Lezione del 27/03/19

Prof. Giuseppe Calabrese

Sbobinatore: Yvonne D'Agostino
Controllore: Natalia Guarino

Linkage e frequenza di ricombinazione

Due geni si dicono associati quando si trovano sullo stesso cromosoma, questo fenomeno, detto
anche linkage, limita fortemente la terza legge di Mendel che non può essere applicata direttamente.
In queste circostanze è necessario verificare quanto siano distanti i geni in questione. Di norma i
fenotipi parentali, ovvero identici a uno dei genitori, sono molto più frequenti rispetto a quelli detti
“ricombinanti” perché questi ultimi sono dovuti solo all'intervento del crossing-over, che non si
verifica ad ogni mitosi necessariamente in una posizione utile per cambiare l'assortimento dei due
geni i cui caratteri si stanno studiando.Nell'immagine è possibile vedere quali sono le differenze
che ci permettono di classificare due caratteri come indipendenti tra loro oppure come due caratteri
i cui loci sono sullo stesso cromosoma.
Nei casi presi come esempio vengono considerati due caratteri per ogni individuo, siamo infatti di
fronte ad un tipo di incrocio detto diibrido. Nel primo esempio, in cui sono presi in esame i
caratteri indicati con le lettere “A” e “B”, il primo individuo è un doppio eterozigote, presenta
quindi sia l'allele dominante che quello recessivo per entrambi i caratteri studiati (AaBb), viene
incrociato con un individuo doppio omozigote recessivo (aabb), quest'incrocio è anche detto “test
cross”. In questa situazione, posto che venga rispettata la terza legge di Mendel ( legge
dell'assortimento indipendente), il soggetto doppio omozigote recessivo è in grado di produrre un
solo tipo di gamete (ab), mentre l'altro individuo produrrà quattro gameti diversi, in cui verranno a
combinarsi i diversi alleli dei geni esaminati; il gamete AB trasmetterà i caratteri in forma
dominante, il gamete Ab trasmetterà l'allele dominante del gene A, il gamete aB trasmetterà invece
l'allele dominante di B e, infine, il gamete ab trasmetterà in caratteri in forma recessiva. La
probabilità che uno dei quattro gameti sopra elencati si formi è del 25%, perché uno dei due
cromosomi della coppia di omologhi per A e uno dei due cromosomi che contengono gli alleli per
B si possono assortire in maniera indipendente e quindi tutte e quattro le combinazioni hanno la
stessa probabilità di essere prodotte. Di conseguenza, combinando una di queste combinazioni con
l'unico tipo di gamete prodotto dal doppio omozigote recessivo, avremo una discendenza con
quattro combinazioni: AaBb in cui sono presenti entrambi gli alleli dominanti dei caratteri, Aabb e
aaBb in cui è presente almeno un allele dominante ma gli altri sono in forma recessiva, aabb in cui
gli alleli sono tutti recessivi e il fenotipo è lo stesso del genitore omozigote recessivo. La probabilità
che si formino queste quattro combinazioni fenotipiche sarà del 25%, la stessa che si ha per la
formazione dei gameti. Questo è ciò che accade quando si svolge il test cross tra un doppio
eterozigote e un doppio omozigote recessivo per due caratteri che hanno loci su coppie di
cromosomi differenti, viene quindi rispettato la terza legge di Mendel.

La situazione cambia se i 2 caratteri hanno i loci sulla stessa coppia di cromosomi, siamo dunque in
linkage, i 2 geni sono concatenati. Si ripropone l'esperimento di test cross con le stesse modalità,
prendendo quindi in esame un individuo doppio eterozigote(CcDd ) e un individuo doppio
omozigote recessivo (ccdd), questa volta i caratteri studiati sono C e D. Apparentemente ,non
conoscendo la posizione dei geni sui due cromosomi, la situazione è la stessa che si ha
nell'indipendenza dei caratteri, ma al momento della formazione dei gameti, nonostante l'individuo
doppio eterozigote possa produrre quattro tipi di gameti differenti( CD, Cd, cD, cd), le
combinazioni non vengono prodotte con la stessa probabilità. Tra le quattro classi di gameti due
saranno molto più frequenti delle altre due rimanenti e saranno quelle che derivano direttamente da
uno dei due individui che li hanno introdotti nella generazione, in altre parole derivano da uno dei
due cromosomi omologhi su cui sono mappati i geni per C e D. Le combinazioni con maggior
frequenza saranno: CD e cd. Le coppie Cd e cD derivano dall'eventuale, ma non obbligatorio,
crossing-over tra i loci per i due geni. Nella generazione quindi si riscontreranno sempre quattro
classi fenotipiche:
CcDd con fenotipo identico a quello del genitore doppio eterozigote
Ccdd e ccDd due fenotipi derivanti dalla presenza di un allele dominante per uno dei due caratteri
ccdd con fenotipo identico al genitore omozigote recessivo

