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Bioenergetica : Studia le trasformazioni energetiche negli organismi viventi

Fonti di energia  Lavoro biologico

NB: Le trasformazioni energetiche in campo biologico obbediscono alle stesse LEGGI CHIMICHE e FISICHE
che governano gli altri fenomeni naturali

TERMODINAMICA: Studia e descrive i trasferimenti energetici tra sistemi chimici o fisici sottoforma di scambi
di calore o lavoro

 PRIMA LEGGE FONDAMENTALE (principio di conservazione dell’energia): In qualsiasi reazione la


quantità totale di energia dell’universo resta costante: l’energia può cambiare forma o essere
trasferita da una zona all’altra ma non si crea ne si distrugge
 SECONDA LEGGE FONDAMENTALE: L’universo tende ad essere sempre più disordinato: in tutti i
processi naturali l’entropia tende ad aumentare

ENTITÀ FONDAMENTALI TERMODINAMICA

 ENERGIA LIBERA DI GIBBS (G): Esprime la quantità di energia in grado di produrre lavoro durante
una reazione a temperatura e pressione costanti Se ΔG<0 la reazione è ESOERGONICA (il sistema
cede energia) Se ΔG>0 la reazione è ENDOERGONICA (il sistema acquista energia)
 ENTALPIA (H): Esprime il contenuto termico del sistema che sta reagendo Se ΔH<0 la reazione è
ESOTERMICA (il contenuto termico dei prodotti è inferiore a quello dei reagenti) Se ΔH>0 la reazione
è ENDOTERMICA (il contenuto termico dei prodotti è superiore a quello dei reagenti)
 ENTROPIA (S): Esprime il grado di disordine e la casualità del sistema

Unità di misura:
ΔG si esprime in J/mole
ΔH si esprime in J/mole
ΔS si esprime in J/mole*K

Nei sistemi biologici (temperatura e pressione costanti) si ha

ΔG = ΔH – TΔS (T = temperatura assoluta, in kelvin)

 REAZIONI SPONTANEE: ΔG<0, ΔH<0, ΔS>0

SISTEMI APERTI Sono sistemi che scambiano energia e materia con l’ambiente esterno Gli organismi viventi
ne sono un esempio: non essendo in equilibrio con l’ambiente esterno possono creare ordine al loro interno
senza violare la seconda legge della termodinamica

Fonte energetica  prodotti di rifiuto

NB: Ordine interno mantenuto prelevando energia da fuori. La diminuzione di energia è compensata
dall’aumento di entalpia e entropia
CINETICA CHIMICA: Reagenti + Energia  Prodotti

La velocità a cui avviene la reazione dipende dalla quantità di sostanza che reagisce, si trasforma o scompare
nell’unità di tempo. È influenzata da:

 Natura dei reattivi


 Temperatura
 Concentrazione dei reagenti

aA + bB cC + dD

v = k[A]a[B]b

k = costante di velocità a una data temperatura

Catalizzatori

Sono elementi che non subiscono alcun cambiamento chimico durante la reazione
Sono in grado di modificare la velocità di reazione:

 Catalizzatori POSITIVI: AUMENTANO la velocità di reazione


 Catalizzatori NEGATIVI: DIMINUISCONO la velocità di reazione

AUTOCATALISI: Il catalizzatore è uno dei prodotti di reazione: al progredire della reazione aumenta la sua
velocità

TIPI DI REAZIONE

 REAZIONI IRREVERSIBILI Terminano quando è stato consumato almeno uno dei reagenti
 REAZIONI REVERSIBILI Sono trasformazioni incomplete in cui i prodotti già formati possono reagire
nuovamente tra loro a dare i reagenti di partenza. In questo caso all’equilibrio la velocità delle due
reazioni deve essere uguale. Ad una determinata temperatura si può quindi definire una costante di
equilibrio (keq)

keq = [prodotti]/ [reagenti]

Variazioni di energia libera (ΔG)

Rappresenta la forza trainante delle reazioni lontane dall’equilibrio

 Se la reazione avviene in condizioni standard (25°C (298 K), 1 atm (101.3 kPa), concentrazione 1 M)
si parla di variazione di energia libera standard (ΔG°)

