Appoggia in Italia centrale tutte le citta di fazione guelfa (contro
imperatore) e interviene nella lotta dinastica che succede dopo la
morte di Enrico 6. Si apre perché dopo la morte di Enrico 6 Federico 2 è solo re di Sicilia (che comprende campagna, Lazio e puglia). Il papa favorisce però Ottone 4 perché quest’ultimo gli dà diversi favori: ottiene ducato di Spoleto, Ancona e una parte della città di Bologna. Non si accontenta e scomunica ottone 4 e nomina re di Germania Federico 2. Innocenzo 3 per spiegare il rapporto tra imperatore e papa utilizza la metafora del sole e della luna. Innocenzo 3 utilizza tutti i metodi a sua disposizione per preservare la cristianità. Anche nel 13-14 secolo troviamo dei movimenti per riformare la chiesa: interni ed esterni: valdesi e catari (provengono dalla Francia meridionale e chiedono il ritorno alla povertà evangelica e pensavano non fosse possibile riconoscere la gerarchia ecclesiastica). Innocenzo 3 dato i suoi ideali evoca una crociata contro i catari e nel 1215 con il 4o concilio lateranense li fa eretici insieme ai valdesi. I movimenti che vengono accettati sono due: Francescani (nascono dal basso fondati da Francesco D’Assisi e chiedevano il ritorno alla povertà assoluto e pregavano nelle città per far rispettare il vangelo ) e i domenicani (formati da dei dotti, uomini colti che hanno studiato, chiedevano il ritorno alla povertà assoluta ma Innocenzo 3 fa entrare questi nel tribunale d’ inquisizione e hanno sempre ruoli molto alti (fondato nel 1215 deve condannare gli eretici e ha il compito di fare l’elenco dei libri proibiti). Federico 2 è cresciuto e vissuto nel regno di Sicilia e fin da subito rivolge la sua attenzione alla parte meridionale dell’Italia e diventa nel 1220 imperatore. Riesce a sconfiggere Ottone 4 nella battaglia di Bouvinie perché con Giovanni senza terra si schiera Ottone 4 mentre con Augusto Federico 2 (Innocenzo 3 indirettamente). Con questo Innocenzo 3 scomunica Ottone usando come scusa la sconfitta. Quando diventa imperatore centralizza il potere in meridione a discapito dei baroni Normanni facendo una riforma amministrativa: nomina di un corpo (insieme di funzionari) scelti da lui che dovevano amministrare il territorio per suo conto e quindi limitavano il potere dei baroni. A Napoli istituisce nel 1224 anche un’università dove andranno educati coloro che futuramente diverranno funzionari.