Microbiologia Appunti Tutte
Microbiologia Appunti Tutte
MICROBIOLOGIA
Fausto Baldanti. [Link]@[Link] [Link]@[Link]
Esame: quiz risposta multipla sia per microbiologia sia per microbiologia clinica + una domanda aperta di
microbiologia clinica.
Le forme viventi che causato le infezioni sono state scoperte nel 19° secolo, grazie alla scoperta del
microscopio luce.
La microbiologia
Tecniche microbiologiche usate per vedere i batteri/funghi
Microscopia luce (risoluzione 0.2 microns) si videro
Tecniche colturali (generiche e selettive) da pochi batteri si scopre che si riproducono
Iniziali saggi sierologici
Modelli animali
Si è associato, in un secondo momento, questi batteri alla malattia, in quanto si è scoperto che una data
malattia, come la polmonite, è data dagli stessi batteri.
I postulati di Koch (o postulati di Henle-Koch) sono dei criteri destinati a stabilire la relazione di causa-
effetto che lega un microrganismo a una malattia.
Robert Koch fu il primo ad adottare sperimentalmente alcuni criteri, già in precedenza formulati da Friedrich
Gustav Jakob Henle, che altro non sono se non quattro regole generali per stabilire se un certo
microrganismo sia o meno la causa di una certa malattia. Koch isolò dai tessuti di animali malati i bacilli
del carbonchio, li coltivò in laboratorio e ne identificò il ciclo vitale di tipo sporigeno. Attraverso
l'inoculazione delle cellule in animali non affetti da alcuna patologia osservò l'insorgenza della malattia e la
possibilità di isolare tale microrganismo dal tessuto degli animali infettati sperimentalmente. Questi criteri
sono conosciuti appunto come postulati di Koch
1. il presunto agente responsabile della malattia in esame deve essere presente in tutti i casi riscontrati
di quella malattia.
2. deve essere possibile isolare il microrganismo dall'ospite malato e farlo crescere in coltura pura
3. ogni volta che una coltura pura del microrganismo viene inoculata in un ospite sano (ma suscettibile
alla malattia), si riproduce la malattia
4. il microrganismo deve poter essere isolato nuovamente dall'ospite infettato sperimentalmente
Se positivi, abbiamo la prova della patogenicità del microrganismo e della sua influenza in un determinato
quadro patologico.
Questi postulati, per quanto estremamente potenti, hanno evidenti limiti sperimentali:
Nell’800 Pasteur riuscì a determinare che l’agente eziologico per la rabbia e previde l’esistenza di un
patogeno troppo piccolo per essere rilevato utilizzando un microscopio. Nel 1884, il microbiologo francese
Charles Chamberland inventò un filtro (conosciuto con il nome di ‘’filtro di Chamberland’’) con pori più
piccoli dei batteri. (Si notò che l’efficacia dei batteri risultava sempre costante, al contrario dei virus, non
perdeva di efficacia.)
Così, egli poteva passare una soluzione contenente batteri attraverso esso e quindi rimuoverli completamente
dalla soluzione. Nel 1892, il biologo russo Dmitri Ivanovsky utilizzò questo filtro per studiare quello che
oggi è conosciuto come il virus del mosaico del tabacco.
Virus= veleno. A differenza dei batteri si ‘’diluisce’’ nella propagazione, non tutti i sog ne hanno, quindi, la
stessa quantità.
Rabbia: influenza il SN.
Nei primi anni del ‘900 gli esperimenti di Dmitri Ivanovsky hanno dimostrato che estratti di foglie da piante
di tabacco schiacciate e infettate rimangono infettive durante la filtrazione. Ivanovsky suggerì che l’infezione
poteva essere causata da una tossina prodotta da batteri, ma non approfondì la questione. Al momento si
pensava che tutti gli agenti infettivi potessero essere trattenuti dai filtri e coltivati su un terreno nutritivo. Nel
1898, il microbiologo olandese Martinus Beijerinck ripetè gli esperimenti e si convinse che la soluzione
filtrata conteneva una nuova forma di agente infettivo. Egli osservò che questo agente si moltiplicava solo
nelle cellule che si stavano dividendo, ma poiché i suoi esperimenti non mostrarono che fosse fatto di
particelle, lo chiamò contagium vivum fluidum (solubile germe di vita), e reintrodusse la parola virus.
