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BIOCHIMICA LEZIONE 25/01 (SLIDE LEZIONE 3)

Ci siamo fermati alla curva di saturazione della mioglobina, che abbiamo detto essere una delle
due proteine deputate a legare lossigeno, in particolare, la mioglobina ha il compito di
rappresentare una riserva di ossigeno a livello muscolare. Quindi la quantit di ossigeno che si
lega alla mioglobina dipender, come illustrato dalla curva di saturazione, da due fattori:
- pressione parziale dellossigeno
- affinit, ovvero capacit di legame, tra la mioglobina e lossigeno.
Questi due fattori intervengono nella quantit di ossigeno che deve essere legato alla
mioglobina. Il grafico che rappresenta la curva di saturazione della mioglobina con lossigeno
un grafico che ha una struttura di una iperbole e ci fa intuire come lavora la mioglobina, nel
senso che una P50 della mioglobina = 2,8 mmHg (millimetri di mercurio) rappresenta proprio la
funzione che ha lemoglobina, cio quella di poter rilasciare lossigeno soltanto a pressioni
parziali di ossigeno molto basse. RICORDA: sullasse delle y rappresentato o theta () che
rappresenta una frazione dei siti occupati della mioglobina fratto i siti totali della mioglobina
oppure allo stesso modo questa capacit di legame della mioglobina con lossigeno si pu
esprimere anche come percentuale di saturazione. Il grafico ci illustra che quando la pressione
parziale dellossigeno di 2,8 mmHg, il 50% dei siti della mioglobina sono occupati
dallossigeno, ma questa regione della curva iperbolica, rappresenta un concetto importante: a
piccole diminuzioni di pressione parziale di ossigeno, bruscamente cala la percentuale di
saturazione della mioglobina, questo rappresenta proprio la funzione della mioglobina, ovvero
rilasciare lossigeno nel momento in cui la cellula necessita di ossigeno. Siccome questo accade
in una situazione di ipossia, vale a dire la diminuzione di quella pressione parziale di ossigeno
che presente a livello cellulare che di circa 10 mmHg, quindi quando questa pressione
parziale diminuisce si verifica il rilascio di ossigeno da parte della mioglobina.
EMOGLOBINA: lemoglobina contenuta invece negli eritrociti. Il suo compito quello di essere
un trasportatore di ossigeno, ovvero lemoglobina deve recuperare lossigeno a livello
polmonare e deve rilasciarlo a livello tissutale.
Gli eritrociti sono gli elementi cellulari del sangue che hanno una grandezza cellulare di 6-9
micrometri e la cui derivazione rappresentata dagli emocitoblasti. Gli emocitoblasti sono i
progenitori degli eritrociti e sono delle cellule che replicano molto velocemente ma nel
momento in cui devono differenziare in eritrociti perdono alcuni elementi cellulari, infatti gli
eritrociti sono vestigia di cellule, nel senso che sono elementi cellulari che hanno perso il
nucleo, i mitocondri e il reticolo endoplasmatico. Quindi non hanno mitocondri o quanto meno
ne hanno pochissimi in quanto hanno perso questi elementi intracellulari. Il loro compito solo
uno: trasportare lossigeno grazie alla proteina emoglobina. Gli eritrociti inoltre hanno una vita
di soli 120 giorni e questo il motivo per cui devono andare incontro ad un continuo
rinnovamento.
ELEMENTO ESSENZIALE: Il sangue arterioso ha una emoglobina che saturata al 96% circa, nel
sangue venoso la percentuale di saturazione dellemoglobina scende a 64% circa. Questo
significa che nel passaggio da sangue arterioso a sangue venoso una percentuale di ossigeno
(circa il 30%) stata rilasciata nei tessuti.
STRUTTURA EMOGLOBINA: importante per il compito che lemoglobina deve svolgere. La
MIOGLOBINA era una proteina monomerica, costituita da 8 alfa-elica come struttura secondaria
denominate dallelica A allelica H. PRIMA DIFFERENZA ESSENZIALE: la EMOGLOBINA una
proteina TETRAMERICA, quindi costituita da 4 subunit, per questo il suo peso molecolare
pi alto, infatti la MIOGLOBINA ha un peso molecolare di 17mila, invece la EMOGLOBINA ha un
peso molecolare di 64.500 dalton. La struttura quaternaria, poich lemoglobina una proteina
oligomerica un tetramero, cio costituita da 4 subunit differenti, ognuna di queste
assomiglia alla MIOGLOBINA. Quindi la MIOGLOBINA costituita da una subunit, quindi da una
catena polipeptidica suddivisa in 8 alfa-eliche, lEMOGLOBINA costituita da 4 catene
polipeptidiche, 2 polipeptidi chiamati 2 alfa e gli altre due sono chiamate 2 beta. Il tetramero si
compone di due catene alfa e di due catene beta. Dal punto di vista strutturale, quindi di

struttura secondaria, anche in questo caso i singoli monomeri della emoglobina sono organizzati
in alfa eliche, infatti circa l80% della emoglobina costituita da alfa eliche. Quindi ci sono alfa
eliche congiunte tra di loro da regioni non organizzate, i cosiddetti loop (pronuncia LUP), che
collegano le alfa eliche delle strutture secondarie. Ognuno di questi monomeri come la
mioglobina, contiene un gruppo EME, quindi nella emoglobina saranno presenti 4 GRUPPI EME. I
quattro gruppi EME hanno la stessa organizzazione strutturale della mioglobina, cio sono
costituiti dalla ferroprotoporfirina 9, quindi con i 4 gruppi metilici, i 2 propionici e i 2 vinilici e un
atomo di ferro al centro con i suoi 6 legami (4 con gli atomi di azoto dellanello porfirinico, 1
legame con listidina prossimale F8 e 1 legame con lossigeno). Essendo un tetramero, quindi
essendo oligomerica, le proteine costituite da pi subunit presentano anche una struttura
quaternaria e quindi la struttura quaternaria della emoglobina sferica. Ogni subunit della
emoglobina presenta, oltre alla parte proteica, il gruppo EME. Quindi in una molecola di
emoglobina costituita da quattro subunit ci saranno dunque 4 gruppi EME. Essendoci 4 gruppi
EME, mentre una molecola di MIOGLOBINA poteva legare un ossigeno, una molecola di
EMOGLOBINA potr legare 4 atomi di ossigeno. La struttura quaternaria della emoglobina, il
fatto che sia una proteina sferica ovviamente necessita di interazioni che devono avvenire tra
queste 4 subunit, queste interazioni sono essenziali perch da queste dipender la capacit
della emoglobina di legare lossigeno. Per quanto concerne le interazioni, devono avvenire tra i
due monomeri alfa che chiameremo alfa1 e alfa2 e i due monomeri beta che chiameremo
beta1 e beta2. Le interazioni avvengono sia a livello delle subunit beta che a livello delle
subunit alfa, in quanto queste subunit devono organizzarsi per creare il tetramero sferico. Le
interazioni tra beta2- beta1 e alfa2-alfa1 sono delle interazioni realizzate da circa 30 residui e
sono di tipo idrofobico. Invece laltro tipo di interazione sono quelle di tipo incrociato quindi beta
2-alfa1 e beta1-alfa2, questo tipo di interazione realizzato da 19 residui aminoacidici e sono
per lo pi delle interazioni di tipo ionico.
DIFFERENZE ESSENZIALI TRA MIOGLOBINA ED EMOGLOBINA: sono differenze funzionali quindi
dovute al differente ruolo che devono svolgere.
EMOGLOBINA: una proteina allosterica,
inoltre, caratterizzata da una
cooperativit di legame con lossigeno; la
sua affinit per lossigeno dipende dal
pH; la presenza della CO2 diminuisce
laffinit dellemoglobina per lossigeno;
questa regolazione dellaffinit per la
mioglobina per lossigeno viene modulata
anche dalla presenza di composti
organici contenenti dei gruppi fosfato, in
particolare dalla presenza del 2,3
bifosfoglicerato. Pu avere una capacit
di legame che invece dipende da questi
fattori : pH, CO2 e presenza di composti
contenenti gruppo fosfato nello specifico,

MIOGLOBINA: laffinit di legame per


lossigeno non varia.

