Lezione 1

01-03-2012

Antropologia molecolare

Cos lantropologia? La parola deriva dal greco antropos e logos, ovvero studio delluomo, in rapporto al suo contesto biologico, demografico e storico-culturale, luomo in relazione alla sua storia e al suo ambiente. Quella di cui ci occuperemo lantropologia biologica, non quella culturale, che si occupa delle abitudini di vita delluomo. Ci si accavalla solo in un piccolissimo settore, che quello demografico. Cosa significa antropologia molecolare? Lintroduzione, negli anni 80, di nuove metodiche e nuovi strumenti ha permesso di studiare la variabilit delluomo a livello molecolare, quindi prima a livello proteico e poi di DNA. Qualcosa che ci faceva preannunciare la nascita di questa nuova branca, labbiamo avuta dallinizio del secolo scorso, parlando di biologia delle popolazioni umane. Gi allinizio del 9oo Landstainer scopre i gruppi sanguigni AB0. Questa scoperta ha unimportanza estrema in antropologia, non tanto per i fenomeni antigene-anticorpo che riguardano la sfera medica, ma perch si visto che, essendo i gruppi sanguigni neutri, la loro distribuzione segue delle linee che possono darci informazioni sulle migrazioni delle popolazioni. (SLIDE) Questa la distribuzione geografica del gruppo 0. Il giallo ha una percentuale molto pi bassa, mentre il rosso scuro rappresenta una percentuale alta. Raramente ci son degli spot, molto pi frequentemente abbiamo che in alcune aree geografiche abbiamo una frequenza pi bassa che poi aumenta spostandoci. Un trend analogo stato riconosciuto per i gruppi A e B. Come si pu vedere dalla SLIDE, in una parte delle Americhe il gruppo B assente, mentre molto pi diffuso nellEst europeo. Successivamente furono studiati gli altri gruppi sanguigni e furono studiate le proteine, quindi le loro varianti, emoglobina e altre. Gi a met del 9oo nasce la genetica di popolazione, che rappresenta la base su cui si fonda lantropologia molecolare. Pi recentemente negli anni 60, Cavalli Sforza introdusse il concetto di distanza genetica, ovvero vi una distanza nelle popolazioni, che non quella geografica ma dovuta a una differenza nelle frequenze dei geni. Prima si studio la distanza genetica sulla base dei prodotti genici, quindi delle proteine, poi sul DNA. Nella SLIDE vi sono le prime distanze genetiche calcolate. Si visto che i gruppi di popolazione clusterizzavano di solito per una loro vicinanza geografica. Quindi pi vicini sono, pi probabilmente hanno scambi e pi sono piccole le loro distanze genetiche. Negli anni 60 fu introdotto anche il concetto di orologio molecolare. Ipotizzando che ogni mutazione viene accumulata nella molecola e sapendo che il numero di mutazioni in funzione del tempo trascorso dalla fondazione della popolazione, conoscendo il numero di mutazioni, possibile conoscere let del popolamento, cio di espansione di quella popolazione. Lanalisi del DNA incominci solo negli anni 70. Non vi era ancora la tecnica della PCR quindi tutta la variabilit poteva essere conosciuta dalla analisi dei siti di restrizione. Il DNA veniva tagliato con enzimi di restrizione appositi. 1

Con gli anni 80 si arriv alla PCR e allanalisi di segmenti ristretti di DNA, quindi unanalisi pi dettagliata e minuta dellassetto genomico. Si passati, quindi, dallo studio degli antigeni, delle proteine, di un DNA a bassa risoluzione ad un DNA ad alta risoluzione, con le sequenze che oggi si conoscono. Aumentando la risoluzione, aumenta linformazione che io ottengo. Due proteine uguali possono essere lo specchio di due sequenze di DNA diverse.

Lo studio dellantropologia molecolare si basa sulla variabilit delle popolazioni. Si parte dal fatto che tutte le popolazioni hanno una variabilit genetica che il fattore che riuscito a far evolvere le popolazioni e quindi a farle adattare allambiente che cambiava. Questa variabilit pu essere visibile o non visibile, continua o discontinua. Una variabilit discontinua quando non si hanno delle forme intermedie, quindi o c o non c (esempio dellalbinismo, o albino o non lo , lo stesso vale per i gruppi sanguigni, o si ha un gruppo o un altro, non vi pu essere una situazione intermedia). Mentre vi sono alcune variabilit continue, che sono soprattutto caratteri fenotipici, come altezza, colore della pelle, che sono influenzate moltissimo da fattori ambientali. Lo studio della variabilit pu essere fatto: a livello morfologico, quindi quello che vediamo, a livello di proteine, con una normale elettroforesi su gel, perch proteine diverse hanno peso molecolare diverso e quindi possono migrare diversamente nel gel, a livello del DNA con lanalisi dei polimorfismi.