La differenza quindi tra questo e il primo caso studiato sta nella frequenza con cui le quattro
combinazioni si presentano che, allo stesso modo, dipenderà dalla frequenza con cui i gameti del
doppio eterozigote verranno prodotti. I due fenotipi CcDd e ccdd saranno i più frequenti( 88% dei
casi in totale, 44% per la singola combinazione) perché, allo stesso modo dei gameti, sono diretta
espressione di uno dei due genitori e sono detti appunto “ fenotipi parentali”. Gli altri due invece, in
quanto conseguenza del crossing-over avvenuto durante la meiosi, sono detti “fenotipi
ricombinanti”; quindi le combinazioni Ccdd e ccDd si presentano in totale nel 12% dei casi, che si
riflette nella formazione di un 6% di gameti Cd e di un 6% di gameti cD.

Al variare della distanza tra due geni su due cromosomi in linkage varia la probabilità che si
verifichi il crossing-over, varia quindi la possibilità di una ricombinazione dei loci. La probabilità
di crossing-over esprime quindi la distanza fisica tra i due loci, infatti l'analisi di linkage viene
utilizzata proprio per costruire le mappe tra i geni sullo stesso cromosoma e per far chiarezza
sull'effetto di un gene e la sua posizione. La frequenza di ricombinazione quindi varia in base a:
distanza fisica
presenza di un crossing-over nelle vicinanze
doppi scambi
disposizione dei loci in regioni critiche del genoma
sesso
1)DISTANZA FISICA:
Partendo dal primo punto che riguarda la distanza fisica tra i geni, si può dire che maggiore è la
distanza, maggiore è la frequenza di ricombinazione. La frequenza con cui si genera una
discendenza ricombinante è proporzionale, entro certi limiti, alla distanza tra i loci genici presi in
considerazione. La percentuale di ricombinazione è cioè espressione della distanza tra i due loci. La
distanza in base alla percentuale di ricombinazione tra i due loci quindi può essere espressa come
unità di mappa o centiMorgan (cM). 1cM è pari all'1% di frequenza di ricombinazione e
quindi a una distanza di circa un milione di nucleotidi(1Mb, milione di paiabasi). Quindi due geni
a 1cM di distanza hanno una probabilità dell'1% di essere separati dal crossing- over.

2)PRESENZA DI CROSSING OVER NELLE VICINANZE

Quando la distanza è eccessivamente piccola (minore dell'1%) la regola generale su distanza e
frequenza di ricombinazione viene meno, dal momento che sopraggiunge un fenomeno detto
interferenza, che rende meno probabile uno scambio tra due loci dei quattro cromatidi della
tetrade se già avvenuto un crossing-over nelle immediate vicinanze. Questo è spiegabile con
l'ipotesi che ci sia un meccanismo di protezione del processo di ricombinazione; poiché devono
intervenire una serie di enzimi per far sì che i due cromosomi vengano tagliati nella posizione
corretta e che le due estremità di ognuno dei due cromatidi vengano poi risaldate con il nuovo
assortimento, noto inoltre che questi processi debbano essere molto accurati, si giunge alla
conclusione che alla cellula verrebbe richiesta una notevole quantità di lavoro, per questo due
crossing-over immediatamente vicini sono altamente improbabili.