Il paragone dei grafici che rappresentano la percentuale di saturazione o coefficiente


saturazione frazionale delle due proteine rispetto allossigeno ci fa notare che ad ogni pressione
parziale di ossigeno, la capacit di legame della mioglobina per lossigeno sempre pi alta,
nello specifico, ad una pressione parziale di ossigeno di 25, la capacit di legame della
mioglobina quasi massima 1, invece la capacit di legame per lemoglobina circa la met.
Poi la differenza eclatante dei grafici che rappresentano la curva di dissociazione delle due
proteine per lossigeno che mentre per la mioglobina si ha una curva di tipo iperbolico, la
emoglobina invece ha un andamento di tipo sigmoidale, a sigmoide. Mentre la MIOGLOBINA HA
UNA AFFINIT PER LOSSIGENO CHE RIMANE SEMPRE LA STESSA, la emoglobina invece, ha
questa caratteristica: come se passasse da uno stato a bassa affinit per lossigeno ad uno

stato ad alta affinit per lossigeno, cio la sua conformazione cambia e cambiando la sua
conformazione cambia la sua capacit di legare lossigeno e quindi la curva sigmoidale
rappresenta questa transizione che pu subire lemoglobina da uno stato a bassa affinit ad uno
stato ad alta affinit. Per cui la molecola a livello polmonare si trasforma in una proteina ad alta
affinit, quindi con unalta capacit di legame per lossigeno e questo ovvio e funzionale al
compito di questa proteina che a livello polmonare deve acquisire la maggior quantit di
ossigeno che per poi deve rilasciare a livello tissutale. A livello tissutale si trasforma in una
proteina a bassa affinit per lossigeno e quindi questa con questa trasformazione in grado di
rilasciare a livello tissutale una grande quantit di ossigeno. Questo pu succedere perch si
verifica un cambiamento conformazionale nella struttura della proteina che consente e giustifica
un diverso livello di affinit per lossigeno. Per questo si dice che questa proteina allosterica.
Landamento a sigmoide lespressione di due processi che avvengono: lintrinseca struttura
della emoglobina, ossia questa struttura quaternaria che in grado di avere una modificazione
a livello conformazionale e lo stesso ambiente, dove per ambiente si intende livelli di pressione
di ossigeno, in cui opera lemoglobina. Questo determina il passaggio di questa proteina da uno
stato a bassa affinit ad uno stato ad alta affinit. Per cui nellambiente polmonare dove la
pressione parziale dellossigeno molto alta (pressione parziale dellossigeno a livello
polmonare di circa 100 mmHg) per cui a livello polmonare la proteina si trova in uno stato ad
alta affinit, cio con unelevata capacit di legame per lossigeno, infatti dal grafico si capisce
che a livello polmonare tutti i siti della emoglobina sono occupati dallossigeno. A livello
tissutale, invece, dove lambiente caratterizzato da una pressione parziale di ossigeno
notevolmente pi bassa (10-20 mmHg), la proteina invece passa in uno stato di pi bassa
affinit evidenziato dal fatto che a queste pressioni parziali di ossigeno, mentre prima si aveva il
100% dei siti occupati, qui invece solo una piccola parte dei siti di emoglobina rimangono
occupati. Questo possibile perch in questo ambiente la proteina passa ad uno stato di bassa
affinit per lossigeno e questo si realizza soltanto perch si realizza un cambiamento
conformazionale della proteina che giustifica questa differente capacit che ha la proteina di
legare lossigeno. Tutto questo si spiega meglio confrontando le due curve di emoglobina e
mioglobina, dove il p50 della emoglobina 10 volte pi alto rispetto a quello della mioglobina.
Mentre la mioglobina ha un p50 di 2,8 mmHg (p50 rappresenta la pressione parziale
dellossigeno in cui la met dei siti della mioglobina sono occupati, laltra met invece sono
liberi), la p50 dellemoglobina notevolmente pi alta infatti la sua p50 di 26 mmHg. Questo
ci permette di capire che a livello cellulare dove le pressioni parziali di ossigeno si aggirano
intorno a valori di 10-20, la emoglobina a piccole variazioni di pressione parziale pu rilasciare
una grossa quantit di ossigeno e questo funzionale al compito della emoglobina, perch il
suo compito quello di essere un trasportatore di ossigeno. Un trasportatore di ossigeno deve
essere in grado di acquisire molta merce (a livello polmonare, dove deve caricare la merce, ha
unalta affinit per lossigeno) e deve essere veloce nello scaricare la merce (questo possibile
per il cambio di conformazione a bassa affinit per lossigeno a livello tissutale).
COOPERATIVIT DI LEGAME: abbiamo detto che una caratteristica dellemoglobina era quella di
cooperativit di legame per lossigeno. Le quattro molecole di ossigeno non si legano tutte
contemporaneamente alla proteina emoglobina (RICORDA: abbiamo detto che ogni emoglobina
presenta 4 gruppi EME e quindi in grado di legare 4 atomi di ossigeno), ma esiste questo
concetto di cooperativit di legame. Legato il primo atomo di ossigeno alla prima catena
polipeptidica quindi al primo gruppo eme, questo primo legame innesca una serie di
cambiamenti conformazionali per cui facilita il successivo legame degli altri 3 atomi di ossigeno.
Daltra parte bisogna tener conto del fatto che siccome c questo cambiamento
conformazionale della proteina dallo stato a bassa affinit ad alta affinit, lemoglobina arriva a
livello polmonare in uno stato di bassa affinit per a livello polmonare dove la pressione
parziale dellossigeno molto elevata, cos tanto elevate che anche se lentamente si lega il
primo atomo di ossigeno allemoglobina. Innescato questo legame, per il concetto di
cooperativit di legame, inizia un meccanismo per cui si verificano una serie di cambiamenti
conformazionali della molecola che consentono alla proteina, che passa quindi ad uno stato ad

