LEZIONE 1 07/10/2021

Chimica Biorganica, Introduzione:

La Chimica è la Logica dei fenomeni Biologici.
Approfondimento delle reazioni organiche che sono alla base dei processi biologici
Proprietà Distintive dei Sistemi Viventi
- Gli organismi sono sistemi complessi e altamente organizzati.
- Le strutture biologiche servono scopi funzionali cioe’ hanno un ruolo in relazione all’esistenza
dell’organismo.
- I sistemi viventi sono attivamente ingaggiati in processi di trasformazione dell’energia e ricavano energia
dell’ambiente circostante. Gli organismi catturano una parte di tale energia formando molecole
“energizzate” come ATP e NADPH.
- I sistemi viventi possiedono una rimarchevole capacità di autoreplicazione che va dalla semplice divisione
cellulare alla riproduzione sessuale (DNA).
L’energia si accumula sotto forma di molecole chimiche.

Rendono possibili la biosintesi, il movimento etc ovvero il flusso energetico.

1. Tutte le molecole biologiche contengono Carbonio

2. La formazione di un legame covalente avviene attraverso
la condivisione di un doppietto elettronico
3. Proprieta’ importanti del Carbonio:
- Forma legami con se stesso
- I 4 legami hanno struttura tetraedrica
Esempi della versatilita’ del legame C-C nella costituzione di struttura complesse.
Molecole lineari, ramificate, cicliche che si differenziano anche per la presenza di atomi di N, H,O.

La Gerarchia Biomolecolare
Molecole semplici costituiscono le unità per la costruzione di strutture complesse
Esiste uno schema organizzativo
 Metaboliti e Macromolecole
 Organelli
 Membrane
 L’unità della vita è la cellula
I processi metabolici assimilano alcuni precursori inorganici, (H2O, CO2 , NH4, NO3-, N2 ) trasformandoli
nelle molecole della vita. Solo nelle cellule eucariotiche (inclusioni cellulari, mitocondri, cloroplasti).
Le membrane definiscono i confini dell’ambiente acquoso delle cellule e degli organuli: induzione alla
compartimentalizzazione.

Le Proprietà delle biomolecole riflettono la loro adeguatezza alle condizioni di vita

 Le macromolecole ed I loro blocchi costituenti hanno un senso di direzionalità (unita’ monomeriche
con polarita’ struttrale ‘testa coda’)
 Le macromolecules sono in grado di trasmettere “informazione”
 Le biomolecole hanno caratteristiche architetture tridimensionali
  Le “forze deboli” mantengono la struttura biologica e determinano le interazioni biomolecolari

Le interazioni chimiche deboli determinano la struttura e le interazioni tra le molecole biologiche.

I legami H (12-30 KJ/mol) sono piu’ forti delle interazioni di Van Der Waals.

Due importanti conseguenze delle forze deboli

 Il riconoscimento biomolecolare è mediato dalle forze deboli che pero’ sono anche reversibili
  Le forze deboli restringono gli organismi ad un range ristretto di condizioni ambientali di vita: il
fenomeno della denaturazione
 Le interazioni idrofobiche sono dovute alla forte tendenza dell’acqua ad escludere le molecole
apolari.
TERMODINAMICA NEI SISTEMI BIOLOGICI
La termodinamica e’ un complesso di leggi e principi che descrivono i flussi e gli interscambi di calore,
energia e materia nei sistemi in esame.
Concetti Basilari
• Sistema: la parte di universo di interesse
• Ambiente esterno: il resto
• Sistema Isolato: non scambia materia o energia
• Sistema Chiuso: scambia energia
• Sistema Aperto: scambia tutto

La prima legge
L’energia totale di un sistema isolato è conservata.
• I simboli E e U rappresentano l’energia interna. E e’ una funzione di stato cioe’ dipende dallo stato
reale di un sistema.
• E puo’ cambiare solo se l’energia fluisce dentro o fuori il sistema sotto forma di calore o lavoro.
• E è il calore scambiato a volume costante
• E2 - E1 = ΔE = q + w
• q è il calore assorbito DAL sistema
• w è il lavoro fatto SUL sistema

Il lavoro puo’ avvenire in molte forme

• Lavoro Meccanico
• Lavoro Elettrico
• Lavoro Magnetico
• Lavoro Chimico
• L’unita’ di misura e’ la caloria (cal) o Kilocaloria (Kcal) o nel S.I. il Joule (J)
• Lo stato standard si indica con “o”

Entalpia
•H e’ una funzione a pressione costante, di solito i processi chimici avvengono a pressione costante
•H = E + PV
•Il volume è approssimazione costante nelle reazioni biochimiche (in soluzione)
•L’entalpia e l’energia interna spesso corrispondono •H è il calore assorbito a P costante.

La Seconda Legge
• I sistemi tendono a evolvere verso stati disordinati
• L’entropia (system + surroundings) non cambia in processi reversibili ed è positiva nei processi
irreversibili
• Tutti i processi procedono verso l’equilibrio – (energia potenziale minima)

Entropia
• Una misura del disordine
• Uno stato ordinato è a bassa entropia
• Uno stato disordinato è a alta entropia
• dSreversible = dq/T
• Definizione statistica S=KlnW dove W e’
in numero degli stati microscopici del sistema
 La terza Legge
• L’entropia di una sostanza cristallina, perfettamente ordinata tende a zero con l’avvicinarsi della
temperatura a 0 K
• A T = 0 K, l’entropia è esattamente zero “concetto di zero assoluto”
Su questa base e’ possibile stabilire una scala QUANTITATIVA di entropia assoluta

Energia Libera
• E’ una quantità ipotetica - serve ai chimici per prevedere se una reazione avrà luogo
• G = H - TS
• Per ogni processo a P costante e T: ΔG = ΔH - TΔS
• Se ΔG = 0, la reazione è all’ equilibrio
• Se ΔG < 0, la reazione procede
• Si indica con G perche’ introdotta dallo scienziato J.Willard Gibbs

Dipendenza del ΔG dalla Temperatura

Quando una data reazione ha un ΔG negativo si dice che la reazione e’ ESOERGONICA mentre se il ΔG e’
maggiore di zero si dice che e’ ENDOERGONICA.

Il Trasferimento di energia
Una Necessità Biologica
• L’energia acquisita dal sole o dal cibo è usata per le reazioni endotermiche nell’organismo
• Due classi di biomolecole fanno questo:
– Coenzimi Ridotti (NADH, FADH2)
– Composti fosfatati ad alta-energia – energia libera di idrolisi > -25 kJ/mol)

Biomolecole ad Alta-Energia
• Alta en.- PEP (fosfoenolpiruvato) e 1,3-DPG (1,3,
difosfoglicerolo)
• Bassa en.- zuccheri fosfati, etc. • Media en. - ATP!