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BIOLOGIA MOLECOLARE

-Agli inizi del '900, Miescher descrisse una molecola da lui chiamata nucleina, di fatto il DNA di
cui nessuno sapeva nulla.
-1928, Griffith identific l'esistenza nelle cellule di un PRINCIPIO TRASFORMANTE e scopri che
veniva ereditato dalle cellule stesse.
Studiava un particolare ceppo batterico, responsabile della polmonite isol batteri di tipo S per la
superficie liscia. Iniettando il ceppo S nei topi, questi si ammalavano.
Aveva per isolato anche altri batteri, di tipo R, per la superficie rugosa della membrana cellulare
iniettato il ceppo nei topi, questi non si ammalavano.
Cellule di tipo S furono trattate con il calore e po iniettate nel topo, questo viveva senza patologia.
Poi prese i batteri S, trattati con il calore, e li un con i batteri R non virulenti e and ad iniettare la
miscela il topo muore => i topi ammalati contenevano batteri di tipo S = i batteri R si erano
trasformati in batteri S = secondo Griffith fu dovuto a qualcosa nei batteri S (resistente al calore)
che avrebbe modificato i batteri di tipo R.
-A seguito, si successero altri esperimenti intesi a identificare il principio trasformante : 1941, Avery
e McCarthy dimostrarono che il principio trasformante era la stessa sostanza identificata da
Miescher ed ora denominata acido deossiribonucleico.
-Watson, Crick, Wilkins giunsero alla conclusione secondo cui DNA formato da catene
polinucleotidiche a doppi filamenti 1953
DOGMA CENTRALE DELLA BIOLOGIA MOLECOLARE
Nel definire questo dogma, Crick parl di DNA, molecola in grado di replicarsi (divisione cellulare)
e di trasferire la sua informazione sotto forma di RNA (trascrizione); l'm-RNA subisce un ulteriore
processo cio trauduzione, mediante il quale l'informazione viene tradotta da una molecola fatta di
aa che porta alla formazione di proteine.
1)Supponiamo di avere una soluzione di DNA e di metterla a contatto con ACIDO FORTE (idrolisi
acida)
2)Analizziamo il risultato = troviamo BASI AROMATICHE, GRUPPO FOSFATO, ZUCCHERO
(deossiribosio)

Il DNA un polimero, formato da monomeri, detti nucleotidi

Zucchero + base = Nucleoside


Adenina d-Adenosina (deossi..)
Guanina d-Guanosina
Timina d-Timidina
Citosina d-Citidina
-Il gruppo fosfato pu legarsi all'OH dell'estremit 3' o 5' mediante un legame estereo

Nel DNA troveremo nucleotidi monofosfati


ma nella cellula possiamo anche trovare
nucleotidi di e tri fosfati

-I nucleotidi sono uniti mediante legami FOSFO DIESTERE sempre di tipo 5'-3'

Il batterio E.coli contiene 4 x 10^6 bp ; il DNA umano contiene 3 x 10^7 bp.


Si cercava di capire il problema riguardante la struttura di questa molecola nello spazio.
-Rifrazione dei raggi x = consiste nell'ottenere un cristallo, soggetto all'irradiazione con raggi x;
quest'ultimo subisce il fenomeno di diffrazione = le immagini diffratte sono modello
dell'organizzazione atomica in una molecola.

Tecnica applicata alla struttura del DNA.


DNA = struttura a doppia elica, formata da 2 filamenti polideossinucleotidici. CHARGAFF
spezzett il DNA mediante idrolisi e osserv la composizione delle basi in percentuale => %A =%T
%G=%C => le due eliche si dicono COMPLEMENTARI : qualsiasi sequenza abbia un filamento,
l'altro sar complementare Watson e Crick ipotizzarono a seguito di questa scoperta un
meccanismo di replicazione.

