Struttura e funzione degli acidi nucleici

materiale didattico disponibile su http://homepage.sns.it/tozzini/didattica.html Sommario Tipi e funzioni degli acidi nucleici Struttura primaria Struttura secondaria Struttura terziaria superavvolgimenti nel DNA tipiche strutture e tipi di RNA Struttura quaternaria nucleosomi e cromatina ribosomi nanostrutture di acidi nucleici

Struttura e funzione degli acidi nucleici composizione carboidrati C O H struttura

monomeri oligomeri omopolimeri monomeri strutture complesse monomeri eteropolimeri strutture complesse

funzioni
energetiche strutturali energetiche strutturali energetiche strutturali enzimatiche regolatrici Informative (conservazione e trasmissione del genoma) energetiche strutturali enzimatiche trasporto protezione regolatrici Informative (proteoma)

lipidi acidi nucleici

COHP COHNP

Proteine

monomeri COHNS (P Ca Na Cl ) eteropolimeri

strutture complesse

Struttura e funzione degli acidi nucleici DNA DeoxyriboNucleic Acid

information storage and transmission structural functions RNA RiboNucleic Acid regulation roles in the transcription, translation, replication catalysis and other functional roles structural function information storage (in some viruses) and transfer Why DNA and RNA have so different functions? Which are the structural features that make them so different? Other types of NA (Artificial, used for DNA manipulation)

Ancestral RNA world?

Threose NA

Glycerol NA

Peptide NA

morpholino

Locked NA

Struttura e funzione degli acidi nucleici

Components

Nucleic acids = hetero-poly-nucleotides Nucleotides = pyrimidin(purin)-(2 deoxy)ribosilpyrimidin(purin) (2 deoxy)ribosil-monophosphate = nucleoside-monophosphate Nucleosides = pyrimidin( (2 deoxy)ribose pyrimidin(purin) purin) -(2

In RNA, rarely, inosine, pseudouridine, ribothymine by post-transcriptional modifications

Struttura e funzione degli acidi nucleici Funzione energetica dei nucleotidi: ATP-ADP-AMP
ATP + H2O ADP + Pi G = 7 .3 kcal/mol G dipende dalla concentrazione e condizioni ambientali della cellula mediamente 1 4 kcal/mol

ATP + H2O AMP + PPi G = 1 0.9 kcal/mol PPi=pirofosfato P2O74Pi=fosfato PO43-

Lidrolisi di ATP in ADP (AMP) libera grandi quantit di energia, ed una reazione relativamente semplice lATP tra le pi diffuse monete di scambio energetico nei viventi

Struttura e funzione degli acidi nucleici

Polymerization reaction

+ energy (~6kcal/mole)

Polynucleotide (N) + nucleoside triphosphate

pyrophosphate + Polynucleotide (N+1)

Phosphodiester linkage
(3C and 5C = esterification positions of doxy-ribose)

The polynucleotide is stable versus nucleoside-triphosphates has a net negative charge macroscopic structure strongly dependent on the hydration / ionic strength of the solution has a directionality: sense(+) or antisense(-) exist

Struttura e funzione degli acidi nucleici

Hydrolysis

H2O

+
H2O
OH OH

+ energy (~20 kcal/mole)

OH

The polynucleotide is meta-stable versus the hydrolysis in nucleotides, although the activation barrier is very high for DNA, which is considered stable An example of the fact that the cell is an out of equilibrium system Transient dynamical equilibria are maintained by a continuous incoming energy flow The activation barrier is lower for RNA due to the OH group RNA is less stable Much shorter chains

Struttura e funzione degli acidi nucleici

The genetic code

The primary structure (sequence) contains the information to build the sequence of amino-acids (proteins) genome proteome The information is codified in triplets of bases (codons) The information is redundant protection against mutations Both RNA and DNA can be used to store information, but DNA is more safe, due to the presence of the double helix and to the larger stability it is dominantly used by almost all the self-replicating systems In both cases, the RNA is used for the protein synthesis, thus the DNA must be first copied into RNA to be used (transcription)

Struttura e funzione degli acidi nucleici Secondary str - Base pairing

WC pairing A-T and C-G DNA RNA WC pairing A-U and C-G

2 h-bonds 3 h-bonds

RNA Wooble pairing

Inosine

Hoogsten pairing

DNA-RNA

Struttura e funzione degli acidi nucleici B-DNA

Double helices

Sugar in 2-endo conformation The typical DNA conformation, in normal hydration and salt conditions, for average compositions Long and thin Major and minor grooves clearly distinguishable More prone to bending

