Risale all’XI sec. Si trova tra il colle Oppio e il colle Celio.
La basilica è formata da 4 livelli: Il 1°, quello più in basso, era la domus ecclesiae incendiata nel 64 d.C. da Nerone, La casa è costruita in blocchi di tufo calcareo, e sotto di essa scorre il fiume. Il 3° livello è una camera molto piccola per celebrare il culto di Mitra, dio del sole: è una specie di grotta dove è collocato un altare ove è rappresentato il dio Mitra mentre sgozza un toro e due commensali, personaggi che reggono le torcesimbolo di luce. Il 2° livello è la prima basilica, costruita più grande di quella nuova. Qui ci sono molti affreschi: 1. miracolo di San Clemente: nel mare dove gettarono Clemente dopo la morte si formò un piccolo tempio e ogni anno il mare si ritirava e la gente pregava lì. Un anno una madre ci ha lasciato il figlio lo ha ritrovato lì l’anno seguente. 2. in questo affresco sono raffigurate le persone che pagarono gli affreschi ( committente) ; risale al 1100. 3. è stata dipinta una processione: il nuovo Papa porta a Roma la tomba di San Clemente, grazie ai fratelli Cirillo e Metodio. 4. Nella navata centrale ci sono le figure dell’ascensione e 5. della croce di Gesù 6. è come una storia raccontata “ a fumetto affrescato”, parla di tre schiavi al servizio di Sisigno ( Cosmaro, Albertello, Carvoncello) che portano San Clemente nel carcere, ma Clemente si trasforma in una colonna. Qui c’è la prima testimonianza di volgare. Il primo livello, quello della basilica attuale, ha un protiro costruito più tardi, in epoca medievale,con capitelli ionici davanti e corinzi dietro. La facciata è in stile barocco . Il soffitto all’interno risale al VII sec. e il pavimento è cosmatesco ( dalla famiglia dei Cosmati). L’abside è decorato con un affresco dei dodici apostoli,mentre il catino absidale e l’arco sono decorati da un grande mosaico” il trionfo della croce “. Nella basilica c’è una cappella dedicata a Santa Caterina, patrona degli studi, martire uccisa decapitata.Viene sempre raffigurata con una ruota dentata . Sulle vele in alto della cappella sono raffigurati i 4 Evangelisti e i 4 Padri della Chiesa. Gli affreschi della cappella, riguardanti Santa caterina, sono stati dipinti da Masolino, Panicale e Masaccio suo allievo. Accanto alla cappella c’è un affresco di San Cristoforo, portatore di Gesù. Nella Basilica c’è un convento di monaci irlandesi.