Documenti di Didattica
Documenti di Professioni
Documenti di Cultura
Nucleic Acids
3
Costituenti degli Acidi Nucleici
4
Costituenti degli Acidi Nucleici
ACIDO NUCLEICO
5
Costituenti degli Acidi Nucleici
Riassumendo:
Proteine: ISTONI O PROTAMINE
Acido nucleico: DNA o RNA
Monosaccaride: RIBOSIO o DESOSSIRIBOSIO
Base azotata:
ADENINA (A)
TIMINA (T)
GUANINA (G)
CITOSINA (C)
URACILE (U)
IPOXANTINA (I)
XANTINA (X)
PSEUDOURIDINA ()
6
Costituenti dei nucleotidi.
Monosaccaridi: RIBOSIO e
DESOSSIRIBOSIO
Formule di struttura
7
Costituenti dei nucleotidi.
Monosaccaridi: RIBOSIO e
DESOSSIRIBOSIO
Sono legati tramite il C1
alla base con un legame
b glucosidico
(eteroglucosidico)
8
Costituenti dei nucleotidi. Monosaccaridi:
RIBOSIO e DESOSSIRIBOSIO
I gruppi fosforilici
servono da ponte tra il 3’
di un monosaccaride ed
il 5’ del monosaccaride
adiacente
9
STUTTURA ANELLO PIRIMIDINICO
E PURINICO
Sono strutture eterocicliche, variamente sostituite, che
possono trovarsi in differenti forme di risonanza. Sia le
struttura monomeriche che l’intero polimero risentono
dell’effetto risonanza.
10
Equilibrio tra forme
tautomeriche: URACILE
11
Equilibrio tra forme
tautomeriche: GUANINA
12
Le pirimidine
13
Uracile: 2,4 diidrossi pirimidina
14
Timina: 2,4 diidrossi 5 metil
pirimidina (o 5 metil uracile)
•E’ presente nel DNA ma talvolta può essere associata a
ribosio nel tRNA
• Presenta tre forme di risonanza (come per l’uracile)
15
Citosina: 2 idrossi 4 amino pirimidina
•E’ presente sia nel DNA che nell’RNA
HO
H
HO
16
Citosina: derivati metilati o
idrossimetilati in 5
4
CH3 CH2OH
3 5
2
6
HO HO
1
17
Citosina: derivati metilati
CH3 CH3
4
H3C
3 5
2
6
HO HO
1
6 7 6 7
5 5
1 1
8 8
2 2
4 9 4 9
3 3
19
Altre basi
6 7
5
1
azotate
8
2
4 9
puriniche
3
20
Caratteristiche delle basi
puriniche
•IPOXANTINA e ADENINA, avendo un solo gruppo sostituente
hanno solo due forme di risonanza, lattimica e semilattamica
21
Derivati delle purine
•Tutte le purine possono essere metilate:
•6-N-dimetil adenina
•1 metil adenina
- CH2-CH=C-CH3
•3 metil adenina 6 7 CH3
•7 metil adenina 5
1
•6-N-isopentenil adenina 8
2
•1 o 3 alchil guanina 4 9
•Dimetil amino guanina 3
•Metil o alchil xantine
•Metil o alchil ipoxantine
22
Nucleosidi: purine, legame 1’-9
A+ ribosio: ADENOSINA
A+ desossiribosio: DESOSSIADENOSINA (dADENOSINA)
G+ ribosio: GUANOSINA
G+ desossiribosio: DESOSSIGUANOSINA (dGUANOSINA)
I+ ribosio: INOSINA
I+ desossiribosio: DESOSSIINOSINA (dINOSINA)
9 9
1’ 1’
23
Nucleosidi: pirimidine, legame 1’-1
U+ ribosio: URIDINA
T+ desossiribosio: DESOSSITIMIDINA (dTIMIDINA)
C+ ribosio: CITIDINA
C+ desossiribosio: DESOSSICITIDINA (dCITIDINA)
1 1
1’ 1’
24
Il legame 1’-1 ha caratteristiche differenti nelle varie forme di risonanza
25
Nucleosidi occasionali
RIBOTIMIDINA
DIIDROURIDINA ( uracile 5-6 saturo)
TIOURIDINA
26
Nucleotidi
•Sono nucleosidi
fosforilati sullo
zucchero in 3’ o 5’
Base •Negli AN il
fosforile fa da
3’ 5’ collegamento tra il
3’ di un ribosio e il
Base 5’ del successivo
fosforile
27
Nucleotidi
28
Nucleotidi: fosforilazione
29
Nucleotidi ciclici
30
Acidi nucleici
•Struttura 1aria: sequenza nucleotidi
mRNA
semplice DNA virale
•Struttura 2aria: elica
doppia DNA cromosoma
RNA virale
RNA transfer
ribosomiale
32
Prof. G. Gilardi - Biological Chemistry 33
Purine and
pyrimidine
bases found in
DNA and RNA
Ionization
Adjacent monomer units in nucleic acids are connected via phosphate groups attached
to the hydroxyl on the 5' carbon of one unit and the 3' hydroxyl of the next one. This
linkage is called a phosphodiester bond,
1. Phosphodiester bonds in nucleic acids are very stable to hydrolysis in the absence of
a catalyst (such as an acid or a nuclease).