2-endo Sugar in 3-endo conformation The only possible double helix conformation in RNA, that is, however, usually found in single short strands in DNA: at high salt concentration or low hydration for specific sequences (homo-purine or pyrimidine segments) when DNA interacts with proteins or RNA

A-DNA RNA

3-endo

Larger and shorter More rigid

Struttura e funzione degli acidi nucleici

alternative helix conf

Z-DNA
Only in DNA, for alternate purinepirimidine seq Long and thin Zig-zag backbone Alternate exo-endo C2 Alternate syn-anti orientation of bases

Triple helices

Hoogsten WC

DNA, RNA and hybrid RNA-DNA A-like conformation Stabilized by WC and Hoogsten pairing

Quadruplexes
DNA, RNA and hybrid RNA-DNA Short helix segments or junctions Stabilized by Hoogsten pairing

Struttura e funzione degli acidi nucleici

Summary of helix geometries
Senso dell'elica Unit ripetuta Conformazione dello zucchero Orientazione delle basi Rotazione/bp bp medie/giro Inclinazione delle bp rispetto all'asse Passo/bp lungo l'asse Passo/giro d'elica Propeller twist medio Diametro Lunghezza di persistenza A-DNA destrorso 1 bp C3-endo anti 33.6 10.7 +19 2.3 24.6 +18 25.5 ~60 nm B-DNA destrorso 1 bp C2-endo anti 35.9 10.0 -1.2 3.32 33.2 +16 23.7 ~50 nm Z-DNA sinistrorso 2 bp Pirimidine C2'-endo Purine C2'-exo Pirimidine: ant i Purine: sy n -60/2bp 12 -9 3.8 45.6 0 18.4

Persistence length = measure of the stiffness

< tx " tx+ l > x =< cos# > x = exp($ l / P )

tx

tx + l

Other helix conformations are possible, but rare C, D, E, H, L, S, P -DNA Their stability depends on the ! enviroment conditions and on the composition

Struttura e funzione degli acidi nucleici

Double helix stability

Variazione dellenergia libera di Gibbs per separazione dellelica (denaturazione)

entalpia intrinseca

"G = "H # T"S = 0

entalpia entropia

Temperatura di denaturazione

"H "H 0 Tm = = 0 "S "S + R ln(Ct ) + A

entropia intrinseca Correzione per lautocomplementariet Variazione di entropia dovuta alla concentrazione

Nel modello primi vicini S0 e H0 vengono calcolati assumendo che i contributi dei singoli nucleotidi aggiunti alla catena siano semplicemente additivi e quindi dipendono dal numero e tipo di coppie di basi nCG nTA I parametri delle funzioni "H ( nCG , nTA ) e "S ( nCG , nTA ) sono determinati sperimentalmente per DNA e RNA La temperatura di denaturazione pu essere calcolata per DNA e RNA di diverse ! ! lunghezze e composizioni e in funzione della concentrazione
0 0

Struttura e funzione degli acidi nucleici

Esa-nucleotide 20-nucleotide 500-nucleotide
RNA DNA formula esatta DNA formula semplificata Formula per DNA semplificata (per catene lunghe)

Tm = 81.5 + 41( nCG / n ) " 500 / n + 16.6log( M ) n = nCG + nTA

Ionic strength correction

! !

Tm aumenta con laumento della percentuale di coppie CG il legame CG pi forte del T(U)A, la differenza dovuta al legame H in pi A parit di composizione, Tm maggiore per catene pi lunghe la denaturazione un processo cooperativo favorito dalla presenza di estremit libere A parit di composizione, Tm maggiore per RNA; inoltre RNA pi rigido la struttura 3D di RNA pi stabile di quella di DNA, in accordo con il fatto che RNA ha pi spesso ruoli strutturali e funzionali di DNA Invece, la doppia elica di DNA pi propensa alla separazione in singoli filamenti, fatto necessario per nei processi di replicazione

Struttura e funzione degli acidi nucleici Other sec structures DNA only and rarely the quadruple junctions RNA all possible, and frequent
bulges

hairpin

single strand

Internal loops

junctions (even quintuples)

