LEZIONE 2

ATP

L’ATP è una molecola ad alta energia che è in grado di trasferire energia di tipo chimico nel corso di svariati processi
biochimici. Lo fa mediante un sistema ATP/ADP in cui uno dei gruppi fosfati viene trasferito ad un substrato nel corso
di una reazione chimica. L’ATP si comporta come un intermediario di energia. I composti fosforilati, il PEP e l’1,3-
BPG sono creati durante l’ossidazione del glucosio, cioè la glicolisi. Attraverso altri processi biochimici la loro energia
e i gruppi fosfato vengono trasferiti all’ADP per generare ATP. C’è conversione back and for di ATP e ADP. È un
sistema ciclico, quando è necessaria energia l’ATP la cede, quando non lo è la acquista. L’ATP trasferisce velocemente
la sua energia chimica a uno dei vari processi biochimici in cui interviene. È una sorta di moneta di scambio di energia
all’interno della cellula.

Ciclo dell’ATP

Porta energia nei sistemi vegetali

fotosintetici tramite la fotosintesi oppure
negli organismi non fotosintetici tramite
il catabolismo. La fotosintesi converte
energia luminosa (solare) in energia
chimica che poi viene immagazzinata
nell’ATP e poi trasferita ai processi
biologici. Lo stesso avviene attraverso il
catabolismo cellulare. La degradazione
metabolica di diversi nutrienti fornisce
energia alla cellula utilizzata per
convertire ADP in ATP che poi viene
utilizzata per i processi cellulari.

I nutrienti vengono ossidati con

l’ossigeno atmosferico, si ottengono
acqua, CO2 e ATP che poi viene
utilizzata per processi biosintetici, lavoro
osmotico e mobilità sia muscolare che
cellulare. Poi il ciclo ricomincia, l’ATP si riconverte in ADP e fosfato e ha bisogno di essere rigenerato. Questo ciclo
non può mai interrompersi, perché altrimenti si verifica la morte cellulare.

Il trasferimento del gruppo fosfato avviene perché l’ATP ha una gran quantità di energia
chimica perché ci sono due legami di anidride fosforica ad alta energia. Quest’energia
viene rilasciata attraverso la scissione di uno dei legami fosfato, avviene la conversione di
ATP in ADP e il trasferimento di uno dei gruppi fosfato sul substrato che poi viene
energizzato. L’ATP è una forma transitoria di deposito di energia destinata ad essere
ceduta nel corso di trasformazioni che ne necessitano.

Questo è un diagramma di energia della conversione, esiste uno stato

di transizione con una sua energia di attivazione, il processo è endoergonico, cioè è capace di
liberare energia che è di circa -30,5 kJ/mol.

Da un punto di vista chimico ATP e ADP sono oltre che nucleotidi anche anidridi dell’acido
fosforico. Da un certo punto di vista hanno delle similitudini come contenuto energetico chimico
alle anidridi aciliche, cioè le anidridi degli acidi carbossilici. Le anidridi assieme agli alogenuri
acilici hanno un elevato contenuto energetico in grado di innestare reazioni di sostituzione
nucleofila acilica. Qui avviene più o meno la stessa cosa, le anidridi dell’acido fosforico sono
reattivi in maniera abbastanza simili alle anidridi aciliche, sono reattive perché in questo gruppo
fosfato c’è una grande repulsione elettrostatica tra i gruppi fosfato che sono vicini tra loro e carichi negativamente,
questa repulsione elettrostatica viene ridotta quando si scinde uno di questi legami e questo facilita la rottura del legame
e la cessione del gruppo fosfato. L’idrolisi stabilizza la molecola sia per motivi di ionizzazione che di risonanza, infine
c’è un fattore entropico importante, perché aumenta il numero di molecole in soluzione, quindi anche il numero di
microstati. L’aumento del numero di molecole che vengono a formarsi aumenta il numero di stati molecolari, aumenta il
disordine e viene favorita l’entropia del processo.
Ci sono delle risonanze che esistono nella molecola dell’anidride. Le possiamo
avere solo alternativamente una alla volta a livello dei gruppi carbonilici.
Quando la molecola viene scissa ci sono vari tipi di risonanze, ogni molecola
ha due strutture di risonanza, quindi c’è una maggiore delocalizzazione della
carica e stabilizzazione. Nel caso dell’anidride fosforica c’è una situazione
analoga. L’ATP si scinde, si formano due molecole, aumenta l’entropia e ci
sono più effetti di risonanza, inoltre c’è un diverso comportamento
dell’equilibrio a seconda del pH della soluzione.

