LEZIONE 3

Metabolismo
- Il metabolismo è suddiviso in catabolismo ed anabolismo
- Catabolismo: percorsi metabolici degradativi (esoergon.)
● Produce energia.
- Anabolismo: percorsi metabolici biosintetici (endoergonico). Da elementi più semplici si costruiscono
delle molecole più complesse e grandi indispensabili per la vita (prote3ine, ormoni, zuccheri, acidi nucleici,
peptidi).
● Richiedono energia e portano alla formazione di nuovi legami covalenti.

Tramite le carrier transient vengono trasferiti a processi anabolici, dove i precursori semplici vengono
trasformati in macromolecole complesse.
Reazioni di ossido-riduzione nei sistemi biologici
Le reazioni di ossido-riduzione enzimatica svolgono un ruolo di rilievo nel metabolismo energetico della
cellula. Avvengono a pH fisiologico tramite enzimi che catalizzano le reazioni.
L’energia rilasciata nel corso di reazioni di ossidazione di substrati organici è catturata, con differente
efficienza, in diverse forme utilizzabili, quali ad es.:
- molecole di ATP
- potenziali di membrana
- coenzimi ridotti come NADH e FADH2
Reazioni di ossido-riduzione nei sistemi biologici
Scambio di ioni idruro agenti riducenti
- I chimici hanno sviluppato decine e decine di metodi per la riduzione o l'ossidazione di substrati organici.
Ciascuno di questi metodi e' in genere specifico per una certa classe di composti
- Nella chimica organica dei sistemi biologici tutto e' molto più semplice. Il classico donatore di ione idruro
(agente riducente) e' NADH o NADPH; il classico accettore di ioni idruro e' NAD+. Sotto l’azione di specifici
enzimi si catalizza il trasferimento di ione verso o dal substrato.
Questi processi redox sono altamente specifici.
- La specificità per i diversi substrati e' garantita dagli enzimi che catalizzano la reazione (più di 200 ossido-
reduttasi diverse).
Reazioni Redox nel Metabolismo sono fondamentali nei processi anabolici e catabolici
Il Catabolismo è OSSIDATIVO – i substrati perdono equivalenti di riduzione (elettroni) abitualmente tramite
ioni idruro H-; l’anabolismo, invece è RIDUTTIVO.
● NAD+ accetta elettroni rilasciati nel catabolismo, il substrato viene degradato.
L’Anabolismo è riduttivo - i substrati acquistano equivalenti di riduzione (elettroni)
● NADPH fornisce il potere riducente (elettroni) per i processi anabolici, abitualmente tramite ioni idruro
H-L’agente ossidante e’ l’O2 che si riduce ad H2O
• Ricordiamo che i processi ossidativi sono esoergonici e che la liberazione di energia e’ accoppiata alla
formazione di ATP in un processo chiamato FOSFORILAZIONE OSSIDATIVA.

Il sistema NAD+-NADH può essere visto come un sistema navetta, carrier transiente, che trasporta gli
elettroni prodotti dai substrati del catabolismo nei mitocondri dove sono trasferiti all’O2.
• Viceversa, l’anabolismo e’ un processo riducente in cui i carbonili dell’Acetil CoA sono ridotti ad unità -
CH2- degli acidi grassi. L’agente che si ossida durante tale processo e’ il NADPH che cede H- ad alta energia.

Acido Nicotinico ed i Coenzimi Nicotinamidici

Nucleotidi piridinici
Questi coenzimi intervengono nei processi redox trasportando una coppia di elettroni attraverso il
trasferimento di uno ione idruro (H-) al substrato o l’ acquisto da questo.
Due importanti coenzimi appartengono a questa
classe:
● Nicotinammide adenin dinucleotide (NAD+)
● Nicotinammide adenine dinucleotide fosfato (NADP+)

NAD+ e NADP+
• L’acido Nicotinico (niacina) è il precursore biologico di NAD+ e NADP+. IUPAC= Acido 3 piridin
carbossilico.
• La carenza di niacina causa carenza di NAD e NADP e crea uno stato patologico definito pellagra (malattia
dovuta a malnutrizione)
• L’uomo assume la niacina con la dieta da cereali, carne e legumi. Le piante e molti animali possono
sintetizzarla a partire dal Triptofano o da altri metaboliti.
L’acido nicotinico viene convertito nella sua ammide che è appunto la nicotinammide.

