DNA

• Il monomero ha possibilità di formare catene legandosi ad altri monomeri

attraverso il gruppo fosfato che formare due legami esterei.
• Il gruppo fosfato lega infatti lo zucchero di un nucleotide con lo zucchero di un
altro nucleotide; il fosfato si lega agli zuccheri attraverso due legami
FOSFODIESTEREO (legame covalente), uno con -OH dello zucchero in posizione
5 e l’altro con -OH in posizione 3 di un altro zucchero
• Si realizza così una catena polinucleotidica basata sul legame fosfodiestereo tra
gli zuccheri; in questo modo si realizza lo scheletro in cui non sono coinvolte le
basi azotate
Il fosfato in due posizioni si lega agli zuccheri attraverso legame estereo; resta però
un O- libero motivo per cui è definito acido (acido nucleico)

N.B. Per convenzione la sequenza polinucleotidica è letta da sinistra verso destra,

ossia dal 5’ (non legato a nessun altro nucleotide) al 3’ (non legato)

DNA
• È costituito dal desossiribosio (zucchero)
• È costituito da 2 catene polinucleotidiche legate da legami a idrogeno (presenta
una doppia catena spiralizzata)
• La sua struttura fu dedotta negli anni 50’

(1952) Fu elaborato il principio di Chargaff, ossia un principio di equivalenza, che

esprimeva come il rapporto tra purine e pirimidine nel DNA dovesse essere 1 a 1
(ossia la somma delle due purine= alla somma due pirimidine)
Ciò è essenziale per permettere la creazione del legame a idrogeno (fisso e stabile) tra
guanina e citosina// timina e adenina, necessario per tenere insieme le due catene
polinucleotidiche (legame a idrogeno è ottimale per direzionalità)

N.B. Precedentemente Franklin dedusse, attraverso a diffrazione a raggi X, la struttura

regolare di forma spirale del DNA e inoltre che la distanza delle due catene
polinucleotidiche è costante ed è sempre di 2 nm; è quindi impossibile un legame a
idrogeno tra due pirimidine o due purine poiché ci sarebbe stata una distanza diversa

Il legame ad idrogeno si realizza tra:

-Timina (donatore) e adenina= due legami a idrogeno
-Citosina (due volte donatore) e guanina (1 volta donatore) = tre legami a idrogeno
La stabilita termica del DNA è maggiormente più alta quanto più alto è il contenuto di
guanina e citosina -> (termica poiché se si somministra calore i legami si spezzano e
si spezzano prima quelli tra T e A)

LA STRUTTURA DEL DNA

• È caratterizzato da una doppia elica non ramificata (questo è normale poiché
non c’è possibilità di ramificazione; lo zucchero non ha altri punti per legare
altri componenti e ramificarsi ------ c’è solo un caso in cui zucchero lega 3
cose)
• Presenta due catene polinucleotidiche antiparallele (ossia se una catena
all’estremità ha 5’, l’altra avrà 3’terminale, ossia OH della posizione 3 non
legato ad un altro nucleotide)
• Ha un’elica a spirale (la spiralizzazione è tenuta stabile dai legami idrogeno
tra basi azotate delle diverse catene polinucleotidiche; non ci sono legami a
idrogeno tra basi della stessa catena)
ESEMPIO: RNA ha una sola catena e di conseguenza non può avere una forma a
spirale poiché non può essere stabilizzata da un’altra catena
• La parte polare del DNA (ossia zucchero e gruppi fosfato) si trova rivolta
verso l’esterno
• Parti azotate (le basi azotate) escludono l’acqua dalla zona centrale poiché
rischia di rompere i legami ad idrogeno tra le due catene (poiché tende a
formare molti legami ad idrogeno, ciò potrebbe costituire una forza negativa
che rompe il legame ad idrogeno tra le basi azotate e che tende a creare
nuovi legami con a idrogeno con esse)
• ci sono altre forze che tengono insieme DNA ossia forze covalenti : i legami
fosfoesterei e un’altra forza che in parte allontana l’acqua: 𝜋 𝜋 staking
(letteralmente formare una pila) poiché vengono a contatto le nuvole 𝜋 della
parte superiore con quelle inferiori, favorendo la creazione di forze (un
analogo) simili a quelle di London; si crea un dipolo istantaneo che induce
un dipolo indotto ( basi azotate della stessa catene si stabilizzano attraverso
queste forze verticali, poiché presentano un anello aromatico con due
nuvolette 𝜋)
• 2 nm distanza tra le due catene polinucleotidiche (10 A = 1NM)
• 3,4 nm è il passo dell’elica (distanza da un punto e quando quel punto
ritorna, ossia quando completa il giro/ la rotazione)
• una base azotata e il suo zucchero occupano 0,34 nm

Questa struttura individua dei SOLCHI, zone da gruppi polari (fosfato, zuccheri) zone
in cui gli avvolgimenti delle due eliche si incrociano (2 zone: solco maggiore, solco
minore)
I solchi del DNA (cavita strategiche) sono i punti in cui avvengono interazione del DNA
con le proteine: le proteine, interagendo al livello dei solchi daranno la struttura finale
al DNA.
COSA COMPORTANO LE INTERAZIONI?
- Struttura della CROMATINA , struttura tridimensionale dell’acido nucleico
(scopo delle proteine)
- Regolazione dell’espressione (attività del DNA è regolata da proteine che
interagiscono al livello dei solchi)

