Catalizzatori prodotti da cellule viventi ma capaci di

agire indipendentemente da esse

Determinano tutti i processi di degradazione,
sintesi, trasformazione e conservazione
dell’energia nella formazione ed evoluzione della
materia vivente.
Essi si sono evoluti con la funzione di portare
all’equilibrio le reazioni dell’organismo in tempi
brevissimi.
 
Sono PROTEINE spesso associate ad un metallo o
molecola organica

La loro regolazione permette all’organismo di

selezionare, in base alle necessità, quali reazioni
devono essere accelerate, e quali invece rallentate e
bloccate.
Gli enzimi accelerano le reazioni
anche di un milione di volte.
Se non ci fossero gli enzimi la
maggior parte delle reazioni dei
sistemi biologici procederebbe a
velocità non apprezzabili
• Gli enzimi sono altamente
specifici sia nei riguardi della
reazione catalizzata sia nei
riguardi dei substrati
• Esiste in vasto repertorio chimico dei
gruppi funzionali degli aa. Tuttavia essi
spesso non riescono a soddisfare i
fabbisogni chimici della catalisi.
• L’attività catalitica di molti enzimi dipende
dalla presenza di piccole molecole,
chiamate cofattori, il cui ruolo può essere
diverso da enzima ad enzima
• La proteina enzimatica senza il suo
cofattore è detto apoenzima, mentre la sua
forma completa e cataliticamente attiva è
detta oloenzima.
• I cofattori possono essere suddivisi in due
gruppi:
• piccole molecole organiche dette coenzimi
• metalli
 Il ΔG è utile per comprendere il
funzionamento degli enzimi

• L’energia libera (G) è una funzione

termodinamica che rappresenta una misura
dell’energia utile, cioè dell’energia in grado
di compiere un lavoro
 La catalisi chimica

A + B P
Perché una reazione possa avvenire devono essere
soddisfatte alcune condizioni:

La reazione deve essere termodinamicamente

favorevole, cioè l’energia (G) posseduta da P
deve essere inferiore all’energia posseduta da
A (GP-GA= ΔG<0

La molecola A deve superare la barriera

dell’energia di attivazione
• Il ΔG non fornisce informazioni sulla
velocità di reazione.

• ΔG < 0 non significa che la reazione

avviene ad una velocità apprezzabile

• Gli enzimi aumentano la velocità ma non

influenzano la posizione dell’equilibrio
 Energia di attivazione

• La conversione X →→Y
termodinamicamente
favorevole (Y si trova ad
uno stato energetico
inferiore rispetto a X)

• la reazione non avviene se

X non acquisisce
sufficiente energia per
superare la barriera dell’
energia di attivazione
• Enzimi=catalizzatori biologici

• Si combinano transitoriamente col

substrato e ne abbassano l’ energia di
attivazione

• Non variano l’ equilibrio della reazione,

ma aumentano la velocità del
raggiungimento dell’ equilibrio

• Non vengono modificati nella reazione, e

sono subito disponibili per catalizzare
una nuova reazione
 Reversibilità delle reazioni
enzimatiche

L’ enzima favorisce il raggiungimento dell’equilibrio,

quindi catalizza anche la reazione inversa
A B
 Gli enzimi:catalizzatori biologici

La velocità di una
reazione chimica
è indipendente dal
DG ma è
determinata
dall’ampiezza della
barriera dell’energia
di attivazione.
I catalizzatori
aumentano la
velocità di reazione,
abbassando
questa barriera.
 La formazione del complesso enzima-
substrato è la prima tappa nella catalisi
enzimatica

• Il potere catalitico degli enzimi deriva dalla

loro capacità di avvicinare i substrati con un
orientamento favorevole e promuovere la
formazione di stati di transizione
• Gli enzimi formano il complesso enzima-
substrato (ES) in una specifica regione
detta sito attivo
• Nel sito attivo, i substrati possono essere
orientati correttamente o modificati
chimicamente. Ne risulta che il substrato
raggiunge rapidamente il proprio stato di
transizione e quindi la reazione procede.
I gruppi catalitici di E interagendo con S lo
preparano (attivano) alla reazione abbassando Ea.
Tra substrato-enzima si forma il complesso ES la
cui energia di legame serve per:

ridurre l’entropia (avvicinamento e orientamento

substrato)
desolvatare il substrato
indurre binding produttivo o adattamento indotto

