PER IL FINGERPRINTING
METABOLOMICO
METABOLOMICA
La metabolomica la pi giovane delle omics technologies, e gode di
crescente popolarit. E una tecnologia funzionale finalizzata ad identificare,
quantificare e caratterizzare simultaneamente centinaia/migliaia (circa
fisiologici, allo sviluppo e allo stato patologico di una cellula, tessuto, organo o
dell intero organismo. Essa capace di generare una foto istantanea dello
stato metabolico del sistema biologico in esame.
Metabolomica
A differenza della genomica, infatti, che valuta ci che potrebbe succedere ma non
necessariamente successo, la metabolomica (dal greco metabol, che significa
cambiamento) fotografa quello che effettivamente si verificato.
METABOLOMICA
METABOLOMICA
METABOLOMICA
METABOLOMICA
10
METABOLOMICA
Quale piattaforma analitica bisogna impiegare?
METABOLOMICA
12
METABOLOMICA
13
TECNICHE ANALITICHE
PER IL FINGERPRINTING METABOLOMICO
14
Cromatografia
15
16
Cenni preliminari
Le tecniche cromatografiche sono sempre distruttive (anche se in senso
strettamente analitico possono in alcuni casi essere non distruttive), in quanto
18
sottesa
dai
picchi
componente
pu
essere
19
PICCO CROMATOGRAFICO
Un processo separativo di tipo cromatografico ha quindi come risultato un profilo di
concentrazione risolto nello spazio o nel tempo di forma gaussiana.
20
PICCO CROMATOGRAFICO
Da un punto di vista matematico una curva gaussiana viene descritta dal punto di massimo e dalla
distanza tra i punti di flesso (tale distanza diviso 2 la deviazione std. ()
Altezza del picco: distanza tra il punto massimo
e la tangente alla linea di base
Larghezza della base del picco (W): lunghezza
del segmento interpolato allintersezione fra le
fra
due
punti
di
flesso
totale
sottesa:
proporzionale
alla
concentrazione
21
PICCO CROMATOGRAFICO
tR
tM
Tempo di ritenzione (tR): tempo necessario alla sostanza iniettata per essere eluita
dallinizio alluscita della colonna.
Tempo morto (tM): tempo di ritenzione di un composto che non trattenuto e che
passa attraverso la colonna alla stessa velocit con cui fluisce la fase mobile lungo la
colonna.
Un parametro importante che viene usato molto spesso per descrivere la velocit di
migrazione dellanalita lungo la colonna il fattore di capacit, k.
k' A
k' A
tR tM
tM
k'B ( tR )B tM
k' A ( tR )A tM
23
k = 1,7
k = 3,5
Tr = 5.5
Tr = 9.0
k = 5,2
Tr = 12.5
tempo morto
10
12
14
24
(t R 2 t R1 )
RS
2( 2 1 )
TR= Tempo di ritenzione
2( t R 2 t R1 )
RS
( a b)
eluizione di una sostanza lungo tutto il percorso della fase mobile. Maggiore la
differenza tra i coefficienti di distribuzione degli analiti tra le due fasi, maggiore la
selettivit. Un aumento di selettivit, aumenta la risoluzione.
tr(A)
tr(B)
WA
WB
28
Aumento di selettivit
Aumento di efficienza
29
raggiunge
As <1
Fronting:quando il tracciato sale lentamente
AS = b/a
30
2 g
31
La banda finale in
N = 16 (tR/wb)2
mentre facendo riferimento al tempo di ritenzione corretto, si definisce il numero dei
piatti effettivi
Neff = 16 (tR/wb)2
E importante precisare che N non un parametro caratteristico per una data colonna,
poich dipende anche dalla sostanza eluita. Ci significa che una stessa colonna
attraversata da due sostanze mostra due diversi valori di piatti teorici.
Il concetto di piatto teorico stato preso a prestito dalla teoria della colonna di
distillazione. Si pu immaginare che una colonna cromatografica, come una di
distillazione, sia suddivisa appunto in tante zone in cui si instaura lequilibrio di
La sostanza si sposta verso la fine della colonna attraverso la fase mobile che, in
equilibrio su un piatto, si passa al piatto successivo.
non esistono realmente allinterno della colonna ma sono solo un modello per
facilitare la comprensione del processo che avviene.
Aumentando i piatti
pi compatta viaggia la
sostanza
36
Lefficienza di una colonna aumenta con il numero dei piatti: tanto maggiore N, tanto pi
compatta la banda in uscita e quindi tanto pi stretto il picco sul cromatogramma.