alta affinit, quindi lega tutti gli atomi di ossigeno. Questo determina la cooperativit di legame
che fa passare la proteina a livello polmonare in uno stato ad alta affinit. Il meccanismo viene
innescato dal legame del primo ossigeno proprio per la pressione parziale elevata di ossigeno a
livello polmonare, il legame del primo ossigeno determina linnesco di quei cambiamenti
conformazionali che fanno passare la proteina ad uno stato ad alta affinit e per cui facilita il
legame degli altri atomi di ossigeno.
CAMBIAMENTI CONFORMAZIONALI: ecco che cosa succede alle subinit del tetramero che
abbiamo detto erano associate sia attraverso interazioni di tipo idrofobico che di tipo ionico.
Nellemoglobina deossigenata, ovvero in uno stato di bassa affinit che chiameremo STATO T,
quindi quellemoglobina che non porta legato lossigeno, i tetrameri sono organizzati in dimeri,
quindi avremo i dimeri la subunit alfa1 e beta1 e la subunit alfa2 e beta2, legate tra di loro
dalle interazioni molto forti che sono di natura idrofobica, invece a loro volta questi due dimeri
sono associati tra di loro da interazioni di tipo ionico. Queste interazioni sono quelle che si
presentano nella forma DEOSSIGENATA dellemoglobina. Nel momento in cui si lega lossigeno
attraverso il meccanismo di cooperativit di legame, c la rottura di alcuni di questi legami
ionici che nella forma deossigenata tenevano ben associati i due dimeri (alfa1-beta1 e alfa2beta2). Il numero dei legami ionici che univa i due dimeri diminuisce, si ha la rottura e
leliminazione di una parte di quei legami ionici. Questo il cambiamento conformazionale che
determina il passaggio dellemoglobina da una forma a bassa affinit per lossigeno ad una
forma ad alta affinit. Queste due forme vengono anche chiamate EMOGLOBINA NELLO STATO T
(che sta per teso), cio lemoglobina nella forma deossigenata. Uno stato teso caratterizzato
dalla presenza di quei legami ionici tra i due dimeri alfa1-beta1 e alfa2-beta2. Invece la
molecola di emoglobina ad alta affinit, viene anche indicata come EMOGLOBINA NELLO STATO
R (rilassato), nel senso che si sono rotti alcuni di quei legami ionici che caratterizzavano invece
la forma deossigenata dellemoglobina, la forma a bassa affinit per lossigeno. Il cambiamento
conformazionale dellemoglobina la fa passare dallo stato T (bassa affinit) allo stato R (alta
affinit). Nello stato R lemoglobina si trova a livello polmonare, l dove deve acquisire una
grande quantit di ossigeno, a livello tissutale invece, proprio perch vi un cambiamento della
tensione dellossigeno circostante, lemoglobina passa allo stato T. Il passaggio allo stato
comporta il rilascio dellossigeno che aveva recuperato a livello polmonare, a livello dei tessuti.
Esiste un modello che spiega la cooperativit di legame, il cosiddetto MODELLO CONCERTATO.
Nel modello concertato, i 4 monomeri della emoglobina inizialmente si trovano tutti in uno stato
T, quindi in uno stato teso, quindi emoglobina deossigenata che non ha legato lossigeno.
Quando per sono legate due molecole di ossigeno, la maggior parte delle molecole di
emoglobina sono gi passate allo stato R e quindi successivamente si ha il completamento dei 4
monomeri con le 4 molecole di ossigeno. Quindi la curva di legame riflette la presenza di queste
due forme T ed R, per questa ragione landamento di tipo sigmoideo, in virt del fatto che
rispecchia la presenza di due stati conformazionali dellemoglobina.
Da ci possiamo capire perch nel sangue arterioso lemoglobina era saturata a circa il 98-96%
invece nel sangue venoso lemoglobina saturata a circa 64%, quindi il 30% dellossigeno viene
rilasciato a livello tissutale. Questo viene spiegato nel grafico, perch nelle arterie sistemiche
abbiamo una pressione parziale pi o meno di 100, nelle vene una pressione parziale di
ossigeno di 40 e quindi questa differenza rappresenta la quantit di ossigeno che viene
rilasciato a livello tissutale.
Nello specifico, per comprendere i cambiamenti conformazionali giustificati dalla rottura dei
legami ionici tra i due dimeri, analizziamo la sequenza, quindi la struttura primaria, sia della
mioglobina sia dei due tipi di catene presenti nella emoglobina (la catena alfa e beta), in quanto
abbiamo detto che lemoglobina costituita da due catene alfa (alfa1 e alfa2) e due catene
beta (beta1 e beta2). Lallineamento di sequenza utile perch ci aiuta a comprendere il fatto
che se esiste nella struttura di una proteina unintorno, un amminoacido che essenziale per la
funzione che quella proteina deve svolgere, quellamminoacido dobbiamo ritrovarlo in tutte le

strutture proteiche che devono esercitare quel ruolo. Infatti dalla struttura primaria di queste 3
catene polipeptidiche, quindi della mioglobina, della catena alfa e della catena beta
dellemoglobina, listidina F8 unistidina importante, perch rappresenta il 5 legame di
coordinazione del ferro (4 legami con lazoto dellanello tetrapirrolico, 1 legame con listidina F8
e 1 legame con lossigeno; i legami con listidina F8 e con lossigeno sono perpendicolari
rispetto al piano dei legami di coordinazione del ferro con lazoto). In tutte queste 3 catene
polipeptidiche ritroviamo infatti in posizione F8 una istidina. Quali sono questi legami ionici che
stabilizzano dal punto di vista conformazionale lo stato T della emoglobina deossigenata? I
legami ionici sono rappresentati sia da legami intracatena, tra amminoacidi che fanno parte
della stessa subunit dellemoglobina come per esempio quello tra lASPARTATO 94 e lISTIDINA
146, presente anche sullaltra catena beta1, sia da altri legami intercatena quindi tra
amminoacidi che fanno parte di catene polipeptidiche differenti come lARGININA presente sulla
subunit alfa1 con un ASPARTATO presente sulla subunit alfa 2. Altri legami ionici si possono
stabilire tra lammino-terminale di una catena polipeptidica e il carbossi-terminale dellaltra
catena polipeptidica, quindi ci sono una serie di legami ionici intracatena e intercatena che
stabilizzano lemoglobina nella sua forma T, tesa deossigenata. Il passaggio dalla forma T alla
forma R caratterizzato dalla rottura di alcuni legami ionici: questi legami ionici sono quelli che
fanno in modo che lossigeno non possa avere accesso al gruppo eme, quindi per questo
quando sono presenti questi legami ionici lossigeno non si pu andare a legare al ferro delleme
e quindi per questo si dice che i legami ionici stabilizzano la forma T della emoglobina. La
presenza di questi legami fa in modo che queste subunit siano organizzate in modo tale che
lossigeno non riesca ad accedere. Soltanto quando si trova a livello polmonare, la presenza di
ossigeno ad una pressione cos elevata riesce a forzare lentamente lentrata allinterno della
struttura della proteina e quindi a legarsi e ad innescare quel meccanismo che fa passare la
proteina dallo stato T allo stato R. Cosa succede quando riesce ad arrivare la prima molecola di
ossigeno? Si ha proprio la rottura del legame ionico tra lASPARTATO 94 e lISTIDINA 146. La
rottura di questo legame ionico innesca il meccanismo del cambiamento conformazionale della
proteina.
Hb + 4O2 Hb4O2
Questa reazione reversibile, quella di ossigenazione legata alle concentrazioni dellossigeno e
dal cambiamento di questa affinit dellemoglobina per lossigeno. Questa affinit
dellemoglobina per lossigeno regolata oltre che dalle stesse concentrazioni dellossigeno
(perch abbiamo detto che la fanno passare da uno stato T ad uno stato R) regolata anche
dalla presenza di vari fattori. I fattori che possono variare la affinit della emoglobina per
lossigeno sono, oltre a quelli gi citati:
- LA CONCENTRAZIONE DEGLI IONI H+
- LA CONCENTRAZIONE DELLA CO2 E DEGLI IONI CLORO (Cl-)
- COMPOSTI CHE PRESENTANO I GRUPPI FOSFATO (nello specifico il 2,3 BIFOSFOGLICERATO)
In che senso questi composti sono degli effettori allosterici negativi? Nel senso che la loro
presenza pu determinare un cambiamento di affinit dellemoglobina per lossigeno. Fermo
restando la curva a sigmoide dellemoglobina per lossigeno che comunque giustificata dalla
pressione parziale dellossigeno, dal cambiamento della proteina da uno stato T ad uno stato R,
questi sono fattori aggiuntivi che possono andare a modificare quella curva sigmoidale. Nel
senso che tutti questi si chiamano effettori allosterici negativi, quindi fanno diminuire laffinit
dellemoglobina per lossigeno, per questo sono detti effettori allosterici negativi.
Evidentemente se questi composti sono degli effettori allosterici negativi, allora stabilizzano la
forma T della emoglobina, cio la forma deossigenata che non capace di legare ossigeno. Tutti
questi composti in quanto effettori allosterici negativi stabilizzano la forma T della emoglobina.
Consideriamo il primo effettore allosterico negativo, quindi la CO2, un composto che si
produce attraverso la respirazione cellulare, in quanto un tessuto completamente aerobio come
per esempio il cuore o il cervello, che consumano molto glucosio, il combustibile in presenza del

