Solo nella ricorrenza della Pasqua del 1607[14] entrò nel collegio di La Flèche[15]

- fondato da Enrico IV nel 1603 e assegnato ai gesuiti - che già godeva di alta
rinomanza e dove il fratello Pierre aveva iniziato gli studi nel 1604. Nello stesso
collegio studiò il teologo e scienziato Marin Mersenne, che Cartesio conoscerà
probabilmente solo nel 1622 o 1623,[16] di cui fu amico per tutta la vita e che si
occupò dei suoi affari in Francia quando Cartesio risiedette in Olanda.[17] Gli
studenti, provenienti da ogni parte della Francia senza distinzione di classe
sociale, erano tenuti al solo pagamento della pensione e i corsi prevedevano tre
anni di studio della grammatica, tre anni di studi umanistici e tre anni di
filosofia. Coloro che avessero voluto intraprendere la carriera ecclesiastica vi
avrebbero continuato a studiare per altri cinque anni la teologia e le Scritture.

Scarso era l'insegnamento della matematica,[18] impartito per meno di un'ora al

giorno ai soli studenti del secondo anno di filosofia. S'insegnava esclusivamente
la filosofia aristotelica in un corso triennale ripartito nell'apprendimento della
logica, basato sui manuali di Francisco Toledo e di Pedro da Fonseca,[19] della
fisica[20] e della metafisica,[21] quest'ultima insieme con nozioni di filosofia
morale.

«Le lezioni di filosofia duravano ogni giorno due ore il mattino e due ore la sera.
Alla fine della lezione il professore si metteva a disposizione dei suoi allievi
per chiarire i punti rimasti in ombra. La Logica e la Metafisica erano insegnate in
latino; la Fisica e la Matematica, a partite dalla seconda metà del XVII secolo, in
francese.[22]»

Cartesio si mostrerà poi deluso dell'insegnamento ricevuto: «Sono stato allevato

nello studio delle lettere fin dalla fanciullezza, e poiché mi si faceva credere
che con esse si poteva conseguire una conoscenza chiara e sicura di tutto ciò che è
utile nella vita, avevo un estremo desiderio di apprendere. Ma non appena ebbi
concluso questo intero corso di studi, al termine del quale si è di solito
annoverati tra i dotti, cambiai completamente opinione: mi trovavo infatti in un
tale groviglio di dubbi e di errori da avere l'impressione di non aver ricavato
alcun profitto, mentre cercavo di istruirmi, se non scoprire sempre più la mia
ignoranza».[23]

Sono le considerazioni del Cartesio maturo che scrive il suo Metodo e lamenta che
nelle scuole non si promuova lo spirito critico degli allievi; una tale volontà di
ricerca personale era già presente nel giovane René: «Da giovane, quando mi si
presentava qualche scoperta ingegnosa, mi domandavo se io stesso non fossi in grado
di trovarla da solo, anche senza apprenderla dai libri».[24]

Tuttavia l'anno successivo, in una lettera a un amico che gli chiedeva consigli in
merito all'educazione del figlio, il giudizio di Descartes sugli studi condotti a
La Flèche sarà molto più positivo:

«Ora, anche se la mia opinione è che non tutte le cose che si insegnano in
filosofia siano vere come il Vangelo, tuttavia, poiché essa è la chiave di tutte le
altre scienze, credo che sia utile averne studiato l’intero corso, come si insegna
nelle Scuole dei Gesuiti, prima di cominciare ad elevare il proprio spirito al di
sopra della pedanteria, per diventare istruito come si deve. Devo rendere questo
onore ai miei maestri e dire che non vi è luogo al mondo ove ritengo la si insegni
meglio che a La Flèche.[25]»

Uscì dal collegio gesuita nel settembre del 1615, conservando un affetto
riconoscente nei confronti del rettore, padre Étienne Charlet, che gli fece «le
veci del padre per tutto il periodo della gioventù»,[26] e per il regime di vita
osservato nella scuola, durante il quale la sua salute si ristabilì completamente.
Si stabilì a pensione presso un sarto di Poitiers per studiare giurisprudenza nella
Università di quella città, dove il fratello Pierre si era laureato tre anni prima:
il 9 novembre 1616 ottenne il baccalaureato e il giorno dopo la laurea in utroque
iure.[27] Si riunì alla famiglia che, dopo il secondo matrimonio del padre, viveva
a Rennes - dove anche la sorella Jeanne, sposata nel 1613 con Pierre Rogier,
signore di Crévis, si era stabilita - o a Sucé, presso Nantes, dove la matrigna
Anne Morin possedeva una casa.