ΔG° = - R*T*lnkeq

R = costante dei gas (8.315 J/mole*K) T = temperatura assoluta (25°C = 298 K) ln = logaritmo naturale

NB: Quando le condizioni standard riguardano le reazioni biochimiche si considera pH = 7 e si fa riferimento


a costanti standard trasformate

ΔG°’ = - R*T*lnk’eq

Ogni reazione chimica ha una ΔG° caratteristica


La VARIAZIONE di energia libera REALE è una funzione delle reali concentrazioni e della temperatura,
condizioni che possono essere diverse da quelle standard

aA + bB cC + dD

ΔG = ΔG°’ + R*T* [C]c*[D]d [A]a*[B]b

NB: Per stabilire la SPONTANEITÀ di una reazione bisogna quindi considerare ΔG

Legge di Hess

Considerando 2 reazioni sequenziali AB e BC

Ognuna delle quali ha una propria keq e una propria ΔG°’ caratteristiche

Le due reazioni si possono sommare a A C

NB: Così come le loro variazioni di energia libera standard

1) A B ΔG1°’

2) B C ΔG2°’

somma) A C ΔGtot°’ = ΔG1°’ + ΔG2°’

 Una reazione termodinamicamente sfavorita (endoergonica) può quindi essere guidata in avanti
tramite ACCOPPIAMENTO con una reazione altamente esoergonica SE è PRESENTE un INTERMEDIO
COMUNE

Esempio

2) Glucosio + Pi Glucosio-6P + H2O

ΔG°’ = 13.8 kJ/mole

2) ATP + H2O ADP + Pi

ΔG°’ = -30.5 kJ/mole

somma) Glucosio + ATP Glucosio-6P + ADP

ΔGtot°’ = 13.8 + (-30.5) kJ/mole = -16.7 kJ/mole  La reazione totale è ESOERGONICA

ENERGIA DI ATTIVAZIONE

Affinchè la reazione chimica avvenga le molecole si devono urtare tra loro e perché l’urto sia efficace e
determini una trasformazione è necessario che le particelle reagenti abbiano energia superiore a quella con
cui urtandosi rimbalzano

 L’ENERGIA DI ATTIVAZIONE è quella che permette di formare il COMPLESSO ATTIVATO


 Il COMPLESSO ATTIVATO è una particella in uno STATO DI TRANSIZIONE intermedio tra reagenti e
prodotti
 Il complesso attivato può tornare a rigenerare i reagenti o andare avanti a generare i prodotti

NB: Il PROCESSO SPONTANEO proseguirà verso il sistema con il MINOR CONTENUTO ENERGETICO
ENZIMI: Sono catalizzatori biologici e spesso necessitano di COFATTORI per funzionare:

A) COFATTORI INORGANICI: Ioni inorganici (Fe, Mg, Mn, Zn)


B) COENZIMI ORGANICI: Agiscono da trasportatori transitori di gruppi funzionali
C) COFATTORI INORGANICI E COENZIMI ORGANICI

OLOENZIMA = enzima cataliticamente attivo (parte proteica + cofattori organici e inorganici)

APOENZIMA = parte proteica dell’ezima

Classi enzimatiche

Importanza degli enzimi Gli enzimi sono molto specifici (discriminano tra molecole simili

In condizioni biologiche spesso reazioni non catalizzate molto lente, spesso reazioni di importanza biologica
termodinamicamente sfavorite

ENZIMA genera un ambiente specifico in cui la reazione è ENERGETICAMENTE FAVORITA

SITO ATTIVO = tasca dell’enzima in cui avviene la reazione

SUBSTRATO = componente che si lega al sito attivo per reagire

 STATO BASALE = punto di partenza della reazione, corrisponde al contributo di energia libera fornito
dal sistema in determinate condizioni