LA CLASSICA STRUTTURA DEL DNA È CHIAMATA CONFORMAZIONE B

MA
In particolari condizioni il Dna presente nella cellula appare in conformazione diverse
(struttura terziaria)
DNA A DNA Z
• Quando c’è scarsa idratazione o concentrazioni saline diverse, cambia la
struttura DNA:
FORMA A
Caratteristiche:
• Un passo dell’elica corrisponde a 2,56 Amstrong
• Le basi azotate sono oblique/inclinate e parallele
• 11 coppie
(in alcuni casi ci sono piccoli tratti a doppia ad elica di RNA ma come conseguenza del
ripiegamento del solo filamento; RNA diventa così simile al DNA A)
FORMA Z
Caratteristiche:
• si trova in alcune piccole zone nelle cellule eucariotiche (in condizioni epi
genetiche), ad esempio quando le basi sono state metilate (metilazione)
• presenza eliche e forme proprie (non presenta eliche regolari)
• lo scheletro è a zig-zag
• avvolgimento sinistroso al contrario del DNA B
• 12 coppie di basi
• passo dell’elica diverso 44,6 Amstrong
(Le modifiche delle guanine in posizione 8 induce Dna Z che può, a sua volta, dar
luogo a malattie genetiche e tumori, poiché l’eccesso di Dna Z comporta patologie
gravi)
Telomeri (ossia un’altra zona del DNA) possono assumere forma diversa
• Essi hanno tratti di G quadruplex, ossia tratti ricchi di guanina dove si formano
tetradi di guanina che a loro volta formano tra loro legami a idrogeno e sono
bloccati dal catione potassio (le guanine vengono messe sullo stesso piano)
• Si formano spontaneamente se guanine sono nella posizione giusta

GLI ISTONI
• Sono proteine che reagiscono con DNA (essa non è una molecola isolata)
• Si crea interazione ione ione (nel solco)
• Il Dna è pronto per questa interazione poiché nell’esterno il DNA è carico
negativamente poiché espone i gruppi fosfato con O-, mentre la proteina avrà
amminoacidi basici che si caricano positivamente così da poter interagire con
cariche negative del Dna
GLI ISTONI COSTITUISCONO I NUCLEOSOMI:
NUCLEOSOMI: Un polimero di 8 ISTONI (ottamero) attorno al quale si avvolge DNA (si
avvolgono 143 basi del DNA, mentre tra i nucleosomi ci sono sequenze di DNA
costituite da 60 basi)
- L’ottamero è costituito da 4 proteine diverso 2A, 2B, 3, 4 ( 2A e 2B formano
un dimero, come anche 3 e 4, formano poi entrambi un tetramero da cui si
forma un ottamero)
OTTAMERO: 2 ISTONI H3, 2 ISTONI H4, 2 ISTONI H2A, 2 ISTONI H2B
- I principali amminoacidi degli istoni sono lisina e arginina in grado di dare
interazione ione-ione (20%)
ISTONE H1 ( presenta maggiormente lisina): 146 basi del DNA si avvolgono intorno
all’ottamero e vengono bloccate dall’istone H1 altrimenti il legame sarebbe reversibile
e si aprirebbe (ISTONE H1 NON FA PARTE DEL OTTAMERO MA LO BLOCCA) ->
stabilizza il nucleosoma
• Disattivando H1 (ad esempio prima della trascrizione in RNA) si può liberare il
DNA interessato in questa interazione istonica, (legame tra DNA e H1: legame
cooperativo), attraverso processo di acetilazione/ deacetilazione (ossia tutte le
lisine dell’ H1 che terminano con NH2, il quale diventa NH3, devono essere
acetilizzate: ossia aggiungere sulla lisina C=O/CH3)
• L’acetilazione e deacetilazione avvengono attraverso enzima istone
acetiltrasferasi (HAT) ed enzima istone deacetilasi (HDAC); essi rappresentano
un bersaglio (in particolare enzima HDAC) per i farmaci antitumorali poiché
questi enzimi liberando il DNA ne favoriscono una replicazione cellulare
incontrollata (che si trova alla base dei tumori). Questi farmaci inibiscono
l’enzima, non permettendo lo srotolamento del nucleosoma e la sua successiva
duplicazione.
 LA CROMATINA
• La Cromatina indica la struttura sovra molecolare del DNA con istoni e proteine
non istoniche che si trovano intorno al DNA
• Strutture stabilizzate dagli istoni interagendo tra di loro indirizzando anche la
formazione superiore del DNA
• Le cromatine hanno lo scopo di far occupare al DNA meno spazio possibile (gli
istoni assumono particolari forme: struttura solenoide o struttura a zig-zag,
stabilizzate dalle code degli istoni)
EUCROMATINA: meno condensata, meno istoni, maggiormente impiegata nella attività
di trascrizione (tratti di DNA trascritti in RNA per diventare proteine)
ETEROCROMATINA: più condensata, non contiene informazioni genetiche (non è
tradotta direttamente in proteine)

