PROTEINE

Il nome proteine fu coniato nel 1838

Fondamentali in ogni organismo poiché rappresentano gli elementi strutturali e funzionali più
importanti nei sistemi viventi. Hanno molteplici ruoli:

• Componenti strutturali (collagene, tessuto connettivo, citoscheletro, pelle)

• Trasportatori (emoglobina, albumina)

• Trasmettitori di messaggi (ormoni peptidici)

• Catalizzatori di reazioni chimiche (enzimi)

• Difesa contro i patogeni (immunoglobuline)

• Controllo e regolazione dell’espressione genica (istoni)

• Deposito di materiale (ferritina)

• Proteine dei sistemi contrattili (miosina)

• Proteine segnali (fattori di crescita)

Sono singole catene non ramificate di amminoacidi. la sequenza degli amminoacidi determina la
struttura delle proteine.

AMMINOACIDI
Ogni amminoacido è costituito da un carbonio centrale perché lega quattro gruppi
differenti:
 Un gruppo amminico (-NH₂)
 Un gruppo carbossilico (-COOH)
 Un atomo di idrogeno (H)
 Una catena laterale diversa a seconda delle proteine (GRUPPO R)
La natura del gruppo -R conferisce proprietà diverse a ciascun amminoacido, possono essere
suddivisi in:
 IDROFILICI (acidi, basici e polari)
 IDROFOBICI
 SPECIALI (CISTEINA presenta nella sua catena laterale un gruppo sulfidrilico,
GLICINA nella catena laterale è presente un atomo di H in più , PROLINA la sua catena
laterale è impegnata in una struttura endonica.)
Legame peptidico
È un legame di condensazione
che si forma quando il carbonio Le proteine si ottengono assemblando 20 tipi di
del gruppo carbossilico di un amminoacidi, che si legano attraverso legami peptidici. La
amminoacido condivide gli METIONINA è il primo amminoacido di tutte le proteine.
elettroni con l’atomo di zolfo del
gruppo amminico di un altro
amminoacido, rilasciando una
molecola d’acqua.

Per questo motivo le proteine prendono anche il nome di polipeptidi o catene polipeptidiche.

Ogni catena polipeptidica consta di un ossatura di base, costituita dagli atomi degli amminoacidi
stessi, coinvolti nel legame peptidico. La sequenza degli amminoacidi determina la struttura delle
proteine.

Quest’ ossatura può curvarsi in innumerevoli maniere, man mano che si ripiega la catena diventa
sempre meno flessibile perché al suo interno si stabiliscono vari legami deboli, che possono
essere: legami idrogeno, attrazioni deboli, attrazioni di Van Der Waals.

Ciascuna proteina ha però una propria struttura tridimensionale che la rende capace di svolgere
specifiche funzioni biologiche.

Alcune proteine assumono la loro conformazione autonomamente, altre invece vengono ripiegate nel
reticolo endoplasmatico.

Ci sono proteine che assumono la loro conformazione finale grazie a delle proteine chaperon,che aiutano
le proteine a raggiungere la giusta conformazione finale. Le proteine che raggiungono una conformazione
sbagliata possono formare aggregati capaci di danneggiare le cellule e persino i tessuti. Proprio questo tipo
di aggregati proteici anomali sta alla base di varie malattie neurodegenerative, come ad esempio:

PROTEINA PRIONICA (malattia della mucca pazza) una proteina prionica mal conformata infetta le proteine
sane facendole assumere la sua stessa conformazione, a causa della loro elevata resistenza alle proteasi, si
accumulano nei tessuti nervosi, formando placche amiloidi e provocando la morte delle cellule. Questo
fenomeno causa il tipico aspetto spongiforme del cervello.

Spesso le proteine possono perdere la loro struttura finale a seguito di un processo di denaturazione, che
può essere causato trattando le proteine con solventi capaci di ostacolare le interazioni non covalenti che
tendono a tenere ripiegata la proteina. Questo processo può essere reversibile, la proteina una volta
denaturata può di nuovo tornare alla sua conformazione e alla sua funzione, o irreversibile la proteina
perde del tutto struttura e funzione.

La struttura di una proteina è complessa: organizzazione in 4 livelli gerarchici (struttura primaria,

secondaria, terziaria, quaternaria).
 1. STRUTTURA PRIMARIA
È definita dalla sequenza lineare dei residui amminoacidici, questa sequenza caratterizza la
struttura 3D della proteina, in base alla forma si definisce la funzione.
2. STRUTTURA SECONDARIA
È l’organizzazione locale di queste catene amminoacidiche, il modo in cui delle porzioni di
queste catene possono organizzarsi a formare delle α elica e dei foglietti β.