Questa lorigine della variabilit genetica. Sappiamo che la variabilit genetica si pu originare per: mutazione ricombinazione genica

Fattori che aumentano la variabilit

migrazione deriva genetica selezione naturale Fattori che diminuiscono la variabilit

MUTAZIONE Si parla sempre di mutazione, in realt sarebbe meglio parlare di una variazione del DNA, che pu dare origine ad un polimorfismo se lallele a frequenza minore ha una frequenza superiore all1%. Se avessi un allele con frequenza inferiore all1% quello non sarebbe un polimorfismo, ma sarebbe una variante allelica. 2

Spesso invece il termine di mutazione si attribuisce a qualcosa di patogeno che deve essere eliminato. Sappiamo che la frequenza di mutazione bassa e varia a seconda del tipo di mutazione. A noi interessano soprattutto le mutazioni che avvengono nelle cellule germinali, quelle che sono ereditate di generazione in generazione e che cambiano la struttura del pool genico nella generazione successiva. Le mutazioni nelle cellule somatiche non vengono ereditate quindi a noi non interessano. Le mutazioni possono essere considerate visibili, letali-condizionali (dovute a mutazioni che danno malattie, come sclerosi, che sono legate a una base genetica, ma c una pressione ambientale che le fa scatenare).

RICOMBINAZIONE GENICA Ad aumentare la variabilit genetica vi la ricombinazione, il crossing-over, che avviene durante la meiosi. Aumenta la combinazione di geni e di alleli nella generazione successiva.

MIGRAZIONE Noi studiamo tutti i fenomeni migratori, perch son questi che possono cambiare la variabilit di una popolazione, sia dellospite sia dellospitante. Con migrazione si intende lo spostamento di un gruppo congruo di individui da una popolazione a unaltra. Ovviamente tra questa popolazione e lospite si hanno degli scambi, dei flussi genici; c un accoppiamento tra la popolazione migrante e quella ospitante. Questo determina quindi un cambiamento delle frequenze alleliche. Questo cambiamento dipende dal tasso di migrazione, quindi dallentit delle popolazioni che si spostano e da quanto questi geni si possono fissare nella popolazione. Vediamo vari esempi, noi possiamo avere vari modelli di migrazione. Supponiamo il caso pi facile da spiegare. (SLIDE) Da una popolazione 1 molto grande, dove abbiamo una frequenza di A ( A sta per qualsiasi gene)= p, si ha una migrazione verso una popolazione 2 pi piccola, con una frequenza diversa. La migrazione da 2 a 1 pu essere considerata trascurabile e quindi non la consideriamo. Questo modello di migrazione si chiama unidirezionale. Questo introduce nella popolazione 2 una nuova frequenza allelica, perch cambia quella precedente. Si pu calcolare quanto cambia la frequenza allelica dal tempo 0 dopo un certo numero di generazioni. Per farlo si devono considerare dei parametri importanti, frequenza nella popolazione originaria 1 e m, frazione di migranti, cio quante persone si spostano da 1 a 2. Con una banalissima operazione si pu calcolare la frequenza ipotetica dellallele A al tempo t. (non interessa che le formule siano imparate a memoria). Se lentit delle popolazioni molto elevata e le generazioni tendono ad infinito, r si avviciner moltissimo a p, che la frequenza della popolazione migrante. Nelle SLIDES successive vi sono vari schemi di come cambiano le frequenze a seconda di m, frazione dei migranti, che quella che detta legge, quella che fa variare molto di pi le frequenze.

FLUSSO GENICO Il flusso genico il cambiamento delle frequenze alleliche nel tempo. Ci dovuto o a effetti casuali, oppure a migrazioni. Anche in questo caso, si pu conoscere facilmente in base alla frazione dei migranti nella popolazione finale, la differenza nelle frequenze.