Aumentando
i piatti
i picchi
sono pi
stretti
si hanno
migliori
separazioni
Il modo pi semplice per aumentare il numero dei piatti consiste nellaumentare la lunghezza
della colonna ma ci comporta un notevole aumento dei tempi di ritenzione.
37
Una colonna tanto pi efficiente (nei confronti di una determinata specie chimica), e
fornisce quindi picchi tanto pi stretti, quanto minore il valore di H.
)2
Esce dopo ma ha la
stessa ampiezza di base:
maggior efficienza della
colonna
nei
suoi
confronti
base:
minor
efficienza della
colonna nei suoi
confronti
38
TECNICHE ANALITICHE
PER I FINGERPRINTING METABOLOMICO
39
40
Abbiamo visto che per efficienza di una colonna si intende la sua capacit di
mantenere compatti i picchi lungo il percorso e quindi alluscita.
Tale grandezza, in omaggio al parallelismo con una colonna di distillazione
(fatto da Martin e Synge nel 1941), viene
41
appunto
lindividuazione
dei
fenomeni
che
ostacolano
H= A + B/u + Cu
43
44
Percorsi multipli
Le inevitabili differenze di dimensioni delle
Percorsi multipli
46
Percorsi multipli
Percorsi multipli
La soluzione migliore quella di usare granuli quanto pi omogenei
possibili e dimensioni non tali da causare problemi allapparecchiatutra
cromatografica
48
Percorsi multipli
H= A + B/u + Cu
A. Il suo contributo ad H,
costante al variare del flusso
(u), sar raffigurato con una
Percorsi multipli
Il valore del parametro A pu essere espresso come:
A = 2dp
una costante associata alla granulometria (diametro delle particelle e
loro distribuzione granulometrica) e allimpaccamento della colonna
dp il diametro medio delle particelle di riempimento.
stazionaria.
Tendono
cio
52
H= A + B/u + Cu
53
B = 2gDM
g il fattore di tortuosit, che dipende dallimpaccamento della colonna (vale a
dire dalla geometria degli spazi disponibili per la fase mobile)
DM il coefficiente di diffusione del soluto nella fase mobile, un parametro che
riassume tutte le caratteristiche che influenzano la sua resistenza alla diffusione:
densit e viscosit.
Poich valori alti di entrambe portano a piccoli coefficienti di diffusione, si spiega
perch tale fenomeno sia pi accentuato con un gas che con un liquido.
54
fase mobile
Grosse zone di
fase mobile
come gi detto, di
delle
superfici
attraverso
cui
lequilibrazione pu avvenire
57
58
Nell equazione di Van Deemter il parametro che rappresenta questo fenomeno indicato
con C. Il suo contributo ad H, direttamente proporzionale al variare del flusso (u),
raffigurato con una retta.
Come si vede dal grafico il suo contributo allaltezza del piatto teorico cresce
costantemente con il flusso della fase mobile: pi veloce la fase mobile e minore il
tempo che le fasi hanno per equilibrarsi e pi sfasate saranno con conseguente
allargamento della banda.
59
C= CS + CM
E ovvio che lo stato fisico delle fasi fa s che i due contributi non siano
uguali.
CS = q k df2/ (1+k)2 DS
q una costante legata alla disomogenit della fase stazionaria*
k il fattore di ritenzione*
df lo spessore massimo della fase stazionaria*
DS il coefficiente di diffusione nella fase stazionaria
Tra i tre coefficienti costruttivi*, quello su cui pi semplice operare per
61
CM = w dp2/ DM
w una costante che dipende dallimpaccamento*
dp il diametro medio delle particelle della fase solida*
Lequazione di Van Deemter deriva dalla somma dei tre componenti visti prima e
si vede come ci sia una zona di flussi pi convenienti
63
TECNICHE ANALITICHE
PER I FINGERPRINTING METABOLOMICO
64
legami a idrogeno
interazioni dipolo-dipolo
interazioni dipolo-dipolo indotto
forze di Van der Waals
formazione di composti di interazione
attrazione coulombiana
interazioni steriche
In tutte queste interazioni svolge un ruolo solitamente decisivo la polarit delle due
fasi. Spesso possono essere presenti pi tipi di interazione nello stesso processo
cromatografico
65
MECCANISMI DI SEPARAZIONE
adsorbimento
ripartizione
scambio ionico
esclusione
affinit
66
ADSORBIMENTO
La fase stazionaria un solido in polvere steso su un supporto; sulla superficie dei
granuli si trovano siti attivi che possono stabilire legami deboli (reversibili!) con le
molecole della miscela da separare. Si parla quindi di cromatografia di
adsorbimento, che pu essere gas-solido o liquido-solido a seconda della natura della
fase mobile
La cromatografia di adsorbimento
utilizzata per separare sostanze neutre
polari o non polari, di natura organica
o inorganica
67
RIPARTIZIONE
La fase stazionaria un liquido che impregna un solido granulare inerte o ad esso
chimicamente legato; in questo liquido le molecole da separare sono solubili; la fase
68
SCAMBIO IONICO
La fase stazionaria costituita da un polimero inerte contenente siti attivi ionizzati o
ionizzabili, i cui controioni possono essere scambiati con altri ioni aventi carica dello
stesso segno. Il meccanismo di separazione basato sulla competizione per i siti di
scambio tra gli ioni presenti nella fase mobile e quelli presenti nel campione. Si parla
di cromatografia di scambio ionico (IEC)
La cromatografia a
scambio ionico
impiegata per la
separazione di
sostanze ioniche o
ionizzabili
69
ESCLUSIONE DIMENSIONALE
La fase stazionaria un solido poroso o un gel.
