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REGOLAZIONE DELL'ESPRESSIONE GENICA

La scoperta della struttura del DNA e dei meccanismi di traduzione del codice genetico ha aperto la strada a
programmi ambiziosi, basati sull'idea che la conoscenza del patrimonio genetico di un individuo possa
portare alla completa comprensione e definizione della sua identità. Tra i più importanti e significativi
progetti di ricerca nati su questo filone si colloca il Progetto genoma, col quale è stata effettuata la
completa mappatura del genoma umano. Purtroppo la semplice conoscenza del patrimonio genetico non
dice molto sull'individuo, in quanto ciò che effettivamente ne determina l'identità è l'espressione genica e il
DNA umano viene espresso solo per I'1%.

In questo capitolo verranno analizzati alcuni dei meccanismi di regolazione genica attualmente noti, con la
Consapevolezza, peró, che in questo camp0 la strada da percorrere e ancora lunga

1) Regolazione dell'espressione genica nei procarioti


Nonostante che il codice genetico sia comune a tutti gli organismi, di qualunque grado di complessità,
esistono enormi differenze riguardo ai meccanismi di regolazione dell'espressione genica.

Il cromosoma procariote, in particolare, è costituito da un'unica, grande molecola circolare di DNA, che,
srotolata, raggiunge dimensioni lineari ben superiori a quelle dell'intera cellula. Nel DNA vengono
conservate tutte le informazioni utili per la produzione di proteine ed enzimi necessari alla vita e al
metabolismo della cellula ed ogni segmento che codifichi per una proteina è detto gene strutturale.

Di solito nel crom0soma procariote geni strutturali che codificano per proteine aventi funzioni correlate,
Come ad esempio gli enzimi di una stessa sequenza biochimica, si trovano raggruppati e spesso vengono
trascritti in un unico filamento di m-RNA, in modo che le proteine di cui la cellula necessita
contemporaneamente e in uguali quantità possano essere prodotte tutte insieme.

Tuttavia, la cellula produce enzimi e proteine codificate nel suo DNA solo in caso di necessita: ad esempio,
Escherichia Coli produce la β-galattosidasi, enzima necessario alla digestione del lattosio, solo in presenza di
lattosio, condizioni in cui arriva a Contenerne fino a 3.000 molecole. Al contrario, in assenza di lattosio, ogni
cellula contiene mediamente una molecola di β-galattosidasi. Evidentemente nella cellula esistono sistemi
in grado di attivare o disattivare la trascrizione e la traduzione dei geni strutturali a seconda delle esigenze
momentanee, ossia in rapport al tipo di ambiente, alla presenza o assenza di alcuni nutrienti etc. In tal
modo la cellula non impegna inutilmente energia per produrre Sostanze di cui non ha bisogno.

Nei procarioti la regolazione della sintesi proteica avviene essenzialmente a livello della trascrizione,
secondo un meccanismo esplicato dal cosiddetto modello dell'operone, proposto da F. Jacob e J. Monod.
La trascrizione di un tratto di DNA inizia in seguito all'adesione della RNA-polimerasi a una sequenza
specifica del DNA, detta promotore. Di qui, scorrendo lungo il DNA, la RNA-polimerasi copia un tratto che
codifica per uno o più geni strutturali, fino ad incontrare una sequenza di terminazione. Secondo la teoria
dell'operone, tra il promotore ei geni strutturali si trova una sequenza, detta operatore, alla quale può
legarsi una proteina, a sua volta codificata da un gene regolatore, denominata repressore. Legandosi
all'operatore, il repressore impedisce lo scorrimento dell' RNA-polimerasi lungo il DNA o addirittura ne evita
il legame con il promotore, bloccando la trascrizione del gene strutturale. ll legame del repressore con
l'operatore dipende dalla presenza di altre molecole, indicate come corepressori o induttori: i primi
attivano il repressore, consentendogli di legarsi all'operatore; i secondi lo disattivano, impedendone il
legame con l'operatore. Nell' Escherichia coli, ad esempio, la produzione di β-galattosidasi è sotto il
controllo dell’operone lac (fig 1), regolato da un repressore che ha come induttore l’allolattosio, il primo
prodotto del metabolismo del lattosio. In tal modo, quando Escheria coli si trova in presenza di lattosio, le
molecole di enzima presenti nella cellula ne avviano la digestione e l’allolattosio, prodotto come primo
intermedio, si lega al repressore dell’operone lac, determinandone il distacco dall’operone e avviando la
trascrizione del gene strutturale β-galattosidasi.