Dall’energia del legame E-S dipendono la catalisi

e la specificità.
Il sito attivo di un enzima è la regione a cui si
lega il substrato
E’ costituito da una tasca o fenditura
tridimensionale formata da gruppi che derivano
da parti diverse della sequenza amminoacidica
della proteina
Quasi tutti gli enzimi sono costituiti da più di
100 aa
Il sito attivo occupa una parte relativamente
piccola del volume totale di un enzima
 CATALISI
⇓
legata ai gruppi R degli amminoacidi presenti in
una tasca detta SITO ATTIVO.

E’ fondamentale la conformazione nativa della

proteina per la sua funzione catalitica.
 
DENATURAZIONE ⇒ MODIFICA STRUTTURA
NATIVA ⇒ DISATTIVAZIONE DELL’ENZIMA

 
Il sito attivo
 Interazioni substrato-enzima
Induced fit (adattamento Substrate strain (stiramento del
indotto): La vicinanza del substrato): il substrato
substrato induce la forzato a formare il prodotto in
formazione del sito attivo seguito al cambiamento
conformazionale
Meccanismo catalisi enzimatica
Un enzima complementare al suo
substrato potrebbe essere un
cattivo enzima.
Per poter catalizzare una reazione,
un enzima deve essere
complementare allo stato di
transizione della reazione
 Nomenclatura degli enzimi

Denominazione costituita da 3 parti:

• Nome del substrato

• Nome del coenzima
• Nome della reazione catalizzata + asi
• Esempio: Lattico-NAD-deidrogenasi
 Classificazione internazionale degli
enzimi

• 1 - ossidoreduttasi: reazioni di ossido-riduzione

• 2 - transferasi: trasferimento di gruppi chimici da
una molecola ad un’altra
• 3 - idrolasi: reazioni di idrolisi
• 4 - liasi: reazioni di addizione a doppi legami
• 5 - isomerasi: reazioni di trasformazione di una
molecola nel suo isomero
• 6 - ligasi: reazioni di formazione di nuovi legami
con rottura di ATP in AMP e pirofosfato o ADP e
Pi
 Ordine di reazione

• Primo ordine A P
• v=k[A]1, n=1

• Secondo ordine
• A+B P
• v=k[A]1[B]1, n=2
 Cinetica Enzimatica

La velocità iniziale di una reazione

aumenta quasi linearmente all'aumentare
della concentrazione di substrato.

Vo
La velocità è direttamente
proporzionale alla concentrazione
del substrato e la reazione è di
primo ordine V = k [S]

[S]
 Cinetica Enzimatica

La proporzionalità fra V e [S]

progressivamente diminuisce.
Vmax

V La velocità iniziale
diventa indipendente
dalla [substrato] e la
reazione è di ordine zero
rispetto al substrato.

[S]
• La velocità massima della reazione (Vmax)
si osserva quando tutto l’enzima è presente
sotto forma di complesso ES.
• Questa condizione, però, esiste solo quando
[S] è elevata. L’effetto saturante del
substrato è una proprietà caratteristica degli
enzimi responsabile dell’appiattimento della
curva.
 Il complesso ES è la chiave per comprendere la
cinetica enzimatica
K1
E+S ES
K-1
K2
ES K-2
E +P

La seconda reazione è più lenta e quindi limita la

velocità globale.
In qualsiasi istante l’enzima è presente nella forma libera e
in quella combinata. Quando la [S] è bassa, l’enzima sarà
per lo più nella forma libera. Quindi via via che [S] tende ad
aumentare viene favorita la formazione di ES.
Alla fine

Vmax [S]
Vo =
Km + S

Equazione di Michaelis-Menten
dove: Km rappresenta la costante di Michaelis-
Menten.