NB: L’ENZIMA aumenta la velocità di reazione RIDUCENDO l’ENERGIA DI ATTIVAZIONE. Quando la reazione
prevede la formazione di INTERMEDI la velocità complessiva della reazione è limitata dalla tappa con energia
di attivazione più alta (TAPPA CHE LIMITA LA VELOCITÀ) . L’aggiunta di un enzima può aumentare la velocità
da 5 a 17 ordini di grandezza

La riduzione dell’energia di attivazione è dovuta alla formazione di LEGAMI DEBOLI E NON COVALENTI tra
enzima e substrato (ENERGIA DI LEGAME, ΔGB)
Catalisi enzimatica - modelli

 MODELLO CHIAVE-SERRATURA: Primo modello proposto. Si basa


sulla massima complementarietà del sito attivo per il suo substrato. Spiega
bene la specificità degli enzimi ma non spiega la stabilizzazione dello stato di
transizione

 MODELLO ADATTAMENTO INDOTTO: Modello successivo, Il sito


attivo continua a rimodellarsi in base alla presenza o meno del substrato. Il
legame del substrato genera un rimodellamento del sito attivo che lo porta
ad un legame più stabile in modo da portare correttamente a termine
l’attività catalitica

Catalisi enzimatica – reazioni : Le reazioni biochimiche coinvolgono interazioni tra

 NUCLEOFILI Gruppi funzionali RICCHI di ELETTRONI e quindi capaci di donarli Ex: ossigeno carico
negativamente, sulfidrili carichi negativamente, carbanioni, gruppi amminici non carichi, ione
idrossido à
 ELETTROFILI Gruppi funzionali POVERI di ELETTRONI che li attraggono Ex: atomo di carbonio
carbonilico, protone, fosforo di un gruppo fosfato

NB: il carbonio può essere neutrofilo o elettrofilo in base agli atomi e ai gruppi che lo circondano

I meccanismi di catalisi enzimatica sono classificati come:


 CATALISI ACIDO-BASICA Coinvolge eventi di TRASFERIMENTO PROTONICO
1) CATALISI ACIDA GENERALE Il trasferimento di protoni da un acido abbassa l’energia libera dello
stato di transizione
2) CATALISI BASICA GENERALE La velocità di reazione è aumentata mediante rimozione di protoni
da parte di una base
3) CATALISI ACIDO-BASE CONCERTATA La catalisi acida e basica avvengono contemporaneamente
È un meccanismo comune grazie alla capacità degli enzimi di disporre svariati gruppi catalitici
intorno ai substrati

 CATALISI COVALENTE Coinvolge la formazione TEMPORANEA di un LEGAME COVALENTE tra il


catalizzatore ed il substrato, Il legame si forma tra un gruppo NUCLEOFILO del CATALIZZATORE e un
gruppo ELETTROFILO sul SUBSTRATO, Il processo può venire suddiviso in 3 fasi:
1. Reazione nucleofila substrato/catalizzatore con formazione del legame covalente
2. Sottrazione di elettroni dal centro di reazione da parte del catalizzatore che diviene elettrofilo
3. Liberazione del catalizzatore
 CATALISI DA METALLI Negli enzimi gli ioni metallici possono essere:
1) COFATTORI: metalli di transizione: Fe2+, Fe3+, Cu2+, Mn2+, Co2+
2) ELEMENTI STRUTTURALI: Na+, K+, Ca2+
3) ENTRAMBE LE COSE: Mg2+, Zn2+
Partecipano alla catalisi in 3 modi diversi:
- Legano i substrati per orientarli correttamente ai fini della reazione
- Mediano reazioni redox attraverso modificazioni reversibili del loro stato di ossidazione
- Stabilizzano o schermano cariche di segno opposto

 EFFETTI DI VICINANZA E ORIENTAMENTO


La reazione biochimica avviene solo quando i reagenti entrano in contatto secondo una RELAZIONE
SPAZIALE CORRETTA. Gli enzimi si legano ai substrati nell’orientamento corretto per la reazione. I gruppi
carichi aiutano a stabilizzare lo stato di transizione. La distribuzione delle cariche attorno al sito attivo
guida i substrati polari verso il sito di legame

