4.



RESPIRAZIONE)CELLULARE




Fase)1.)Piruvato)deidrogenasi

Fase)2.)Ciclo)dell’acido)citrico

Fase)3.)Catena)respiratoria

Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 1

Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 2
 Concetto)biochimico)di)
“respirazione”
• In)senso)“fisiologico”)il)termine)“respirazione”)si)riferisce)
all’assunzione)di)O2)e)al)rilascio)di)CO2)da)parte)di)organismi)
multicellulari)
• In)senso)“biochimico”))la)respirazione)è)quella)serie)di)
reazioni)che)portano)al)consumo)O2)e)al)rilascio)CO2)nella)
cellula))
• La)respirazione)cellulare)avviene)in)3)fasi:)
1. Nella)prima)fase,)molecole)organiche)quali)alcuni)aa,)acidi)grassi)e)
glucosio)vengono)ossidate)a)frammenti)di)2)atomi)di)carbonio,)il)gr.)
acetile)inserito)nell’acetil,CoA)
2. Nella)seconda)fase)i)gr.)acetilici)entrano)nel)ciclo)di)Krebs)dove)
vengono)ossidati)a)CO2)e)l’energia)liberata)viene)immagazzinata)in)
NADH)e)FADH2)
3. Nella)terza)fase)NADH)e)FADH2)entrano)nella)catena)respiratoria)
dove)O2)dà)H2O)e)l’energia)derivante)dal)trasferimento)degli)
elettroni)viene)immagazzinata)in)ATP)che)viene)sintetizzato)da)ADP
+Pi

FASE)1.

Piruvato)deidrogenasi:

Produzione)di)acetil)Co,A


Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 4
 Fase)1:)Produzione)di)acetil)Co,A
• Il)piruvato)derivato)dal)glucosio)nella)glicolisi)viene)ossidato)ad)
acetil,CoA)e)CO2)ad)opera)del)complesso)enzimatico)della)piruvato)
deidrogenasi)(PDH).)
• La)PDH)è)localizzata)nel)citoplasma)delle)cellule)procariotiche)e)nei)
mitocondri)degli)eucarioti)
• Due)sono)i)processi)combinati:)una)decarbossilazione)e)una)
deidrogenazione)
– Decarbossilazione:)il)gr.)carbossilico)viene)rimosso)dal)piruvato)a)dare)CO2)e)i)due)
atomi)di)C)che)restano)diventano)il)gr.)acetilico)dell’acetil,CoA.)
– Deidrogenazione:)si)genera)NADH)il)cui)ione)idruro)con)i)suoi)2e,)(:H,))entra)nella)
catena)respiratoria)e)le)unità)riducenti)vanno,)per)gli)organismi)aerobici,)all’O2)
oppure,)per)gli)organismi)anaerobici,)a)nitrati)o)solfati.)

Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 5

Quadro)di)insieme)delle)reazioni)catalizzate)dalla)PDH:


• Le)due)reazioni)combinate)di)decarbossilazione)e)
una)deidrogenazione)necessitano)l’azione)
sequenziale)di)3)enzimi)(E1,)E2,)E3))e)di)5)gr.)prostetici)
o)coenzimi:)la)tiamina)fosfato)(TPP),)il)flavin)adenin)
dinucleotide)(FAD),)il)CoA,)il)nicotinammide)adeinin)
dinucleotide)(NAD))e)il)lipoato.)

Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 6
 Elementi)essenziali)del)complesso)PDH
• E1)=)la)piruvato)decarbossilasi)che)lega)la)tiamina)
pirofosfato)(TPP))
• E2)=)diidrolipoammide)transacetilasi)che)lega)l’acido)lipoico)
• E3)=)lipoammide)deidrogenasi)che)lega)il)FAD)

• Il)complesso)contiene:)24)catene)di)E1,)24)catene)di)E2,)12)
catene)di)E3)
• Il)complesso)PDH)di)E.coli,)che)non)è)il)più)grande,)ha)una)
massa)di)circa)4.6)milioni)di)Dalton)

