4.

#
Ciclo#dellacido#citrico#
#

Gianfranco#Gilardi#2#Chimica#Biologica# 1#
Gianfranco#Gilardi#2#Chimica#Biologica# 2#
 Conce9o#biochimico#di#
respirazione#
In#senso#siologico#il#termine#respirazione#si#
riferisce#allassunzione#di#O2#e#al#rilascio#di#CO2#da#
parte#di#organismi#mulDcellulari#
In#senso#biochimico##la#respirazione##quella#serie#
di#reazioni#che#portano#al#consumo#O2#e#al#rilascio#
CO2#nella#cellula##
La#respirazione#cellulare#avviene#in#3#fasi:#
1. Nella#prima#fase,#molecole#organiche#quali#alcuni#aa,#acidi#
grassi#e#glucosio#vengono#ossidate#a#frammenD#di#2#atomi#
di#carbonio,#il#gr.#aceDle#inserito#nellaceDl2CoA#
2. Nella#seconda#fase#i#gr.#aceDlici#entrano#nel#ciclo#di#Krebs#
dove#vengono#ossidaD#a#CO2#e#lenergia#liberata#viene#
immagazzinata#in#NADH#e#FADH2#
3. Nella#terza#fase#NADH#e#FADH2#entrano#nella#catena#
respiratoria#dove#O2#d#H2O#e#lenergia#derivante#dal#
trasferimento#degli#ele9roni#viene#immagazzinata#in#ATP#
che#viene#sinteDzzato#da#ADP+Pi#
 Fase#1:#Produzione#di#aceDl#Co2A#
Il#piruvato#derivato#dal#glucosio#nella#glicolisi#viene#ossidato#ad#
aceDl2CoA#e#CO2#ad#opera#del#complesso#enzimaDco#della#
piruvato#deidrogenasi#(PDH).#
La#PDH##localizzata#nel#citoplasma#delle#cellule#procarioDche#e#
nei#mitocondri#degli#eucarioD#
Due#sono#i#processi#combinaD:#una#decarbossilazione#e#una#
deidrogenazione#
Decarbossilazione:#il#gr.#carbossilico#viene#rimosso#dal#piruvato#a#dare#CO2#e#i#due#
atomi#di#C#che#restano#diventano#il#gr.#aceDlico#dellaceDl2CoA.#
Deidrogenazione:#si#genera#NADH#il#cui#ione#idruro#con#i#suoi#2e2#(:H2)#entra#nella#
catena#respiratoria#e#vanno,#per#gli#organismi#aerobici,#allO2#oppure,#per#gli#
organismi#anaerobici,#a#nitraD#o#solfaD.##

Gianfranco#Gilardi#2#Chimica#Biologica# 4#
 Quadro#di#insieme#delle#
reazioni#catalizzate#dalla#PDH:#
#
Le#due#reazioni#combinate#di#decarbossilazione#e#
una#deidrogenazione#necessitano#lazione#
sequenziale#di#3#enzimi#(E1,#E2,#E3)#e#di#5#gr.#
prosteDci#o#coenzimi:#la#Damina#fosfato#(TPP),#il#
avin#adenin#dinucleoDde#(FAD),#il#CoA,#il#
nicoDnammide#adeinin#dinucleoDde#(NAD)#e#il#
lipoato.##

Gianfranco#Gilardi#2#Chimica#Biologica# 5#
 ElemenD#essenziali#del#complesso#PDH#
E1#=#la#piruvato#decarbossilasi#che#lega#la#Damina#
pirofosfato#(TPP)#
E2#=#diidrolipoammide#transaceDlasi#che#lega#lacido#
lipoico#
E3#=#lipoammide#deidrogenasi#che#lega#il#FAD#

Il#complesso#conDene:#24#catene#di#E1,#24#catene#di#E2,#
12#catene#di#E3#
Il#complesso#PDH#di#E.coli,#che#non##il#pi#grande,#ha#
una#massa#di#circa#4.6#milioni#di#Dalton#

Per#il#suo#funzionamento#ben#4#vitamine#devono#essere#
assunte#con#lalimentazione:# E1#
La#Damina#(vit.#B1)#per#la#TPP##
E2#
La#riboavina#(vit#B2)#per#il#FAD##
E3#
La#niacina#per#il#NAD#

Lipoammide##
Lacido#pantotenico#per#il#CoA# Gianfranco#Gilardi#2#Chimica#Biologica# 6#
 Beriberi:#carenza#vit#B1#(TPP)##
paralisi#2#crusca##