Beijerinck sostenne che i liquidi fossero liquidi in natura, una teoria screditata successivamente da Wendell
Meredith Stanley, che dimostrò che erano delle particelle. Nello stesso anno Friedrich Loeffler e Paolo
Frosch isolarono il primo virus animale, l’agente dell’alfa epizootica (aphthovirus), attraverso un filtro
simile.
Il microscopio elettronico è un tipo di microscopio che non sfrutta la luce come sorgente di radiazioni, ma un
fascio di elettroni. Fu inventato dai tedeschi Ernest Ruska Max Knoll nel 1931.
Il microscopio elettronico utilizza un fascio di elettroni, anziché di fotoni come un microscopio ottico, in
quanto i fotoni che compongono un raggio di luce possiedono una lunghezza d'onda maggiore rispetto a
quella degli elettroni. Dato che il potere di risoluzione di un microscopio è inversamente proporzionale alla
lunghezza d'onda della radiazione che esso utilizza, usando un fascio di elettroni è possibile raggiungere una
risoluzione parecchi ordini di grandezza superiore.
La microbiologia non studia solo i batteri non visibili ad occhio nudo, essa studia (per ordine di grandezza):
eucarioti multicellulari
eucarioti monocellulari
i procarioti, ovvero i batteri
virus
Nella seconda metà del ‘900, grazie a diversi studi, si scoprì che molte malattie furono causate da virus e
batteri, capendo inoltre che un dato virus va ad intaccare solo una data cellula.
La particella virale è chiamata virione, costituita da un involucro proteico che contiene un genoma (DNA
circolare, lineare singolo o doppio/ RNA singola elica positiva e singola elica negativa, doppio, lineare,
circolare e segmentata), DNA e RNA insieme.
L’involucro proteico è chiamato capside, al di fuori di esso, alcuni virus, hanno l’Envelope.
Vi sono virus che possono stare nell’organismo per diverso tempo senza manifestarsi, comportando problemi
in futuro, per esempio il papilloma virus che comporta il tumore.
Il dogma della biologia molecolare: il DNA si è formato dopo l’RNA. Fondamentale è come si forma il
mRNA. Il virus a filamento positivo è già pronto, il virus a filamento negativo necessita di RNA polimerasi.
Allo stato attuale, il dogma centrale è rassegna dei meccanismi alla base dell'espressione genica, in quanto
nel tempo sono stati scoperti meccanismi biologici che espandono questa descrizione. Nel sistema
dell'espressione genica cellulare sono identificabili tre punti che rappresentano la direzione fondamentale del
flusso di informazione genetica:
L'informazione genetica è conservata negli acidi nucleici DNA ed RNA (come in alcuni virus), che
possono essere duplicati per la propagazione dell'informazione.
Il DNA, per essere espresso nella cellula, viene trascritto sotto forma di RNA. L'RNA, presente in
alcuni virus come informazione genetica, può essere retrotrascritto in DNA.
L'RNA (se codificante) è tradotto in proteine, concepite come la forma operativa e terminale delle
informazioni contenute nel genoma.
CLASSIFICAZIONE VIRUS
La classificazione dei virus è il processo attraverso cui i virus vengono denominati ed inseriti in un
sistema tassonomico. Similmente al sistema di classificazione utilizzato per gli organismi cellulari, la
classificazione dei virus è soggetta a dibattito continuo. Ciò è dovuto principalmente alla natura incerta dei
virus, che non sono stati definitivamente classificati né come organismi viventi né come non viventi. Per
questo, non rientrano perfettamente nella classificazione biologica utilizzata per gli organismi cellulari.
I virus sono classificati principalmente in base a caratteristiche fenotipiche, quali morfologia, tipo di acido
nucleico, modo di replicazione, organismo ospite e patologia. Sono due i principali schemi attualmente in
uso per la classificazione dei virus, il sistema dell'International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) e
la Classificazione di Baltimore.
