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BIOCHIMICA

(Registrazione 19/01/2016)

La biochimica la scienza che descrive le strutture, i meccanismi e i processi chimici che


fanno parte di tutti gli organismi viventi, quindi tutto ci che una cellula deve fare per poter
vivere. Riguardo agli organismi viventi, di cui noi ci occuperemo e di cui studieremo la loro
complessit nel vivere, sono caratterizzati da 4 aspetti che sono:
Un alto grado di complessit chimica e di organizzazione microscopica (e vi renderete
conto di questo proprio studiando il metabolismo delle cellule);
Hanno la capacit di autoreplicarsi;
Ogni componente di un organismo avr una specifica funzione;
La caratteristica fondamentale quella che possono estrarre, trasformare e utilizzare
l'energia dall'ambiente;
Infatti quest'energia sar il fondamento di tutto il corso di biochimica, perch la stessa vita
l'energia, le cellule sono degli esseri microscopici ma alla stesso tempo molto complessi,
in realt non sono tutte uguali le cellule, potrebbero sembrare tutte uguali, ma in realt
ogni organo e ogni tessuto sar caratterizzato da un tipo differente di cellula che compir
specifiche funzioni nell'ambito della totalit della vita possibile di un organismo. Tutte
queste funzioni peraltro svolte singolarmente e specificatamente dai vari tipi di cellule
devono comunque svolgersi in perfetta armonia, cio importante riflettere su come
lintegrazione del lavoro di tutte le differenti cellule che si trovano nel nostro corpo ci
consente di gioire, di piangere, di camminare, di correre e di studiare. Per fare per tutte
queste cose e in coordinazione peraltro, le cellule devono svolgere un lavoro chimico, cio
un vero e proprio lavoro, che necessita quindi, in quanto tale, di una certa quantit di
energia. Questo lavoro chimico che ogni cellula deve svolgere, in realt prende il nome di
METABOLISMO.
Che cosa il metabolismo? E cosa consente a una cellula il metabolismo?
Attraverso il metabolismo si ha la possibilit di ottenere energia chimica dall'ambiente; in
due modi si pu fare questo:
Catturando la luce solare, questo vale per gli organismi fotosintetici.
Degradando le sostanze nutrienti ricche di energia.
Unaltra funzione sar quella di convertire le sostanze nutrienti nelle molecole che
caratterizzano e di cui ha bisogno la stessa cellula.
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Polimerizzare precursori monomerici in macromolecole (questo per esempio porter alla


formazione delle proteine che deriveranno quindi dalla polimerizzazione dei costituenti
monomerici rappresentati dagli aminoacidi, acidi nucleici e polisaccaridi).
Attraverso il metabolismo si avr la possibilit di sintetizzare e degradare alcune molecole
che sono necessarie per funzioni specializzate della cellula (come per esempio molecole
rappresentate dalle membrane lipidiche che hanno unalta complessit e specializzazione
nella compartimentazione delle strutture cellulari, i messaggeri chimici (quindi importanti
in questo lavoro di coordinazione delle varie cellule) e i pigmenti.
Quindi tutto ci lo realizza o si realizza attraverso il metabolismo cellulare. Quindi tutti gli
organismi, animali e vegetali, per poter vivere devono quindi continuamente
prelevare dall'ambiente materia ed energia e in questo prelevamento di materia e di
energia gli organismi dipendono gli uni dagli altri, attraverso questi scambi che si
realizzano di materia e di energia con lambiente.
A proposito di come un organismo interagisce con lambiente in cui vive nel prelevamento
delle sostanze nutrienti e di energia si pu fare questa grande classificazione di organismi
FOTOAUTOTROFI, che utilizzano sostanze inorganiche per la costruzione e la sintesi di
molecole organiche e utilizzano la luce come fonte di energia.
Chi sono i fotoautotrofi?
Sono le piante, le alghe ed alcuni batteri.
Quindi sostanze inorganiche per costruire quelle organiche di cui hanno bisogno, fonte di
energia rappresentata dalla luce.
FOTOETEROTROFI, invece questi utilizzano sostanze organiche per costruire,
sintetizzare altre sostanze e molecole organiche di cui necessitano, la fonte di energia
sempre rappresentata dalla luce (es. alcuni batteri).
CHEMIOAUTOTROFI: sono quegli organismi che utilizzano sostanze inorganiche come
base per la sintesi di molecole organiche, ma questa volta la fonte di energia sar
rappresentata da quelle sostanze inorganiche, quindi non pi luce come fonte di energia,
ma le stesse sostanze inorganiche (es. nitrobatteri, ferrobatteri).
Ed infine ci siamo noi i CHEMIOETEROTROFI, quindi noi insieme ai funghi ed alcuni
batteri, che utilizziamo sostanze organiche sia come precursori, quindi per la sintesi di
altre molecole organiche di cui abbiamo bisogno e sia come fonte di energia.
Quindi in questa visione, dunque, rientrano i componenti della DIETA, quindi queste
componenti sono la nostra fonte di sostanze organiche.
I componenti della dieta che si possono classificare in: MACRONUTRIENTI (lipidi,
proteine, grassi) e MICRONUTRIENTI rappresentati da vitamine, Sali minerali e acqua.