DERIVA GENETICA La deriva genetica agisce nelle popolazioni e consiste nella fluttuazione casuale. Non si ha nessuna certezza che tutti gli alleli presenti in questo locus siano trasmessi alla generazione successiva. possibile che qualche allele si perda di generazione in generazione. Questo dovuto semplicemente al caso, oppure ci si pu osservare in piccole popolazioni. La variazione delle frequenze alleliche tanto pi evidente quanto pi piccola la popolazione, perch c una minore variabilit. Questo pu portare alla fissazione di un allele. In generale la deriva genetica diminuisce il grado di variabilit intra popolazione, quindi allinterno della popolazione, e aumenta il grado di diversit inter-popolazione, tra le popolazioni. Il grado di diversit calcolato con lFST che una formula matematica che ci permette di fare ci. (SLIDE) Questo un esempio di deriva genetica in popolazioni umane. Questa una popolazione ancestrale che va incontro a deriva genetica. Si osserva un cambio di colori nelle biglie rappresentate, si osserva come la deriva genetica pu dare origine a frequenze alleliche differenti. Due casi particolari di deriva genetica sono leffetto a collo di bottiglia e leffetto fondatore.

Effetto a collo di bottiglia Una popolazione A subisce una riduzione improvvisa, pu essere dovuto a una guerra, unepidemia, qualcosa di improvviso che decima la popolazione. Con una diminuzione cos immediata difficilmente tutti gli alleli della popolazione originaria rimangono gli stessi. Casualmente qualcosa sparisce. Effetto del fondatore ancora pi evidente. Avviene quando unisola, unarea selvaggia viene colonizzata da un ristretto numero di individui che stanziano nella zona e si riprodurranno. Ovviamente questi individui non hanno portato tutta la variabilit della popolazione originaria, ne porteranno solo una parte. Vediamo alcuni esempi di effetto del fondatore, che frequente in gruppi di popolazioni che rimangono molto isolati da tutto il resto nel corso del tempo. Gli Amish, per esempio, sono una popolazione molto studiata, in quanto vivono isolati, culturalmente. Il fatto che si sposino solo tra di loro ha fatto in modo che alcune peculiarit, che magari in una popolazione aperta sarebbero andate perdute, sono rimaste e si sono diffuse. La donna nellimmagine ha un figlio con 4

sindrome di Hallis-van Creveld, che porta difetti cardiaci, dita soprannumerarie etc. una malattia rarissima che per negli anni si molto diffusa, per effetto del fondatore. Uno dei fondatori di questa popolazione aveva la malattia e quindi lha trasmessa a tutte le generazioni successive. Pur essendo una mutazione negativa, non stata eliminata perch gli individui continuano a sposarsi tra di loro e quindi la malattia continua a diffondersi. Unaltra la malattia di Tay-Sash, molto frequente in un gruppo etnico, addirittura 100 volte di pi rispetto agli altri gruppi etnici. Leffetto fondatore molto pi evidente quando ad essere colonizzata unisola. Lisola Tristan da Cuna, in mezzo alloceano Atlantico, stata colonizzata nel 1817, da alcuni marinai e da alcune donne di unaltra popolazione. Nel 1855 vi vivevano solo 100 abitanti. Tra i fondatori ve ne era uno affetto da asma e quindi oggi presente unaltissima frequenza di questa patologia. In Venezuela, lago Maracaibo, vi unaltissima frequenza di Corea di Huntington, che dovuta al fatto che una donna fondatrice possedeva la malattia e questa si diffusa nelle generazioni successive. Leffetto fondatore non riguarda solo isole lontane, ma casi di questo genere, in minore misura ne abbiamo anche da noi. Ad esempio la popolazione di Carloforte stata fondata nel 1735 da otto famiglie. Vi una forma grave di miopia genetica, questo sicuramente dovuto a effetto del fondatore.

Il concetto importante che il flusso genico introduce nuovi alleli nelle popolazioni e riduce le differenze tra di loro. Nella slide, deriva e flusso genico sono indicate con due frecce. La deriva con la freccia gialla e il flusso con la freccia rosa. Quello che importante vedere che i due hanno effetti opposti. Il flusso introduce variabilit, la deriva genetica la toglie. Generalmente c un equilibrio evolutivo nelle popolazioni, perch c un equilibrio tra tutti questi fattori selettivi ed evolutivi che interagiscono tra di loro. Nella slide successiva si vede come possono cambiare le frequenze in base alle dimensioni della popolazione. Queste sono delle simulazione fatte al computer.

