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INTERAZIONI INTERMOLECOLARI

NELLE PROTEINE
1
RICHIAMI DI TERMODINAMICA
2 Entalpia
E t l i
Entropia
Energia
g Libera di Gibbs
ENERGIA INTERNA (U)
| Lenergia interna riassume tutti i contributi
cinetici e potenziali dellenergia di tutti gli atomi,
ioni e molecole costituenti il sistema: llenergia
energia
totale macroscopica del sistema
| U non pu essere misurata,
misurata ma possono essere
misurate le sue variazioni
| U
U= w + q
| Dove w=energia fornita al sistema come lavoro e
q g fornita al sistema come calore
q= energia
| Primo principio:

Lenergia
g interna di un sistema isolato costante 3
ENTALPIA (H)
| Definizione formale di entalpia

| H=U + pV
dove U l'energia interna del sistema, p la sua pressione e V il suo volume. L'entalpia risulta pertanto una
grandezza termodinamica estensiva.

| Nel caso, che capita molto spesso di studiare in chimica, di trasformazioni a pressione costante, la
variazione di entalpia corrisponde esattamente alla variazione di calore:

| H= Q

| Endotermica aumento entalpia


| Esotermica diminuzione entalpia

| Entalpia di reazione: variazione di entalpia che accompagna una reazione quale specificata dalla
equazione chimica associata quantit di calore assorbito o ceduto nel corso della reazione
| Entalpia standard di reazione (Ho)entalpia relativa alla trasformazione dei reagenti considerati nei
rispettivi stati standard in prodotti considerati nei loro rispettivi stati standard
| p in condizioni standard biologiche
H = entalpia g

| La legge di Hess stabilisce che in una reazione chimica, l'effetto termico a pressione costante
indipendente dagli stati intermedi attraverso i quali si evolve il sistema e dipende solo dal suo stato iniziale
e finale.
| In altre parole ci significa che la variazione di entalpia di una reazione che pu essere scomposta 4
idealmente in pi reazioni parziali pari alla somma algebrica delle variazioni di entalpia dei singoli stadi.
ENTROPIA (S)
| S= Qrev/T
| La variazione di entropia di una sostanza (S) eguaglia il calore ad esso
trasferito reversibilmente, diviso per la temperatura (inscala Kelvin) alla quale
il trasferimento di calore ha avuto luogo
| Il ttrasferimento
f i t reversibile
ibil quando
d avviene
i ttra un ambiente
bi t e un sistema
i t h
che
hanno una idfferenza di T infinitesima. Altrimenti la trasformazione diventa
irreversibile (con formazioni di punti caldi che disperdono il calore e
aumentano lentropia del sistema) e lequazione diventa:
| S> Qirrev/T

| Maggiore lenergia trasferita come calore, pi viene stimolato il moto caotico.


Maggiore risulta laumento di entropia

| Secondo principio:
Nel corso di una trasformazione spontanea lentropia di un sistema isolato
aumenta.

| Entropia standard di reazione: il So la differenza tra lentropia standard dei


prodotti e quella dei reagenti.
5
PROCESSI SPONTANEI
L O2 e L
LO LH
H2 in stato gassoso reagiscono spontaneamente e violentemente
a temperatura ambiente con la formazione di H2O, eppure si passa da
uno stato pi disordinato a uno pi ordinato, con una variazione di
entalpia molto negativa.

Questo non va contro il secondo principio?

