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INTERAZIONI TRA ACIDI NUCLEICI E PROTEINE

QUALI CARATTERISTICHE VENGONO RICONOSCIUTE?


Gruppi chimici delle basi azotate nei solchi INTERAZIONI CHE DIPENDONO DALLA SEQUENZA DI BASI

Scheletro zucchero-fosfato INTERAZIONI CHE NON DIPENDONO DALLA SEQUENZA DI BASI

LE PROTEINE CHE RICONOSCONO IL DNA POSSONO ESSERE CLASSIFICATE IN DUE GRUPPI: Riconoscimento sequenza-indipendente !Esempi:istoni, enzimi replicazione Riconoscimento sequenza-dipendente !Esempi: fattori di trascrizione, enzimi di restrizione

GLI ISTONI SONO PROTEINE COINVOLTE NELLA CONDENSAZIONE DEL DNA

ISTONI proteine basiche ed evolutivamente conservate


H1 H2A H2B H3 H4
N

Ottamero di istoni

H3
elica variabile

H4

H2A
conservato

H2B

IL DNA SI AVVOLGE INTORNO ALLOTTAMERO DI ISTONI (NUCLEOSOMA)

IL TRATTO DI DNA CHE AVVOLGE LOTTAMERO E LUNGO 146 NUCLEOTIDI

I LEGAMI TRA ISTONI E DNA: -LEGAMI AD IDROGENO -PONTI SALINI

LA DOPPIA ELICA E DISTORTA: 9.4-10.9 BASI PER GIRO (MEDIA 10.2 vs 10.4)

CODE ISTONICHE mediano interazioni con altre proteine regolatrici

Le code degli istoni possono essere modificate covalentemente


Modificazioni istoniche note e ben caratterizzate sono: metilazione acetilazione ADP ribosilazione ubiquitinazione fosforilazione

Lenzima Istone Acetiltransferasi modifica residui di lisina degli istoni

LA METILAZIONE DEL DNA E LE MODIFICAZIONI DEGLI ISTONI INFLUENZANO IL FENOTIPO

MECCANISMO GENETICO

Caratteri ereditari che risultano da cambi nella sequenza del DNA

MECCANISMO EPIGENETICO

Caratteri ereditari che non dipendono dalla sequenza del DNA

GLI ENZIMI DELLA REPLICAZIONE

La DNA polimerasi III (batterica) ha una velocit di sintesi di circa 1000 nucleotidi al secondo. Questo enzima ha una elevata processivit (pu catalizzare molte reazioni senza rilasciare il substrato) Quindi lenzima: -!Rimane associato al DNA -!Scorre velocemente lungo la doppia elica -!(100 giri/secondo= circa 1000nt/sec)

Oloenzima DNA polimerasi III (10 subunit-900 kDa) La subunit beta (dimero) consente lo scorrimento della DNA polimerasi

La subunit beta scorre sul DNA grazie alla sua struttura ed al tipo di interazioni che stabilisce con lacido nucleico INTERAZIONI ELETTROSTATICHE (+/-) NON SPECIFICHE

LE PROTEINE CHE RICONOSCONO IL DNA IN MODO SEQUENZA-DIPENDENTE


IL RICONOSCIMENTO COINVOLGE INTERAZIONI TRA SPECIFICI RESIDUI AMINOACIDICI E LE BASI AZOTATE DELLA SEQUENZA DI RICONOSCIMENTO

1.! Caratteristiche della sequenza di DNA che viene riconosciuta (tagliata). 2.! Caratteristiche della proteina (o sue regioni) che sono coinvolte nel riconoscimento. LA PRESENZA DI QUESTE REGIONI (SU DNA E PROTEINA) PERMETTE DI PREVEDERE LA FUNZIONE Esempi: Regolatori della sintesi degli RNA (fattori di trascrizione) Enzimi di restrizione (endonucleasi)

FATTORI DI TRASCRIZIONE PROTEINE COINVOLTE NELLA REGOLAZIONE DELLA ESPRESSIONE DI SPECIFICI GENI CARATTERISTICHE GENERALI: - RICONOSCONO SEQUENZE SIMMETRICHE (PALINDROMI) PIU O MENO COMPLESSE (CON AFFINITA 4x106 MAGGIORE DI UNA SEQUENZA CASUALE)

Ripetizione inversa: Repressore Lac Ripetizione diretta: Repressore Trp

5- TGT ACTAGT TA ACTAGT AC - 3

- SONO SPESSO OLIGOMERI (DIMERI O TETRAMERI)

IL LEGAME AL DNA PUO ESSERE INDOTTO DAL LEGAME ALLA PROTEINA DI UNA MOLECOLA REGOLATIVA

I FATTORI DI TRASCRIZIONE PROCARIOTICI CONTENGONO SPESSO UN MOTIVO STRUTTURALE DI RICONOSCIMENTO DEL TIPO ELICA-GIRO-ELICA

SI FORMANO INTERAZIONI MOLTO SPECIFICHE

Fattori di trascrizione eucariotici


- oncogeni trasformanti (myc, jun, fos possiedono un dominio leucine zipper)

- recettori degli steroidi (possiedono domini di tipo zinc fingers)

DOMINI A CERNIERA DI LEUCINE

(Gcn4, CREB/ATF, C/EBP, AP1 (Jun-Fos))! Regione ad ! elica costituita da:! dominio N-terminale basico che afferra il DNA a 2
scanalature principali adiacenti ! dominio C-terminale di dimerizzazione con almeno 5 ripetizioni di Leucine (aa idrofobici) ogni 7 aa!

La dimerizzazione avviene tramite interazioni idrofobiche tra le 2 regioni della cerniera di leucine, formando una struttura coiled-coil! Possono legare al DNA sia come omodimeri che come eterodimeri!
INTERAZIONI IDROFOBICHE

I recettori degli ormoni steroidei e tiroidei si trovano nel nucleo e sono dei fattori di trascrizione

DOMINI A DITA DI ZINCO

Recettori degli ormoni steroidei e tiroidei

DNA LIGANDO

Gli enzimi di restrizione tagliano il DNA a livello di speciche sequenze"

Figure 7-5a!

GLI ENZIMI DI RESTRIZIONE CATALIZZANO LIDROLISI DEL LEGAME FOSFODIESTERE

INTERMEDIO COVALENTE IDROLISI DIRETTA

GLI ENZIMI DI RESTRIZIONE UTILIZZANO METALLI PER LA ROTTURA DEL LEGAME FOSFODIESTERE CATALISI MEDIATA DA METALLI (posizione e aumenta la polarit molecola di acqua)

La metilazione di alcune basi pu# inibire il taglio (resistenza)"

LE METILASI MODIFICANO LE COPPIE C.G SOLO SE LA COPPIA SUL FILAMENTO COMPLEMENTARE E METILATA LO SCHEMA DI METILAZIONE VIENE EREDITATO