SELEZIONE NATURALE La selezione lunico fattore che permette alle popolazioni di evolvere e di adattarsi al loro ambiente. In senso darwiniano la selezione naturale pu essere definita come la repulsione differenziale di varianti alleliche alternative. Essa favorisce lindividuo pi adatto a quel determinato ambiente, quindi lindividuo che ha una maggiore fitness. Lesempio pi bello quello della Biston Betularia. Inizialmente, probabilmente, le farfalle grigie venivano mangiate subito dai predatori perch non si mimetizzavano; con levento della rivoluzione industriale, invece, si vide un aumento della frequenza del fenotipo grigio. Infatti, le farfalle grigie erano avvantaggiate in quanto potevano mimetizzarsi sui tronchi degli alberi coperti di fuliggine, mentre le falene bianche erano completamente visibili e quindi facile preda per gli uccelli. 5

Ladattamento allambiente stato fondamentale per evolverci e diventare quello che siamo. Si parla di sopravvivenza maggiore degli individui con fitness pi alta. La fitness si pu calcolare. Non si parla tanto di sopravvivenza ma di fertilit differenziale, ci significa favorire gli individui che hanno in maggior numero di figli e quindi che permettono un maggior numero di generazioni. La fitness viene anche espressa in termini di coefficiente di selezione. Se chiamo con w la fitness, il coefficiente di selezione s sar 1-w.

s = 1-w
Sono due concetti estremamente correlati. Esempio. Un genotipo ha coefficiente di selezione molto basso: 0,01. Significa che quel genotipo ha una probabilit di sopravvivere inferiore all1%.

Gli effetti della selezione possono essere vari. Selezione contro un allele recessivo Selezione contro un allele dominante Selezione in favore delleterozigote Selezione contro leterozigote

La selezione naturale pu essere stabilizzante, divergente, direzionale, sessuale e frequenza-dipendente. La selezione cambia la distribuzione dei fenotipi e dei genotipi. SELEZIONE STABILIZZANTE La selezione stabilizzante la pi classica. Questa una curva gaussiana. La maggior parte degli individui sono localizzati nella parte centrale della campana, quindi tolgo gli individui che hanno degli alleli con frequenze rare. Quindi la stabilizzo in questo senso favorendo gli individui che hanno determinate caratteristiche, quelle comuni alla maggior parte della popolazione. Favorisce il genotipo medio.

SELEZIONE A FAVORE DELLETEROZIGOTE Classico esempio che abbiamo in Sardegna quello della talassemia. Sono svantaggiati entrambi gli omozigoti. Quello recessivo sfavorito perch talassemico, laltro perch facilmente soggetto a malaria, mentre leterozigote resisteva alla malaria e non moriva per anemia. Sicuramente stato quello che si riprodotto e ha mantenuto la variabilit di entrambi gli alleli nella popolazione. Qui rappresentata la distribuzione della anemia e del favismo. Nelle coste molto alto e diminuisce quasi a 0 in montagna. Non arriva perfettamente a 0, ci dovuto a fenomeni m igratori, c qualcuno che dalle coste si spostato.

SELEZIONE CONTRO LOMOZIGOTE abbastanza rara. Non si incontra facilmente. SELEZIONE CONTRO LETEROZIGOTE una selezione divergente. Aumenta gli estremi e diminuisce i tratti intermedi. Non c pi un solo picco, ma si formano due picchi.

SELEZIONE DIREZIONALE Un allele viene piano piano annullato. Il picco si sposta da un lato.

SELEZIONE VERSO LALLELE RECESSIVO Sono dei casi abbastanza rari. Diminuzione della frequenza. Per ci deve essere un allele che porta qualcosa di negativo alla fitness. Richiede molte generazioni. Se la selezione verso lallele dominante molto pi efficiente e richiede poche generazioni perch lallele sia fissato.

SELEZIONE FREQUENZA DIPENDENTE una selezione che dipende dalla frequenza e generalmente quella che possiamo vedere pi normalmente la frequenza verso lallele minore. Se c una selezione verso questo allele in alcuni casi, questo viene mantenuto, perch in alcuni ambiti offre dei vantaggi. Questo un esempio banale, quello dei mancini. Non dovrebbe essere pi corretto e facilmente accettato. Spesso non molto vantaggioso, tranne in qualche caso, ad esempio nello sport o nella lotta. Collegato alla selezione frequenza dipendente ci pu essere la selezione sessuale, ovvero la preferenza per un particolare partner. In genere vi una grande attrazione per un partner con caratteristiche diverse da quelle comuni di quella popolazione. Ad esempio nel mediterraneo vi una forte attrazione per le bionde, perch sono una rarit. Diversamente le more piacciono molto ai nordici, sempre per lo stesso motivo. Si ha una tendenza ad apprezzare ci che non si ha.