Dehydration - unfavorable
thermodynamics
Energy of triphosphate
hydrolysis coupled
to synthesis
46
Struttura secondaria
47
Struttura secondaria
48
Struttura secondaria
49
50
Struttura secondaria: appaiamento
basi e ponti idrogeno
51
Struttura secondaria
52
Struttura secondaria
53
Struttura secondaria: solco
maggiore e solco minore
Se si osserva una molecola di DNA vediamo che l’elica
presenta 2 SOLCHI:
SCANALATURA PRINCIPALE
SCANALATURA SECONDARIA
L’ampiezza di queste scanalature varia drammaticamente
nei diversi momenti fisiologici del DNA soprattutto a riguardo
del solco principale che è:
PROFONDO nel DNA a riposo
PIATTO nel DNA subito prima della trascrizione
54
55
Solco minore e solco maggiore
56
Struttura secondaria: DNA A,B e Z
57
58
La forma Z interagisce con le proteine che avviano i processi di
trascrizione (proteine di apertura) nei tratti ricchi di coppie GC.
L’effetto di queste proteine è di causare una INVERSIONE di
STEREOISOMERI della GUANINA da ANTI a SIN per
rotazione attorno al legame eteroglucosidico tra la base
purifica e il desossiribosio.
La condizione SIN fa interrompere i legami H con la citosina. Si
hanno brusche deviazioni dell’avvolgimento regolare della
spirale con allentamento della spiralizzazione. Il solco
diventa piatto, l’elica si apre e si avvia la trascrizione.
In tal modo le basi vengono esposte e possono essere
trascritte.
L’assorbanza a 260 aumenta.
59
Confronto fra le forme
A, B e Z di DNA
60
Confronto fra le forme A, B e
Z di DNA
63
Prof. G. Gilardi - Biological Chemistry 64
Prof. G. Gilardi - Biological Chemistry 65
B-DNA (hydrated)
A-DNA (low humidity)
A-form: RNA,
DNA-RNA
B-DNA
Prof. G. Gilardi - Biological Chemistry A-DNA 66
Z-form: Left hand DNA
Z A, B A, B, Z
Prof. G. Gilardi - Biological Chemistry 67
Prof. G. Gilardi - Biological Chemistry 68
Prof. G. Gilardi - Biological Chemistry 69
Complementarity allows replication
71
La denaturazione è un effetto cooperativo: la
destabilizzazione di una parte di molecola del DNA
destabilizza progressivamente le restanti parti.
Se l’energia viene fornita come CALORE si può determinare
la curva di fusione o T di fusione o T critica o T di
denaturazione (curva di denaturazione.
La curva di denaturazione è caratteristica di ogni tipo di DNA
e cresce con il crescere della stabilità della doppia elica.
Fattori che aumentano Tfus e stabilità:
1) la % di coppie GC che avendo 3 legami a H comportano
una interazione più forte
2) la presenza di cationi, soprattutto divalenti
3) la concentrazione di ioni, il solvente, il pH
72
Il processo è reversibile se si raffredda gradatamente (anche il
riscaldamento, ad es. a 80°C, deve essere graduale): si
osserva una diminuzione di Abs a 260 nm. Se il riscaldamento
e raffreddamento sono bruschi il processo diventa irreversibile.
Finalità: creare ibridi DNA-RNA.