Questi componenti nutritivi, attraverso i processi di digestione e di assorbimento, che


avvengono nel nostro corpo, diventano i nostri composti cellulari, che quindi la cellula
potr utilizzare per ricavare energia e per costruire altre molecole di cui la cellula ha
bisogno. Lutilizzazione di questi MACRO e MICRONUTRIENTI avviene attraverso 4 vie
metaboliche:
Vie metaboliche di DEPOSITO, quindi quando una cellula o un organismo ha un eccesso
di nutrienti, quindi non necessita in quel momento di energia, quindi vengono conservate
dalle sostanze prontamente utilizzabili nel momento di una richiesta energetica.
Vie metaboliche di BIOSINTESI, quindi la sintesi a partire da quei composti cellulari di
altre molecole strutturali della cellula del nostro organismo.
Vie metaboliche OSSIDATIVE, quindi il termine ossidativo implica la necessit in queste
vie metaboliche, dellossigeno, che determinano lossidazione di questi composti e hanno
quindi come effetto finale e fondamentale la produzione di energia,
quindi quell'energia che servir alla cellula per svolgere il suo lavoro chimico.
Una quarta via importantissima rappresentata anche dalle vie di DETOSSIFICAZIONE e
di SMALTIMENTO, perch durante questi processi, quindi durante i processi del
metabolismo nella sua complessit, si formano ovviamente dei prodotti di scarto
rappresentati dall'anidride carbonica e dall'acqua per esempio, che devono quindi essere
eliminati.
Le vie di detossificazione comprendono anche lo smaltimento di quei componenti della
dieta che prendono il nome di XENOBIOTICI e che sono rappresentati da molecole
sintetiche o naturali che non fanno parte della struttura del nostro organismo, per esempio
farmaci oppure di veleni quindi di sostanze che devono adempiere ad una certa funzione,
ma che poi devono essere eliminate in queste vie di detossificazione, quindi eliminazione
dei prodotti di scarto. Questi nutrienti, abbiamo visto che attraverso queste quattro vie
metaboliche fondamentali, ogni nutriente quindi pu svolgere una o pi di queste funzioni
elencate, quindi ogni nutriente pu servire alla produzione di energia e di calore,
aggiungiamo un altro tassello. Quindi esemplari in questa funzione sono: i glucidi, i lipidi e
le proteine, che sono essenziali come fonte di materiale energetico; oppure un nutriente
pu fornire del materiale plastico ossia diventare precursore di processi biosintetici per la
crescita e riparazione di tessuti e quindi per la formazione di proteine, acidi grassi
essenziali; importantissima funzione anche quella che questi nutrienti possono fornire
del materiale regolatore, ossia possono essere essenziali perch avvengano le reazioni
metaboliche, in questa categoria rientrano soprattutto i sali minerali e le vitamine, quindi
elementi regolatori che non vengono utilizzati ne per produrre energia ne come materiale
plastico, per sono fondamentali perch dalla loro presenza dipende lattivit di molti
sistemi enzimatici che rientrano nelle altre due funzioni che vengono svolte dagli altri
nutrienti, quindi nelle funzioni di produrre energia e di fornire materiale plastico, mi riferisco
al fatto che molti enzimi che intervengono nelle vie metaboliche funzionano solo in
coordinazione con minerali o vitamine.
I principali substrati energetici che noi possiamo introdurre con la dieta sono: i
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Carboidrati che vengono scissi nell'unit monomerica di zuccheri semplici, quindi per la
maggior parte glucosio, ma poi vedrete non solo e quindi il glucosio il substrato
energetico per eccellenza; poi abbiamo le proteine che verranno scisse nelle strutture
monomeriche rappresentate dagli amminoacidi; poi i lipidi e quindi qui vedete
rappresentata la struttura di un tipico triacilglicerolo che nella sua demolizione dar quindi
origine ad acidi grassi, in questo caso rappresentato il palmitato, ma un esempio e dal
glicerolo che rappresenta la struttura portante a cui si associano gli acidi grassi per
formare quindi i triacilgliceroli, quindi che rappresentano una classe di lipidi. La
demolizione di questi nutrienti porter la formazione dei composti monomerici
rappresentati quindi da glucosio, amminoacidi oppure differenti acidi grassi da cui poi
deriver lenergia di cui ha bisogno il nostro corpo.
Attraverso quale via otterremo energia da questi componenti?
Attraverso le vie del metabolismo ossidativo.
Le vie di ossidazione di questi componenti, del Glucosio, degli acidi grassi e degli
amminoacidi convergono verso la molecola del acetilcoenzima A; quindi tutti convergono e
passano in queste vie ossidative attraverso la formazione di questa molecola
lacetilcoenzima A (CH3C doppio legame S coenzima A) e poi successivamente attraverso
il trasferimento di elettroni tra i complessi della catena respiratoria mitocondriale si
determiner la produzione di energia sotto forma di ATP (adenosinatrifosfato).
