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Gli enzimi e la catalisi

Distribuzione di energia in una popolazione


di molecole
Normalmente, le molecole stabili sono per lo pi presenti ad un livello
di energia relativamente basso
Solo una piccola frazione di esse possiede sufficiente energia per
superare la barriera dellenergia di attivazione
GLI ENZIMI: CATALIZZATORI BIOLOGICI
Accelerano le reazioni chimiche (REAGENTE CHE SI
TRASFORMA IN PRODOTTO)
Non possono alterare lequilibrio della reazione ma
solamente accelerare la velocit di reazione riducendo
lenergia di attivazione richiesta per iniziare la reazione
Dalla regolazione degli enzimi dipende ladattabilit
metabolica
Gli enzimi sono proteine GLOBULARI
GLI ENZIMI: CATALIZZATORI
BIOLOGICI
Permettono alle reazioni di andare verso
condizioni che lorganismo pu tollerare
Pu processare milioni di molecole ogni
secondo
Agiscono in modo molto specifico, solo
con pochi tipi di molecole (substrati)
S P
REAZIONE TIPO
La spontaneit di una reazione determinata dalle propriet
e dalle concentrazioni dei reagenti
La spontaneit di una reazione determinata dalle propriet
e dalle concentrazioni dei reagenti
Ma se una reazione spontanea non significa che sia veloce
.potrebbe avvenire in tempi lunghissimi
(quindi, in termini biologici, come se non avvenisse)
S P
Velocit = k (S)
Inversamente proporzionale
Allenergia di attivazione
E + S ES EP E + P
REAZIONE ENZIMATICA TIPO
FORMAZIONE DEL COMPLESSO ES
SITO ATTIVO DELL ENZIMA
La teoria dello stato di transizione
stato fondamentale (reagenti)
stato di transizione (specie chimiche con legami non
completamente formati)
intermedi (specie chimiche con legami completamente formati)
prodotti
Questa teoria considera una reazione solo in termini di:
Enzimi: catalizzatori biologici
X
Y
G
Reazione non
catalizzata
!G
!G*
!G*
Reazione
catalizzata
Gli enzimi si combinano transientemente col substrato e ne abbassano
lenergia di attivazione
Non spostano lequilibrio della reazione, ma aumentano la velocit con cui
lequilibrio viene raggiunto
Non subiscono modificazioni permanenti durante la reazione e sono subito
disponibili per catalizzare una nuovo ciclo di reazione
Analogies for NRG barriers
Determinanti del potere catalitico
Formazione di legami covalenti tra
enzima e substrato
Instaurazione di numerose interazioni non
covalenti
ENERGIA DI LEGAME (!G
B
)
Le interazioni deboli
sono ottimali nello
stato di transizione
Il complesso enzima-substrato
E + S ES
Sito attivo
Sito di legame
Sito catalitico
SITO ATTIVO
regione specifica delle molecole enzimatiche
dove il substrato si lega e reagisce per formare
il prodotto. Esistono due modelli per interpretare
linterazione sito attivo-substrato
modello chiave-serratura
(Fischer 1894)
modello adattamento induttivo
(Koshland 1954)
(modello eccessivamente semplificato)
lenzima una serratura in cui pu girare solo
la chiave specifica; infatti, solo una determinata
molecola di substrato ha la forma che le permette
di entrare nella fessura del sito attivovdellenzima
in modo che la reazione possa avvenire
la forma assunta dallenzima adatta a far avvenire
la reazione solo dopo che questo si legato al
substrato: tale fenomeno serve a portare i gruppi
funzionali specifici dellenzima nellorientamento
corretto necessario per la catalisi della reazione
Funzione dellenergia di legame nella catalisi
Reversibilit delle reazioni enzimatiche
Reversibilit delle reazioni enzimatiche
Lenzima favorisce il raggiungimento dellequilibrio,
quindi catalizza anche la reazione inversa
A <====> B
Ma, se B substrato di una reazione successiva, la
prima reazione diventa praticamente irreversibile
