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LEZIONE N 13

Introduzione alla genetica I


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Iniziamo col vedere la genetica come un insieme di informazioni, come
unenciclopedia. Allinterno di unenciclopedia linformazione radunata per
voci, per frasi, per parole, per sillabe, per lettere e esattamente lo stesso
succede per la genetica. In questultima le lettere sono rappresentate dalle
basi azotate che si combinano in modo particolare andando a formare,
seguendo le regole del codice genetico, quelle che sono le sillabe
rappresentate dalle triplette di aminoacidi, le proteine e da queste a
trasmettere linformazione.
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La lezione di oggi proprio dedicata a questo processo, cio come
strutturato il DNA, poi come linformazione presente sul DNA si duplichi,
laddove abbiamo una replicazione cellulare in cui oltre a replicarsi tutti gli
organi della cellula necessario anche duplicare linformazione genetica e
poi soprattutto come linformazione presente nel DNA che un qualcosa di
teorico scritto nel filamento del DNA viene codificata e tradotta in proteine che
sono gli effettori, cio che trasformano linformazione in qualcosa che noi
possiamo vedere. Praticamente mediano il passaggio da quello che il
genotipo (cio linsieme dellinformazione genetica) al fenotipo (cio agli
aspetti fisici che noi possiamo vedere e toccare con mano, come il colore dei
capelli piuttosto che la formazione di un organo o un comportamento o la
secrezione di un ormone).
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Cominciamo a vedere la composizione del DNA che un polimero (che
composto da pi elementi) ed composto sostanzialmente da nucleotidi.
Come possiamo vedere in questa slide, il nucleotide a sua volta una
struttura complessa, che rappresentata da una molecola di zucchero
(desossiribosio o ribosio a seconda che parliamo di DNA o RNA), un gruppo
fosfato e una base azotata (che pu essere di famigli diverse che ora
vedremo) e linsieme di questi composti forma un nucleotide che lo
scheletro e lunit essenziale del filamento di DNA.
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Sappiamo bene come il DNA sia strutturato in due filamenti complementari
uniti appunto tramite la complementariet delle basi azotate.
Le basi azotate del DNA sono quattro: adenina, timina, guanina e citosina che
sono sempre per legate fra di loro, quindi ladenina sar sempre legata a
una timina, la citosina sempre a una guanina, proprio grazie alla

complementariet. Vediamo che effettivamente la struttura fisica-chimica


delle basi azotate complementare: la guanina e la citosina hanno tre legami
idrogeno che sono legami deboli che per permettono lassemblamento dei
filamenti; mentre la timina si lega sempre con ladenina (nel caso dellRNA la
timina sostituita con luracile per ha sempre un legame doppio a formare il
filamento).
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Questo doppio filamento qui lo vediamo in maniera un po pi strutturale:
formato da uno scheletro di supporto che dato dal gruppo fosfato e dagli
zuccheri che formano proprio la struttura di supporto del filamento. Invece
verso la parte pi interna abbiamo le basi azotate che tramite la loro
complementariet permettono ai due filamenti di unirsi e di stare assieme.
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Qui lo vediamo meglio: i mattoni del DNA sono i nucleotidi formati appunto da
fosfati e zuccheri pi una base azotata. Questo link forma il mattoncino che
ha una parte di supporto e una parte invece rivolta verso linterno a legarsi
con la base complementare. Le basi ruotano lievemente in maniera destrorsa
per formare quella che la doppia elica del DNA che bene conosciamo.
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Quindi la doppia elica del DNA caratterizzata da:
-due catene polinucleotidiche (quindi pi nucleotidi) avvolte in senso
destrorso;
-sono catene nucleotidiche antiparallele, quindi si caratterizzano con la parte
iniziale definibile 5 (5 primo) o 3 e 3 5 per indicare la direzione in cui si
legger e si potr trascrivere tradurre linformazione contenuta;
-allesterno della doppia elica abbiamo gli scheletri zucchero-fosfato, mentre
le basi stanno verso linterno;
-le coppie di basi in maniera complementare permettono il legame, tramite
legami deboli ad idrogeno, della timina con ladenina e della guanina con la
citosina. 5 TATTCCGA-3
3 ATAAGGCT-5
Questa la forma classica con cui viene rappresentata linformazione,
vediamo linizio del filamento con 5 3 o viceversa e allinterno ci sono tutte le
coppie di nucleotidi con le basi azotate complementari;
-una coppia di basi occupa 0.34 nanometri, mentre un giro completo dellelica
per poter tornare esattamente sopra la coppia precedente ci vogliono 3.4
nanometri, cio 10 basi circa per ogni giro;
-lo scheletro zucchero-fosfato non egualmente spaziato, abbiamo visto che
le timine e le guanine sono un po pi aggettanti verso linterno e quindi
permettono una complementariet ancora migliore.