Forme ossidate e ridotte di NAD+

e NADP+

In realta' e' facile ricordare queste

strutture: la chimica dei sistemi
biologici non ha molta fantasia, ed
utilizza sempre gli stessi
mattoni/blocchi.
C’è il nucleotide adeninico,
adenina, ribosio e fosfato in 6, ci
può essere o non essere un gruppo
fosfato e quindi alternativamente
abbiamo il NAD o NAD fosfato, il
ponte difosfato si attacca al C5 di
un’altra unità di ribosio. Questa è la regione molecolare utile per il riconoscimento da parte del sito attivo
dell’enzima. Puntate comunque la vostra attenzione sul centro reattivo del composto: il nucleo piridinico-
diidropiridinico della nicotinamide.
La parte attiva che prende parte alla reazione è il residuo di nicotinammide.
Nei processi di ossido-riduzione abbiamo un azoto quaternario carico positivamente e ricordiamo che:
nell’anello piridinico abbiamo un azoto elettronegativo che attrae verso di sé gli e-, impoverendo le
posizioni 2 e 4 dell’anello aromatico. Un azoto carico positivamente ha un effetto molto più marcato poiché
ha anche una carica elettrostatica positiva; poi se ci aggiungiamo anche il carbonile che ha un effetto
induttivo di attrazione elettronica il carbonio risulta impoverito di elettroni e come tale può facilmente
subire l’attacco di ione idruro generando la forma ridotta dell’enzima NADH con lo spostamento di una
coppia di elettroni sull’azoto. Nell’ossidazione avviene esattamente l’inverso e l’idruro viene trasferito al
substrato.

Coenzimi Nicotinamidici
Caratteristiche strutturali e meccanicistiche
L’azoto quaternario dell’anello nicotinamidico agisce come un richiamo elettronico e facilita il
trasferimento di idruro
Il punto (sull’anello nicotinamidico) di attacco dell’idruro è un centro pro-chirale!
Il transfer di idruro è sempre stereospecifico! Cio’ avviene grazie alla specificita’ enzimatica sia nei
confronti del substrato che del coenzima.
Definizione di pro-R e pro-S
la specificità della reazione enzimatica impone che il trasfer di idruro sul C4 dell’anello nicotinammidico sia
sempre stereospecifico.
Le strutture degli enzimi che catalizzano queste reazioni hanno caratteristiche chirali, essi infatti sono
costituiti da amminoacidi, anche questi chirali, per cui hanno specificità verso la chiralità dei substrati sia
per il fatto che alcune reazioni sono possibili su particolari enantiomeri del substrato sia che alcune di
queste reazioni possono essere STEREOSPECIFICHE.
CH2 pro-chirale sull’anello piridinico ch2 non è un centro stereogenico poiché ha due h, però, se
guardiamo bene possiamo osservare che i due H legati a questo carbonio sono identici chimicamente ma
dal pdv della steriochimica sono ENANTIOTOPICI. Viene indicato con il termine pro R l’H la cui sostituzione
con il deuterio converte il C pro-chirale in un centro stereogenico R, mentre l’altro è detto pro S. Queste
reazioni di ossido riduzioni sono altamente stereospecifiche, infatti l’H che partecipa come ione idruro, che
esce dalla forma ridotta o entra nella forma ox per formare la forma ridotta, è sempre quello pro R.

CH2 pro-chirale
Pro-R H. la sostituzione di questo atomo di H con D converte il C pro- chirale in un centro stereogenico di
configurazione R
Pro-s H: la sostituzione di questo atomo di H converte il C pro-chirale in un centro stereogenico di
configurazione S
 Alcol e NAD (coenzima ossidato) entrano nel sito attivo dell’enzima, un
gruppo basico dell’enzima all’interno del sito attivo capta un protone, la
coppia di e- si sposta per generare il doppio legame C=O, il protone si lega al
gruppo basico dell’enzima e dal lato opposto lo ione idruro con la sua
coppia di elettroni si va a legare all’anello nicotinammidico in posizione di idrogeno pro R. (entra
dall’alto).
Nel caso di una riduzione, l’idruro che viene rimosso in pro R, va ad
attaccare il carbonile, questo viene protonato dal gruppo acido
dell’enzima per generare l’alcol.

Questi sono tutti processi enzimatici e abbiamo diverse classi di enzimi.

Reazioni di ossidoriduzione nei sistemi biologici
Gli enzimi che catalizzano reazioni redox (ossidoriduttasi) sono suddivisi in 4 classi:
-Deidrogenasi: catalizzano il trasferimento di H tra due substrati; generalmente richiedono NADNADH;
possono contenere uno ione Zn++ che aiuta a fissare il substrato alla reazione, attiva il CO all’azione
dell’idruro e considerata la particolare configurazione del sito attivo contribuisce alla stereospecifictà del
processo.
-Ossidasi: catalizzano il trasferimento di H tra un substrato e O2; generalmente richiedono FAD FADH2;
generano H2O o H2O2 durante la reazione.
-Ossigenasi: catalizzano l’incorporazione di O (proveniente da O2) nel substrato, si crea un nuovo
legameC-O, il substrato viene quindi ossidato, per l’aumento del n di legami con l’ossigeno si dividono in
monossigenasi e diossigenasi
- Perossidasi e catalasi: catalizzano reazioni che utilizzano come agente ossidante O2; richiedono Fe+++ e
Cu++; generano H2O come sottoprodotto di reazione, sottraggono H al substrato.