Oltre all'energia, sotto forma di ATP, in questo processo ossidativo di questi substrati
energetici si produce anche una certa quantit di calore che viene utilizzata per la
termogenesi del nostro corpo; quell'energia (ATP) prodotta nei processi ossidativi
attraverso lossidazione di questi substrati energetici, potr essere utilizzata a sua volta
per: le reazioni di biosintesi di altri composti, di detossificazione da xenobiotici, di
contrazione muscolare, di trasporto attivo della stessa termogenesi. Quindi una specie di
ciclo che si svolge, cio i processi di ossidazione producono una certa quantit di energia
e di calore, lenergia viene prodotta fondamentalmente sotto forma di ATP che la moneta
di scambio di energia del nostro corpo, quell ATP, quindi quellenergia verr utilizzata per i
processi di biosintesi delle molecole di cui ha bisogno il nostro corpo e che non vengono
introdotte con la dieta. Quindi ogni substrato energetico dar origine ad una certa quantit
di energia rappresentata in termini di kcal per grammo di substrato energetico, e quindi la
capacit energetica dei diversi nutrienti non la stessa, ma si aggira attorno ad un valore
di 4 kcal per grammo sviluppate da carboidrati e da proteine, di 9 kcal per grammo, invece
molto pi energetici, i grassi e anche lalcool rappresenta un substrato energetico
importante, nel senso che sviluppa 7 kcal su grammo, ovviamente lalcool lho inserito per
ricordare che comunque che anche ingerendo degli alcool si assumono una certa quantit
di kcal, quindi non nel discorso generale di nutrienti, ma come esempio di come lalcool sia
in grado di sviluppare una certa quantit di kcal, che sono anche tante se considerate
rispetto ai carboidrati e alle proteine.
Nel momento in cui assumiamo dei nutrienti, dei substrati energetici e il nostro organismo
in quel momento non necessita di questi cio non necessita di produrre energia( ATP), in
questo stato allora, questi substrati energetici vengono conservati, quindi vengono messi
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da parte e rappresentano i prodotti di riserva del nostro organismo; prodotti di riserva che
hanno delle caratteristiche funzionali, nel senso che pesano poco, sono presenti in
quantit consistenti e sono prontamente disponibili appena il nostro organismo ne fa
richiesta; queste riserve sono prontamente utilizzabili dalle cellule e quindi dal nostro
organismo e quindi sono prontamente convertibili in substrati ossidabili che possono
produrre immediatamente lenergia di cui in quel momento la cellula fa richiesta.
Dove si trovano queste sostanze di riserva? Chi sono?
Si trovano sotto forma di triacilgliceroli nel tessuto adiposo, sotto forma di glicogeno.
Quindi i triacilgliceroli sono la riserva dei lipidi nel grasso corporeo, nel tessuto adiposo, il
glicogeno una riserva di glucosio invece e si trova nel fegato e nel muscolo in quantit
differenti e le proteine si trovano invece nel muscolo.
Quindi questi elementi rappresentano le riserve prontamente utilizzabili nel momento in cui
il nostro corpo ne necessita.
Una alimentazione adeguata, per un buon stato di salute, deve comprendere proprio in
base al metabolismo attraverso il quale ognuno di questi nutrienti va incontro e produce
energia, tutti i componenti, quindi carboidrati, lipidi, proteine, Sali minerali e acqua,
ovviamente in una percentuale differente, nel senso che unalimentazione adeguata dovr
comprendere pi o meno il 60% di carboidrati, il 15% di proteine e il 25% di lipidi. Per un
soggetto di media altezza del peso di 70 kg le calorie necessarie per un buono stato di
salute con una moderata attivit fisica si aggirano intorno alle 2000-2500 kcal al giorno.
Nel momento in cui lacquisizione delle calorie con la dieta, equivale alle calorie che si
consumano, quindi in tal caso ci troviamo in una situazione di equilibrio calorico.
In che modo vengono consumate queste calorie che noi assumiamo con la dieta?
Una quota importante viene consumata attraverso il cosiddetto metabolismo basale cio il
consumo energetico di un soggetto dopo 12-14 ore di digiuno che sta mentalmente e
fisicamente a riposo, quindi non facendo nulla. Unaltra quantit estremamente variabile
pu essere quella consumata attraverso le attivit fisiche, e unaltra piccola quantit che
quella che consumiamo normalmente attraverso la cosiddetta DIT cio la termogenesi
indotta dalla dieta.
Abbiamo detto che in 3 modi vengono consumate le calorie che introduciamo, il primo
modo il cosiddetto metabolismo basale, quindi le calorie consumate da un soggetto dopo
12-14 ore di digiuno che non fa niente, questo metabolismo basale per variabile, nel
senso che dipende da tanti fattori che possono quindi influenzare la percentuale di calorie
consumate attraverso questo metabolismo. Questi fattori possono essere legati: alla
corporatura, per esempio i soggetti pi minuti consumano meno energia rispetto ai pi
corpulenti; composizione corporea, quindi presenza di pi tessuto muscolare; let, con
lavanzamento dellet il metabolismo basale diventa pi basso, quindi si consumano
meno kcal; il sesso; lo stato ormonale; altri fattori come lo stress; la febbre; notevole
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sviluppo muscolare degli atleti. Questi sono fattori che possono quindi provocare un
aumento di metabolismo basale, cio un aumento delle kcal consumate anche non
facendo niente, cio dopo 12-14 ore di digiuno.
Per quanto riguarda invece la termogenesi indotta dalla dieta (DIT), ossia quella
percentuale di calorie consumate dalla dieta, possiamo distinguere: la termogenesi fissa e
la termogenesi facoltativa.
