Amminoacidi

Polifunzionali:
 gruppo funzionale amminico
 gruppo funzionale carbossilico
 catena laterale
 di solito il quarto atomo che va a legare l’atomo di carbonio centrale risulta essere un
atomo di carbonio
GRUPPO AMMINICO: molto rappresentato in natura, soprattutto per le tantissime molecole
biologiche attive in cui è presente come la nicotina o la cocaina. Questo gruppo definisce i
composti amminici che possono essere classificati in base al numero di atomi di carbonio
che sono legati all’atomo di azoto. Possiamo dividerle in:
 primaria: quando l’atomo di azoto lega un singolo atomo di carbonio, NH2
 secondarie: quando l’atomo di azoto lega due atomi di carbonio, NH
 terziarie: quando l’atomo di azoto lega 3 atomi di carbonio, N. In questo caso presenta il
doppietto elettronico libero
 quaternarie: quando il doppietto elettronico libera si funge da donatore di elettroni e va
a formare il legame covalente dativo con un protone. In questo caso la carica formale
dell’azoto diventa +1
NOMENCLATURA: AMMINE: si la radice dell’alcano che va ad esplicitare la catena più lunga
contenente l’atomo di azoto, e a questa si aggiunge il suffisso ammina.
Es: cicloesilammina:
Quando sono presenti due gruppi amminici vengono indicati prima con la presenza di
collocatori e poi con il prefisso di davanti al suffisso ammina.
Es: H2NCH2CH2CH2CH2NH2 1,4-butandiammina
Le ammine non hanno priorità in confronto ad altre funzioni ossidate come gli acidi
carbossilici, chetoni, benzene, ecc. Di conseguenza, si andrà ad avere che l’ammina viene
descritta come sostituente.
Es: H2NCH2CH2C=OCH3 4-ammino-2-butanone
Mentre i sostituenti dell’azoto, cioè quei gruppi che vanno a sostituire l’atomo di idrogeno
che è legato all’azoto, non vengono esplicitate attraverso i numeri che indicano la posizione
ma bensì con la lettera N prima del nome del sostituente come le ammidi.
Le ammine cicliche possono essere aromatiche o alifatiche. In generale, rappresentano un
eterociclo in quanto nel ciclo è presente un atomo diverso dal carbonio cioè l’atomo di
azoto. Sono delle strutture importanti:
 PIROLO:
unità costitutiva della clorofilla, dell’emoglobina e della mioglobina poiché possiede una
struttura planare dove gli elettroni vengono delocalizzati. Gli atomi di azoto vanno a
circondare un metallo ed insieme formano il cosiddetto gruppo EME
 IMIDAZOLO: costituente dell’amminoacidi istidina che rappresenta i siti catalitici di
molti enzimi dal momento in cui nel ciclo sono presenti due atomi di azoto che
si vanno a scambiare il protone tra loro.
 PIRIMIDINA: rappresenta un importante tipologia di base azotata per formare i

nucleotidi che a loro volta vanno a formare gli acidi nucleici

AZOTO: CENTRO CHIRALE: quando l’azoto lega 3 gruppi diversi con il doppietto solitario

