Gregorio venne eletto il 30 novembre 1406 e fu incoronato il 19 dicembre successivo.

Col
grande scisma d'Occidente del 1378, anche il collegio cardinalizio era diviso; alcuni cardinali
avevano seguito gli antipapi ad Avignone, e si erano così formati collegi diversi. Gregorio fu
eletto a Roma da un conclave di obbedienza romana. I quindici cardinali giurarono che, se
l'antipapa Benedetto XIII avesse rinunciato a tutte le sue pretese al papato, anche Gregorio
avrebbe rinunciato. In questo modo sarebbe seguita una nuova elezione, e si sarebbe posto
fine allo scisma. Lo stesso collegio cardinalizio chiese al neoeletto di non nominare alcun nuovo
cardinale, se non per portare il numero dei porporati di obbedienza romana ad un numero pari
a quello dei cardinali di obbedienza avignonese.

Gregorio e Benedetto aprirono negoziati prudenti, per incontrarsi su suolo neutrale a Savona.
Inizialmente erano entrambi esitanti: da un lato i parenti di Gregorio XII e Ladislao di Napoli,
timorosi di perdere la loro posizione di vantaggio in caso di rinuncia del Correr, spingevano
l'anziano pontefice a rifiutare le offerte provenienti dalla parte avignonese. Sta di fatto però
che nell'inverno 1407-8 i due rivali si trovarono vicini: Benedetto era a Portovenere (nella
Riviera ligure di levante) e Gregorio a Lucca, luoghi che distano tra loro appena 85 chilometri.
Ma il timore di essere catturati dalla fazione avversa fece fallire la trattativa sul nascere.