Altre situazioni possono danneggiare la struttura
supersecondaria del DNA e anche la struttura supersecondaria
di tRNA, oltre che alla normale struttura secondaria delle
singole eliche:
1) pH: trasforma reversibilmente la forma chetonica in
enolica, impedendo il legame di T con A (T si può legare con
G che ha l’atomo in 2 in grado di dare legami a H)
derivati alogenati di amine 3arie: si legano al DNA impedendo
l’apertura delle 2 eliche al momento della duplicazione
73
Denaturation of DNA
75
76
Endonucleasi di restrizione
•Questi enzimi riconoscono specificamente le basi (G da
A e C da T) ma soprattutto, avendo sito attivo molto
grande, ospitano la doppia elica del DNA e riconoscono
COPPIE DI SEQUENZE tra le 2 e le 6 paia di basi con
sequenza PALINDROMICA.
•L’enzima genera un taglio ogni volta che riconosce la
sequenza specifica
•Es. CGATCG
GCTAGC
77
Palindromic DNA sequences
79
Sequenziamento
80
Sequenziamento con metodo
enzimatico di Sanger (o
metodo dei
didesossinucleotidi)
81
Sequenziamento
82
83
Sequenziamento
84
H-DNA
Strands made of one all-
purine and one all-pyrimidine
strands: these regions can
give segments of triple
helices.
87
88
Supercoiling is a property of a DNA double helix in which the number of turns of the two
strands around each other either exceed or are fewer than the number of turns in the
most stable helical conformation. Only a helix that is circular or else fixed at both ends
can support supercoiling. The energy stored in circular DNAs by twisting them into
supercoils may have major effects on DNA conformation.
DNA gyrase - plays the predominant role during replicative chain elongation. DNA
gyrase both relieves stress ahead of the replication and introduces negative supercoils
into newly synthesized DNA. The gyrase A subunit is the target for binding of nalidixic
acid, an inhibitor of DNA replication. Novobiocin binds to the B subunit and inhibits ATP
cleavage.
Prof. G. Gilardi - Biological Chemistry 89
Tertiary
Structure:
Relaxed and supercoiled
DNA molecules:
Mitochondrial DNA,
16500bp each.
tRNA
96
rRNA
è sempre associato a proteine basiche di PM tra 10 e 20
kdaltons e assume forma globulare con numerosi
ripiegamenti
ha molte basi mutilate che lo rendono resistente alle
nucleari: vita lunga
Si organizza in una struttura 4aria dimerica (2 subunità,
maggiore e minore) che ha forma di “meringa”.
Nei batteri le subunità sono 30 S e 50 S
Negli eucarioti 40 S e 60 S
97
Nella zona di interazione tra subunità maggiore e minore
c’è il sito per l’RNA messaggero
99
tRNA
100
101
Il lobo DHU contiene un nucleotide particolare, senza in saturazioni: la
diidrouridina che ha tendenza a passare nella forma SIN interrompendo i
legami H.
Sono presenti anche basi metilate.
Il lobo TC viene anche detto della ribotimidina e pseudouridina perché
contiene:
a) timida associata a ribosio
b) pseudouracile che si lega al ribosio col C5
102
1) il loop interagisce con proteine della subunità maggiore
dei ribosomi
2) il braccio DHU interagisce con i fattori di allungamento
presenti sulla subunità maggiore, attraverso proteine di
trasporto
3) il braccio del codice interagisce con mRNA e subunità
minore
4) l’estremità 3’ si lega all’aa specifico grazie ad una C-O
ligasi:
103
tRNA per la fenilalanina (lievito)
104
Trascrizione
105
tRNA per la fenilalanina (lievito)
106
rRNA
107
rRNA
108
Trascrizione
109
Possible questions
1. Scrivi le formule e discuti le proprieta’ chimico-fisiche dei
nucleosidi e nucleotidi che entrano nella composizione del
DNA e dell’RNA
2. Descrivi con l’uso di formule le capacita’ delle basi
puriniche e pirimidiniche nel formare i legami idrogeno
chiave alla struttura del DNA, disegnando gli appaiamenti
3. Scrivi le formule delle forme tautomeriche delle basi
azotate, indica le posizioni influenzate dal pH e le diverse
capacita’ di formare legami idrogeno.
4. Descrivi con l’uso di schemi e formule le strutture B, A, Z
e H del DNA