DNA
• È costituito da circa 3 miliardi di basi azotate
• 20% delle basi è associato a geni ossia associato alla produzione di proteine
(25.000 geni che corrispondono alle proteine)
FUNZIONE REGOLATORIA (SOLO 6% FUNZIONE CODIFICANTE)
• 80% DNA extra genico non associato a geni (non si sa ancora benissimo la sua
funzione, forse residui di funzioni che abbiamo perso, sequenze di DNA relative
ad infezioni poi inglobate)
CROMOSOMI
• I procarioti hanno solo un solo cromosoma (doppia elica avvolta su stessa, non
c’è estremità 5’ o 3’, hanno forma circolare)
• Hanno plasmidi piccoli cromosomi accessori implicati nella resistenza batterica
• Hanno proteine simili agli istoni (DNA interagisce anche in questo caso con
proteine)
EUCARIOTI
• Il DNA non è un una sequenza ma è organizzato in cromosomi (ogni
cromosoma ha estremità 5’e 3’, sono lineari non circolari)
• Cromosomi: il numero oscilla da 10 a 50
• Cellule aploidi c’è una sola copia per ogni cromosoma (cellula con 23
cromosomi diversi; 23 solo nell’uomo)
• Cellule diploidi sono presenti due copie quasi identiche del cromosoma (nella
cellula ci sono due versioni quasi identici di un cromosoma)
nell’uomo tutte le cellule sono diploidi (l’uomo ha 46 cromosomi, ossia 23 coppie
omologhi ma non identiche)
 • IL cromosoma prende la forma a X nella metafase (mitosi) poiché vanno a
distribuirsi nella piastra equatoriale, ma in questo caso hanno già raddoppiato
patrimonio genetico ( la X è costituita da due cromatidi fratelli identici con la
stessa informazione; ci saranno formalmente 92 cromosomi definiti però
cromatidi)
• Le condensione organizzano queste coppie ad X unendo i singoli cromosomi in
una regione proteica chiamata centromero

LA REPLICAZIONE DEL DNA

La replicazione del DNA è fondamentale poiché consente il raddoppiamento del
patrimonio genetico
Questa replicazione avviene nella fase S che precede la fase M, ossia la fase
caratterizzata dalla mitosi (la divisione in due cellule figlie)

Noi abbiamo patrimonio di tipo diploide (ossia per ogni cromosoma c’è il suo
omologo)
La forma del cromosoma prima della fase di replicazione è simile ad un bastoncello
anche se è difficile osservarlo perché i cromosomi sono dispersi nella cromatina. La
forma ad X si realizza nella fase successiva quando cromosoma ha già generato suo
fratello, ossia cromosoma identici (cromatidi fratelli)

La doppia elica di DNA dà vita ad una doppia elica figlia; questo avviene una sola
volta nel ciclo cellulare in previsione della divisione cellulare
Questa replicazione è chiamata: REPLICAZIONE SEMICONSERVATIVA
Questa replicazione consiste:
• Apertura o srotolamento dei due filamenti del DNA, detti complementari poiché
appaiati secondo regole di complementarità (rottura legami ad idrogeno)
• Su ognuno di esso si crea un nuovo filamento complementare; si avrà così un
filamento originario e un filamento figlio (nelle due doppie eliche figlie), motivo
per cui la replicazione è detta SEMICONSERVATIVA
 ORIGINE DELLA REPLICAZIONE
(PROCARIOTI)
• Il Dna da replicare è diverso poiché c’è un unico DNA a doppia elica ma
circolare
• Si apre in un solo punto, si srotola e procede fino a creare due tratti circolari di
DNA identici a quello iniziale
(EUCARIOTI)
• Si parla di REPLICONI MULTIPLI, ossia si formare le bolle di replicazioni grazie
alle quali il DNA viene replicato partendo da più punti (ossia srotolamento inizia
in più punti)
• Fase fondamentale poiché avvia la cellula verso la divisione cellulare (strada a
senso unico)
• Le cicline (chiave di lettura per iniziare processo) sono proteine che servono per
controllare ciclo cellulare sono fondamentali poiché danno l’avvio al processo di
replicazione (le cicline tengono conto dell’ambiente cellulare e controllano se la
quantità di nutrimento e energia è sufficiente, ossia che le condizioni sono
favorevoli)
• La ciclina stimola (altre proteine a legarsi al DNA) il complesso pre-replicativo,
chiamato “complesso di origine della replicazione”, ossia complesso che
riconosce una sequenza abbondante di A e T (tratti essenziali)
• Il complesso si lega al DNA consumando ATP; a sua volta lega altre proteine
come CDT1 e CDC6 (proteine di ancoraggio e regolazione) che danno il via al
legame della DNA ELICASI
PRIMA FASE = SEPARAZIONE DEL FILAMENTO
• DNA Elicasi separa la doppia elica rompendo i legami a idrogeno; per compiere
ciò serve l’energia, quindi Elicasi consuma ATP
• Ci sarebbe tendenza delle basi azotate a avvicinarsi di nuovo tra di loro poiché
il legame a idrogeno è spontaneo e quindi le basi tenderebbero ad associarsi
nuovamente (processo spontaneo energeticamente favorito)
• Quindi per evitare ciò, le SSBP, ossia proteine che si legano ai filamenti singoli,
si legano allo scheletro del DNA (simili agli istoni che tengono filamento
separato affinché possa iniziare la replicazione)
ENZIMA TOPOISOMERASI
• Evita la torsione a valle poiché srotolando l’elica, i filamenti si avvolgono dando
un particolare sistema, ossia a valle si potrebbe generare un grande
avvolgimento
• L’enzima topoisomerasi taglia il DNA
(Topoisomerasi 1 fa un solo taglio) (Topoisomerasi 2 fa un doppio taglio)
 • Dopo che Elicasi agisce, l’enzima topoisomerasi ripara il DNA così che possa
essere copiato
(enzimi che allentano la tensione tra catene attorcigliate fra loro) = topoisomerasi