 α elica
Individuata per la prima volta nella proteina cheratina α. È una struttura secondaria
molto comune all’interno delle proteine che si crea inseguito alla formazione di
legami idrogeno tra l’H del gruppo carbossilico e l’azoto del gruppo amminico. È una
spirale destrorsa che presenta i gruppi R esposti all’esterno. In ogni giro dell’ elica
sono presenti 3.6 residui amminoacidici. Molte di queste strutture sono immerse
nella membrana plasmatica nella quale, l’ossatura peptidica che è idrofila
interagisce con se stessa tramite legami idrogeno, mentre le catene laterali
idrofobe, che sporgono all’esterno, la schermano dell’ambiente lipidico idrofobo
della membrana. Queste eliche possono avvolgersi tra loro a formare delle eliche
super avvolte dette coiled-coil .
 foglietto β
Struttura individuata per la prima volta nella proteina fibroina(costituente
principale della seta). È costituito da due riferimenti amminoacidici che fanno parte
della stessa catena polipeptidica che quando sono adiacenti e paralleli uno all’altro
tendono a formare legami idrogeno tra l’H del gruppo carbossilico e l’azoto del
gruppo amminico, i gruppi laterali sono disposti alternativamente all’esterno o
verso l’alto o verso il basso. I polipeptidi che formano un foglietto b possono
disporsi in modo parallelo o anti-parallelo.
Ogni polipeptide che partecipa alla formazione del foglietto β presenta una
struttura non estesa ma pieghettata, le pieghe derivano dalla posizione dei carboni
α. Le proteine che sono formate da foglietti β, tendono ad essere proteine
strutturali.

Non tutta la proteina è strutturata possono esserci delle regioni di collegamento tra le α eliche e i
foglietti β, queste regioni sono importanti x consentire interazioni con altre proteine, (quando un
fattore di crescita si lega al suo ricettore, si va a legare il sito di legame per il fattore di crescita
presente sul ricettore, costituito proprio da regioni non strutturate, che in questo modo creano
una tasca dove si va ad inserire.
 3. STRUTTURA TERZIARIA
È il risultato delle interazioni delle diverse strutture secondarie all’interno di uno stesso
polipeptide. È la conformazione tridimensionale assunta da una proteina, questa struttura
tridimensionale di una proteina è importante per la sua funzione biologica. È stabilizzata
per la maggior parte da legami non covalenti. Questa struttura è stabilizzata da 4 tipi di
interazioni:

• Interazioni idrofobiche: gli amminoacidi con catene laterali non polari tendono a
localizzarsi all’interno della molecola dove si associano con altri residui idrofobici.

• Interazioni ioniche: i gruppi con carica negativa (-COO-) possono interagire con gruppi
carichi positivamente (-NH3+)

• Legami a idrogeno ( + abbondanti)

• Legami disolfuro E’ un legame covalente che deriva dall’ossidazione del gruppo sulfidrilico
(-SH) di due residui di cisteina con formazione di un residuo di cistina. Le interazioni che si
instaurano a livello tridimensionale coinvolgono amminoacidi non necessariamente vicini
nella struttura primaria. Essendo legami covalenti, concorrono a stabilizzare la struttura
delle proteine impedendone la denaturazione nell’ambiente extracellulare.

Ci sono livelli maggiori delle proteine che però non riguardano tutte le proteine:

4. STRUTTURA QUATERNARIA
Questa struttura va a formare un complesso multi proteico, dove si ha la compartecipazione
di più polipeptidi, tenuti insiemi da interazioni non covalenti. Ogni catena polipeptidica che
faccia parte di un complesso multi proteico si chiama subunità proteica.
Esempio:
 EMOGLOBINA proteina globulare la cui struttura quaternaria consta di quattro subunità, a
due a due uguali, 2 catene α(globuline) e 2 catene β(globuline), 4 monomeri che si uniscono
a formare un tetramero. È presente nei globuli rossi del sangue è responsabile del trasporto
dell'ossigeno.
 CAP 2 catene polipeptidiche identiche
 NEURAMINIDASI 4 catene polipeptidiche identiche disposte ad anello (enzima)

Ogni zona della superficie proteica che entra in rapporto con un'altra molecola attraverso numerose
interazioni non covalenti si chiama sito di legame.