3)DOPPPI SCAMBI
Nel caso opposto al precedente, quando la distanza tra i loci supera il 15-20% non esiste più un
rapporto diretto tra distanza dei loci e frequenza di ricombinazione.
Inoltre quando i loci si trovano a distanze molto elevate ( superiori al 20%) è probabile che si
verifichino due crossing-over piuttosto che uno solo, ci troviamo di fronte al fenomeno dei doppi
scambi . I due scambi intervengono perché la grande distanza tra i loci rende possibile la
concomitanza di due crossing-over.
Primo caso.Nell'immagine si vede una tetrade in cui compaiono due cromosomi dicromatidici, il
paio in alto di origine materna, quello in basso di origine paterna L'individuo è triplo eterozigote
per i caratteri C,D ed E. L'individuo in considerazione ha configurazione cis per i tre loci, su un
cromosoma dicromatidico ha tutti i gli alleli in forma dominante e sull'altro in forma recessiva. In
questa tetrade avvengono due crossing-over. Ci sono diverse possibilità, nel prima caso il primo
crossing-over avviene tra il cromatide materno più esterno(materno) e quello più in basso di origine
paterna, il secondo scambio che avviene contemporaneamente coinvolge gli altri due cromatidi dei
due cromosomi omologhi in una posizione compresa tra C e D. Dopo la risoluzione del crossing
over, quindi alla fine della profaseI, il cromatide in alto per C ed E ha una configurazione trans, un
allele è in forma dominante(C) , l'altro è in forma recessiva(e), il cromatide quindi è in forma
ricombinata. Il secondo cromatide si trova anch'esso in configurazione trans, perciò è ricombinato.
Entrambi quindi costituiranno gameti ricombinanti. Il terzo per i geni C ed E appare comunque in
configurazione trans, come anche l'ultimo, di conseguenza nessuno dei due avrà configurazione
parentale e saranno perciò ricombinati. In questa situazione in cui avvengono due crossing-over tra
i loci C ed E e riguardano tutti e quattro cromatidi, si ha la produzione di quattro gameti su quattro
ricombinati, non ci saranno gameti parentali.

Secondo caso. Il cromatide materno più in alto scambia con una dei due cromatidi di origine
paterna( il terzo in figura) all'altezza del locus tra i D ed E, alla stesso tempo lo stesso cromatide
paterno scambia con il secondo cromatide di origine materna della posizione tra C e D. Il risultato è
che il primo cromatide del primo cromosoma è in configurazione trans per C ed E, infatti l'allele e
dominante è stato sostituito con il recessivo e. Il secondo sempre per gli stessi geni ha
configurazione cis, nonostante presenti l'allele recessivo d al posto di quello dominante, di fatto
quindi solo il primo sarà ricombinato. Il discorso è analogo per il terzo cromatide che per i caratteri
C ed E si trova in configurazione trans, dal momento che c è in forma recessiva, mentre E è
dominante. Il quarrto sarà in configurazione cis, infatti sia c che e saranno recessivi. Anche in
questa coppia quindi solo uno dei cromatidi sarà ricombinato. Nonostante il numero di scambi sia lo
stesso del primo caso, in questa situazione solo due gameti dei quattro prodotti saranno ricombinati.

Terzo caso. Il secondo cromatide della coppia di origine materna scambia due volte, una volta nella
zona tra i geni C e D con il primo cromatide della coppia paterna, e la seconda volta con il secondo
cromatide paterno nella zona tra D ed E. In questo caso saranno il primo cromatide materno e il
primo paterno ( il primo e terzo in figura) ad avere configurazione cis per i geni C ed E;quello
materno avrà entrambi gli alleli dominanti, quello paterno entrambi gli alleli recessivi. Invece gli
altri cromatidi rimasti, il secondo materno e il secondo paterno, avranno configurazione trans e
saranno ricombinati. Nella produzione di gameti quindi ci saranno sempre due che saranno
parentali(cis9 e due invece che saranno ricombinati(trans).

Quarto caso. i due scambi riguardano solo due dei quattro cromatidi a disposizione nella tetrade.
Sia il primo cromatide materno che il secondo paterno non scambiano geni, per cui rimangono in
configurazione cis. Gli scambi avvengo tra il secondo cromosoma materno e il primo paterno, nei
luoghi C e D e tra D e E. al termine degli scambi si vede che per i geni considerati, quindi sempre C
ed E entrambi i cromatidi rimangono in configurazione cis, quindi sono sempre di tipo parentale. In
quest'ultimo caso dunque nella produzione di gameti non ci saranno ricombinazioni, di fatto
saranno tutti di tipo parentale.

Quindi per i loci C ed E la frequenza di ricombinazione è data dal rapporto tra numero di gameti
ricombinati(n.8) e numero totale di gameti prodotti (n.16). In questo caso avremo il 50% di
frequenza di ricombinazione, quindi il 50% di produzione di gameti ricombinati. Questo rende noto
che quando due caratteri hanno i loci in linkage ma ad una distanza notevole per effetto dei doppi
scambi la situazione appare simile a quella dell'indipendenza tra i caratteri. Se il 50% di gameti sarà
parentale e il 50% ricombinato, la situazione sarà analoga all'indipendenza; in quanto in questo
caso, noto che la metà dei gameti avrà entrambi i caratteri dominanti o entrambi i caratteri recessivi
e l'altra metà un carattere dominante e l'altro recessivo, la frequenza di produzione degli stessi sarà,
in senso probabilistico, identica.