• Per)il)suo)funzionamento)ben)4)vitamine)devono)essere)
assunte)con)l’alimentazione:) E1
– La)tiamina)(vit.)B1))per)la)TPP) ) E2
– La)riboflavina)(vit)B2))per)il)FAD) ) E3
– La)niacina)per)il)NAD ) Lipoammide)
– L’acido)pantotenico)per)il)CoA Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 7

• Un)secolo)fa)un)biochimico)Polacco,)Casimir)
Funk,)dedusse)che)alcune)malattie)nutrizionali) • Beriberi:)carenza)vit)B1)(TPP) )
quali)il)beriberi)(porta)a)paralisi,)che)si)cura)con) – paralisi) )
la)crusca),)la)pellagra,)il)rachitismo)e)lo)scorbuto) – crusca) )
erano)il)risultato)di)carenza)di)sostanze)che)
possiamo)solo)assumere)con)la)dieta.))

• Pellagra:)carenza)niacina,)vit)B6)
• Chiamò)queste)sostanze)vitamine)(ammine) (piridossina,)piridossale,)
della)vita).)) piridossamina))o)Trp)
– Malattia)delle)3D:)Demenza,)

• La#sua#idea#NON#fu#subito#accettata#perché#
Dermatite,)Diarrea))) )
– latte,)verdure,)cereali)
prevaleva#la#teoria#dominante#di#Pasteur#
secondo#il#quale#le#malattie#erano#causate#solo#
da#infezione.# • Rachitismo:)carenza)vit)D)) )
– difetto)nell’ossificazione)in)
età)pediatrica))
• Oggi)sappiamo)bene)l’importanza)delle) – )fototerapia )
vitamine,)ma)pochi)sanno)di)Casimir)Funk….

• Scorbuto:)carenza)vit)C) )
– problema)formazione)del)
collagene)(tess)connettivo)) )
– )arance)o)se)crudi)(vit)C)
termolabile))cavoli,)broccoli,)
cavolfiori,)spinaci,)fragole,)
Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 8
peperoni,)kiwi)
• Reazione(1:(E1)riceve)il)gr) E1)=))
aldeidico)a)2C)dal)piruvato)e)lo) piruvato)deidrogenasi
lega)al)TPP,)si)produce)idrossietil,
TPP)
• Reazione(2:(il)gr)aldeidico)viene)
trasferito)al)primo)braccio)mobile)
lipoammidico)su)E2)e) E2)=))
contemporaneamente)ossidato)a) diidrolipoammide))
gr)acetilico) transacetilasi

• Reazione(3:(il)gr)acetilico)viene)
trasferito)al)secondo)braccio)
oscillante)che)lo)posizione)per)il)
trasferimento)al)CoA,SH)
• Reazione(4:(il)gr)acetilico)è)
trasferito)al)CoA,SH)producendo)
acetil,coA)
• Reazione(5:(E3)ossida)il)braccio)
lipoammidico)ridotto)mediante)
trasferimento)di)2H)al)FAD)a)dare) E2)=))
FADH2) diidrolipoammide))
deidrogenasi
• Reazione(6:(il)FADH2)viene)
ossidato)dal)NAD+ Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 9

E1:)Tiamina)pirofosfato
• La)conversione)della)tiamina,)vit)B1,)nel)coenzima)tiamina)pirofosfato)comporta)una)
fosforilazione:)

• Vit)B1,)partecipa)a)tutte)le)reazioni)di)decarbossilazione)degli)alfa,chetoacidi)
• Chiave)per)la)sua)reattività)è)l’attrazione)di)un)protone)legato)all’N1)della)pirimidina)
da)parte)di)un)glutammato,)che)aumenta)la)basicità)del)gruppo)aminico,)facilitando)
la)deprotonazione)del)C2)dell’anello)tiazolico)con)la)formazione)di)carbanione)
reattivo)sul)C2)dell’anello)tiazolico:
 TPP)nella)decarbossilazione)del)piruvato:

Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 11

E2:)Acido)lipoico)(lipoammide)
• L’accettore)dell’acetaldeide)prodotta)dalla)TPP)è)l’acido)lipoico)
• Acido)lipoico)=)disolfuro)interno)dell’acido)6,8,ditioottanoico.)