= vi nei sostituenti una percentuale di legami ionici : ad es.


nel gruppo NH2 dell'adenina, N pi elettronegativo rispetto
all'H = quindi il legame non covalente puro per la presenza
di gruppi polari in grado di dare interazioni elettrostatiche
deboli basate su cariche parziali = queste interazioni si
determinano tra le 4 basi.

-I legami a H sono indispensabili per il mantenimento della struttura a doppia elica


-Legami a H cooperativi : il legame tra una coppia di basi facilita il legame con l'altra coppia di
basi.
stata descritta una struttura di DNA di tipo A, di tipo B e di tipo Z. La struttura B quella alla
quale si fa riferimento.

-l'elica destrogira
-l'asse dell'elica forma con il piano delle basi un angolo di
90, per altro le basi sono impilate tra loro creando delle
interazioni dovute a forze di Van der Waals
-filamenti antiparalleli : se uno inizia con l'estremit 5'-OH
(il C5' libero), termina con 3'-OH; il filamento
complementare sar OH-3' e 5'-OH
-la distanza tra le 2 coppie di basi consecutiva sempre di
3,4 A
-il passo dell'elica = distanza misurata dall'asse dell'elica per consentire un giro d'elica : 34A => 34 :
3,4 = 10 = ogni giro di elica conterr 10 basi.
-dm elica = 20A
N.B = 1A = 10^-10 m
-RNA
Polinucleotide (non formato da deossinucleotide) = lo zucchero dell'RNA il D-ribosio.
Nell'RNA non troviamo la TIMINA, bens l'URACILE ed inoltre a SINGOLA ELICA
Il modello elicoidale del DNA presenta delle scalanature di ampiezza diversa : solco maggiore e
minore. *
I legami glicosidici non sono presenti sulla stessa linea, quindi formano due angoli diversi

-Quando le basi si impilano tra loro, l'angolo a 120 forma il solco pi piccolo, l'angolo a 240
forma il solco maggiore
*Cio responsabile di alcune propriet che il DNA possiede :
1)Il DNA pu interagire con altre molecole quasi sempre di natura proteica (legami deboli di natura
elettrostatica) mediante gruppi polari:
-una proteina pu interagire solo con un gruppo fosfato = avviene in punti qualsiasi del DNA perch
sono sempre presenti;
-se interagisce con i gruppi delle basi, si hanno delle interazioni in punti precisi
Appaiamento GC : nel solco minore devono esserci altri atomi diversi da quelli impiegati nel
legame tra basi che possono fare legami elettrostatici

-Se una proteina deve legare le basi e riconoscere una sequenza di DNA, sono proprio i legami nel
solco maggiore che portano una specificit (al variare della sequenza delle basi G-C o C-G, i legami
variano maggiormente nel solco maggiore. Nell'accoppiamento C-G troveremo nel solco minore
comunque legami A-D-A)
-Tendenzialmente, le basi sono interne alla doppia elica ma vi sono casi in cui la base esterna, a
causa di agenti chimici che modificano la base = quando un enzima ad esempio deve apportare delle
modificazioni, necessario che ruoti la base.
-Un altro aspetto, riguarda il deossiribosio e l'orientamento della base rispetto al legame glicosidico.

-4'-0-1'-2' sono sullo stesso piano


-Avremo una struttura 3'endo o 3'eso
-Orientamento basi puriniche rispetto al legame glicosidico

