SUOLO: corpo naturale costituito da particelle minerali ed organiche che si forma dall’alterazione fisica e

chimico-fisica della roccia e dalla trasformazione biochimica dei residui organici.

 Pedogenesi: ciclo di formazione/trasformazione del suolo  roccia madre alterata  composti

N.B: alterazioni naturali o fattori di origine umana cambiano la composizione

Suolo - Organico – Minerale – Eluviale – Illuviale – roccia madre – roccia madre stabile

 Componente solida 50%:

1. materiale inorganico 45%: particelle con dimensioni >2mm “scheletro” o <2mm “terra fine”
Sabbia – Limo – Argilla
2. organico 2-5%:
 Componente liquida 25%: presenza di pori per passaggio
suoli saturi: acqua sostituisce tutto l’ossigeno, dipende dalla permeabilità della tessitura
 Componente gassosa 25%: presenza di pori per passaggio

Organismi del suolo: rappresentano 1/3 del contenuto di materia organica vivente nel suolo

 Microflora: 2 um come batteri, funghi, lieviti e alghe

 Microfauna: <0.1mm come protozoi
 Mesofauna: 2mm come nematodi e microartropodi
 Macrofauna: 2 centimetri come vermi e macroartropodi

BATTERI DEL SUOLO: densità totale >1010 cellule/g di suolo che diminuisce con la profondità / solo 2-10%
coltivabile / trasformano e processano sostanze organiche e inorganiche
Raggruppati per:
 Esigenze nutritive: eterotrofi-autotrofi / fotoautotrofi-chemiotrofi
 Gruppi funzionali: nitrificanti, proteolitici
 Ruolo ecologico: K crescita e metabolismo lenti CS / R crescita e metabolismo rapidi CV

FUNGHI DEL SUOLO: lunghe ife che danno origine a miceli con densità 106 che diminuisce con la profondità
/ decompositori nella catena alimentare
 Decompositori saprotrofi: convertono materiale organico in biomassa, CO2 e acidi organici
 Mutualisti: micorrizici
 Patogeni o parassiti: riduzione della produttività della piante

ALGHE DEL SUOLO: densità di 5000-10000/g di suolo fino ad 1 metro di profondità / forniscono apporti di C
tramite fotosintesi e producono acidi carbonici
 Alghe verdi ( Chlorophyta ):
 Diatomee:
 Alghe giallo-verdi:
 Alghe rosse:
 Alghe procarioti: Cyanobatteri azotofissanti

PROTOZOI DEL SUOLO: densità fino a 30000-350000/g di suolo fino a 5.5mm di lunghezza / eterotrofi /
mineralizzano i nutrienti, regolano la desnità batterica
 Cigliati
 Amebe
 Flagellati
INTERAZIONI TRA MICROORGANISMI E PIANTE: RIZOSFERA porzione adiacente alle radici
 Endorizosfera: dalla superficie della radice ai primi strati cellulari interni
 Rizoplano: superficie esterna delle radici
 Ectorizosfera: volume di suolo ad immediato contatto con le radici e che può avere dimensioni
variabili

Trinità della rizosfera: Pianta – Suolo – Microflora

 Rizodeposizione: traslocazione dalla radice al suolo di un varietà di composti a base di carbonio
sottoforma di essudati radiali
 Stimolazione della crescita microbica intorno alla radice, sono favoriti i gruppi batterici/funginei
che comprendono organismi mobili adattati a rispondere al rilascio di sostanze da parte della
pianta
1. Competizione
2. Antibiosi
3. Parassitismo
4. Predazione
5. Sinergia

Microrganismi benefici: funghi micorrizici, batteri endosimbionti/simbionti AF /a vita libera AF PC AB HM