La termogenesi fissa rappresentata da quella energia che spende lorganismo per
lutilizzazione stessa degli alimenti e ovviamente pi sar complesso il metabolismo
necessario per lutilizzazione di un alimento, pi sar lenergia che lorganismo spende per
utilizzare quello stesso alimento. Per esempio, le proteine hanno una percentuale di
termogenesi fissa molto alta, perch lutilizzazione delle proteine ha un percorso
metabolico pi complicato, per cui lorganismo/la cellula per utilizzare quelle proteine ha
un dispendio di energia pi alta rispetto a quello che invece deve fare per utilizzare una
molecola di glucosio.
Invece la termogenesi facoltativa sar data da quella energia che viene spesa invece per
attivare il sistema nervoso simpatico in seguito all'ingestione di un pasto.
Quali sono i destini delle sostanze nutrienti?
Lossidazione del glucosio produrr energia; se invece deve dare delle riserve si
formeranno riserve di glicogeno e triacilgliceroli; se invece deve essere utilizzato nelle
reazioni di sintesi si formeranno molti composti in cui parteciper anche la formazione del
glucosio.
Quindi il glucosio pu essere utilizzato per dare energia, pu essere trasformato in
glicogeno e triacilgliceroli oppure pu essere utilizzato nelle reazioni di sintesi quindi
triacilgliceroli.
Gli amminoacidi che derivano dalle proteine potranno essere utilizzati o per la sintesi di
nuove proteine di cui necessita il nostro corpo o per la sintesi di composti azotati, oppure
come fonte energetica quindi per produrre energia.
I grassi invece vengono utilizzati: come riserve per cui formazione triacilgliceroli;
ossidazione e produzione di energia; sintesi dei lipidi delle membrane delle cellule.
Quando siamo in una fase di alimentazione con un eccesso di substrati energetici si
formeranno delle riserve di energia. Nella fase di digiuno succeder che quelle riserve
verranno utilizzate attraverso processi di ossidazione per produrre energia.
Per avere un perso ideale, l'energia che si assume con la dieta deve essere uguale a
quella che si consuma durante il giorno. Si pu ricavare l'indice di massa corporea che
definisce gli organismi in normopeso, obesi o sottopeso, in base a questo grafico in cui ci
si pu incasellare calcolando l'indice di massa corporea , che si calcola dividendo il peso
per l'altezza in metri elevato al quadrato peso/altezza2 ,(kg/m2).
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Tornando alle classi di nutrienti abbiamo detto che ci sono i Macronutrienti e i


Micronutrienti.
I micronutrienti anche se non vengono utilizzati come substrato energetico sono
comunque fondamentali per il buon funzionamento di una cellula. Nell'ambito di questi
nutrienti che noi assumiamo ci sono anche dei nutrienti che vengono definiti Essenziali,
definiti cos perch le cellule del nostro corpo non sono in grado di sintetizzarli. Non
esistono Carboidrati essenziali perch il nostro corpo ha la capacit di trasformare un
carboidrato, quindi uno zucchero in un altro. Esistono invece amminoacidi essenziali cio
amminoacidi che il nostro corpo non in grado di sintetizzare come: leucina, isoleucina,
valina, lisina, metionina, treonina, triptofano e istidina. Esistono anche alcuni lipidi
essenziali, che presentano una particolare struttura di doppi legami; i lipidi essenziali sono
rappresentati dall'Acido Linoleico e dall'Acido Linolenico presenti negli oli vegetali oppure
nei pesci. Sono essenziali perch da questi, peraltro, vengono prodotti altri acidi come
l'Arachidonico, l'Eicosapentaenoico oppure il Docoesaenoico che sono importanti nella
formazione delle Prostaglandine, molecole che intervengono nella risposta infiammatoria.
Altri elementi essenziali sono rappresentati dai minerali e dalle vitamine. Le vitamine sono
importanti perch rientrano nella funzionalit degli enzimi che partecipano al metabolismo
della cellula, possiamo classificarle in: Liposolubili e Idrosolubili. Le carenze vitaminiche
sono sempre associate ad eventi patologici, per esempio la carenza della vitamina B1
associata al Beriberi, cio siccome la vitamina B1 interviene nel coenzima Tiamina
Pirofosfato che a sua volta interviene nelle reazioni di decarbossilazione, la carenza di
questa vitamina determina evidentemente un cattivo funzionamento di alcuni enzimi che
rendono per la cellula difficile l'utilizzazione del glucosio come fonte di energia.
Le carenze vitaminiche si manifestano soprattutto in quei tessuti che hanno un'alta
capacit di rinnovamento, come i tessuti rappresentati dalla pelle oppure i tessuti
ematopoietici che sono caratterizzati da cellule con un metabolismo molto veloce perch
sono cellule in continuo rinnovamento.
Per quanto riguarda l'importanza dei minerali, in questa tabella sono rappresentati una
serie di enzimi che partecipano al metabolismo che hanno bisogno per funzionare di
cofattori metallici.
La biochimica si occupa di 3 aspetti fondamentali:
Innanzitutto la struttura e la funzione della macromolecole biologiche.
Le trasformazioni energetiche che avvengono negli organismi viventi, questa branca della
biochimica prende il nome di Bioenergetica.
Tutti i processi di sintesi e di degradazione dei vari componenti della cellula, cio il vero e
proprio metabolismo.

Noi inizieremo dalla struttura e dalla funzione delle macromolecole biologiche.