-In aggiunta alla forma B del DNA, troviamo eliche di tipo A, quando si forma un ibrido costituito
da RNA + DNA; eliche di tipo Z in condizione di laboratorio, ma non esiste realmente = lo si
ottenuto costruendo DNA sintetici formati da una sequenza di basi di G-C. Questi polimeri
cristallizzavano (e si giunse ad una struttura diversa).
L'elica A formata da solchi di ampiezza diversa e mentre nell'elica B le basi sono perpendicolari
all'asse dell'elica, nell'elica A sono inclinate.
-Entrambe destrogire
-Elica A possiede un dm di 26 A diverso da 20A per elica B
-Elica A pi compatta e possiede le basi pi ravvicinate infatti per giro di elica vi sono 11 basi.
-Due rette perpendicolari = formano angoli di 90, ma la deviazione dalla normalit (nell'elica A le
basi sono leggermente inclinate per cui la deviazione sar di 20 mentre nell'elica B di 6) si ha
quando le basi non sono proprio perpendicolari all'asse.
-La struttura dello zucchero per A C-3' endo, mentre per B C-2' endo
-Entrambe sono di tipo ANTI
DNA DI TIPO Z
-l'elica ruota verso sinistra
- pi stretto, con dm 18A
-ci sono 12 basi per giro di elica
-lo zucchero varia di struttura : per legame con pirimidiniche presenta struttura C-2'endo; C-3' endo
per le purine
-ANTI per le pirimidine ; SIN per le purine
Il DNA assume una struttura a zig-zag
Nel DNA, possono esserci SEQUENZE PALINDROMICHE

Condizione fondamentale : regione non palindromica

Si costituisce una struttura cruciforme. Non avremo la doppia elica con legami ad H
ma strutture di questo tipo :

Le strutture cruciformi (legami infraelica avvengono nello stesso filamento di DNA) sono meno
stabili dei legami interelica = cio nell'ambito di due filamenti.

-Cosa succede alla rottura dei legami a H :


-Denaturazione (processo contrario la rinaturazione) pu avvenire in VITRO (provetta), ma anche
nelle cellule degli organismi viventi
-Un trattamento pu indurre alla denaturazione : DNA posto in soluzione con NaOH e si rompono i
legami a H se il pH riacquista neutralit si riforma il legame = processo reversibile =
denaturazione alcolica (o alcalina)
Un altro il trattamento al calore : se DNA riscaldato a 90-95 per dieci minuti si rompono i legami
a H= se abbassiamo la temperatura del DNA denaturato i singoli filamenti incontrano i
complementari e riformano la doppia elica. La possibilit di rinaturare filamenti di DNA
complementari permette la formazione di molecole ibride.
Prendendo DNA nativo (estratto da cellula vivente) in soluzione acquosa e lo mettiamo in una
cuvetta, leggiamo i risultati allo spettrofotometro.
LEGGE DI LAMBERT- BEER
I/I0 = T sempre compreso tra 0(radiazione completamente assorbita) e 1(quando non c'
assorbimento)
A (densit ottica capacit da parte di una sostanza di assorbire una radiazione luminosa) = log
1/T => Log I0/I
Nella legge di L-B , A direttamente proporzionale alla concentrazione
A= k x c x l dove k = coefficiente di estinzione molare () rappresenta l'assorbanza (densit ottica)
di una soluzione avente concentrazione di 1 Mole /L e pu variare al variare della lunghezza d'onda
= A/c x l
A pu essere 0 se I0 = I o infinito se I=0

I =radiazione trasmessa
I0 = radiazione incidente
Ogni sostanza ha il suo spettro di Assorbimento = attraverso un grafico posso misurare il variare
della assorbanza al variare della lunghezza d'onda.
Nel caso del DNA otterremo un picco di assorbimento a 260 nm (siamo nel campo dell'UV)
La denaturazione fu monitorata misurando l'assorbimento di raggi UV da parte di una soluzione di
DNA.
Dunque quando studiamo il DNA, dovremmo irradiarlo con
una radiazione avente = 260nm e avremo in quelle
particolari condizioni al variare di avremo un altro
valore di
Possiamo ricavare la concentrazione da C = A / x l
per il DNA
4milioni bp x 600PM di una coppia di basi = 2^400 milioni di g = non possibile per il DNA
calcolarci (perch vi un peso molecolare notevolissimo). Infatti per RNA e DNA, si parla di
COEFFICIENTE DI ESTINZIONE SPECIFICO che non avr concentrazione 1M, bens 1mg/ml =
esprime sempre l'assorbimento di una soluzione colpita da una radiazione a cammino ottico unitario
e messo in una cuvetta.
per DNA = 21
Si osservato che il coefficiente variava a seconda di DNA nativo e denaturato. Se DNA
denaturato, k aumentava e diventava 23 = effetto ipercromico.
Quando il DNA nativo (doppia elica), ci che assorbe la radiazione luminosa sono le bais che per
hanno una minore capacit di assorbire la luce. Quando il DNA denaturato, le basi hanno
maggiore capacit di assorbire la radiazione.
Ad un certo punto, al variare maggiore della T aumenta
notevolmente l'A per poi restare costante.