La costante di Michaelis-Menten può essere

definita come la concentrazione di substrato alla
quale la velocità della reazione corrisponde al
valore di 1/2Vmax
Andamento cinetico
 KM e Vmax sono importanti
caratteristiche degli enzimi
• Per la maggior parte degli enzimi K M varia
da 10-1 a 10-7
 Che cosa influenza la velocità della reazione?
Pepsina Chimotripsina
Tripsina

TEMPERATURA
Velocità di reazione

pH Velocità di reazione

pH
Andamento variabile con uno o più massimi di attività a diversi pH. A pH estremi:
•si può alterare irreversibilmente la stabilità dell’enzima Temperatura, °C
La velocità
•si può modificare aumenta all’aumentare
la ionizzazione di S influenzandodi T, ma nella
il legame EScatalisi enzimatica un
aumentoladiionizzazione
•si può modificare T può portare
dell’Eadmodificandone
una variazione di conformazione
l’affinità per S con perdita
•si può modificare
conseguente dell’attività
la ionizzazione catalitica. Di
la ionizzazione delsolito si ha ES
complesso un max di attività tra 40°C e
Gli effetti 60°C
2 e 3 influenzano la KM il 4completa
e la denaturazione la Vmax. a 90-95 °C.
Influenza della temperatura
 
 
Lo studio attività/temperatura permette di calcolare dall’equazione di
Arrhenius
K=A e-Ea/RT
dalla cui linearizzazione si possono calcolare:
Ea (molto + basso nelle reazioni enzimaticamente catalizzate)
Q10= coefficiente termico ovvero fattore di cui aumenta la velocità
quando T aumenta di 10°C.
 
Reazioni non catalizzate Q10= 2
Reazioni catalizzate 1<Q10< 2
Influenza del pH
Andamento variabile con uno o più massimi di attività a
diversi pH. A pH estremi:
•si può alterare irreversibilmente la stabilità dell’enzima
•si può modificare la ionizzazione di S influenzando il legame
ES
•si può modificare la ionizzazione dell’E modificandone
l’affinità per S
•si può modificare la ionizzazione la ionizzazione del
complesso ES
Gli effetti 2 e 3 influenzano la KM il 4 la Vmax.
 
Fattori che influenzano la velocità di
reazione
• Temperatura
• pH
• Concentrazione dell’enzima
• Concentrazione del substrato
• Nel caso di enzimi allosterici anche la
presenza di modulatori positivi e negativi
Temperatura
pH
[E]
 [S]

Se mettiamo in grafico V in funzione di [S], troviamo che:

•A bassi valori di [S], la velocità V, aumenta quasi linearmente
con l’aumentare di [S].
•Ma come [S] aumenta, gli aumenti di V diventano via via più
piccoli (iperbole rettangolare).
•L’asintoto rappresenta la velocità massima della reazione,Vmax
•La concentrazione di substrato che produce una V che è la
metà di Vmax è detta costante di Michaelis-Menten, Km.
La maggior parte delle reazioni
chimiche ha più substrati
 SISTEMI MULTIENZIMATICI
Reagiscono in una serie consecutiva di
reazioni in cui P diventa S della reazione
successiva (azione concertata da 2 a 20 E di
reazioni in sequenza).
 GLI ENZIMI REGOLATORI

modulazione dell’attività

quantità di proteina enzimatica

regolazione
 ENZIMI REGOLATORI
• Gli enzimi regolatori sono capaci di modulare la
attività catalitica in risposta di certi segnali. Nei
metabolismi possono lavorare insieme in modo
sequenziale, ma almeno uno determina la velocità
complessiva catalizzando la reazione più lenta
(enzima regolatore).
• In molti sistemi multienzimatici il I enzima di ogni
sequenza è un enzima regolatore.
Vi sono due classi di enzimi regolatori:
Enzimi allosterici che agiscono mediante il
legame reversibile di un metabolita
chiamato modulatore
• Enzimi regolati mediante modificazioni
covalenti reversibili
• Queste due classi di enzimi sono proteine a
struttura quaternaria che spesso non hanno
sulla stessa subunità sito attivo e sito
regolatore.
• Quando il substrato si comporta da
modulatore l’enzima è detto omotropico
• se si tratta di molecola diversa eterotropico