Un#secolo#fa#un#biochimico#Polacco,#
Casimir#Funk,#dedusse#che#alcune#
malaae#nutrizionali#quali#il#beriberi#
(porta#a#paralisi,#che#si#cura#con#la# Pellagra:#carenza#niacina,#vit#
B6#(piridossina,#piridossale,#
crusca),#la#pellagra,#il#rachiDsmo#e#lo# piridossamina)#o#Trp##3D:#
scorbuto#erano#il#risultato#di#carenza# demenza,#dermaDte,#diarrea##2#
la9e,#verdure,#cereali#
di#sostanze#che#possiamo#solo#
assumere#con#la#dieta.##
#
Chiam#queste#sostanze#vitamine#
(anime#della#vita).#La#sua#idea#non#fu# RachiDsmo:#carenza#vit#D#2#
subito#acce9ata#perch#prevaleva#la# dife9o#nellossicazione#in#et#
teoria#dominante#di#Pasteur#secondo# pediatrica##fototerapia#
il#quale#le#malaae#erano#causate#
solo#da#infezione.# #

Scorbuto:#carenza#vit#C##
problema#formazione#del#
collagene#(tess#conneavo)##
arance#o#se#crudi#(vit#C#
termolabile)#cavoli,#broccoli,#
cavolori,#spinaci,#fragole,#
peperoni,#kiwi)#
Gianfranco#Gilardi#2#Chimica#Biologica# 7#
 E1:#Tiamina#pirofosfato#
La#conversione#della#Damina,#vit#B1,#nel#coenzima#Damina#pirofosfato#comporta#
una#fosforilazione:#

Vit#B1,#partecipa#a#tu9e#le#reazioni#di#decarbossilazione#degli#alfa2chetoacidi#
Chiave#per#la#sua#reaavit##la9razione#di#un#protone#legato#allN1#della#
pirimidina#da#parte#di#un#glutammato,#che#aumenta#la#basicit#del#gruppo#aminico,#
facilitando#la#deprotonazione#del#C2#dellanello#Dazolico#con#la#formazione#di#
carbanione#reaavo#sul#C2#dellanello#Dazolico:#
TPP#nella#decarbossilazione#del#piruvato:#

Gianfranco#Gilardi#2#Chimica#Biologica# 9#
 E2:#Acido#lipoico#(lipoammide)#
Lacce9ore#dellacetaldeide#prodo9a#dalla#TPP##lacido#lipoico#
Acido#lipoico#=#disolfuro#interno#dellacido#6,82diDoo9anoico.#

Il#coenzima##legato#allenzima#da#un#legame#ammidico#che#
coinvolge#il#gr.#carbossilico#dellac.#lipoico#e#il#gr.#2aminico#di#una#
lisina,#dando#la#specie#reaava#chiamata#lipoammide:#

Il#trasferimento#della#porzione#aldeidica#aavadalla#TPP#allo#zolfo#
sul#C6#della#lipoammide#comporta#lossidazione#dellaldeide#
accoppiata#alla#riduzione#del#disolfuro.##
Si#genera#quindi#un#gr.#acilico#che#nella#PDH#viene#trasferito#al#CoA.#
Gianfranco#Gilardi#2#Chimica#Biologica# 10#
 E2:#Co2A#e#laavazione#dei#gruppi#acile#
Il#Co2A,#dove#A#sta#per#acile,#partecipa#allaavazione#dei#gruppi#acile,#quali#il#gr.#
aceDle#che#deriva#dal#piruvato#
Il#Co2A#deriva#da:##ATP,#vit.#acido#pantotenico#e#2mercaptoeDlamina#

Il#gr.#SH#libero#rappresenta#la#parte#funzionale#importante,#mentre#il#resto#della#
molecola#fornisce#siD#di#legame#per#lassociazione#allenzima#
Il#gr.#acilico#si#lega#al#gr.#Dolico#a#dare#un#Doestere,#molecola#ad#alta#energia:#

Gianfranco#Gilardi#2#Chimica#Biologica# 12#
Paragone#contenuto#energeD#Doesteri2esteri#
Nei#Doesteri#manca#una#stabilizzazione#per#risonanza#
presente#invece#negli#esteri:#

Gianfranco#Gilardi#2#Chimica#Biologica# 13#
 E3:##Coenzimi#avinici#
Derivano#dalla#vit#B2,#la#riboavina#

La#parte#funzionale##lanello#
isoallossazinico#
Gianfranco#Gilardi#2#Chimica#Biologica# 14#
Reazioni#redox#dei#coenzimi#avinici#

Gianfranco#Gilardi#2#Chimica#Biologica# 15#
 Meccanismo#di#azione#della#PDH#
Lossidazione#del#piruvato#ad#aceDl2CoA#coinvolge#i#coenzimi:#
TPP,#Acido#lipoico,#FAD,#NAD+,#CoA2SH#
Essi#agiscono#in#modo#concertato#con#i#tre#enzimi#E1,#E2,#E3#della#PDH#
Le#reazioni#sono:#