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Tutte le molecole biologiche, quindi le molecole organiche, degli organismi viventi si scopr
nel XX secolo che in organismi evolutivamente molto lontani tra di loro l'utilizzazione di
una molecola di glucosio rappresentava un processo costituito da 10 tappe in cui
partecipavano 10 enzimi, questo era uguale nel lievito fino alla cellula di un organismo
vivente pi complesso. Inoltre un'altra caratteristica che gli organismi viventi sono
perlopi caratterizzati e formati da carbonio, idrogeno, ossigeno e azoto per il 99%.
Quali sono le propriet di questi atomi che li rendono cos idonei per la chimica della vita?
Innanzitutto questi sono gli atomi pi leggeri; Un altro elemento fondamentale
rappresentato dalla versatilit di legami che possono formare questi atomi, in particolare
all'atomo di carbonio, per esempio quest'ultimo pu formare un doppio legame con
l'ossigeno, con l'azoto ecc., oppure due atomi di carbonio possono formare tra di loro un
legame singolo o un legame doppio.
Un altro aspetto chimico fondamentale dell'atomo di carbonio quello che presente nelle
molecole in vari strati di ossidazione, questo dipender dall'elemento con cui l'atomo di
carbonio former il legame, quindi nell'ordine di elettronegativit (ovvero la capacit di un
atomo di attrarre elettroni verso di se) tra l'idrogeno e l'ossigeno succeder che il numero
di ossidazione dell'atomo di carbonio potr variare e quindi, per esempio nella molecola
del metano, noterete innanzitutto che nella scala dell'elettronegativit il carbonio pi
elettronegativo rispetto all'idrogeno, questo il motivo per cui nel metano il carbonio ha
numero di ossidazione +8, questo numero di ossidazione che parte da un valore massimo
di 8 nel momento in cui il carbonio legato ai 4 atomi di idrogeno e arriva fino ad un
numero di ossidazione pari a zero per il carbonio nella molecola del biossido di carbonio.
Anche questa possibilit dell'atomo di carbonio di essere presente in vari stati di
ossidazione ha favorito questo atomo nella composizione della materia vivente.
Per entrare nel vivo della biochimica ci conviene prendere confidenza con alcuni gruppi
funzionali ricorrenti nella struttura delle molecole che parteciperanno al metabolismo.
Questi gruppi funzionali che incontreremo nelle nostre biomolecole conferiscono a
quest'ultime delle propriet chimiche specifiche e decide il ruolo di quella molecola, quindi
in che reazioni pu partecipare e che ruolo fisiologico pu avere.
Il primo gruppo funzionale ricorrente l'Ossidrile, rappresentato dal gruppo -OH
presente negli alcoli e sar un gruppo funzionale estremamente ricorrente negli zuccheri
oppure lo potremo incontrare anche negli amminoacidi, quindi il gruppo Idrossilico.
L'altro gruppo funzionale importante rappresentato dal gruppo Carbonilico, quindi il
gruppo C doppio legame Ossigeno; Questo gruppo pu essere caratteristico delle aldeidi
e quindi il gruppo funzionale R (quindi un gruppo funzionale x), carbonio doppio legame
ossigeno idrogeno, quindi gruppo carbonilico con un idrogeno, un esempio la
Gliceraldeide-3-fosfato, che un intermedio della glicolisi, nella via di ossidazione del
glucosio. Il gruppo carbonilico pu essere presente anche nella forma Chetonica, in cui
abbiamo due gruppi funzionali R che si associano ad un gruppo carbonilico, quindi un
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idrogeno viene sostituito da un atro gruppo funzionale R, per esempio il Diidrossiacetone


Fosfato, che un altro intermedio della glicolisi.
Poi abbiamo il gruppo Carbossilico, quindi Carbonio doppio legame Ossigeno -OH, quindi
presente in alcuni acidi.
Poi abbiamo il gruppo Metilico quindi CH3;
Il gruppo Etilico invece, quindi CH2 e CH3;
Il gruppo Fenilico, quindi presente per esempio nella Fenilalanina che un amminoacido;
Il gruppo Amminico, presente anche negli amminoacidi, quindi Azoto due legami con
l'idrogeno.
Il gruppo Ammidico, quindi Carbonio doppio legame Ossigeno, Azoto con due idrogeni, si pu
formare quindi dalla reazione di un Acido che porta un gruppo Carbossilico, con una Ammina;
da questa reazione che porta la liberazione di una molecola di Acqua si forma l'Ammide.
Un gruppo che incontreremo sempre il gruppo -SH, cio il gruppo Sulfidrilico, questi sono
presenti nell'amminoacido Cisteina. Dalla ossidazione di due Cisteine che portano due gruppi
SH, quindi due gruppi Sulfidrilici, determina la formazione di un ponte quindi di un gruppo
Disolfuro.
Un altro gruppo funzionale che incontreremo spesso il gruppo Estere, quindi un Carbonio
doppio legame Ossigeno che si associa con un altro Ossigeno pi due gruppi funzionali X
lateralmente a questa struttura. La reazione tra un acido (che porta il gruppo Carbossilico) ed
un alcol (che porta il gruppo Idrossilico) attraverso la liberazione di una molecola di Acqua
porta alla formazione di un Estere. Questo estere pu essere rappresentato per esempio
come gruppo funzionale nella formazione dei Trigliceridi in cui la struttura centrale del
Glicerolo si lega agli Acidi Grassi attraverso un gruppo funzionale Estere, in questo
caso R2 sar rappresentato dall'Acido Grasso e R1 sar rappresentato dallo scheletro del
glicerolo.