comburente ovvero lossigeno danno anidride carbonica e acqua. Inoltre il tessuto che
occasionalmente pu presentare delle caratteristiche di anaerobiosi, come un muscolo che si
contrae molto velocemente anche un tessuto che produce prodotti acidi, questo per
comprendere limportanza delleffetto di questi composti (CO2, prodotti acidi, H+) nella
modulazione allosterica negativa dellaffinit della emoglobina per lossigeno.
Il legame dellossigeno allemoglobina in maniera evidente influenzato sia dal pH (infatti
dipende dalla concentrazione di ioni H+) sia dallanidride carbonica in maniera inversamente
proporzionale, infatti sono entrambi indicati come effettori allosterici negativi. Daltra parte
lemoglobina trasporta oltre che lossigeno anche CO2 e ioni H+ dal livello tissutale a livello
polmonare e renale. Quindi la emoglobina assolve al compito di trasportare lossigeno ma anche
assolve al compito di eliminare dal nostro corpo il 40% degli ioni H+ e il 15-20% di CO2 che
sono prodotti fisiologici del metabolismo cellulare, infatti la stessa ossidazione del glucosio in
presenza di ossigeno, pu dar luogo ad anidride carbonica e acqua e anche lacidificazione del
pH un processo che pu avvenire fisiologicamente.
Come viene trasportata la CO2 dalla emoglobina: una quota di anidride carbonica viene
trasportata dalla emoglobina attraverso un trasporto detto DIRETTO (RICORDA: ci sono due NH2
terminali delle catene che sono impegnati in legami ionici con il carbossi-terminale di altre
catene, in realt per questo legame ionico non interessa tutte e 4 le catene di emoglobina, ma
in quelle 4 catene ci sono due regioni NH2 terminali che sono invece libere da questi legami) 56
min
Un tipo di trasporto della anidride carbonica da parte della emoglobina si realizza proprio per la
formazione di un legame proprio tra quelle regioni NH2 terminali libere delle catene di
emoglobina e lemoglobina. Quindi si forma il residuo ammino-terminale. Questo rappresenta il
primo amminoacido, perch abbiamo detto che le catene polipeptidiche si leggono a partire
dalla regione ammino-terminale verso la carbossi-terminale. Si forma un legame carbonio-azoto,
dove lazoto lazoto del gruppo amminico del primo amminoacido della catena della
emoglobina e quindi si forma quello che viene indicato come carbammino terminale. Quindi si
passa da un residuo ammino-terminale a cui si lega lanidride carbonica e si ottiene un residuo
carbammino terminale. Bisogna evidenziare che questa reazione tra ammino terminale e
molecola di anidride carbonica determina due cose:
- libera uno ione H+ (in realt sono due se consideriamo le due catene che presentano lammino
terminale)
- introduce sulla molecola di emoglobina due cariche negative (DUE perch questa reazione pu
avvenire su due catene dellemoglobina in quanto abbiamo detto che ci sono due catene
dellemoglobina che presentano il residuo ammino-terminale libero, quindi ognuna di quelle
catene e ognuno di quel residuo ammino terminale reagisce con una molecola di anidride
carbonica determinando la liberazione di due protoni e lintroduzione nel complesso della
struttura quaternaria della emoglobina di due cariche negative).
Nella visione generale dei legami ionici che si stabiliscono nella forma tesa T sono importanti
lintroduzione di cariche negative o positive perch la presenza di queste pu determinare un
cambiamento dei legami ionici che sono deputati alla stabilizzazione della struttura T
deossigenata della emoglobina. Il trasporto diretto dellanidride carbonica si occupa
delleliminazione di circa il 15/20 % di anidride carbonica prodotta dai tessuti attraverso il
legame dellanidride carbonica ai residui ammino terminale nella formazione di quella che viene
chiamata la carbammino emoglobina, cio lemoglobina che porta legate due molecole di
anidride carbonica.
Lintroduzione di queste cariche negative nella carbammino emoglobina che effetto produce
inerente il cambiamento di conformazione dellemoglobina dallo stato T allo stato R?
Lintroduzione di queste cariche negative stabilizza ulteriormente la forma T, quindi stabilizza la
forma a bassa affinit, quindi la forma deossigenata della emoglobina. Per questo il risultato
che lanidride carbonica determina una diminuzione della affinit della emoglobina per

lossigeno, in quanto lintroduzione di cariche negative, stabilizzano la forma T della


emoglobina.
Un altro elemento che influenza negativamente la affinit della emoglobina per lossigeno
leffetto degli ioni H+. Questo effetto viene chiamato EFFETTO BOHR: un elemento di
stabilizzazione della struttura della forma deossigenata della emoglobina proprio la presenza
del legame ionico tra listidina 146 e laspartato 94. Quando si associa una molecola di ossigeno
(e questo succede solo a pressioni parziali di ossigeno elevate, quindi quelle che si verificano a
livello polmonare) questo legame ionico si rompe e questo fa parte di quei cambiamenti
conformazionali che determinano il passaggio dallo stato T allo stato R, perci quel legame tra
listidina 146 e laspartato 94 un legame che stabilizza la forma T deossigenata, tuttavia
bisogna ricordare che listidina un amminoacido particolare. Listidina ha un pKa molto
elevato, per cui a pH elevati tende a rilasciare lo ione H+, questo legame si pu formare quando
listidina protonata ed questo il motivo per cui variazioni del pH possono far variare lo stato
di protonazione di quella istidina e quindi avere un effetto sulla modulazione e sulla
stabilizzazione dello stato T o dello stato R. Questo rappresenta proprio leffetto Bohr della
variazione della concentrazione degli ioni H+ che possono avere un effetto sullo stato di
protonazione di questa istidina e favorire o inibire la presenza del legame tra laspartato e
listidina. La presenza di questo legame associato alla stabilizzazione della forma T, quindi
della forma deossigenata dellemoglobina.
(SLIDE 36 POWER POINT: LEZIONE 3) Il grafico rappresenta lindice di saturazione (curva di
associazione) della emoglobina per lossigeno. Questo quello che succede ad un pH di 7,4. Se
il pH si abbassa (il pH si abbassa quando aumenta la concentrazione degli ioni H+) diminuisce
laffinit della emoglobina per lossigeno perch evidentemente questo pH pi basso stabilizza
la forma T della emoglobina, cio la forma deossigenata, cio la forma che ha una capacit di
legame molto bassa per lossigeno e questo vuol dire che restando fissa la pressione di ossigeno
a 20 mmHg ad esempio (seguire il grafico), ad un pH di 7,4 lemoglobina lega circa 0,35,
quando invece la curva di saturazione dellemoglobina ad un pH pi basso di 7,2 ad una
pressione parziale di ossigeno di 20 mmHg lega 0,2. Si ribadisce che la capacit di legame dei
siti della emoglobina occupati pu essere espressa sia come percentuale di saturazione che
come indice frazionario che corrisponde al rapporto tra i siti occupati e i siti totali, quindi un
valore che va da 0 a 1 (1= tutti i siti sono occupati, 0= tutti i siti sono liberi). Il grafico evidenzia
che restando fissa la pressione parziale dellossigeno, la diminuzione del pH anche se solo per
due unit di pH, quindi laumento della concentrazione degli ioni H+, determina una
diminuzione della affinit dellemoglobina per lossigeno. Questo viene indicato come effetto
Bohr. Il principale contributo a tutto ci viene dato da quella istidina 146 che forma il legame
idrogeno con laspartato 94 a livello delle catene della emoglobina, quindi la forma T
stabilizzata da questo ponte salino e questultimo si realizza se listidina protonata, se
listidina ha la carica positiva. La formazione della coppia ionica stabilizza la forma protonata
che un pKa elevato (pKa dellistidina = 6 circa). Nello stato R per il valore della pKa dellistidina
torna a 6, in quanto abbiamo detto che listidina un amminoacido particolare cio pu variare
il suo pKa in base allintorno degli amminoacidi che la circondano. Nellambito della sequenza
della proteina e nellambito dellorganizzazione strutturale e spaziale della proteina, listidina
pu anche cambiare il valore di pKa, per questo motivo quando la concentrazione degli ioni H+
sale, la conseguente protonazione dellistidina tende a far rilasciare lossigeno. Quindi il
contributo al fatto che la diminuzione del pH fa cambiare e diminuire laffinit dellemoglobina
per lossigeno proprio dovuta allistidina 146 e quindi al legame ionico.
Abbiamo detto che lemoglobina si deve occupare di trasportare lossigeno, ma anche CO2. Il
15/20% della CO2 viene trasportata attraverso il modo diretto, esiste per anche un trasporto
INDIRETTO della CO2. Ci ritroviamo negli eritrociti a livello dei tessuti. A livello tissutale, siccome
la CO2 un prodotto del metabolismo, la pressione parziale della CO2 abbastanza elevata,
cio di circa 40 mmHg, per cui questa pressione parziale della CO2 elevata a livello tissutale
spinge lanidride carbonica allinterno degli eritrociti , allinterno degli eritrociti la CO2 insieme