Bisogna considerare
Bi id la
l variazione
i i di entropia
t i di ttutto
tt il sistema,
i t d
dato
t
che il processo passa del calore allambiente in cui viene disperso con un
aumento di entropia molto maggiore della diminuzione di entalpia

Laumento di entropia (a temperatura e pressioni costanti) dato da:


Sambiente= Qrev/T -H/T essendo -H=Qrev (calore trasferito allambiente)

La variazione totale di entropia che accompagna un qualunque processo


:
Stotale= Sprocesso+ Sambiente Stotale= Sprocesso - H/T
6
TStotale= TSprocesso - H
ENERGIA LIBERA DI GIBBS (G)
Definiamo
D fi i lenergia
l i libera
lib di Gibbs
Gibb come
G = H TS
l sua variazione
E la i i t t
a temperatura t t sar:
costante
G= H TS
E di conseguenza a T e p costanti:
G= -TStotale

Perch un processo sia spontaneo deve avvenire con


S>0 cio con G<0

Lenergia libera esprime la variazione di


entropia totale del processo e dell
dellambiente
ambiente 7
PROCESSI SPONTANEI
| Una reazione spontanea se:
y Reazione esotermica:
ti e S negativa
H negativa ti
y Reazione endotermica:
H positiva ma TS sufficientemente grande e positivo.
A determinate temperature anche le reazioni endotermiche
possono diventare spontanee.
La temperatura minima necessaria perch ci avvenga :
G= H- TS=0 T= H/ S

8
TIPI DI INTERAZIONI
INTERMOLECOLARI
9
TIPI DI INTERAZIONI
| Legamii covalenti
L l ti
| Legame ionico
L
| Legami i a idrogeno
id
| Interazioni dipolo-dipolo
| Interazioni idrofobiche
| Interazioni di Wan del Walls

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LEGAME COVALENTE
| Energia: G da -40 a -110 Kcal/mole

| Ponte disolfuro
y S-H + H-S S-S

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LEGAME IONICO
| Energia: G da -5 a -10 Kcal/mole

| Avviene tra due atomi aventi una carica netta

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INTERAZIONI
IONE-DIPOLO E DIPOLO-DIPOLO

| Energia: G da -1 a -7 Kcal/mole
| N, O e S sono pi elettronegativi del C

| I legami C-X (dove X un atomo fortemente


elettronegativo) sono dei dipoli
| I dipoli
di li possono essere attrattii da
d altri
l i dipoli
di li o da
d
ioni carichi

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LEGAME A IDROGENO
| Energia: G da -3 a -5 Kcal/mole
| un tipo particolare di interazione dipolo-dipolo

| Avviene tra un gruppo A-H e un atomo B (dove A


e B sono due atomi fortemente elettronegativi)
avente una coppia di elettroni di non legame.
legame

| un llegame altamente
lt t di
direzionale
i l

| A-H
A H + :BB A-----H-----B
A H B
| Se A e B hanno la stessa elettronegativit il
protone in comune tra i due 14
LEGAME A IDROGENO
| Gli atomi elettronegativi che si trovano nelle
catene proteiche sono N, O e S.

| Tutti gli aminoacidi possono formare legami a


idrogeno con gli atomi che formano il backbone

| Aminoacidi
A i idi che
h formano
f llegamii a idrogeno
id con la
l
catena laterale:
y Arg,
Arg Lys,
Lys Cys,
Cys Asp,
Asp Glu,
Glu Met,
Met Thr,
Thr Tyr,
Tyr Asn e Gln

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FORZE DI VAN DER WALLS
| Energia: G circa -0,5 Kcal/mole

| Deboli forze universali che diventano


significative se c uno stretto contatto tra due
molecole

| Se lla di
S distanza
t sufficientemente
ffi i t t bassa
b i dipoli
di li
temporanei di una molecola inducono dipoli
contrari nellaltra
nell altra molecola da cui deriva una
debole attrazione
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INTERAZIONI IDROFOBICHE
(CONTRIBUTO ENTROPICO)

| Energia: G da -0,7 a -1 Kcal/mole

| Gruppi lipofili in soluzione acquosa tendono a


nascondersi
d i all solvente
l polare.
l

| Il guadagno di energia liber dato dallaumento


di entropia delle molecole di acqua circostanti.