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Come sta il filamento del DNA normalmente quando non siamo in fase di
replicazione o traduzione in proteine? Normalmente compattato o, come si
dice, altamente spiralizzato. I due filamenti quindi non uniti e fortemente
spiralizzati a formare i nucleosomi, queste sono proteine istoniche,
praticamente come dei rotolini in cui viene avvolto il DNA che permettono di
compattarne la struttura e di far stare una grande quantit in un piccolo
spazio. Il compattamento quindi avviene sempre di pi e porta a formare delle
strutture: ritornando allesempio iniziale dellenciclopedia, rappresentano i
volumi di ogni singola enciclopedia che sono i cromosomi.
Quindi questi sono delle unit di informazione, delle unit di DNA altamente
spiralizzato che poi ha anche per se stesso una valenza come struttura come
vedremo poi in una prossima lezione.
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Sempre con lo scopo di stabilizzare linformazione che abbiamo visto,
riprendiamo un po di glossario.
Per esempio un tratto di DNA di un gene eucariotico che codifica per
uninformazione e che presente anche nellRNA messaggero un ESONE,
quindi una parte che passa dallinformazione scritta del DNA a una proteina,
quindi passa dal genotipo al fenotipo. E uninformazione che ci interessa, ci
interessa di pi delle informazioni introniche. Gli INTRONI infatti sono
sequenze di DNA di un gene che non trascrivono, che non vengono trascritte
in proteine. In questo senso ci sono diverse ipotesi, che sono anche le ipotesi
evoluzionistiche di geni che non servono pi oppure di informazione che
rindondante.
Il NUCLEOTIDE labbiamo visto il composto chimico organico costituito da
3 elementi: la base azotata (purina o pirimidina), il pentosio (desossiribosio o
ribosio) e uno o pi residui di acido fosforico.
La BASE AZOTATA una delle cinque basi che compongono i nucleotidi del
DNA e dellRNA, si distinguono in purine e pirimidine.
Il LEGAME IDROGENO quello che lega le basi azotate.
Il NUCLEOSOMA una subunit attorno a cui si avvolge il DNA ottimizzando
il deposito di questo lungo filamento nei cromosomi.
Gli ISTONI infine sono delle proteine basiche che legano sempre meglio il
filamento.
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Raccomandazione: andarsi a leggere i link di wikipedia alla fine della lezione,
sono importanti per capire la complessit dellargomento, due di questi sono
dei filmati. Allesame chieder qualche particolare in pi sulla sintesi e sulla
duplicazione anche che non ho precisato in questa lezione proprio perch
troppo corta. Quindi considerare i link come parte essenziale.

Quindi la duplicazione del DNA un fenomeno che sostanzialmente ci serve


per raddoppiare la quantit di DNA perch ovviamente se la cellula deve
dividersi la quantit di informazione, che 2n come spesso viene definita,
deve rimanere 2n e quindi come tale si devono mettere in atto dei
meccanismi di duplicazione dellinformazione che lelenco delle basi che
sono contenute sui filamenti.
Questo avviene tramite dei complessi di duplicazione; abbiamo dei
meccanismi fissi allinterno della cellula, allinterno del nucleo, in cui il
filamento del DNA passa attraverso questi meccanismi complessi di
duplicazione replicandosi.
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Il meccanismo con cui funziona abbastanza immediato, che quello che
usiamo tutti i giorni, delle cerniere, degli zip. Pensate a come funziona uno
zip e avete capito immediatamente come funziona il meccanismo di
duplicazione dellRNA.
Abbiamo la necessit in questo caso di aprire in primis il filamento e questo
pu essere fatto da una PRIMASI (terminazione con asi sono enzimi
ovviamente). Quindi la primasi si lega al filamento e permette di sintetizzare
un PRIMER, in questo caso un RNA, che permette di aprire il filamento.
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Quindi la primasi inizia ma non codifica, non un enzima che ci permette di
duplicare linformazione. Per far questo abbiamo invece bisogno del DNA
POLIMERASI, che lenzima pi importante. Esso aggiunge parte in
direzione 3 5 e permette di aggiungere nucleotidi man mano che viene letta.
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In questa slide vediamo linsieme del meccanismo e vediamo come abbiamo
la primasi che permette di aprire il filamento, il DNA polimerasi catalizza
lallungamento di entrambi i filamenti. Siccome la DNA polimerasi va sempre
in questa direzione 3 5, in un filamento funziona molto meglio perch legge
in maniera continua, in un altro filamento invece pu tradurre solamente a
pezzi perch legge sempre e solo in questa direzione, da destra verso
sinistra, e quindi ha bisogno di una serie di primer che permettano di far
iniziare a leggere, poi pu leggere per un pezzo, poi ha bisogno di un altro
primer perch lavora in ciclo.
Quello che succede alla fine di questo meccanismo che un filamento
veloce e funziona abbastanza bene, il filamento ritardato ha bisogno di altri
enzimi che tolgano lRNA primer che non serve pi e rimangono dei pezzi di
DNA, esiste una LIGASI che legge tutti questi pezzi e li incolla assieme.
Quindi alla fine, con un po pi di complessit abbiamo anche qui un
filamento che esattamente la copia del filamento originale.