Gianfranco#Gilardi#2#Chimica#Biologica# 16#
 Reazione(1:(E1#riceve#il#gr# E1#=##
aldeidico#a#2C#dal#piruvato#e#lo# piruvato#deidrogenasi#
lega#al#TPP,#si#produce#
idrossieDl2TPP#
Reazione(2:(il#gr#aldeidico#viene#
trasferito#al#primo#braccio#
mobile#lipoammidico#su#E2#e# E2#=##
contemporaneamente#ossidato# diidrolipoammide##
a#gr#aceDlico# transaceDlasi#

Reazione(3:(il#gr#aceDlico#viene#
trasferito#al#secondo#braccio#
oscillante#che#lo#posizione#per#il#
trasferimento#al#CoA2SH#
Reazione(4:(il#gr#aceDlico##
trasferito#al#CoA2SH#
producendo#aceDl2coA#
Reazione(5:(E3#ossida#il#braccio#
lipoammidico#rido9o#mediante#
trasferimento#di#2H#al#FAD#a# E2#=##
dare#FADH2# diidrolipoammide##
deidrogenasi#
Reazione(6:(il#FADH2#viene#
ossidato#dal#NAD+# Gianfranco#Gilardi#2#Chimica#Biologica# 17#
 il#C21#del#piruvato#viene#rilasciato#come#CO2#e#il#C22#che#nel#piruvato#ha#lo#stato#di#
ossidazione#di#unaldeide,#viene#legato#alla#TPP#come#gr#idrossieDlico#
#il#gr#idrossieDlico#viene#ossidato#ad#acetato.#I#2e2#vanno#a#ridurre#il#ponte#S2S2#
dellac#lipoico#a#2SH,#su#uno#viene#estericato#il#gr#aceDlico#
Il#gr#aceDlico#viene#transestericato#sul#CoA#a#formare#aceDl2CoA#
Gli#2e2#dei#2RSH#vanno#prima#sul#FAD##
e#poi#sul#NAD+#
NB(gli(intermedi(della(sequenza(di(tu;e(queste(tappe(non(si(allontanano(mai(dal(
complesso(PDH!(
 Fase#2:#Reazioni#del#ciclo##
dellacido#citrico##8#tappe#

Gianfranco#Gilardi#2#Chimica#Biologica# 19#
 #Formazione#di#citrato#dallossalacetato#
ad#opera#della#citrato#sintasi#

Il#meDle#del#gr#aceDlico#si#lega#al#C22#dellOAA#con#idrolisi#del#
Doestere#che#rende#la#reazione#fortemente#esoergonica.#
Il#CoA2SH#viene#riciclato#dalla#PDH#
 #Formazione#di#isocitrato#a9raverso#il#cis2aconitato#ad#
opera#della#aconitasi#(aconitato#idratasi)#

Laconitasi#forma#cis2aconitato#per#deidratazione#del#citrato#
Il#cis2aconitato,#intermedio#con#doppio#legame#legato#allenzima,#pu#essere#
reidratato#a#dare#citrato#o#isocitrato#
Allequilibrio#a#pH#7.4,#25#C#si#ha#meno#del#10%#di#isocitrato,#ma#nella#cellula#la#
reazione##spinta#verso#destra#dalla#conDnua#so9razione#di#isocitrato#da#parte#
della#tappa#successiva# Gianfranco#Gilardi#2#Chimica#Biologica# 21#
 #Formazione#di#2chetoglutarato#e#CO2##dallisocitrato#ad#
opera#della#isocitrato#deidrogenasi#

Gianfranco#Gilardi#2#Chimica#Biologica# 22#
 #Formazione#di#succinil2CoA#e#CO2##da#2chetoglutarato#
ad#opera#della#2chetoglutarato#deidrogenasi#

La#reazione#catalizzata#dalla#2chetoglutarato#deidrogenasi##praDcamente#
idenDca#a#quella#operata#dalla#PDH,#anche#qui#ci#sono#3#enzimi#E1,#E2,#E3#e#
cinque#coenzimi,#TPP#legato#a#E1,#acido#lipoico#legato#a#E2,#FAD,#NAD#e#CoA.#
Lenergia#liberata#dallossidazione#dell2chetoglutarato#viene#conservata#nel#
legame#Doestere#del#succinil2CoA#
Gianfranco#Gilardi#2#Chimica#Biologica# 23#
 #Conversione#di#succinil2CoA#e#succinato#ad#opera#
della#succinil2CoA#sintetasi#o#succinico#Dochinasi#

Nucleoside#difosfato#chinasi#

Gianfranco#Gilardi#2#Chimica#Biologica# 24#
 #Conversione#di#succinato#a#fumarato#ad#opera#
della#succinato#deidrogenasi#