libero. Non si possono isolare gli stereoisomeri in

quanto si ha un equilibrio molto veloce tra i due
enantiomeri. L’ammina chirale possiede la stessa
geometria dell’alcano chirale poiché quando
l’azoto lega tre gruppi è ibridato a sp3 proprio come l’alcano. I due enantiomeri si
interconvertono tra loro tramite un intermedio planare dove l’azoto passa nell’ibridazione
momentanea di sp2 per poi trasformarsi immediatamente nell’altro enantiomero con
ibridazione sp3.
Proprietà chimico-fisiche: formano legami a ponte di idrogeno tra le varie molecole
amminiche. Di conseguenza, questa caratteristica ci indica sia il punto di ebollizione molto
elevato sia il fatto che queste sono solubili in solventi polari. Bisogna fare attenzione al fatto
che per la solubilità va a diminuire quando aumentano gli atomi di carbonio nella catena
carboniosa.
BASI ORGANICHE: AMMINE: sono delle basi secondo sia Bronsted-Lowry sia secondo Lewis.
Grazie al loro doppietto elettronico libero vanno a reagire con un acido formando un sale di
ammonio. Anche le ammine aromatiche hanno lo stesso comportamento ma hanno una
basicità inferiore in quanto la struttura aromatica è stabilizzata dalla risonanza grazie alle
formule limite di risonanza con la formazione dell’ibrido. In questo caso, il doppietto
elettronico libero è meno disponibile per l’ibridazione sp2, il carattere p risulta essere meno
forte, e questi elettroni si trovano più vicini al nucleo.
Quando il gruppo amminico si trova al di fuori del ciclo; quindi, non si tratta più di un
eterociclo, si ha che comunque la basicità dell’ammina alifatica risulta essere maggiore
rispetto all’ammina aromatica. Questa volta però il motivo della basicità minore cambia, in
quanto questa volta abbiamo gli elettroni delocalizzati. Ciò significa che il doppietto
elettronico non risulta essere solo dell’azoto ma di tutta la molecola.

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Per non avere la delocalizzazione sulle basi aromatiche, queste devono essere solo
protonate poiché la carica positiva non viene condivisa per tutti gli atomi ma solo per
l’atomo di azoto.
Mentre nel confronto tra ammina e ammide, risulta essere più basica l’ammina poiché il
doppietto elettronico libero delle ammidi non appartiene solo all’atomo di azoto ma a tutta
la molecola per avere una stabilità maggiore. Infatti, possiamo vedere come le formule
limite di risonanza sposta il doppietto elettronico dell’azoto una volta sull’atomo di azoto ed
effettuano il C=O, mentre nell’altra formula limite si ha che il doppietto viene spostato
sull’ossigeno formando C=N.
Le ammine sono degli acidi molto deboli, per strappare un protone all’azoto c’è bisogno
dell’impiego di una base molto ma molto forte che a sua volta è legata ad un metallo. Un
caso di questo è quando un carboanione lega un metallo che riesce a strappare un protone
formando l’atomo di azoto che possiede la carica negativa.
SINTESI: AMMINE:
1. Alogenuro alchilico + cianuro attraverso una Sn2. Si forma inizialmente un nitrile che si
riduce formando l’ammina: RX + NaCN RCN + LiAlH4 + H2O RCH2NH2
2. Conversione dell’acido carbossilico in alogenuro alchilico attraverso il cloruro di tionile.
Si forma un alogenuro acilico che effettua una sostituzione nucleofila acilica attraverso
l’impiego dell’ammoniaca. Si forma l’ammide che viene ridotta ad ammina: RC=OH +
1.SOCl2 + 2. NH3 RC=ONH2 + LiAlH4 + H2O RCH2NH2
3. Si parte da un nitrobenzene che viene ridotto con idrogeno molecolare per formare
l’ammina aromatica
4. Alogenuro alchilico con ammoniaca nella formazione di una miscela di ammine poiché
nella prima reazione troviamo alogenuro alchilico e ammoniaca che formano l’ammina
primaria che rimane in soluzione.
Quest’ultima risulta essere più nucleofila
dell’ammoniaca e reagisce con l’alogenuro
alchilico formando un’ammina secondaria.
L’ammina secondaria è più nucleofila dell’

ammina primaria, trovandosi in soluzione reagisce nuovamente con l’alogenuro alchilico

formando un’ammina terziaria. A sua volta l’ammina terziaria che risulta essere la specie
più nucleofila reagisce nuovamente con l’alogenuro alchilico ma questa volta si va a
formare un sale di ammonio quaternario.
5. GABRIEL: inserire meccanismo. Si hanno due meccanismi: prima una Sn2 e poi una
reazione di sostituzione nucleofila acilica. Si ha un reagente fisso grazie al trattamento
della ftaliammide con una base molto forte formando la potassio ftaliammide.