ENZIMA SINTETIZZANTE: DNA POLIMERASI (che fa la copia)

• Questo enzima non è in grado di iniziare la sintesi, (ossia la reazione che
catalizza è quella fra due nucleotidici che però inizialmente non ha a
disposizione ). Non può iniziare la sintesi poiché è in grado solo di legare
nucleotidi ad un nucleotide preesistente ma dal momento che non ci sono due
nucleotidi è necessario un altro enzima, in grado di mettere un primer, che
serve alla polimerasi per continuare poi il suo lavoro
• L’ enzima che mette il primer ossia RNA PRMASI, mette un primer di RNA, ossia
aggiunge una piccola sequenza di RNA
• All’inizio della replicazione si ha un tratto ibrido poiché il tratto di DNA è
appaiato con tratto di RNA (bisognerà poi sostituire il primer di RNA)
• Su questo frammento può lavorare l’enzima DNA polimerasi
DNA POLIMERASI 3
• È l’enzima in grado di aggiungere nucleotidi all’estremità 3’ libera
• Il suo substrato sono i nucleotidi trifosfato, hanno tutti la stessa energia, ATP o
ADP, quindi per ogni nucleotide che viene aggiunto viene consumato un ATP (o
simil ATP); quindi per avvenire è necessario che nella cellula ci siano circa 3
miliardi di molecole di ATP
• Dna polimerasi ricava energia dal nucleotide che si avvina
N.B. Dal punto di vista energetico forse questa reazione non è energeticamente
favorita ma associato all’enzima pirofosfatasi non è più sfavorevole
• La sua sintesi del DNA polimerasi procede in direzione 5’ verso 3’ (direzione di
allungamento) poiché si allunga aggiungendo nucleotidi al 3’ (GRANDE
LIMITAZIONE PER DNA POLIMERASI)
• Questo enzima catalizza la reazione del 3’ con fosfato del nucleotide (in
posizione 5’) facendo rompere legame con O (si crea legame
FOSFODIESTEREO) mentre viene liberato gruppo bifosfato
• Contemporaneamente questo bifosfato viene idrolizzato e scisso in due fosfati
da un enzima PIROFOSFATASI (ed è per questo che è necessario proprio il
nucleotide bisfosfato come substrato e non, ad esempio, l’ADP che però
avrebbe garantito risparmio energetico poiché presenta solo due fosfati)
IN QUESTO MODO IL BILANCIO FAVOREVOLE (il delta G è < 0)
(negli ultimi anni si è spiegato il ruolo fondamentale di questa idrolisi che permette
alla reazione di non essere sfavorita)
Dna polimerasi come sceglie la base che deve associare?
Bisogna immaginare una SELEZIONE DINAMICA: nel sito attivo entrano ed escono
tutte le basi azotate, tutte entrano ed escono tranne quelle in grado di formare un
legame ad idrogeno stabile; queste basi azotate, quindi, entrano nel sito attivo e non
escono più, restano, infatti, solo quelle attratte dalla complementarità con la base
azotata del 3’
DNA POLIMERASI POLIMERIZZA SOLO IN DIREZIONE 5’→ 3’ (aggiunge nucleotide
solo all’estremità 3’)
(ovviamente anche filamenti figli devono avere due filamenti antiparalleli quindi DNA
polimerasi dovrebbe sintetizzare anche in direzione 3’ 5’)
5’ 3’ replicazione continua (sul filamento originario srotolato 3’ 5’)
• L’enzima aggiunge nucleotidi all’estremità 3’
3’ 5’ replicazione discontinua (sul filamento originario srotolato 5’ 3’)
• Sul tratto originale 5’ 3’ l’enzima dovrebbe polimerizzare in direzione 3’ 5’ ma
non essendo possibile, deve lavorare in senso opposto 3’  5’
• In questo modo però la replicazione è discontinua poiché per essere continua
dovrebbe aggiungere a 5’ ma non può perché l’enzima per sua natura aggiunge
solo all’estremità 3’
• Il filamento originario 5’ 3’ è chiamato filamento ritardo ( DNA polimerasi ci
perde più tempo), la sua polimerizzazione è discontinua e genera i frammenti di
Okazaki, ogni frammento ha un suo primer (interviene per ogni frammento RNA
primasi, non c’è legame tra questi frammenti )= POLIMERIZZAZIONE RITARDO