= Grafico di denaturazione del DNA :


-all'inizio il DNA ancora a doppia elica
-un piccolo incremento di T fa variare A e il DNA inizia a
denaturarsi
nell'ultimo tratto il DNA completamente denaturato e A
non varia
Aumentiamo la temperatura della soluzione e contemporaneamente ne misuriamo l'assorbanza.
(A1+ A2)/2 = Am

A1 = valore iniziale
A2 = valore finale
Am = valore medio

Tm = fusione = rappresenta la T alla quale met del DNA fuso (denaturato). un parametro
importante, perch la denaturazione varia a seconda di T. Due DNA diversi avranno diversi TM
Posso considerare il variare di Tm al variare di G+C = aumentando G+C , aumenta T. Quindi questo
parametro varia al variare della composizione in basi.
E quindi avendo T+A in contenuto minore = questo perch le coppie G-C avendo tre legami a H
danno una maggiore stabilit.
y=mx + n

-Sigmoide il nome della curva e in base alla complessit del


DNA pu essere larga o stretta. Se prendiamo un DNA a pi
alto pm e pi complesso, ci saranno zone con solo A e T, zone
con pi basi e zone di solo C e G = rottura progressiva dei
legami a H dunque sigmoide pi larga.
-Se il DNA fatto da tratti con solo A e T o C e G, avremo una
sigmoide pi stretta in quanto i legami a H si rompono pi
facilmente.

SUPERAVVOLGIMENTO

-Provando a disegnare una doppia elica lineare e provando a separare i due filamenti non vi sono
problemi

Considerando invece un DNA circolare (chiuso) e provando a svolgere la doppia elica, avremo
difficolt.
Solo se tagliamo il DNA rendendolo lineare, ci possibile.
Stessa difficolt con DNA molto lunghi.
Si fatto ricorso alla TOPOLOGIA, parte della matematica che studia la forma degli oggetti. Si
caratterizzato il DNA mediante tre parametri :

-Lk (linking number) = N di legame n di volte che un filamento deve girare intorno l'altro
finch le due eliche si separano o il n di volte in cui un elica penetra nell'altra
-Tw (twist) = n di giri di elica in una molecola
-r (writing) = immaginiamo che la doppia elica sia disposta su uno stesso piano, ma l'elica non
planare e subisce degli stravolgimenti
Se una molecola si trovasse sullo stesso piano, agirebbero delle tensione per avere della stabilit
a queste tensioni, la molecola non planare ma si superavvolge. Infatti sta per il n di
superavvolgimenti.
Esiste una relazione matematica => L in genere un n intero
Lk = T + R se vi sono cambiamenti del n di legame, vi sono dei cambiamenti che
riguardano anche i due parametri.
Immaginiamo una doppia elica in forma lineare
Un giro di elica contiene 250bp quanti giri di elica contiene?
Abbiamo 25 giri di elica
1)Supponiamo di rendere la forma di DNA lineare in circolare che verr detto RILASSATO, perch
disposto su un unico piano
2)Supponiamo di riprendere il DNA lineare e mantenendo ferma un estremit , facciamo ruotare i
filamenti dell'opposta estremit = DNA parzialmente denaturato
Immaginiamo di riunire le due estremit = avremo un DNA circolare ma con regioni a singolo
filamento => DNA parzialmente svolto (di 2 giri di elica).