L'estere pu anche essere un Tioestere, in questo caso abbiamo un Acido che reagisce con
un gruppo Sulfidrilico, quindi si former Carbonio doppio legame Ossigeno che si associa con
l'atomo S del gruppo Sulfidrilico. Un esempio di gruppo funzionale Tioestere l'Acetilcoenzima
A, che si forma tra il Carbonio doppio Ossigeno e la lunga molecola del coenzima A. Un altro
estere l'Anidride che deriva dalla reazione di due Acidi Carbossilici con liberazione di una
molecola di Acqua.
Nell'esempio di reazione rappresentata una Fosfoanidride (un caso particolare di anidride),
che deriva dalla reazione di due Acidi Fosforici, in cui l'atomo di Carbonio sostituito con
l'atomo di Fosforo.
E poi abbiamo l'Anidride mista, questa prende anche il nome di Acilfosfato, che deriva dalla
reazione tra un acido Carbossilico ed un acido Fosforico.
Questa diapositiva rappresenta l'insieme di tutte quelle reazioni che determinano il
metabolismo di una cellula, quindi in una cellula perch tutto avvenga (produzione di energia,
sintesi...), avvengono una serie infinita di reazioni coordinate tra di loro, quindi tutto
assolutamente complesso, complessit aumentata dal fatto che ogni ciclo metabolico
coordinato rispetto a tutti gli altri. Tutte quelle razioni del metabolismo si possono classificare
in 5 tipi di reazioni differenti:
1) Reazioni che formano o che spezzano un legame Carbonio-Carbonio;
2) Reazione di riarrangiamenti interni e isomerizzazioni;
3) Reazioni che implicano la formazione di Radicali Liberi;
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4) Reazioni di trasferimento di interi gruppi chimici, quindi un gruppo chimico che viene
trasferito da una molecola ad un'altra;
5) Reazioni di Ossidoriduzione;
Per cercare di capire come avvengono queste reazione dobbiamo ricordare i due principi di
base. Innanzitutto il legame covalente un legame che consiste nella condivisione di una
coppia di elettroni; Questo legame pu essere scisso in due modi:
Tramite una scissione Omolitica che determina il fatto che alla fine ogni atomo interessato in
questo legame conserva il proprio elettrone.
Tramite una scissione Eterolitica, in questo caso ci sar un atomo che tratterr i due elettroni
ed un altro atomo che non possieder pi l'elettrone e quindi questa scissione potr dare
luogo alla formazione di cationi; La scissione eterolitica del Carbonio per esempio, porter alla
formazione di un Carboanione (che l'atomo di carbonio che ha trattenuto la coppia di
elettroni) e un Carbocatione (che l'atomo di carbonio che non ha trattenuto nessun
elettrone).
Molte reazioni chimiche coinvolgono delle reazioni tra nucleofili ed elettrofili; I nucleofili sono i
gruppi funzionali che sono ricchi di elettroni, quindi un nucleofilo un gruppo funzionale che
ha la tendenza a cedere elettroni. Mentre gli elettrofili sono dei gruppi funzionali che sono
poveri di elettroni ed in quanto tali avranno la tendenza invece ad acquisirli.
Per esempio l'atomo di carbonio di un gruppo carbonilico un ottimo elettrofilo, ovvero ha un
ottima capacit a ricevere elettroni, questo succede perch in base all'elettronegativit tra il
carbonio e l'ossigeno si ha lo spostamento della nube elettronica verso l'ossigeno, quindi
questo fa in modo che il carbonio del gruppo carbonilico diventi un ottimo elettrofilo.
Una reazione di formazione del legame Carbonio-Carbonio una classica reazione di
Condensazione Aldolica, in questa reazione il Carbonio del gruppo carbonilico un ottimo
elettrofilo per cui prende gli elettroni dal rispettivo nucleofilo.
Reazione di Riarrangiamento ossia di Isomerizzazione, un esempio tipico di reazioni di questo
tipo la trasformazione del glucosio-6-fosfato in fruttosio-6-fosfato, quindi sono due zuccheri
esosi, che presentano una struttura differente che coinvolge il carbonio 1 e il carbonio 2 della
molecola degli zuccheri; Queste reazioni di isomerizzazione vengono sempre catalizzate da
enzimi che prendono il nome di Isomerasi. In queste reazioni avviene un riarrangiamento
intramolecolare, cio una ridistribuzione degli elettroni che porta come risultato ad alterazioni
che possono essere di vario tipo, per la cosa importante che comunque non si verifica una
variazione delle stato di ossidazione complessivo della molecola.
Un'altra reazione che incontreremo sempre sono le razioni di Trasferimenti di gruppi; Il gruppo
che maggiormente viene trasferito il gruppo fosfato, nel caso specifico qui rappresentato il
trasferimento del gruppo fosfato dalla adenosinatrifosfato (ATP) al glucosio, quindi il glucosio
diventer glucosio-6-fosfato mentre l'ATP che ha perso un gruppo fosforico si chiamer
adenosinadifosfato (ADP).