Interviene poi DNA POLIMERASI I (attività esonucleasica) in grado di rimuovere i

primer di RNA (ne deve rimuovere molti sui frammenti di Okazaki), sostituendoli con
DNA (dove c’era RNA) e riempie interruzione
DNA LIGASI lega tra di loro i frammenti del filamento ritardo (serve energia) affinché
filamento diventi anche in questo caso continuo
RNA PRIMASI NEGLI EUCARITI PRENDE NOME DI RNA PRIMASI ALFA
(nei mitocondri e cloroplasti avviene replicazione del DNA attraverso DNA
POLIMERASI GAMMA, replicazione simile a quella del DNA procariotico poiché anche
qui è circolare)

ATTIVITA RIPARATORIA del DNA POLIMERASI

(Questo enzima fa uno sbaglio ogni 10 milioni di nucleotidi copiati)
 • L’enzima fa errore, ossia associa base azotata non complementari tra loro
• DNA POLIMERASI ha attività esonucleasica in direzione opposta rispetto a
quella in cui polimerizza, ossia 3’ 5’ (esegue attività di controllo)
• Si rende conto che c’è coppia sbagliata quando non si crea un adeguato legame
ad idrogeno tra basi azotate (poiché non complementari tra loro)
• Quindi torna indietro rimuove nucleotide sbagliato (idrolizza legame appena
fatto, sostituendolo con nucleotide corretto)
(anche se c’è attività di correzione continua a fare errori di cui infatti solo una grande
parte è corretta)
Quindi sono in grado di correggere le basi azotate sbagliate

LIMITAZIONE DELLA DNA POLIMERASI (non polimerizza in direzione 3’-> 5’)

(ma l’evoluzione ha mantenuto questa sua limitazione)
• Nell’accrescimento 5’ 3’ l’energia per formare il legame fosfodiestereo è portata
dal nucleotide in arrivo; in caso di errore viene tolto e ne arriva un altro in
grado di legarsi sempre con la sua energia
• Nel caso in cui si potessero legare o aggiungere nucleotidi al 5’ l’energia
sarebbe sulla catena stessa; per questo nell’accrescimento ipotetico 3’ 5’
l’energia è deposita sul filamento e quindi nel caso dovesse compiere una
correzione non ci sarebbe energia per legare il nucleotide corretto (enzima non
potrebbe fare correzioni)

TELOMERI
• Zone ricche di g quadruplex che si trovano nell’estremità 3’ di ogni cromosoma
(all’inizio)
• Protegge DNA dall’attacco di enzimi nucleasici e impedisce la fusione di
cromosomi, evita ciò grazie alla presenza delle strutture g-quadruplex
• I telomeri sono fondamentali nella replicazione del DNA, poiché RNA primasi
non riesce a partire proprio dal primo nucleotide, ossia dall’estremità; anche se
ci riuscisse, una volta rimosso il primer, anche la DNA polimerasi non
riuscirebbe a partire dall’estremità quindi è inevitabile che la zona dei telomeri
(ossia l’estremità) non venga replicata completamente
LIMITE DI HAYFLICK (limite delle divisioni cellulari di una cellula): ad ogni divisione
cellulare si accorciano i telomeri, quindi alcune cellule hanno un numero fisso di
divisione cellulari che possono fare poiché dopo queste i telomeri si sono accorciati
talmente tanto da non permettere più la divisione (le cellule sono mortali)
Eccezioni al limite di Hayflick:
 • LE CELLULE EMBRIONALI devono avere un numero molto alto di divisioni
cellulari, quindi non posso rispettare il limite di Hayflick che viene superato
attraverso l’enzima telomerasi che ha un primer di RNA incorporato. Quindi
l’enzima con il telomero si legano all’estremità dando direttamente il primer su
cui DNA polimerasi può agire
Avviene così divisione cellulare senza accorciare i telomeri
• Ciò avviene solo nei feti, quindi nelle prime fasi della vita; la perdita poi
dell’enzima telomerasi rende ogni specie vivente mortale, avendo le cellule un
numero limitato di divisioni cellulari)
N.B. è meglio non avere questo enzima poiche sviluppa cellule tumorali; infatti,
esistono farmaci antitumorali che inibiscono questo enzima
LA TECNICA PCR
È una TECNICA AUTOMATIZZATA che consente di fare artificialmente la duplicazione
del DNA
Cosa bisogna mettere nella macchina?
• Campione di DNA come stampo
• Nucleotidi trifosfato (substrato dell’enzima)
• Primer di DNA non RNA (sintetizzati in laboratori)
• Dna polimerasi enzima preso da batteri (organismi termofili di archeobatteri che
riesce a lavorare senza degradarsi anche a temperature elevate)
• Tampone che mima le condizioni cellulari
• Non c’è DNA Elicasi poiché il suo ruolo viene sostituito dalla temperatura alta
(95 gradi)
Utilizzi:
• Questa tecnica è utilizzata per i tamponi archeologici, ad esempio di una
mummia (serve a disporre di una grande quantità di DNA partendo da un
frammento molto piccolo)
• Anche nella amniocentesi (viene preso piccolo tratto di DNA fetale che viene poi
duplicato e analizzato)
• Analisi di polizia scientifica
• TAMPONE COVID-19