 LEGAME PREFERENZIALE CON LO STATO DI TRANSIZIONE


Il legame dell’enzima allo stato di transizione avviene con affinità superiore rispetto a quello con reagenti e
prodotti. Il legame preferenziale allo stato di transizione ne incrementa la concentrazione e di conseguenza
la velocità di reazione

CINETICA ENZIMATICA:

studia la velocità delle reazioni catalizzate da enzimi, Studia come varia la velocità al variare delle condizioni
sperimentali

 La prima equazione cinetica per le reazioni enzimatiche è stata quella derivata da HENRI a inizio 1900.
L’equazione di Henri venne ripresa e ampliata da MICHAELIS e MENTEN

Equazione di henri

Descrive la VELOCITÀ INIZIALE di una reazione (v0) ovvero la velocità


misurata quando la concentrazione di substrato è molto maggiore
rispetto all’enzima

 v0 cresce al crescere della concentrazione di substrato ma


non è ad essa direttamente proporzionale, in quanto tende a
raggiungere un limite (VELOCITÀ MASSIMA, vmax)

 A BASSE CONCENTRAZIONI di substrato v0 aumenta linearmente, con andamento ripido, a causa


della competizione per i siti di reazione sull’enzima
 Ad ALTE CONCENTRAZIONI di substrato v0 si avvicina a vmax perché tutti i siti di reazione sono
occupati e la velocità non può aumentare ulteriormente

Equazione di michaelis - menten

Descrive la velocità di una reazione enzimatica ad un substrato, Si basa su alcune assunzioni essenziali

PRIMO POSTULATO: L’enzima si combina rapidamente e in maniera reversibile con il substrato a dare un
complesso enzima substrato

E + S ES con k1 e k-1

SECONDO POSTULATO: Il complesso enzima substrato si decompone successivamente, in una tappa più
lenta, rigenerando l’enzima e liberando i prodotti

ES  E + P con k2 e k-2

NB: Essendo la tappa più lenta è quella LIMITANTE la velocità di reazione. La VELOCITÀ COMPLESSIVA è
PROPORZIONALE alla concentrazione delle specie che reagiscono in questa tappa, quindi a ES, che è molto
instabile

TERZO POSTULATO: La reazione raggiunge rapidamente lo STATO STAZIONARIO in cui la concentrazione di


ES e di tutti gli altri intermedi rimane approssimativamente costante nel tempo (CINETICA ALLO STATO
STAZIONARIO)
 ALGEBRICAMENTE la relazione tra velocità iniziale e concentrazione del substrato è espressa
dall’EQUAZIONE DI MICHAELIS-MENTEN:

v0= vmax * [S]/kM + [S]

 GRAFICAMENTE l’equazione di Michaelis-Menten è rappresentata da un’IPERBOLE RETTANGOLARE

kM = COSTANTE DI MICHAELIS-
MENTEN

Corrisponde alla concentrazione di


substrato a cui si raggiunge la metà
di vmax, Rappresenta una MISURA
DELL’AFFINITÀ dell’enzima per il
substrato:

 Se kM alta l’affinità è bassa


 Se kM bassa l’affinità è alta

NB: kM = [S] quando v0 = ½ vmax

Vale per tutti gli enzimi che seguono


la cinetica di Michaelis-Menten
(fanno eccezione gli enzimi
regolatori)

La CINETICA ALLO STATO STAZIONARIO rappresenta un SISTEMA STANDARD che permette di confrontare
diversi enzimi senza considerare le tappe attraverso cui avviene la reazione complessiva

Le reazioni che coinvolgono più substrati possono essere analizzate in base alla teoria di Michaelis-Menten
in quanto gli enzimi hanno kM diverse per i diversi substrati

Fattori che influenzano la velocità di reazione

 TEMPERATURA Un aumento della temperatura può avere come conseguenza:


1. DENATURAZIONE
2. MODIFICAZIONI IRREVERSIBILI SITO ATTIVO
3. RIDUZIONE ATTIVITÀ ENZIMA

 pH Il cambiamento di pH altera il grado di ionizzazione e la natura ionica del substrato e dell’enzima