allacqua determina la formazione di carbonato, di acido carbonico e lenzima che catalizza


questa reazione la anidrasi carbonica. Lanidrasi carbonica un enzima molto espresso a
livello degli eritrociti e determina la formazione da anidride carbonica e acqua dellacido
carbonico il quale molto debole per cui dissocia (indicato dalla freccia rossa della slide 37) in
H+ e HCO3-. LHCO3- attraverso il trasportatore per scambio con gli ioni cloro esce nel plasma e
partecipa al sistema tampone. Il fatto che lacido carbonico sia un acido debole determina il
rilascio dello ione H+ nella formazione dellHCO3- da parte dellacido carbonico. Questi ioni H+
partecipano al rilascio da parte dellemoglobina dellossigeno a livello tissutale, perch abbiamo
detto che gli ioni H+ diminuiscono laffinit dellemoglobina per lossigeno, per cui questi ioni
H+ danno il loro contributo alla diminuzione di affinit dellemoglobina per lossigeno e
determinano la protonazione della emoglobina con rilascio di ossigeno. Laltro contributo di ioni
H+ viene dato a livello tissutale dal legame della emoglobina mediante trasporto diretto della
CO2, infatti abbiamo detto che nel trasporto diretto della CO2 il legame dellemoglobina con
lanidride carbonica determinava lintroduzione di cariche negative e anche la liberazione di un
protone. La liberazione di questo protone che deriva dal caricamento diretto della CO2 sulla
emoglobina sommato alla formazione di questi protoni che derivano dalla dissociazione
dellacido debole carbonico contribuiscono a livello tissutale alla diminuzione dellaffinit
dellemoglobina per lossigeno e quindi si determina il rilascio dellossigeno. A conti fatti
successo che una parte della CO2 stata caricata sulla emoglobina e quindi il caricamento della
CO2 sulla emoglobina o la trasformazione in acido carbonico ha avuto come effetto positivo non
solo il fatto che stata caricata la CO2 da portare via, ma anche di contribuire al rilascio
dellossigeno a livello tissutale. Questi effetti positivi sono dovuti al fatto che queste reazioni
producono una acidificazione del mezzo, quindi con produzione di ione H+ che a causa del
legame dellistidina con laspartato fanno diminuire laffinit della emoglobina per lossigeno.
Abbiamo due vantaggi: caricamento della CO2 a livello tissutale che favorisce il rilascio
dellossigeno a livello tissutale attraverso questo sistema di reazioni.
A livello polmonare invece la pressione parziale dellossigeno elevata, 100 mmHg, spinge
lossigeno allinterno degli eritrociti e quindi questa pressione parziale dellossigeno determina il
passaggio della emoglobina dalla forma deossi alla forma ossigenata. In questo passaggio
vengono rilasciati gli H+, quindi lemoglobina ha caricato lossigeno. Questo caricamento
comporta leliminazione di uno ione H+ e allo stesso tempo lemoglobina passa dallo stato T
deossigenato allo stato R ossigenato. In questo passaggio si libera un protone. Le reazioni a
livello polmonare vanno al contrario perch a livello polmonare la CO2 che viene scaricata dalla
emoglobina viene continuamente rimossa attraverso il sistema della ventilazione polmonare per
cui le reazioni in questo caso proseguono al contrario, cio lo ione HCO3- recupera lH+ pi
liberato dalla ossigenazione della emoglobina e quindi d luogo allacido carbonico che sempre
attraverso la reazione reversibile catalizzata dalla anidrasi carbonica libera CO2. La CO2 viene
liberata anche per la presenza di ossigeno, quindi per la formazione della ossi-emoglobina.
Perch queste reazioni procedono tutte nellaltra direzione? Perch lanidride carbonica viene
continuamente espulsa a livello polmonare attraverso il sistema di ventilazione e allo stesso
tempo esiste una forte pressione parziale di ossigeno che spinge lossigeno allinterno
delleritrocita e quindi determina il cambiamento di verso di tutte queste reazioni con
ossigenazione della molecola di emoglobina.
SLIDE 38: per questo grafico il discorso lo stesso che stato fatto per linfluenza del pH sulla
curva di saturazione dellemoglobina. Si vede che mantenendo un pH costante a 7,2, la
presenza o lassenza della CO2 determina una ulteriore diminuzione della affinit
dellemoglobina per lossigeno, cio guardando la curva di saturazione ad un pH di 7,4 senza
CO2, se noi cambiamo soltanto il pH passando da 7,4 a 7,2 abbiamo gi una diminuzione
dellaffinit dellemoglobina per lossigeno. I due fattori sono cumulativi, nel senso che se
cambiamo il pH e aggiungiamo la presenza di anidride carbonica si ha una ulteriore diminuzione
di affinit dellemoglobina per lossigeno.

Un altro fattore che abbiamo detto influenza laffinit dellemoglobina per lossigeno sono le
molecole che presentano dei gruppi fosforici carichi negativamente. Una molecola molto
importante il 2,3-BIFOSFOGLICERATO. Il 2,3-BPG un composto a tre atomi di carbonio che
presenta due gruppi fosfato, uno sul carbonio 2 e laltro sul carbonio 3, per questo si chiama 2,3
bifosfoglicerato. Questo composto presenta 5 cariche negative sulla sua molecola (RICORDA:
una COO- e ogni gruppo fosfato introduce 2 cariche negative). Il 2,3 BPG si lega alla deossiemoglobina, quindi la forma tesa T della emoglobina, quella che non lega lossigeno, e si lega
proprio in una tasca dellemoglobina che si viene a creare tra le due catene beta della
emoglobina e il legame del 2,3-BPG determina la stabilizzazione dello stato T della deossiemoglobina. Si lega anche in un rapporto di 1:1 con la deossi-emoglobina nella cavit centrale,
quindi vuol dire che una molecola di proteina e una molecola di 2,3 BPG. Abbiamo perci residui
carichi di entrambe le catene beta della deossi-emoglobina che interagiscono con le cariche
negative del 2,3 BPG. Quindi: il 2,3 BPG si inserisce nella tasca della emoglobina, si vengono a
realizzare delle interazioni di tipo ionico tra alcuni residui carichi presenti in questa tasca della
emoglobina in particolare sulle catene beta della emoglobina e le 5 cariche negative presenti
sulla molecola del 2,3 BPG. Questo pu succedere nella forma deossigenata della emoglobina.
Lintroduzione delle cariche negative e quindi la formazione di questi ulteriori legami ionici tra il
2,3 BPG e le catene beta della emoglobina non fanno altro che stabilizzare ulteriormente la
forma deossi della emoglobina, quindi la forma T. il 2,3 BPG si pu sistemare nella emoglobina
soltanto quando lemoglobina si trova nella forma deossi, perch il passaggio dalla forma T alla
forma R determina un cambiamento conformazionale, per cui evidentemente la molecola del
2,3 BPG se la proteina si trova nello stato R non si pu localizzare allinterno della proteina.
La transizione per cui dallo stato T passiamo allo stato R, si ha per la rottura dei legami ionici
che stabilizzano lo stato T della emoglobina e quindi evidentemente la transizione dallo stato T
allo stato R si ha anche proprio per espulsione dalla emoglobina del 2,3 BPG, in quanto nel
momento in cui si ha questa variazione conformazionale e quindi la proteina restringe questa
cavit passando nello stato R, si verifica lespulsione del 2,3 BPG con conseguente perdita dei
legami che il 2,3 BPG aveva realizzato con gli amminoacidi delle sommit beta che
stabilizzavano ulteriormente la forma T della emoglobina.
La 2,3 BPG ha 5 cariche negative: ogni gruppo fosfato porta due cariche negative proprio
perch il fosfato si lega con un doppio legame allossigeno e con gli altri due ossigeni con due
singoli legami.
La presenza del 2,3 BFG molto importante in condizioni fisiologiche.
importante nella realizzazione della effettiva affinit dellemoglobina per
lossigeno, infatti in sua assenza comunque fermo restando la curva
sigmoidale della emoglobina, lemoglobina in ogni caso avrebbe una
bassa capacit di rilascio dellossigeno a livello tissutale, cio il fatto che
sia presente il 2,3 BPG garantisce e migliora la capacit di rilascio
dellemoglobina a livello tissutale. Il 2,3 BPG sempre presente ad una
concentrazione molare molto simile a quella dellemoglobina, infatti
abbiamo detto che il rapporto emoglobina/2,3 BPG di 1 a 1. Questo
importante come meccanismo di compenso respiratorio durante lipossia
che si ha per esempio nelle anemie dovute ad una insufficienza cardio-polmonare oppure
durante la permanenza ad alte quote.
SLIDE 44 45: la curva di saturazione della emoglobina in assenza di 2,3 BPG ha comunque un
andamento sigmoideo per anche in questo caso la presenza del 2,3 BPG determina una
diminuzione di questa curva di affinit dellemoglobina per lossigeno e quindi ha un effetto
positivo della capacit di rilascio dellemoglobina a livello tissutale, proprio per i fattori
molecolari che abbiamo gi evidenziato. In cosa consiste ladattamento? Quando ci troviamo ad
altitudini si verifica la possibilit di maggiore rilascio dellossigeno a livello tissutale, in queste
condizioni si ha laumento del 2,3 BPG e questo aumento determina una diminuzione e uno