Deidrogenasi
Rimuovono elettroni e/o atomi di idrogeno
Ossidazione dell’etanolo da parte dell’Alcool deidrogenasi

Nella cellula del sistema biologia questa reazione di ossidazione avviene all’interno del sito attivo dell’alcol
deidrogenasi attraverso l’intervento della coppia NAD+ e NADH. Una coppia di e- che originariamente
legavano l’idrogeno all’ossigeno viene trasferita al cofattore NAD+ attraverso il trasferimento di uno ione
idruro, il NAD viene ridotto a NADH mentre l’alcol viene ossidato ad aldeide.
Lo ione zinco presente nell’enzima orienta l’alcol, complessa l’ossigeno dell’alcol o della forma carbonilica e
attiva il processo di trasferimento di idruro. Quindi ha un effetto di ORIENTAMENTO che influenza la
STEREOSPECIFICITA’ della reazione enzimatica.

METABOLISMO ALCOL NEL CORPO

UMANO

Quando ingeriamo alcol, questo

entra nella cellula, viene
trasportato nel citoplasma,
aumenta la concentrazione di alcol
nel citoplasma che causa nel
circolo sanguigno delle evidenti
alterazioni fisiologiche. La cellula,
quindi, deve provvedere
rapidamente, per evitare danni, a
rimuovere questo eccesso di
etanolo. Interviene l’alcol
deidrogenasi, che ossida l’etanolo
ad acetaldeide, abbassando la
concentrazione di alcol e generando un’altra molecola, comunque dannosa per l’organismo, l’acetaldeide.
Per evitare questo processo di tossificazione l’acetaldeide viene trasportata nel mitocondrio dove avviene
un altro processo di ossidazione ad opera dell’aldeide deidrogenasi attraverso cui l’acetaldeide viene
ossidata ad acido acetilico che viene poi ritrasportato all’esterno del mitocondrio e trasformato in acetil
coA. Questo partecipa a molti processi biologici come la biogenesi degli ac grassi. DETOSSIFICARE
L’ORGANISMO. Perché questo avvenga si richiede la presenza di enzimi attivi e dunque non è un processo
immediato ma impiega un certo tempo necessario per abbattere la conc di etanolo e poi quella di
acetladeide che si forma dopo la prima ox. Importante quindi assumere una giusta dose di alcol per evitare
un eccesso della sua concentrazione e evitare problematiche fisiologiche varie.
Meccanismo previsto per la lattato deidrogenasi
• Reazione della lattato deidrogenasi catalizza la trasformazione del lattato in piruvato e anche il
piruvato in lattato. Il processo è del tutto simile a quello precedente. Il nad+ si lega all’enzima, c’è
l’apoenzima che lega il NAD+, generando la forma attiva dell’enzima che capta il lattato nel sito attivo
dell’enzima. A questo punto troviamo nad+ e lattato nel sito attivo. Il gr basico dell’enzima rimuove il
protone attraverso una catena di trasferimento di protoni a livello dell’enzima, la coppia di e- va a generare
il doppio legame C=O, mentre l’H con la sua coppia di e- viene trasferito al NAD+ per generare il NADH.
Trasferimento stereospecifico e stereoselettivo, avviene sempre in posizione pro-R.
Si forma il piruvato che si distacca dall’enzima, il quale poi rilascia anche il NADH che ritorna apoenzima ed
è pronto per cominciare un nuovo ciclo. Alla fine si genera NADH e piruvato.

(Prima si lega NAD+ e poi NADH è rilasciato)

Dopo aver rilasciato il NADH si deve avere un percorso inverso, poiché questi coenzimi sono presenti in
piccole quantità nell’organismo, quindi deve poter avvenire la rigenerazione del NAD+ per essere
disponibile in altre reazioni/processi biologici. Questa rigenerazione non può essere fatta tornando
indietro, ma deve avvenire in sistemi diversi che scambiano questi cofattori.

Un altro processo simile: il protone

dell’OH viene rimosso dal gruppo
basico dell’enzima, due elettroni
formano il carbonile e uno ione idruro
viene trasferito al NAD+ dove, sempre,
in posizione pro-R avviene l’effetto di
una riduzione, formando il NADH.