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FOLDING
18
LEGAMI

| Tre tipi di legami sono importanti per la


formazione della struttura terziaria della
proteina:
y Legami a idrogeno
y Legami ionici
y Ponti disolfuro

19
LEGAMI A IDROGENO
| Il 90% dei gruppi C=O e N-H del backbone forma
legami a idrogeno
| I gruppii N-H
N H formano
f llegamii singoli,
i li mentre
t il
35% dei gruppi C=O pu essere coinvolto in due o
tre legami a idrogeno
| Molti di questi legami a idrogeno (50% dei CO e
30% dei NH) sono formati con llacqua
acqua
| Lacqua una parte fondamentale della struttura
della p
proteina,, p g
potendo fungere sia da accettore
che da donatore di legami a H, fa spesso da
ponte.
20
LEGAMI IONICI
| Si formano tra coppie ioniche

| A causa del momento di dipolo Asp e Glu si


legano con lN-ter delle alfa eliche, mentre Lys e
Arg con il C-ter
C ter

| Distanza:
Di t circa
i 5.0
50
| Energia: 5-10 Kcal/mol

21
LEGAME DISOLFURO
| Avviene tra due cisteine.

| La distanza del legame S-S 2.07 contro gli


1.55 del C-C

22
SPIEGAZIONE STRUTTURA COMPATTA
| Nessuno di questi tre tipi di legame pu spiegare
la formazione della struttura compatta delle
proteine
proteine.

y Legami disolfuro non sempre presenti


y Legami ionici, non sono conservati evolutivamente e
sono pochi: in media 5 ogni 150 residui
y Legami a Idrogeno: per formare dei legami idrogeno
tra due residui della proteina si devono rompere
quelli formati tra la proteina in struttura primaria e
lacqua. Nella migliore delle ipotesi il numero totale
di legami non cambia
23
| Il folding guidato dalleffetto idrofobico che
porta a nascondere i residui idrofobici allinterno
proteina Il peso da pagare in termini di
della proteina.
entalpia la desolvatazione dei residui polari.
Per qquesto motivo ggran pparte dei residui forma
legami a idrogeno nel backbone.

24
STRUTTURA DELLE PROTEINE
25
AMINOACIDI E STRUTTURA
PRIMARIA
26
ALFA-AMINOACIDI

27
TIPI DI AMINOACIDI

28
LEGAME PEPTIDICO

Formazione Angoli di rotazione

29
RAMACHANDRAN PLOT

Psi ( )

La glicina pu
assumere pi
angoli di
rotazione degli
altri 30

Phi ( )
LIVELLI DI STRUTTURA

Primaria

Secondaria

Terziaria

Quaternaria
31
EFFETTO IDROFOBICO
| La fforza che
L h guida
id il ffolding
ldi lleffetto
ff tt id
idrofobico
f bi
| Core idrofobico
| Superficie idrofilica

32
STRUTTURA SECONDARIA
33 Alfa-Eliche
Alf Eli h e Foglietti-Beta
F li tti B t
FORMAZIONE DELLE STRUTTURE
SECONDARIE

| Il backbone polare anche se i residui sono


idrofobici

| Formazione di legami a idrogeno tra i gruppi


C=O e N-H
N H dei legami peptidici

| F
Formazione
i di strutture
t tt secondarie.
d i

34
ALFA-ELICHE

35
MOMENTO DIPOLARE ALFA-ELICHE

36
AMINOACIDI PREFERITI
| Alcuni aminoacidi hanno una leggera preferenza
a trovarsi in alfa-eliche:
y Al Glu,
Ala, Gl Leu,
L M t
Met