A -----> B <====> C
Ci vale per catene anche molto lunghe di reazioni
(catene enzimatiche)
TIPI DI CATALISI
CATALISI ACIDO-BASE
CATALISI COVALENTE
CATALISI COVALENTE
CATALISI DA IONI METALLICI
Struttura generale degli enzimi
Struttura generale degli enzimi
APOENZIMA
(Parte proteica)
OLOENZIMA
coenzima (vitamina)
ione metallico
gruppo prostetico
(legato covalentemente)
I coenzimi sono molecole organiche che si associano alle proteine per
aiutarle a svolgere la funzione catalitica. Essi generalmente sono
vitamine del gruppo B modificate (attivate)
Coenzima nelle reazioni di carbossilazione (trasporto
unit monocarboniosa ossidata)
Biotina (H)
Coenzima correlato all' FH
4
per il trasporto dei gruppi
monocarboniosi
Cobalamina (B12)
Coenzima FH
4
- trasporto dei gruppi monocarboniosi
ridotti
Acido folico
Coenzima A - trasporto gruppi acilici e in particolare
acetato
Acido pantotenico
Coenzima PLP (piridossalfosfato) - trasporto gruppi
amminici e metabolismo aa in generale
Piridossina (B6)
Coenzimi NAD e NADP - trasporto idrogeno ed
elettroni
Niacina (PP)
Coenzima FAD e FMN - trasporto idrogeno ed
elettroni
Riboflavina (B2)
Coenzima TPP (tiamina pirofosfato) - rimozione
gruppi CO
2
Tiamina (B1)
FUNZIONE VITAMINA
CLASSIFICAZIONE INTERNAZIONALE CLASSIFICAZIONE INTERNAZIONALE
ENZIMI: ENZIMI:
OSSIDOREDUTTASI
TRANSFERASI
IDROLASI
LIASI
ISOMERASI
LIGASI
ossidoreduttasi: reazioni di ossido-riduzione
1.1 agisce sul gruppo CHOH del donatore
1.2 agisce sul gruppo aldeidico o chetonico del donatore
1.3 agisce sul gruppo CH-CH del donatore
1.4 agisce sul gruppo CH-NH
2
del donatore (ammina primaria)
1.5 agisce sul gruppo C-NH del donatore
1.6 agisce su NADH o NADPH .
1.7 agisce su altri composti azotati
1.8 agisce su gruppi solforati
1.9 agisce sui gruppi eme
Esempio: DEIDROGENASI, CATALASI, OSSIDASI, PEROSSIDASI, IDROSSILASI
REDUTTASI
CLASSIFICAZIONE INTERNAZIONALE CLASSIFICAZIONE INTERNAZIONALE
ENZIMI: ENZIMI:
3 - idrolasi: reazioni di idrolisi
3.1 legami esterei
3.2 legami glicosidici
3.3 altri legami
3.4 legami peptidici
3.5 legami C-N non peptidici
3.6 legami anidridici
3.7 legami C-C
Esempi: ESTERASI, GLICOSIDASI, PEPTIDASI, FOSFATASI,
TIOLASI, LIPASI.
CLASSIFICAZIONE INTERNAZIONALE CLASSIFICAZIONE INTERNAZIONALE
ENZIMI: ENZIMI:
NOMENCLATURA
Diidrossiacetone fosfato <-------> gliceraldeide deidrogenasi
TRIOSOFOSFATO DEIDROGENASI
EC 5.3.1.1.
5. ISOMERASI
3. ossidazione di una parte del substrato e riduzione in un altra
1. Interconversione di aldosi in chetosi e viceversa
1. Primo ingresso nella sotto-sottoclasse 5.3.3.
Nomenclatura enzimatica (academic Press, 1992) 3196 enzimi
Denominazione costituita da 3 parti:
Nome del substrato
Nome del coenzima
Nome della reazione catalizzata + asi
Esempi:
Alcool + NAD
+
<-------> aldeide (o chetone) + NADH
Alcool : NAD
+
ossidoreduttasi
EC 1.1.1.1
ATP + Creatina <-------> creatina-fosfato + ADP
ATP : Creatina fosfotrasferasi
EC 2.7.3.2
Introduzione agli enzimi (un po di storia)
1850: Pasteur
fermentazione dello zucchero in alcol catalizzata da fermenti (lievito)
li chiama enzimi e postula che siano inseparabili dalla struttura della cellula vivente
1897: Buchner
gli enzimi coinvolti nella fermentazione possono funzionare
anche una volta rimossi dalla struttura della cellula vivente
1926: Sumner
isola e cristallizza lenzima ureasi
postula che gli enzimi siano proteine
fine anni 30: Northrop verifica che gli enzimi sono proteine
Haldane scrive un trattato intitolato Enzimi
seconda met XX sec:
sono stati purificati migliaia di enzimi e di centinaia
di essi stata determinata la struttura e il meccanismo
chimico