In genere gli amminoacidi idrofobici tendono sempre ad essere all’interno della proteina, mentre sulla
superficie esterna sono presenti gli amminoacidi idrofilici, questa caratteristica è fondamentale x le
proteine presenti nell’ambiente acquoso perché quando vi è una mutazione, ad empio nel DNA che poi si
traduce in una sostituzione amminoacidica all’interno delle proteine, la proteina che non ha quello specifico
amminoacido in quella posizione assume una forma completamente differente e a volte il risultato è che gli
amminoacidi idrofobici non sono più presenti all’interno della proteina ma all’esterno. Questa caratteristica
di proteine mal conformate vengono riconosciute all’interno della cellula dai sistemi di riparo, riconoscono
la proteina mal conformata, la catturano e cercano di aiutarla nel ripiegamento, se questo non succede la
cellula va in apoptosi, ovvero muore.
 5. STRUTTURA SOVRAMOLECOLARE
Si ha quando varie proteine, soprattutto che hanno attività enzimatica sono poste una vicina
all’altra per facilitare le reazioni chimiche, essendo associate tra loro, il prodotto della prima
reazione diventa substrato x la successiva.

Esempio:

 Anticorpo è un complesso multi proteico che consta di due catene polipeptidiche

più lunghe dette catene pesanti e due catene polipeptidiche più corte definite
catene leggere.
 PIRUVATO DIIDROGENASI è un complesso multi proteico (60 catene pili peptidiche)
che serve a trasportare il piruvato, prodotto dalla reazione del glucosio all’interno
dei mitocondri, oltre ad essere trasportato viene anche decarbossilato, ovvero
viene tolta una molecola di CO₂.

All’interno delle proteine possiamo individuare i DOMINI PROTEICI.

Regione limitata di struttura con

una specifica funzione biologica.
Regioni limitate di strutture che
interagiscono con altre molecole
dette ligandi.

Questi domini sono importanti poiché è possibile che tra proteine diverse abbiamo la ripetizione
dello stesso dominio. (Il dominio proteico di una proteina chinasi può essere omologo ad una
chinasi o ad un'altra proteina). Generalmente questi domini presentano una simile sequenza
amminoacidica, una simile struttura secondaria e quindi una simile struttura terziaria.

Esempio: attivatore da cataboliti o c-AMP dipendente di origine batterica , ha 2 domini con diverse
funzioni: quello più piccolo lega il DNA, quello più grande lega l’AMP ciclico( una molecola segnale
intracellulare). Legando l’AMP ciclico il dominio più grande induce un cambiamento
conformazionale nella proteina, che a sua volta permette al dominio minore di legare una
sequenza specifica di DNA e accendere i geni adiacenti.

Le molecole proteiche più grandi possono aver anche molte decine di domini proteici, connessi
generalmente da tratti di catena polipeptidica poco strutturata. Le molecole proteiche piccole
come la MIOGLOBINA, che trasporta l’ossigeno nei muscoli, sono dotate di un dominio soltanto.
Le proteine possono essere classificate in due gruppi principali: proteine globulari e fibrose.

Proteine globulari

• Le catene polipeptidiche sono ripiegate ed assumono forma compatta, sferica o globulare.

• Contengono più tipi di struttura secondaria.

• Le proteine globulari comprendono : enzimi, proteine di trasporto (p.es. albumina,

emoglobina), proteine regolatrici, immunoglobuline, etc.

Esempio: ACTINA GLOBULARE presenta una struttura terziaria a forma di gomitolo. Il sito di
legame è nascosto da un'altra proteina, quando ci sono le condizioni favorevoli per il
legame questa proteina si stacca e rende disponibile il sito di legame. Il filamento di actina
è dato da una struttura coiled-coil.

Proteine fibrose

Abbondano particolarmente al di fuori della cellula dove costituiscono la matrice

extracellulare gelatinosa. Sono proteine costituite da catene polipeptidiche disposte in fasci o
foglietti, costituite per lo più da un solo tipo di struttura secondaria.

 COLLAGENE lunghe catene polipeptidiche

 ELASTINA catene polipeptidiche relativamente poco rigide e poco strutturate, che
stabiliscono tra loro ponti covalenti.

Forma e funzione delle proteine sono inestricabilmente connesse. Variazioni anche piccole degli
amminoacidi interni a una molecola proteica spesso modificano la sua forma tridimensionale e
compromettono drasticamente la sua funzionalità.