Caratteristiche fenotopiche
morfologia
tipo acido nucleico presente nel virione
modalità di replicazione
Cellula/organismo ospite
Batteri
Pianti
Animali (mammiferi, uccelli, insetti etc..)
Tipo di malattia di cui sono responsabili
Virus respiratori
Virus gastroenterici
Virus Neurotropi
Virus Epatitici
Virus Oncogeni
Virus opportunistici
La classificazione dei virus di Baltimore
La classificazione dei virus di Baltimore si basa sui meccanismi di produzione dell’mRNA.
I virus devono generare mRNA dai loro genomi per produrre proteine e replicarsi, ma per ottenere questo
risultato vengono utilizzati diversi meccanismi in ogni famiglia di virus. I genomi virali possono essere a
singolo filamento (ss) o a doppio filamento (ds), possono contenere sia DNA che RNA, inoltre possono o
meno utilizzare la transcriptasi inversa. I virus ssRNA possono essere sia di senso positivo sia di senso
negativo.
INFEZIONI
Le infezioni sono causate da microorganismi patogeni come batteri, virus, parassiti e funghi. L’infezione può
essere diretta, indiretta, da una persona all’altra.
Le infezioni zootiche… sono infezioni degli animali che causano una malattia e possono essere trasmesse
agli umani.
malattia: è caratterizzata dalla presenza di sintomi (ciò che vedo) e dall’uso di segni (analisi/esami).
L’infezione diviene malattia quando gli si associano i sintomi e i segni.
infezione: presenza di un agente nell’individuo, può essere asintomatica (es. HiV positivo, ho il virus ma non
è attivo).
Trasmissione gastro-intestinale:
1. il virus entra nella bocca attraverso cibo o bevande contaminate
2. il virus viaggia verso l’epitelio dell’orofaringe e entra in circolo nel sangue
3. il virus si diffonde al fegato dove entra negli epatociti o nelle cellule di Kuppfer e lì si replica.
4. Il virus viene rilasciato nella bile e si diffonde mediante le feci.
L’immunità aspecifica o innata è una immunità di tipo non specifico presente sin dalla nascita, ovvero nei
soggetti il cui sistema immunitario non si è ancora sviluppato e non è, quindi, in grado di dare risposte
specifiche e selettive agli agenti patogeni. Detta anche immunità naturale, ereditaria o costitutiva,
rappresenta la prima linea difensiva nei soggetti non immunizzati. Questa prima linea difensiva
dell’organismo è il sistema di difesa più antico ed è comune a tutti gli organismi pluricellulari, compresi gli
insetti e le piante.
Fanno parte del sistema immunitario innato i linfociti NK (Natural killer), i mastociti, gli eosinofili, i
basofili, i macrofagi, i neutrofili e le cellule dendritiche: queste cellule hanno, tra loro, meccanismi di
funzionamento molto diversi, ma sono tutte in grado di eliminare e/o di identificare gli agenti patogeni.
L’immunità specifica o adattativa, nota anche come immunità acquisita, rappresenta l’insieme delle risposte
di tipo specifico attivate dal sistema immunitario verso i microrganismi patogeni. Può essere acquisita in
modo naturale e attivo (quando, cioè, il sistema immunitario conserva il ricordo di malattie già avute, detta
immunità acquisita naturale attiva), in modo naturale ma passivo (dovuta, ad esempio, ad anticorpi
preformati di origine materna, detta anche immunità acquisita naturale passiva o immunità del neonato), in
modo artificiale (mediante la somministrazione di vaccini e sieri, detta anche immunità acquisita artificiale).
Mentre l’immunità aspecifica è il sistema di difesa più antico che si ritrova in tutti gli organismi
pluricellulari, compresi insetti e piante, l’immunità specifica o acquisita compare con i vertebrati.
In presenza di un microrganismo patogeno l’immunità specifica si basa sull’attivazione mirata dei linfociti B
e T, cellule specializzate in funzioni immunitarie, ed è caratterizzata dall’importante specificità dei recettori
coinvolti (gli anticorpi nel caso dei linfociti B e il cosiddetto recettore delle cellule T, ovvero il T-cell
receptor, nel caso dei linfociti T).