Tutte queste trasformazioni energetiche avvengono negli organismi e definiscono la
Bioenergetica e quindi definiscono il tema centrale dello studio della Biochimica cio l'Energia,
noi ci occuperemo di capire in termini quantitativi e chimici tutti i processi con cui viene
prodotta questa energia che viene estratta dai nutrienti, viene incanalata nelle varie vie
metaboliche e viene poi consumata dalle cellule viventi; Per fare questo analizzeremo i
Pathways metabolici che saranno quelli del metabolismo lipidico, del metabolismo dei
carboidrati e del metabolismo delle proteine.
Le proteine rappresentano forse le molecole pi abbondanti nelle cellule, hanno un peso
molecolare che molto variabile va da 5000 ad 1 milione di Dalton, hanno una struttura che
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definita abbastanza accuratamente dal codice genetico. La classificazione pi generale delle


proteine che queste possono essere divise in due classi: la classe delle proteine Insolubili
come le proteine fibrose e strutturali (Es. collagene, elastina, creatina) e le proteine di
membrana (Es. i trasportatori di ioni che si trovano all'interno delle membrane biologiche); e la
classe delle proteine Solubili, che sono proteine globulari (Es. Mioglobina, Emoglobina).
Il concetto generale alla base dello studio delle proteine che: esiste una stretta correlazione
tra la struttura della proteina e la sua funzione, cio una proteina funziona soltanto se ha
quella determinata struttura.
Un'altra classificazione delle proteine pu essere fatta in base alla funzione che svolgono:
Possono avere una funzione di sostegno (proteine strutturali) come il collagene la cheratina,
l'elastina e la fibroina che abbiamo detto sono proteine insolubili.
Possono avere una funzione di Catalisi e quindi possono rappresentare degli Enzimi, cio
quelle molecole che catalizzano le reazioni chimiche.
Possono avere una funzione di trasporto come l'emoglobina che trasporta l'ossigeno,
l'albumina che trasporta le lipoproteine. Hanno funzione di trasporto anche quelle proteine che
si trovano all'interno delle membrane biologiche e che consentono il trasporto attraverso le
membrane biologiche di molecole che non sono naturalmente in grado di attraversarle.
Possono avere una funzione ormonale, come gli ormoni e queste sono proteine regolatorie
(Es. l'insulina e il glucagone).
Possono svolgere una funzione di difesa come ad esempio gli anticorpi.
Possono avere una funzione di movimento come l'actina, la miosina (sono proteine contrattili).
Possono avere una funzione di deposito come pu essere per esempio la proteina Ferritina
che si occupa del deposito del ferro.
Nell'ambito della struttura delle proteine possiamo distinguere le cosiddette proteine Semplici
che sono costituite soltanto da amminoacidi, quindi soltanto dai loro costituenti monomerici.
Esistono invece anche le proteine Coniugate, cio delle proteine che oltre a contenere la parte
amminoacidica, possono contenere dei gruppi funzionali che non sono costituiti da
amminoacidi e che quindi prendono il nome di gruppi Prostetici. Alcune proteine coniugate
sono rappresentate dalle Lipoproteine in cui la parte non amminoacidica rappresentata dai
Lipidi; Glicoproteine in cui la parte non amminoacidica rappresentata da Carboidrati; fino alle
Emoproteine (mioglobina ed emoglobina) in cui la parte non amminoacidica rappresentata
dal gruppo Eme; E Metallo proteine in cui la parte non amminoacidica rappresentata solo da
un metallo (Es. la Manganese superossido dismutasi o la Rame-Zinco superossido dismutasi).
Tutto questo per dire che, la parte non amminoacidica potr essere rappresentata o da un
gruppo funzionale complesso come nel caso delle lipoproteine e delle glicoproteine oppure
anche da un semplice metallo come in caso dei metallo-enzimi.
Flavinmononucleotide (FMN) e Flavinadenindinucleotide (FAD) sono dei gruppi prostetici che
parteciperanno alla formazione di alcune proteine coniugate. Nel metabolismo ci sono molti
enzimi/proteine che per funzionare necessitano di un gruppo Prostetico rappresentato o dal
FAD o dal FMN, indicate generalmente come flavoproteine.
I livelli di struttura delle proteine sono estremamente importanti, tant' che abbiamo detto che
esiste una correlazione stretta tra struttura e funzione delle proteine. Il primo livello di struttura
rappresentato dalla Struttura Primaria, che data dalla sequenza lineare degli amminoacidi
che fanno parte di una catena polipeptidica.