• Il)coenzima)è)legato)all’enzima)da)un)legame)ammidico)che)coinvolge)il)gr.)carbossilico)
dell’ac.)lipoico)e)il)gr.)ε,aminico)di)una)lisina,)dando)la)specie)reattiva)chiamata)
lipoammide:)

• Il)trasferimento)della)porzione)aldeidica)attiva)dalla)TPP)allo)zolfo)sul)C6)della)
lipoammide)comporta)l’ossidazione)dell’aldeide)accoppiata)alla)riduzione)del)disolfuro.))
• Si)genera)quindi)un)gr.)acilico)che)nella)PDH)viene)trasferito)al)CoA.

Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 12
 E2:)Co,A)e)l’attivazione)dei)gruppi)acile
• Il)Co,A,)dove)A)sta)per)acile,)partecipa)all’attivazione)dei)gruppi)acile,)quali)il)gr.)acetile)che)
deriva)dal)piruvato)
• Il)Co,A)deriva)da:))ATP,)vit.)acido)pantotenico)e)β,mercaptoetilamina)

• Il)gr.)SH)libero)rappresenta)la)parte)funzionale)importante,)mentre)il)resto)della)molecola)
fornisce)siti)di)legame)per)l’associazione)all’enzima)
• Il)gr.)acilico)si)lega)al)gr.)tiolico)a)dare)un)tioestere,)molecola)ad)alta)energia:

Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 14
 Paragone)contenuto)energetico)

tioesteri,esteri
• Nei)tioesteri)manca)una)stabilizzazione)per)risonanza)presente)
invece)negli)esteri:

Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 15

E3:))Coenzimi)flavinici
• Derivano)dalla)vit)B2,)la)riboflavina)

• La)parte)funzionale)è)l’anello)isoallossazinico

Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 16
 Reazioni)redox)dei)coenzimi)flavinici

Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 17

Meccanismo)di)azione)della)PDH
• L’ossidazione)del)piruvato)ad)acetil,CoA)coinvolge)i)coenzimi:)
– TPP,)Acido)lipoico,)FAD,)NAD+,)CoA,SH)
• Essi)agiscono)in)modo)concertato)con)i)tre)enzimi)E1,)E2,)E3)della)PDH)
• Le)reazioni)sono:

Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 18
① il)C,1)del)piruvato)viene)rilasciato)come)CO2)e)il)C,2)che)nel)piruvato)ha)lo)stato)di)
ossidazione)di)un’aldeide,)viene)legato)alla)TPP)come)gr)idrossietilico)
② )il)gr)idrossietilico)viene)ossidato)ad)acetato.)I)2e,)vanno)a)ridurre)il)ponte)–S,S,)dell’ac)
lipoico)a)2SH,)su)uno)viene)esterificato)il)gr)acetilico)
③ Il)gr)acetilico)viene)transesterificato)sul)CoA)a)formare)acetil,CoA)
④ Gli)2e,)dei)2RSH)vanno)prima)sul)FAD))
⑤ e)poi)sul)NAD+)
NB(gli(intermedi(della(sequenza(di(tutte(queste(tappe(non(si(allontanano(mai(dal(complesso(
PDH!

FASE)2.



Ciclo)dell’acido)citrico)

o

Ciclo)degli)acidi)tricarbossilici

o

Ciclo)di)Krebs


Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 20
 Fase)2:)Reazioni)del)ciclo)

dell’acido)citrico)–)8)tappe

Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 21

① )Formazione)di)citrato)dall’ossalacetato)
ad)opera)della)citrato)sintasi

• Il)metile)del)gr)acetilico)si)lega)al)C,2)dell’OAA)con)idrolisi)del)
tioestere)che)rende)la)reazione)fortemente)esoergonica.)
• Il)CoA,SH)viene)riciclato)dalla)PDH
② )Formazione)di)isocitrato)attraverso)il)cis,aconitato)ad)
opera)della)aconitasi)(aconitato)idratasi)