Negli#eucarioD#la#succinato#deidrogenasi##legata#alla#membrana#interna#
dei#mitocondri,#nei#ba9eri##associata#alla#membrana#plasmaDca#
Il#FADH2#prodo9o#entra#nella#catena#respiratoria#che#si#trova#appunto#
nella#membrana#interna#dei#mitocondri#o##nella#membrana#plasmaDca#dei#
ba9eri#
Gianfranco#Gilardi#2#Chimica#Biologica# 25#
 #Idratazione#di#fumarato#a#malato#ad#opera#della#
fumarato#idratasi#

Lo#stato#di#transizione##un#carbanione#
Lenzima##altamente#stereospecico#e#catalizza#
lidratazione#del#doppio#legame#trans#del#
fumarato#ma#dellisomero#cis#(maleato)#

Gianfranco#Gilardi#2#Chimica#Biologica# 26#
 #Ossidazione#di#malato#ad#ossalacetato#ad#opera#
della#L2malato#deidrogenasi#

Sebbene#in#condizioni#standard#lequilibrio#sia#spostato#verso#
sinistra,#nella#cellula#la#conDnua#rimozione#di#OAA#a#conc.#<1026#M#
da#parte#della#citrato#sintasi#(tappa#1)#la#reazione##fortemente#
spostata#verso#destra#

Gianfranco#Gilardi#2#Chimica#Biologica# 27#
 Conservazione#dellenergia#nel#ciclo#
Nel#complesso#nel#ciclo#
entrano#2C#del#gr#aceDlico#che#
escono#poi#come#CO2#
dallossidazione#dellisocitrato#
dell2chetoglutarato.#
Lenergia#associata#da#queste#
2#ossidazioni#porta#a#3NADH,#1#
FADH2#e#1GTP#(o#1ATP).#
I#3NADH#e#1#FADH2#entrano#
poi#nella#catena#respiratoria#a#
ulteriormente#dare#ATP.#
Valutando#nel#complesso#la#
glicolisi,#ciclo#di#Krebs#e#
respirazione,#della#quanDt#
massima#teorica#di#energia#
contenuta#in#una#molecola#di#
glucosio#(2840#kJ/mole)#se#ne#
recupera#il#34%#
 Vie#anboliche#e#reazioni#
anapleroDche#
Il#ciclo#di#Krebs#serve#
anche#a#produrre#
intermedi#che#vengono#
usaD#in#vie#
biosinteDche#(ruolo#
anbolico)#
Quando#questo#avviene#
unequilibrio#dinamico##
#mantenuto#da#
reazioni#anapleroDche#
che#rimpiazzano#gli#
intermedi#so9raa#
(frecce#rosse)#
 Regolazione#del#ciclo#dellacido#citrico#

PunD#di#regolazione:#
Conversione#piruvato!aceDl2CoA#
(reazione#PDH)#
Regolazione#allosterica#da#parte#di#
substraD#e#prodoa#(v.#gura)#
Regolazione#con#meccanismi#covalenD:##
un#eccesso#di#ATP#aava#la#proteina#chinasi#
che#fosforila#E1#inaavandolo#
Un#livello#basso#di#ATP#laavit#della#chinasi#si#
spegne#e#una#fosfatasi#rimuove#i#gruppi#
fosforici#riaavando#E1##

Ingresso#di#aceDl2CoA#nel#ciclo#
(reazione#citrato#sintasi)#
Tappe#fortemente#esoergoniche:#
citrato#sintasi,#isocitrato#
deidrogenasi,#2cheglutarato#
deidrogenasi#
Ciclo#del#gliossilato#
Nei#vertebraD#una#volta#che#gli#
acidi#grassi#sono#converDD#in#
acetato,#questo#non#pu#
sinteDzzare#carboidraD,#perch#
la#conversione#di#
fosfoenolpiruvato#a#piruvato,#e#
questo#a#acteil2CoA,#sono#
reazioni#cos#esoergoniche#da#
essere#irreversibili.#
Piante,#alcuni#microorganismi#e#
invertebraD#invece#lacetato#
pu#dare#fosfoenolpirvato#e#da#
quesD#si#possono#sinteDzzare#
carboidraD.#Questo#avviene#
grazie#al#ciclo#del#gliossilato#
 Concepts#to#catch:#
1. Descrivi#nelle#sue#linee#generali#e#nelle#sue#reazioni#chiave#i#diversi#
passaggi#del#ciclo#dellacido#citrico#
#
2. Descrivi#nel#de9aglio#e#con#i#suoi#cofa9ori#la#reazione#catalizzata#dalla#
piruvato#deidrogenasi#

Prof.#G.#Gilardi#2#Biological#Chemistry#