Microrganismi deleteri: funghi fitopatogeni e batteri deleteri ù

 Micorrize: endo – ecto

 Batteri associati a micorrize: Stimolano la crescita del fungo micorrizico mediante detossificazione
del terreno o produzione di cellulasi e metaboliti volatili o solubili in acqua
 Batteri azotofissatori: Simbionti che causano modifiche morfologiche ( Rhizobium, Frankia )
Non simbionti PGPR: Azospirillum, Burkholderia, Acinetobacter
Non simbionti BCA (Antibiotici, enzimi litici, competizione ): Pseudomonas,
Bacillus o Trichoderma fungo )

 Fitopatogeni: per lo più sono funghi ( Fusarium, Phytophtora ),

batterici ( Erwinia, Pseudomonas, Agrobacterium )
virali ( Tobamovirus )
 Patogeni opportunisti: causano malattia solo in organismi con forte predisposizione alla malattia (
immunocompromessi )

TASSONOMIA PER RIZOSFERA:

 Stenotrophomonas: gamma proteobatteri / BCA e PGPR e Bio-Fitoremeditation ma patogeno
nosocomiale umano (sepsi, endocardite e meningite )
 Pseudomonas aeruginosa: patogeno opportunista in organismi con fibrosi cistica
 Burkholderia cepacia: patogeno cipolla
 Acinetobnacter baumanii: infezioni ospedaliere con multiresistenza antibiotica
MICROBIOTA: ecosistema formato da un numero di virus e cellule molto superiore a quello che compone il
corpo umano ( 10:1 ) e che rappresenta l’1-3% del peso corporeo ( 2Kg circa )
N.B: colonizzano tutte le superfici del corpo esposte all’ambiente: pelle, nella vagina, nelle vie aeree, e
lungo tutto il tubo digerente, a partire dalla bocca, passando attraverso lo stomaco sino a raggiungere le
parti terminali dell’intestino.

MICROBIOMA: geni che i microrganismi componenti il microbiota umano codificano, e che sono circa 1000
volte più numerosi rispetto a quello del nostro genoma

CAVITÀ ORALE: 1010 microognaismi / per lo più Streptococchi viridanti

1. Tessuti duri DENTI: non sfaldano e permettono la colonizzazione
2. Tessuti molli MUCOSA: caratterizzati da una continua desquamazione delle cellule epiteliali di
superificie che permette una rapida eliminazione di batteri
3. Area Crevicolare: presenta anaerobiosi, essudato plasmatico

Le superfici orali sono costantemente bagnate da due fluidi, essenziali per il mantenimento dell’ecosistema
orale, in quanto forniscono acqua, nutrienti, fattori di aderenza e fattori antimicrobici.

 Saliva: fluido complesso che entra nella cavità orale attraverso i dotti delle 3 paia di ghiandole
salivari maggiori (parotidi, sottomandibolari e sottolinguali) e delle ghiandole salivari minori.
 Effetti sia positivi ( nutrimento per batteri ) che negativi ( lisozima, Sistema lattoperossidasico,
lattoferrina e immunoglobuline)

N.B: la saliva forma la “pellicola acquisita”, materiale salivare non strutturale, acellulare e abatterico.
Ricopre il dente appena si hala sua eruzione e se viene rimossa si riforma in pochi secondi

 principalmente glicoproteine salivari che rappresenta una barriera alla diffusione degli acidi nello smalto
ma permette ai batteri di aderirvici

 Fluido crevicolare: essudato di origine plasmatica che attraverso l’epitelio giunzionale della gengiva
raggiunge il solco gengivale. La sua presenza è legata all’eruzione dei denti e Il flusso aumenta in
condizione infiammatorie. Composizione simile a quella del siero
 Effetti sia positivi ( nutrimento ) che negatici ( difesa specifica per immunoglobuline, leucociti e
linfociti )

Fattori ecosistema orale che influenzano: La crescita dei microrganismi orali è influenzata da numerosi
fattori, ognuno dei quali induce la selezione di determinati microrganismi e mantiene l’equilibrio tra le
diverse popolazioni