2) Regolazione dell'espressione genica negli eucarioti


La quantità di DNA negli eucarioti è enormemente più grande che nei procarioti anche se vi sono tantissimi
segmenti ripetuti, molti dei quali apparentemente non utilizzati. Inoltre, il DNA negli eucarioti mostra
un’organizzazione molto più complessa, essendo strettamente associato a proteine che determinano la
struttura del cromosoma, influenzando, di conseguenza, . l'espressione genica.

L'associazione di DNA e proteine nel nucleo cellulare è indicata col nome di cromatina (per la sua sensibilità
ai coloranti), di cui le proteine rappresentano oltre il 50% in peso. La maggior parte di queste è
rappresentata da piccoli polipeptidi detti istoni, che svolgono un ruolo fondamentale nel ripiegamento e
nell’avvolgimento del DNA. La restante parte delle proteine associate al DNA varia molto da un organismo
all'altro ed è costituita di enzimi, proteine di regolazione, molte delle quali ancora sconosciute. Si
distinguono cinque tipi di istoni contenuti nel nucleo, quattro dei quali possiedono strutture assai simili
anche in organismi sensibilmente diversi e sono presenti in quantità doppia rispetto agli istoni del quinto
tipo. Tali proporzioni risultano facilmente comprensibili esaminando la struttura dell'unità fondamentale
della cromatina il nucleosoma (fig. 2), costituito da una parte centrale, formata da otto molecole istoniche,
due per ogni tipo, attorno alle quali e avvolto il DNA, e da una proteina istonica di tipo diverso rispett0 a
quelle interne, affiancata esternamente. I nucleosomi posti in sequenza costituiscono una sorta di "collana
di perle" che, riavvolgendosi su sé stessa, forma una fibra del diametro di 30nm. Questa, a sua volta, si
ripiega in domini ad ansa spiralizzati, i quali si condensano fino a costituire il cromosoma, il cui spessore
arriva a 1.400nm.
La cellula eucariote, contrariamente a quella procariote, esprime solo la piccola parte del suo DNA che
viene permanentemente attivata nel corso del differenziamento cellulare. Questo processo consente a
cellule dotate dello stesso patrimonio genetico, in quanto generate dallo stesso zigote, di differenziarsi,
assumendo nell'organismo funzioni completamente diverse.

Numerose prove hanno dimostrato che l'espressione genica strettamente collegata al grado di
condensazione della cromatina.

Colorando il nucleo cellulare, infatti, si possono distinguere zone in cui la cromatina e più densa, dotate di
colorazione più accentuata, indicate come eterocromatina, e zone colorate più debolmente, caratterizzate
da una maggiore dispersione della cromatina, denominate eucromatina. Naturalmente il processo di
trascrizione e la conseguente espressione di un gene dipendono dal grado di accessibilità del gene stesso,
per cui la parte di DNA che ogni cellula esprime e limitata alla porzione di eucromatina.

Inoltre, si è notato che, in seguito al differenziamento, il grado di condensazione di regioni diverse della
cromatina varia da una cellula all'altra e il rapporto tra eucromatina ed eterocromatina diminuisce, segno
che ogni cellula differenziata esprime solo una piccola, specifica porzione del proprio DNA.
Infine, anche negli eucarioti sono presenti sistemi di regolazione basati su proteine come nei procarioti,
sebbene dotati di un MALI maggiore grado di complessità. Infatti, ogni gene è regolato solitamente da più
proteine, alcune attivanti, altre disattivanti, i cui siti di legame sono spesso molto lontani dal gene, il che
rende la loro individuazione estremamente difficoltosa.