INIBIZIONE ENZIMATICA EINIBITORI ENZIMATICI: Interferiscono con la catalisi, rallentando o bloccando le
reazioni enzimatiche. Spesso hanno azione farmacologica (ex. aspirina èinibitore della prima tappa della
sintesi delle prostaglandine). L’inibizione può operare in due modi:

 REVERSIBLE Diminuiscono l’attività enzimatica mediate interazioni reversibili. Possono essere di 3


tipi:
A) INIBITORI COMPETITIVI Sono strutturalmente simili al substrato ma non subiscono catalisi o la
subiscono molto lentamente. Inibitore e substrato competono per il sito attivo, spesso sono
strutturalmente simili al substrato ma non danno luogo a reazione. Il loro uso perette di
individuare i residui essenziali per l’attività enzimatica Esempio: succinato deidrogenasi inibita
dal malato
Es: TAMIFLU Faramco anti-influenzale che inibisce la neuramidasi del virus dell’influenza e quindi
limita la diffusione del virus impedendo che si stacchi dalla superficie della cellula ospite
Sempre inibitori competitivi sono:
- INIBIZIONE DA PRODOTTO Il prodotto di reazione è anch’esso in grado di legare il sito attivo
Accumulandosi compete per il legame al sito attivo nei cicli successivi Metodo di controllo
molto usato dalle cellule
- INIBIZIONE DA ANALOGHI DELLO STATO DI TRANSIZIONE Questi composti si legano in modo
stabile all’enzima Il legame avviene in modo diverso rispetto agli analoghi del substrato

B) INIBITORI INCOMPETITIVI Alterano l’attività enzimatica senza interferire con il legame enzima-
substrato. L’inibitore si lega su un sito diverso rispetto al substrato, il legame avviene solo a livello
del complesso enzima-substrato e l’inibitore distorce il sito attivo. Cineticamete può essere
analizzata con l’equazione di Michaelis-Menten opportunamente modificata
C) INIBITORI MISTI Sono composti che mostrano sia caratteristiche degli inibitori competitivi che
incompetitivi. L’inibitore interagisce con l’enzima interferendo sia con il legame del substrato che
con l’attività catalitica Il meccanismo è quindi una combinazione dei due precedenti.
Cineticamete può essere analizzata con l’equazione di Michaelis-Menten opportunamente
modificata. Questi inibitori modificano quindi sia la kM che la vmax

 IRREVERSIBILE
1. Legano gli enzimi in modo COVALENTE (eliminano gruppi essenziali per l’attività) o NON
COVALENTE (formando associazioni molto stabili)
 Bloccano PERMANENTEMENTE l’attività dell’enzima
Fanno parte di questa classe:
A) INIBITORI CHIMICI: Composti che modificano specifici residui amminoacidici
B) INIBITORI SUICIDI: composti relativamente stabili fino a che non si legano al sito attivo, quando
si convertono in composti estremamente reattivi che bloccano in maniera irreversibile l’attività
dell’enzima
CONTROLLO ATTIVITÀ ENZIMATICA: Essenziale per coordinare i processi metabolici, Essenziale per
rispondere ai mutamenti ambientali
Può avvenire in vari modi:
 CONTROLLO DELLA DISPONIBILITÀ DI ENZIMI La quantità di enzima in una cellula dipende
dall’equilibrio tra velocità di sintesi e degradazione Il controllo è operato direttamente dalla cellula
 CONTROLLO DELL’ATTIVITÀ CATALITICA Può essere ottenuto tramite inibizione da prodotto o altri
inibitori L’attività può essere modificata in senso positivo o negativo anche da modificazioni
strutturali Legame non covalente con modulatori allosterici Modificazioni covalenti
(fosforilazione/defosforilazione, proteolisi)

Regolazione allosterica

Il legame a uno o più MODULATORI induce


VARIAZIONI CONFORMAZIONALI da una forma meno
a una più attiva

 In alcuni casi il modulatore allosterico può


essere lo stesso substrato (ex. ATP nella
fosfofruttochinasi) Strutturalmente questi enzimi
hanno SITI DIVERSI per il substrato e i modulatori