Qui vediamo in cascata una serie di idrolisi. La prima scissione del legame
fosforico porta da ATP ad ADP ma anche l’ADP può subire una successiva
idrolisi perché anche in questo caso abbiamo un rilascio di energia.

Un altro aspetto importante da tener

presente è la presenza di diversi stati
di ionizzazione dell’ATP. L’ATP ha 5 protoni dissociabili, è come un acido
poliprotico che ha ben 5 protoni acidi (non esiste una situazione di questo
genere). Non ci interessa calcolare gli equilibri delle varie forme ma
dobbiamo comprendere che queste ionizzazioni multiple rendono la costante
di equilibrio di idrolisi di ATP più complessa, e il ΔG dipende dallo stato di
ionizzazione in cui si trova l’ATP, cioè il ΔG dipende dal pH. Questi calcoli
sono stati fatti in vari modi, si osserva che l’energia libera di idrolisi dell’ATP
è costante da pH che vanno da 1 a 6, quindi c’è un plateau tra questi valori;
comincia a crescere con l’aumentare di pH e schizza con valori di pH molto
elevati. Questo ci interessa da un punto di vista teorico ma da un punto di
vista pratico dobbiamo tener presente che le reazioni biologiche avvengono
ad un pH fisiologico attorno a 7.

C’è poi un altro effetto da cui dipende il

ΔG che è l’effetto della concentrazione. Il
valore di -30,5 kJ/mol è calcolata a condizioni standard, ma quando non ci sono le
condizioni standard il valore varia. Uno dei fattori che principalmente influenzano il
valore è la concentrazione, in condizioni fisiologiche in una cellula abbiamo
concentrazioni di circa 1-5 mM, in questo caso il ΔG dell’ATP è circa -50 kJ/mol, il
valore aumenta perché diminuisce la concentrazione rispetto a quella standard (1M).
Questo grafico riporta la variazione del logaritmo negativo della concentrazione in rapporto alla variazione del ΔG.

Altre considerazioni di tipo energetico vanno

fatte sulle anidridi fosforico-carbossiliche.
Sono anidridi miste in cui c’è un residuo
fosfato legato ad un residuo acilico di un acido
carbossilico. Questi composti sono molto
ricchi di energia. Il ΔG standard di idrolisi di
un acetil fosfato è di circa -43,3 kJ/mol, sarà
incrementato se la concentrazione della specie
diminuisce. Nel caso dell’1,3-BPG il ΔG = -
49,6 kJ/mol. Anche in questo caso c’è una
forte tensione di legame nelle molecole, ci
sono delle tensioni elettrostatiche, la scissione
provoca un aumento delle strutture di
risonanza per cui i reagenti sono molto meno
stabili rispetto ai prodotti, proprio lo stesso
discorso dell’ATP.

Si scinde il legame dell’anidride mista.

