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amicone@bce.uniroma1.it
Alberts
Karp
Becker
(autocatalisi= capacit di
organizzare la materia)
Sistemi autocatalitici (in grado di
Un nucleotide
Composto di:
carbonio, idrogeno, azoto,
ossigeno e fosforo
la struttura tridimensionale pu
influenzare la stabilit, la
replicabilit, la funzionalit
NON tutti gli RNA avranno eguale
successo nellautoreplicarsi
VERRANNO SELEZIONATE
LE SEQUENZE DI RNA PIU
ADATTE ALLE
CONDIZIONI AMBIENTALI
informazionale
catalitica.
e quella
LUCA
(Last unique common ancestor)
lipidi
Modelli sperimentali
Piante: Arabidopsis
Thaliana
Pesci: Zebrafish
riboflavin
= 52,7
= 466
= 113
KD
D
H
N
H
C
H
C
OH
H2N
polimero
R
aminoacido
OH
C
R
peptide
C
R
R
H
N
H
C
H
OH
H
N
H
O
C
OH
H2 O
Legame peptidico
Struttura secondaria
Gli atomi del gruppo peptidico (CONH) giacciono
tutti su di un medesimo piano.
Questi piani possono ruotare rispetto al
carbonio-alfa.
Ogni piano delle unit peptidiche ha due rotazioni
possibili: una intorno al legame tra carbonioalfa e azoto (angolo di rotazione , fi), laltra
intorno al legame tra carbonio-alfa e carbonio del
gruppo CO (angolo di rotazione , psi).
7,0 A
Filamento beta
Il filamento beta presenta un andamento a zig-zag o a foglio
pieghettato. I gruppi peptidici formano le pagine del foglio, mentre
gli atomi di carbonio alfa formano le pieghe con i residui
amminoacidici che si presentano alternati sempre in corrispondenza
della parte convessa della piega.
La disposizione dei carboni-alfa, e dei relativi gruppi R, sopra e
sotto il piano del foglietto causa delle pieghe del filamento
Foglietto beta
I legami idrogeno (gialli) tra C del gruppo carbonilico e H del gruppo imminico sono
perpendicolari allasse della catena polipeptidica
La cristallografia a raggi X e la
bioinformatica permettono
di desumere la struttura tridimensionale
di una proteina
Scopo della biocristallografia a raggi X :
determinazione della struttura tridimensionale di macromolecole biologiche
a risoluzione atomica.
Macromolecole biologiche oggetto dello studio: DNA, RNA, proteine e loro
complessi (virus, ribosoma, ecc.).
Le proteine pi piccole sono costituite da ben oltre 1000 atomi e le proteine
pi grandi possono essere costituite da 104 a 105 atomi.
Diffrazione ai raggi X di
una proteina cristallizzata
I raggi x diffratti
impressionano una pellicola
autoradiografica in punti
specifici. La specificit della
diffrazione dipende dalla
particolare posizione degli
atomi nel cristallo di ciascuna
proteina
Alfa elica
Filamento beta forcina
ponte disolfuro
CH2
S
S
CH2
La struttura
terziaria
dovuta solo a
legami non
covalenti
miosina
2 giri di alfa elica
Aminoacidi idrofobici
Cheratine
Le cheratine sono il componente
fondamentale degli annessi cutanei
degli animali (capelli, peli, unghie, corna
strati superficiali della pelle, piume,
etc.).
L'unit della cheratina costituita da
una coppia di alfa-eliche destrorse
strettamente superavvolte in senso
sinistrorso e rinforzate da
numerosi ponti disolfuro intercatena.
2) motivo elica-ansa-elica
(elix-turn-elix)
Presente in molte proteine che legano il calcio. I
gruppi R contenenti ossigeno nei residui dellansa
formano un anello intorno allo ione Ca++. La sequenza
di 14 aa dellansa ricca di residui idrofilici.
Struttura terziaria
Le proteine sono costituite da unit strutturali o domini.
I domini possono essere comuni a pi proteine.
Troponina C
Fosfolipasi C
batterica
Fosfolipasi C
di mammifero
Recoverina
Sinapto-tagmina
Struttura quaternaria:
Emoglobina
denaturazione
T ambiente, Ph fisiologico, O2
(ossidazione dei gruppi sulfidrilici)
Il recupero di funzione viene testato tramite saggio in vitro di digestione di RNA
Malattie prioniche
acronimo di PRoteinaceus Infective ONly particle
Alzheimer
Il peptide A
prodotto
dalla proteina precursore
dellamiloide (APP) dopo il
taglio di due enzimi. Lenzima
secretasi pu tagliare in
due siti vicini ma che
producono due peptidi
diversi: il peptide A42
responsabile dell malattia.
Mutazioni del gene APP o
della secretasi o
amplificazioni del gene APP
possono indurre una
iperproduzione di A42
DEGRADAZIONE
Oltre che controllare lemivita di molte proteine
normali, la degradazione rappresenta la scelta finale
di una cellula che deve controllare gli effetti
potenzialmente tossici di proteine aberranti
(Ashkenas J, Byers PH 1997).
Il proteasoma
Il proteasoma
Centro
Regolativo
19S
Nuceo
catalitico 20
S
Centro
Regolativo
19S
Il proteasoma
Anello a 7 subunit
COMPLESSI MULTIPROTEICI:
Una volta che un polipeptide completamente ripiegato potrebbe
essere necessario che esso formi un complesso con altri polipeptidi
assumendo cos la sua definitiva struttura quaternaria ma anche
che si associ ad altre proteine per formare grandi complessi
funzionali. Il legame tra polipeptidi-proteine pu avvenire in vari
modi:
Superficie
-ansa
LINKAGE
Il Linkage si verifica quando due proteine si legano lun laltra
aumentando cos la loro affinit per una terza proteina.
Il risultato finale un complesso molto pi stabile di quanto non lo
sia quello formato da due sole proteine.