70
AFFINIT
La cromatografia di affinit
impiegata nella separazione di
molecole
di
interesse
prevalentemente biochimico
71
Cromatografia
72
Separazione di amminoacidi
Separazione per scambio cationico di amminoacidi provenienti da
residui di materiale proteico rinvenuto allinterno di vasi ceramici.
Il profilo degli amminoacidi consente di risalire alla natura degli
dei leganti proteici utilizzati negliaffreschi.
89
90
TLC
La fase stazionaria deposta come film sottile su una lastrina di vario
Rf =
91
92
Sostanze separate
Sviluppo
TLC bidimensionale
Il materiale da cromatografare posto su un angolo della lastra come singola
macchia e successivamente viene sviluppato in una direzione e dopo
essiccamento sviluppata con un altro eluente in una direzione perpendicolare
alla prima.
direzione di flusso del primo
solvente
separazione se
viene usato solo
il secondo
solvente
direzione di
flusso del
secondo
solvente
separazione se
viene usato solo
il primo solvente
separazione se
entrambi i
solventi vengono
utilizzati
96
Cromatografia su carta
TECNICHE ANALITICHE
PER I FINGERPRINTING METABOLOMICO
98
HPLC
99
HPLC
Mobile Phases
Flow Rate
Composition
Injection Volume
Column
Oven Temperature
Wavelength
Time Constant
100
Fasi Mobili
101
102
INIETTORE A LOOP
103
Trapping mode
Load-trapping injection mode was performed using a 10-port switching valve connected
to a Loading Pump (L.P.), a micro-pump (.P.), a trap column and a separation column.
In the Load-Inject position, the sample is introduced onto the loading column using the
L.P. for 5 min and then transferred to the separation column using the .P. (Eluting
mode position).
104
Esempio
Carboidrati:
1.
2.
3.
4.
5.
6.
Fructose
Glucose
Saccharose
Palatinose
Trehalulose
isomaltose
mAU
HPLC
Injector
Mixer
Pumps
Column
Detector
Solvents
Waste
106
HPLC
Injector
Mixer
Chromatogram
mAU
Pumps
Start Injection
time
Column
Detector
Solvents
107
HPLC
Injector
Mixer
Chromatogram
mAU
Pumps
Start Injection
time
Column
Detector
Solvents
108
HPLC
Injector
Mixer
Chromatogram
mAU
Pumps
Start Injection
time
Column
Detector
Solvents
109
HPLC
Injector
Mixer
Chromatogram
mAU
Pumps
Start Injection
time
Column
Detector
Solvents
110
HPLC
Injector
Mixer
Chromatogram
mAU
Pumps
Start Injection
time
Column
Detector
Solvents
111
HPLC
Injector
Mixer
Chromatogram
mAU
Pumps
Start Injection
time
Column
Detector
Solvents
112
HPLC
Injector
Mixer
Chromatogram
mAU
Pumps
Start Injection
time
Column
Detector
Solvents
113
HPLC
Injector
Mixer
Chromatogram
mAU
Pumps
Start Injection
time
Column
Detector
Solvents
114
HPLC
Injector
Mixer
Chromatogram
mAU
Pumps
Start Injection
time
Column
Detector
Solvents
115
HPLC
Injector
Mixer
Chromatogram
mAU
Pumps
Start Injection
time
Column
Detector
Solvents
116