Le funzioni biologiche di una molecola proteica dipendono dalla sua interazione fisica con altre
molecole, la sostanza che si lega ad una proteina è detta ligando.
La regione di una proteina che interagisce con il ligando è detto sito di legame.

Consta di una cavità superficiale

Questo legame avviene attraverso
complementare al ligando per
interazioni non covalenti.
dimensione, carica e carattere
idrofobico.

Il legame delle proteine ad altre molecole risulta sempre molto specifico L’interazione è specifica
ed è in grado di discriminare tra migliaia di molecole presenti in prossimità del sito di legame.

ANTICORPI o IMMUNOGLOBULINE
 Proteine prodotte dal sistema immunitario in risposta a molecole estranee.
Ogni anticorpo lega la sua molecola bersaglio, detta antigene, legandola molto forte,
inattivandola direttamente o segnalandola ad altri ad altri dispositivi di distruzione.
Gli anticorpi sono molecole a forma di Y con due siti di legami identici,uno su ciascun ramo
della y, ogni anticorpo è complementare a una piccola parte della superficie antigenica. I
siti di legame degli anticorpi sono particolarmente versatili, sono formati da varie anse di
catena polipeptidica, cambiando la lunghezza e la sequenza amminoacidica di queste anse,
si può ottenere una varietà enorme di siti per legare l’antigene.
(proteina composta da 4 catene polipeptidiche tenute insieme da ponti disolfuro. Ogni
catena si compone di parecchi domini diversi, il sito di legame per l’antigene è situato dove
il dominio variabile della catena pesante si viene a trovare vicinissimo al dominio variabile
della catena leggera.

ENZIMI
Sono i responsabili di tutte le trasformazioni chimiche cellulari. Associarsi a un ligando non
è altro che una prima fase necessaria della loro attività. Associandosi ai ligandi, detti
substrati li convertono in prodotti chimicamente modificati, ripetendo l’operazione
continuamente a velocità impressionanti. Essi si possono raggruppare in classi funzionali
sulla base delle reazioni chimiche che catalizzano:
 IDROLASI enzimi che scindono legami covalenti utilizzando molecole di acqua.
 PROTEASI degradano le proteine idrolizzando i legami chimici tra gli amminoacidi.
 NUCLEASI degradano gli acidi nucleici idrolizzando i legami tra i nucleotidi.
 SINTASI catalizzano la sintesi di molecole nelle reazioni anaboliche, unendo due molecole
più piccole.
 ISOMERASI catalizzano la redistribuzione dei legami all’interno della stessa molecola.
 POLIMERASI catalizzano reazioni di polimerizzazione, come la sintesi di DNA e RNA.
 CHINASI catalizzano l’aggiunta di gruppi fosfato alle molecole.
 FOSFATASI catalizzano la rimozione idrolitica di gruppi fosfato dalle molecole.
 OSSIDOREDUTTASI catalizzano reazioni in cui una molecola si ossida e un alta si riduce. Gli
enzimi di questo genere si chiamano spesso ossidasi, reduttasi, deidrogenasi.
 ATPasi idrolizzano l’ATP.

Esempi:
ESOCHINASI aggiunge un gruppo fosfato al D-glucosio ma ignora il suo isomero ottico L-
glucosio.
TROMBINA (Enzima della coagulazione) taglia una precisa proteina ematica tra un arginina
e una glicina.

Tra questi enzimi troviamo il LISOZIMA:

EssoIl recide le catalizza

lisozima un’idrolisi,Èinserendo
catene polisaccaridiche un poste
enzima chemolecola
nella
una funziona
parete didaacqua
antibiotico
cellulare tra duenaturale,
batterica, zuccheripresente
nell’albume
adiacenti della catena polisaccaridica dell’uovo,
e rompendo nella saliva,
il legame nelle
singolo chelacrime e inDato
li unisce. altre
che in questo caso il substratosecrezioni.
è un polimero, il sito attivo del lisozima è un lungo
solco che tiene legati 6 zuccheri. Appena il polisaccaride si lega e forma il complesso
enzima substrato, l’enzima lo taglia aggiungendo una molecola d’acqua tra due dei
suoi monomeri. Le catene risultanti vengono immediatamente liberate e l’enzima è
pronto per un altro ciclo di reazione.
La rottura anche di poche molecole fa disgregare la parete e scoppiare la cellula batterica sempre soggetta
a pressione per cause osmotiche.

Le proteine spesso si avvalgono di piccole molecole non proteiche per svolgere funzioni che risulterebbero
difficili o impossibili con gli amminoacidi soltanto.