NB: Anche i siti allosterici hanno ELEVATA


SPECIFICITÀ (se l’interazione avviene con più
modulatori, questi hanno siti di legame diversi). In
genere sono composti da due o più subunità

NON SEGUONO LA CINETICA DI MICHAELISMENTEN

 La loro CINETICA è descritta da una curva


SIGMOIDE

Presenza di INTERAZIONI COOPERATIVE tra le


subunità: le variazioni a livello di una vengono
trasferite a quelle adiacenti. Sono effetti mediati da INTERAZIONI NON COVALENTI a livello dell’interfaccia
tra le diverse subunità

Modificazioni covalenti

Nelle proteine se ne conoscono più di 500. Possono riguardare uno o più residui amminoacidici. Coinvolgono
gruppi di varia natura (fosforico, acetilico, ammidico, carbossilico, ecc) o proteine (ubiquitina)

 I gruppi sono aggiunti o rimossi ad opera di altri enzimi. Negli eucarioti quelle più comuni sono
FOSFORILAZIONE e DEFOSFORILAZIONE su gruppi OH di residui di Ser, Thr, Tyr

 FOSFORILAZIONE catalizzata da proteine CHINASI


 DEFOSFORILAZIONE catalizzata da proteine FOSFATASI

NB: I siti fosforilabili si localizzano in motivi strutturali comuni (SEQUENZE CONSENSO). La fosforilazione su
molteplici sequenze consenso permette di ottenere una regolazione estremamente efficace
Attivazione proteolitica del precursore

Spesso gli enzimi proteolitici vengono prodotti in forma inattiva (ZIMOGENI o PROENZIMI) che devono essere
attivati da un altro enzima per generare la forma attiva. Il taglio proteolitico determina una MODIFICAZIONE
STRUTTURALE e FUNZIONALE che espone il sito attivo

 È una modificazione IRREVERSIBILE. L’enzima attivo viene quindi controllato da specifici inibitori

L’attivazione sequenziale dei proenzimi è un sistema rapido per generare una gran quantità di enzimi attivi
in risposta a stimoli diversi

Es: Attivazione del tripsinogeno

Il TRIPSINOGENO è lo ZIMOGENO della TRIPSINA, L’attivazione avviene nel DUODENO, dopo la secrezione dal
pancreas

 L’attivazione è dovuta al taglio del PEPTIDE N-TERMINALE ad opera dell’ENTEROPEPTIDASI (enzima


sotto controllo ormonale secreto dalla membrana duodenale)

Il sito di taglio è riconosciuto anche dalla tripsina, per cui si innesca un processo AUTOCATALITICO

Lo sesso meccanismo si osserva in altri enzimi digestivi, come CHIMOTRIPSINA PEPSINA


ESEMPI ATTIVITÀ ENZIMATICA

Serina proteasi

Gruppo di ENZIMI PROTEOLITICI con lo stesso meccanismo catalitico che coinvolge un RESIDUO DI SERINA
particolarmente reattivo

Fanno parte di questa classe

 ENZIMI DIGESTIVI
 ENZIMI DELLA CASCATA COAGULATIVA

Il sito attivo si localizza in una depressione sulla superficie dell’enzima a livello della quale si localizza la
TRIADE CATALITICA, una sequenza di 3 amminoacidi estremamente conservata (His, Asp, Ser)

 Sono SECRETI come ZIMOGENI

Enzimi digestivi ad attività serina proteasica prodotti dal pancreas e rilasciati nel duodeno:

 CHIMOTRIPSINA
 TRIPSINA
 ELASTASI

Catalizzano l’idrolisi di legami peptidici con SPECIFICITÀ DIFFERENTI per le CATENE LATERALI che
fiancheggiano il legame da tagliare

 La struttura primaria di questi 3 enzimi è simile (circa 240 aa), Identità di circa 40% tra di essi.
Composizione della triade catalitica: Serinaresiduo reattivo
Istidina e asparagina  cataliticamente essenziali
La triade catalitica è composta da residui invarianti che formano legami idrogeno con il substrato