Inoltre oltre al DNA parzialmente svolto, se uniamo i due filamenti possiamo anche ottenere un
DNA la cui asse dell'elica si incrociato tra i 2 filamenti = DNA superavvolto => sono due forme
all'equilibrio che si interconvertono senza interventi esterni.
-DNA RILASSATO
Immaginiamo di avere due anelli interconnessi
: il n di volte in cui un anello penetra in un
altro pari a 1 = uguale alla met n di contatti = i contatti sono 2 quindi 1 volta = e=1
L=25 = il ndi legame pari al n di giri di elica
T=25
W=0 DNA sul piano e non ci sono torsioni

-DNA PARZIALMENTE SVOLTO


L = abbiamo svolto due giri di elica, quindi sar uguale a 23 (25-2 = 23)
T=23
W=0
-DNA SUPERAVVOLTO
L=23 = originato dallo svolgimento di 2 giri di elica
T=abbiamo avuto due incroci dell'asse su s stesso = 25 n= giri di elica + n di superavvolgimento
=> In questo caso si tiene conto del n dei giri di elica e in questo caso degli incroci dell'asse
W= -2 la risultante di una diminuzione di giro di elica =perci negativo = superavvolgimento
negativo = formato da un elica destrorsa
Vi sono 2 tipi di superavvolgimenti :
-superavvolgimento plectonemico = simile al filo del telefono, l'asse dell'elica gira su s stesso
-superavvolgimento solenoide
Nel plectonemico, l'asse dell'elica gira su s stesso; mentre nel solenoide (detto anche toroidale)
l'asse avvolto intorno ad un cilindro (proteina), presente soprattutto nel DNA degli eucarioti
attorno agli ISTONI.
Nel superavvolgimento plectonemico :
se superavvolgimento destrogiro = W<0 = negativo
Nella cellula il superavvolgimento pu diventare da negativo positivo = le eliche si avvolgono
su se stesse W>0 superavvolgimento detto anche sinistrogiro.
Il solenoide invece :
-destrogiro =superavvolgimento positivo = w > 0
-sinistrogiro = negativo = w<0
Nell'esercizio delle funzioni, il DNA va incontro a processi di denaturazione = dovuto al fatto che il
DNA sia superavvolto negativamente. La separazione delle catene avviene durante la replicazione e
la trascrizione e il superavvolgimento facilita questa separazione parziale.
Se dato un DNA, definiamo con Lk n di legame e con Lk0 n di legame della stessa molecola di
DNA, ma nella sua forma rilassata, avremo :
(densit di superelica) = (Lk0 Lk)/ Lk0 = mi da la percentuale di superavvolgimento cio la
frazione di molecole superavvolte
RIASSUMENDO :
-il superavvolgimento negativo implica una riduzione di Lk e rappresenta un immagazzinamento di
energia libera che compensa la tensione indotta dalla torsione, prepara il DNA ai processi di
separazione dei filamenti (replicazione, ricombinazione, trascrizione).
Il superavvolgimento positivo implica un aumento di Lk e va a computare tali processi.
Con un DNA circolare e volendo svolgere parzialmente quest'elica necessario rompere la
molecola. Potrebbe capitare che svolgendo l'elica, in un altro punto potrebbe attorcigliarsi la
molecola => L deve rimanere sempre costante, per cui se in un punto apriamo la molecola e L
diminuisce, necessario che in altri punti L aumenti.

La cellula fa uso di enzimi topoisomerasi, che catalizzano degli eventi associati a dei cambiamenti
di L. Nel passaggio da DNA parzialmente svolto a superavvolto L non cambia e dunque non serve
la topoisomerasi. Essa fondamentale nel passaggio da DNA rilassato (L = 25) a parzialmente
svolto (L=23) e nel passaggio da DNA superavvolto negativo a positivo.
Vi sono diverse forme di topoisomerasi; le pi importanti sono due :
-TOPOISOMERASI I = un enzima ovvero catalizzatore biologico e in quanto tale aumenta la
velocit di reazione
Catalizza l'evento di trasformazione da DNA parzialmente svolto (o superavvolto) a DNA rilassato
(girasi nei batteri)
-TOPOISOMERASI II = catalizza la trasformazione da DNA superavvolto + a DNA superavvolto -.
Reazione in presenza di ATP