Quest’ultima specie dal momento in cui

rappresenta il reagente fisso va a reagire con un
alogenuro alchilico che subisce una Sn2, cioè il
composto contente azoto rappresenta il
nucleofilo e va a prendere il posto dell’alogeno
nell’alogenuro alchilico. Il prodotto di sostituzione
subisce un’idrolisi basica perché si ha una
sostituzione nucleofila acilica dell’azoto con la

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 con la formazione di due gruppi carbossilici (risultano essere carbossilati dal momento in
cui ci troviamo in ambiente basico) e l’eliminazione del gruppo uscente che viene
rappresentato dall’ammina primaria
6. AMMINAZIONE RIDUTTIVA DI ALDEIDI E CHETONI: immina che viene ridotta per dare
un’ammina attraverso la rottura del legame C=N che va a legare atomi di idrogeno. Dopo
l’attacco dell’ammoniaca o dell’ammina si ha la riduzione per formare una nuova
ammina. A seconda della specie si ha che:
chetone+ammoniaca ammina 1°
chetone+ammina 1°ammina 2°
chetone+ammina 2°ammina 3°
AMMINOACIDI: unità fondamentale delle proteine, più amminoacidi legati tra di loro
formano dei polimeri. Il legame tra questi amminoacidi viene chiamato legame ammidico o
legame peptidico. Il legame si avrà tra il gruppo amminico dell’alfa-amminoacido e quello
carbossilico di un altro alfa-amminoacido. La differenza tra proteine e polipeptidi si ha nel
numero: fino a 20 amminoacidi si definisce una un peptide, oltre si va a definire una
proteina.
Gli amminoacidi vengono chiamati alfa perché vedono che sia il gruppo amminico sia il
gruppo carbossilico sono legati ad un atomo di carbonio alfa (si indica con atomo numero 1
sempre l’atomo del carbossilico, di conseguenza l’atomo subito adiacente a questa risulta
essere in alfa). Gruppo amminico-carbonio alfa-gruppo carbossilico (insieme all’atomo di
idrogeno) è la parte in comune a tutti gli amminoacidi. La cosa che cambia risulta essere il
gruppo laterale R. Quest’ultimo può essere anche uguale all’atomo di idrogeno ed è
l’amminoacido glicina. I gruppi amminici all’interno degli amminoacidi sono primari, ad
eccezione dell’amminoacido prolina che possiede un gruppo amminico secondario. Un’altra
eccezione viene rappresentato dall’amminoacido che possiede il gruppo amminico in
posizione gamma, questo amminoacido risulta essere molto importante in quanto definisce
un importante neurotrasmettitore. Omocisteina che possiede un gruppo metilico che si
aggiunge all’amminoacido della cisteina. Tiroxina che al proprio interno possiede l’atomo di
iodio che si trova nella catena laterale insieme all’etere fenilico.
Gli alfa amminoacidi che possiedono la catena laterale diversa dall’idrogeno hanno il
carbonio in alfa come centro chirale. Anche questa volta la descrizione stereochimica viene
fatta con la configurazione relativa e come composto di confronto si ha sempre la
gliceraldeide. Di conseguenza, possiamo riconoscere due serie:
 serie l: quando il gruppo amminico si trova a sx
 serie d: quando il gruppo amminico si trova a dx
Il confronto si fa con le proiezioni di Fischer dove il gruppo carbossilico si trova sempre in
alto. Bisogna fare attenzione che la configurazione relativa non corrisponde sempre a quella
assoluta.
Gli amminoacidi sono anfoteri, cioè possono essere sia acidi sia basici. Quindi, si va a
valutare il reagente con cui reagiscono per valutare il carattere basico o acido. Inoltre, la
formula di risonanza la possiamo avere sia neutra dove troviamo NH2, CO2H oppure a
separazione di carica NH3+, COO-. Quest’ultima viene chiamata zwitterione in quanto