3) II DNA eucariote
Si è detto che la quantità di DNA negli eucarioti è nettamente maggiore rispetto a quella dei procarioti e
molto di questo DNA sembra essere inutilizzato. Mentre i batteri esprimono praticamente la totalità del
loro DNA, negli eucarioti meno del 10% del DNA Codifica per le proteine e nelle cellule umane questa
percentuale potrebbe arrivare addirittura all'1%. Lo studio della struttura della struttura del DNA eucariote
ha permesso di individuare sequenze di diversa tipologia e funzione.

Il DNA a sequenza semplice è formato da sequenze di 5-10 nucleotidi che si ripetono testa-coda un gran
numero di volte. Tali sequenze non sono codificanti, ma sembrano avere importanza per la struttura del
cromosoma. Lunghi tratti di questo tipo si trovano nella zona del centromero o all'estremità dei cromosomi,
dove formano una sorta di "cappuccio" di protezione che conferisce stabilità al cromosoma. Il DNA umano
è costituito per il 20-30% da brevi sequenze ripetitive.

Il DNA a sequenze ripetitive interposte è, invece, un tipo di DNA codificante per proteine, costituito da
tratti di 150-300 nucleotidi ripetuti più volte, raramente uno dopo Il'altro, più spesso sparsi allinterno del
DNA. Appartengono a questa classe i geni che codificano per gli istoni o per l'r-RNA, presenti nella cellula in
numero di 50-500 copie. Altri esempi di sequenze ripetitive interposte sono le cosiddette famiglie geniche,
costituite da sequenze non identiche ma molto simili tra loro, probabilmente originatesi da un gene
ancestrale. Un esempio di questo tipo e dato dalla famiglia delle globine, in cui il gene ancestrale codificava
LI probabilmente per una proteina simile alla mioglobina (proteina costituita da una sola catena
polipeptidica con un solo gruppo eme), da cui, a seguito di mutazion casuali, Si sarebbe originata l'attuale
famiglia genica.

Il DNA a copia unica, infine, corrispondente al 50-70% di tutto il DNA, rappresenta la classe alla quale
appartengono tutti i geni strutturali, ossia quelli che codificano per proteine, anche se solo una piccola
frazione di questo DNA (circa 1%) viene effettivamente espressa dalla cellula

Una sorprendente scoperta riguardo alla struttura dei geni codificanti concerne l fatto che le sequenze
codificanti all’interno di un gene, dette esoni, non sono continue, bensì intervallate da sequenze non
codificanti, denominate introni. Infatti, in molti casi la lunghezza del gene è maggiore di quella dell’m-RNA
che viene tradotto in proteina nel citosol.

La funzione degli introni non è stata ancora chiarita, ma si è osservato che spesso sono posti a separare
esoni che codificano per parti di una proteina aventi funzioni distinte: ad esempio, i geni della famiglia delle
globine sono formati da tre esoni e due introni e l'esone centrale codifica per la parte della catena che è
associata al gruppo eme.

4) Trascrizione e traduzione in procarioti ed eucarioti


Negli eucarioti il processo di trascrizione è Simile a quello dei procarioti solo in linea generale: I'RNA-
polimerasi si attacca alla sequenza iniziale (promotore) e, scorrendo lungo la molecola di DNA
dall'estremità 3' a quella 5', sintetizza la molecola di m-RNA Complementare. Contrariamente a quanto
accade nei procarioti, in cui più geni strutturali regolati dallo stesso operone sono trascritti e tradotti
contemporaneamente, nel cromosoma eucariote ogni gene strutturale viene regolato, trascritto e tradotto
indipendentemente dagli altri.