| Altri vi si ritrovano meno spesso


y Pro, Gly, Tyr, Ser

37
FOGLIETTI BETA
| Ogni strand lungo da 5 a 10 residui in
configurazione estesa

| Gli angoli phi e psi sono nel quadrante in alto a


sinistra

| T tipi:
Tre ti i
y Paralleli
y Antiparalleli
y Misti

38
FOGLIETTI BETA PARALLELI

39
FOGLIETTI BETA ANTIPARALLELI

40
FOGLIETTI BETA MISTI

41
REGIONI DI LOOP
| I motivi sono formati dallunione di pi strutture
secondarie, connesse tra loro da loop
l
| I loop h
non hanno t tt
una struttura d fi it e il loro
definita l
backbone esposto al solvente e libero di formare
legami a idrogeno con il solvente
| Contengono maggiormente residui carichi o
polari
| Sono evolutivamente meno stabili che le regioni
g
organizzate in strutture secondarie
| In natura assumono un numero definito di
strutture 42
| Loop molto lunghi sono in genere molto flessibili
HAIRPIN LOOP
| Le regioni di loop che connettono due filamenti
beta adiacenti sono chiamati Hairpin loop
S
| Sono lt brevi
spesso molto b i edd assumono delle
d ll
strutture caratteristiche

43
STRUTTURA TERZIARIA
44 Motivi,
M ti i Domini
D i i e Fold
F ld
DOMINI
| Lunit fondamentale della struttura terziaria
il dominio
D fi i i
| Definizione di d i i catena
dominio: t li tidi o
polipeptidica
parte di una catena polipeptidica che in grado
di assumere indipendentemente una struttura
terziaria stabile
| Le proteine possono essere formate da un solo
dominio o da molti domini.
| La distinzione tra dominio e subunit effimera:
y In alcuni organismi una funzione espressa da pi
catene polipeptidiche in altri una catena unica
f
formata
t d
da pi
i d
domini
i i 45
I QUATTRO DOMINI DI SRC

46
I DOMINI SONO COMPOSTI DA MOTIVI DI
STRUTTURE SECONDARIE

| Motivi: combinazioni di strutture secondarie

| I domini sono formati da diverse combinazioni di


strutture secondarie e motivi

| Il numero totale di fold esistenti in natura


stimato
ti t nellordine
ll di di 1000

| Proteine,
P t i o domini
d i i che
h hanno
h una sequenza
identica per almeno il 30% hanno lo stesso fold
47
3 CLASSI PRINCIPALI DI STRUTTURE
PROTEICHE
| Alf
Alfa
y Il core della proteina costituito esclusivamente da alfa-eliche
| Beta
y d ll proteina
Il core della t i costituito
tit it da
d ffoglietti
li tti b t antiparalleli.
beta ti ll li
Generalmente sono presenti due foglietti disposti luno contro
laltro.
| Alfa/Beta
y Sono formate dalla combinazione di motivi alfa-beta-alfa. In
generale presente un foglietto beta parallelo circondato da
alfa-eliche

48
CLASSI MINORI
| Alfa + Beta
y Combinazioni discrete di motivi alfa e beta. Formano
un foglietto antiparallelo da una parte e le alfa eliche
si raggruppano dallaltra
| Metalloproteine
p p
proteine con molti p
ponti disolfuro
y Sono versioni distorte di proteine a struttura pi
regolare, la struttura fortemente influenzata dalla
presenza di atomi
t i metallici
t lli i e ponti
ti disolfuro.
di lf

49
STRUTTURE A DOMINI ALFA
50
COILED COILS
| un motivo strutturale
| Ripetizioni eptadi

| Effetto idrofobico

| Ponti salini

51
COILED COILS
| Posssono essere lunghe anche centinaia di residui
in proteine filamentose
it
| Si ritrovano h con una lunghezza
anche, l h i
minore,
come motivo di dimerizzazione nei fattori di
trascrizione: leucine
leucine-zipper
zipper

52
FOUR ELIX BOUNDLE
| il dominio
d i i ad d alfa-
lf
eliche pi semplice e
pi diffuso
p so
| Le catene laterali
idrofobiche sono
allinterno
lli delle
d ll
quattro eliche.
Limpaccamento
L impaccamento
molto stretto e quindi
questa regione non
accessibile all acqua
allacqua
| Le catene idrofiliche
sono invece esposte 53
al solvente
FOUR ELIX BOUNDLE