-Il tampone prende particelle virali

-RNA è convertito in DNA (viene purificato
-Il DNA viene messo nella PCR, viene duplicato così che possa raddoppiarsi ad ogni
ciclo
-Ci sono pigmenti fluorescenti che si legano al DNA che vogliamo analizzare, ossia al
DNA virale
-Se c’è fluorescenza è positivo, altrimenti è negativo
(se c’è ritardo dalla ditta che ha venduto la macchina del PCR i tamponi saranno in
ritardo ma, ad esempio in Veneto sono più veloce poiché le macchine sono più
flessibili e quindi vengono presi primer o enzimi anche da diverse ditte)
SOLO TAMPONE RIVELA ACIDO NUCLEICO
ALTRI STRUMENTI INDIVUDUANO PRESENZA DI PROTEINE VIRALI (COME TEST
RAPIDO) ma è molto meno sensibile (ci sono falsi negativi poiché alcune volte
vengono individuate proteine simili)
SIEROLOGICO: rivela anticorpi, ossia proteine, che l’uomo può aver prodotto contro il
virus ma è limitato poiché gli anticorpi non vengono prodotti immediatamente
(vengono analizzati gli anticorpi specifici del Covid-19)

LE MUTAZIONI
• Gli errori della macchina replicativa, ossia l’inserimento di basi azotate non
complementari tra loro, sono chiamati MUTAZIONI (mutazioni puntiforme)
Esistono diverse tipologie di mutazioni:
-TRANSIZIONI: ossia una pirimidina viene messa al posto di un’altra pirimidina mentre
purina al posto di un’altra purina
-TRASVERSIONI: ossia si sostituisce una purina con pirimidina e viceversa (cambia, di
conseguenza, la dimensione del DNA)
• La prima generazione presenta un DNA mutato (errore) mentre nella seconda
generazione l’errore non è più visibile poiché attraverso la duplicazione il DNA
si corregge, ossia presenza basi complementari, allo stesso modo si hanno
informazione genetica diversa = ceppo mutato
• La riproduzione sessuale e le mutazioni possono essere utili/ positive per l’
adattamento, ossia sono il motore dell’evoluzione; i procarioti si basano solo
sulle mutazioni per adattarsi all’ambiente: MUTAZIONI POSITIVE
N.B. L’agricoltura nasce quando l’uomo riesce ad isolare le specie favorevoli (modo di
gestire le mutazioni) creando caratteri che saranno visibile anche nelle generazioni
successive, (ad esempio il creare frutti resistenti ai parassiti, isolarli cosi da creare
mutazione più favorevole e efficace)
MUTAZIONI (DANNI DEL DNA)
• quando il DNA viene danneggiato da agenti esterni o per invecchiamento
naturale
 (Danno a DNA in fase non replicativa danneggiato da agenti mutanti)
DANNI DA AGENTI FISICI: danno da radiazione ultravioletta
• Causa la formazione dei dimeri di timina
• Si verifica quando nello stesso filamento ci sono due timine, una adiacente
all’altra
• La radiazione fornisce ulteriore energia che porta alla formazione di un legame
covalente tra le due timine, di conseguenza il tratto di DNA non è efficace (non
può essere corretto né trascritto)
• I dimeri di timina possono comportare tumori, ad esempio il tumore alla pelle
Invecchiamento del DNA:
• È una reazione che può avvenire con una cinetica molto lenta = la
deaminazione della citosina, ossia al posto del NH2 va OH; quando si
deammina la citosina diventa URACILE
• Il DNA invecchiato avrà uracile al posto della citosina
• Ma DNA riesce ad accorgersi di questo danno poiché l’uracile non è una sua
base, quindi, viene riconosciuto come un errore da correggere
(Nel DNA c’è la timina al posto dell’uracile così da distinguere l’uracile come
conseguenza della mutazione)= problema di riconoscimento tra uracile originale e
quello mutato

• Nel RNA, essendo una molecola che viene prodotta dalla trascrizione, viene
utilizzata immediatamente e poi smaltito quindi ha una vita breve e non ha
il tempo di invecchiarsi; di conseguenza la citosina non potrà essere
soggetta alla deaminazione e diventare uracile (sarebbe indistinguibile poi
l’uracile, base azotata propria del RNA dall’uracile mutato a partire dalla
citosina)
DANNI CHIMICI
-ALCHILAZIONE: le basi azotate sono legate da legame covalente ad una catena
carboniosa, ossia molecole che tendono a reagire con il DNA (carbonio legato a base
azotata)
• queste molecole, dovendo interagire con le basi azotate, per entrare tra una
base e un’altra devo essere piatte (sono molecole piccole o devono avere tanti
doppi legami così da essere piatte)
• Un esempio è il benzopirene che può alchilarsi (deriva dalla combustione del
tabacco); ci sono degli enzimi nei nostri polmoni che tendono a rendere polare
la molecola mettendo l’-OH e un anello a tre termini, l’epossido, che rendono la
molecola reattiva poiché proprio sul carbonio dell’epossido si legano le basi
azotate: questo può causare il tumore polmonare; Ciò può variare però
dall’efficienza dei propri enzimi polmonari, ossia gli individui che hanno più
problemi hanno enzimi più efficaci che formano epossido (se gli enzimi
 polmonari sono molto efficienti si creano maggiormente epossido quindi c’è più
probabilità che si formi un tumore)
Fumando stai commendo che i tuoi enzimi siano poco efficienti
(l’obiettivo dell’enzima del polmonare in realtà è quello di smaltire la molecola
di benzopirene ma formando l’epossido si rischia che esso si leghi al DNA)
-INTERCALAZIONE
TRASCRIZIONE DEL DNA IN RNA
Il dogma centrare dell’informazione genetica: l’informazione genetica è presente solo
nel DNA ma dove essere tramandato al RNA (trascrizione) che, a sua volta, deve
essere tradotto in proteine (traduzione)
(duplicazione -> trascrizione -> traduzione)