A LIVELLO BIOCHIMICO :
-Gli enzimi formano un complesso:
Complessi enzimi-substrato : instabili generalmente
-ci sono delle eccezioni dovute al fatto che l'enzima si lega al substrato mediante legami covalenti
il caso della TP. I
-La TP I presenta in un sito attivo un particolare amminoacido, la TIROSINA.

Essendo l'OH del filamento 3' nucleofilo si lega al P viene emessa la tirosina e si passa alla
forma rilassata
La reazione non necessita di un contributo energetico.
-La TP II
l'elica tagliata va poi a girarsi
in modo tale che la parte anteriore
vada a finire indietro si ricompone l'elica ma con diverso verso di
avvolgimento
DNA superavvolto positivamente
che subisce un taglio della doppia elica
diversa dalla TP I in cui si tagliava un singolo
filamento
La TP II formata da 4 subunit :
-2 di tipo A
-2 di tipo B
La TP II si lega al DNA, rompendo entrambi i filamenti
-passaggio della doppia elica davanti al punto di rottura
-saldatura con ATP
Questi processi prevedono la denaturazione del DNA e dunque una riduzione di ndi legame.
Durante la trascrizione traduzione necessaria la presenza di enzimi che andranno a modificare il
superavvolgimento positivo (che inibsce trascrizione e traduzione) in negativo. I superavvolgimenti
positivi si formano durante la replicazione e trascrizione del DNA, per controbilanciare il taglio e
quindi mantenere L costante.
-Separazione dei topoisomeri mediante gel elettroforesi = permette di visualizzare topoisomeri del
DNA; topoisomeri = molecole di DNA circolare aventi uguale lunghezza ma diversa Lk. Si utilizza
un gel di agarosio :
-+compatta la molecola, + veloce la sua migrazione una molecola rilassata sar pi lenta
nella migrazione rispetto ad una superavvolta
-certe sostanza possono far cambiare la topologia di DNA, ad esempio il bromuro di etidio,
molecola planare in grado di intercalarsi tra le basi del DNA inizialmente diminuisce il n di giri
di elica se T diminuisce, w deve aumentare.
Per cui se il DNA di partenza superavvolto negativamente, l'aggiunta di etidio bromuro lo far
diventare pi rilassato e successivamente superavvolto positivamente = sar meno superavvolto .

Viene usato per per evidenziare le diverse forme di DNA.


-CROMOSOMI
I cromosomi sono inclusioni colorate dei nuclei che appaiono come corpuscoli ben definiti durante
la mitosi.
Ogni cellula procariotica possiede un unica copia completa del cromosoma, organizzato in una
struttura detta nucleoide.
Le cellule eucariotiche sono quasi sempre diploide- contengono due copie di ciascun cromosoma;
ogni copia deriva da ciascun genitore cromosomi omologhi
-GENI e GENOMI
L'insieme del DNA in una cellula forma il GENOMA.
Nel genoma possiamo trovare regioni geniche (contenenti geni) e intergeniche (priva di geni)
Un gene una porzione di DNA che codifica per RNA (mRNA , rRNA, tRNA, microRNA non
codificanti) = inizialmente si pensava che fosse una sequenza di DNA che codificasse per una
proteina, poi si pensato che codificasse per una catena polipeptidica.
-1977= fu sequenziato il DNA di un fago
-Nella met degli anni '90 vengono sviluppate tecnologie per il sequenziamento dei genomi nel
2008 si sequenzia il primo individuo umano
DIMENSIONI DEI GENOMI EUCARIOTICI
-Saccharomices (funghi) = 12,1 milioni di paia di basi (megabasi)
-Drosophila =180
-Uomo 3200MB = 3 miliardi 200 milioni di paia di basi che se disposti linearmente disterebbero 1,5
M
-Piante = zea meys 2200 Mg basi
-GENOMA UMANO geni = 1%(48MB) tutto il resto sono altre sequenze correlate che possono
essere divise in :
-PSEUDOGENI
-FRAMMENTI DI GENI
-INTRONI o SEQUENTE UTR
Aumentando la complessit dell'organismo aumenta il DNA
Rispetto alle 3200 Mb, vi sono 2000 Mb = DNA INTERGENICO e 1200 MB formato da sequenze
di geni e geni correlati
Considerando una porzione di DNA, supponiamo di avere un gene (porzione di DNA che codifica
per RNA mediante trascrizione)
Vi un enzima, trascrittasi inversa, che catalizza
la sintesi di DNA a partire da RNA. Questo DNA
pu poi inserirsi nel DNA genomico.