spostamento della curva di affinit e della sigmoidicit della curva di rilascio dellemoglobina
per lossigeno, quindi un aumento della ripidit di questo tratto rettilineo che quindi facilita il
rilascio dellossigeno da parte della emoglobina.
Dove e come viene prodotto il 2,3 BPG? Il 2,3 BPG sempre presente ad una concentrazione
molare di 5 millimolare e quasi in un rapporto 1:1 con lemoglobina. La sintesi del 2,3 BPG una
via collaterale di una tappa della glicolisi. A partire del glucosio, nella glicolisi si forma un
composto che si chiama 1,3 BIFOSFOGLICERATO. Questa tappa molto importante perch nel
passaggio poi dal 1,3 BPG al 3 FOSFOGLICERATO si ha la sintesi di una molecola di ATP, questa
tappa viene chiamata tappa di fosforilazione a livello del substrato della glicolisi. Dobbiamo
ricordare che il 2,3 BPG rappresenta una via collaterale, cio mentre avviene la glicolisi in
maniera collaterale comunque si ha la formazione del 2,3 BPG che servir ai globuli rossi per
avere la capacit di rilasciare una maggiore quantit di ossigeno a livello tissutale. Quindi la via
collaterale comporta il coinvolgimento di due enzimi: 2,3 BIFOSFOGLICERATO MUTASI che
determina la trasformazione del 1,3 BPG in 2,3 BIFOSFOGLICERATO, questa una reazione di
riarrangiamento. Si ha lo spostamento di un gruppo fosfato. Il 2,3 BIFOSFOGLICERATO (o
DIFOSFOGLICERATO) pu anche rientrare nella glicolisi e in questo caso interviene una fosfatasi
che sono degli enzimi che rimuovono dei gruppi fosfato, infatti questa fosfatasi in grado di
trasformare il 2,3 BIFOSFOGLIGERATO in 3 FOSFOGLICERATO che un intermedio della glicolisi,
questo pu essere convertito in 2 FOSFOGLICERATO e continuare la via della glicolisi fino alla
formazione del piruvato che lelemento finale dellossidazione del glucosio nella glicolisi.
Linfluenza del monossido di carbonio: lavvelenamento da monossido di carbonio perch
avviene? Bisogna ricordare che il monossido di carbonio pu legarsi saldamente alla
emoglobina. Il legame della CO2 e dellossigeno erano tutti legami reversibili e anche quello con
il monossido di carbonio lo per un legame che sposta talmente tanto la curva di
dissociazione dellossigeno verso sinistra che lemoglobina quando presente il monossido di
carbonio anzich avere questa sua solita curva sigmoidale diventa una curva di questo tipo
(GUARDARE SLIDE 47), vuol dire che anche in questo caso lemoglobina non riesce pi a cedere
lossigeno ai tessuti.
ENZIMI
Perch sono importanti gli enzimi? Tutto il metabolismo viene regolato dalla presenza degli
enzimi, cio tutte le singole tappe dei vari sistemi metabolici, comunque sono vincolate alla
presenza degli enzimi. Se dovessimo pensare al saccarosio per esempio, noi bruciamo del
glucosio nel nostro metabolismo, infatti uno dei cicli fondamentali la glicolisi che consiste nella
produzione di energia di ATP ossidando il glucosio, per questa ossidazione del glucosio che
deriva a sua volta dalla demolizione del saccarosio, avviene allinterno delle nostre cellule ad
una velocit elevatissima che ci consente di recuperare lenergia dallossidazione del glucosio.
Lossidazione del glucosio in realt una reazione che potrebbe avvenire anche
spontaneamente per se dovessimo lasciare una bustina di zucchero in un cassetto e
dovessimo ritornarci dopo anni comunque un po di zucchero lo troveremmo ancora. La
presenza degli enzimi rende possibili delle reazioni che anche potrebbero avvenire in assenza
degli enzimi stessi, ma in un tempo talmente lungo che non sarebbe compatibile con la vita. Gli
enzimi accelerano delle reazioni anche se queste dal punto di vista termodinamico ed
energetico sono comunque delle reazioni che potrebbero avvenire. Quindi nellambito poi della
missione generale del metabolismo, gli enzimi agiscono in sequenze coordinate e catalizzano
centinaia di reazioni che possono essere reazioni di degradazione di molecole oppure reazioni
che determinano la trasformazione di energia chimica o anche la conservazione dellenergia
chimica oppure reazioni che determinano la sintesi di macromolecole biologiche a partire da
precursori semplici. Tutti questi tipi di eventi cellulari sono tutti eventi in cui intervengono gli
enzimi. Tutti gli enzimi, definiti catalizzatori biologici, sono delle proteine, lunica eccezione
data dai ribozimi che sono degli elementi di RNA, di acido ribonucleico che hanno comunque
una attivit catalitica, in generale comunque gli enzimi sono delle proteine. Gli enzimi vengono