ESEMPIO: Rodopsina. Emoglobina contiene una parte non proteica indispensabile alla sua funzione, ogni
molecola porta uniti da legami non covalenti, 4 gruppi eme, molecole ad anello con un unico atomo di ferro
al centro, cui si deve il colore rosso della proteina e quindi del sangue. Legando reversibilmente l’ossigeno
al suo atomo di ferro, l’eme conferisce all’ossigeno la capacità di prelevare ossigeno a livello dei polmoni e
di liberarlo a livello dei tessuti.

Anche gli enzimi si servono di molecole non proteiche, che li assistono nella funzione catalitica. La
carbossipeptidasi, un enzima che recide le catene polipepidiche porta uno ione zinco legato saldamente al
suo sito attivo. Lo zinco contribuisce alla reazione formando un legame temporaneo con uno degli atomi del
substrato durante l’idrolisi del legame peptidico.

L’attività degli enzimi intracellulari è rigorosamente controllata,uno dei meccanismi più comuni di
regolazione è l’inibizione retroattiva (o a feedback).

Un enzima che si trova all’inizio di una serie di trasformazioni

chimiche viene inibito dal prodotto di una delle reazioni successive.

L’inibizione retroattiva è un tipo di regolazione negativa: impedisce all’enzima di funzionare. Gli

enzimi possono andar soggetti anche a regolazione positiva, in cui l’attività enzimatica viene
stimolata anziché repressa dalla molecola regolatrice. La molecola regolatrice presenta spesso
una forma del tutto diversa da quella del substrato dell’enzima. L’inibizione retroattiva induce un
cambiamento di conformazione.

Un altro meccanismo per controllare l’attività di una proteina è la fosforilazione.

Ovvero la formazione di un legame covalente tra un fosfato e una

delle catene laterali amminoacidiche, comportando una variazione
di conformazione e attività. La rimozione del gruppo fosfato, con
l’ausilio di un altro enzima riporta la proteina alla sua
conformazione e attività. PROCESSO DIFFUSO NELLE CELLULE
La fosforilazione proteica consisteEUCARIOTE(per
comporta il trasferimento cataliticodidel
esempio nel processo fosfato
divisione terminale
cellulare).
dell’ATP a una catena laterale di amminoacidi che presentino un gruppo ossidrilico. Tale reazione
ha come catalizzatore una proteina chinasi, mentre la reazione opposta di rimozione del fosfato,
ha come catalizzatore una proteina fosfatasi. La fosforilazione può stimolare l’attività delle
proteine o inibirla, a seconda della proteina coinvolta e del sito di fosforilazione.

Cicli di fosforilazione di questo genere consentono alla proteina di passare rapidamente da uno
stato all’altro. Tutta via mantenere in funzione questo meccanismo è costoso in termini energetici,
perché viene idrolizzata una molecola di ATP per ogni ciclo compiuto.

Un altro meccanismo di regolazione è il legame di una proteina con il GTP, un nucleotide della
guanina. Questo meccanismo è sempre basato sull’aggiunta o sulla rimozione di un fosfato. Tali
proteine si trovano in conformazione attiva quando sono legate al GTP, la proteina stessa idrolizza
il GTP a GDP, libera un fosfato e passa alla conformazione inattiva. Questo processo è reversibile
con l’aggiunta di un fosfato.

I cambiamenti conformazionali delle proteine sono importanti anche per le proteine motrici, le
permettono di generare le forze responsabili della contrazione muscolare e delle straordinarie
capacità di locomozione della cellula. Per far si che il movimento avvenga in un'unica direzione
basta rendere irreversibile una qualunque delle variazioni della forma, questo risultato si ottiene
accoppiando uno dei cambiamenti conformazionali all’idrolisi di una molecola di ATP legata alla
proteina. Esempi di questo meccanismo sono: MIOSINA, proteina motrice muscolare, CHINESINA
proteina responsabile dei movimenti cromosomici alla mitosi .

SINTESI PROTEICA
La sintesi proteica di tutte le proteine comincia nel citosol,
arriva l’rna-messaggero dal nucleo, si lega all’unità minore del
ribosoma, si lega il primo amminoacido e a questo punto si lega
ad una sub unità maggiore. Comincia la sintesi proteica, appena
la cellula, il ribosoma riconosce il peptide segnale, capisce la
destinazione di questa proteina, se è destinata al reticolo la
sintesi proteica si blocca e tutto viene trasferito sul reticolo e li
ricomincia la sintesi.