Documenti di Didattica
Documenti di Professioni
Documenti di Cultura
Ricombinazione omologa
I modelli di Halliday e di Meselson-Redding.
Il complesso RecBCD genera il filamento di DNA “invasore”.
La proteina RecA promuove lo scambio dei filamenti di DNA.
Il complesso RuvABC promuove la migrazione del chiasma
e la risoluzione degli intermedi di Halliday.
Nella Salmonella la
ricombinasi Hin inverte
una regione di 1000 bp
fiancheggita da siti invertiti
hixL e hixR
In una posizione il
promotore attiva i geni per
la flagellina 2 e
repressore per flagellina 1
Nell’altra induce flagellina 1
Il sistema necessita di un
enhancer a DNA che lega
la proteina Fis
DNA mobile
• La seconda classe di DNA,
interspersed DNA
(moderately repeated DNA,
Intermediate-repeat DNA).
• Fatta da un gran numero di
poche famiglie di sequenze
(45% hu genoma)
• Elementi mobili di DNA o
elementi transposabili.
• Divisi in due categorie:
DNA transposons e
retrotransposons
Genoma e ed evoluzione
Genoma e ed evoluzione
Sequenze regolative
Regioni intergeniche
uniche
Pseudogeni
Relitti?
Non espressi?
DNA microsatellite
3%
Regioni intergeniche
ripetute DNA altamente
ripetuto
45%
Tendenzialmente all’aumentare della
complessità di un organismo, decresce la
densità genica ed aumentano le sequenze
ripetute.
Genoma
La trasposizione
• Elementi trasponibili o trasposoni.
• Il movimento avviene per un ricombinazione
tra le estremità dell’elemento trasponibile e
una sequenza di DNA della cellula.
• Tre classi
– Trasposoni a DNA
– Retrotrasposoni simili ai virus
– Retrotrasposoni poli-A
Trasposoni
• Ciascuno contiene un gene o più geni
necessari per la propria mobilità
• A volte necessitano di una DNA polimerasi o
girasi o altri enzimi per trasporre
Due tipi
A DNA classe I (procarioti ed eucarioti)
Ad RNA classe II (eucarioti)
Struttura di un trasposone procarioti IS
Caratteristiche:
Inverted repeats (50 b)
Direct repeats (5-11 b)
Trasposoni a DNA
meccanismo
Il transposoma
animazione
Trasposizione replicativa
Repliconi donatore e
ricevente
Cointegrato contiene 2
copie del trasposone
• tRNA innesco a
100-200 bp dal 5’
• Salto
intramolecolare o
intermolecolare
• Ha come risultato
si ha l’estensione
dei segmenti
terminali formando
LTR
• “Scelta della
copia”
• scambio di
filamenti
stampo durante
la sintesi del
DNA.
• La sintesi del
filamento +
necessita di un
secondo salto
Modello dell
retrotrascrizione
di RNA
retrovirale
genomico in DNA
• “Scelta della
copia”
• è un
meccanismo
ricombinativo
derivata da uno
scambio nei
filamenti
stampo
• Il DNA lineare a doppia elica viene inserito nel DNA dell’ospite da un
integrasi retrovirale
• Si ha la perdita di 2 bp all’estremità del DNA virale
• La reazione è catalizzata da un integrasi
• L’estremità LTR dei retrovirus e trasposoni virali è formata da un
dinucleotide CA che è conservata e caratteristica
• L’integrasi genera tagli sfalsati sul sito bersaglio separati da 4-6 bp. Il
provirus è fiancheggiato da brevi ripetizioni dirette del sito bersaglio
Retroelementi si dividono in tre classi
hanno i meccanismi di TI
Retrotrasposoni Retrotrasposoni-
LTR non-LTR SINE
SINE (mammifero)
Ty (lievito) e L1 (uomo) Pseudogeni di trascritti di
Tipi comuni copia (drosophila) B1,B2, ID,B4 (topo) Pol III
Ripetizioni nel
bersaglio 4-6 bp 7-21 bp 7-21 bp
Attività
Enzimatiche TI e/o integrasi TI e/o endonucleasi Nessuna
TyA TyB
• Copia è un retrotrasposone LTR tipico di D. melanogaster
• Sono molto simili tra loro ed abbondanti varia in base al ceppo
• Hanno un sistema di trasposizione simile a Ty di lievito
• Costituiscono metà del genoma umano
Retrotrasposoni senza LTR
Chiamati anche retrotransposoni non virali.
Formano due classi:
– Long interspersed elements (LINE) (6 kb),
promuovono la loro mobilità e forniscono le
proteine per la mobilità di SINE
– Short interspersed elements (SINE) (300 bp)
Hanno sequenze simili ai geni: un promotore e
poliA. Spesso si presentano come
pseudogeni processati, senza il 5’
LINE
• Tre maggiori famiglie: L1, L2 ed L3
• L1 è la più abbondante (21% DNA
totale)
• Codifica: RNA-binding protein (ORF1) e
rev transcriptase/DNA endonuclease
(ORF2).
SINE
• 13% DNA umano
• 100-400 bp. Non codificano proteine.
• Hanno una sequenza ricca in A/T, come
LINE.
• 1.6 milioni di siti, di cui 1.1 sono
elementi Alu
Exon shuffling per ricombinazione tra
interspersed repeats omologhi
Pseudo geni come punti di partenza per esplorare nuove proteine