Per quanto riguarda gli enol fosfati come il

fosfoenolpiruvato, esso è un composto che ha un’energia di idrolisi molto elevata, più alta di tutte le altre biomolecole.
Si forma per disidratazione del 2-fosfoglicerato, l’idrolisi del PEP genera l’enolo del piruvato che poi rapidamente
tramite un equilibrio cheto-enolico passa alla forma chetonica più stabile.
Il 2-fosfoglicerato tramite un processo enzimatico catalizzato dall’enolasi subisce una deidratazione, si forma il doppio
legame grazie ad un gruppo basico dell’enzima che rimuove il protone in posizione 2. Il gruppo OH viene protonato da
un gruppo acido dell’enzima ed esce come una molecola di acqua, è un processo simile ad una β-eliminazione. Nelle
condizioni fisiologiche non possiamo avere un acido forte come nella β-eliminazione, per cui si utilizza l’enzima, la
proteina enolasi che accoglie all’interno del sito attivo il 2-fosfoglicerato, lo riconosce, avvicina un residuo
amminoacidico basico al protone 2, dall’altra parte un altro residuo amminoacidico che ha la capacità di cedere il
protone, come un acido aspartico o un acido glutammico, lo cede al gruppo ossidrilico, si forma acqua che va via, si
forma il fosfoenolpiruvato e l’enzima si libera. Il fosfoenolpiruvato è
una molecola ad alta energia grazie al legame dell’anidride mista. In
un altro processo biochimico catalizzato dalla piruvato chinasi
reagisce con l’ADP e trasferisce un fosfato sul residuo fosforico
dell’ADP. È sempre un processo catalitico che avviene all’interno del
sito attivo che accoglie il substrato e l’ADP, li porta in prossimità,
catalizza il trasferimento, cede un protone, si genera ATP e viene
rilasciato il piruvato. quello che viene rilasciato è prima l’enolo che
poi spontaneamente e molto velocemente si converte nella forma
chetonica. Questo enzima contiene degli ioni magnesio e potassio che
facilitano la conversione.

Questo è il processo di idrolisi, la scissione del gruppo fosfato che

libera -28,6 kJ/mol. Si forma il piruvato che è poco stabile, si converte nel più stabile piruvato tramite la
tautomerizzazione e a questo punto si liberano -33,6kJ/mol, da cui arriviamo all’elevata energia di idrolisi del
fosfoenolpiruvato che è di -62,2 kJ/mol.
LE VITAMINE

Sono tutte molecole che agiscono come cofattori nella catalisi enzimatica, che presiedono ad una grande varietà di
trasformazioni biologiche. Sono molecole essenziali alla vita, devono essere necessariamente assunte dalla dieta in
quanto l’organismo umano non è in grado di sintetizzarle. Diversi organismi hanno bisogno di differenti vitamine e non
tutti gli organismi necessitano di tutte le vitamine, alcuni organismi sono in grado di sopperire alla mancanza di alcune
vitamine, possono ottenerle anche tramite conversioni chimiche (ad esempio nei batteri). Gli umani hanno bisogno di
tutte queste vitamine per star bene. Dal punto di vista delle loro proprietà di solubilità vengono comunemente distinte in
idrosolubili e liposolubili.

Quasi tutte queste molecole sono componenti o precursori di coenzimi, cofattori, cioè di molecole in grado di attivare la
funzionalità enzimatica o di subentrare in un processo catalitico come co-partecipanti. Sono molecole in grado di
conferire una specifica reattività chimica agli enzimi e alcune di loro possono anche fungere come dei trasportatori di
gruppi funzionali da un substrato all’altro o da un supporto enzimatico verso il substrato. Ad esempio, nelle
transaminasi si ha la conversione di un amminoacido in un gruppo chetoacido e viceversa. Il gruppo amminico viene
trasportato da un coenzima che partecipa alla reazione, facilita il distacco del gruppo NH2 dall’amminoacido e
facilitando la formazione del chetoacido.

In questi processi i coenzimi possono essere modificati, il coenzima partecipa alla reazione, in una fase iniziale della
reazione viene modificato ma poi nella fase finale torna nella sua forma originaria. Questo è un aspetto fondamentale
perché in ogni ciclo di reazione questi coenzimi non vengono distrutti ma rigenerati, quindi anche una piccola quantità
di queste sostanze funzionano efficientemente. Ecco perché comprendiamo a questo punto di come le vitamine siano
efficaci anche se sono presenti in concentrazioni molto basse nei nostri tessuti, nei fluidi biologici e nel nostro corpo. Ci
basta una modesta quantità.