In conclusione, guardando alla sola produzione di gameti in cui compare il 50% di ricombinazione,
non sembra possibile stabilire se si tratti di geni in linkage a grande distanza e quindi soggetti a
doppi scambi o geni tra loro indipendente. Prendiamo come esempio una situazione in cui abbiamo
due caratteri B e C, i cui loci presentano una frequenza di ricombinazione del 50%, e poniamo che
l'obiettivo sia di scoprire se questi sia tra loro indipendenti, quindi su coppie di cromosomi
differenti, o in linkage. Quindi per risolvere la situazione bisogna considerare un terzo carattere per
esempio Dd, che è già noto per essere in linkage con uno dei primi due, per esempio B con una nota
percentuale di ricombinazione, in questo caso del 20%.Quindi B e D sono presenti sullo stesso
cromosoma e distano circa 20 cM. Studiamo come il nuovo carattere si ricombina con C, di cui non
sappiamo la posizione rispetto a B. Si svolge sempre il test cross, incrociando CcDd con ccdd,
quindi un doppio eterozigote e un doppio omozigote recessivo. Se nella discendenza dovesse
risultare che i fenotipi CD e cd (dominante per entrambi i caratteri e recessivo per entrambi i
caratteri) sono prevalenti (75%) rispetto agli altri due si desume che i due geni sono in linkage,
perchè le combinazioni fenotipiche diverse da quelle parentali Cd e cD sono molto meno
abbondanti (25%).
Ma noto che B e D distano 20 cM, dal momento che la loro frequenza di ricombinazione è del 20%
e che sono in linkage, la probabilità che si producano fenotipi non parentali Bd e bD è del 10% per
ogni coppia( i fenotipi parentali BD/bd hanno probabilità del 40% ognuno). Perciò andando a
ricostruire il quadro: se B e C sono in linkage, C e D sono in linkage, la frequenza di
ricombinazione tra C e D al 50%, può essere spiegata ammettendo che questi siano tra loro talmente
lontani da sembrare indipendenti, ma in realtà sono anch'essi concatenati.
Si prova dunque a ricostruire la mappa della della regione cromosomica tra i loci B, C e D avendo
ormai stabilito che si trovano tuttu sullo stesso cromosoma.

I nostri dati sono sulle frequenze di ricombinazione sono:

B e C 50% o 50 cM
B e D 20% o 20 cM
C e D 25% o 25 cM

Per cui l'unico ordine che soddisfa le misure ottenute dai dati rilevati è:
-------B------D--------C-------

Senza la considerazione del gene D, l'enorme distanza tra i gene B e C non avrebbe mai permesso di
stabilire se fossero o in linkage o indipendenti.

4)REGIONI CRITICHE
Ci sono delle zone all'interno del genoma in cui la frequenza di ricombinazione cambia e sono dette
regioni critiche e sono centromeri e telomeri. A livello dei centromeri dei cromosomi è ridotta
la possibilità che si verifichi un crossing-over. Questo accade perché le regioni centromeriche sono
le zone in cui le fibre del fuso meiotico e quindi è meno probabile che qui si verifichino i processi
di “taglia e cuci” del crossing-over. Mentre a livello dei telomeri la frequenza di ricombinazione è
più elevata rispetto ad un braccio lungo o ad un braccio corto del cromosoma.

5)SESSO
Nella donna la probabilità che si verifichi ricombinazione è doppia rispetto che nell'uomo. Questo
perché nella meiosi femminile il crossing-over avviene molto più spesso, il vero motivo non è certo,
ma si ritiene che possa trattarsi di una sorta di meccanismo di compensazione al fatto che il maschio
ha molte più cellule gametiche a disposizione e molto più tempo per fare in modo che avvenga
ricombinazione.
EREDITARIETA' MONOGENICA
Di seguito viene riportata un'immagine in cui compaiono tutti i simboli utili alla lettura degli alberi
genealogici.

5)
ERITARIETA' AUTOSOMICA DOMINANTE

1il carattere è trasmesso verticalmente all'albero genealogico dai genitori ai figli

2assenza di salto di generazione
3i due sessi presentano il carattere in proporzioni uguali
4i due sessi trasmettono l carattere ai figli maschi e alle figlie femmine nella sessa percentuale
Per geni frequenti, non invalidanti, relativamente elevata la percentuale di individui omozigoti
dominanti(10-70%)
Es: calvizie,fossetta del mento, brevità della falange intermedia.