• L’aconitasi)forma)cis,aconitato)per)deidratazione)del)citrato)
• Il)cis,aconitato,)intermedio)con)doppio)legame)legato)all’enzima,)può)essere)reidratato)a)
dare)citrato)o)isocitrato)
• All’equilibrio)a)pH)7.4,)25)°C)si)ha)meno)del)10%)di)isocitrato,)ma)nella)cellula)la)reazione)
è)spinta)verso)destra)dalla)continua)sottrazione)di)isocitrato)da)parte)della)tappa)
successiva Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 23

③ )Formazione)di)α,chetoglutarato)e)CO2))dall’isocitrato)ad)
opera)della)isocitrato)deidrogenasi

Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 24
④ )Formazione)di)succinil,CoA)e)CO2))da)α,chetoglutarato)
ad)opera)della)α,chetoglutarato)deidrogenasi

• La)reazione)catalizzata)dalla)α,chetoglutarato)deidrogenasi)è)praticamente)identica)a)
quella)operata)dalla)PDH,)anche)qui)ci)sono)3)enzimi)E1,)E2,)E3)e)cinque)coenzimi,)TPP)
legato)a)E1,)acido)lipoico)legato)a)E2,)FAD,)NAD)e)CoA. )
• L’energia)liberata)dall’ossidazione)dell’α,chetoglutarato)viene)conservata)nel)legame)
tioestere)del)succinil,CoA
Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 25

⑤ )Conversione)di)succinil,CoA)e)succinato)ad)opera)
della)succinil,CoA)sintetasi)o)succinico)tiochinasi

Nucleoside)difosfato)chinasi

Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 26
 ⑥ )Conversione)di)succinato)a)fumarato)ad)opera)
della)succinato)deidrogenasi

• Il(FADH2(prodotto(entra(nella(catena(respiratoria,(e(per(proprio(per(questo(
la(succinato(deidrogenasi(si(trova(nella(membrana(interna(dei(mitocondri(
o((nella(membrana(plasmatica(dei(batteri

Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 27

⑦ )Idratazione)di)fumarato)a)malato)ad)opera)della)
fumarato)idratasi

• Lo)stato)di)transizione)è)un)carbanione)
• L’enzima)è)altamente)stereospecifico)e)catalizza)
l’idratazione)del)doppio)legame)trans)del)fumarato)
ma)dell’isomero)cis)(maleato)

Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 28
 ⑧ )Ossidazione)di)malato)ad)ossalacetato)ad)opera)
della)L,malato)deidrogenasi

• Sebbene)in)condizioni)standard)l’equilibrio)sia)spostato)verso)sinistra,)
nella)cellula)la)continua)rimozione)di)OAA)a)conc.)<10,6)M)da)parte)
della)citrato)sintasi)(tappa)1))la)reazione)è)fortemente)spostata)verso)
destra

Gianfranco)Gilardi),)Chimica)Biologica 29

Conservazione)dell’energia)nel)ciclo
• Nel)complesso)nel)ciclo)entrano)2C)
del)gr)acetilico)che)escono)poi)come)
CO2)dall’ossidazione)dell’isocitrato)
dell’α,chetoglutarato.)L’energia)
associata)da)queste)2)ossidazioni)
porta)a)3NADH,)1)FADH2)e)1GTP)(o)
1ATP).)
• I)3NADH)e)1)FADH2)entrano)poi)nella)
catena)respiratoria)a)ulteriormente)
dare)ATP.)
• Valutando)nel)complesso)la)glicolisi,)
ciclo)di)Krebs)e)respirazione,)della)
quantità)massima)teorica)di)energia)
contenuta)in)una)molecola)di)glucosio)
(2840)kJ/mole))se)ne)recupera)il)34%
 Concepts)to)catch:
1. Descrivi)nelle)sue)linee)generali)e)nelle)sue)reazioni)chiave)i)diversi)
passaggi)del)ciclo)dell’acido)citrico)

1. Descrivi)nel)dettaglio)con)le)formule)delle)varie)tappe)e)con)i)cofattori)
coinvolti)la)reazione)catalizzata)dalla)piruvato)deidrogenasi

Prof.)G.)Gilardi),)Biological)Chemistry 31