Carenza vitaminica

La carenza vitaminica causa patologie, la problematica della carenza di vitamine non è attuale nei paesi industrialmente
avanzati dove c’è una corretta e ampia nutrizione, che è sicuramente una fonte più che sufficiente al fabbisogno
vitaminico, anzi, nella nostra attuale civiltà c’è il problema opposto, cioè l’abuso di cibo. Possiamo trovare delle
problematiche se ci sono delle situazioni patologiche iniziali che rendono difficili la nutrizione oppure se ci sono
problemi psicologici di malnutrizione oppure associate a patologie che rendono difficile una sana nutrizione. Ci
possono essere dei momenti in cui si possono avere carenze di vitamine, ad esempio nel corso della gravidanza c’è
bisogno di abbondanza di acido folico. La mancanza di vitamine era molto comune nel passato, se andiamo a vedere
epoche in cui la nutrizione non era facile e si poteva andare incontro a mancanze di alimenti. Alcune popolazioni si
nutrivano scarsamente, questo può accadere ancora in alcuni paesi del terzo mondo.

[Il concetto di carenza vitaminica caratterizzata da manifestazioni cliniche ha perso di attualità nei paesi industrializzati
e viene sostituita dal concetto di CARENZA O DEFICIENZA MARGINALE, che si presenta come un abbassamento
dei livelli vitaminici che però mantengono uno stato fisiologico funzionale. Si sta infatti diffondendo il concetto che sia
possibile prevenire alcune malattie con un adeguato apporto di vitamine e oligo-elementi.

Nell’ambito di situazioni fisiologiche, la carenza di vitamine si presenta nei neonati (vitamina K), nei bambini con la
pelle pigmentata (vitamina D), nelle donne gravide (acido folico) e nelle persone anziane, o in alcune categorie come i
vegetariani.]

Cenni storici sulle vitamine e sulle patologie associate

C’è un concetto di base che è interessante acquisire. Quando si pensa ad una patologia, andiamo anche indietro nel
passato quando molti e molti secoli fa venivano riscontrate delle patologie le cui motivazioni erano oscure, il primo
pensiero andava a qualcosa che facesse male, qualcosa di tossico e negativo che veniva assunto dall’organismo. Questo
era un modo non corretto di procedere per comprendere e risolvere la problematica dell’esistenza e della conoscenza
delle vitamine. Sono stati necessari tempi molto lunghi per ribaltare questo paradigma e capire che alcune patologie
erano legate non all’assunzione di qualcosa di tossico ma alla carenza nell’alimentazione di qualche componente
benefico che evitava che ci si ammalasse. La manifestazione è l’evento più celebre, più chiaro ed evidente è quello della
vitamina C. La carenza di vitamina C causa lo scorbuto, era molto diffuso soprattutto quando i naviganti si imbarcavano
su antichi velieri per mesi e mesi con un’alimentazione che poteva essere molto carente, potevano quindi venire queste
epidemie di scorbuto che all’inizio erano erroneamente associate a qualcosa che avevano mangiato ma che in realtà
erano correlate ad una mancanza di vitamina C. Tutto ciò è cambiato quando si è scoperto che bastava una dose di
agrumi freschi per evitare lo scorbuto. C’è voluto poi molto tempo successivo per capire cos’era la vitamina C, isolarla
e così via.

Altre malattie possono essere: beri-beri, rachitismo, pellagra.

In Cina già nel 2600 a.C. si parlava del beri-beri, nel 1150 a.C. si parla di scorbuto in Egitto. Nel 1890 Eijkmann mette
in evidenza un fattore nutrizionale estratto dalla cuticola di riso che guarisce il beri-beri, tale fattore verrà chiamato
vitamina, cioè anima della vita. Tra il 1910 e il 1950 i fattori responsabili delle malattie carenziali vengono isolati,
identificati e sintetizzati in laboratorio. Lungo questo percorso c’è una storia di circa 15 premi Nobel. Nel 1933 c’è il
passaggio dalla fase di laboratorio a quella industriale con la produzione della vitamina C.

