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Enzimi: Gli enzimi sono catalizzatori biologici.

Sono proteine che hanno il potere di accelerare enormemente le reazioni chimiche tipiche dei processi vitali. Hanno molte caratteristiche in comune con tutti gli altri catalizzatori: Non fanno avvenire reazioni che non siano termodinamicamente possibili Non alterano l'equilibrio della reazione Si ritrovano inalterati alla fine del processo di catalisi Nel caso di reazioni allequilibrio, lenzima accelera il raggiungimento dellequilibrio di una reazione chimica spontanea senza spostarlo. Quindi accelera (da 107 a 1014 volte!) della stessa entit sia la reazione in un senso che quella in senso opposto. Quasi tutti gli enzimi sono proteine (alcuni RNA hanno attivit catalitica). Classi di enzimi: 1. Ossido-reduttasi o deidrogenasi: catalizzano reazioni di ossido-riduzione, con laiuto di specifici coenzimi vitaminici (NAD+, NADP+ o FAD) che fungono da trasportatori di elettroni. 2. Transferasi: catalizzano reazioni di trasferimento di gruppo. 3. Idrolasi: catalizzano la rottura di un legame per introduzione di una molecola dacqua: 4. Liasi: catalizzano reazioni di addizione a doppi legami 5. Isomerasi: catalizzano reazioni (reversibili) di isomerizzazione. 6. Ligasi o sintetasi: catalizzano la formazione di nuovi legami chimici con dispendio di energia (ATP). Meccanismo dazione: Quando un substrato S viene convertito in prodotto P, le molecole di S passano attraverso uno stato intermedio tra S e P (lo stato di transizione , S*) caratterizzato da un contenuto energetico maggiore di S. La differenza tra il contenuto energetico di S e quello di S* detta energia di attivazione di S. Lenzima in grado di legare S* e il legame E-S* abbassa lenergia di attivazione : la formazione di legami tra E ed S* libera energia (energia di legame E-S*) e abbassa il contenuto energetico di E-S*. Quindi statisticamente, nellunit di tempo, pi molecole di S riusciranno a superare la barriera di attivazione e procedere lungo la direzione di reazione. Lenzima lega S* a livello di un sito preciso sulla superficie della proteina che si chiama sito attivo: questa tasca, di solito superficiale, corrisponde esattamente per forma e disposizione di cariche elettriche e/o residui idrofobici) a S*. Si pu immaginare che S* sia la chiave e il sito attivo sia la serratura specifica per quella chiave. I legami che si formano tra S* e il sito attivo sono di solito legami deboli (ponti H, legami ionici e idrofobici) anche se in alcuni enzimi si tratta di legami covalenti. Lesistenza di un sito attivo dove si lega il substrato e dove avviene la sua trasformazione in prodotto determina alcune propriet comuni a tutti gli enzimi: Specificit: ogni enzima riconosce specificamente il substrato e non altre molecole, anche chimicamente simili a S. Saturabilit: quando tutti i siti attivi di tutte le molecole enzimatiche presenti sono legate al substrato (saturate) la velocit di catalisi massima e non pu aumentare ulteriormente, anche aggiungendo altro substrato. Inibilit: una molecola che assomigli moltissimo al substrato (per forma, distribuzione di cariche, ecc.) e che si leghi al sito attivo pu spiazzare il vero substrato dal legame con il sito attivo e inibire lattivit enzimatica (inibizione competitiva). Laggiunta di un eccesso di substrato, per, rende reversibile linibizione. Molti farmaci agiscono per inibizione enzimatica. Equazione di Michaelis-Menten: Se si osserva l'andamento della velocit di una reazione enzimatica in funzione della concentrazione del substrato, notiamo che v tende ad un valore limite, Vmax.