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 le cariche non sono adiacenti e rappresenta un sale
interno. Troviamo che questo sia acido quando
abbiamo un reagente acido, e si ha tutto protonato
con la carica positiva su NH3+. Mentre si ha l’aspetto
basico quando abbiamo un reagente basico, e si ha
tutto deprotonato con la carica negativa su COO-. Il
pH degli amminoacidi ci indica il punto isoelettrico del
composto, cioè la presenza di zwitterione nella sua
massima concentrazione. Questo valore risulta essere

diverso per ogni amminoacido e dipende dalla natura della catena laterale che può essere:
 non ionizzabile: apolare, gruppo alchilico, specie non basica né acida
 acida: presenza del gruppo carbossilico o qualche fattore acido
 basico: presenza del gruppo amminico, azoto cationico o qualche fattore che può
trasformarsi in ammonio
 aromatiche: ciclo aromatico come catena laterale
Si può prevedere il pH tramite la titolazione. Analizziamo degli esempi:
 alamina: amminoacido neutro: quando si ha il pH minore di uno si ha che è
completamente protonata; mentre a pH 2.34, l’alanina è una miscela 50 e 50 di forma
protonata e neutra; a pH 6.01, l’alanina è completamente neutra e si ha il punto
isoelettrico. In questo punto si ha la massima concentrazione dello zwitterione; a pH
9.69, l’alanina è una miscela 50 e 50 di forme neutra e deprotonata; a pH 11.5, l’alanina
è completamente deprotonata. Si può prevedere sommando i due punti di pH dove si
hanno le forme di 50 e 50 e poi dividendo per due.
 Acido aspartico: amminoacido acido: nella catena laterale troviamo un altro gruppo
carbossilico. Di conseguenza, nella forma protonata e neutra possiede pH 1,88; mentre
nella forma completamente neutra possiede pH 2,77 ([Link]); ed infine nella
forma deprotonata e neutra possiede un pH 3,65. Come possiamo vedere risulta essere
un amminoacido completamente acido in quanto si va a protonare prima il gruppo
carbossilico principale e successivamente quello che si trova nella catena laterale
 Lisina: amminoacido basico: nella catena laterale troviamo un altro gruppo amminico. Di
conseguenza, nella forma protonata e neutra possiede pH 8,95; mentre nella forma
completamente neutra possiede pH 9,74 ([Link]); ed infine nella forma
deprotonata e neutra possiede un pH 10,73. Come possiamo vedere risulta essere un
amminoacido completamente basico in quanto si va a protonare prima il gruppo
amminico principale e successivamente quello che si trova nella catena laterale
Il punto isoelettrico risulta essere importante per la composizione di una proteina, in quanto
i vari amminoacidi vengono differenziati dai diversi valori di punti isoelettrici che possiedono
e si separano in base alla loro carica
SINTESI DEGLI AMMINOACIDI:
o HELL-VOLHARD-ZELINNSKI: parte da un acido carbossilico che viene trasformato in
bromuro acilico, cioè trasformiamo un derivato più reattivo in uno meno reattivo,
dopodiché questo, per tautomeria cheto-enolica, trasforma la funzione carbossilica in

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 funzione enolato. La funzione enolato può reagire con il bromo per dare un composto in
cui il bromo dà luogo ad un’addizione di tipo coniugata, addizionandosi in posizione alfa.
Questo alogenuro acilico verrà poi idrolizzato con acqua per ottenere un acido
carbossilico che presenta in posizione alfa un bromuro. Il composto carbossilico che
presenta il bromuro in alfa andrà incontro ad una sostituzione nucleofila se il nostro
gruppo amminico viene fornito da una reazione con ammoniaca. Il bromo verrà
sostituito da un gruppo amminico e si ottiene l’amminoacido.

sostituire un gruppo amminico. Il primo passaggio da fare consiste nel sostituire un

