dellENALAPRILATO (ACE-inibitore) n 2 3 4 5 6 IC50, nM 19.000 1.700 19 4.8 8.1

(CH2)n N HOOC N H O COOH

CH3 N HOOC N H O COOH

ENALAPRILATO

Es. 3:

OC2H5

OC2H 5

N CH3

N H 3C

MEPERIDINA analgesico narcotico con attivit tossicomanogena

Es. 4:
O O2 S N H H2N N H

ETOEPTAZINA analgesico narcotico privo di attivit tossicomanogena

O O2 S N H H2N N H N

GLICICLAMIDE ipoglicemizzante orale

TOLAZAMIDE ipoglicemizzante orale

esempio di omologazione + isosteria = aza-omologazione

C. OMOLOGIA LINEARE 2 (composti polimetilenici bifunzionali a catena aperta) X-(CH2)n-Y

H3C H3C N CH3
n

X-(CH2)n+1-Y

X=oY

CH2 N CH CH3 3

COMPOSTI POLIMETILENICI BIS-AMMONICI (METONI)

A partire da n = 1: attivit bloccante dei recettori colinergicinicotinici dei gangli del sistema nervoso autonomo (GANGLIOPLEGICA), che raggiunge il massimo per n = 6 (ESAMETONIO BROMURO, utilizzato come agente ipotensivo). Da n = 7 in poi lattivit ganglioplegica diminuisce, per scomparire del tutto negli analoghi superiori, nei quali compare una nuova attivit di blocco dei recettori colinergici nicotinici a livello della placca motrice (CURAROMIMETICA), che raggiunge il suo culmine per n = 10 (DECAMETONIO IODURO, bloccante neuromuscolare utilizzato come succedaneo della d-tubocurarina per indurre rilassamento muscolare nellanest. chirurgica)

Br H3C H3C N CH3

Br

CH3 N

I H3C
Ch3

CH3 N CH3 CH3

CH3

H3C

N CH3

ESAMETONIO BROMURO ganglioplegico antiipertensivo

DECAMETONIO IODURO curaromimetico rilass. muscolatura scheletr.

Vinilogia e benzologia (Principio di Angeli)

Due sostituenti X e Y posti in posizione orto o para di un anello benzenico, oppure separati tra loro da catene insature (doppi legami coniugati) si comportano in genere come se fossero direttamente uniti tra loro
Y

X-Y X-CH=CH-Y

X-Y

Es. 1:
H3CO N H N

OCH3

X=

OCH3

OCH3

RESERPINA
OCH3
OCO-X H3COOC OCH3

OCH3

Alcaloidi naturali della Rauwolfia Serpentina ad azione ipotensiva e neurolettica

Es. 2:

OCH3

RESCINAMINA

COOC2H5

COOC2H5

vinilogo ad azione pi breve perch meno stabile

N CH3
CH3

MEPERIDINA (analgesico narcotico)

vinilogo della meperidina

Es. 3:
O

vinilogo dellACETILCOLINA
H2C N H3C O CH3 O CH3 H3C O H2C N CH3 CH3

ACETILCOLINA (Ach)
attivit nicotinica

vinilogo dellAch

composto

attivit muscarinica

sensibilit alla Ach-esterasi

Ach

sensibile

vinilogo

insensibile

Es. 4:

H2N

H2N NH2

NH2

SULFANILAMIDE antibatterico
Es. 5:
O C2H5 N N H H2N C2H5

S O2

DAPSONE (DDS) antileprotico

O C2H5 N H H2N N C2H5

S O2

(composti benzologhi)

PROCAINAMIDE
composto procainamide ciclovinilogo orto ciclovinilogo meta ciclovinilogo para

cicloviniloghi della procainamide

attivit anestetica locale 1 0 47 35 attivit antiaritmica 1 0.17 0 0

Semplificazione e Complicazione molecolare (Approccio disgiuntivo e congiuntivo)

A. SEMPLIFICAZIONE MOLECOLARE
HO

MORFINA analgesico narcotico

O N CH3

HO

inconvenienti ed eff. collaterali: -depressione del respiro -azione stupefacente -dipendenza fisica e psichica

O NH NH
NH

NH

NH2

epossimorfinano morfinano

benzomorfano

4-fenil- fenil-alchilpiperidine ammine

H3C N COOCH3

COCAINA anestetico locale stimolante il CNS

O

H3C N H3C H3C CH3 COOCH3 O O CH3

EUCAINA A anestetico locale

NH2 C2H5 N C2H5 O

PROCAINA anestetico locale

B. COMPLICAZIONE MOLECOLARE
H
S

H
N H NH

N H

NH

N
N S

PETT anti-HIV-1
HO O
HO O

forma conformazionalm. ristretta dei PETT

HO O
HO N O

H N H

H N H

N H

N H

GABA

AC. 4-AMMINOCROTONICO

THIP ISOGUVACINA potente GABA agonista

Distanze intramolecolari
H N CH3 O OCH3

D-TUBOCURARINA curarizzante naturale

O HO H 3C N CH2

H3CO

CH3 H3C H 3C N H3C CH3 N CH3

DECAMETONIO curarizzante
SUSSAMETONIO (SUCCINILCOLINA) curarizzante ESAMETONIO ganglioplegico

O H3C H 3C N H3C O O O

CH3 CH3 N CH3

CH3 N CH3 CH2

H3C H 3C N H3C

14,5

CH3

OH

ESTRADIOLO ormone naturale estrogeno

HO

CH3

OH

TRANS-DIETILSTILBESTROLO
estrogeno di sintesi

HO

H3C

CH3

CH3

CIS-DIETILSTILBESTROLO
inattivo

HO

OH

14,5

Raddoppiamento Molecolare (Farmaci Gemelli)

O H2C N H3C O CH3
N O O CH3 CH3 N O H 3C CH3

CH3

H 2C

CH3

H2C N

CH3 CH3

H3C

ACETILCOLINA (2 molecole) colinergico

O O H2N S NH2 O O H2N S NH2

SUCCINILCOLINA curarommetico
O O H2N S

(pseudoraddopiam.)

SULFANILAMMIDE (2 molecole) antibatterico

DAPSONE antileprotico

NH2

H2N

NH2

NH

PENTAMIDINA intercalante il DNA tripanocida

Nh

N H2N ( )n N H NH

N NH2 N H NH

BIS-BENZOIMIDAZOLI intercalanti il DNA max affinit per DNA = n num. pari