NAD e NADP sono dei cosubstrati per le deidrogenasi

• La reazione netta e’
NAD(P)+ + 2e- + 2H+ NAD(P)H + H+
Ossidasi
Trasferiscono 2 elettroni dal donatore all’ossigeno e formando di solito acqua ossigenata o perossido di
idrogeno (H2O2).
Vediamo degli esempi:
Ossidazione del glucosio da parte della Glucosio Ossidasi
viene ossidato il gruppo OH del C anomerico dello zucchero
(CHOH anomerico), c’è la perdita di un H e la formazione di
C=O e il trasferimento di un altro H al substrato. Entrambi
questi atomi di idrogeno danno una coppia di e- che viene
trasferita ad una molecola di ossigeno con formazione di
perossido di idrogeno e ossidazione dello zucchero per
formare un anello lattonico. Viene, quindi, convertito il
glucosio nel delta lattone corrispondente chiamato delta
gluconolattone.

Ossigenasi
Sono enzimi che catalizzano l’incorporazione dell’ossigeno in un substrato
Puo’ essere di due tipi: MONOOSSIGENASI e DIOSSIGENASI, A seconda del numero di atomi di ossigeno che
vengono trasferiti al substrato.
Monoossigenasi
Incorpora un singolo atomo di ossigeno come gruppo ossidrilico e l’altro atomo
e’ ridotto ad acqua dagli elettroni del substrato o da un secondo substrato che
non e’ ossigenato.
Idrossilazione del Progesterone mediante la Monoossigenasi esempio molto
importante dal pdv del metabolismo degli ormoni steroidei.
Il progesterone è un importante ormone nella sfera sessuale femminile.
Abbiamo un sistema chetonico
che termina con CH3. Nella reazione che viene catalizzata da questa
monossigenasi avviene l’incorporazione di un atomo di ossigeno su questa
estremità della catena e l’ossigeno viene ridotto ad H2O dagli e- del substrato o
da un secondo substrato che non è l’ossigeno. Si ha poi la trasformazione del NAPH in NADP+. Il NADPH
ridotto viene ossidato in NAD+ quindi abbiamo il trasferimento di uno ione idruro e un idrogeno
all’ossigeno con formazione di H2O e incorporazione di un ossigeno.
Diossigenasi
Incorpora entrambi gli atomi di O2
Sistema classico Ossigenazione del catecolo ad opera della catecolo
ossigenasisi ha la scissione ossidativa del doppio legame con formazione di un
acido dicarbossiclico chiamato cis-cis Muconico poiché i due doppi legami restano in
conformazione cis, come nell’anello benzenoide precedente.
UDP-GALATTOSIO-4-EPIMERASI
Alcuni sistemi enzimatici sono in grado di trasformare la stereochimica di un centro stereogenico di un
substrato senza, apparentemente, passare attraverso le reazioni di ossido-riduzioe. Perché guardando o
stato iniziale sembrerebbe non ci sia nessuna reazione. Ne è un esempio l’UDP-galattosio-4-epimerasi.
(In alcuni casi il NAD+/NADH catalizza trasformazioni nette di un substrato senza apparente ossidazione!)

Dall’UDP glucosio si ottiene l’UDP galattosio. Si ha avuta l’inversione di

configurazione al C4, infatti glucosio e galattosio sono epimeri al C4. Esiste un
enzima, l’UDP galattosio 4 epimerasi, che è in grado di catalizzare
l’epimerizzazione glucosio-galattosio o viceversa galattosio-glucosio.
Apparentemente questo enzima effettua l’inversione senza modificare lo stato di ossidazione
dei due zuccheri che sono nello stesso stato di ossidazione. Se, però, andiamo a vedere in
dettaglio questo processo scopriamo
che l’enzima richiede la coppia
NAD+ NADH e di conseguenza la reazione sarà
di tipo REDOX.
MECCANISMO: Il NAD+ promuove l’ossidazione dell’alcol, quindi capta l’idruro, si trasforma in
NADH, il sito attivo dell’enzima rimuoverà questo protone, la coppia di elettroni si sposta.
Il meccanismo di reazione è sempre lo stesso al di là della diversità del sito attivo dell’enzima, della
specificità verso il substrato, dei gruppi dell’enzima che possono agire da gruppo basico, acido, al di là da
come viene tenuta, bloccata la molecola, il meccanismo generico bene o male si assomiglia anche in questo
caso, quando c’è il NAD in gioco. Infatti, anche qui lo ione idruro sarà trasferito alla posizione pro-R
dell’anello della nicotinammide e quindi il substrato viene ossidato a chetone mentre il coenzima viene
ridotto a NADH. Una volta avvenuto questo, la reazione procede ulteriormente, il coenzima ridotto, in
questo caso, cede lo ione idruro dalla parte opposta del C sp2 a cui era stato rimosso e quindi l’ossidrile
che viene generato si trova in posizione assiale epimerica rispetto a quello nel glucosio iniziale. Abbiamo
quindi una coppia redox, ovvero un’ossidazione seguita da una riduzione, che alla fine del processo lascia il
substrato allo stesso stato di ossidazione del reagente iniziale, ovvero il glucosio. Il processo è stato
catalizzato da un enzima ossidoriduttivo con la compartecipazione della coppia NAD/NADH.