• La trascrizione avviene sia per RNAm che realmente contiene i geni

(trasmissione dell’informazione genetica), sia per RNA ribosomiale che per RNA
transfer, entrambi coinvolti poi nella traduzione
TRASCRIZIONE IN RNA MESSAGGIERO:
• La trascrizione è mediata dall’ enzima RNA POLIMERASI DNA DIPENDENTE, in
grado di sintetizzare a partite dal DNA -> RNA
• L’enzima polimerizza sempre in direzione 5’ -> 3’ mentre ha come substrato i
ribonucleotidi trifosfato (non usa deossiribonucleotidi)
• non c’è problema dei frammenti di Okazaki poiché il filamento ritardo non deve
essere trascritto poiché RNA ha un solo filamento, quindi la polimerizzazione è
continua
• La bolla di trascrizione è la zona dove agisce questo enzima che comprende
circa 30 basi: l’enzima assume funzione sia elicasica, ossia scinde la doppia
elica, sia polimerasica, ossia sintetizza RNA (da un lato srotola dall’altro
polimerizza: solo 9 basi)
• RNA si forma propriamente in una regione ibrida RNA-DNA che comprende 9
basi; la regione ibrida viene poi rilasciata poi l’obiettivo è quello non di
ottenere una forma ibrida ma solo la copia del DNA nel RNA
• Il risultato finale sarà uguale al filamento 5’ 3’ ad eccezione dello zucchero che
in questo caso è il ribosio e al posto della timina c’è uracile (quindi utilizza
come stampo il filamento di DNA 5’ 3’ regolato dalle regole della
complementarità tra le basi)
• trascrizione è continua a partire da un punto fisso del DNA chiamata sequenze
promotrice
• La trascrizione è asimmetrica poiché viene copiato solo il filamento guida 5’3’
• non c’è un primer
 • non c’è attività di correzione poiché la necessita è minore; poiché andrà ad
impattare solo un’unica proteina e non l’intero genoma come nel caso del DNA
(anche perché viene subito rilasciato e non si potrebbe correggere)
SEQUENZA PROMOTRICE: sequenza che induce e ne regola la trascrizione (non fa
parte del DNA che deve essere trascritto)
ESPRESSIONE GENETICA: quali informazioni del DNA devono essere trasformate in
proteine nelle determinate cellule? Ciò è fondamentale poiché ne consegue una
diversa espressione fenotipica che dipende dai diversi tratti di DNA che vengono
trasformati in proteine (in alcune cellule viene trascritto un tratto di DNA mentre in
altre cellule altri tratti)
REGOLAZIONE DELLA TRASCRIZIONE:
-La presenza di sequenze consenso che si trovano a monte di tutti i tratti da
trascrivere
• sono state studiate quelle dei procarioti (sequenze identiche che servono da
ancoraggio e riconoscimento per la macchina replicativa: sequenza di 35
nucleotidi prima dell’inizio della trascrizione e il Tatabox, posto 10 nucleotidi
prima (grazie ciò si possono capire i tratti che devono trascritti)
NEGLI EUCARIOTI
• ci sono tre RNA POLIMERASI (ognuno sintetizza un RNA diverso)
• è necessaria la partecipazione, non solo delle sequenze consenso, ma anche dei
fattori di trascrizione, ossia proteine che regolano la trascrizione negli eucarioti
(stimolano la lettura/trascrizione del DNA legandosi alle sequenze promotrici)
• a monte del tratto da trascrivere si trovano delle zone stimolatrici, chiamate
enhancers; le proteine di attivazione (fattori di trascrizione) si legano a queste
zone causando un ripiegamento del DNA ad ansa (forse facilita lo srotolamento
da parte del RNA polimerasi)
• si ripiegano e si vanno a legare alle sequenze promotrici
• Solo in questo caso RNA polimerasi può iniziare la sua trascrizione (dopo
essersi legata alla sequenza promotrice)
• Ci sono delle zone insuletor, che ostacolano i fattori di trascrizione (proteine
che ostacolano trascrizione
• La metilazione del DNA, è un processo che bloccando le proteine che bloccano
la trascrizione, la favorisce dando così il via libera ai fattori di trascrizione

Senza fattori di trascrizione (circa 1600) non può avvenire la trascrizione e non
potrebbero essere sintetizzate le proteine (i fattori di trascrizione vengono sintetizzati
sui ribosomi poiché sono proteine)
REGOLATI DAL MECCANISMO DI RIENTRO: i fattori sintetizzati nel citoplasma devono
entrare nel nucleo per avviare la trascrizione
 (Alla base dello sviluppo differenziale delle caratteristiche fenotipiche)
- è necessario però alcune volte bloccare i fattori così da evitare la formazione di
proteine pro-infiammazione (di alcuni fattori, come NF-kB, STAT-3, bisogna bloccare
poiché mediano la trascrizione delle proteine coinvolte nell’infiammazione)
-molte creme antiinfiammatorie presentano bisabololo, molecola naturale poiché
inibisce STAT-3 (fattore di trascrizione)