CHIMOTRIPSINA È specifica per i gruppi voluminosi, idrofobici (GRUPPI AROMATICI)

TRIPSINA È specifica per le catene laterali cariche positivamente

ELASTASI È specifica per catene laterali piccole e neutre

Metalloproteasi:

Endopeptidasi Zn++ e Ca++ dipendenti, Estesa omologia di sequenza tra i membri della famiglia

Ampia specificità di substrato che gli permette di DEGRADARE in maniera sinergica tutte le componenti della
MATRICE EXTRACELLULARE. Vengono sintetizzate come ZIMOGENI

Sono caratterizzati dalla presenza di un motivo CYSTEINE SWITCH nel PROPEPTIDE e di un SITO DI LEGAME
per lo Zn++ a livello del SITO ATTIVO che permette di mantenerle nella forma inattiva Sono composte da PIÙ
DOMINI

S = peptide segnale Pro = propeptide Cat = dominio catalitico

Zn = sito di legame per lo zinco


Possono esistere in forma SECRETA o ANCORATA alla membrana

L’ATTIVAZIONE dello ZIMOGENO può avvenire per via proteolitica oppure chimica: alla base vi è comunque
sempre una DESTABILIZZAZIONE dell’INTERAZIONE Cys/Zn++

 La loro attività è attentamente regolata dalla cellula (a livello trascrizionale e di


attiviazione/inibizione). L’inibizione può essere dovuta ad inibitori ad ampio spettro
(α2macroglobulina) o specifici (TIMPs)

In base alla specificità di substrato possono essere classificate in 6 gruppi:

 COLLAGENASI: degradano il dominio a tripla elica del collagene I, II, III


 GELATINASI: degradano il collagene denaturato, fibronectina e laminina. Sono la MMP2 e MMP9,
Presentano 3 ripetizioni testa-coda del sito di legame della gelatina distinte dal sito attivo che ne
determinano la capacità di degradare la gelatina
 Vengono SECRETE come ZIMOGENI, La rimozione del propeptide determina una riduzione di circa
10 kDa, Hanno specificità di substrato simile ma differiscono per regolazione trascrizionale,
attivazione extracellulare, inibizione, glicosilazione, espressione tissutale, La forma attiva ed inattiva
sono entrambe in grado di interagire con i TIMPs
 STROMELISINE: degradano substrati strutturali e partecipano all’attivazione di altre MMP
 MATRILISINE: degradano componenti strutturali
 METALLOPROTEASI DI MEMBRANA: 4 proteine transmembrana e 2 con ancora GPI, durante
l’attivazione si comportano da recettori per i TIMP
 ALTRE METALLOPROTEASI: specificità di substrato particolare ed espressione tessuto specifica
1. ENAMELYSIN (MMP20): espressa in relazione allo smalto dentale neoformato
2. CYSTEIN ARRAY MMP (MMP23): espressa soprattutto nei tessuti riproduttivi
3. EPILYSIN (MMP28): espressa soprattutto nei cheratinociti

Metalloproteasi 2

 Il DOMINIO N-TERMINALE è essenziale per il legame e il corretto orientamento del substrato


 Il DOMINIO C-TERMINALE non è direttamente coinvolto nell’attività catalitica ma è essenziale per
l’attivazione a livello della membrana
 Il DOMINIO C-TERMINALE è coinvolto nel legame con TIMP2, stabilizzando lo zimogeno durante
l’attivazione

Attivate ad opera di proteasi acide o altre metalloproteasi tramite un processo di ATTIVAZIONE A CASCATA
che coinvolge un taglio autocatalitico intramolecolare

 MT1-MMP (MMP14) attiva la MMP2 a livello della membrana plasmatica e prevede l’interazione con
TIMP2 (in alternativa TIMP3 o proteoglicani contenenti eparan solfato) come COATTIVATORE
Il complesso MT1-MMP/TIMP2 lega proMMP2 che viene attivata da altre metalloproteasi libere a
dare un INTERMEDIO che andrà poi incontro a TAGLIO AUTOCATALITICO

Visse R, Nagase H. Circ Res 2003;92:827-839