Struttura e funzione degli acidi nucleici

Tertiary structures: DNA supercoiling

Twist T Writhe W = torsion around the axis = contorsion of the axis

T and W both contribute to the global torsional stress of the molecule (linking number) L=T+W

Struttura e funzione degli acidi nucleici Supercoling nei plasmidi

Plasmidi = tratti di DNA, solitamente circolare, estracromosomici, capaci di replicazione autonoma, presenti in batteri e animali superiori, codificanti proteine con varie funzioni, solitamente difensive Nel DNA circolare L=T+W un invariante topologico (costante) se T rilassa verso il valore per una struttura non ritorta, lasse deve attorcigliarsi (W cresce) supercoiling Ma anche nel DNA non circolare, le estremit sono di solito fissate L=T+W=cost Il supercoiling uniformemente diffuso. Ad esempio, nella cromatina responsabile dell struttura solenoidale

Struttura e funzione degli acidi nucleici Superhelical density

Superhelical density

" = #L / L0

"L = L # L0
unstressed value

L=linking number = global number of turns

" # $0.06 !

The superhelical density assumes a universal value in plasmids and in both eukaryotic and procariotic chromosomes !have some functional property This value has to and transcription

Negative supercoiling favors denaturation

F. Trovato et al 2008

Struttura e funzione degli acidi nucleici

Why =-0.06?

Supercoiling (positive or negative) is necessary for DNA compaction A positive value of supercoiling stabilizes the double helix A slightly negative value of the super-helical density favors the double helix separation balance between compaction and metastability of the double helix to aid the polymerases action during transcription =-0.06 is maintained by topoisomerases, that break and rebuild the double helix when there is excess torsional stress

Struttura e funzione degli acidi nucleici

RNA tertiary structure

Secondary structure motifs (double helices, hairpin bulges, single strands) are coupled by WC or non-WC base pairing

pseudoknot

kissing loops kissing hairpins

knot

and fold in a stable and specific 3D shape RNA Stable shape makes possible specific functionality recognition catalysis regulation DNA Rather fluctuating tertiary structure Weak negative supercoiling Delicate balance to maintain the double helix weakly metastable and favor the strand separation

Struttura e funzione degli acidi nucleici

DNA replication

DNA double strands separate in single strands Each single strand can be duplicated (replication) in a complementary strand

Struttura e funzione degli acidi nucleici

Espressione del DNA

1.Trascrizione (transcription) La RNA-polimerasi svolge e separa il DNA e copia uno degli strand (template, -senso) in RNA messaggero (mRNA) tramite complementariet WC mRNA uguale allaltro strand (il codificante, +senso) apparte la sostituzione UT Da ogni gene viene prodotto un singolo tratto di mRNA 2. Traduzione (translation) Dopo uneventuale maturazione (solo negli eucarioti) lmRNA viene letto e decodificato dal Ribosoma, che procede anche alla sintesi della catena proteica Nel processo di traduzione sono coinvolti diversi tipi di RNA mRNA: lungo singolo strand destrutturato che porta linformazione genetica tRNA (transfer RNA) piccolo strand strutturato che porta legato ad una estremit un amminoacido rRNA (RNA ribosomiale) che insieme a catene proteiche fa parte del ribosoma stesso e ha ruoli funzionali

Struttura e funzione degli acidi nucleici

The ribosome

Large subunit

Small subunit

Struttura e funzione degli acidi nucleici

Tertiary structures: tRNA

amino-acid
binding site

tRNA

anticodon
5 codon 3

mRNA

ribosome

Codon= codifying triplet in mRNA Anticodon= complementary de-codifying triplet in tRNA The tRNA binds the codon at one side and the amino-acid at the other side tRNA is the decoding key of the genetic code (correspondence between base triplets and amino-acids)

Struttura e funzione degli acidi nucleici

Ribozymes

HDV ribozyme

hairpin hammerhead
Function: (self-catalytic) sequence-specific breaking of the phosphodiester bond by isomerization, not hydrolysis Occurrence: in virus, viroids, satellites

Struttura e funzione degli acidi nucleici Self-splicing intron

Present in pre-mRNA self catalytically separates its own exons

Ribonuclease P maturates the precursor of tRNA

In order to solve their functions, functional RNAs must have a well defined 3D structure

Struttura e funzione degli acidi nucleici Quaternary structure Ribosome RNA (rRNA)

Struttura e funzione degli acidi nucleici

The ribosome quaternary structure

Size: About 25 nm ~ 50 chains (proteins or nucleic acids)