Inoltre, mentre nei procarioti la traduzione della molecola di m-RNA può avere inizio a partire dall'estremità
5’ della molecola anche mentre all'estremità opposta si sta completando il processo di trascrizione, negli
eucarioti trascrizione e traduzione costituiscono due processi completamente separati sia spazialmente che
temporalmente.

ll processo di trascrizione (fig. 3) ha luogo nel nucleo e produce una molecola di m-RNA in cui vengono
copiati sia esoni che introni.
All'estremità 5’ della molecola viene legata una sequenza leader, la cui funzione è quella di congiungere la
molecola di m-RNA al ribosoma, mentre all'estremità 3' viene aggiunta una sequenza trailer, costituita da
un filo di nucleotidi di adenina.

Successivamente, prima che I'm-RNA venga esportato dal nucleo nel citoplasma, la molecola subisce una
rielaborazione mediante un processo detto di splicing, attraverso il quale vengono eliminate le sequenze
relative agli introni. Esistono numerosi esempi di molecole di m-RNA che, rielaborate attraverso splicing
diversi, producono proteine diverse. In questi casi, in pratica, uno stesso gene strutturale viene utilizzato
per produrre più di una proteina, semplicemente cambiando il sistema di lettura, cosicché quello che era un
introne per una proteina può diventare un esone per l'altra, o viceversa. Tutto cio conferma come nelle
cellule eucariote il problema della regolazione e dell'espressione genica sia nettamente più complesso
rispetto alle cellule procariote.

5) Spostamento di geni
Per molti anni i ricercatori sono stati convinti della sostanziale stabilità dei cromosomi, modificati
unicamente in seguito a fenomeni di crossing-over o mutazioni casuali. In realtà esistono molte altre cause
che possono determinare modificazioni del DNA nei procarioti e negli eucarioti.

5.1) Plasmidi e coniugazione


In tutte le cellule batteriche, oltre al grande cromosoma batterico, esistono molecole di DNA più piccole,
contenenti da 2 a 30 geni, dette plasmidi. Questi possono riprodursi contemporaneamente al cromosoma
batterico, in modo che ogni cellula possieda una copia del plasmide, oppure a velocità maggiore o minore,
casi in cui, rispettivamente, ciascuna cellula può possederne più copie o addirittura nessuna. I plasmidi
possono essere trasferiti da una cellula all'altra attraverso il contatto cellula-cellula: una volta creato un
ponte citoplasmatico tra le cellule, un singolo filamento del DNA del plasmide viene trasferito dalla cellula
donatrice a quella accettrice mediante una duplicazione detta “a cerchio rotante” e successivamente in
entrambe viene ricostruito il filamento complementare (fig. 4).

Fra i diversi tipi di plasmidi individuati, uno di particolare interesse è quello della resistenza ai farmaci, detto
plasmide R. Si era osservato che una popolazione di batteri sensibile a un antibiotico poteva diventare
resistente in meno di un'ora se posta in presenza di batteri resistenti. Successivamente si scoprì che il gene
della resistenza, che generalmente conferisce al batterio la capacità di produrre un enzima in grado di
distruggere o rendere meno attivo l'antibiotico, rísiede su un plasmide e ciò consente la rapida produzione
di copie del gene e il suo trasferimento da una celtula batterica a un'altra. I geni della resistenza ai farmaci
possono anche passare dal plasmide al cromosoma batterico, Oppure essere trasferiti a virus o batteri di
specie diverse.

5.2) Virus come vettori di informazione


I virus, costituiti da una molecola di DNA o di RNA racchiusa all’interno di un capside proteico, non
possiedono citoplasma né organuli cellulari e quindi non sono capaci di replicarsi se non all’interno di una
cellula ospite.
Quando un virus infetta una cellula aderisce alla sua superficie mediante le proteine del capside e ciò spiega
il motivo per il quale le infezioni virali non si trasferiscono facilmente da una specie all’altra: ogni virus,
infatti, riesce ad infettare solo le cellule che possiedono sulla loro superficie recettori per le proteine del
capside.