Le strategie attraverso cui opera l’immunità specifica sono due e collaborano strettamente tra loro:
l’immunità umorale (ovvero per via ematica) e l’immunità cellulo-mediata. Nel primo caso a intervenire
sono i linfociti B, che si attivano per produrre anticorpi con i quali debellare gli agenti infettivi. Nel secondo
caso ad agire sono i linfociti T che si attivano per secernere alcune molecole infiammatorie, le citochine, e
rivelando le loro proprietà citotossiche. L’immunità specifica rappresenta il sistema attraverso cui un
organismo si difende in modo specifico e mirato dalla presenza di agenti che gli sono estranei.
Interferone
La sintesi ed il rilascio di interferone (IFN) sono spesso indotti dall’infexione virale. L’IFN si lega ad un
recettore glangliosidico sulla membrana di un’altra cellula e induce la produzione di enzimi che rendono la
cellula resistente all’infezione virale.
Gli enzimi più importanti sono:
oligo(a)sintetasi e una specifica protein-chinasi. Quando una cellula stimola l’IFN viene infettata, la sintesi
delle proteine è inibita da un endoribonucleasi attiva che degrada l’RNA virale. Una protein-chinasi attiva
fosforila, inattivandolo, il fattore di inizio richiesto per la sintesi delle proteine virali.
GAESTROENTERITI VIRALI
La gastroenterite è un’infiammazione dello stomaco e dell’intestino. Può essere causata da batteri, virus e
parassiti.
Il virus arriva all’intestino mediante la bocca e nella mucosa intestinale trova la condizione ideale per
favorire la replicazione, la replicazione a sua volta, crea danni all’uomo.
La gastroenterite acuta è la principale causa di morte, si stimano 3-5 milioni di morti all’anno, soprattutto nei
paesi in via di sviluppo. I bambini, sotto i 5 anni, sono i soggetti maggiormente colpiti. È dal 1940 che si è
scoperto che sono i virus la causa della gastroenterite.
Tra i virus più conosciuti che causano le gastroenteriti virali ci sono:
Rotavirus (genoma a RNA)
Norovirus (genoma a RNA)
Adenovirus (genoma a DNA)
Astrovirus (genoma a RNA)
Solitamente in qualche giorno la condizione sparisce, ma spesso può avvenire la disidratazione, è quindi
importante assumere fluidi e elettroliti per reidratarsi; per alcuni pazienti (immunocompromessi, anziani,
bambini, neonati) però, è necessaria un’idratazione per via
endovenosa.
Terapia:
attualmente non esistono specifici farmaci antivirali
per combattere rotavirus, norovirus, adenovirus e
astrovirus.
Non vi sono antibiotici, in quanto si tratta di
farmaci comuni per i batteri e non per i virus.
Diagnosi
Si effettua mediante un esame svolto dal laboratorio di virologia.
Si raccoglie un campione delle feci in provetta. Si tratta di un esame diretto in cui il virologo cerca nel
materiale biologico la presenza di virus.
Con il test immunocromatografico si ricerca il Rotavirus e l’Adenovirus nelle feci, è un test semplice,
sensibile e specifico. Si utilizza una piccola parte di materiale biologico che viene posto su una card
assorbente e per assorbimento arriveranno alla casellina successiva, in base alla leggenda si comprende se la
persona è affetta.
Se il test fornisce:
una sola banda verde negativo
una verde e una rossa positivo a Rotavirus
una banda verde e una blu Adenovirus positivo
Un altro esame è la PCR, volta a ricercare il genoma virale, prima di procedere con questo esame è
necessario trasformare l’RNA in DNA.
FINIRE
Tra tutti e due gli esami, quello maggiormente efficace è quello volto a ricercare il genoma virale.
ROTAVIRUS
Il Rotavirus fa parte della famiglia dei Reoviridae. È stato descritto per la prima volta nel 1973, si tratta di un
virus caratterizzato dalla mancanza di enveloped e ha un diametro di 70nm; il suo genoma è a RNA.