bromo con una ftalimmide potassica tramite sostituzione nucleofila, in modo tale da
avere sempre un estere malonico che, però in alfa, non ha il bromo ma la ftalimmide. Si
forma un estere ftalimmidomalonico. Dopodiché si ottiene un composto che in alfa ha
un idrogeno molto acido, trattandolo con OH si ottiene un carbanione che può essere
utilizzato come nucleofilo per reagire con un alogenuro alchilico tramite SN2.
Successivamente viene effettuata idrolisi dell’estere, dell’immide e decarbossilazione in
una sola reazione di idrolisi acida a caldo. Si ottiene l’amminoacido che possiede il
gruppo carbossilico derivante dalla carbossilazione del beta chetoacido, ottenuto
dall’idrolisi dell’estere malonico. Quindi si fa prima la sostituzione del bromo con la
ftalimmide, poi si fa reagire il carbanione nucleofilo con un alogenuro alchilico, poi si fa
un’unica reazione idrolisi a caldo con acido che determina sostituzione nucleofila acilica,
idrolizzando l’estere, sostituzione nucleofila acilica, rompendo il legame con la
ftalimmide, decarbossilazione, viene eliminata anidride carbonica e si ottiene
l’amminoacido.
o SINTESI DI STRECKER: Prende origine da un composto carbonilico messo a reagire con
un’ammina, si forma un’immina, l’ammina si addiziona con un cianuro per formare un
nitrile, il nitrile reagisce per idrolisi acida formando un gruppo carbossilico. Viene
inserito un gruppo amminico mediante addizione nucleofila al carbonio carbonilico e
viene inserito il gruppo carbossilico mediante idrolisi del nitrile.

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RISOLUZIONE CINETICA DI UNA MISCELA DI AMMINOACIDI: Simile a quella effettuata per
separare miscele di enantiomeri, ma con l’aggiunta di un enzima. L’enzima è in grado di
discriminare la configurazione di un amminoacido, piuttosto che un altro. Questo enzima va
ad idrolizzare l’amminoacido di cui riconosce la configurazione assoluta. Avendo una miscela
di D e L amminoacido e andando ad acetilare il gruppo carbossilico, si ottiene una miscela di
D e L amminoacido acetilato. L’amminoacilasi è un enzima che va a far reagire, mediante
idrolisi dell’estere acetico, soltanto l’amminoacido con configurazione L. Quindi si ottiene
soltanto l’amminoacido L non acetilato, mentre l’altro resta acetilato. È possibile separare
questi due amminoacidi sulla base del differente comportamento cromatografico perché
uno sarà un carbossilato e l’altro acetilato.
I legami peptidici avvengono tra il gruppo amminico di un amminoacido con il gruppo
carbossilico di un altro amminoacido.

Da questo legame si ha la liberazione della

molecola di acqua. Possiamo riconoscere due
estremità in questo legame:

 estremità N-terminale: si ha il gruppo carbossilico coinvolto nel legame, mentre il

gruppo amminico è libero
 estremità C-terminale: si ha il gruppo amminico coinvolto nel legame, mentre il gruppo
carbossilico è libero
Intorno al legame tra l’atomo di carbonio e l’atomo di azoto si ha una rotazione ristretta e
non libera, questa rappresenta una caratteristica importante per la configurazione.
Dal dipeptide che si forma è possibile anche avere delle strutture limite di risonanza:
 risonanza neutra dove tutti gli atomi sono neutri e non possiedono l’esplicitazione delle
cariche
 risonanza a carica separata dove si muovono gli elettroni: doppio legame tra l’atomo di
carbonio e l’atomo di azoto con l’atomo di ossigeno negativo e quello di azoto invece
positivo
il legame peptidico è una struttura planare dove si possono configurare e vedere dei piani
diversi per ogni amminoacido. Infatti, nella struttura primaria si va a valutare l’ordine e la
composizione della catena amminoacidica partendo da un’estremità e finendo nell’altra
estremità. Si hanno differenti piani in quanto le catene laterali si trovano in trans tra di loro,
cioè una catena laterale è rivolta verso l’alto mentre un’altra in basso sempre in modo
alternato. Attraverso l’idrolisi acida è possibile scindere i legami peptidici e capire quali sono
gli amminoacidi che compongono la catena carboniosa, ma non possiamo risalire alla
sequenza.
NOMENCLATURA DIPEPTIDI: 2 peptidi tra di loro che si legano tramite il legame peptidico:
amminoacido N-terminale: alanina
amminoacido C-terminale: serinina