Struttura e funzione degli acidi nucleici Nucleosomes and chromatin Compaction occurs through a hierarchical organization

Struttura e funzione degli acidi nucleici Chromatin compaction-decompaction

Chromatin is usually compacted in chromosomes But needs to be sparse in the nucleus for the DNA duplication to take place

The compacted/sparse transition is regulated by the histones The long histone tails are chemically transformed (acetylated, methylated ) by specific environmental signals The histones change their structure/properties and induce DNA winding-unwinding The chromatine change its compaction state

Struttura e funzione degli acidi nucleici

Riassunto delle differenze tra DNA e RNA

DNA
Meccanismi di stabilit-degradazione Denaturazione Scarsa propensione allidrolisi della catena Propensione a subire danni dai raggi UV Temperatura di denaturazione tra 30 e 110 gradi, dipendentemente da lunghezza e composizione Fosfato + desossiribosio + base azotata Adenina Guanina Timina Citosina Catene molto lunghe, mediamente intorno ai 100 milioni di bp (~3 cm) Principalmente accoppiamenti WC Zucchero in conformazione C2-endo (in BDNA) oppure in C3-endo (in ADNA) Conformazione principale: B-DNA A bassa idratazione: A-DNA Raramente, Z-DNA ~50nm

RNA
Alta propensione allidrolisi della catena Suscettibilit di mutazione di C in U con formazioni di wooble pairs A parit di lunghezza e composizione, temperatura di denaturazione mediamente pi alta di circa 10 gradi Fosfato + ribosio + base azotata Adenina Guanina Uracile Citosina Inosina Catene relativamente corte, mediamente 20 -100 nucleotidi Accoppiamenti WC, wooble pairs, accoppiamenti di Hoogsten Zucchero in conformazione esclusivamente C3-endo solo A-RNA ~60nm

Nucleotidi Basi Struttura primaria Tipo di accoppiamenti tra basi Conformazione del backbone Eliche Lunghezza di persistenza Altri tipi di struttura secondaria

Piccoli tratti di triple o quadruple eliche Tratti di elica disaccoppiata, hairpins, Giunzioni di Hoilyday bulges, internal loops, giunzioni

Struttura e funzione degli acidi nucleici DNA

Struttura terziaria Superavvolgimenti

RNA
Accoppiamenti estesi tra strutture secondarie tramite base pairing, knot e pseudoknot, eliche triple, accoppiamenti paralleli tra eliche. Ribosomi, mRNA, tRNA, ribozimi e altri tipi di RNA funzionale. RNA ribosomiale (rRNA). RNA codificante in virus Conservazione e trasmissione dellinformazione in alcuni virus. Trasporto dellinformazione allinterno della cellula (mRNA, tRNA). Ruoli funzionali nella duplicazione, trascrizione, traduzione del DNA o di RNA codificante, ruoli enzimatici (ribozimi) o altri ruoli funzionali

Struttura quaternaria Tipi principaliorganizzazione Funzioni

Nucleosomi, DNA codificante (e non)costituente il genoma, organizzato in cromosomi o plasmidi Conservazione e trasmissione dellinformazione genetica Ruoli strutturali (centromeri, telomeri)

lRNA forma strutture terziarie e quaternarie pi stabili che DNA adatto anche per ruoli funzionali e strutturali Il DNA non ha strutture terziarie ben definite, ma ha catene molto pi lunghe e la doppia elica facilmente denaturabile ottimizzato per mantenere e trasmenttere correttamente linformazione genetica possibile che i primi sistemi autoreplicanti fossero basati solo su RNA, che ricopriva ruoli energetici, funzionali e di conservazione e trasmissione dellinformazione Il DNA sarebbe successivamente evoluto dallRNA per migliorare le prestazioni relative al mantenimento e trasmissione dellinformazione Le proteine sarebbero successivamente comparse come strumenti alternativi ottimizzati per i compiti strutturali e funzionali Altre molecole senza capacit informative si sarebbero specializzate in ruoli energetici e strutturali

Struttura e funzione degli acidi nucleici

DNA and RNA nanostructures

Self-assembly (WC pairing recognition) Modularity Nanobioelectronics, structural biosynthesis, nanostructuristics

Struttura e funzione degli acidi nucleici

DNA
based on a few struct motifs

RNA
more natural structural motifs

Struttura e funzione degli acidi nucleici