Il gene inseritosi nel frammento di DNA genomico detto PSEUDOGENE perch non espresso =
non si riesce a trascriverlo sotto forma di RNA.
L'espressione di un gene dipende da sequenze di regolazione a monte del gene, presente nel gena A,
ma non trascritte nel gene A'.
-FRAMMENTI GENICI : porzioni di gene che hanno subito un determinato evento e arricchiscono
il genoma di elementi non codificanti.
Ogni gene contiene delle regioni dette introni non presenti nel prodotto finale, cio nella proteina e
stessa cosa vale per le UTR.
-Dal DNA si ottiene un prodotto, mRNA, perfettamente
colineare con il DNA = ma non proprio cos : infatti
nel DNA vi sono delle regioni dette introni non
presenti nel prodotto finale. Quindi mRNA pi corto
nella traduzione a formare la proteina, se mRNA lungo
1200 nucleotidi, la proteina dovrebbe contenere 400 aa.
=ma ci non avviene per la presenza nell'RNA di UTR
che non sono presenti nella proteina che sar dunque
pi corta.
DNA INTEGENICO (200 MB)
-DNA intergenico : porzioni di DNA presente tra un gene e l'altro (costituisce il 60% del DNA
totale).
Vi sono delle sequenze dette ripetizioni intersperse = ripetute pi vole e che di solito non codificano
per nessun RNA. Si sono create attraverso eventi di trasposizione.
Data una porzione di DNA A, questa pu posizionarsi
in un altro punto di DNA senza che la porzione
originale di DNA A venga meno, ma viene
semplicemente replicata.

-MICROSATELLITI : piccolissime ripetizioni di DNA presenti in un genoma. Anche 200-300


volte; si dice che derivino da errori della polimerasi che durante la replicazione inserisce le stesse
basi.
-VARIE (510 Mb) = comprende l'm'RNA (microRNA) a basso PM e formato da pochissimi
nucleotidi che modulano l'espressione genica (circa 20 coppie di basi).
In una cellula procariotica vi sono 4300 geni per proteine e 115 geni per RNA stabili (rRNA e
tRNA).
Nel DNA umano ci sono invece 30.000-40.000 geni. Quindi mentre in E.coli vi sono circa 2500
geni/mm e in qello umano ce ne sono 50/mm. Densit = n = di geni contenuti in una Mg.

Densit pi bassa. Non vi una proporzionalit diretta nel n di geni e nella densit (un organismo
pi complesso pi avr una bassa densit genica)
Un gene per un mRNA poteva codificare per una catena polipeptidica = cosa giustificata nei
procarioti, ma negli eucarioti un gene pu codificare per pi catene polipeptidiche ( un paradosso
vista la densit e il numero di geni).
Si sta capendo che almeno l'80% di DNA genomico trascritto e da luogo ad RNA, ci possono
essere RNA stabili con funzione strutturale ed RNA con altre tipologie di funzioni, vi sono porzioni
di DNA con funzione di regolazione quali il miRNA (=non stabile)
Per cui non esistono porzioni di DNA spazzatura
-DNA nelle cellule Eucariotiche