ACCOPPIAMENTO ASSORTATIVO Un altro concetto quello di accoppiamento assortativo. Individui con un dato genotipo hanno probabilit di accoppiarsi con individui di genotipo diverso. Questo cambia le frequenze genotipiche. Noi calcoliamo anche in base alla frequenza di Hardy-Weinberg che c un accoppiamento libero, casuale, tra popolazioni aperte. Ci pu essere qualcosa per che cambia le modalit di accoppiamento e quindi cambia le frequenze genotipiche della generazione successiva. La scelta del partner avviene in base a determinate caratteristiche, che possono essere di natura geografica, morfologica. Questo si chiama assortativo perch non libero e casuale. Generalmente se laccoppiamento maggiore tra genotipo simile, la frequenza degli omozigoti aumenta. Se laccoppiamento tra genotipi simili minore, la frequenza 7

degli omozigoti tender a diminuire. A prescindere dal carattere che si sta studiando pu essere che degli individui omozigoti si accoppino pi facilmente, perch magari leterozigote ha caratteristiche diverse, e si ha quindi aumento degli omozigoti. Oppure si ha incrocio tra eterozigoti tra di loro e quindi aumenteranno gli eterozigoti. Il risultato finale della selezione sempre la diminuzione di un allele, mentre la mutazione fa si che questi alleli rimangano nella popolazione. Di solito vi infatti mutazione e retromutazione.

Questi sono aspetti pi specifici che riguardano leffetto della selezione non sulla popolazione in generale, ma sul genoma. Sappiamo che lazione della selezione agisce su regioni genomiche. Se io tendo ad eliminare questo particolare gene, perch non mi sta bene, dobbiamo stare attenti ad eliminarlo, perch quello potrebbe essere in linkage con un altro gene. Questo il fenomeno che viene chiamato genetic hitch-hiking. Varianti non associate possono essere perse e determinano una diminuzione della variabilit. IMBREEDING laccoppiamento tra individui imparentati. il caso dei matrimoni tra consanguinei. Deve essere misurato perch si ha sempre aumento della frequenza di omozigoti e diminuzione di eterozigoti. Si misura come coefficiente di imbreeding. Ovviamente limbreeding porta anche ad una diminuzione della fitness. Laumento di omozigoti pu portare a effetti deleteri, manifestazioni di patologie che non sarebbero manifestate. il caso dellemofilia dovuta ad un allele recessivo. Si parla di depressione da imbreeding. Ci avviene anche negli animali, dove le razze pure sono generalmente meno resistenti rispetto alle specie nate da incroci di pi razze. Al contrario ci si vede nelle piante pi che nelluomo, il matrimonio tra etnie diverse pu portare a miglioramento della specie. Ci stato dimostrato nel mais, dove librido ha dimensioni notevolmente maggiori della generazione parentale.

Riassumiamo gli effetti delle forze evolutive. Noi parleremo sempre di variabilit intrapopolazione e interpopolazione. Allinterno di una popolazione la variabilit genetica aumenta per: mutazione, migrazione e alcuni tipi di selezione naturale (divergente). Diminuzione della variabilit invece dovuta a deriva genetica Tra le popolazioni la variabilit aumenta per mutazione, deriva, e altri tipi di selezione. La diminuzione dovuta alla migrazione, le due popolazioni tenderanno ad assomigliarsi. Linincrocio aumenta lomozigosit. Lesogamia aumenta leterozigosit. 8

In assenza di mutazione, migrazione, selezione naturale, deriva genetica le frequenze geniche rimangono costanti di generazione in generazione. La popolazione si mantiene in uno stato di equilibrio, cio la sua composizione non varia nel tempo. Questa la base della legge di Hardy-Weinberg. Se io prendo una popolazione devo verificare la legge di Hardy-Weinberg. Devo studiare se la popolazione in equilibrio o non in equilibrio. Le popolazioni devono essere in equilibrio. Non normale che una popolazione sia fuori equilibrio. Una popolazione pu essere fuori equilibrio per due ragioni, o c un eccesso di omozigoti o di eterozigoti. Se c un eccesso di omozigoti significa che c una consanguineit. Se la popolazione fuori equilibrio bisogna giustificarlo. Ci deve essere dovuto a uno di quei fattori che abbiamo visto fino ad adesso. Nelle slide successive vi sono calcoli di frequenze, ma non ci interessano. Dalla prossima volta faremo una carrellata di polimorfismi. Noi come antropologi molecolari andiamo a studiare la variabilit solo a livello di DNA. Vedremo quando utilizzare un polimorfismo o un altro. La cosa importante che, per studiare levoluzione di una popolazione, le migrazioni, si andranno a studiare porzioni di DNA non codificanti, perch non devono essere soggette alla pressione selettiva. A noi interessa studiare mutazioni che rimangono nel tempo di generazione in generazione. Possono dare variabilit ma non compromettono la fitness dellindividuo.