TERMINE TRASCRIZONE
• Dopo che il lavoro è concluso ci sono delle sequenze di terminazione, che
permettono al RNA polimerasi di staccarsi e di liberare il filamento di RNA (nella
fase finale si può creare un’ansa, quasi una doppia elica, che segnala all’enzima
che la trascrizione è finita)
• Nei procarioti l’RNA appena sintetizzato viene subito tradotto quindi
trasformato in proteine (alcune volte i ribosomi iniziano a sintetizzare proteine
mentre ancora l’RNA polimerasi sta lavorando)
• Negli eucarioti l’RNAm va incontro ad alcune modifiche dopo la trascrizione

trascritto primario: RNA maturo: modificato

prodotto della trascrizione utilizzato come stampo per sintesi proteica
PRIMA MODIFICA (RNA presenta introni ed esoni)
Esoni (sequenze del RNA primario che faranno parte anche del RNA maturo mentre
introni devono essere eliminati )
1. ELIMINAZIONE DEGLI INTRONI (allora perché vengono sintetizzati?):
contenevano sequenze che promuovono la trascrizione del gene, velocizzando
la polimerizzazione (dopo non servono più e devono essere eliminati)
2. Introni contengono sequenze specifiche che regolano la trascrizione, ossia
microRNA e una volta eliminate hanno un ruolo di regolazione nella traduzione
3. Inoltre, regolano lo splicing alternativo
SPLICING: ossia l’eliminazione degli introni e l’unione tra di loro degli esoni
• Questo processo è attuato da un complesso di proteine chiamate
spliceosoma (si riferisce alla formazione di un cappio), zona del RNA dove
vengono tagliati gli introni e uniti gli esoni
• Il processo può avvenire grazie alla presenza dell’-OH del ribosio in
posizione 2 (liberi)
• lo spliceosoma piega la catena che deve essere trattata, avvicinando -OH
in posizione 2 al gruppo fosfato; il gruppo fosfato si lega al 5’ al posto
del 3’ ossia esone quindi si rompe legame introne esone e (estremità 3’
si libera, ossia il nucleotide viene liberato) e (quindi lo zucchero
 attraverso il gruppo fosfato si lega a 5’) si crea così un cappio = introne
LEGAME 5’ 3’
• L’esone liberato con il 3’ libero, andrà a rompere un altro legame
introne-esone legandosi all’esone con il 5’ libero legato precedentemente
all’introne
• L’introne viene rilasciato come cappio
L’esone è liberato poiché -OH libero del ribosio si lega alla posizione 5’dell’introne
• queste reazioni si chiamano transesterificazione, ossia un estere
sostituito da un estere (per questo non c’è bisogno di energia)
Il 15% delle malattie genetiche è causato da difetti di splicing (talassemia deriva da
una mutazione della beta-globina)
SPLICING ALTERNATIVO:
-L’introne può essere introne in una cellula ed esone in un’altra cellula (maturazione
differenziale del RNAm)
-La parte di DNA che codifica per la calcitonina è la stessa di quella che codifica per il
peptide CGRP (nei neuroni) ossia derivano dallo stesso RNAm (stesso tratto di DNA
può portare all’espressione di proteine diverse in diverse cellule)= quindi ciò che
differenzia è lo spliceosoma che avvicina o meno gli esoni/ elimina o meno gli introni)

L’RNA deve uscire dal nucleo poiché deve esplicare il suo ruolo nel citoplasma dove lo
aspettano i ribosomi per la traduzione delle proteine
-RNAm deve proteggersi dagli enzimi nucleasici che tendono ad attaccarlo (anche il
DNA si era protetto attraverso i telomeri); Inoltre, deve dotarsi di sistemi di
riconoscimento per uscire dal nucleo e per entrare nei ribosomi
effettua ciò attraverso:
-SULL’ESTREMITA 3’: è tagliata una sequenza non codificante e viene aggiunta una
coda che va dalle 50 alle 250 unità di adenine, CODA DI POLI A, (proteggere RNA
dagli enzimi nucleasici così che se agiscono attaccano la coda di poli A). Inoltre,
questa coda viene riconosciuta dalle esportine, proteine che si trovano sui pori
nucleari e che permettono l’uscita dal nucleo; grazie alla coda l’RNA è riconosciuto
anche dai ribosomi (coda= funzioni di riconoscimento e protettiva)
-SULL’ESTREMITA 5’: (funzione protettiva dagli enzimi nucleasici) è aggiunto su 5’ un
nucleotide estremamente modificato, ossia non è aggiunto attraverso legame
fosfodiestereo ma con trifosfato; inoltre, non si lega al 3’ come tutti i nucleotidi ma al
5’ (legame 5’-5’); la sua guanina viene metilata “7metil-guanina”. Questo pezzo di
RNA non viene riconosciuto e quindi non viene idrolizzato = cappuccio su 5’ così che
anche se si avvicinano enzimi nucleasici non lo riconoscono per le sue modifiche