La velocit di reazione, v, correlata con la concentrazione del substrato, [S], da un'equazione caratteristica, nota come equazione di Michaelis-Menten:

la cui espressione grafica una tipica iperbole rettangolare. L'equazione di Michaelis-Menten valida per la maggior parte degli enzimi; quando cos, si dice che l'enzima segue una cinetica di Michaelis-Menten. Qualunque sia l'espressione di KM in termini di costanti di velocit, essa pu essere considerata un indice della affinit dell'enzima per il substrato: minore il suo valore, maggiore l'affinit e viceversa. Enzimi allosterici: Allosterico significa altro sito (oltre al sito attivo): gli enzimi allosterici, oltre al sito attivo dove si lega il substrato, possiedono un altro sito dove si lega il regolatore (attivatore o inibitore). Il legame del regolatore modifica la conformazione del sito attivo e quindi modifica lattivit catalitica dellenzima. Quasi tutti gli enzimi allosterici sono formati da pi di una subunit proteica: in questi casi pu verificarsi un effetto cooperativo tra i siti attivi presenti sulle diverse subunit. La cooperativit di legame con il substrato si ha quando una subunit proteica dellenzima lega S e induce una modifica conformazionale nelle altre subunit che ne aumenta laffinit per S. La conseguenza che piccole variazioni della [S] inducono grandi variazioni della velocit di catalisi. La cinetica enzimatica descritta allora da una curva sigmoide anzich iperbolica. Meccanismi catalitici: Gli enzimi agiscono attraverso uno o pi dei seguenti meccanismi: distorsione del substrato: per legarsi al sito attivo il substrato deve essere leggermente distorto (S*) e questo favorisce la successiva trasformazione in prodotto; riduzione entropica: diminuzione dei moti molecolari relativi dei due substrati che devono reagire, perch legati entrambi nel sito attivo; desolvatazione: aumento della forza delle interazioni deboli (legami ionici, idrofobici, ponti H) tra 2 substrati per allontanamento delle molecole dacqua intorno a loro; riduzione della diffusione dei prodotti intermedi: nei complessi multienzimatici, i prodotti intermedi non abbandonano il complesso proteico (aumenta la velocit e lefficienza catalitica). Molti enzimi richiedono cofattori per funzionare. Se legati covalentemente i cofattori sono detti gruppi prostetici. Meccanismi di regolazione dellattivit enzimatica: Lattivit degli enzimi deve essere regolata, in modo da rispondere alle diverse esigenze metaboliche. I meccanismi di regolazione dellattivit enzimatica sono: 1. Regolazione covalente: il legame covalente tra enzima e regolatore modifica lattivit enzimatica. Il fosfato trasferito dallATP sullenzima ad opera di un altro enzima. Lidrolisi del legame enzimafosfato avviene ad opera di una fosfatasi, che ripristina lattivit enzimatica nativa. 2. Regolazione allosterica: il regolatore, di solito un metabolita oppure ATP o AMP, si lega allenzima con legami deboli, non covalenti (ponti H, legami ionici) e modifica lattivit enzimatica. 3. Regolazione ormonale: gli ormoni possono modificare lattivit degli enzimi sia attraverso meccanismi di regolazione covalente che modificando la velocit di trascrizione dei geni che codificano per alcuni enzimi. 4. Isoenzimi: gli isoenzimi sono enzimi che catalizzano la stessa reazione, ma che hanno una diversa affinit per il substrato (Km) e si trovano in tessuti diversi. 5. Pro-enzimi: alcuni enzimi vengono sintetizzati come pro-enzimi inattivi e vengono attivati solo nei distretti o nelle condizioni che ne richiedono lattivit. Gli enzimi digestivi, prodotti dal pancreas esocrino, vengono attivati solo nel lume intestinale; i fattori della coagulazione, sempre presenti nel plasma, vengono attivati solo quando si verifica un danno tissutale.

Inibizione reversibile: Inibitore competitivo: un inibitore competitivo, compete con il substrato per il legame al sito attivo di un enzima, e la reazione viene impedita a causa dellinibitore (I) legato, poich impedisce fisicamente al substrato di legarsi allenzima; aumenta la Km e lascia invariata la Vmax. Inibitore non competitivo: linibizione non competitiva si lega ad un sito distinto da quello preposto a legare il substrato senza interferire quindi con il legame ES, tuttavia questo legame inattiva lenzima, tanto in presenza che in assenza di S; abbassa Vmax ma lascia invariata Km. Inibitore incompetitivo: linibizione incompetitiva funziona come linibizione non competitiva ma, al contrario di questa il cui inibitore si lega allenzima, linibitore incompetitivo si lega solo a complessi ES. Gli inibitori irreversibili modificano o distruggono un gruppo funzionale dellenzima, essenziale per la sua funzione. Inibizione irreversibile: Alcuni inibitori possono modificare irreversibilmente certe catene laterali presenti nel sito attivo degli enzimi; in questo caso si formano legami covalenti.