chiamati catalizzatori biologici, quindi accelerano le reazioni chimiche cellulari nelle condizioni
fisiologiche, durante questo processo di catalisi nella reazione che viene catalizzata dallenzima,
possono essere temporaneamente modificati, per alla fine del processo rimangono inalterati.
Quindi partecipano alla reazione, vengono modificati anche nella loro struttura e poi ritornano al
loro stato iniziale. Laltro aspetto importante che gli enzimi non influiscono sulla posizione
dellequilibrio di una reazione, cio se una reazione pu avvenire in una direzione, quindi dove
da substrato si forma il prodotto, lenzima non interviene sullequilibrio di quella reazione, quindi
sulle concentrazione di substrati e prodotti, ma interviene soltanto sulla velocit della
trasformazione del substrato in prodotto, quindi rende possibile che quellequilibrio che
definisce quella reazione venga raggiunto pi velocemente. Un altro elemento fondamentale
che, poich gli enzimi sono delle proteine, ovviamente affinch possano svolgere il loro ruolo
devono mantenere la loro conformazione nativa, quindi un enzima che viene sottoposto ad un
processo di denaturazione che pu avvenire attraverso vari meccanismi un enzima che non
funziona pi, in quanto modificando la struttura dellenzima, esso perde la capacit di
catalizzare la propria reazione. Quindi la denaturazione dellenzima determina la disattivazione
dellenzima. Ci sono 3 elementi che caratterizzano gli enzimi: EFFICIENZA, cio il potere
catalitico degli enzimi. Un enzima, per tornare al fatto che il loro ruolo quello di velocizzare
una reazione, quindi il raggiungimento dello stato di equilibrio di una reazione, la loro efficienza
molto elevata. Infatti nella tabella (SLIDE 5 POWER POINT LEZIONE 4) sono rappresentati
esempi di enzimi con lincremento di velocit che determinano nelle reazioni a cui partecipano.
Sono degli ordini di grandezza di incremento del rate catalitico della reazione e possono andare
da 105 volte fino alla 1017 volte. SPECIFICIT DELLA REAZIONE CHE CATALIZZA: un enzima
riconosce una specifica struttura chimica che d origine a uno specifico prodotto. POSSONO
ESSERE REGOLATI: lattivit di un enzima pu essere regolata. una cosa importante perch
nellambito del metabolismo si ha fine regolazione dei cicli metabolici, cio in un momento
fisiologico in cui nel nostro corpo attiva la glicolisi sicuramente ferma la gluconeogenesi,
tutto ci pu avvenire proprio perch gli enzimi presentano questo elemento di regolazione
estremamente importante. Alcuni enzimi sono delle proteine semplici, quindi costituite solo
dalla parte proteica, solo strutturalmente da sequenze amminoacidiche, altri enzimi sono
rappresentate da proteine coniugate quindi proteine in cui ad una parte proteica si associa
anche una parte non proteica, in tal caso lenzima prende il nome di oloenzima. Loloenzima
un complesso attivo cataliticamente, quindi che pu esercitare la sua attivit enzimatica che
comprende quindi la parte proteica e la parte non proteica dellenzima. Un apoenzima un
enzima cataliticamente NON attivo perch sar privo della parte non proteica che prende il
nome di cofattore. Il cofattore la parte non proteica, una parte indispensabile perch un
enzima acquisti la capacit catalitica, quindi la sua capacit di accelerare la rate di una reazione
enzimatica. Il cofattore potr essere rappresentato o da uno ione metallico oppure da una
molecola organica. Dal punto di vista della complessit strutturale, gli enzimi comprendono una
grande variet di composizione strutturale, nel senso che un enzima pu essere una proteina
monomerica per esempio con il suo cofattore, pu essere solo una proteina che magari non
necessita del cofattore oppure gli enzimi possono essere oligomerici quindi costituiti da pi
subunit o addirittura costituiti da tantissime subunit, pensiamo ai complessi della catena
respiratoria mitocondriale. Il complesso primo della catena respiratoria mitocondriale, ad
esempio, costituito da ben 37 diverse subunit proteiche e costituisce un enzima e quindi
siccome costituito da tante subunit prende il nome di complesso enzimatico. Riguardo la
presenza dei cofattori che abbiamo detto possono essere costituiti da ioni oppure da molecole
organiche o metallo-organiche e in tal caso si chiamano coenzimi, questi cofattori in genere
sono termostabili, quindi resistono ad un riscaldamento invece la maggior parte degli enzimi
non resiste al riscaldamento sempre per la questione della denaturazione e quindi per la perdita
della struttura nativa. Se il cofattore legato covalentemente allenzima, quindi con legami
forti, in tal caso prende il nome di gruppo prostetico. Un gruppo prostetico un cofattore che si
legato covalentemente allenzima.

Qui ci sono alcuni coenzimi. In genere i coenzimi agiscono insieme agli enzimi in quanto
determinano il trasporto di gruppi funzionali. Ad esempio tutti gli enzimi che parteciperanno ad
una reazione in cui si verifica un trasferimento di gruppi carbonilici, quegli enzimi sicuramente
conterranno come coenzima la tiamina pirofosfato. Ogni coenzima deputato a far parte di un
enzima, in quanto si occupa del trasferimento dei gruppi funzionali specifici.
Gli isoenzimi sono quegli enzimi che catalizzano lo stesso tipo di reazione, per hanno una
differente struttura, differenti cofattori o anche propriet cinetiche e una differente regolazione
e collocazione subcellulare. Esempio classico di isoenzimi lesempio della LATTICO
DEIDROGENASI. La lattico deidrogenasi un enzima che si trova nel citosol delle cellule che
catalizza la conversione del piruvato in lattato. In questa reazione di conversione del piruvato in
lattato catalizzata da questo enzima viene utilizzato il NADH che viene ossidato a NAD+, mentre
il piruvato viene ridotto a lattato. La lattico deidrogenasi un enzima ubiquitario, nel senso che
si trova nel citosol di tutte le cellule, per viene sempre preso come riferimento nel caso in cui si
voglia fare un esempio di isoenzimi, perch la lattico deidrogenasi (LDH) un tetramero che pu
essere costituito dalla combinazione di 4 subunit che potranno essere di tipo H o di tipo M. la
combinazione differente di queste 4 subunit dar origine a 5 isoforme diverse di lattico
deidrogenasi che sono caratterizzate dal fatto di essere specificatamente espresse a livello di un
particolare tipo di tessuto, ad esempio la isoforma 1 della LDH costituita da 4 subunit tutte di
tipo H maggiormente presente nel miocardio e negli eritrociti. Invece, la LDH di tipo 5 formata
da 4 subunit di tipo M maggiormente presente nel fegato e nel muscolo. Qual il senso della
presenza degli isoenzimi? Tutti questi isoenzimi catalizzano tutti la stessa reazione ovvero la
conversione del piruvato in lattato, per dato che si tratta di una reazione reversibile quindi
avverr in una direzione in particolari condizioni fisiologiche e nellaltra in altre particolari
condizioni fisiologiche, il fatto che ci sia la presenza di questi diversi isoenzimi della LDH
giustificato dal fatto che a seconda del tessuto in cui lisoenzima viene espresso potr avere una
funzione pi finemente regolata in base al momento fisiologico della cellula. questo servir per
lo studio dei cicli metabolici a livello muscolare e a livello epatico. Per quanto concerne la
nomenclatura, secondo la classificazione internazionale degli enzimi, gli enzimi sono
genericamente suddivisi in 6 classi a seconda delle reazioni che vanno a catalizzare:
OSSIDORIDUTTASI ovviamente catalizzeranno reazioni di ossidoriduzione, TRANSFERASI
catalizzeranno reazioni di trasferimento di gruppi funzionali (gruppi carbossili, acilici, amminici,
gruppi fosforici), IDROLASI catalizzeranno reazioni di idrolisi, LIASI catalizzeranno reazioni di
scissione di legame Carbonio-Carbonio oppure scissione e formazione di legame CarbonioAzoto, ISOMERASI che catalizzeranno le reazioni di riarrangiamento intramolecolare, LIGASI che
catalizzeranno le reazioni di formazione di legame Carbonio-Carbonio, Carbonio-Zolfo, CarbonioOssigeno, mediante le reazioni di condensazione che utilizzeranno lATP. Ogni enzima oltre che
avere delle finali che ricordano questi sei tipi di funzione, prenderanno il nome in base ai
substrati della reazione che gli enzimi andranno a catalizzare.

Tutte le reazioni non avvengono ad una velocit sufficiente se non vengono catalizzate.
Lenzima genera un ambiente specifico in cui una data reazione viene favorita dal punto di vista
energetico. Il ruolo dellenzima determinare la formazione di un microambiente specifico in cui
la reazione che determina il passaggio da substrato a prodotto, viene favorita. Qual il
microambiente che determina tutto ci? Il microambiente il SITO ATTIVO dellenzima, dove per
sito attivo si intende quella particolare regione della proteina con una particolare sequenza di
amminoacidi organizzata strutturalmente con una particolare conformazione che pu essere ad
alfa-eliche o beta-foglietti, che determinano la formazione di questo microambiente che
favorisce, dal punto di vista energetico, la trasformazione del substrato in prodotto. Il sito attivo
dellenzima e la sua importanza giustifica il fatto che un enzima denaturato non possa pi
esercitare pi la sua attivit catalitica, proprio perch viene a mancare quel microambiente
dellenzima che agevola e determina le condizioni favorevoli affinch avvenga una determinata
reazione.