È il principale virus che causa gastroenterite nei bambini, nei paesi in via di sviluppo tutti i giorni muoiono
bambini a causa di Rotavirus, negli adulti è molto meno frequente (colpiti maggiormente anziani e
immunodepressi).
La necessità di un'efficace immunoprofilassi contro la gastroenterite rotavirale ha stimolato l'interesse per gli
aspetti biochimici, molecolari, genetici e clinici di questi agenti allo scopo di sviluppare vaccini sicuri ed
efficaci. Poiché gli anticorpi neutralizzanti sembrano svolgere un ruolo importante nella protezione contro
molte malattie virali, gli antigeni del rotavirus che inducono anticorpi neutralizzanti hanno svolto un ruolo
centrale nella ricerca e nello sviluppo di un vaccino contro il rotavirus.
La glicoproteina VP7 e la proteina spike VP4 che costituiscono il capside esterno di una particella di
rotavirus completa hanno dimostrato di essere antigeni di neutralizzazione indipendenti. Poiché la specificità
del tipo delle proteine del capside esterno di un rotavirus sembra svolgere un ruolo importante nella
protezione contro la malattia in modelli animali sperimentali, sono stati fatti sforzi continui per la
classificazione e la tipizzazione delle specificità di neutralizzazione sulla proteina capside VP7 o VP4.
I genotipi possono fornire indicazioni per la classificazione, ma il sierotipo di un ceppo dovrebbe essere
basato sulla neutralizzazione.
Questa epidemia è tipica di persone che viaggiano in paesi in via di sviluppo, chi lavora in case di riposo,
altri fattori tipici della contaminazione sono i cibi e l’acqua contaminata.
La modalità di trasmissione:
bevendo acqua contaminata da feci infette;
contatto tra persone (ciclo oro-fecale);
via respiratorio (aspetto in corso di studio);
a | Rotarix è un vaccino anti-rotavirus umano attenuato costituito da un ceppo umano P1A [8] G1, VP6
sottogruppo II e NSP4 geno-group B adattato alla cultura tissutale. b | RotaTeq è un vaccino di riassortimento
umano bovino (WC3) composto dai cinque ceppi mostrati, ciascuno contenente un gene umano del rotavirus
codificante per la proteina neutralizzante VP7 di diversi sierotipi. In particolare, nei virus WI79-9 e SC2-9
(l'ultimo è stato utilizzato per creare il primo), i geni 3 (VP3) e 9 (VP7) sono di origine umana. Sebbene VP6
e NSP4 possano potenzialmente essere gli obiettivi degli anticorpi protettivi, il loro ruolo nell'immunità dalle
malattie negli esseri umani è sconosciuto.
NOROVIRUS
Il passato si chiamava Norwalk-like viruses, appartiene alla famiglia dei Caliciviridae e ha un genoma a
singolo filamento di RNA; fu scoperto nel 1993. Si suppone che la principale fonte è il maiale (in corso di
ricerca).
Si suddividono in 5 genogruppi: G1, G2, G3, G4, G5 (1-2-4 riguardano l’uomo, il 3-5 riguardano gli
animali)
È il virus che causa la maggior parte delle gastroenteriti nell’adulto (circa 68-80%) dei paesi industrializzati.
I Norovirus sono agenti altamente contagiosi, hanno diverse caratteristiche per favorire una rapida
diffusione: bassa dose di infezione, sono resistenti alle alte temperature e si trasmettono sia prima del
contagio sia dopo 8 settimane da esso.
Dopo l'infezione, l'immunità al norovirus è solitamente incompleta e temporanea. Esiste una predisposizione
ereditaria all'infezione e gli individui con sangue di tipo O sono più spesso infetti, mentre i gruppi sanguigni
B e AB possono conferire una protezione parziale contro l'infezione sintomatica.
I focolai di infezione da norovirus si verificano spesso in comunità chiuse o semichiuse, come strutture di
assistenza a lungo termine, campi durante la notte, ospedali, prigioni, dormitori e navi da crociera in cui
l'infezione si diffonde molto rapidamente o attraverso la trasmissione da persona a persona o attraverso cibo
contaminato. Molti focolai di norovirus sono stati rintracciati al cibo che è stato gestito da una persona
infetta.