Ad ogni vitamina è associato un nome

proprio.

Sono molecole molto eterogenee tra

di loro, il peso molecolare varia da
 122 Da dalla nicotinammide fino a 1355
Vitamine liposolubili A, D, E, K Da per la cianocobalammina, la vitamina
B12. Le loro strutture possono contenere
residui zuccherini, possono essere
Vitamine Idrosolubili B1,B2,PP,B5,B6,B8,B9,B12,C correlabili a ormoni steroidei oppure
possono contenere nuclei porfirinici.
Possono essere lipo o idro-solubili. Nel corso della nutrizione vengono assorbite a livello dell’intestino tenue, spesso a
livello del duodeno. Solo le vitamine C e B12 sono assorbite a livello dell’ileo e la vitamina K2 a livello del colon.

Metabolismo

Ci sono tre forme di diffusione e di trasporto, la più semplice è la diffusione passiva attraverso un gradiente di
concentrazione. Poi c’è la diffusione facilitata che avviene grazie ad un trasportatore di membrana. Infine il trasporto
attivo, cioè grazie ad un sistema specializzato che opera contro il gradiente di concentrazione. Richiede l’associazione
con un trasportatore di membrana ed un meccanismo che fornisce energia.

  Trasporto attivo Diffusione Diffusione

facilitata passiva

Vitamine A, K   D, E
liposolubili

Vitamine B1, B2, B5, B8, B9, B12, PP B6, B8

idrosolubili C
Distribuzione

Poi naturalmente devono essere portate attraverso il circolo sanguigno nei luoghi dove devono essere utilizzate.
Possono circolare liberamente come il caso della vitamina C oppure devono essere legate a proteine che possono essere
specifiche, aspecifiche oppure lipo-proteine. Inoltre, in molti casi le vitamine sono inattive e devono essere convertite
nella forma attiva. Ci sono alcune vitamine che sono già attive che la vitamina E, la vitamina C e una forma della
vitamina K.

  Sotto forma Legate ad una Legate ad una Legate alle All’interno dei
  libera nel proteina proteina lipoproteine globuli rossi
plasma specifica aspecifica

Vitamine  A, D E,K
Liposolubil
i 

Vitamine  C B8, B12 B9 B1, B2, PP, B5,

Idrosolubil B6
i

Sintesi

Alcune vitamine sono sintetizzate da alcuni batteri intestinali (accade soprattutto in alcuni animali). È sempre
necessario un fabbisogno nutrizionale. Ci possono essere poi delle condizioni che rendono inattive le vitamine: la
vitamina D è attivata dalla radiazione solare quindi una mancanza di radiazione causa una carenza di vitamina D; ci può
essere una carenza proteica che influenza la disponibilità della vitamina PP e ci possono essere delle terapie
farmaceutiche che possono danneggiare o influire sulla disponibilità di particolari vitamine come la vitamina K.
   Sintesi endogena Sintesi
  Batterica

Vitamine D (a livello della pelle partendo dal 7-deidrocolesterolo) K2

Liposolubili

Vitamine PP (partendo dal triptofano) B1, B2, B6

Idrosolubili

Fisiologia

Possiamo distinguere 4 tipi principali di funzioni delle vitamine:

- Funzione co-enzimatica, partecipano alla funzione catalitica dell’enzima

- Trasferimento di protoni ed elettroni, anche questo nel corso di determinate trasformazioni biologiche
- Possono influire la stabilizzazione delle membrane
- Possono avere una funzione di tipo ormonale

Alcune proteine possono svolgere più di una funzione.