 Temperatura: costante sui 34-36*C

 pH: circa neutro intorno al 7 grazie al potere tampone della saliva
 Potenziale redox: anaerobi E negativo / aerobi E positivo
 Nutrienti: origine esogena ( carbo e pro ) / origine endogena ( saliva, liquido crevicolare, Pr met ba)
Fattori batterici che influenzano:

 Adesione batterica: ritenzione in zone protette – adesione alle superfici – coaggregazione ad altri
1. Polimeri extracellulari: Glucano
2. Glucosiltransferasi: catalizza la formazione di glucani ma agisce annche come fattore di
adesione
3. Acido lipoteicoico:
4. pili e fimbrie
5. Cariche di superfici
6. Coaggregazione
7. Adesine con recettori salivari
 Interazioni batteriche:
1. Commensalismo: utilizzo di metaboliti tra i diversi bateri e aggregazizone
2. Antagonismo: produzione batteriocine, abbassamento pH o produzione di ROS

TRATTO GASTROINTESTINALE: più di 100-200 miliardi di cellule batteriche/g di feci secche

1 cellula umana = 10 cellule microbiche / 1 gene umani = 100 geni batteri
 Stomaco: pH basso, colonizzato da
1. Helicobacter pylori
 Duodeno e digiuno: pH basso, ma non come stomaco, colonizzato da un totale di 105 organismi
1. Bacteroides
2. Bifidobacterium p
 Ileo: la concentrazione di microganismi aumenta a 109 , colonizzato da
1. Bacteroides
2. Bifidobacterium
3. Lactobacillus
4. E.Coli
5. Clostridium
 Colon: 1014 microrganismi
1. Bacteroides
2. Bifidobacterium
3. Lactobacillus
4. E.Coli
5. Clostriudum

Nell'ultimo decennio alcuni studi mostrano come già durante la gravidanza possa iniziare la colonizzazione
batterica. Alcune specie batteriche presenti nel microbiota intestinale materno sono state isolate:

 Sangue del cordone ombelicale

 Liquido amniotico: La cavità amniotica è da sempre stata considerata sterile, ma è ormai noto che
alcuni microrganismi con cui viene a contatto il feto provengono dall'intestino materno e giungono
tramite la placenta e il liquido amniotico. La maggior parte dei batteri, però, entra in contatto con il
neonato durante il parto naturale, tramite l'allattamento al seno e tramite il contatto interumano
postnatale.
 Nel meconio
 Nella placenta

N.B: I meccanismi di trasferimento batterico tra madre e feto non sono, però, ancora del tutto chiari.
Sviluppo del microbiota infantile: Dopo il parto, diversi microrganismi entrano in contatto con l'intestino
del neonato, attraverso il passaggio nel canale del parto. I microrganismi provenienti dalla flora vaginale
materna non sono in grado di colonizzare l'intestino del neonato. É riconosciuto come la flora intestinale
materna sia una fonte di batteri per il neonato

 Il neonato viene colonizzato inizialmente da enterobatteri, che possono raggiungere il numero di

109 CFU/g di feci.
 Si può osservare la presenza anche di Streptococchi, Enterococchi e Stafilococchi, mentre ancora
non sono presenti batteri anaerobi quali Bifidobatteri, Lattobacilli e Bacteroidesspp

 Nutrizione materna: una diminuzione totale dell’assunzione di carbo è associata ad una riduzione
del consumo di fibre e amido resistente che porta ad una diminuzione della concentrazione di
microrganismi positivi per la salute
 Latte materno: na delle principali componenti del latte materno in grado di influenzare la
colonizzazione intestinale sono gli oligosaccaridi
1. Allattati al seno: Il microbiota risulta dominato principalmente da Bifidobatteri
(Bifidobacteriumbreve), ma vi sono anche Enterococchi, Lattobacilli, Streptococchied
Enterobatteri. Clostridi e Bacteroidessono residenti non comuni
2. Alimentati artificialmente: Il microbiota risulta dominato principalmente da Bifidobatteri
(Bifidobacterium longum e adolescentis), ma vi si riscontrano comunemente anche Clostridi,
Enterobatteri, Stafilococchi e Escherichia colie Bacteroides spp.