Da questo schema si nota limportanza del sito attivo in una reazione enzimatica. Se
cominciamo quindi dalla lettera A, notiamo che esiste un substrato ed esiste un enzima. La
parte in fucsia rappresenta il sito attivo al cui interno si pu anche andare a posizionare, se
lenzima lo richiede, un cofattore. Nel momento in cui il substrato si lega allenzima, nel sito
attivo, questo legame determina la formazione di un complesso enzima-substrato. In questo
complesso si vengono a creare dei siti di legame tra il substrato e lenzima. Questo complesso
poi si pu riorganizzare in un cambiamento conformazionale (notare le lettere B e C), in quanto
abbiamo detto che le proteine non sono stabili, possono avvenire spostamenti, questo comporta
degli altri legami aggiuntivi tra il substrato e lenzima e si passa quindi a quello che viene
chiamato il complesso enzima-substrato allo stato di transizione in cui il cambiamento di
conformazione dellenzima e del substrato ha determinato la formazione di legami aggiuntivi tra
enzima e substrato ed una fase energeticamente pi elevata. Infine, dopo la formazione di
questo complesso allo stato di transizione, si formano i due prodotti della reazione enzimatica o

anche un solo prodotto e lenzima torna al suo stato originale. La catalisi enzimatica, prevede
una reazione dellenzima pi il substrato, la formazione del complesso enzima-substrato che
quindi poi passa al complesso enzima-prodotto, liberazione dellenzima nella sua forma
originaria e formazione del prodotto. Che cosa fa un catalizzatore? Abbassa lenergia di
attivazione della trasformazione da substrato a prodotto. Un catalizzatore non varia lequilibrio
della reazione nel senso che una reazione che prevede il passaggio da S (substrato) a P
(prodotto), prevede il passaggio da un livello energetico di S ad un livello energetico pi basso
di P. Il passaggio da S a P, prevede il passaggio attraverso uno stato di transizione che dal punto
di vista energetico rappresenta una barriera energetica al passaggio di S a P. Quindi lequilibrio
tra S e P dipende dalla differenza dellenergia libera dei due composti allo stato basale. Questo
grafico (SLIDE 16 POWER POINT LEZIONE 4) rappresenta una reazione favorevole dal punto di
vista energetico e lenzima non pu variare questo equilibrio ma lunica cosa che pu fare
velocizzare questo passaggio. Come fa a velocizzare questo passaggio? Ci riesce perch si
formano questi complessi (enzima-substrato ed enzima-prodotto) che sono dei complessi
intermedi stabili che occupano i punti pi bassi di questa curva energetica (slide 16) che
rappresenta il passaggio da S a P. Il passaggio dallo stato di transizione che cosa rappresenta?
Lo stato di transizione un momento molecolare transitorio in cui avvengono degli eventi per
cui il composto pu acquistare la probabilit di diventare il prodotto oppure di tornare a
substrato. La differenza tra i livelli di energia dello stato basale di S e dello stato di transizione
rappresenta lenergia di attivazione. Il catalizzatore aumenta la velocit della reazione proprio
abbassando lenergia di attivazione e quindi attraverso la formazione di questi complessi.
Questo un esempio (slide 20) in cui il composto A si trasforma nel composto B in cui si passa
da uno stato energetico basale di A pi alto ad uno stato energetico basale di B pi basso.
Questa una reazione che avr una variazione di energia libera negativa e quindi questa una
reazione esoergonica, una reazione che pu avvenire. La velocit con cui avviene questa
reazione che dal punto di vista energetico favorita perch una reazione esoergonica,
dipende dal fatto che: i due agenti devono entrare in collisione tra loro, la collisione deve
avvenire con un certo orientamento che favorisca la collisione tra i reagenti, in pi i reagenti
devono avere unenergia che sar sufficiente a consentire quegli eventi molecolari, quelle
distorsioni molecolari per la formazione di altri legami, in questultima cosa consiste lenergia di
attivazione. La presenza dellenzima proprio deputata ad abbassare questa energia di
attivazione che quindi unenergia libera supplementare che le molecole devono possedere per
raggiungere questo stato di transizione. Come si realizza tutto ci? Tutto questo si realizza per
mezzo di un riarrangiamento di legami covalenti tra i gruppi funzionali del substrato e
dellenzima, per interazioni non covalenti che si instaurano tra enzima e substrato e la
formazione di ogni nuova interazione debole allinterno di questo complesso enzima-substrato
determina un piccolo rilascio di energia libera. Questa energia libera viene chiamata energia di
legame ed quella che d il maggiore contributo alla diminuzione dellenergia di attivazione,
necessaria per la trasformazione del substrato in prodotto. Leffetto dellenzima quindi
abbassare lenergia di attivazione. Per quanto concerne i coenzimi, abbiamo detto che molti
enzimi richiedono per la partecipazione alla catalisi di una molecola non proteica che pu essere
il gruppo prostetico, nel momento in cui vi sia legato covalentemente alla parte proteica
dellenzima oppure pu rappresentare il cosiddetto co-substrato. Il co-substrato una parte non
proteica che si associa allenzima soltanto nel momento in cui questo deve catalizzare una
determinata reazione enzimatica. Sia i gruppi prostetici che i co-substrati non vengono cambiati
dalla reazione enzimatica, ma alla fine della reazione enzimatica tornano al loro stato iniziale,
fatta eccezione per i cofattori impiegati nelle reazioni di ossidoriduzione (FAD e NADH). Il sito
attivo dellenzima importante perch sia responsabile della specificit di legame dellenzima
per il substrato perch abbiamo detto che si formano delle interazioni tra enzima e substrato e
importante anche per lattivit catalitica dellenzima perch nellambito del sito attivo avverr
quellorientamento particolare delle molecole che consentiranno e favoriranno la formazione di
alcuni legami. In un contesto enzima-substrato, supponiamo che (slide 26) la sagoma in blu
rappresenti lenzima, mentre la sagoma in grigio il substrato. Nel sito attivo, il substrato viene

collocato nella corretta posizione, poi subisce delle distorsioni in maniera tale che gli atomi, che
devono reagire si avvicinino tra loro con il giusto allineamento, per cui si ha una diminuzione
della libert di movimento, quindi con una riduzione dellentropia (grado di disordine), inoltre il
substrato viene desolvatato e forma quindi legami deboli con lenzima. Quindi questo
rappresenta lo stato di transizione dopo il quale si passer alla liberazione dallenzima del
prodotto. La formazione di queste interazioni che si vengono a stabilire tra lenzima e il
substrato accompagnata da un piccolo rilascio di energia libera che appunto quellenergia di
legame di cui parlavamo da cui dipende il grado di stabilit dellinterazione enzima-substrato.
Questa energia di legame che si libera proprio perch si hanno questi cambiamenti,
intervengono questi legami specifici tra lenzima e il substrato responsabile della diminuzione
dellenergia di attivazione. La velocit di una reazione che viene catalizzata dallenzima dipende
da vari fattori: 1. La concentrazione del substrato: la cinetica enzimatica, quindi lo studio della
velocit delle reazioni catalizzate da enzimi, stata eseguita da Michaelis (pronuncia: misclis) e
Menten, i quali studiarono tutti i parametri che esprimono e misurano la funzionalit
dellenzima, quella che si chiama cinetica enzimatica. Come si pu studiare la cinetica
enzimatica? O valutando la scomparsa del substrato nel tempo o valutando la comparsa del
prodotto nel tempo. La velocit di questa reazione chimica enzimatica che si pu studiare sia
come scomparsa del substrato o come comparsa del prodotto nel tempo, dipender dalla
concentrazione del substrato. Per semplicit la velocit viene studiata nella fase iniziale della
reazione enzimatica, cio quando la concentrazione del substrato molto elevata e quindi si
pu porre ad un valore costante, ha un valore che molto pi elevato rispetto alla
concentrazione dellenzima. Siamo in una fase in cui la concentrazione del prodotto pari a 0.
Questa velocit iniziale viene definita come v0 e rappresenta la pendenza della tangente alla
curva nella fase iniziale della curva. Se noi stessimo seguendo landamento di una reazione
seguendo la formazione del prodotto, anche in questo caso la velocit iniziale sarebbe la
pendenza della tangente alla curva nel tratto iniziale.