54

Antiparallele Coppie parallele


Mioglobina
FOLD GLOBINICO
| Bundle di 8 alfa-
eliche connesse tra
loro da brevi loop
| Non costituito da
unit pi semplici

55
EMOGLOBINA

56
STRUTTURE A DOMINI ALFA/
BETA
57
ALFA/BETA
| la
l classe
l strutturale
t tt l pi
i rappresentata
t t
| Consiste di un foglietto-beta parallelo (o misto)
interno circondato da alfa-eliche
| Tutti gli enzimi della glicolisi appartengono a questa
classe
| Sono formati dal susseguirsi
g di motivi beta-alfa-beta

| 3 classi principali:
y TIM barrel
y Rossman Fold 58
y Horseshoe fold
TIM BARREL
| Core formato
f da un Beta-
barrel di filamenti paralleli
y Sono necessari almeno 5
filamenti per fare un barrel,
in genere se ne osservano 8
y Linterno
L interno del barile
completamente schermato dal
solvete
| Le eliche che connettono i
filamenti sono allesterno
y Le interazioni eliche-foglietti
eliche foglietti
sono con residui idrofobici
y I residui esterni delle eliche
sono id
idrofilici
fili i 59
ROSSMAN FOLD
| Foglietto-beta
parallelo aperto
Ci d d t d
| Cirdondato lf
da alfa-
eliche da su entrambi
i lati
| Formazione di una
fessura nella porzione
C-ter del foglietto-beta
y In questa fessura
spesso si ritrova il sito
attivo dellenzima
60
HORSESHOE FOLD
| Formato da leucine-rich
motifs:
y R i i di 20
Regioni 30 residui
20-30 id i che
h
formano un motivo beta-loop-
alfa stabilizzato dal core
idrofobico formato dalle
leucine
| Formaziozione di un
foglietto-beta ripiegato
| Alfa eliche allesterno
all esterno

61
STRUTTURE A DOMINI BETA
62
DOMINI BETA
| Formati da foglietti beta con un numero di
filamenti variabile tra 4 e pi di 10
G l
| Generalmente t sono arrangiati
i ti in
i modod
antiparallelo
| Sono formati da due foglietti disposti uno di
fronte allaltro che interagiscono tra loro con
catene idrofobiche creando un core non
accessibile al solvente
g
| I foglietti p g
sono ripiegati g
e insieme i due foglietti
formano una struttura simile a un barile
| I residui esterni dei foglietti e il loop formano la
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zona che interagisce con il solvente
MOTIVI
| Data la quantit di filamenti, il numero di
topologie teoricamente possibile per i foglietti-
beta antiparalleli enorme
| Tuttavia in natura se ne ritrova un numero molto
pi esiguo

| Tre motivi principali:


y Up-and-down barrel
y Greek key
y Jerry roll barrel

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UP-AND-DOWN BARREL
| Topologia semplice:
y Serie di filamenti
antiparalleli connessi
da hairpin
| Residui interni
idrofobici
| Residui esterni
idrofilici

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RETINOL BINDING PROTEIN - HUMAN

66
GREEK KEY
| il motivo pi comune trovato nei beta barrel
| Prima si forma un lungo filamento antiparallelo, che
poii sii arrangia
i nella
ll struttura
t tt fi l
finale
| Un loop per ogni motivo attraversa il barrel

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GAMMA-CRYSTALLIN

68
FOLD IMMUNOGLOBULINICO

69
JELLY ROLL
| Motivo molto comune
| I loop attraversano il
b
barrell quattro
tt volte:
lt
y 2 sopra
y 2 sotto

70
TESTA DELLEMOAGGLUTININA

71
PROTEINE TRANSMEMBRANA
72
TIPI DI PROTEINE

73
SEVEN MEMBRANE-SPANNING PROTEINS
| Recettore associato a proteine G

74
PORINE (ALL-BETA)

75