L'informazione per la sintesi di una proteina conservata nella sequenza genica, quindi
conservata nei nostri geni; Quindi una sequenza di geni A attraverso il processo di trascrizione
determina la formazione di un Rna-messaggero e quest'ultimo attraverso processi di
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traduzione determiner la formazione della sequenza lineare di amminoacidi che costituiscono


quella determinata proteina. Non cosi semplice il percorso, nel senso che nel passaggio che
va dal gene alla proteina ci sono una serie di fenomeni che avvengono e le informazioni
contenute nei nostri geni non coprono tutta la variet di proteine che invece una cellula pu
avere. Nel passaggio che va dal genoma, cio da tutte le informazioni contenute nel nostro
DNA, al proteoma che invece rappresenta gli insiemi di tutte le proteine contenute in una
cellula in un determinato momento fisiologico (la quantit di proteine pu variare in una
cellula), si ha un incremento della variabilit di prodotti proteici. Il primo passaggio la
Trascrizione attraverso il quale da una sequenza genica si deve arrivare ad un Rnamessaggero, durante questo passaggio avvengono dei fenomeni molecolari, indicati con il
termine di Splicing Alternativo, che determinano un incremento di Rna-messaggeri che di 2-5
volte, questo vuol dire per esempio che da 10 geni non si formano 10 Rna-messaggeri ma si
formano 40-50 Rna-messaggeri, quindi si crea aumento della variabilit. Nel passaggio di
traduzione, quindi di sintesi della proteina sullo stampo del Rna-messaggero, sintesi che
avviene a livello dei ribosomi, si ha ancora un incremento della variabilit perch nel momento
in cui un Rna-messaggero viene tradotto e da questa traduzione deriva una sequenza di
amminoacidi, ovvero una proteina, in realt quella proteina potr andare incontro ad una serie
di modificazioni post-traduzionali che determineranno la formazione non soltanto di un tipo di
proteina ma anche di pi tipi di proteine. Per modificazioni post-traduzionali intendo un taglio
Proteolitico, oppure l'introduzione di un gruppo funzionale sulla sequenza di amminoacidi per
esempio Fosforilazione, Glicosilazione, Metilazione, quindi sono tutte modificazioni posttraduzionali che giustificano questo incremento di variabilit di prodotti proteici a partire
dall'informazione contenuta nel nostro genoma.
Anche se la conoscenza e l'individuazione di tutto il genoma ha aperto una grande possibilit
allo studio di tanti fenomeni biomolecolari, rimane comunque importante lo studio delle
proteine, perch queste sono gli effettori molecolari di tutte le funzioni cellulari.>
Molte modificazioni delle proteine non si possono dedurre dalla loro sequenza genica, cio le
modificazioni post-traduzionali non sono presenti nell'informazione che porta il Dna.
La sequenza genica non dice anche con quali altre proteine una determinata proteina deve
interagire e molte proteine sono funzionali soltanto nel momento in cui sono associate ad altre
proteine. Inoltre la sequenza genica non dice quando una proteina viene sintetizzata e infatti la
composizione proteica di una cellula non sempre la stessa, ma pu variare a seconda dello
stato fisiologico della cellula stessa. Inoltre anche lo studio dei livelli di Rna-messaggero a
volte non assolutamente un indicazione dei livelli di proteina, perch non corrispondono
livelli di Rna-messaggeri con i livelli del contenuto di quella proteina all'interno della cellula. Poi
le proteine sono bersaglio di farmaci e quindi comunque resta importante lo studio delle
proteine.
Tornando alla struttura primaria delle proteine, vi ricordo che negli amminoacidi il carbonio
rappresenta un centro Pirale, quindi tendente a 4 legami e possono essere presenti due
Stereoisomeri degli amminoacidi che sono L e D.
Nell'ambito della variet degli amminoacidi che compongono le proteine noi possiamo fare una
classificazione, che si fa in base al gruppo R laterale degli amminoacidi. Tutti gli amminoacidi
hanno una composizione generale che vede un atomo di carbonio associato ad un idrogeno,
ad un gruppo carbossilico e ad un gruppo amminico.
In base alle caratteristiche del gruppo R, si pu fare una classificazione degli amminoacidi in:
Amminoacidi non Polari, questi sono idrofobici. Per esempio la Triglicina, Alanina, Promina,
Valina sono idrofobici pertanto nella struttura di una proteina questa loro idrofobicit li spinger
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a posizionarsi sempre nel core interno della proteina, proprio perch rifuggono l'interazione
con l'acqua.
Poi invece ci sono gli amminoacidi Idrofilici che possiedono dei gruppi polari che li rendono
allo stesso idrofilici ma non carichi; Questi amminoacidi polari ma non carichi saranno
importanti nella formazione di legami idrogeno con l'acqua, quindi nella stabilizzazione della
struttura proteica.
Poi abbiamo gli amminoacidi caratterizzati dalla presenza dei gruppi R aromatici, quindi
Fenilalanina, Tirosina e Triptofano relativamente idrofobici.
Poi abbiamo gli amminoacidi carichi positivamente o negativamente. Gli amminoacidi carichi
negativamente sono quelli rappresentati da un gruppo funzionale R che presenta una carica
negativa come per esempio l'Aspartato e il Glutammato. Invece gli amminoacidi carichi
positivamente sono rappresentati da Lisina, Arginina e Istidina, questi hanno un pK che far in
modo che questi ad un pH fisiologico assumano una carica positiva.
L'istidina un amminoacido carico positivamente ma un po' particolare perch il pKA di questo
amminoacido intorno a 6, invece il pKA degli amminoacidi Lisina ed Arginina intorno a 1012, pertanto questo fa in modo che l'istidina a pH fisiologico sia debolmente ionizzata o quasi
neutra. In base all'intorno amminoacidico che si verr a creare nell'ambito della proteina in cui
l'istidina si trover, quindi in base agli amminoacidi presenti intorno all'istidina stessa, essa
potr variare la sua forma di ionizzazione. Quindi il fatto di essere un amminoacido carico
positivamente, mentre per la lisina e l'arginina sempre cos, per l'istidina invece non
sempre cos perch pu essere neutra a causa della sua pKA intorno a 6, oppure pu variare
questo fatto di essere carico positivamente a seconda dell'intorno amminoacidico in cui si
viene a trovare in una proteina.

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