Sabemos que a presença dos micro-organismos dentro dos ciclos
biogeoquímicos e no solo são importantes para funcionalidade desses processos, que são benéfico para as plantas e seres visos. Com isso, vale um estudo aprofundado sobre micro-organismos patogênicos, ou seja, seres que podem provocar direta ou indiretamente uma doença. A presença de micro-organismos no solo que auxiliam na manutenção do ecossistema, fatores físicos e químicos do solo podem influencias na presença ou não dessas populações microbianas mostra o quanto esse ambiente é complexo. Sendo assim, um dos fatores, como a população global que geram uma grande demanda por alimento e combustíveis acarretando no uso intensivo do solo e gerando resíduos que por muitas vezes causam danos às funções do solo e seu ecossistema. Por isso, o cuidado com o solo é importante para que os benefícios por ele gerado permaneçam, assim como os micro-organismos e suas funções. Com relação à resíduos, sejam eles agrícolas ou urbano presentes no solo, é possível que haja patógenos do ponto de vista microbiano. Estes resíduos causam danos às funções do solo e seu sistema o que pode gera uma ameaça a produção de alimentos e combustíveis, por isso a importância de evitar que esses resíduos voltem para o solo em forma de contaminação. Embora existam leis e normas quem promovam uma melhor destinação para matérias contaminantes que podem ser causadores de doenças, muitas ações humanas ainda provocam diversas situações que levam ao surgimento de patógenos, como esgotos sem tratamento, lixões a céu aberto e descarte irregular de insumos agrícola. Exemplificando um pouco a dinâmica de como esses patógenos causam problemas e podem ser facilmente disseminados, podemos citar os permafrost que é o solo congelado, onde o derretimento de geleiras que em certas regiões animais e humanos estavam preservados pelo gelo, à medida em que houve descongelamento doenças adormecidas ressurgiram. E muitos outros estudos apontam a importância de se saber mais sobre patógenos, em que muitas vezes permanecem dormentes ou inativos à depender do local ou organismo em que está presente, mas que pode ocasionar doenças quando em contato com outra espécie. Como exemplo humanos que adquirem doenças através de fezes de animais na areia ou solo, ou contato de substancias gerada por outros animais que ao entrar em contato recebe o patógeno que por ventura pode gerar doenças em situações favoráveis. E no caso de plantas o mesmo pode ocorrer, onde ao se plantar em solo que já exista a presença de certo patógeno uma planta suscetível a ser contaminada desenvolverá a doença.