All'interno della cellula il DNA o I'RNA Virale si duplicano e dirigono la sintesi delle proteine virali. Quando
le nuove particelle virali sono state assemblate vengono liberate attraverso la lisi cellulare, determinata da
proteine codificate all'interno del cromosoma virale. Questo tipo di meccanismo riproduttivo del virus
prende il nome di ciclo litico. Tuttavia, esistono virus che si comportano in maniera diversa e dopo il loro
ingresso nella cellula restano silenti per un lungo periodo di tempo. Questi, infatti, inseriscono il proprio
cromosoma all'interno del cromosoma cellulare e si riproducono insieme alle cellule. II ciclo litico viene
innescato quando il cromosoma virale fuoriesce spontaneamente da quello della cellula ospite. In questo
secondo caso si parla di ciclo lisogeno.

I virus capaci di inserire il proprio cromosoma all’interno del cromosoma eucariote sono denominati
provirus e tra questi figurano virus a DNA e retrovirus a RNA, cosi chiamati perché prima di essere integrati
nel cromosoma cellulare devono essere trasformati nel corrispondente filamento di DNA, operazione resa
possibile dall'enzima trascrittasi inversa, presente nel capside proteico. Si ricordi, altresi, che un esempio di
retrovirus a RNA è il virus dell'HIV.

I virus possono costituire vettori di informazione genetica poiché nel ciclo litico, dopo la frammentazione
del DNA della cellula Ospite e l'assemblaggio delle nuove particelle virali, alcuni frammenti del DNA
cellulare possono essere casualmente inglobati nel capside proteico del virus e quindi trasferiti ad altre
cellule. In tal caso i frammenti di DNA trasferiti sono del tutto casuali e si parla quindi di traduzione
generale. Anche nel ciclo lisogeno possono essere trasferiti frammenti di DNA cellulare, che in questo caso
saranno quelli contigui al punto di inserzione del cromosoma virale, il quale, distaccandosi, può portare con
sé frammenti del cromosoma cellulare. Per questo motivo si parla allora di trasduzione specifica.

Mediante questi meccanismi i virus possono costituire veri e propri vettori attraverso i quali tratti di DNA
vengono trasferiti da una cellula all'altra, provocando modificazioni permanenti nel DNA cellulare.

5.3) I trasposoni
Già negli anni '50 Barbara McLintock, studiando le variazioni presenti nei semi di granturco attraverso la
mappatura genica, avanza I'ipotesi che esistessero geni, da lei chiamati trasposoni, in grado di cambiare
posizione all’interno del cromosoma o addirittura di saltare da un cromosoma all'altro. Solo trent'anni
dopo, quando fenomeni analoghi furono riscontrati anche in organismi semplici Come virus e batteri, il suo
lavoro ebbe il giusto riconoscimento con il conferimento del premio Nobel.

Nei procarioti sono stati individuati due tipi di trasposoni: semplici e complessi. In entrambi i casi si tratta di
frammenti di DNA capaci di spostarsi da una zona all'altra del cromosoma grazie alla presenza di un gene
che codifica per un enzima, detto trasposasi. In questo spostamento capita spesso che il trasposone non
scompaia dal sito di provenienza, ma produca una nuova copia di sé che viene inserita nel nuovo sito.
I trasposoni semplici sono piccoli e contengono soltanto i geni necessari al processo di trasposizione,
mentre quelli complessi comprendono anche altri geni, il più delle volte situati tra due trasposoni semplici.
Una volta inseriti nel DNA i trasposoni possono inattivare geni codificanti, innestandosi all'interno della
sequenza nucleotidica, oppure, se contengono sequenze di promotori, possono attivare la trascrizione di
geni precedentemente inattivi. I trasposoni presenti negli eucarioti sono molto simili a quelli dei procarioti e
come questi possono provocare mutazioni o alterazioni nel funzionamento dei geni.