le proteine sono 20 hanno tutti una struttura comune sono asimmetrici La carica di un amino acido dipende dal pH Classificazione amino acidi Glicina Alanina Aminoacidi idrofobici Valina Leucina Isoleucina Metionina Aminoacidi idrofobici Prolina Fenilalanina Tirosina Triptofano Aminoacidi aromatici Serina Treonina Aminoacidi polari con gruppo -OH Cisteina Aminoacidi polari con gruppo -SH Cisteina Ossido-riduzione dei gruppi -SH Aminoacidi ACIDI e loro ammidi Acido aspartico Acido glutammico Asparagina Glutammina Aminoacidi BASICI Lisina Arginina Istidina Legame peptidico rigido e planare ed ha caratteristiche di parziale doppio legame con H dellN in trans rispetto O del C PROTEINE Sono molecole molto grandi costituite da una o pi catene polipeptidiche. Ogni proteina ha una caratteristica composizione in aminoacidi. Possono contenere gruppi chimici diversi dagli aminoacidi (gruppo prostetico): lipoproteine, glicoproteine, metalloproteine. CONFORMAZIONE: organizzazione nello spazio degli atomi di una proteina CAMBIO DI CONFORMAZIONE: variazione strutturale senza rottura di legami covalenti CONFORMAZIONE NATIVA: di solito quella a pi bassa energia di Gibbs e funzionale Struttura delle proteine la struttura primaria definita geneticamente Struttura secondaria delle proteine Struttura ad !-elica Struttura avvolta ad elica stabilizzata da legami idrogeno che si formano tra lH legato allN del legame peptidico e lO carbonilico del quarto residuo aminoacidico. Le catene laterali sono esposte allesterno dellelica Legami idrogeno che stabilizzano l !-elica Rappresentazioni schematiche di !-eliche Rappresentazioni schematica di una proteina costituita principalmente da !-elica Una !-elica avvolta, si ritrovano in proteine come la cheratina dei capelli, delle unghia e delle corna Struttura a foglietto " parallelo Struttura estesa stabilizzata da legami idrogeno che si formano fra gruppi NH e CO di catene diverse. Le catene laterali sono esposte sopra e sotto il piano Struttura a foglietto " anti-parallelo Struttura a foglietto " misto foglietto " avvolto Proteina ricca di foglietti " Struttura a " turn E presente dove le catene polipeptidiche cambiano bruscamente direzione. La struttura un ripiegamento di 180 che comprende 4 residui aminoacidici. Il " turn collega due segmenti adiacenti di un foglietto " ripiegato antiparallelo La struttura della maggior parte delle proteine risulta dalla combinazione di elementi ad !- elica ed elementi a foglietto ". Questi elementi sono collegati da regioni LOOP (a forma di ansa) di lunghezza variabile e forma irregolare. In queste anse i gruppi CO e NH non fanno legami idrogeno. LOOP FILAMENTO 1 FILAMENTO 2 I loop sono esposti al solvente e presentano residui polari. I loop rappresentano spesso siti di legame, ad esempio ENZIMI-SITO ATTIVO ANTICORPI (6 regioni a loop) Struttura terziaria Definisce la disposizione spaziale di tutti gli atomi della proteina. Aminoacidi localizzati in regioni anche lontane e parte di strutture secondarie diverse possono interagire e causare avvolgimenti della proteina su se stessa. la struttura terziaria non rigida; gode di una certa flessibilit che permette modificazioni conformazionali. Queste modificazioni sono spesso associate alla loro funzione biologica. Esempio: un ligande pu causare un cambio conformazionale (adattamento indotto). STRUTTURA QUATERNARIA Riguarda proteine costituite da due subunit o pi catene polipeptidiche (subunit). Le subunit possono essere uguali o distinte e si associano tra loro con legami non-covalenti Lassociazione di catene polipeptidiche pu servire a diversi scopi: -subunit regolatrici -subunit con funzioni diverse ma correlate ATTIVITA DI UNA PROTEINA E determinata da: Sequenza aminoacidica (struttura primaria) Conformazionale Gruppo prostetico FUNZIONI BIOLOGICHE DELLE PROTEINE 1. ENZIMI 2. PROTEINE DI TRASPORTO 3. PROTEINE DI RISERVA 4. PROTEINE CONTRATTILI 5. PROTEINE DI DIFESA 6. PROTEINE REGOLATRICI 7. PROTEINE STRUTTURALI La funzione di una proteina viene svolta in seguito al legame con il proprio ligando I siti di legame per le macromolecole possono essere concavi, convessi o piatti I siti di legame per piccoli ligandi sono fenditure, tasche o cavit