Funzione co-enzimatica

Un co-enzima è una sostanza che partecipa ad una reazione enzimatica e ritrova il proprio stato iniziale alla fine della
reazione. Possiamo distinguere due tipi di reazione co-enzimatica. Il co-enzima può essere un gruppo prostetico, cioè un
gruppo che si lega all’enzima, lo attiva e alla fine del processo si distacca, oppure può essere un co-substrato, cioè viene
trasformato nel corso della reazione in un’altra molecola e poi viene rigenerato.

Trasferimento di protoni ed elettroni

In queste reazioni è necessario che ci sia un trasferimento di idrogeni oppure di elettroni da un donatore ad un accettore.
Ad esempio, la vitamina B2 (complesso FAD-FADH-FAADH2) trasferisce elettroni nei processi di ossidoriduzione, ma
anche la vitamina PP (complesso NAD-NADH-NADH2) partecipa a reazioni redox. La vitamina C svolge processi
importanti contro i radicali liberi.

Stabilizzazione delle membrane

La vitamina E ha una forte capacità antiossidante, protegge gli acidi grassi polinsaturi dall’ossidazione.

Funzione ormonale

La vitamina D è un vero e proprio pro-ormone, agisce come ormone steroideo, viene convertito della forma attiva
attraverso un processo che è legato alla radiazione solare. La pro-vitamina viene trasformata nell’effettiva vitamina D
che poi esercita una funzione ormonale specifica.

Alimentazione

Molte di queste vitamine sono presenti negli alimenti, possono essere distribuite in maniera diversa. Alcune sono
presenti in tantissimi alimenti, altri invece solo in alcuni. La vitamina E è principalmente presente nelle materie grasse,
la vitamina C negli agrumi e nelle patate. Sono molecole sensibili sia alla temperatura che all’ossigeno. Devono essere
preferibilmente freschi, non cotti alle alte temperature e protetti dalla luce. Soprattutto per la vitamina C è preferibile
prendere frutta fresca. È possibile valutare lo stato vitaminico di un organismo tramite delle analisi chimiche.

Carenza

Una carenza vitaminica si svolge in diverse fasi:

1. L’organismo in carenza fa ricorso alle sue riserve grazie agli organi deposito o se per una certa vitamina essi
non esistono tramite l’impoverimento progressivo del pool totale dell’organismo. Durante tale fase non vi sono
 segni clinici o metabolici di carenza.

2. Una volta esaurite le riserve, si possono osservare i primi disturbi biologici sotto forma, ad esempio, di una
diminuzione totale dell’attività enzimatica.

3. Infine sopravvengono le manifestazioni cliniche, dapprima aspecifiche e poi specifiche per alcune vitamine (es
beri-beri o scorbuto). In uno stato avanzato, possono comparire lesioni anatomiche irreversibili. Nei paesi
avanzati, non si arriva ormai più a tale ultimo stato di avanzamento della carenza vitaminica.

Qualora l’apporto alimentare di vitamine sia adeguato, si può manifestare una carenza vitaminica causata da alterazioni
nell’assorbimento intestinale delle stesse o da affezioni che colpiscono i singoli organi come il fegato o i reni che non
riescono a trasformare la vitamina nella sua forma biologicamente attiva o a ridistribuirla nelle cellule bersaglio.

Inoltre numerosi farmaci interferiscono con l’assorbimento, l’attivazione, il trasporto o l’escrezione delle vitamine. In
alcuni casi il meccanismo di interferenza e’ stato chiarito, in altri si e’ ancora allo stadio delle ipotesi. 

1. I farmaci che provocano un malassorbimento più o meno specifico delle vitamine agendo sul loro trasporto
attivo o sull’insieme dei meccanismi di digestione o di assorbimento, ad esempio, la neomicina (vs vitamina A,
D, K, B12) o i sulfamidici (vs vitamina K) o gli anticonvulsivanti o la colestiramina.

2. I farmaci che disturbano l’utilizzo delle vitamine mediante blocco della trasformazione in forma attiva
(contraccettivi orali vs vitamine B6 e B12) o cumarinici (vs vitamina K).

3. I farmaci che aumentano l’escrezione vitaminica o il catabolismo (salicilati vs vitamina C).