ENTEROTIPI: La Tipizzazione del microbiota ha evidenziato la presenza di tre varianti predominanti indicate
come Enterotipi. Ogni Enterotiporappresenta un ecosistema composto dai batteri colonizzati. Ciascun
Enterotipo possiede caratteristiche filogenetiche e funzionali differenti

 Enterotipo 1: Bacteroides coinvolti nella degradazione di carboidrati e proteine

 Enterotipo 2: Prevotella coinvolti in degradazione delle glicorpoteine della mucina e polisaccaridi
vegetali
 Enterotipo 3: Ruminococcus coinvolti nella degradazione dei carboidrati e della mucina

Funzioni del microbiota:

 ATTIVITA’ METABOLICHE:
Sintesi vitamine (K, B12, Tiamina, Niacina, Riboflavina)
Produzione di SCFAs(acetato, propionato, butirrato)
Produzione di gas e sostanze odorose (CO2, CH4, H2, H2S, NH3)
Metabolismo degli acidi biliari (a. desossicolico, a. litocolico)
Reazioni di glicosidazione(β-gluconosidasi, α-/β-galattosidasi, α-/βglucosidasi)
 DIFESA CONTRO PATOGENI:
Competizione per i recettori sulle cellule ospite
Concorrenza per le sostanze nutritive
Produzione di batteriocinee sostanze antibiotiche
Abbassamento del pH
 MODULAZIONE ESPRESSIONE GENICA NELLE CELLULE EPITELIALI INTESTINALI
IL MICROBIOTA SANO CONTIENE UNA COMPOSIZIONE EQUILIBRATA DI PIÙ CLASSI DI BATTERI. I
COMMENSALI SONO RESIDENTI PERMANENTI DI QUESTO COMPLESSO ECOSISTEMA E NON FORNISCONO
ALCUN BENEFICIO O DANNO PER L’OSPITE (ALMENO ALLA LUCE DELLE CONOSCENZE ATTUALI). I SIMBIONTI
SONO ORGANISMI CON FUNZIONI DI PROMOZIONE DELLA SALUTE. I PATHOBIONTI SONO ANCHE ESSI
RESIDENTI PERMANENTI DEL MICROBIOTA, MA CON LA POSSIBILITÀ DI INDURRE UNA PATOLOGIA.

DISBIOSI: vi è uno spostamento innaturale nella composizione della flora batterica: il numero di simbiotici
sono ridotti e pathobionts sono aumentati. Le varie cause della dispbiosi non sono del tutto chiare, ma è
probabile si possono includere i recenti progressi della società nei paesi sviluppati. Il risultato è
l'infiammazione non specifica che può predisporre alla malattia infiammatoria in quelle persone
geneticamente sensibili . In questo bilancio, i «patogeni» sono organismi opportunistiche
causanol'infiammazione rarae acuta

Trapianto del microbiota fecale: infusione di sospensione liquida di feci sa donatore sano per ristabilire la
composizione e la funzionalità del microbiota intestinale in pazienti con patologie gastrointestinali

Probiotici: Si definisce Probiotico un alimento che contiene un numero sufficientemente alto di

microganismi vivi e attivi, in grado di influenzare in modo benefico la salute dell’ospite, migliorando
l’equilibrio della flora intestinale

Prebiotico: I prebiotici sono “sostanze alimentari non idrolizzate dagli enzimi de tratto gastrointestinale che
giunte nella parte distale dell’intestino favoriscono SELETTIVAMENTE la crescita e l’attività di un numero
limitato di batteri”.

In generale i PREBIOTICI sono sostanze complesse come FRUTTOSIO-OLIGOSACCARIDI (FOS) conteneti

fruttosio a vario livello di oligomerizzazione.