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 nomenclatura: quello C terminale viene visto come
amminoacido principale mentre quello N terminale viene visto
come sostituente. Di conseguenza, la nomenclatura sarà
alanilserina. è una nomenclatura limitata solo ai dipeptidi in
quanto già se parliamo di tripeptidi diventa molto più
complessa e confusionaria

alcuni amminoacidi non li troviamo solo nelle proteine ma anche in ruoli diversi. Un esempio
può essere l’aspartame che fondamentalmente ha come funzione di dolcificante. Si ha il
dimero tra l’estere fenilico e l’amminoacido che segue attraverso un legame amminico e
quindi peptidico.
Nei diversi peptidi ci sono altri legami presenti oltre a quello peptidico, come il legame a
ponte di solfuro che rappresenta un legame intermolecolare tra diverse cisteine. Questi
legami si instaurano nelle catene laterale e vanno a stabilizzare la configurazione. Inoltre,
sono dei legami reversibili.
PONTE DI SOLFURO: ci sono delle condizioni che provocano questo tipo di legame come
l’ossidazione. Inizialmente si ha un trattamento basico che forma lo ione solfuro.
Quest’ultimo va a reagire con il bromo formando delle
molecole che sono suscettibili all’attacco nucleofilo di
un’altra molecola di solfuro e si ha la formazione del
tiolo. La scissione di questo legame può avvenire
quando si ha l’ossidazione tramite l’atomo di ossigeno

oppure quando è presente una riduzione. Questo tipo di legame può avvenire sia
intramolecolare (nella stessa catena tra i diversi amminoacidi che appartengono alla stessa
catena) oppure intermolecolare (tra catena separate e diverse, sempre tra i diversi
amminoacidi ma che appartengono a catena separate). È possibile che in una molecola si
possano trovare sia i legami intermolecolari sia i legami intramolecolari come nell’insulina.
La struttura secondaria di una proteina vede due strutture diverse:
 alfa-elica: catena che si avvolge intorno ad unico asse a formare un ‘elica. Si indica il
passo la zona dove si ha un numero fisso di amminoacidi che possiedono la catena
laterale verso l’esterno dell’elica. In questa struttura, oltre ai ponti di solfuro, è possibile
trovare anche i legami a ponte di idrogeno tra il gruppo carbonilico e NH. Il primo si
trova sempre rivolto verso il basso, mentre il secondo rivolto sempre verso l’alto. I
legami a ponte di idrogeno se presi singolarmente sono delle interazioni molto basse,
ma nell’insieme, in gran numero come in questo caso, danno una forte stabilizzazione.
 beta-foglietto: possono essere parallele o antiparallele a seconda dell’estremità N-
terminale che si può orientare nella stessa direzione (parallela) o direzione opposta
(antiparallela). Tra i piani dei foglietti ci sono sempre i legami a ponte di idrogeno che
vanno a stabilizzare.
Nella struttura terziaria possiamo trovare una mescolanza tra le diverse strutture, cioè si
può trovare un tratto in alfa-elica mentre un altro tratto è presente in beta-foglietto. Di

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conseguenza, si va a parlare di dominio. Inoltre, è possibile anche trovare delle strutture che
non appartengono alla classificazione delle strutture secondarie; quindi, sono senza
configurazioni e possiedono una disposizione spaziale casuale. In questa classificazione di
struttura si hanno delle interazioni tra le catene laterali, che non sono a ponte di idrogeno o
di solfuro, che si dividono in:
 ioniche: tra un residuo dell’ammonio in un amminoacido basico con un residuo del
carbossilico di un amminoacido acido
 polari: tra i diversi atomi che sono nella catena laterali che possiedono diverse
elettronegatività
 idrofobiche: tra catene laterali che sono apolari tra di loro. Si instaurano delle interazioni
idrofobiche mettendo fuori l’acqua e abbassando la loro energia stabilizzandosi. Un
esempio di questo tipo possono essere i siti catalitici degli enzimi
invece la struttura quaternaria si hanno delle subunità proteiche che possono essere uguali
oppure diverse tra di loro. Vengono tenute insieme dalle iterazioni che si instaurano nella
seconda e terza struttura. Un esempio di questa struttura può essere l’emoglobina.