Abbiamo dimenticato che lELICASI lenzima che, come nella zip,


quellaggeggino che serve per divaricare i due pezzi di filamenti legati fra di
loro.
Quindi questa una breve sintesi dei meccanismi di duplicazione del DNA
che vi raccomando di andare a vedere nei link.
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La sintesi delle proteine un meccanismo estremamente complesso e
raffinato, che ci permette di far trascrivere linformazione, farla passare dal
DNA alle proteine. Per far questo non come la duplicazione in cui abbiamo
semplicemente due sempre DNA, lunico RNA quel piccolo iniziatore che
serve per aprire i filamenti, invece per la sintesi delle proteine abbiamo diversi
tipi di RNA, che vengono utilizzati in maniera piuttosto sofisticata, anche
perch lRNA nella duplicazione del DNA rimane dentro al nucleo, invece la
sintesi delle proteine avviene allinterno del citoplasma quindi linformazione
deve uscire dal nucleo, dal filamento, deve passare la membrana nucleare e
andare nel citoplasma dove esistono i ribosomi che sono lunit dove le basi
azotate, i nucleotidi si raggruppano in unit di trascrizione che sono i codoni,
come tali vengono letti, trasformati in aminoacidi e lassemblarsi degli
aminoacidi ci porta a quella che un complesso che sono le proteine che
legano gli aminoacidi.
Gli RNA che servono per tutto ci sono ben 3:
-lRNA messaggero (mRNA);
-lRNA ribosomale (rRNA);
-lRNA transfer (tRNA).
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Questo meccanismo fa s che i nucleotidi che abbiamo visto in precedenza
sono assemblati in blocchi di 3.
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Ogni blocco di 3 di questi permette di definire un aminoacido.
Vediamo per esempio se abbiamo tre timine di fila (TTT), laminoacido
corrispondente sar una fenilalanina, se una timina timina citosina (TTC)
abbiamo di nuovo una fenilalanina perch si stima ridondante, pi triplette
codificano per uno stesso aminoacido. Ancora se abbiamo una TTA abbiamo
la leucina e cos via.
Tutto questo permette di creare, tramite le indicazioni fornite dal codice
genetico e grazie allassemblamento dato dai codoni, degli aminoacidi che
sono i costituenti base delle proteine.
Quindi ciascun codone complementare alla tripletta di basi nella molecola di
DNA su cui stato trascritto, cos il codice genetico crea una corrispondenza
tra i codoni e i loro specifici aminoacidi.

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Quindi la sequenza di aminoacidi forma un polipeptide, una molecola
piuttosto lunga e complessa con unorganizzazione anche molto complessa.
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In questo caso abbiamo una RNA polimerasi non pi una DNA polimerasi,
che permette di aprire il filamento e far s che si formi un nuovo filamento che
non pi di DNA ma di RNA.
E perfettamente complementare, infatti laddove cera una citosina nel DNA,
grazie alla trascrizione abbiamo la guanina, dove cera una guanina abbiamo
una citosina e al posto della timina nellRNA ci sar luracile. Sono sequenze
prefissate.
Questa nuova catena un filamento di RNA messaggero che ha la
caratteristica di poter uscire attraverso i pori nucleari dalla membrana
cellulare e entrare nel citoplasma dove trova le fabbriche cellulari che sono i
ribosomi. Questi ultimi sono piccoli organuli di due subunit fatti da RNA
ribosomiale e proteine.
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Tramite questa slide possiamo ricostruire tutto il meccanismo di costruzione
delle proteine.
Siamo nel citoplasma, lRNA messaggero uscito dal citoplasma con un
serpentone arriva ai ribosomi, scorre lungo questi ultimi e qui ogni tripletta
uno stampo, ogni aminoacido rappresentato da una tripletta e viene
bloccata sui ribosomi. Qui troviamo lRNA transfer, che il pi piccolo e il pi
leggero, il quale ha una doppia funzione: formato dai codoni da una parte
che servono per andare a leggere il corrispondente codone sul messaggero e
dallaltra parte c un aminoacido, quindi si blocca, riconosce il codone e lega
laminoacido allaminoacido precedente, poi passa via questo e ne arriva un
altro che continua ad aggiungere laminoacido a questo che ormai un
polipeptide. Quando arriver finalmente il codice di chiusura della proteina, si
staccher e questo verr secreto allesterno della cellula e sar una proteina
che quindi seguir il destino delle proteine che quello di essere effettori e di
permettere di digerire un cibo piuttosto che mettere da parte degli alimenti,
piuttosto che non dare reazioni allergiche, piuttosto che essere un ormone o
essere utile per le reazioni immunitarie o per la crescita o per quantaltro.
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Link importanti. Cercate di spiegare bene la sintesi delle proteine.