In
enzimologia
il reagente da trasformare in prodotto viene denominato
Substrato S
. Il meccanismo prevede la formazione del complesso
Enzima-Substrato [ES]
,intermedio rispetto alla liberazione del
Prodotto [P ]
e al ripristino dell’
Enzima (E)
.Schema generale di una reazione catalizzata da un enzima: la prima tappa è la più veloce e quindi la
velocità
dell’intera reazione catalizzata
dipenderà
dalla
seconda tappa lenta
. Entrambe le tappe sono
reversibili
.
tappa veloce tappa lenta limitante la velocità di reazioneGliGli enzimienzimi sonosono modulabilimodulabili nellanella loroloro attivitàattività cataliticacatalitica dada parteparte didi varivari fattorifattori
(temperatura,(temperatura, pH,pH, piccolepiccole molecole,molecole, ioni,ioni, ecc),ecc), perper consentireconsentire l’accelerazionel’accelerazione oo ilil
rallentamentorallentamento delledelle reazionireazioni cheche catalizzanocatalizzano..
I
sitisiti attiviattivi
, a forma di nicchie o fenditure, sono spazi tridimensionali situati entro la proteinaglobulare e in essi sono presenti:
Il
complessocomplesso ESES
si forma in una regione dell’enzima,denominata
sitosito attivoattivo
, che occupa normalmente non più del5% dell’area totale della superficie della molecola enzimatica.
Il sito attivo Il sito attivo
1) catene laterali di AA idrofobici per la creazione di un ambiente privo di acqua, simile alvuoto, ambiente ideale per l’accelerazione delle reazioni, rallentate invece dalle molecole diacqua.2) catene laterali di AA polari per formare legami deboli (legami H, ionici, di van der Waals)con i substrati per attuare il loro posizionamento nel sito attivo. Essendo questi legamideboli, il posizionamento dei substrati è facilmente reversibile;3) catene laterali di AA polari spesso cariche, di norma in numero non superiore a 5, confunzione di reattività catalitica, chiamati appunto residui catalitici, attivi nella trasformazionedi
SS
in
PP
.
L’energia di attivazioneL’energia di attivazione
stato di transizionestato di transizione
Il substrato
SS
per esseretrasformato in
PP
deve passareattraverso lo stato di transizione
S
‡
che è la specie molecolarepiù altamente reattiva di
SS
, labilee instabile, facile da trasformare:lo stato di transizione
S
‡
è statoparagonato ad una biglia sullapunta di un ago per indicare cheGli enzimi
abbassanoabbassano l’energial’energia didi attivazioneattivazione
e aumentano la velocità delle reazionisenza modificare la costante di equlibrio (Keq).è uno stato critico che potrebbetrasformarsi in
PP
come pure dinuovo in
SS
.L’energia necessaria per portarele molecole
SS
allo stato
S
‡
chiamato
statostato didi transizionetransizione
, èdefinita
energiaenergia didi attivazioneattivazione
.
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