Vie di trasmissione:
persona-persona
acqua contaminata
molluschi (vissuti in acqua contaminata)
ingerendo cibi contaminati
portatore sano che entra a contatto con i cibi
Le vie di contaminazione sono i centri diurni, caserme, viaggi, eventi sportivi, ospedali ecc..
I sintomi sono:
diarrea acquosa
cefalea può durare anche 48 ore.
vomito
crampi addominali
febbre
freddo
ADENOVIRUS
È un virus appartenente alla famiglia delle Adenoviridae. È un virus con genoma a DNA, con l’envelop, il
suo diametro è di 70nm e la sua simmetria è icosaedrica. Vi sono 56 adenovirus, divisi in 6 sottogeneri, a
seconda del tipo causano diversi tipi di infezione, quelli che causano gastroenteriti appartengono al
sottogenere F, in particolare i sierotipi 40 e 41); rare sono le gastroenteriti causate dai sierotipi 31, 12 e18,
appartenenti al sottogenere A e, i sierotipi 1, 2, 5, e 6 appartenenti al sottogenere C.
La gastroenterite correlata all’adenovirus si verifica nei bambini sotto i due anni di età e le infezioni
sintomatiche negli adulti non sono comuni. L’infezione per adenovirus può essere trasmessa per via oro-
fecale. La diarrea è molto più comune del vomito e spesso si presentano disturbi respiratori.
Si tratta di un tipo di infezione molto grave per i pazienti oncoematologici, soprattutto in coloro trapiantati di
cellule staminali, può essere un’infezione virale.
ASTROVIRUS
È un virus appartenente alla famiglia degli Astroviridae. È un virus con un genoma a RNA, con diametro di
41nm, ha un aspetto di icosaedro con punte ben definite.
La famiglia Astroviridae comprende due generi: Mamastrovirus che infettano i mammiferi e gli avastrovirus
che infettano gli uccelli. In ogni genere ci sono specie di astrovirus, ciascuno con il nome dell'ospite in cui si
replicano. Gli astrovirus sono ulteriormente sottoclassificati in sierotipi.
Gli astrovirus hanno un aspetto simile a una stella con cinque o sei punti. Il loro nome deriva dalla parola
greca "astron" che significa stella. Sono virus a RNA senza involucro con capsidi cubici.
Gli astrovirus hanno un genoma composto da un singolo filamento di RNA di senso positivo lungo 6,8-7,9
kb.
Il genoma è organizzato in 3 frame di lettura aperti (ORF) con una sovrapposizione di circa 70 nucleotidi tra
ORF1a e ORF1b. L'ORF rimanente è noto come ORF2.
L’infezione da Astrovirus sintomatica si verifica soprattutto nei bambini piccoli e può essere trasmetta per
via oro-fecale. La diarrea ha una durata inferiore ed è meno grave di quella causata da altri virus enterici, la
febbre e il vomito sono meno frequenti.
SAPOVIRUS
È stato scoperto per la prima volta nel 1979 durante un focolaio in un orfanotrofio a Sapporo, in Giappone
(Chiba s. Et al., J Med Virol 1979) singolo virus a RNA a catena positiva appartenente alla famiglia
Caliciviridae. I virioni sono composti da una singola proteina capside strutturale, con simmetria icosaedrica.
È un’importante causa di gastroenterite nei bambini di età inferiore ai 5 anni, di minore importanza negli
adulti.
CONCLUSIONI
Le infezioni da gastroenterite virale rimangono una causa significativa di morbilità e mortalità in tutto il
mondo. L'immunità sembra essere acquisita per la maggior parte degli agenti virali fin dall'infanzia, ma può
essere persa negli immunosoppressori o negli anziani. Gli agenti anti-virali specifici non sono attualmente
disponibili e i trattamenti non-specifici diversi dalla reidratazione non sono stati ampiamente stabiliti. La
vaccinazione per il Rotavirus potrebbe ridurre la morbilità e la mortalità in tutto il mondo e lo sviluppo di un
vaccino per il Norovirus è auspicabile per il beneficio di un gruppo di adulti ad alto rischio, come i residenti
delle case di cura, in futuro.